Page 10 : Recommandations au sujet de la qualité des eaux utilisées à des fins récréatives au Canada – Troisième édition

Partie II : Documentation technique

5.0 Microorganismes pathogènes

Recommandations

Aucune valeur de recommandation ne peut être définie pour les microorganismes pathogènes d'origine hydrique présents dans les eaux récréatives. Des tests de dépistage doivent être réalisés dans celles-ci lorsque les données épidémiologiques ou autres le justifient.

Contexte

Bactéries, virus et protozoaires sont les trois principaux types de microorganismes pathogènes qui peuvent vivre dans les eaux à vocation récréative. La présence de nombre d'entre eux résulte de la contamination des eaux par des déchets humains ou animaux, tandis que d'autres sont des microorganismes libres naturellement présents dans les milieux aquatiques à vocation récréative.

La détection des microorganismes pathogènes dans les eaux récréatives présente actuellement des défis trop grands pour qu'on puisse recommander qu'elle fasse partie d'un programme de surveillance régulier. Seules des circonstances spéciales, comme des enquêtes sur l'éclosion de maladies d'origine hydrique, justifient la mise en place d'une surveillance.

Les indicateurs fécaux comme E. coli et les entérocoques sont les meilleurs substituts disponibles pour prévoir la présence de microorganismes entériques pathogènes. Leur détection laisse présager la présence possible de ces microorganismes. Toutefois, l'absence des indicateurs fécaux recommandés ne signifie pas nécessairement qu'il n'y a pas d'organismes pathogènes. Bien qu'on ne puisse éliminer totalement le risque de maladies d'origine hydrique, une gestion des eaux récréatives fondée sur une approche à barrières multiples contribue à minimiser le risque d'exposition humaine aux pathogènes (bactéries, virus et protozoaires) présents dans les eaux récréatives.

Des informations sont fournies sur les pathogènes reconnus comme étant potentiellement préoccupants dans les eaux récréatives du Canada. Cette liste ne se prétend pas exhaustive et les autorités compétentes souhaiteront peut-être fournir des informations sur d'autres organismes qu'elles jugent importants compte tenu des circonstances régionales. Des informations complémentaires sur nombre de ces organismes sont données dans les documents techniques des Recommandations pour la qualité de l'eau potable au Canada.

5.1 Bactéries pathogènes

Nombre de bactéries pathogènes sont susceptibles d'être présentes dans les eaux récréatives du Canada. On trouve des bactéries entériques pathogènes dans les eaux contaminées par des déchets fécaux d'origine humaine ou animale. Les sources comprennent notamment les rejets d'eaux usées, les trop-pleins d'égout unitaire, les eaux pluviales, les fosses septiques défectueuses et les baigneurs contaminés. Certaines de ces bactéries sont des agents zoopathogènes, ce qui explique que les déjections animales et le ruissellement pluvial provenant de zones fréquentées par des animaux constituent également des sources importantes. La transmission intervient par la voie fécale-orale, suite à l'ingestion accidentelle d'eau contaminée. Les symptômes gastro-intestinaux comptent parmi les manifestations morbides les plus communes en cas d'infection par des bactéries entériques pathogènes. Certains pathogènes peuvent provoquer des maladies ayant des conséquences plus graves. E. coli et les entérocoques sont les meilleurs indicateurs disponibles de la présence possible de bactéries entériques pathogènes.

D'autres bactéries pathogènes sont des espèces libres ou susceptibles de s'introduire dans les eaux naturelles par des voies autres que la contamination fécale. La transmission peut survenir dans des eaux contenant des quantités suffisantes de ces organismes, en règle générale par inhalation ou par contact direct avec le corps. Les maladies peuvent être de types variés, allant d'affections respiratoires à des infections des yeux, des oreilles ou de la peau. Comme il ne s'agit pas d'organismes d'origine fécale, il ne faut pas s'attendre à une bonne corrélation entre les indicateurs fécaux et la présence de ces bactéries. À l'heure actuelle, il n'existe aucun indicateur microbiologique reconnu pour nombre de ces pathogènes.

5.1.1 Bactéries entériques pathogènes (Campylobacter, E. coli pathogènes, Salmonella, Shigella)
Campylobacter

Les Campylobacter sont des bacilles Gram négatif, mobiles, asporulés, incurvés, en spirale ou en forme de S. Ils sont thermophiles (leurs conditions idéales de croissance se situent à 42 °C et ils ne peuvent se développer en dessous de 30 °C) et méso-aérophiles (à savoir qu'ils survivent le plus facilement dans des conditions partiellement anaérobies). Le genre Campylobacter compte 15 espèces; toutefois, C. jejuni et C. coli sont celles qui sont principalement préoccupantes pour la santé humaine en milieu aquatique.

Les Campylobacter sont majoritairement considérés comme des agents zoopathogènes (Fricker, 2006). Ils sont présents dans les intestins d'une large gamme d'animaux domestiques et sauvages, notamment les oiseaux. La volaille est considérée comme la principale source aviaire, l'organisme ayant été isolé dans la quasi-totalité des espèces (Fricker, 2006). Il est probable qu'une proportion importante d'oiseaux de mer en sont aussi porteurs (Moore et coll., 2002; Pond, 2005). On considère également les bovins, les ovins et les porcins comme étant des réservoirs de ces pathogènes.

Les mécanismes exacts de la virulence des Campylobacter ne sont pas totalement expliqués. La fixation dans l'intestin et la colonisation de ce dernier chez l'humain sont des facteurs étiologiques importants. Il a été rapporté que C. jejuni peut produire une entérotoxine du même type que celle du choléra qui serait à l'origine d'abondantes diarrhées liquides chez les individus malades.

Les symptômes de l'entérite à Campylobacter comprennent des débâcles diarrhéiques aqueuses (sanglantes ou non et avec ou sans leucocytes fécaux), des crampes, des douleurs abdominales, des frissons et de la fièvre. La période moyenne d'incubation est de deux à trois jours, mais elle peut durer de un à huit jours (Percival et coll., 2004). En règle générale, la maladie évolue spontanément vers la guérison qui intervient après trois à sept jours. Selon les estimations, le nombre de cellules qui doivent être ingérées pour entraîner une infection pourrait être de l'ordre de 500 à 1 000, dans l'hypothèse basse, et aller jusqu'à 104 organismes dans l'hypothèse haute (Percival et coll., 2004; Pond, 2005). En ce qui concerne les pathogènes de manière générale, la théorie veut qu'un seul organisme suffise pour provoquer une infection chez l'humain. Les études épidémiologiques ont toutefois montré que la dose requise est généralement plus importante.

Certaines complications (syndrome de Guillain-Barré, syndrome de Reiter, appendicite, cardite et méningite) ont été associées à l'entérite à Campylobacter; il s'agit cependant de cas jugés rares. Les cas de décès dus à des infections à Campylobacter sont peu fréquents et sont majoritairement limités aux nourrissons, aux personnes âgées ou aux individus souffrant d'autres maladies (Pond, 2005).

Bien que les Campylobacter spp. puissent être assez fréquemment isolés dans les eaux de surface, il n'y a eu quasiment aucun cas de maladies déclarées qui leur soit associé du fait d'activités menées dans des eaux récréatives d'Amérique du Nord. Les CDC ont indiqué que les Campylobacter spp. n'ont jamais été mis en cause dans les éclosions de gastro-entérite signalées dans les eaux récréatives de ce pays entre 1992 et 2002 (Craun et coll., 2005). De même, aucune éclosion de campylobactériose n'a été enregistrée dans les eaux canadiennes à vocation récréative.

