Lignes directrices de la FDA: Modèle de diagnostic moléculaire pour les fabricants commerciaux

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Avant d'utiliser les recommandations de la FDA

Les fabricants qui suivent les lignes directrices de la FDA sur les tests moléculaires et de détection d’antigènes non destinés à un usage en laboratoire (en anglais seulement) doivent savoir que Santé Canada s’attend à ce qu’ils suivent les lignes directrices sur les tests en vente libre. Cela s’explique par le fait que la distinction faite par la FDA entre les tests obtenus sur ordonnance et les tests en vente libre n’existe pas au Canada.

Les lignes directrices de la FDA sont présentées sous forme de modèle et décrivent les exigences auxquelles ces produits doivent satisfaire.

Le document d'orientation suivant est de la FDA et il a été modifié pour des fins d'accessibilité, toutefois le contenu reste identique au document original. La traduction du document a été effectuée par Santé Canada avec la permission de la FDA. Version 28 juillet 2020.

Modèle

Ce modèle (le « modèle ») présente les recommandations actuelles de la FDA concernant les données et les renseignements qui doivent être soumis à la FDA à l’appui d’une soumission préalable à l’EUA/EUA pour un test de diagnostic moléculaire du SRAS-CoV-2.

Comme indiqué dans la section V.A. du document d’orientation de la FDA Policy for Coronavirus Disease-2019 Tests During the Public Health Emergency (Revised), la FDA recommande que les études de validation suivantes soient menées pour un test de diagnostic moléculaire du SRAS-CoV-2 :

Ce modèle est destiné à aider les fabricants à fournir ces données de validation et d’autres renseignements à la FDA, mais des approches alternatives peuvent être utilisées. Il reflète l’opinion actuelle de la FDA à ce sujet et ne doit être considéré que comme une recommandation, à moins que des exigences réglementaires ou légales spécifiques ne soient citées. L’utilisation de ce mot devrait signifier que quelque chose est suggéré ou recommandé, mais non obligatoire.

Pour plus de renseignements sur les EUA en général, veuillez consulter le document d’orientation de la FDA : Emergency Use Authorization of Medical Products and Related Authorities.

A. Objet de la soumission

Demande d’autorisation d’utilisation d’urgence (AUU) pour la distribution et/ou l’utilisation du [nom du test] pour [indiquer les laboratoires, le cas échéant] pour la détection qualitative in vitro de l’ARN du SRAS-CoV-2 dans [ajouter tous les types d’échantillons déclarés, p. ex. prélèvements Nasopharyngés / oropharyngés, expectorations, BAL] [sélectionner la population appropriée du test, p. ex. parmi les patients suspectés de COVID-19 par un professionnel de santé, ou pour le dépistage des personnes ne présentant pas de symptômes ou pour d’autres raisons de suspecter la présence de COVID-19]. Des tests supplémentaires et des procédures de confirmation doivent être effectués en consultation avec les autorités de santé publique et/ou d’autres autorités auxquelles un rapport est exigé. Les résultats des tests doivent être communiqués conformément aux réglementations locales, étatiques et fédérales.

Si vous envisagez d’inclure un exemple de protocole de regroupement dans votre mode d’emploi, veuillez inclure une brève description de la stratégie de regroupement dans votre demande EUA.

Si vous envisagez de demander l’autorisation de tester des échantillons prélevés avec un kit de prélèvement à domicile, veuillez vous référer au Home Specimen Collection Molecular Diagnostic Template et inclure tout renseignement pertinent dans cette demande.

B. Mesurande

C. Demandeur

Nom officiel, adresse et coordonnées du demandeur

D. Noms déposés et établis

Nom déposé - [nom du test]
Nom établi - [nom du test]

E. Information réglementaire

Statut d’approbation/autorisation :

Le test [nom du test] n’est pas autorisé, dispensé des CLIA, approuvé ou soumis à une dispense d’instrument expérimental approuvé.

Code du produit:

F. Usage visé proposé

1) Usage prévu 

L’usage visé proposé sera finalisé sur la base des données sur le rendement et les recommandations des autorités de santé publique au moment de l’autorisation. Un exemple de texte est fourni ci-dessous pour un test moléculaire qualitatif qui détecte l’ARN d’organismes, mais qui peut être adapté en fonction de la situation d’urgence spécifique à laquelle l’instrument est destiné.

Le [nom du test] est un [préciser la technologie du test, par exemple un test RT-PCR en temps réel] destiné à la détection qualitative [présumée] de l’ARN du SRAS-CoV-2 dans [décrire tous les types d’échantillons, p. ex. prélèvements nasopharyngés, nasaux et oropharyngés et les voies respiratoires inférieures, BAL ou expectorations]. [Si votre test est destiné à tester plusieurs agents pathogènes respiratoires, veuillez énumérer les analytes spécifiques détectés par votre test]. [décrire la population visée par l’utilisation prévue, p. ex. des personnes soupçonnées d’être infectées par la COVID-19 par leur professionnel de la santé, ou pour le dépistage des personnes ne présentant pas de symptômes ou pour d’autres raisons de suspecter une infection par la COVID19]. Les tests sont limités aux [laboratoires certifiés conformément aux Clinical Laboratory Improvement Amendments of 1988 (CLIA), 42 U.S.C. § 263a, pour effectuer des tests très complexes, ou par des laboratoires non américains ayant des qualifications similaires]. [Décrire la méthode de regroupement des échantillons et le nombre maximum d’échantillons qui peuvent être regroupés, le cas échéant.]

Les résultats sont destinés à l’identification de l’ARN du SRAS-CoV-2. L’ARN du SRAS-CoV-2 est généralement détectable dans [nom du type d’échantillon, p. ex. voies respiratoires supérieures] pendant la phase aiguë de l’infection. Des résultats positifs indiquent la présence de l’ARN du SRAS-CoV-2. Une corrélation clinique avec les antécédents du patient et d’autres renseignements diagnostiques est nécessaire pour déterminer l’état d’infection du patient. Des résultats positifs n’excluent pas une infection bactérienne ou une co-infection avec d’autres virus. L’agent détecté peut ne pas être la cause précise de la maladie. Les laboratoires des États-Unis et de ses territoires sont tenus de signaler tous les résultats positifs aux autorités de santé publique compétentes.

Le [nom du test] est destiné à être utilisé par [inclure l’utilisateur prévu, p. ex. le personnel de laboratoire clinique qualifié et formé spécifiquement aux techniques de PCR en temps réel et aux procédures de diagnostique in vitro]. Le [nom du test] est uniquement destiné à être utilisé dans le cadre de l’autorisation d’utilisation d’urgence de la Food and Drug Administration.

[En fonction des données de rendement soumises et de la population de patients incluse dans l’évaluation clinique, des limites supplémentaires peuvent être recommandées et/ou votre utilisation prévue peut être modifiée pour inclure les éléments suivants, le cas échéant :

Si votre test est destiné à être utilisé dans des points de service, la déclaration suivante doit être incluse :

2) Déclarations de conditions particulières d’utilisation :

3) Exigences particulières en matière d’instruments :

Le [nom du test] doit être utilisé avec [liste de tous les instruments RT-PCR, logiciels requis, instruments d’extraction automatisée].

G. Description de l’instrument et principe de test

Un exemple de texte a été ajouté sous chacune des sous-rubriques ci-dessous pour un test rRT-PCR basé sur la fluorescence pour la détection de l’ARN d’un organisme. Si un principe de test différent est utilisé par le test pour la détection d’un analyte spécifique, veuillez modifier la description en conséquence afin de saisir les points saillants dans chacune des sous-rubriques ci-dessous. Veuillez noter que pour les nouvelles technologies de recherche, la FDA peut demander des renseignements détaillés supplémentaires afin de pouvoir évaluer correctement les risques et les avantages liés à l’instrument.

1) Aperçu du produit/principe de test :

Décrivez la technologie du test et la manière dont cette technologie fonctionne pour identifier le mesurande, les instruments employés/nécessaires pour effectuer le test depuis le prélèvement de l’échantillon jusqu’au résultat (inclure tous les instruments d’extraction et de détection PCR déclarés), et les types d’échantillons pour lesquels vous affirmez avoir des caractéristiques de rendement spécifiques comme décrit ci-dessous. Le cas échéant, dressez la liste de tous les ensembles d’amorces et de sondes et décrivez brièvement ce qu’ils détectent. Veuillez inclure les séquences d’acide nucléique pour toutes les amorces et les sondes utilisées dans le test. Veuillez indiquer si le test utilise la chimie biotine-Streptavidine/avidine dans l’une des étapes de couplage des réactifs. Veuillez noter qu’un rapprochement avec les génomes de référence disponibles pour différentes souches de l’agent pathogène cible est demandé dans le cadre de l’évaluation de l’inclusivité (section J).

Le [nom du test] est un test d’amplification en chaîne de la polymérase par transcription inverse en temps réel (rRT -PCR). L’ensemble des amorces et des sondes pour le dépistage du SRAS-CoV-2 est conçu pour détecter l’ARN du SRAS-CoV-2 dans [liste de tous les échantillons] provenant de patients suspectés d’être atteints de COVID-19 par leur professionnel de santé.

2) Description des étapes de test :

Énumérez et décrivez en détail toutes les étapes du test de manière séquentielle, du prélèvement des échantillons à la détection.

