Ligne directice à l'intention de l'industrie : Définitions d'un biomarqueur génomique, de la pharmacogénomique, de la pharmacogénétique et des catégories de codage des échantillons et des données génomiques – ICH thème E15

Le 13 août 2008

Notre référence: 08-119122-123

L'adoption pour l'ICH^{Note de bas de page 1} ligne directrice: Définitions d'un biomarqueur génomique, de la pharmacogénomique, de la pharmacogénétique et des catégories de codage des échantillons et des données génomiques - ICH thème E15

Santé Canada a le plaisir d'announce l'adoption de cette ligne directrice de l'ICH Définitions d'un biomarqueur génomique, de la pharmacogénomique, de la pharmacogénétique et des catégories de codage des échantillons et des données génomiques (E15).

Cette ligne directrice a été élaborée par un groupe d'experts de l'ICH et a fait l'objet de consultations, menées par les organismes de réglementation, conformément au processus de l'ICH. Le Comité directeur de l'ICH en a approuvé la version finale et en a recommandé l'adoption par les organismes de réglementation de l'Union européenne, du Japon et des États-Unis.

En adoptant cette ligne directrice de l'ICH, Santé Canada fait siens les principes et les pratiques qui y sont énoncés. Ce document doit être lu en parallèle avec cette d'avis d'accompagnement et les sections pertinentes des autres lignes directrices applicables du Santé Canada, incluant la ligne directrice de Santé Canada intitulée Présentation de l'information pharmacogénomique.

Santé Canada est conscient que la portée et l'objet de ses lignes directrices actuelles peuvent ne pas toujours correspondre en totalité à ceux des lignes directrices de l'ICH qui sont introduites dans le cadre de l'engagement du Santé Canada envers l'harmonisation à l'échelle internationale et le Processus de l'ICH. Dans de tels cas, les lignes directrices de l'ICH adoptées par du Santé Canada auront préséance.

Santé Canada a pris l'engagement d'éliminer ces incohérences par la mise en oeuvre d'un plan de travail graduel qui examinera l'impact lié à l'adoption des lignes directrices de l'ICH. Ce processus aboutira à la modification ou, si les révisions à apporter sont trop nombreuses, au retrait de certaines lignes directrices du Santé Canada.

Plusieurs lignes directrices, incluant celle-ci, sont disponibles sur le site Internet de Santé Canada.

Si vous avez des questions ou commentaires concernant cette ligne directrice, veuillez communiquer avec :

Pour les médicaments
Division de la gestion de projets réglementaires
Bureau de la transformation des processus opérationnels
Direction des produits thérapeutiques
Téléphone : 613-954-6481
Télécopieur : 613-952-9310
Courriel : RPM_Division-GPR_Division@hc-sc.gc.ca

Pour les produits biologiques
Division des affaires réglementaires
Centre des politiques et des affaires réglementaires
Direction des produits biologiques et des thérapies génétiques
Téléphone : 613-957-1722
Télécopieur : 613-941-1708
Courriel : BGTD_RAD_Enquiries@hc-sc.gc.ca

Pour les instruments médicaux
Division des services d'homologation
Bureau des matériels médicaux
Direction des produits thérapeutiques
Téléphone : 613-957-7285
Télécopieur : 613-941-4726
Courriel : mgr-lsd_mdbtpd@hc-sc.gc.ca

Pour les produits de santé commercialisés
Direction des produits de santé commercialisés
Téléphone : 613-954-6522
Télécopieur : 613-952-7738
Courriel : MHPD_DPSC@hc-sc.gc.ca

Ligne directrice

Définitions d'un biomarqueur génomique, de la pharmacogénomique, de la pharmacogénétique et des catégories de codage des échantillons et des données génomiques,
ICH thème E15

Date d'adoption 2008/04/03

Date d'entrée en vigueur 2008/07/29

Avant-propos

La présente ligne directrice a été élaborée par un groupe d'experts de l'ICH et a fait l'objet de consultations, menées par les organismes de réglementation, conformément au processus de l'ICH. Le Comité directeur de l'ICH en a approuvé la version finale et en a recommandé l'adoption par les organismes de réglementation de l'Union européenne, du Japon et des États-Unis.

En adoptant cette ligne directrice de l'ICH, Santé Canada fait siens les principes et les pratiques qui y sont énoncés. Ce document devrait être lu en parallèle avec l'avis d'accompagnement et les sections pertinentes des autres lignes directrices qui s'appliquent.

Les lignes directrices sont des documents destinés à guider l'industrie et les professionnels de la santé sur la façon de se conformer aux politiques et aux lois et règlements qui régissent leurs activités. Elles servent également de guide au personnel lors de l'évaluation et de la vérification de la conformité et permettent ainsi d'appliquer les mandats d'une façon équitable, uniforme et efficace.