E. coli pathogènes

E. coli est un bacille Gram négatif, mobile, anaérobie facultatif et asporulé qui est naturellement présent dans l'intestin des humains et des animaux. La grande majorité des isolats d'E. coli est sans danger; en revanche, quelques sérotypes ou souches sont dotés de facteurs de virulence qui en font des agents pathogènes pour l'humain. Les souches entériques pathogènes se divisent en six catégories en fonction de leur sérologie ou de leurs caractéristiques de virulence; on reconnaît les souches entérohémorragiques (EHEC), entérotoxigènes (ETEC), entéroinvasives (EIEC), entéropathogènes (EPEC), entéroagrégatives (EAEC) et à adhérence diffuse (DAEC). Les eaux usées domestiques constituent la principale source pour l'ensemble des groupes pathogènes d'E. coli les plus importants, à l'exception des EHEC. En ce qui concerne ces derniers, les bovins sont considérés comme la source principale, une autre source importante étant les excréments humains.

Parmi ces catégories, ce sont les EHEC (communément appelés E. coli producteurs de vérotoxines [VTEC] ou E. coli producteurs de Shiga-toxines [STEC]) qui sont les plus importants pour les eaux récréatives (Craun et coll., 2005). E. coli O157:H7 est le plus important sérotype de ce groupe; il a été mis en cause dans de nombreuses éclosions infectieuses survenues dans les eaux récréatives (Craun et coll., 2005).

Les souches EHEC sont dotées d'un facteur de virulence important, à savoir leur capacité à produire des Shiga-toxines semblables à celles produites par Shigella dysenteriae. Les infections à EHEC provoquent des colites hémorragiques, caractérisées par des diarrhées très sanglantes, de fortes crampes et douleurs abdominales, et une absence fréquente de fièvre. La période d'incubation va de un à huit jours (Percival et coll., 2004; Pond, 2005), tandis que l'infection peut durer de un à 12 jours (Percival et coll., 2004). En général, les personnes souffrant uniquement de diarrhées se remettent totalement (Pond, 2005). Selon les estimations, 2 à 8 % de l'ensemble des cas évoluent vers ce qu'on appelle un syndrome hémolytique urémique (SHU), une affection qui menace le pronostic vital par destruction massive des globules rouges et insuffisance rénale. Les enfants, les personnes âgées et les individus immunodéprimés risquent davantage d'évoluer vers ce syndrome.

On considère que l'ingestion d'un très petit nombre de cellules EHEC suffit à provoquer l'infection. D'après les estimations générales concernant le caractère infectieux de la souche E. coli O157:H7, il suffirait d'une centaine de cellules (Percival et coll., 2004), et 50, voire même cinq organismes, pourraient à eux seuls déclencher la maladie (Pond, 2005).

Selon des données de surveillance publiées par les CDC pour la période 1992-2002, les souches EHEC ont été associées à 25 % (16 sur 64) du nombre total d'éclosions de maladies gastro-intestinales signalées en rapport avec les eaux naturelles (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). Le sérotype E. coli O157:H7 a été mis en cause dans 14 de ces 16 éclosions. Les deux autres étaient dues aux sérotypes O121:H19 et O26:NM.

En août 2001, une maladie due à E. coli O157:H7 a frappé quatre enfants qui s'étaient baignés dans une plage publique de Montréal (Bruneau et coll., 2004). Il s'agissait du premier incident impliquant le sérotype E. coli O157:H7 signalé en rapport avec des activités récréatives dans les eaux canadiennes. Il a été établi que les échantillons d'eau prélevés toutes les semaines à l'époque de l'éclosion entraient dans les limites définies par la Province de Québec pour la qualité des eaux récréatives. On a avancé que la transmission de ces organismes a pu être favorisée par le nombre important de baigneurs et la faible profondeur de l'eau dans la zone de baignade. À ce jour, aucun cas de décès n'a été rapporté suite à une infection par les E. coli pathogènes contractée à l'occasion d'activités récréatives dans les eaux naturelles des États-Unis ou du Canada.

Salmonella

Les Salmonella appartiennent à la famille des Entérobactériacés. Ce sont des bacilles Gram négatif mobiles, anaérobies facultatifs et asporulés. La taxonomie du genre Salmonella est extrêmement complexe. À l'heure actuelle, plus de 2 500 sérotypes (ou sérovars) de Salmonella ont été dénombrés (Lightfoot, 2004). Le genre serait officiellement composé de deux espèces : S. enterica et S. bongori (Percival et coll., 2004). L'espèce S. enterica compte six sous-espèces : enterica, salmae, arizonae, diarizonae, houtenae et indica. La plupart des sérotypes rencontrés dans les cas de gastro-entérite chez l'humain appartiennent à la sous-espèce S. enterica enterica (Lightfoot, 2004). Compte tenu de la complexité de la nomenclature, le sérotype est utilisé par convention au lieu du nom d'espèce lorsqu'on fait référence aux Salmonella. En conséquence, on utilise S. enteritidis plutôt que S. enterica enterica sérovar enteritidis.

Sauf pour les espèces typhoïdes (S. typhi, S. paratyphi), les Salmonella sont considérés comme des agents zoopathogènes. Les réservoirs d'espèces non typhoïdes sont notamment la volaille, les porcins, les oiseaux, les bovins, les rongeurs, les tortues, les chiens et les chats (Percival et coll., 2004). Les humains en convalescence peuvent également constituer une source de Salmonella, et des infections asymptomatiques sont également possibles chez l'humain. En revanche, les humains sont considérés comme la principale source de S. typhi et de S. paratyphi. Il est rare que ces isolats soient présents chez des animaux ou dans le milieu naturel, notamment au Canada.

La gastro-entérite est de loin le type de maladie le plus fréquemment associé aux Salmonella. Les principaux symptômes comprennent des diarrhées légères à graves, des nausées et des vomissements. Ils apparaissent généralement entre 12 et 48 heures après l'infection, voire plus rapidement en cas d'ingestion d'un grand nombre de cellules (Percival et coll., 2004). La maladie est généralement bénigne et autorésolutive, avec une durée moyenne de deux à cinq jours. D'après des études sur l'infectivité des Salmonella, la dose médiane pour les espèces non typhoïdes pourrait être aussi faible que 1 000 cellules, et parfois même inférieure à 10 cellules (Hunter, 1997; Pond, 2005).

La fièvre entérique (fièvre typhoïde ou paratyphoïde) est une forme plus grave, et souvent mortelle, de salmonellose causée par S. typhi et S. paratyphi. Elle se caractérise par une fièvre prolongée, des diarrhées et des douleurs abdominales; on constate parfois une évolution vers une septicémie. Les éclosions de fièvre entérique d'origine hydrique sont plus fréquentes dans les pays en développement où l'entassement des lieux de vie et le manque d'hygiène prévalent et elles sont souvent associées au traitement insuffisant des approvisionnements en eau potable. Les cas sont rares en Amérique du Nord.

L'envahissement du système sanguin par les bactéries entraîne une septicémie qui s'accompagne de symptômes visibles tels qu'une forte fièvre rémittente. Le foie, la rate, les fonctions respiratoires ou neurologiques peuvent être irrémédiablement atteints dans les cas où les bactéries se sont propagées jusque-là. Les cas de septicémie dus à des espèces non typhoïdes sont peu fréquents (Pond, 2005).

Bien que les Salmonella soient assez fréquemment détectés dans les eaux de surface, on n'a enregistré aucune éclosion de Salmonella du fait de loisirs pratiqués dans les eaux récréatives d'Amérique du Nord. Selon les données de surveillance des CDC pour les années 1992-2002, les Salmonella n'ont jamais été cités comme agent causal des éclosions de gastro-entérite d'origine hydrique signalées pendant cette période. Au Canada, la surveillance a été assez limitée, mais aucune éclosion morbide due aux Salmonella n'a été enregistrée dans les eaux récréatives canadiennes.