Les acides nucléiques sont isolés et purifiés à partir [d’échantillons] en utilisant [veuillez décrire la ou les méthodes d’extraction (veuillez préciser le volume d’entrée de l’échantillon pour l’extraction et/ou le test, le volume d’élution des acides nucléiques et si l’isolation/la purification est manuelle et/ou automatisée)]. L’acide nucléique purifié est transcrit par inversion en utilisant [mélange/kits d’enzymes – veuillez préciser le volume d’entrée de l’acide nucléique purifié ajouté au mélange réactionnel de la rRT-PCR] en ADNc, qui est ensuite amplifié dans [veuillez décrire le(s) instrument(s) et le mélange d’enzymes]. Au cours de ce processus, la sonde se recuit sur une séquence cible spécifique située entre les amorces avant et arrière. Pendant la phase d’extension du cycle PCR, l’activité de nucléase 5' de la Taq polymérase dégrade la sonde, provoquant la séparation du colorant rapporteur du colorant d’extinction, ce qui génère un signal fluorescent. À chaque cycle, des molécules de colorant rapporteur supplémentaires sont clivées de leurs sondes respectives, ce qui augmente l’intensité de la fluorescence. L’intensité de la fluorescence est contrôlée à chaque cycle PCR par [veuillez décrire le(s) instrument(s) de détection].

3) Matériel(s) de contrôle à utiliser

Énumérez tout le matériel de contrôle (fourni avec le kit de test et/ou requis, mais non fourni avec le kit de test) et décrivez leur nature, leur mode de fonctionnement, le stade du processus de test où ils sont utilisés et la fréquence d’utilisation. Si un contrôle est disponible dans le commerce, indiquez le nom du fournisseur et le numéro de catalogue ou tout autre identifiant. Si votre instrument repose sur des contrôles externes fabriqués par un tiers, veuillez noter que ces contrôles doivent également être validés dans le cadre de vos études analytiques et cliniques, décrites ci-dessous à la section J.

Les contrôles qui seront fournis avec le kit de test comprennent :

  1. Un contrôle « sans modèle » (négatif) est nécessaire pour [décrire le besoin] et est utilisé [décrire l’utilisation – veuillez également préciser la fréquence d’utilisation]
  2. Un modèle de contrôle positif est nécessaire pour [décrire le besoin] et est utilisé [décrire l’utilisation – veuillez préciser la concentration du contrôle positif par rapport à la limite de détection (LdD) de votre test (notez que la concentration du contrôle positif devrait idéalement être telle qu’elle soit proche de la LdD de votre test) et préciser également la fréquence d’utilisation]
  3. Un contrôle d’extraction [décrire le contrôle] est nécessaire pour [décrire le besoin] et est utilisé [décrire l’utilisation – veuillez également préciser la fréquence d’utilisation]. Veuillez noter que si le contrôle sans modèle et le contrôle positif sont effectués tout au long de la procédure de traitement de l’échantillon, y compris l’extraction, il n’est pas nécessaire d’effectuer un contrôle d’extraction séparé.
  4. Un contrôle interne [décrire le contrôle] est nécessaire pour [décrire le besoin] et est utilisé [décrire l’utilisation].

Les contrôles requis, mais non fournis avec le kit de contrôle comprennent [décrivez le contrôle – fournissez les sources recommandées du matériel de contrôle, soit un kit de contrôle séparé à acheter que vous, le demandeur, développez, soit un matériel de contrôle qui peut être acheté auprès d’un tiers]. Ce(s) contrôle(s) est/sont nécessaire(s) pour [décrivez le besoin] et est/sont utilisé(s) [décrivez l’utilisation – veuillez également préciser la fréquence d’utilisation].

Veuillez noter que tout contrôle recommandé à l’utilisation avec votre instrument (fourni avec le kit ou non) doit être validé dans le cadre de votre étude analytique et clinique (c’est-à-dire que vous devez effectuer ces contrôles dans le cadre de vos études). Dans les cas où le matériel de contrôle n’est pas facilement disponible auprès de fournisseurs tiers (ce qui est souvent le cas au début d’une épidémie), la FDA peut vous demander d’inclure un matériel de contrôle approprié avec votre instrument. Veuillez noter que les matériaux de contrôle externe sont considérés comme particulièrement importants lorsque les exigences des Bonnes pratiques de fabrication (BPF) sont levées et que les études de stabilité des réactifs sont limitées.

H. Interprétation des résultats

Tous les contrôles de tests doivent être examinés avant l’interprétation des résultats des patients. Si les contrôles ne sont pas valables, les résultats du patient ne peuvent être interprétés. Veuillez décrire si un seuil de cycle Ct (Cycle threshold) est utilisé dans le cadre de votre algorithme de test et/ou si l’utilisateur final doit examiner les courbes de fluorescence pour les échantillons faiblement positifs avant l’interprétation finale. Bien que cela ne soit pas typique pour les tests moléculaires, si le résultat du test implique l’utilisation d’un algorithme/calcul, par exemple une valeur de proportion, lors de la détermination du résultat final du test du patient, veuillez inclure une description détaillée et tout matériel d’étalonnage supplémentaire qui pourrait être nécessaire.

1) [Nom du test] Contrôles – Positif, Négatif et Interne

Décrivez en détail les résultats attendus et générés, y compris les critères d’acceptation, pour tous les contrôles décrits en détail dans la section G ci-dessus. Décrivez les valeurs mesurées (le cas échéant) pour les contrôles valables et non valables et indiquez les mesures recommandées au laboratoire en cas de résultat de contrôle non valable.

2) Examen et interprétation des résultats des échantillons des patients

Décrivez quand les résultats des tests sur les échantillons cliniques doivent être évalués et indiquez les critères de validité des tests. Exemple de texte : L’évaluation des résultats des tests des échantillons cliniques doit être effectuée après que les contrôles positifs et négatifs ont été examinés et déterminés comme étant valables et acceptables. Si les contrôles ne sont pas valables, les résultats du patient ne peuvent être interprétés.

Indiquez clairement comment interpréter les valeurs numériques du test (le cas échéant) comme positives ou négatives pour la présence du SRAS-CoV-2. Indiquez si l’utilisateur final est tenu d’examiner les courbes de fluorescence pour les échantillons faiblement positifs avant l’interprétation finale, comment identifier les résultats indéterminés/inconcluants (s’ils existent) et comment l’utilisateur doit les résoudre (par exemple si une répétition des tests peut être nécessaire).

Le cas échéant, veuillez fournir un tableau décrivant clairement les combinaisons possibles de valeurs de résultats de test pour chaque ensemble d’amorces/sondes, et la manière dont elles doivent être combinées pour obtenir une interprétation finale du résultat de votre test. Si le test produit des résultats qui seront utilisés dans le cadre d’un algorithme de test recommandé par le CDC, veuillez indiquer quel test ou processus de suivi doit être effectué, dans le cas échéant.

I. Fabrication du produit

1) Aperçu de la fabrication et de la distribution :

Le produit sera fabriqué à [nom du fabricant et numéro d’enregistrement à la FDA (le cas échéant)] par le personnel de[nom du fabricant] conformément aux pratiques de production de [types d’instruments] basées sur [type de système de qualité*]. Le matériel fabriqué par [nom du fabricant] peut être embouteillé et assemblé par l’usine de fabrication de [nom de l’emballeur].

Les capacités de fabrication actuelles comprennent la capacité de fabriquer environ [veuillez indiquer le nombre approximatif d’unités/de produits qui peuvent actuellement être fabriqués par semaine sur le site de fabrication] par semaine. Toutefois, en cas de forte demande, cette capacité pourrait être portée à [veuillez indiquer le nombre maximum approximatif d’unités/de produits qui pourraient potentiellement être fabriqués par semaine sur le site de fabrication en cas de forte demande] par semaine dans un délai de [veuillez préciser en semaines/mois le délai prévu pour augmenter la production de produits, si les conditions le justifient].

Le produit sera distribué par [veuillez décrire le plan de distribution du produit et indiquer tous les distributeurs actuels].

*En vertu de l’autorisation d’utilisation d’urgence (Emergency Use Authorization - EUA), il est possible de déroger à n’importe laquelle des exigences du règlement sur le système qualité (Quality System Regulation - QSR) 21 CFR Part 820 pendant la durée de l’EUA, mais la FDA recommande aux concepteurs de suivre autant que possible des pratiques comparables si ces exigences sont supprimées. Entre autres choses, la FDA peut tenir compte des antécédents en matière de conformité lorsqu’elle détermine s’il convient ou non de déroger à certaines exigences en matière de QSR pour un produit spécifique. Veuillez noter que les événements indésirables, conformément au 21 CFR Part 803, doivent être signalés pour les instruments autorisés (voir section P).

2) Composants inclus dans le test

Les composants fabriqués par [nom du fabricant et numéro d’enregistrement à la FDA (le cas échéant)] et fournis avec le test comprennent:

3) Composants requis, mais non inclus dans le test

Composants requis, mais non inclus dans le test :

4) Validation des logiciels

Si vous introduisez sur le marché un système qui n’a pas été préalablement examiné par la FDA, nous vous recommandons de fournir la preuve que le logiciel a été validé pour vous assurer que :

Si ces preuves ne sont pas disponibles avant l’autorisation, elles peuvent être intégrées dans les conditions d’autorisation. Si des modifications ayant un impact sur le rendement des tests ou sur la sécurité et l’efficacité du système sont nécessaires pour remédier aux échecs de validation après l’autorisation, il peut être exigé de les soumettre sous forme d’amendement à l’EUA dans une condition d’autorisation. Si aucun changement n’est nécessaire ou si des changements qui n’ont pas d’incidence sur le rendement des tests ou sur la sécurité et l’efficacité du système sont mis en œuvre, la condition d’autorisation peut alors exiger que les données de validation soient conservées dans le dossier.