Les lignes directrices sont des outils administratifs n'ayant pas force de loi, ce qui permet une certaine souplesse d'approche. Les principes et les pratiques énoncés dans le présent document pourraient être remplacés par d'autres approches, à condition que celles-ci s'appuient sur une justification scientifique adéquate. Ces autres approches devraient être examinées préalablement en consultation avec le programme concerné pour s'assurer qu'elles respectent les exigences des lois et des règlements applicables.

Corollairement à ce qui précède, il importe également de mentionner que Santé Canada se réserve le droit de demander des renseignements ou du matériel supplémentaire, ou de définir des conditions dont il n'est pas explicitement question dans la ligne directrice, et ce, afin que le ministère puisse être en mesure d'évaluer adéquatement l'innocuité, l'efficacité ou la qualité d'un produit thérapeutique donné. Santé Canada s'engage à justifier de telles demandes et à documenter clairement ses décisions.

Table des matières

• 1. Introduction
  • 1.1 Objectif de la ligne directrice
  • 1.2 Contexte
  • 1.3 Portée de la ligne directrice
• 2. Ligne directrice
  • 2.1 Biomarquer génomique
    • 2.1.1 Définition
    • 2.1.2 Renseignements additionnels
      
  • 2.2 Pharmacogénomique et pharmacogénétique
    • 2.2.1 Définitions
    • 2.2.2 Renseignements additionels
      
  • 2.3 Catégories de codage des échantillons et des données génomiques
    • 2.3.1 Données et échantillons identifiés
    • 2.3.2 Données et échantillons codés
    • 2.3.3 Données et échantillons anonymisés
    • 2.3.4 Données et échantillons anonymes
    • 2.3.5 Renseignements additionnels
• Tableau 1 : Résumé des catégories de codage des données et des échantillons génomiques

1. Introduction

1.1 Objectif de la ligne directrice

Afin d'harmoniser les stratégies de réglementation des médicaments, il importe de s'assurer que des définitions de termes uniformes sont utilisées par tous les participants à l'ICH. Une entente globale sur les définitions facilitera l'intégration de la pharmacogénomique et de la pharmacogénétique dans les processus globaux de développement et d'approbation des médicaments.

1.2 Contexte

La pharmacogénomique et la pharmacogénétique permettent de faciliter la découverte, le développement et l'utilisation des médicaments. Chacune des régions de la CIH a publié des lignes directrices spécifiques et théoriques sur la pharmacogénomique et la pharmacogénétique, et elles sont en train de développer d'autres documents sur le sujet. Cependant, les autorités réglementaires, les comités d'éthique et les promoteurs risquent d'employer des termes divergents dans la documentation et les lignes directrices, et de les interpréter différemment vu le manque d'uniformité des définitions des nombreux termes couramment utilisés.

1.3 Portée de la ligne directrice

La présente ligne directrice contient les définitions des termes clés utilisés en pharmacogénomique et en pharmacogénétique, notamment celle d'un biomarqueur génomique, de la pharmacogénomique, de la pharmacogénétique ainsi que la définition des catégories de codage des échantillons et des données génomiques. Les processus de validation et de qualification des biomarqueurs génomiques, les données relatives à leur utilisation envisagée et les différents critères d'acceptation utilisés dans les diverses régions de l'ICH dépassent le cadre de la présente ligne directrice. Cette dernière sera révisée, s'il y a lieu, pour inclure de l'information sur de nouvelles découvertes scientifiques dans le domaine de la pharmacogénomique et de la pharmacogénétique.

2. Ligne directrice

Les définitions d'un biomarqueur génomique, de la pharmacogénomique, de la pharmacogénétique ainsi que la définition des différentes catégories de codage des échantillons et des données génomiques, se trouvent ci-dessous. La définition de la constitution d'un biomarqueur génomique est présentée en premier lieu puisqu'elle est essentielle à la compréhension des définitions de la pharmacogénomique et de la pharmacogénétique. Des renseignements additionnels et utiles à la compréhension de certains aspects abordés dans chacune des définitions sont également fournis. Certains des principes décrits dans cette ligne directrice pourraient s'appliquer à la protéomique, à la métabolomique ainsi qu'à d'autres disciplines connexes.

2.1 Biomarquer génomique

2.1.1 Définition

Un biomarqueur génomique désigne :

Une caractéristique mesurable de l'ADN et/ou de l'ARN qui est un indicateur des processus biologiques normaux, des processus pathogènes et/ou de la réponse à des interventions thérapeutiques ou autres.