Shigella

Les Shigella font partie de la famille des Entérobactériacés. En tant que tels, ils présentent nombre des caractéristiques d'E. coli. Tous les deux sont des bacilles Gram négatif, anaérobies facultatifs et asporulés. Cependant, à la différence de la plupart des isolats d'E. coli, les espèces de Shigella sont dotées de certains attributs qui en font d'importants agents pathogènes chez l'humain. Le genre Shigella compte quatre espèces : S. sonnei (1 sérotype), S. flexneri (6 sérotypes), S. boydii (15 sérotypes) et S. dysenteriae (10 sérotypes connus). Deux espèces, S. sonnei et S. flexneri, sont responsables de la grande majorité des maladies provoquées par les Shigella en Amérique du Nord (CDC, 2005a). Les autres espèces de Shigella sont peu fréquentes, tout en restant d'importantes causes de morbidité dans les pays en développement (CDC, 2005a).

Les humains sont considérés comme le seul réservoir important de Shigella (Percival et coll., 2004). Les individus non infectés ne devraient pas être porteurs de l'organisme. Les personnes en convalescence peuvent continuer à excréter des quantités importantes de bactéries pendant plusieurs semaines après la disparition des symptômes, et il est toujours possible d'être un porteur asymptomatique de Shigella. Les eaux usées municipales constituent une source évidente de Shigella, mais certains avancent que les déjections de baigneurs infectés pourraient être la source majeure à l'origine de la présence de cet organisme dans les eaux récréatives (Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998).

Les Shigella provoquent une maladie appelée dysenterie bacillaire ou shigellose (invasion de l'intestin entraînant l'excrétion fréquente de matières fécales chargées de sang et de mucus). Cette maladie est causée par l'invasion et la colonisation de l'intestin, ce qui entraîne l'inflammation et la destruction des cellules épithéliales de l'intestin. Les Shigella peuvent aussi produire une entérotoxine thermolabile dont le rôle n'est pas pleinement compris (Percival et coll., 2004).

La shigellose est caractérisée par des diarrhées aqueuses ou sanglantes, des douleurs abdominales et de la fièvre. Les symptômes apparaissent souvent entre un et trois jours après l'infection, mais peuvent survenir aussi en une douzaine d'heures seulement. La gravité de la maladie dépend très largement de la virulence de la souche ou de l'espèce en cause. Les infections causées par S. sonnei seraient plus courtes et plus bénignes que celles dues à S. flexneri (Percival et coll., 2004). Dans de nombreux pays en développement, S. dysenteriae est connu pour déclencher de graves épidémies. On sait aussi que S. dysenteriae sérotype 1 peut produire une Shiga-toxine, à savoir une toxine unique (distincte de l'entérotoxine du genre Shigella) qui peut être extrêmement nocive pour les cellules endothéliales de l'intestin et des reins chez l'humain. D'après certains rapports concernant S. sonnei ou S. flexneri, un inoculum de 100 cellules serait suffisant pour causer une infection, alors qu'il suffirait d'une dizaine de cellules seulement dans le cas de S. dysenteriae (Pond, 2005).

En Amérique du Nord, la plupart des cas de shigellose sont bénins et évoluent spontanément vers la guérison. L'infection ne se propage généralement pas au-delà de l'intestin. Des complications telles que le syndrome de Reiter et le syndrome hémolytique urémique (suite à une infection à S. dysenteriae sérotype 1) ont été signalées, mais assez peu fréquemment. De même, les cas de décès sont rares, tout en étant plus fréquents chez les personnes âgées et les enfants dénutris (Pond, 2005).

D'après des données de surveillance des CDC, les Shigella représentaient environ 22 % (14 sur 64) du nombre total d'éclosions de maladies gastro-intestinales signalées en rapport avec les eaux récréatives naturelles des États-Unis pour la période 1992-2002 (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). S. sonnei a été cité comme agent causal dans tous les cas sauf un. La majorité des éclosions rapportées concernait des lacs utilisés à des fins récréatives, la faible circulation de l'eau étant fréquemment citée comme facteur aggravant. On soupçonne la contamination fécale par d'autres baigneurs d'en être la cause dans la plupart des cas. Compte tenu de la forte infectivité connue des Shigella, on pense que l'ingestion accidentelle d'eau contenant de faibles concentrations d'organismes pourrait suffire à provoquer la maladie.

Bien que la surveillance ait été assez restreinte, aucun cas de maladie liée aux Shigella n'a été enregistré à ce jour en rapport avec des activités pratiquées dans les eaux récréatives du Canada.

5.1.2 Bactéries pathogènes libres (Aeromonas, Legionella, Mycobacterium, Pseudomonas)
Aeromonas

Les Aeromonas sont des bactéries Gram négatif, anaérobies facultatives, plus ou moins mobiles, oxydase positive, en forme de bâtonnet ou coccoïdes. On pense qu'elles partagent nombre des caractéristiques morphologiques et biochimiques des membres de la famille des Entérobactériacés, y compris E. coli.

À l'heure actuelle, on pense que le genre Aeromonas comporte 17 géno-espèces uniques et 14 phéno-espèces uniques (Moyer, 2006; U.S. EPA, 2006a). On a aussi avancé que le genre pourrait être subdivisé en deux grands groupes : les espèces mésophiles mobiles qui se développent à des températures situées entre 15 et 38 °C et ont été associées à des infections chez l'humain, et les espèces psychrophiles non mobiles qui croissent à des températures inférieures à 15 °C et sont des pathogènes des poissons. Aujourd'hui, six espèces (A. hydrophila, A. caviae, A. sobria, A. veronii, A. jandaei, A. trota et A. schubertii) sont jugées pathogènes pour les humains (U.S. EPA, 2006a).

Les espèces d'Aeromonas sont naturellement présentes dans le milieu aquatique. On les trouve souvent dans les eaux douces, marines et estuariennes, les sédiments, les eaux d'égout et les effluents d'eaux usées. On ne pense pas que les excréments d'individus sains en contiennent d'importantes quantités. Toutefois, une certaine proportion de gens pourrait transporter l'organisme dans leurs intestins sans présenter de signes morbides extérieurs.

Les Aeromonas sont des agents zoopathogènes reconnus et ont été isolés dans l'intestin de nombreuses espèces animales - poissons, reptiles, amphibiens, oiseaux et animaux d'élevage -avec ou sans signe de maladie. Leur présence dans les eaux récréatives n'est pas associée à la pollution fécale; toutefois, ces organismes sont présents en grand nombre dans les eaux usées et des populations importantes peuvent donc être mises en évidence dans les eaux contaminées par des eaux usées. Les Aéromonades peuvent se multiplier et atteindre des densités assez élevées dans les eaux eutrophes (Moyer, 2006).

Les Aeromonas sont le plus fréquemment associés aux blessures gravement infectées que les usagers des eaux récréatives présentent parfois. Pour qu'il y ait infection, il faut un traumatisme cutané quelconque, par exemple une plaie ouverte ou une lésion pénétrante. Les blessures infectées sont douloureuses, enflées, rouges, avec des accumulations de fluide autour de la zone infectée. Une cellulite (inflammation grave) est souvent observée avec ces infections, et la septicémie est considérée comme une évolution assez fréquente (Percival et coll., 2004). Il existe d'autres complications plus rares, à savoir la fasciite nécrosante, la méningite, la pneumonie, la péritonite et l'endocardite (Percival et coll., 2004).