Nous vous recommandons les démarches suivantes :

Pour de plus amples renseignements sur la validation des systèmes, veuillez consulter les documents d’orientation et les ressources suivantes de la FDA :

5) Capacités d’essais

Décrivez brièvement la capacité actuelle de traitement des échantillons, le temps total nécessaire pour effectuer le test (depuis le prélèvement des échantillons cliniques, le transport des échantillons, jusqu’au résultat), et le nombre de tests qui peuvent être effectués par cycle d’instrument et par jour.

6) Stabilité des réactifs :

Décrire brièvement le plan d’essai de stabilité des réactifs et inclure des renseignements sur la stabilité accélérée, s’ils sont disponibles. Veuillez noter que les études de stabilité des réactifs n’ont pas besoin d’être achevées au moment de la délivrance de l’EUA, mais que la conception d’étude doit être convenue lors de l’examen interactif et que les études de stabilité doivent commencer immédiatement après l’autorisation, si ce n’est avant.

Vous devez tenir compte des recommandations suivantes lors de la conception de votre étude de stabilité :

7) Stabilité des échantillons

Veuillez fournir des renseignements sur la stabilité de l’échantillon, y compris la conception de l’étude et les résultats si l’échantillon est expédié vers un site de test à partir d’un lieu autre que les établissements de soins de santé (par exemple des échantillons prélevés à domicile).

J. Évaluation du rendement

Les études de validation suivantes doivent être effectuées pendant l’élaboration de votre test :

1) Limite de détection (LdD) - Sensibilité analytique 

Vous devez déterminer la LdD du test en utilisant l’ensemble des composants du système de test, de la préparation de l’échantillon à la détection. Il est recommandé de tester le virus inactivé quantifié (p. ex. un virus traité thermiquement ou irradié) enrichi dans une matrice clinique réelle (p. ex. liquide de BAL, expectorations, prélèvement nasopharyngé) pour la détermination de la LdD, car le virus inactivé reflète le plus fidèlement le virus vivant dans un échantillon clinique. Si vous ne parvenez pas à acquérir un virus inactivé, la FDA estime que l’ARN génomique viral est le prochain meilleur matériau à utiliser pour générer des échantillons artificiels à tester. Comme des échantillons cliniques naturels positifs deviennent de plus en plus disponibles, un échantillon clinique positif quantifié et connu, tel que déterminé par un test autorisé par l’EUA, peut également être utilisé pour créer des dilutions dans la matrice clinique pour la détermination de la LdD. La matrice des prélèvements respiratoires doit provenir d’échantillons prélevés sur des individus négatifs pour le SRAS-CoV-2.

La FDA recommande que la LdD préliminaire soit déterminée en testant une série de dilutions 2 à 3 fois, à raison de trois réplicats par concentration. La concentration la plus faible qui donne des résultats positifs 100 % du temps est définie comme la LdD préliminaire. La concentration finale de la LdD doit être confirmée en testant 20 réplicats d’extraction individuels à la LdD préliminaire. La FDA définit la LdD comme la plus faible concentration à laquelle 19 des 20 réplicats sont positifs.

Si plusieurs matrices cliniques sont destinées à des essais cliniques, vous devez soumettre à la FDA les résultats d’une matrice représentative de chaque type de matrice clinique déclarée. Par exemple :

Veuillez décrire votre étude de LdD, le matériel spécifique utilisé (p. ex. stocks de virus vivants ou inactivés, ARN viral), la matrice clinique spécifique utilisée et la LdD (avec les unités appropriées) pour votre test.

2) Inclusivité (sensibilité analytique) 

Les laboratoires doivent documenter les résultats d’une étude d’inclusivité qui démontre les souches de SRAS-CoV-2 qui peuvent être détectées par le test moléculaire envisagé. Il est acceptable d’effectuer une analyse in silico des séquences SRAS-CoV-2 publiées en utilisant les amorces et les sondes de ce test. La FDA prévoit que 100 % des séquences SRAS-CoV-2 publiées seront détectables avec les amorces et les sondes retenues.

Veuillez décrire votre étude d’inclusivité et confirmer que toutes les souches de SRAS-CoV-2 ont été détectées à 100 %. Si des séquences présentant moins de 100 % d’homologie avec l’une des amorces et des sondes de votre test sont identifiées, veuillez fournir une évaluation des risques sur la manière dont de telles discordances peuvent affecter le rendement de votre test.

3) Réactivité croisée (spécificité analytique) 

Des études de réactivité croisée sont effectuées pour démontrer que le test ne réagit pas avec les agents pathogènes apparentés, les agents de maladies à forte prévalence et la flore normale ou pathogène qui sont raisonnablement susceptibles d’être détectés dans l’échantillon clinique. Pour les déclarations concernant les échantillons respiratoires à l’exclusion de la salive et du liquide oral, la liste recommandée des organismes à analyser in silico et par voie humide est fournie dans le tableau ci-dessous. Pour les matrices non respiratoires ou la salive et le fluide oral, une liste appropriée d’organismes doit être testée (veuillez consulter les résumés des décisions précédentes de la FDA pour les organismes recommandés ou contacter la FDA pour les organismes recommandés). Pour les tests humides, on recommande des concentrations de 106 UFC/ml ou plus pour les bactéries et de 105 pfu/ml ou plus pour les virus. Les analyses in silico seules peuvent être acceptables pour des organismes difficiles à obtenir. La FDA définit la réactivité croisée in silico comme une homologie supérieure à 80 % entre une des amorces/sondes et toute séquence présente dans le microorganisme ciblé.

Liste recommandée des organismes à analyser in silico et par des tests par voie humide
Autres agents pathogènes hautement prioritaires de la même famille génétique Organismes hautement prioritaires probablement présents dans un échantillon respiratoire
Coronavirus humain 229E Adénovirus (par exemple C1 Ad. 71)
Coronavirus humain OC43 Métapneumovirus humain (hMPV)
Coronavirus humain HKU1 Virus de la parainfluenza 1-4
Coronavirus humain NL63 Influenza A et B
SRAS-coronavirus Entérovirus (p. ex. EV68)
MERS-coronavirus Virus respiratoire syncytial
  Rhinovirus
Chlamydia pneumoniae
Haemophilus influenzae
Legionella pneumophila
Mycobacterium tuberculosis
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Bordetella pertussis
Mycoplasma pneumoniae
Pneumocystis jirovecii (PJP)
Rinçage nasal humain regroupé - pour représenter la flore microbienne diverse dans les voies respiratoires humaines
Candida albicans
Pseudomonas aeruginosa
Staphylococcus epidermis
Streptococcus salivarius

Études sur les interférences microbiennes

Si l’analyse in silico révèle une homologie de 80 % entre les micro-organismes à réactivité croisée et votre ou vos amorces/sondes de test, nous vous recommandons soit de réaliser

  1. une étude d’interférence microbienne avec le SRAS-CoV-2 et les micro-organismes pour lesquels votre ou vos amorces/sondes de test présentent une homologie
  2. comme alternative à l’étude d’interférence microbienne, vous pouvez en justifier les raisons (par exemple quantité d’amorce(s)/sonde(s) incluse(s) dans votre mélange de référence), le rendement de votre test ne serait pas affecté par la présence d’un agent causal d’une co-infection cliniquement significative
  3. expliquer pourquoi les résultats in silico sont cliniquement non pertinents (p. ex. faible prévalence de MERS-CoV).

Des tests d’interférence microbienne concurrentielle doivent être effectués pour les panneaux multiplex. L’étude doit évaluer les effets des co-infections cliniquement pertinentes en testant des microorganismes sélectionnés communément trouvés dans la matrice de l’échantillon déclaré en présence du SRAS-CoV-2 à faible concentration. L’interférence doit être évaluée en testant avec un minimum de 3 réplicats d’échantillons enrichis à une faible concentration (≤ 3 x LdD) de SRAS-CoV-2 et un niveau d’interférence élevé (de préférence des microorganismes), pour représenter le pire scénario. Les micro-organismes interférents peuvent être testés individuellement ou en groupe (de 4 ou 5) en présence d’une faible concentration de SRAS-CoV-2. Chaque micro-organisme d’un groupe doit être testé individuellement, si ce groupe présente des interférences. Si vous envisagez de déclarer des échantillons cliniques des voies respiratoires supérieures et inférieures, l’étude doit être réalisée dans la matrice d’échantillon la plus difficile (c’est-à-dire les expectorations). Si une interférence est observée au niveau testé, une étude de titrage supplémentaire doit être effectuée pour déterminer le niveau d’interférence des micro-organismes le plus élevé que votre test peut atteindre pour obtenir le rendement indiqué.

Études sur les substances d’interférence endogènes 

La portée des tests de détection des substances d’interférence endogènes dépend de la matrice déclarée pour l’instrument ainsi que de la technologie de l’instrument, p. ex. si une procédure d’extraction d’acide nucléique est effectuée avant le test ou non. Si votre test fait appel à des méthodes d’extraction qui n’ont pas été préalablement examinées par la FDA dans le cadre de la soumission avant commercialisation ou si le test n’utilise pas de procédure d’extraction, nous recommandons de tester les interférents potentiels. Veuillez contacter la FDA pour discuter de conceptions d’étude appropriées.