2.1.2 Renseignements additionnels

1. Un biomarqueur génomique pourrait, par exemple, être une mesure de :
   • L'expression d'un gène;
   • La fonction d'un gène;
   • La régulation d'un gène.
2. Un biomarqueur génomique peut consister d'une ou plusieurs caractéristiques de l'acide désoxyribonucléique (ADN) et/ou de l'acide ribonucléique (ARN).
3. Les caractéristiques de l'ADN comprennent, entre autres:
   • Les polymorphismes mononucléotidiques (SNPs);
   • La variabilité de courtes séquences répétées;
   • Les haplotypes;
   • Les modifications de l'ADN, p. ex., méthylation;
   • Les délétions ou insertions d'un (de) mononucléotide(s);
   • Les variations dans le nombre de copies;
   • Les réarrangements cytogénétiques, p. ex., translocations, duplications, délétions ou inversions.
4. Les caractéristiques de l'ARN comprennent, entre autres:
   • Les séquences d'ARN;
   • Les niveaux d'expression de l'ARN;
   • Les modifications de l'ARN, p. ex. épissage et édition;
   • Les concentrations de micro-ARN.
5. La définition d'un biomarqueur génomique ne se limite pas aux échantillons humains. Elle s'applique aussi aux échantillons de virus et d'agents infectieux de même qu'aux échantillons d'origine animale; autrement dit, elle est applicable aux biomarqueurs génomiques utilisés dans les études non cliniques et/ou toxicologiques.
6. La définition d'un biomarqueur génomique n'inclue pas la mesure et la caractérisation des protéines ou des métabolites à faible poids moléculaire.

2.2 Pharmacogénomique et pharmacogénétique

2.2.1 Définitions

2.2.1.1 Pharmacogénomique

La pharmacogénomique (PGx) désigne:

L'étude des variations des caractéristiques de l'ADN et de l'ARN en réponse à un médicament.

2.2.1.2 Pharmacogénétique

La pharmacogénétique (PGt) est une subdivision de la pharmacogénomique (PGx) et désigne:

L'étude des variations dans la séquence d'ADN en réponse à un médicament.

2.2.2 Renseignements additionels

1. Le terme médicament devrait être considéré comme un synonyme de produit (médicinal) expérimental, de médication et de produit pharmaceutique (y compris les vaccins et d'autres produits biologiques).
2. La PGx et la PGt s'appliquent aux activités telles qu'a la découverte de médicaments, au développement de médicaments et à la pratique clinique.
3. La réponse à un médicament englobe les processus d'absorption et d'élimination du médicament (p. ex., la pharmacocinétique (PK)), de même que les effets pharmacologiques (p. ex., la pharmacodynamique (PD), l'efficacité  et les effets indésirables du médicament).
4. Les définitions de la PGx et de la PGt ne s'appliquent pas à d'autres disciplines comme la protéomique et la métabolomique.

2.3 Catégories de codage des échantillons et des données génomiques

La recherche en PGx et en PGt repose sur l'utilisation d'échantillons biologiques pour générer des données. Une définition harmonisée du codage de ces échantillons et des données générées facilitera la recherche et le développement de nouveaux médicaments.

Il existe quatre catégories générales de codage : identifié, codé, anonymisé et anonyme. Les données ou échantillons codés peuvent être désignés par un code unique ou un double code.

Les répercussions de l'usage d'une catégorie spécifique de codage des données et des échantillons devraient être prises en considération lors de la conception d'études scientifiques en PGx et PGt.

Certaines répercussions sont présentées dans la section qui suit et sont résumées dans le tableau 1.

2.3.1 Données et échantillons identifiés

Les données et échantillons identifiés sont étiquetés avec des identificateurs personnels comme le nom ou des numéros d'identification (p. ex., numéro de sécurité sociale ou numéro d'assurance social). Comme il est possible de retracer directement un sujet à partir des échantillons et des données générée, certaines mesures peuvent être prises, par exemple, retirer un échantillon ou retourner les résultats au sujet lorsqu'il en fait la demand. L'emploi de données et d'échantillons identifiés permet d'exercer une surveillance clinique, d'effectuer le suivi d'un sujet et d'ajouter de nouvelles données relatives au sujet. Ce type d'identification assure la protection des renseignements personnels et confidentiels et est comparable à la confidentialité générale des soins de santé dans la pratique médicale quotidienne. En générale, les données et échantillons identifiés ne parviennent pas à répondre aux objectifs des essais cliniques en développement du médicament.

2.3.2 Données et échantillons codés

Les données et échantillons codés sont étiquetés avec un code spécifique du moins et ne portent aucun identificateur personnel.