Plusieurs espèces d'Aeromonas (A. hydrophila, A. veronii et A. caviae) ont été associées aux troubles gastro-intestinaux chez l'humain. Des cas de maladies gastro-intestinales chez des personnes exposées à des eaux contaminées n'ont été rapportés que de manière occasionnelle. La maladie est généralement bénigne et autorésolutive, bien que certaines souches soient capables de causer des maladies dysentériformes ou d'allure cholérique, caractérisées par de fortes crampes abdominales, des vomissements, des diarrhées (y compris des selles sanglantes) et de la fièvre.

On ne comprend pas encore exactement les mécanismes par lesquels les Aeromonas provoquent la maladie chez l'humain. Ces organismes sont dotés d'une multitude de facteurs de virulence qu'on pense importants dans l'infection, la colonisation et l'évitement de la réponse immunitaire de l'hôte. Il s'agit à la fois de mécanismes associés à la cellule (pili, flagelles, protéines de la membrane extérieure, lipopolysaccharides et capsules) et de produits extracellulaires (toxines, protéases, hémolysines, adhérence et divers enzymes hydrolytiques) (U.S. EPA, 2006a).

Marino et coll. (1995) ont mis en évidence une corrélation positive entre les concentrations d'A. hydrophila et les infections cutanées sur deux plages de baignade de Malaga (Espagne). À l'heure actuelle, aucun élément de preuve ne permet de relier les concentrations d'Aeromonas au risque de contracter une gastro-entérite en se baignant.

En dépit de leur présence généralisée, aucune éclosion de maladies associée aux Aeromonas n'a été enregistrée suite à des activités aquatiques dans les eaux récréatives d'Amérique du Nord. On pense que les infections superficielles à Aeromonas sont assez fréquentes; cependant, elles ne font pas partie des maladies à déclaration obligatoire. En conséquence, il n'existe aucune estimation de la fréquence probable des infections à Aeromonas par suite d'une exposition à des eaux récréatives au Canada.

Legionella

Les Legionella sont des bactéries Gram négatif, thermotolérantes, mobiles, de petite taille et de forme irrégulière qui ont des besoins nutritionnels stricts quand elles sont cultivées en laboratoire. On reconnaît plus de 40 espèces dans ce genre. L. pneumophila (sérotype 1) est l'espèce la plus fréquemment associée à des maladies chez l'humain (légionellose). Toutes les espèces de Legionella sont soupçonnées de pouvoir provoquer la maladie, et la moitié environ des espèces identifiées ont été mises en cause dans des maladies chez l'humain (Hall, 2006). Les autres espèces de Legionella fréquemment détectées dans le milieu naturel sont notamment L. bozemanii, L. longbeachae, L. dumoffii et L. gormanii.

Les Legionella sont naturellement présents dans le milieu aquatique. On peut les isoler dans une large gamme d'habitats d'eau douce, notamment les sols, les lacs, les rivières et les mares thermales naturelles à des températures allant jusqu'à 60 °C. Le milieu marin ne présente généralement pas les conditions propices à leur croissance. Il a été suggéré que des protozoaires dulcicoles libres tels que les Naegleria ou les Acanthamoeba pourraient être des hôtes naturels de ces organismes. Bien qu'on croie les Legionella assez résistants aux stress environnementaux, leur survie à l'intérieur des protozoaires pourrait leur apporter un degré considérable de protection supplémentaire.

De manière générale, les Legionella sont présents en faible nombre dans le milieu aquatique, mais ils peuvent atteindre des concentrations importantes dans les sources associées aux ouvrages artificiels d'approvisionnement en eau comme les tours de refroidissement, les condenseurs de conditionneurs d'air, les humidificateurs, les réservoirs d'eau chaude, les pommeaux de douche et les baignoires de massage (Percival et coll., 2004). Les sources chaudes et autres cuves hydrothermales se prêtent idéalement à la survie des Legionella du fait de la température élevée de l'eau.

Des expériences dose-réponse réalisées sur des animaux semblaient indiquer qu'il fallait des doses élevées de Legionella (environ 107 cellules) pour provoquer une infection (O'Brien et Bhopal, 1993). Toutefois, des études publiées sur ces organismes concluent plutôt à une dose médiane de quelques organismes seulement (Percival et coll., 2004; Pond, 2005). Il a également été avancé que le transport par aérosols de protozoaires fortement parasités par des Legionella pourrait être l'un des moyens d'augmenter le nombre d'organismes susceptibles d'entraîner la contamination (Percival et coll., 2004).

Les Legionella sont d'importants agents de troubles respiratoires chez les humains. La légionellose comprend deux formes de maladie : la maladie du légionnaire et la fièvre de Pontiac (Pond, 2005). La maladie du légionnaire est une forme d'affection respiratoire plus grave et parfois mortelle. Elle est déterminée par le diagnostic clinique de pneumonie, accompagné de preuves microbiologiques d'une infection à L. pneumophila ou autres espèces de Legionella (Pond, 2005). Les symptômes peuvent aussi inclure la fatigue, la fièvre, les céphalées, les douleurs musculaires et/ou abdominales, la jaunisse et la confusion mentale. La période d'incubation varie entre trois et six jours, et la récupération est lente, pouvant durer des semaines, voire plusieurs mois. Dans les cas mortels, la mort survient souvent par insuffisance respiratoire. Selon les estimations, les taux de mortalité pour les infections d'origine communautaire seraient de l'ordre de 5 à 20 % (Pond, 2005).

La fièvre de Pontiac est une maladie relativement bénigne, de type grippal, caractérisée par des troubles respiratoires non pulmonaires associés à des preuves microbiologiques d'une infection à Legionella. La période d'incubation est courte (1 à 2 jours), et la maladie n'est pas jugée mortelle, les personnes atteintes se remettant généralement après deux à cinq jours. On estime que la fièvre de Pontiac survient de 2 à 100 fois plus souvent que la maladie du légionnaire (Hall, 2006).

Les groupes jugés plus sensibles aux infections à Legionella sont notamment les personnes âgées, les individus immunodéprimés, les personnes atteintes de maladies cardiaques ou pulmonaires ainsi que celles qui fument ou boivent à l'excès.

Bien que les espèces de Legionella soient considérées comme omniprésentes dans le milieu aquatique, aucune éclosion de légionellose n'a été signalée au Canada ou aux États-Unis en rapport avec des activités pratiquées dans des eaux récréatives naturelles. Tous les cas répertoriés de légionellose résultant d'un contact avec des eaux récréatives concernaient des installations d'eau traitée, comme celles des établissements thermaux (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004).

Mycobacterium

Les Mycobacterium sont des bactéries aérobies, non mobiles, asporulées, en forme de bâtonnet ou coccoïdes. On considère que ces microorganismes ont une structure cellulaire Gram positif. Cependant, leur paroi mycobactérienne a une forte teneur en acides mycoliques, des lipides complexes qui donnent à la surface de la cellule un aspect cireux et hydrophobe résistant à l'épreuve de coloration de Gram. Un résultat positif à l'épreuve de coloration reposant sur l'acidorésistance permet de poser le diagnostic de mycobactéries; c'est pourquoi on dit souvent de ces organismes qu'ils sont « acidorésistants ».

Les mycobactéries pathogènes rencontrées dans les eaux récréatives sont des espèces naturellement présentes dans l'environnement. On les qualifie généralement de mycobactéries « atypiques » ou « non tuberculeuses » pour les distinguer du M. tuberculosis (tuberculose) et du M. leprae (lèpre). Ni le M. tuberculosis, ni le M. leprae ne sont naturellement présents dans l'environnement. En conséquence, ils ne sont pas préoccupants pour les eaux récréatives. Au moins seize espèces d'origine hydrique se sont révélées capables de provoquer une infection chez les humains (Pond, 2005). Les espèces le plus souvent mentionnées en rapport avec l'exposition aux eaux récréatives sont les membres du complexe Mycobacterium avium (M. avium et M. intracellulare) qu'on sait capables de provoquer des troubles respiratoires; ainsi que M. marinum et M. kansaii qui causent des infections cutanées.