4) Évaluation clinique

a) Déclarations de tests d’échantillons respiratoires de patients suspectés de COVID-19 par leur professionnel de santé

La FDA recommande d’utiliser des échantillons cliniques naturels pour l’évaluation clinique. Veuillez vous référer au tableau suivant pour des renseignements supplémentaires concernant la conception des études cliniques.

Remarque : Les recommandations d’études cliniques énumérées dans le tableau ci-dessous ne s’appliquent pas aux déclarations relatives au dépistage des personnes ne présentant pas de symptômes ou d’autres raisons de suspecter la présence de COVID-19, ni aux déclarations relatives à la salive ou à d’autres types d’échantillons respiratoires.

Nombre minimum d’échantillons positifs

Un minimum de 30 échantillons naturels individuels (échantillons prospectifs ou rétrospectifs ou échantillons résiduels) positifs doivent être prélevés sur des patients soupçonnés d’être infectés par le SRAS-CoV-2 par un professionnel de la santé dans la ou les régions endémiques de la maladie de la COVID-19.

Les échantillons peuvent être un mélange de types d’échantillons, si vous cherchez à obtenir une déclaration sur les voies respiratoires supérieures (p. ex. prélèvement nasopharyngé (NP), prélèvement oropharyngé (OP), prélèvement nasal (NS)).

Si vous cherchez à obtenir une déclaration d’expectoration, et toute autre déclaration relative à des échantillons respiratoires, à l’exception des autres types d’échantillons respiratoires (p. ex., salive), nous recommandons une combinaison de 15 échantillons NP et de 15 échantillons d’expectoration.

Les échantillons prélevés sur différents sites anatomiques d’un même patient peuvent être utilisés pour étayer les déclarations de plusieurs types d’échantillons.

L’utilisation d’échantillons congelés est acceptable.

Les échantillons représentant une large gamme de charges virales, y compris des échantillons faiblement positifs, doivent être testés.

L’utilisation d’échantillons précédemment testés positifs par un autre test RT-PCR de l’EUA peut être acceptable sans test de comparaison supplémentaire. Vous devez indiquer la source des échantillons, fournir les résultats pour chaque échantillon testé, indiquer le type d’échantillon et la date du test initial.

Nombre minimum d’échantillons négatifs Un minimum de 30 échantillons individuels négatifs provenant des sources suivantes est acceptable : (1) échantillons prospectifs provenant des personnes suspectées de COVID-19 par leur professionnel de santé, (2) échantillons respiratoires archivés/rétrospectifs prélevés sur des patients présentant des signes et symptômes d’infection respiratoire, et (3) autres sujets dont on s’attend à ce qu’ils soient négatifs pour le SRAS-CoV-2, tels que les échantillons prélevés avant la pandémie de COVID-19 aux États-Unis.
Méthode de comparaison recommandée pour le calcul du rendement des concordances en pourcentage

Le pourcentage de concordance positif doit être calculé par rapport à un test RT-PCR EUA. Nous recommandons de n’utiliser qu’un test RT-PCR EUA à haute sensibilité qui utilise une étape de lyse chimique suivie d’une extraction en phase solide de l’acide nucléique (p. ex. extraction des billes de silice). Si disponible, la FDA recommande de choisir un test de comparaison qui a une sensibilité élevée avec une norme reconnue au niveau international ou le groupe de référence SRAS-CoV-2 de la FDA. Veuillez contacter CDRH-EUA-Templates@fda.hhs.gov pour discuter des options permettant d’établir la sensibilité de votre méthode de comparaison. Veuillez consulter la page Web pour obtenir la liste la plus récente des tests 2019-nCoV autorisés par la FDA (en anglais seulement).

La concordance des résultats négatifs peut être calculée par comparaison avec un test RT-PCR EUA (échantillons prélevés de manière prospective) ou comme concordance avec les résultats attendus si les échantillons ont été prélevés sur des personnes dont on sait qu’elles sont négatives pour le SRAS-CoV2 (p. ex. prélevés avant décembre 2019).

Le test de comparaison peut avoir des cibles identiques ou différentes de celles de votre test.

Les faux résultats peuvent être examinés en utilisant un test RT-PCR EUA supplémentaire, et/ou le séquençage de Sanger. Les résultats de l’analyse des discordances peuvent être notés en bas de page dans votre tableau de rendement final, mais ne peuvent pas être utilisés pour modifier les calculs de rendement finaux.

Critère d’acceptation La FDA estime qu’un minimum de 95 % de concordance positive et négative constitue un rendement clinique acceptable.
Échantillons cliniques naturels CEE / Note de consentement éclairé

Le prélèvement prospectif d’échantillons cliniques pour appuyer la demande d’EUA doit être effectué conformément à la réglementation relative à la protection des sujets humains, y compris l’approbation du CEE et le consentement éclairé.

L’utilisation d’échantillons non identifiés restants peut suivre la politique décrite dans le guide de la FDA sur le consentement éclairé pour les études d’instruments de diagnostic in vitro utilisant des échantillons humains restants qui ne sont pas identifiables individuellement (en anglais seulement).

Note 1 sur la méthodologie des tests Tous les échantillons cliniques testés dans le cadre de votre étude doivent être évalués conformément à l’algorithme de diagnostic que vous proposez (c’est-à-dire testés selon la procédure indiquée dans le mode d’emploi), y compris en procédant à de nouveaux tests le cas échéant. Le volume limité des échantillons naturels peut empêcher de refaire les tests. Dans les cas où un nouveau test est indiqué, mais n’est pas effectué, aux fins de l’évaluation du rendement, les résultats initiaux seront analysés pour le rendement et les résultats équivoques/indéterminés/non concluants doivent être pris en compte dans votre rendement final.
Note 2 sur la méthodologie des tests Les échantillons doivent être testés en aveugle (p. ex. les échantillons positifs et négatifs doivent être présentés à l’utilisateur final en aveugle). L’utilisateur final doit également être tenu à l’écart des résultats de tout test de méthode de comparaison.

b) Tester des échantillons de remplacement (c’est-à-dire autres que des échantillons respiratoires) provenant de patients suspectés de COVID-19 par leur professionnel de santé :

Si vous souhaitez obtenir d’autres échantillons, tels que de la salive, du liquide buccal, des prélèvements buccaux, etc., vous devez tester 2 échantillons appariés provenant d’au moins 30 patients positifs et 30 patients négatifs. Les échantillons prélevés consécutivement sont préférés. Les échantillons représentant une large gamme de charges virales, y compris des échantillons faiblement positifs, doivent être testés. Un échantillon de chaque patient doit être prélevé par un travailleur de la santé à l’aide d’un prélèvement nasopharyngé (NP) et testé avec un dosage autorisé pour les échantillons de NP. La FDA recommande de choisir un test de comparaison qui a établi une sensibilité élevée avec une norme reconnue au niveau international ou le groupe de référence SRAS-CoV-2 de la FDA. Veuillez contacter CDRH-EUA-Templates@fda.hhs.gov pour discuter des options permettant d’établir la sensibilité de votre méthode de comparaison. L’autre échantillon de chaque patient doit être l’échantillon alternatif et doit être testé avec votre test candidat EUA, à condition qu’il soit autorisé pour le test des échantillons NP, ou en utilisant un test préalablement autorisé avec une déclaration de prélèvement NP. Pour minimiser l’apparition de résultats discordants dus à la variabilité biologique, les deux échantillons doivent être prélevés dans un court laps de temps. La FDA estime qu’une valeur ≥ 95 % de concordance positive avec des valeurs de Ct similaires pour les types d’échantillons appariés constitue un rendement acceptable.

Veuillez fournir des renseignements détaillés concernant le type d’instrument de prélèvement et de milieu de transport que vous proposez de valider pour l’utilisation de votre test. Veuillez noter que certains milieux de transport peuvent ne pas être compatibles avec les tests qui n’utilisent pas d’étape d’extraction des acides nucléiques. En outre, certains milieux de transport peuvent ne pas être acceptables pour le prélèvement à domicile en raison de la présence de produits chimiques dangereux.

Pour toute information supplémentaire qui pourrait être nécessaire pour appuyer le prélèvement et le transport des échantillons à domicile, veuillez consulter le Home Specimen Collection Molecular Diagnostic Template ou contacter la FDA .

c) Dépistage des personnes ne présentant pas de symptômes ou d’autres raisons de suspecter la présence de COVID-19 à l’aide d’un test non autorisé

Les recommandations ci-dessous reflètent la philosophie actuelle de la FDA. La conception de l’étude et les recommandations peuvent changer à mesure que des renseignements supplémentaires deviennent disponibles concernant les infections asymptomatiques, y compris, mais sans s’y limiter, la dynamique des titres viraux et les taux de transmission dans cette population.

Si vous demandez une autorisation pour le dépistage de personnes ne présentant pas de symptômes ou d’autres raisons de soupçonner la présence de COVID-19, la FDA vous recommande de mener une étude clinique dans la population visée. Dans l’étude clinique, vous devez comparer les résultats de votre test et d’un test comparateur pour chaque patient inscrit. Veuillez tenir compte des points suivants lors de la conception de votre étude de validation clinique :

d) Ajout à un test autorisé d’un dépistage dans la population de personnes ne présentant pas de symptômes ou d’autres raisons de suspecter la présence de COVID-19.

Des approches alternatives peuvent être acceptables pour les tests qui ont été préalablement autorisés avec des données cliniques pour les patients symptomatiques.