2.3.2.1 Données et échantillons à codage unique

Généralement, les données et échantillons à codage unique ne sont étiquetés qu'avec un seul code spécifique et n'ont aucun identificateur personnel. Il est possible, à partir des données ou des échantillons, de remonter jusqu'à un individu précis en utilisant une seule clé de codage. En général, le chercheur clinicien est responsable de conserver de la clé de codage. Comme les échantillons et les données générées peuvent être indirectement reliés à un sujet par la clé de codage, il est possible de prendre des mesures, p. ex., de retirer un échantillon ou de retourner les résultats au sujet lorsqu'il en fait la demande. L'utilisation de données et d'échantillons à codage unique permet d'exercer une surveillance clinique, d'effectuer le suivi d'une sujet ou d'ajouter de nouvelles données relatives au sujet. L'emploi du codage unique est la pratique courante standard en recherche clinique et garanti une protection additionnelle de l'identité des sujets comparativement à la confidentialité générale des soins de santé et protège les renseignements personnels dans la pratique médicale guotidienne.

2.3.2.2 Données et échantillons à codage double

Les données et échantillons à codage double sont initialement étiquetés avec un seul code spécifique et n'incluente aucun identificateur personnel. Les données et échantillons sont ensuite réétiquetés avec un second code, étant lié au premier, et ce, par une deuxième clé de codage. Il est possible, à partir des données ou des échantillons, de remonter à un individu précis en utilisant les deux clés de codage. En général, le chercheur clinicien est responsable du maintien de la première clé de codage et n'a pas accès à la seconde. Comme les deux clés de codage permettent très indirectement de retracer le sujet, il peut être possible de prendre des mesures, p. ex., de retirer un échantillon ou de retourner des résultats au sujet lorsqu'il en fait la demande. Toutefois, d'autres mécanismes électroniques ou techniques peuvent être ajoutés en vue de limiter la capacité de retracer un sujet donné à partir d'un résultat génotypique. Par exemple, un processus informatique spécifique peut permettre l'ajout de nouvelles données sur un sujet mais empêcher de relier les données génotypiques à l'identificateur personnel du sujet. L'emploi de données et d'échantillons à codage double permet d'exercer une surveillance clinique, d'effectuer le suivi d'un sujet ou d'ajouter de nouvelles données relatives au sujet. L'utilisation du second code assure une confidentialité et une protection des renseignements personnels additionnelles par rapport à l'usage d'un code unique. Il faut avoir accès aux deux clés de codage pour relier des données et des échantillons à un identificateur personnel.

2.3.3 Données et échantillons anonymisés

Les données et échantillons anonymisés sont initialement à codage unique ou à codage double, cependant le lien entre les identificateurs d'un sujet et le(s) code(s) particulier(s) est par la suite supprimé. Une fois que le lien a été supprimé, il n'est plus possible de retracer des sujets précis à partir des données et des échantillons en utilisant la ou les clés de codage. L'anonymisation vise à empêcher la réidentification des sujets. Comme les échantillons et données générées anonymisés ne permettent pas de remonter jusqu'aux sujets, il n'est pas possible de prendre des mesures afin de, p. ex., retirer un échantillon ou de retourner les résultats au sujet, même lorsqu'il en fait la demande. Le recours à des données et à des échantillons anonymisés ne permet pas d'exercer une surveillance clinique, d'effectuer le suivi d'un sujet ni d'ajouter de nouvelles données relatives à un sujet. La suppression de la ou des clés de codage reliant les données et échantillons aux identificateurs d'un sujet assure une confidentialité et une protection des renseignements personnels additionnelles par rapport à celles offertes par les données et échantillons codés, car il n'est plus possible de réidentifier les sujets en utilisant les clés de codage.

2.3.4 Données et échantillons anonymes

Les données et échantillons anonymes ne sont pas étiquetés avec des identificateurs personnels lorsqu'ils sont initialement recueillis, et aucune clé de codage n'est générée. Il est donc impossible de retracer des sujets précis à partir des échantillons et des données génomiques. Dans certains cas, seules des données cliniques limitées peuvent être associées à des échantillons anonymes (p. ex., échantillons de sujets diabétiques, de sexe masculin, âgés de 50 à 55 ans, dont le cholestérol est > 240 mg/dL). Puisqu'il n'est pas possible de remonter aux sujets à partir des échantillons et des données générées anonymes, il est impossible de prendre certaines mesures, p. ex., de retirer un échantillon ou de retourner des résultats au sujet, même lorsqu'il en fait la demande. L'utilisation de données et d'échantillons anonymes ne permet pas d'exercer une surveillance clinique, d'effectuer le suivi d' un sujet ni d'ajouter de nouvelles données.

2.3.5 Renseignements additionnels

L'utilisation d'une catégorie de codage spécifique pour obtenir le consentement éclairé des sujets dépasse du cadre de la présente ligne directrice et ne sera pas abordée.

Les conditions par lesquelles des données génomiques peuvent être reliées aux identificateurs personnels d'un sujet, peu importe l'objectif, devraient être décrites dans différents documents de recherche, p.ex. le formulaire de consentement éclairé.