Les mycobactéries environnementales sont considérées comme étant omniprésentes dans les eaux naturelles. On peut les trouver dans la quasi-totalité des milieux, notamment les sols, les eaux d'égout, les lacs, les rivières, les étangs, les cours d'eau, les eaux souterraines et les eaux traitées. On en trouve très peu dans l'eau de mer (Pond, 2005; LeChevallier, 2006). Ces organismes peuvent survivre dans une large gamme de températures, allant de moins de 0 à plus de 50 °C. On ne pense pas qu'ils soient présents en quantités importantes dans les excréments, et les eaux usées ne sont pas considérées comme une source majeure (Falkinham, 2002). Les membres du complexe M. avium peuvent survivre et se développer à l'intérieur de certaines espèces de protozoaires phagocytes, en particulier les membres du genre Acanthamoeba.

Dans les eaux à vocation récréative, la transmission peut se faire par contact avec de l'eau contenant des quantités suffisantes d'organismes. Les principales voies d'infection sont l'inhalation de mycobactéries en aérosols ou le contact direct de la peau écorchée avec l'eau contaminée. Aucune preuve concluante de transmission de personne à personne n'a été apportée. Les mycobactéries environnementales sont essentiellement des pathogènes opportunistes, la maladie étant plus fréquemment observée chez les personnes présentant des conditions prédisposant à l'infection (peau écorchée ou traumatisée, système immunitaire affaibli ou immunodéficience). Les cas d'exposition aux mycobactéries environnementales ont été majoritairement rattachés à la fréquentation de piscines et de bains chauds, entraînant des infections de la peau et des tissus mous et des cas de pneumopathie d'hypersensibilité (inflammation des poumons). Le contact avec les eaux naturelles à l'occasion de loisirs aquatiques n'est pas considéré comme un facteur de risque important des maladies d'origine mycobactérienne.

Bien que les mycobactéries environnementales soient considérées comme omniprésentes dans la plupart des types d'eau, aucune éclosion morbide n'a encore été associée à ces organismes du fait d'un contact avec des eaux récréatives au Canada ou aux États-Unis. On considère comme extrêmement faible le risque, pour une personne saine, de contracter une infection mycobactérienne suite à des activités aquatiques pratiquées dans des eaux récréatives.

Pseudomonas aeruginosa

Les pseudomonades sont des bacilles Gram négatif, mobiles, oxydase positifs et asporulés. Plus de 100 espèces sont actuellement reconnues dans le genre Pseudomonas (Hunter, 1997). P. aeruginosa constitue l'espèce la plus préoccupante pour les humains.

P. aeruginosa est largement présente dans le milieu aquatique et peut souvent être isolée dans les eaux douces, l'eau de mer et les sols (Hunter, 1997). Elle a des exigences de croissance minimes et peut proliférer dans des eaux à faible teneur nutritive. P. aeruginosa est rarement mise en évidence dans les excréments humains (Geldreich, 2006). En revanche, on la trouve dans les eaux usées et les eaux pluviales (qui contiennent un mélange de déchets domestiques) et dans les effluents industriels tels que les déchets de transformation agroalimentaire et de fabrication de pâtes et papiers. Les baigneurs eux-mêmes pourraient aussi être une source possible de P. aeruginosa.

La transmission de P. aeruginosa dans les eaux récréatives intervient par contact direct du corps avec des eaux contenant des quantités suffisantes de l'organisme. On ne pense pas que l'ingestion constitue une voie importante d'infection.

P. aeruginosa peut provoquer des éruptions cutanées et des infections des yeux et des oreilles chez les usagers des eaux récréatives. L'infection se déclare rarement chez des personnes saines, à moins qu'une affection antérieure ne les y prédispose (p. ex. de fréquentes infections auriculaires, ou des immersions fréquentes) (Hunter, 1997). Les infections auriculaires se déclarent lorsque P. aeruginosa réussit à s'introduire dans l'oreille externe et la coloniser. Quelques jours après la baignade, l'oreille se met à gratter et devient douloureuse, et on peut observer des écoulements de pus. Les infections cutanées (dermatites) prennent la forme d'éruptions rouges et urticantes qui surviennent entre 18 et 24 heures après le contact avec l'eau. L'infection peut évoluer vers la folliculite (inflammation des follicules pileux) qui se caractérise par une sensibilité accrue de la zone infectée et la présence de boutons ou de phlyctènes remplis de pus autour des follicules pileux.

Plusieurs études épidémiologiques ont mis en évidence un lien entre la présence de Pseudomonas dans les eaux naturelles et l'incidence des infections oculaires et cutanées chez les baigneurs (Seyfried et Cook, 1984; Springer et Shapiro, 1985; Ferley et coll., 1989; Marino et coll., 1995; van Asperen et coll., 1995). Les éclosions de dermatites à Pseudomonas ont presque toutes été associées à des eaux traitées comme les bains chauds, les piscines et les baignoires de massage des hôtels et des spas (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). On ne connaît pas la fréquence des infections à P. aeruginosa résultant d'un contact avec les eaux récréatives naturelles, car elles sont rarement signalées du fait de leur caractère bénin.

5.1.3 Autres bactéries pathogènes (Leptospira, Staphylococcus)
Leptospira

Les Leptospira sont des spirochètes, c'est-à-dire des bactéries spiralées ou hélicoïdales. Ce sont des organismes aérobies, mobiles, de forme mince et allongée qui présentent une réaction négative à la coloration de Gram. Autrefois, le genre Leptospira ne comptait que deux espèces, le pathogène L. interrogans et la bactérie libre L. biflexa (OMS, 2003b). On connaît à ce jour 12 espèces de Leptospira et plus de 200 sérotypes pathogènes ont été décrits, les formes les plus sévères étant attribuées aux sérovars de L. interrogans (Pond, 2005). Le nom du sérotype est souvent adopté par convention au lieu du nom d'espèce pour faire référence à des souches spécifiques.

Les espèces de Leptospira peuvent être pathogènes ou libres. Elles sont présentes dans le monde entier et sont majoritairement associées aux environnements dulcicoles. Les leptospires pathogènes sont d'importants agents zoopathogènes transportés dans le tractus urinaire (reins) des animaux infectés et excrétés dans l'urine. Les petits rongeurs, tels que les rats, les souris et les campagnols, sont considérés comme les plus importantes sources de Leptospira pathogènes. Les organismes peuvent également être propagés par les animaux domestiques comme les bovins, les porcins, les chiens et les chats, les ovins, les caprins et les chevaux (OMS, 2003b; CDC, 2005b). On pense que leur propagation est favorisée en cas de fortes précipitations, du fait du ruissellement des eaux pluviales provenant de zones contaminées vers les eaux de surface (Pond, 2005).

Chez l'humain, l'infection peut survenir suite à un contact direct avec l'urine d'animaux infectés ou par contact indirect avec de l'eau, de la terre ou de la boue contaminée. Les leptospires s'introduisent dans le corps par des lésions ou des écorchures ou par les muqueuses des yeux, du nez ou de la bouche. L'ingestion d'eau contaminée et l'inhalation de leptospires transportés par aérosols constituent également des voies d'infection possibles. On pense que l'ingestion d'un à dix organismes suffirait à déclencher la maladie chez l'humain (Pond, 2005). Les activités aquatiques récréatives constituent probablement la source majeure d'exposition, bien que les éclosions liées à la baignade soient considérées comme extrêmement rares (Pond, 2005).