Par exemple :

La FDA est ouverte à l’examen d’autres conceptions d’études alternatives pour démontrer que le rendement de votre test est approprié pour le dépistage des personnes ne présentant pas de symptômes ou d’autres raisons de suspecter la présence de COVID-19. Nous vous recommandons de contacter la FDA pour discuter des conceptions d’études alternatives avant de commencer une telle étude.

e) Regroupement des échantillons

Nos recommandations pourraient évoluer à mesure que de nouvelles données seront disponibles et que de nouvelles approches seront identifiées.

Surveillance 

Les fabricants de kits de tests commerciaux doivent fournir des instructions aux laboratoires pour qu’ils intègrent un suivi continu de la stratégie de regroupement en abordant les points suivants dans leur mode d’emploi :

Enfin, lorsque la disponibilité des ressources est suffisante pour répondre à la demande de tests, la FDA recommande d’examiner si les risques de réduction de la sensibilité des tests avec le regroupement continuent à l’emporter sur les avantages de la conservation des ressources.

e.1) Regroupement des échantillons et des milieux de culture

Une approche simple, ou l’approche de Dorfman, consiste à tester un « groupe de n échantillons », où n est le nombre d’échantillons de milieux de transport inclus dans le groupe. Un résultat négatif implique que tous les échantillons du groupe sont négatifs. Un résultat positif indique qu’au moins un échantillon du groupe est positif. Lorsqu’un groupe de n échantillons est positif, chaque échantillon du groupe doit être testé individuellement pour déterminer lequel est positif. Lorsqu’elle est utilisée efficacement, le regroupement de n-échantillons peut généralement permettre de tester un plus grand nombre d’individus malgré des ressources de test limitées.

P, pourcentage de sujets positifs dans la population testée nmax efficacité
(n correspondant à l’efficacité maximale)
Efficacité du regroupement des n-échantillons
(augmentation maximale du nombre de patients testés lorsque la stratégie « Dorfman » de regroupement « n-pooling » est utilisée)
1 % 11 5,11
2 % 8 3,65
3 % 6 3,00
4 % 6 2,60
5 % 5 2,35
6 % 5 2,15
7 % 4 1,99
8 % 4 1,87
9 % 4 1,77
10 % 4 1,68
11 % 4 1,61
12 % 4 1,54
13 % 3 1,48
14 % 3 1,43
15 % 3 1,39
16 % 3 1,35
17 % 3 1,31
18 % 3 1,28
19 % 3 1,25
20 % 3 1,22
21 % 3 1,19
22 % 3 1,16
23 % 3 1,14
24 % 3 1,12
25 % 3 1,10

Étant donné qu’un seul échantillon positif dans un groupe nécessite un nouveau test individuel pour chaque échantillon du groupe, l’efficacité de toute stratégie de regroupement dépend du taux de positivité. L’efficacité (F) du regroupement de n échantillons pour le taux de positivité (P) peut être calculée avec la formule suivante F = 1/ (1+1/n - (1-P)n). L’efficacité (F) indique combien de patients supplémentaires peuvent être testés avec des groupes de n échantillons par rapport aux tests individuels. Par exemple, une stratégie de regroupement de 3 échantillons augmente le nombre de patients testés de 1,48 fois pour un taux de positivité P de 13 % (F = 1,48) et de 1,22 fois pour un taux de positivité P de 20 % (F = 1,22). À F = 1,48, 1 000 tests peuvent couvrir les tests de 1 480 patients. De même, à F = 1,22, 1 000 tests peuvent couvrir les tests de 1 220 patients.

Validation

Les concepteurs de tests doivent caractériser la réduction de la sensibilité analytique du test (c’est-à-dire le changement de la valeur du Ct pour les tests RT-PCR) par rapport au nombre (n) d’échantillons à regrouper afin de garantir que la stratégie de regroupement des n-échantillons choisie maintiendra une sensibilité appropriée. Ce nombre maximum d’échantillons acceptables pour le regroupement doit être déterminé et validé en utilisant les recommandations ci-dessous pour chaque type d’échantillon que vous avez l’intention de regrouper.

Nous vous recommandons vivement de développer et de valider un système de déconvolution des données de tests groupés qui vise à identifier avec précision les échantillons de patients individuels composant chaque échantillon groupé. Si vous prévoyez d’utiliser une solution logicielle destinée à déconvoluer les données des tests de diagnostic du SRAS-CoV-2, nous vous recommandons de fournir des données de validation établissant que le logiciel peut parvenir à l’utilisation prévue. Par exemple, nous recommandons de fournir la preuve que le logiciel a été validé pour s’assurer que :

A) Regroupement d’échantillons : ajout d’une stratégie de regroupement à un test préalablement autorisé (EUA)

Lorsque vous demandez l’ajout d’une stratégie de regroupement de n-échantillons aux utilisations autorisées et au mode d’emploi autorisé pour votre propre analyse déjà autorisée, vous devez soumettre une demande de modification de l’EUA avec les données de validation appropriées comme décrit ci-dessous. Pour ajouter une stratégie de regroupement à un test déjà autorisé, il n’est généralement pas nécessaire d’établir le rendement avec un test de comparaison distinct.

Vous devez mener une étude clinique avec au moins 20 échantillons individuels positifs, en comparant le rendement du test autorisé par l’EUA lors de l’analyse d’échantillons individuels conformément au mode d’emploi autorisé au rendement du test lors de l’analyse de groupes de n échantillons. Nous vous encourageons vivement à travailler avec vos clients pour recueillir les données existantes (p. ex. des valeurs de 100 Ct provenant d’échantillons de patients positifs testés individuellement) et évaluer le pourcentage d’échantillons dont les valeurs de Ct sont proches de votre LdD du test (c’est-à-dire les échantillons faiblement positifs). Un décalage théorique de Ct de Log2(n) peut être estimé pour la plupart des tests RT-PCR (p. ex. pour n = 5, on peut s’attendre à un décalage de Ct de 2,3). Ainsi, si un pourcentage important d’échantillons de patients positifs est proche de votre LdD du test, vous pouvez envisager un n plus petit, ce qui réduira le décalage de Ct observé et maintiendra une sensibilité plus élevée.

Veuillez tenir compte des points suivants lorsque vous concevez votre étude de validation clinique avec 20 échantillons positifs testés individuellement :

Analyse des données
B) Regroupement des échantillons : nouveau test (non autorisé auparavant)

Lorsque vous demandez à inclure une stratégie de regroupement de n échantillons pour un nouveau test, vous devez soumettre une demande d’autorisation (EUA) avec les données de validation appropriées pour les tests individuels dans la population visée par votre proposition d’utilisation et pour les tests regroupés, comme décrit ci-dessous. Cela devrait impliquer l’utilisation d’un test de comparaison à haute sensibilité pour caractériser le rendement de votre test candidat.

Vous devez mener une étude clinique avec au moins 30 échantillons individuels positifs, tels qu’identifiés par le test de comparaison, en comparant le rendement du test candidat à la fois lors de l’analyse d’échantillons individuels et lors de l’analyse de groupes de n échantillons au rendement du test de comparaison.

Veuillez tenir compte des points suivants lors de la conception de votre étude de validation clinique :

Analyse des données
C) Exemple de validation et de présentation des données.

Les renseignements ci-dessous sont donnés à titre d’exemple sur la manière dont les données peuvent être présentées à la FDA dans le cadre d’une demande préalable à l’EUA ou d’une demande d’EUA. Il n’est fourni qu’à titre d’illustration et ne reflète pas les données d’un test spécifique, ni la seule façon de présenter ces renseignements. Cet exemple est basé sur une stratégie de regroupement de 5 échantillons utilisant une méthode d’extraction nécessitant un échantillon de 500 uL.

  1. Le test candidat a été utilisé pour tester individuellement des aliquotes de 500 uL de 30 échantillons positifs de comparateur et 150 échantillons négatifs de comparateur.

    Exemple de tableau pour présenter le calcul du PPA et du NPA des résultats des tests candidats pour les échantillons testés individuellement par rapport aux résultats des tests de comparaison :

    Échantillons testés individuellement Résultat de la méthode de comparaison
    Résultat du test candidat Positif Négatif
    Positif S.O. S.O.
    Négatif S.O. S.O.
  2. Création de groupes de 5 échantillons positifs attendus en combinant 100 uL d’un (1) échantillon individuel de patient positif avec 100 uL d’aliquotes de chacun des quatre (4) échantillons de patients négatifs de la méthode du comparateur unique. Cela a été fait pour tous les échantillons de patients positifs, créant ainsi 30 groupes de 5 échantillons (c’est-à-dire un total de 30 positifs combinés à un total de 120 négatifs).
  3. Création de groupes de 5 échantillons négatifs attendus en combinant 100 uL de cinq (5) échantillons individuels de patients négatifs à l’aide d’un total de 150 échantillons négatifs uniques. Lorsque le volume était suffisant, les mêmes échantillons de patients négatifs étaient utilisés pour créer des échantillons groupés positifs et négatifs.
  4. L’ensemble des groupes de 5 échantillons a été testé en suivant le mode d’emploi du test candidat. Tous les résultats précédents étaient inconnus de l’utilisateur (c’est-à-dire qu’une personne autre que l’utilisateur effectuant les tests a préparé les échantillons de telle sorte que les tests ont été effectués « en aveugle »).
  5. On a calculé le pourcentage de concordance des échantillons regroupés par rapport aux résultats attendus (c’est-à-dire que si un échantillon de patient positif était inclus dans les groupes de 5 échantillons, le résultat attendu était positif).

    Exemple de tableau pour présenter le calcul du PPA et du NPA des résultats des tests candidats pour les échantillons testés dans des groupes de 5 échantillons par rapport aux résultats attendus (où les résultats attendus sont basés sur les tests individuels) :

    Échantillons testés dans un groupe de 5 échantillons Résultats attendus
    Résultat du test regroupé Positif Négatif
    Positif S.O. S.O.
    Négatif S.O. S.O.
  6. Si le test candidat est un test RT-PCR et que des valeurs seuils de cycle (valeur Ct) sont disponibles, nous vous recommandons de fournir un tracé de données (exemple ci-dessous) des valeurs Ct de l’échantillon positif d’un individu testé positif (c’est-à-dire la valeur Ct de l’échantillon positif individuel utilisé pour créer l’échantillon groupé positif) et de l’échantillon groupé positif. Nous vous recommandons d’inclure une ligne diagonale avec une pente de 1 et un point d’intersection avec l’axe des y de 0. Nous vous recommandons de fournir un type approprié d’analyse de régression avec pente et interception ainsi qu’un intervalle de confiance de 95 %. En utilisant une analyse de régression, nous vous recommandons d’évaluer le décalage des valeurs de Ct pour les échantillons de patients positifs dilués avec des échantillons de patients négatifs.
    Cette figure représente un graphique linéaire avec les valeurs du cycle seuil (Ct) des échantillons groupés sur l’axe y et les valeurs du cycle seuil des échantillons individuels sur l’axe x. L’axe y varie de 10 à 40. L’axe x varie de 10 à 40. Le graphique contient une ligne bleue à partir de l’origine avec une pente de 1.
  7. La concordance doit également être présentée de manière stratifiée afin de pouvoir évaluer le rendement dans la gamme des valeurs de Ct. Par exemple, si la limite pour le test candidat est Ct = 40, le tableau suivant doit être fourni :
    Échantillons testés dans un groupe de 5 échantillons Résultats attendus
    Échantillons individuels avec 37 < Ct < 40
    Résultat du test regroupé Positif Négatif
    Positif S.O. S.O.
    Négatif S.O. S.O.
    S.O. Résultats attendus
    Échantillons individuels avec 34 < Ct < 37
    Positif S.O. S.O.
    Négatif S.O. S.O.
    S.O. Résultats attendus
    Échantillons individuels avec Ct < 34
    Positif S.O. S.O.
    Négatif S.O. S.O.
    S.O. Résultats attendus
    Tous échantillons individuels
    Positif S.O. S.O.
    Négatif S.O. S.O.

e.2) Regroupement des prélèvements

Le regroupement des prélèvements est une approche qui permet de conserver les milieux de transport et qui a le potentiel de maintenir la sensibilité du test. Toutefois, la déconvolution du prélèvement qui était positif ne peut se faire sans prélever un autre échantillon. Cette approche entraîne également une forte concentration d’échantillons de prélèvements dans les milieux de transport, ce qui permet d’observer une inhibition. Il convient d’étudier les effets de l’inhibition due à de fortes concentrations d’échantillons de prélèvement (p. ex. mucine) et à de fortes concentrations de virus lorsqu’il y a plusieurs prélèvements positifs dans le groupe de prélèvements.

Nous recommandons d’effectuer la validation du regroupement des prélèvements à l’aide des deux études décrites ci-dessous en utilisant le plus grand nombre de prélèvements souhaité et jugé possible. Si les données ne répondent pas aux critères d’acceptation indiqués ci-dessous, nous recommandons d’évaluer un nombre inférieur de prélèvements jusqu’à ce que les critères d’acceptation recommandés soient remplis. Les laboratoires peuvent procéder à des tests avec n’importe quel nombre de prélèvements groupés jusqu’au nombre le plus élevé de prélèvements groupés qui a été validé avec succès.

Dans votre mode d’emploi, vous devez fournir une procédure détaillée décrivant une méthode permettant de combiner les prélèvements en un seul volume de milieu de transport. La procédure doit :

Le nombre maximum de prélèvements qui peuvent être regroupés pour une efficacité maximale peut être calculé de la même manière que le nombre maximum d’échantillons comme indiqué ci-dessus pour le regroupement de « Dorfman ».

Pour établir le rendement de votre test avec regroupement des prélèvements, la FDA recommande de mener une étude de validation clinique dans la population visée par l’utilisation prévue, qui comprend le test de chaque échantillon individuellement et l’utilisation de la stratégie de regroupement que vous proposez. Des exemples d’études de validation clinique visant à ajouter le regroupement à un test déjà autorisé (EUA) ou à inclure le regroupement dans une demande d’EUA pour un nouveau test sont présentés dans la section sur le regroupement des échantillons et des milieux ci-dessus. Ces études peuvent être ajustées pour valider une stratégie de regroupement des prélèvements.

Pour les stratégies de regroupement des n-prélèvements, les deux études ci-dessous doivent également être menées :

  1. Nous recommandons d’établir le rendement lié à l’interférence des tests de plusieurs échantillons de prélèvement dans un seul volume de milieu de transport. Les n-prélèvements contenant le nombre maximum de prélèvements que vous comptez valider dans le volume minimum de milieu de transport que vous comptez valider doivent être testés avec une concentration d’analyte de 2 - 3 X LdD. Les prélèvements doivent contenir une matrice clinique négative pour le SRAS-CoV-2. La plage acceptable de volume du milieu de transport doit être notée dans votre mode d’emploi et le rendement d’interférence doit être validé par des tests dans le volume minimum recommandé. Nous recommandons de tester des réplicats de trois échantillons de regroupement de n-prélèvements à la même concentration d’analyte, avec et sans matrice clinique. Chaque échantillon de regroupement de n-prélèvements doit contenir le nombre maximum de prélèvements que vous recommandez de regrouper dans votre mode d’emploi.

    Par exemple, si vous recommandez de regrouper trois prélèvements (n = 3), nous recommandons d’obtenir un total de neuf prélèvements négatifs confirmés sur des sujets individuels et d’ajouter trois prélèvements uniques à trois tubes uniques de milieu de transport, ce qui permet de regrouper trois échantillons de n prélèvements. Chaque échantillon de regroupement de n-prélèvements doit être dopé avec un échantillon de patient positif (dans un milieu de transport), un virus vivant ou un virus inactivé à une concentration de 2 à 3 fois la LdD de votre test. Nous recommandons de tester un total d’au moins 20 réplicats qui peuvent être composés d’un nombre égal de parties aliquotes prélevées sur chaque échantillon de regroupement de n-prélèvements (c’est-à-dire 7 réplicats de chaque échantillon dans cet exemple). Idéalement, la matrice d’un échantillon de n-prélèvements doit être testée avant l’enrichissement pour s’assurer que la matrice est négative. Les critères d’acceptation doivent être une concordance d’au moins 95 % avec les résultats attendus et un taux d’invalidité de < 5 %. Nous recommandons de fournir les données de la ligne de valeur Ct (le cas échéant) pour analyse.

  2. Nous recommandons d’évaluer l’effet de concentrations virales élevées sur le rendement des tests. Il semble que les patients atteints d’une infection par le SRAS-CoV-2 peuvent présenter une charge virale exceptionnellement élevée. Ceci, combiné à la possibilité de regrouper plusieurs prélèvements positifs dans un seul volume de milieu de transport, pourrait entraîner un titre viral étonnamment élevé dans l’échantillon regroupé. Nous recommandons d’évaluer les données existantes sur les charges virales chez les sujets infectés et, en combinaison avec vos données existantes sur la charge virale, de proposer un titre viral maximal attendu par prélèvement. À partir de ce chiffre, estimez le titre viral attendu dans les milieux de transport avec au moins trois prélèvements positifs. Par exemple, si vous vous attendez à un maximum de 100 000 X LdD par prélèvement, nous vous recommandons d’ajouter à un seul échantillon négatif de n-prélèvements un analyte cible de 300 000 X LdD et de tester avec 10 réplicats. Il est prévu que tous les réplicats soient positifs ou aient un taux d’invalidité de ≤ 5 %.

Études à l’appui de l’indication au point de service (PS)

Si l’instrument est destiné à être testé à proximité du patient ou au PS, veuillez fournir des données démontrant que le personnel hors laboratoire peut effectuer le test avec précision dans l’environnement d’utilisation prévu (p. ex. une étude de précision du professionnel de santé hors laboratoire). Veuillez également fournir des données pour démontrer la robustesse de votre instrument pour les tests sur des patients proches (p. ex. le cas échéant, des études pour démontrer l’impact de l’ajout de différents volumes d’échantillon, de différents volumes de réactifs, d’un ordre incorrect d’application de l’échantillon ou des réactifs, etc.). Pour les tests destinés à être utilisés avec un système de test qui a été précédemment dispensé des CLIA par la FDA, les tests ne sont généralement nécessaires que pour établir le rendement de la chimie du test de dépistage du SRAS-CoV-2. En général, des données de test supplémentaires ne sont pas nécessaires pour démontrer que le système est suffisamment simple pour être utilisé au point de service, à moins qu’il n’existe une caractéristique du test de dépistage du SRAS-CoV-2 qui rendrait la réalisation du test plus compliquée que les tests précédemment autorisés pour être utilisés sur le système de test.