Les affections consécutives à une infection à Leptospira peuvent être de diverse gravité, allant de troubles légers de type grippal à une maladie plus grave, et parfois mortelle. La maladie se signale tout d'abord par de la fièvre, des frissons, des céphalées, des douleurs musculaires, des vomissements et un rougissement des yeux (Agence de la santé publique du Canada, 2004). En règle générale, les patients se remettent complètement de la forme légère de la maladie, bien que la récupération puisse être longue, durant parfois des mois, voire des années (OMS, 2003b). En l'absence de traitement, la maladie peut évoluer vers une forme plus grave. Les cas graves peuvent être mortels, la mort survenant par insuffisance rénale, insuffisance cardiorespiratoire ou fortes hémorragies. Les raisons à l'origine de la gravité variée des infections ne sont pas parfaitement comprises; toutefois, on pense que chaque sérovar pathogène est capable de causer la forme bénigne ou la forme grave de la maladie (OMS, 2003b).

La maladie peut être difficile à diagnostiquer car elle est souvent confondue avec d'autres infections ou troubles ayant des symptômes similaires. De même, il se pourrait que la forme légère ne soit pas toujours déclarée.

La leptospirose est considérée comme plus préoccupante dans les pays en développement et sous les climats tropicaux. Trois éclosions de leptospirose ont été signalées dans les eaux récréatives des États-Unis au cours de la période 1991-2002 (Moore et coll., 1993; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002).

L'augmentation du nombre de cas de leptospirose observés dans les pays en développement laisse à penser que les Leptospira connaissent peut-être un regain de virulence (CRC, 2004; Meites et coll., 2004). On ne connaît pas aujourd'hui la prévalence de Leptospira dans les eaux canadiennes. À ce jour, aucun cas documenté d'infection à Leptospira n'a été signalé en rapport avec les activités aquatiques pratiquées dans les eaux récréatives du Canada.

Staphylococcus aureus

Les membres du genre Staphylococcus sont des cocci non mobiles, Gram positif et catalase positifs. S. aureus est considéré comme le principal pathogène du genre, et c'est aussi l'espèce la plus préoccupante pour les usagers des eaux récréatives.

S. aureus n'est pas considéré comme naturellement présent dans le milieu aquatique. Ses principaux réservoirs sont la peau, le nez, les oreilles et les muqueuses des animaux à sang chaud. Sa présence dans les eaux récréatives est principalement due à son émission par la bouche, le nez et la gorge des baigneurs et à des foyers infectieux existants. Il peut être isolé dans les excréments humains bien que sa présence y soit jugée variable (Percival et coll., 2004). Les eaux usées et les eaux pluviales constituent d'autres sources.

Dans les eaux récréatives, S. aureus est transmis par contact direct avec des eaux contenant une quantité suffisante de l'organisme. L'infection se déclare du fait de coupures ou d'écorchures ou, dans une moindre mesure, par contact avec les yeux et les oreilles. L'organisme peut également se propager d'une personne à l'autre. L'ingestion n'est pas considérée comme une voie infectieuse importante. Cet organisme produit un large éventail de toxines extracellulaires, d'exoenzymes et de facteurs d'adhérence facilitant la colonisation, l'infection et l'évitement des défenses immunitaires de l'hôte (Percival et coll., 2004). Il a été suggéré que des concentrations de quelques centaines de cellules par millilitre pourraient suffire pour que l'infection se déclare sur une peau blessée ou affaiblie (Percival et coll., 2004).

S. aureus est principalement associé aux affections cutanées chez les usagers des eaux récréatives. Les infections communes sont les coupures et écorchures infectées, les furoncles, les pustules, la dermatite, la folliculite et l'impétigo (OMS, 2006). Dans la plupart des cas, les infections sont purulentes, les symptômes se déclarant souvent 48 heures après le contact. Cet organisme a également été associé aux infections de l'oeil, de l'oreille externe et du tractus urinaire (OMS, 2006).

Les enquêtes épidémiologiques ont mis en évidence un lien possible entre la présence de staphylocoques dans les eaux récréatives et les maladies des baigneurs (Calderon et coll., 1991; Charoenca et Fujioka, 1995). À ce jour toutefois, aucune preuve concluante n'a été apportée permettant d'associer la fréquence des maladies aux concentrations de S. aureus dans les eaux récréatives. Dans certains cas, des analyses peuvent fournir des informations complémentaires, par exemple pour évaluer les effets d'une forte densité de baigneurs sur la qualité de l'eau et ses éventuelles conséquences quant à la transmission de pathogènes d'une personne à l'autre.

5.2 Agents pathogènes viraux

Les virus sont des organismes inframicroscopiques, de taille bien inférieure à celle des bactéries. De construction simple, ils se composent d'une molécule d'acide nucléique de type ARN ou ADN, entourée d'une enveloppe protéique externe appelée capside. L'acide nucléique encode pour les protéines et les enzymes de la structure virale nécessaires à la réplication virale, tandis que la capside protège le virus des stress environnementaux. Certains virus (dits enveloppés) sont également dotés d'une enveloppe lipoprotéique qui entoure la capside. Les virus nus sont dépourvus de cette enveloppe extérieure. Les virus sont des parasites intracellulaires stricts, ce qui signifie qu'ils doivent infecter une cellule hôte pour se reproduire. En conséquence, ils sont incapables de se reproduire en dehors d'un hôte.

Les virus pathogènes préoccupants pour les eaux récréatives sont les virus entériques, à savoir ceux qui infectent le tractus gastro-intestinal des humains et sont excrétés dans leurs selles. On pense que ces virus sont inféodés à une gamme d'hôtes assez restreinte, ce qui signifie que, d'une manière générale, ceux qui infectent les animaux n'infectent pas les humains, et vice versa. Dans les eaux récréatives, ils se transmettent aux humains par la voix fécale-orale suite à l'ingestion accidentelle d'eau contaminée. Certains virus, comme les adénovirus, empruntent également d'autres voies infectieuses, telles que l'inhalation ou le contact avec la muqueuse de l'oeil. Les virus entériques provoquent chez l'humain une large gamme d'effets morbides allant du bénin au grave. Les symptômes gastro-intestinaux (nausées, vomissements, diarrhées) comptent parmi les plus fréquents en cas d'infection virale. Certaines infections peuvent évoluer vers des troubles plus inquiétants, bien que ces derniers soient considérés comme beaucoup plus rares.

5.2.1 Virus entériques

Plus de 100 types de virus différents peuvent être excrétés dans les selles, et donc potentiellement transmis aux eaux récréatives. Les virus les plus fréquemment associés aux maladies d'origine hydrique sont notamment les adénovirus, les astrovirus, les entérovirus (poliovirus, coxsackievirus et échovirus), les norovirus, les rotavirus et le virus de l'hépatite A.

Entérovirus

Les entérovirus constituent un vaste groupe de virus nus à ARN de petite taille (20-30 nm) appartenant à la famille des Picornaviridés. Dans ce groupe figurent les poliovirus, les coxsackievirus, les échovirus ainsi que plusieurs entérovirus qui n'ont pas encore été classés. Les infections à entérovirus sont souvent asymptomatiques. Les symptômes et la gravité des troubles varient considérablement selon le type et le sérotype considérés. Les effets morbides les plus fréquemment observés sont les vomissements, les diarrhées, les symptômes fébriles de type grippal, les malaises, les difficultés respiratoires, les céphalées et des douleurs musculaires (Percival et coll., 2004). Des conséquences plus graves ont été associées à différents groupes de virus, notamment la myocardite (coxsackievirus), la méningite aseptique (coxsackievirus, poliovirus), l'encéphalite (coxsackievirus, échovirus) et la poliomyélite (poliovirus), bien qu'elles soient considérées comme peu fréquentes.