1) Évaluation clinique

La conception de l’étude clinique doit reproduire la manière dont le test sera utilisé dans la pratique clinique. On s’attend à ce qu’un test avec la désignation « PS » soit largement utilisé dans les établissements médicaux dispensés des CLIA (p. ex. cabinet médical, clinique ambulatoire, urgences), mais aussi dans des cadres moins traditionnels, tels que les tentes, les écoles, etc. avec supervision des tests par des professionnels de santé. Ce plan d’étude clinique ne s’applique pas aux sites de tests où il n’y a pas de professionnels de la santé.

  1. Sites et utilisateurs de test (intervenants) : Vous devez sélectionner un ou deux sites hors laboratoire aux États-Unis (U.S.) pour vous assurer que les intervenants sont représentatifs des intervenants aux États-Unis, p. ex. un cabinet médical, des salles d’urgence, une clinique de consultation externe, un service de dépistage au volant, ou une autre zone dans un établissement médical en dehors du laboratoire central où les échantillons sont prélevés et testés en temps réel. Cela permettrait d’évaluer le prélèvement et la manipulation de l’échantillon, y compris l’ajout dans le port/puits de l’échantillon du test, qui peuvent tous deux être des sources d’erreur importantes. Quatre à six intervenants, représentant des professionnels de la santé, mais qui n’ont pas de formation en laboratoire (p. ex. des infirmières, des aides-soignantes et des médecins) doivent participer à l’étude. Les tests doivent être effectués en utilisant uniquement des instructions de référence rapide (QRI); le matériel supplémentaire, tels qu’une vidéo ou une application facilement accessible par l’utilisateur, est encouragé, mais ne doit pas être utilisé pendant l’étude (imitant le pire des scénarios).
  2. Méthode de comparaison : Tous les patients testés au cours de l’étude clinique avec l’instrument « PS » doivent également être testés par un test moléculaire du SRAS-CoV-2 autorisé par la FDA. La méthode de comparaison choisie devrait être l’une des EUA les plus sensibles du site Web de la FDA (étayée par des documents vérifiés par des pairs, des études comparatives testant le matériel de référence de la FDA, etc.) qui utilise une étape de lyse chimique suivie d’une extraction en phase solide de l’acide nucléique. Idéalement, le même comparateur devrait être utilisé pour tous les échantillons. Le comparateur doit être approuvé pour être utilisé avec le type d’échantillon et le milieu de transport (le cas échéant) qui sont testés. Généralement, l’échantillon de soins standard est prélevé en premier, afin de ne pas compromettre les soins médicaux du patient. Après le prélèvement de l’échantillon de soins standard, les échantillons prélevés dans la même zone pour le comparateur et l’instrument du sujet (p. ex. prélèvements nasaux, prélèvements OP, etc.) doivent être randomisés pour éviter d’introduire un biais dû à une distribution inégale du matériau viral. Il n’est peut-être pas nécessaire d’établir un ordre de prélèvement aléatoire lorsque deux sites anatomiques distincts sont évalués (p. ex. la salive par rapport aux prélèvements NP).
  3. Échantillons cliniques : Un total de 30 échantillons positifs prélevés de manière prospective (confirmés par un test autorisé) et 30 échantillons cliniques naturels négatifs doivent être testés (les échantillons cliniques factices ne sont pas acceptables). Les tests doivent être effectués pendant au moins deux semaines. Si un nombre insuffisant de résultats positifs est observé après ce délai (< 30), vous pouvez prélever des échantillons sur un autre site pour les expédier au site de test ou utiliser des échantillons mis en banque pour compléter vos échantillons positifs. Les échantillons mis en banque ne doivent pas être présélectionnés sur la base de la valeur du Ct et doivent être présentés en aveugle (mélangés avec des négatifs) au site de test. Idéalement, la même méthode de comparaison devrait être utilisée pour les échantillons mis en banque et les échantillons prélevés à titre prospectif.

    Un test « PS » moléculaire doit démontrer une concordance positive et négative de ≥ 95 %. Toutefois, une concordance positive de ≥ 80 % peut être envisagée avec des limites appropriées ajoutées à l’utilisation prévue qui atténueraient le risque de faux résultats négatifs. Par exemple, les résultats négatifs peuvent être considérés comme négatifs par présomption si le PPA démontré est inférieur à 95 %.

  4. Notification des autorités de santé publique : Lors de la mise en place de l’étude, vous devez disposer d’une stratégie claire pour communiquer les résultats des tests au CDC et/ou aux autorités locales de santé publique, tant pendant l’étude qu’après son autorisation.
2) Étude clinique post-commercialisation

Si les résultats d’une étude clinique prospective ne sont pas disponibles au moment de l’autorisation du test, les fabricants de nouveaux tests au PS doivent mener une étude clinique prospective post-commercialisation afin de recueillir au moins 30 échantillons cliniques naturels positifs et 30 négatifs pour démontrer le rendement du test par rapport à une méthode de comparaison autorisée par la FDA. Vous devez proposer une conception d’étude post-commercialisation dans votre soumission EUA pour examen et commentaires à la FDA. En général, une conception finale de l’étude sera convenue avant l’autorisation et sera une condition de l’autorisation.

3) Rendement autour de la LdD

Vous devez effectuer les tests avec des échantillons préparés dans la matrice clinique avec la charge virale du SRAS-CoV-2 près de la LdD de votre test. Les tests doivent être effectués par des utilisateurs inexpérimentés aux sites cliniques. Les échantillons à tester doivent être constitués de 10 échantillons faiblement positifs (< 2 x LdD) et de 10 échantillons négatifs (matrice) par site. Les échantillons en aveugle et randomisés doivent être répartis entre les intervenants; nous recommandons que chaque intervenant teste au moins 3 échantillons faiblement positifs et 3 échantillons négatifs intégrés dans le flux de travail du site avec les échantillons cliniques ci-dessus.

4) Études Flex

Les études Flex évaluent la robustesse d’un test effectué avec l’instrument dans sa conception et son format définitif et doivent être réalisées en interne par du personnel ayant été formé à l’utilisation du test. Les études Flex doivent évaluer les sources d’erreur les plus courantes ou les plus probables en fonction des lieux d’utilisation et de la procédure de test. Les études Flex doivent être menées en testant un échantillon négatif et un échantillon faiblement positif (à 1,5 x - 2 x LdD) pour chaque condition évaluée. En général, les études Flex doivent être menées au point de ne pas pouvoir déterminer l’écart maximal qui permettra de générer des résultats précis. Nous recommandons 3 répétitions par condition et par concentration d’échantillon. Il faudra fournir les données de ligne pour chaque condition évaluée. Si des résultats erronés sont observés au cours des études évaluant la robustesse de l’instrument, il faut prévoir une ou plusieurs mesures d’atténuation adéquates.

Chaque étude doit être réalisée selon un protocole d’étude prédéfini qui comprend les éléments suivants :

Des exemples de conditions qui peuvent être évaluées comme des erreurs potentielles de l’utilisateur et des stress environnementaux anticipés (températures et humidité extrêmes) sont présentés ci-dessous :

Veuillez consulter l’annexe A pour des modèles d’étude Flex plus approfondis. Vous trouverez d’autres sources d’information sur les études Flex qui pourraient s’appliquer à votre instrument sur le site web du CDRH de la FDA contenant les résumés des décisions de dérogation à l’obligation de présenter une demande (en anglais seulement).

Panneaux respiratoires multi-analyses dans le cadre des EUA 

Une déclaration d’urgence par le secrétaire du Health and Human Services (HHS) permettant la délivrance d’EUA est généralement spécifique à un agent pathogène ou à une maladie (c’est-à-dire qu’il y a une urgence sanitaire déclarée publiquement impliquant un agent étiologique particulier). Ainsi, pour les tests, la procédure de l’EUA n’est généralement qu’une option pour tester les patients pour cet agent unique dans une situation d’urgence donnée.

Étant donné le chevauchement des signes et symptômes entre le SRAS-CoV-2 et d’autres infections virales respiratoires, y compris la grippe, la FDA a autorisé des panneaux respiratoires multi-analytiques pour la détection qualitative et la différenciation de l’acide nucléique de multiples agents pathogènes, y compris le virus du SRAS-CoV-2. Ces panneaux sont utiles pour détecter et différencier efficacement les multiples agents pathogènes qui sont pertinents pour l’événement/la maladie qui fait l’objet de la déclaration d’urgence spécifique. Ils peuvent également être utiles pour préserver les ressources critiques en matière de tests pendant l’urgence de santé publique en réduisant le nombre de tests, et donc de fournitures, nécessaires par patient.

Pour déterminer s’il convient de délivrer une EUA pour un panneau respiratoire à analyses multiples, la FDA prend en considération :

Si vous demandez une EUA pour un panneau respiratoire multi-analyte, des évaluations analytiques et cliniques pour chaque analyte cible doivent être fournies. Nous vous recommandons de contacter la FDA à l’adresse suivante pour obtenir des commentaires spécifiques sur ce type de demande d’EUA.

1) Ajout du SRAS-CoV-2 aux panneaux respiratoires multi-analytes déjà approuvés par la FDA

Pour ajouter le SRAS-CoV-2 comme cible aux panneaux respiratoires préalablement autorisés par la FDA où les réactifs au SRAS-CoV2 sont analysés dans un puits (ou tube) séparé et où aucune modification n’est nécessaire à la partie autorisée de l’essai, seules des études de validation des réactifs au SRAS-CoV-2 décrits dans ce modèle sont recommandées.