Norovirus

Le terme « norovirus » est le nom officiel d'un groupe de virus autrefois appelés virus de Norwalk, de type Norwalk ou encore SRSV pour « small, round, structured viruses » (autrement dit virus de petite taille, ronds et structurés). Les norovirus sont des virus nus à ARN de petite taille (27-30 nm). Les infections à norovirus sont considérées comme la principale cause des éclosions de gastro-entérite virale (toutes sources confondues) enregistrées aux États-Unis et au Royaume-Uni (Percival et coll., 2004). La maladie se manifeste principalement par des diarrhées, des vomissements, des céphalées et des douleurs musculaires. L'apparition de vomissements en jets est considérée comme une caractéristique des infections à norovirus. Les infections asymptomatiques sont rares dans le cas des norovirus. Chez les adultes sains, la maladie est autorésolutive et elle évolue rarement vers des formes plus sérieuses (p. ex. avec déshydratation). Elle est considérée plus grave chez les individus vulnérables, tels que les personnes âgées.

Rotavirus

Les rotavirus sont de gros virus nus à ARN (60-80 nm). Des expériences dose-réponse portent à croire qu'ils pourraient être les plus infectieux de tous les virus entériques (Gerba et coll., 1996). Dans le monde entier, les infections à rotavirus constituent la cause première de la gastro-entérite infantile. Bien que tous les groupes d'âge puissent être touchés, les adultes sains présentent souvent des infections asymptomatiques par suite de l'immunité acquise durant leur enfance (Percival et coll., 2004). La diarrhée est le principal symptôme de la maladie, qui peut menacer le pronostic vital en cas de grave déshydratation et de déséquilibre électrolytique. Les groupes les plus à risque de contracter la forme grave ou mortelle de la maladie sont les jeunes enfants, les personnes immunodéprimées et les personnes âgées.

Adénovirus

Les adénovirus sont des virus nus à ADN et comparativement plus gros (70-100 nm). Plus de 49 sérotypes différents ont été jugés capables de provoquer des maladies chez l'humain, avec des caractéristiques cliniques et une gravité des symptômes variant considérablement d'un type à l'autre (Percival et coll., 2004). La plupart des sérotypes d'adénovirus provoquent des troubles respiratoires, accompagnés d'une pharyngite, de toux et de symptômes évocateurs du rhume. Une conjonctivite peut également être observée en cas d'infection de l'oeil. Des troubles gastro-intestinaux, exclusivement provoqués par les sérotypes 40 et 41, ont aussi été souvent signalés. On pense que les adénovirus viennent immédiatement après les rotavirus en tant que cause de gastro-entérite chez l'enfant (Crabtree et coll., 1997). Les infections gastro-intestinales observées sont souvent asymptomatiques, car on pense que l'immunité conférée pendant la petite enfance est acquise pour la vie (Percival et coll., 2004).

Virus de l'hépatite A

Le virus de l'hépatite A est un petit virus nu à ARN (25-28 nm) qui a le foie pour cible privilégiée. La plupart des infections sont asymptomatiques. La maladie est le plus souvent signalée chez les adultes. Les symptômes comprennent des malaises et de la fièvre, suivis de nausées, de vomissements, de douleurs abdominales et, finalement, d'une jaunisse. En règle générale, l'infection est autorésolutive.

Astrovirus

Les astrovirus sont de petits virus nus à ARN (28-30 nm). Parmi les agents viraux connus pour provoquer des maladies entériques, l'importance des astrovirus en tant qu'agent causal de maladies d'origine hydrique est peut-être la plus méconnue (Percival et coll., 2004). Chez les individus infectés, la maladie se présente de manière analogue aux infections à rotavirus, avec un degré de gravité bien moindre.

Présence dans l'environnement

Les virus entériques sont excrétés en quantités importantes dans les selles des individus infectés, pouvant atteindre des concentrations allant jusqu'à 1010-1012 particules par gramme d'excrément (Gerba, 2000). Même les individus asymptomatiques (qui ne présentent aucun symptôme, bien qu'infectés) peuvent excréter de grandes quantités de virus.

Les virus s'introduisent dans les eaux récréatives principalement par l'évacuation de déchets contaminés par des eaux usées. Les sources ponctuelles de pollution telles que les déversements d'eaux municipales ou les trop-pleins d'égout unitaire sont les principales sources de contamination par les eaux usées. Les sources non ponctuelles susceptibles de contribuer à la charge virale des eaux environnementales sont les collecteurs d'eaux pluviales, les déversoirs (qui captent les eaux de ruissellement provenant des zones urbaines et rurales) ainsi que les fosses septiques défectueuses ou mal conçues. Les baigneurs eux-mêmes, notamment les jeunes enfants, peuvent constituer une source de contamination par leurs selles ou l'émission accidentelle de matières fécales. Les déchets animaux qui peuvent contenir de nombreux pathogènes bactériens et protozoaires ne posent qu'un faible risque pour la transmission des virus à l'humain (Cliver et Moe, 2004; Percival et coll., 2004). On sait toutefois que des animaux ont servi de réservoirs à des virus humains (virus de l'influenza aviaire, virus du Nil occidental), mais à ce jour, aucun élément de preuve documenté ne permet de rattacher une infection d'origine hydrique chez l'humain à des virus animaux (Cliver et Moe, 2004).

La charge virale totale des eaux usées peut être passablement constante; cependant, le type et le nombre des divers virus présents dépendent étroitement de la prévalence des maladies épidémiques et endémiques dans la population qui les excrète. En conséquence, la composition virale des eaux usées peut varier de façon considérable et présente souvent de fortes tendances saisonnières (Krikelis et coll., 1985; Tani et coll., 1995; Pina et coll., 1998; Lipp et coll., 2001). D'après des estimations publiées concernant les virus cultivables dans des eaux usées non traitées, les concentrations pourraient atteindre plus de 10 000 unités infectieuses par litre (Reynolds et coll., 1998; Payment et coll., 2001). On pense aussi que la présence de virus dans les eaux de surface varie selon les régions en fonction, notamment, du degré et du type de contamination fécale et des taux d'inactivation dans l'environnement. Les niveaux décelables d'entérovirus cultivables dans les eaux de surface en général varient de 1-10/100 L à 1-200/L dans le cas d'eaux très contaminées (Pina et coll., 1998; Reynolds et coll., 1998; Payment et coll., 2000; Lipp et coll., 2001).

Des études ont mis en évidence des entérovirus, des norovirus, des rotavirus, des adénovirus, le virus de l'hépatite A et des astrovirus dans des eaux marines et des eaux douces utilisées à des fins récréatives aux États-Unis, en Europe et au Canada (Payment, 1984; Puig et coll., 1994; Pina et coll., 1998; Griffin et coll., 1999; Chapron et coll., 2000; Payment et coll., 2000; Schvoerer et coll., 2001; Denis-Mize et coll., 2004; Jiang et Chu, 2004; Laverick et coll., 2004). Ces études font état de chiffres variés pour ce qui est des fréquences de détection et des concentrations mesurées. Bien qu'il soit difficile de procéder à des comparaisons directes entre ces études du fait de la différence des méthodes d'analyse, les informations qu'elles fournissent permettent de se faire une meilleure idée de la vulnérabilité potentielle des eaux récréatives à la contamination par des virus pathogènes.