Pour ajouter le SARS-CoV-2 comme cible à des panneaux respiratoires préalablement autorisés par la FDA où les réactifs au SRAS-CoV-2 sont combinés dans le même panneau ainsi que les réactifs pour les analytes préalablement autorisés (dans une réaction multiplex), les études suivantes doivent être menées pour valider les réactifs au SRAS-CoV-2 et les modifications apportées au panneau respiratoire autorisé :

2) Panneaux multi-analytes qui n’ont pas encore été approuvés par la FDA

Pour étayer une EUA pour un panneau respiratoire multi-analyte qui n’a pas été autorisé auparavant par la FDA, des évaluations analytiques et cliniques pour chaque analyte cible doivent être fournies. Les études analytiques suivantes doivent être menées, et les données doivent être fournies à la FDA pour examen :

Rendement clinique :

Pour évaluer le rendement clinique de votre test multi-analyte, une étude clinique prospective doit être menée. Compte tenu des besoins de santé publique dans la présente situation d’urgence, une étude de rendement clinique à l’appui de la soumission pour EUA peut être menée sur un site unique en testant des échantillons cliniques positifs et négatifs archivés avec des types d’échantillons connus. La présélection des échantillons positifs archivés doit représenter une gamme de valeurs de charge virale ou de Ct, y compris les échantillons faiblement positifs proches de la limite du test.

Comme votre instrument n’a pas été homologué par la FDA pour les agents pathogènes respiratoires inclus dans votre test, et qu’il est probable que votre test soit utilisé chez des patients présentant des symptômes respiratoires à la place d’un panneau respiratoire homologué par la FDA, cette dernière a généralement l’intention d’inclure une condition d’autorisation selon laquelle vous devez mener une étude clinique prospective post-EUA. L’étude clinique prospective doit comprendre au moins trois sites de prélèvement d’échantillons et trois sites de tests, en inscrivant de manière prospective les patients présentant des symptômes respiratoires généraux. Vous pouvez envisager de mener une étude clinique prospective dans les pays de l’hémisphère sud pendant leur saison grippale/respiratoire typique afin d’augmenter la probabilité d’obtenir un nombre suffisant d’échantillons positifs (p. ex. pour la grippe, au moins 50 échantillons positifs pour la grippe A et 30 échantillons positifs pour la grippe B) en temps opportun.

Le rendement attendu par la FDA pour le SRAS-CoV-2 est que le PPA et le NPA doivent respectivement > 95 % (avec une limite inférieure de l’intervalle de confiance à 95 % > 85 %); pour la grippe A/B et les autres virus respiratoires, le PPA doit être > 90 % (avec une limite inférieure de l’intervalle de confiance à 95 % > 80 %), et le NPA doit être > 95 % (avec une limite inférieure de l’IC à 95 % > 90 %) par rapport à un test RT-PCR EUA. Nous recommandons de n’utiliser qu’un test RT-PCR EUA à haute sensibilité qui utilise une étape de lyse chimique suivie d’une extraction en phase solide de l’acide nucléique (par exemple, extraction des billes de silice).

Nous vous recommandons de soumettre un rapport Pré-EUA avec un aperçu des études que vous comptez mener pour obtenir l’autorisation de la FDA ou de contacter la FDA à l’adresse suivante CDRH-EUA-Templates@fda.hhs.gov pour obtenir des commentaires spécifiques.

Déclarer des instruments et/ou des méthodes d’extraction multiples 

La FDA recommande la validation analytique et clinique suivante pour l’utilisation d’instruments et/ou de méthodes d’extraction multiples lorsque les volumes d’élution des méthodes d’extraction et les volumes de PCR sur les différents instruments de RT-PCR sont identiques.

Pour tous les autres instruments RT-PCR, vous devez utiliser la conception d’étude de LdD adaptative suivante :

Remarque : S’il y a des différences dans le volume d’entrée del’extraction, le volume d’élution de l’extraction et le volume d’entrée de la PCR (acide nucléique extrait), alors la LdD doit être confirmée pour chacun.

K. Besoin non satisfait auquel répond ce produit

Cette section sera remplie par la FDA.

L. Produits de substitution autorisés/certifiés

Actuellement, aucune méthode de détection du SRAS-CoV-2 n’a été approuvée/autorisée par la FDA.

M. Avantages et risques

Cette section sera remplie par la FDA.

N. Fiche d’information pour les professionnels de la santé et les patients

Inclure les fiches d’information proposées pour les patients et les professionnels de la santé - Voir des exemples de tests EUA autorisés sur notre site Web. Des modèles seront mis à disposition.

O. Mode d’emploi/étiquetage proposé/notice d’accompagnement du produit

Inclure le mode d’emploi, les étiquettes des boîtes, des flacons et tout autre étiquetage proposé.

P. Tenue des registres et communication des renseignements à la FDA

[Nom du fabricant] assurera le suivi des événements indésirables et fera rapport à la FDA en vertu du titre 21 CFR Part 803. Un site Web est disponible pour signaler les événements indésirables, et ce site est mentionné dans la fiche d’information destinée aux professionnels de la santé ainsi que sur le site Web du soutien technique du [Nom du fabricant] : [Inclure lien au site Web]. Chaque rapport d’événement indésirable sera traité conformément aux exigences de rapport de non-conformité de [Nom du fabricant] et les rapports sur les instruments médicaux seront déposés auprès de la FDA selon les besoins. Grâce à un processus de contrôle de l’inventaire, [Nom du fabricant] tiendra également des dossiers sur l’utilisation/l’achat des instruments. [Nom du fabricant] recueillera des renseignements sur le rendement du test et signalera à la FDA tout soupçon de résultats faussement positifs ou faussement négatifs dont [Nom du fabricant] aura connaissance. [Nom du fabricant] conservera les dossiers associés à la présente EUA et veillera à ce que ces dossiers soient conservés jusqu’à ce qu’il soit notifié par la FDA. Ces dossiers seront mis à la disposition de la FDA pour inspection sur demande.

Annexe A : Détails sur la conception de l’étude Flex. Effectuer selon ce qui est applicable à l’instrument

Si des résultats erronés sont observés dans les conditions du test, le promoteur doit mettre en œuvre des mesures d’atténuation adéquates pour éviter la communication de résultats erronés.

Temps de lecture

Nous recommandons d’évaluer les résultats des tests à des heures de lecture quatre fois inférieures et trois fois supérieures à l’heure de lecture recommandée. Par exemple, pour un test où le temps de lecture recommandé est de 20 minutes, des temps de lecture seraient effectués pour évaluer au moins des temps de lecture de 5, 10, 15, 20, 30 et 60 minutes.

Volume des échantillons 

Nous recommandons d’évaluer les résultats des tests à des volumes d’échantillons deux fois inférieurs et deux fois supérieurs au volume d’échantillons recommandé, et d’ajouter le maximum possible. Par exemple, pour un test où le volume d’échantillon recommandé est de 10 µl, le test de volume d’échantillon doit être effectué pour évaluer au moins les volumes d’échantillon de 5, 10, 20 µl, et le volume maximum. Si des résultats incorrects sont observés à 5 ou 20 µl, des tests supplémentaires à 7,5 et/ou 15 µl peuvent être nécessaires. La quantité de diluant/tampon ajoutée doit être celle spécifiée dans le mode d’emploi.

Volume de l’échantillon de diluant

Nous recommandons d’évaluer les résultats des tests à des volumes de dilution/tampon deux fois inférieurs et deux fois supérieurs au volume de dilution/tampon recommandé et au volume maximum. Par exemple, pour un test où le volume de tampon/diluant recommandé est de 2 gouttes, un test de volume de diluant d’échantillon serait effectué pour évaluer au moins les volumes de diluant d’échantillon de 1, 2, 3, 4 gouttes et le flacon tout entier. Le volume de l’échantillon ajouté doit être celui spécifié dans le mode d’emploi.

Élution de l’échantillon

Il est recommandé d’évaluer comment le mélange du prélèvement dans le tampon d’élution (ou autre réactif) affecte les résultats. Vous devez évaluer tous les extrêmes, du non-mélange à l’agitation vigoureuse, en passant par la production de bulles ainsi que le mélange intermédiaire, c’est-à-dire en faisant tourbillonner 1 ou 2 fois, au lieu du nombre prescrit dans les instructions.

Température et humidité 

Nous recommandons d’évaluer les résultats des tests aux extrêmes de température et d’humidité qui sont susceptibles de se produire aux États-Unis. Par exemple, 40° C et 95 % d’humidité relative, imitant les climats chauds et humides, et 5° C et 5 % d’humidité relative, imitant les climats froids et secs.

Éclairage 

Il est recommandé d’évaluer les résultats des tests dans les différentes conditions d’éclairage auxquelles on pourrait s’attendre lors de l’utilisation de l’instrument, pour les instruments de lecture visuelle. Par exemple, l’éclairage fluorescent, incandescent et naturel imitant l’environnement extérieur.

Perturbation pendant l’analyse

Vous devez évaluer l’effet sur les résultats attendus du déplacement de l’instrument pendant le test. Cela pourrait comprendre l’abandon du test pendant son exécution, le déplacement du test sur une autre surface, la déconnexion du test, la réception d’un appel téléphonique pendant que l’application mobile est en cours d’exécution, etc.

Orientation de l’instrument

Il est recommandé d’évaluer les caractéristiques uniques des instruments, telles que déterminées par une sérieuse analyse des risques. Par exemple, si l’instrument est destiné à être utilisé verticalement, l’évaluation des résultats des tests si l’instrument est utilisé horizontalement, ou vice versa.

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