Les virus sont des microorganismes robustes pouvant survivre pendant des périodes prolongées une fois émis dans le milieu aquatique. Leur survie dépend d'un ensemble de facteurs biologiques et environnementaux, dont les caractéristiques physiques spécifiques du virus, la présence de prédateurs microbiens naturels et les caractéristiques de l'eau telles que la température, le pH, la salinité, la turbidité et le rayonnement ultraviolet. Les données sur la survie des différents types de virus dans les eaux naturelles sont assez limitées. De manière générale, on pense que les virus résistent mieux que les bactéries à la dégradation environnementale, et des données expérimentales laissent à penser que certains virus entériques pourraient être encore plus résistants que certains protozoaires entériques (p. ex. Giardia) (Johnson et coll., 1997).

Épidémiologie

D'après les données de surveillance des éclosions virales dans les eaux récréatives publiées par les CDC pour la période 1991-2002, 13 % (8 sur 64) des éclosions de gastro-entérite signalées dans les eaux naturelles étaient imputables à des norovirus (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). De manière générale, les norovirus étaient responsables de 0 à 2 éclosions par an, avec au total entre 11 et 168 cas d'infection rapportés par éclosion. La plupart des foyers se situaient dans des lacs utilisés à des fins récréatives, et une éclosion infectieuse qui a provoqué 44 cas d'infection en 2002 dans le parc d'État du lac Michigan, au Wisconsin, a été la première à être documentée en rapport avec une plage à vocation récréative des Grands Lacs (Yoder et coll., 2004). Aucun autre virus n'a été mis en cause dans les autres éclosions infectieuses enregistrées entre 1991 et 2002.

Les éclosions de gastro-entérite aiguë dont l'agent causal ne peut être identifié constituent aussi une part importante du nombre total de maladies d'origine hydrique déclarées en rapport avec les eaux récréatives. On soupçonne nombre de ces éclosions d'être d'origine virale. Les virus pathogènes sont connus pour être difficiles à détecter, mais la courte période d'incubation, la diversité des symptômes rencontrés et la forte fréquence de maladies observées chez les enfants sont toutes évocatrices des infections virales (Cabelli, 1983; Mena et coll., 2003; Percival et coll., 2004). D'après des données de surveillance des CDC, les poussées de maladies gastro-intestinales aiguës d'étiologie inconnue représentaient 23 % (14 sur 64) des éclosions documentées enregistrées entre 1991 et 2002 (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). Là encore, les lacs d'eau douce constituaient les foyers les plus fréquemment cités.

Plusieurs études épidémiologiques ont tenté de caractériser la relation entre les entérovirus présents dans les eaux de baignade et l'incidence des maladies associées aux eaux récréatives (Lightfoot, 1988; Alexander et coll., 1992; Fewtrell et coll., 1992; van Dijk et coll., 1996; Lee et coll., 1997; van Asperen et coll., 1998; Haile et coll., 1999). Aucune relation significative n'a pu être mise en évidence entre la concentration de virus entériques et l'incidence des maladies chez les baigneurs. Haile et coll. (1999) ont cependant observé une augmentation du nombre d'effets sur la santé signalés (vomissements, fièvre, maux de gorge et maladies gastro-intestinales hautement crédibles) les jours où des entérovirus étaient détectés dans les eaux de baignade grossies par des déversements d'eau pluviale.

Relations avec les indicateurs

Diverses études ont conclu à une absence de relation entre la concentration de bactéries fécales indicatrices et la présence de virus entériques dans les eaux récréatives (Griffin et coll., 1999; Schvoerer et coll., 2000, 2001; Jiang et coll., 2001; Noble et Fuhrman, 2001; Denis-Mize et coll., 2004; Jiang et Chu, 2004; Wetz et coll., 2004). Des virus pathogènes ont été détectés dans les eaux récréatives alors que les concentrations de bactéries fécales indicatrices étaient inférieures aux limites actuellement fixées pour la qualité des eaux récréatives. L'inverse s'est également produit, à savoir des cas où les concentrations de bactéries indicatrices étaient largement supérieures à ces limites sans qu'on puisse mettre en évidence la présence de virus. L'absence de corrélation entre les indicateurs fécaux et les virus entériques ne doit pas surprendre étant donné que les indicateurs fécaux sont systématiquement présents dans les déchets humains et animaux, à des concentrations relativement constantes, alors que les virus sont spécifiques aux excréments humains, et que leur excrétion peut être intermittente et saisonnière. De plus, les virus sont plus résistants que les bactéries aux stress environnementaux et peuvent subsister pendant des périodes plus longues. On a proposé d'utiliser d'autres organismes comme indicateurs (des souches d'entérovirus, C. perfringens, des coliphages et des phages de B. fragilis); toutefois, les recherches effectuées à ce jour n'ont pas permis de démontrer l'existence d'un lien entre ces organismes et la détection de virus dans les eaux de surface contaminées (Pina et coll., 1998; Griffin et coll., 1999, Lipp, 2001; Jiang et Chu, 2004).

5.3 Protozoaires pathogènes

Les protozoaires pathogènes importants dans les eaux récréatives comptent à la fois des espèces entériques et des espèces libres. Les protozoaires entériques sont des parasites communs qui infectent l'intestin des humains et d'autres mammifères. Ce sont des parasites stricts, c'est-à-dire qu'ils doivent infecter un hôte pour se reproduire et ils ne peuvent se développer à l'extérieur d'un hôte. Le stade principal de leur cycle biologique est la production de kystes ou oocystes qui sont libérés en grandes quantités dans les excréments. Ces kystes et oocystes sont extrêmement résistants aux stress environnementaux et peuvent survivre pendant de longues périodes dans l'environnement. Leur ingestion par un nouvel hôte entraîne un dékystement dans l'intestin grêle qui donne lieu à l'infection. Ces organismes peuvent s'introduire dans les eaux récréatives suite à un contact direct ou indirect avec des excréments humains ou animaux. Ils se transmettent à l'humain par ingestion accidentelle d'eau contaminée. La maladie se manifeste le plus fréquemment par des symptômes gastro-intestinaux, particulièrement des diarrhées. E. coli et les entérocoques sont utilisés comme indicateurs de contamination fécale, et donc, de la présence possible de ces pathogènes entériques fécaux. Toutefois, l'absence de bactéries indicatrices ne signifie pas nécessairement que les protozoaires entériques sont aussi absents.

À la différence des protozoaires entériques, les protozoaires libres sont naturellement présents dans les eaux récréatives et n'ont pas besoin d'un hôte pour achever leur cycle biologique. La transmission à l'humain peut intervenir dans des eaux contenant l'organisme en quantités suffisantes par des voies telles que l'inhalation ou le contact direct avec les muqueuses (p. ex. celle de l'oeil). Ces organismes provoquent des maladies de types variés, dont des infections du système nerveux central et des infections de l'oeil. Comme ils ne sont pas d'origine fécale, il ne faut pas s'attendre à une bonne corrélation entre la présence des indicateurs fécaux et la leur. À l'heure actuelle, on ne connaît aucun indicateur microbiologique pour ces pathogènes.

5.3.1 Protozoaires entériques (Giardia, Cryptosporidium)

Les protozoaires entériques les plus importants dans les eaux récréatives sont les Giardia et les Cryptosporidium.

Giardia

Les Giardia sont de petits protozoaires flagellés parasites. Ils ont un cycle biologique composé de deux stades, un stade trophozoïte (stade alimentaire) et un stade kystique résistant aux stress environnementaux. Le G. duodenalis (syn. lamblia, intestinalis), qu'on trouve chez l'humain et de nombreux autres mammifères, est la seule espèce pouvant infecter les humains. D'autres espèces (G. muris, G. agilis, G. microti, G. psittaci et G. ardea) ont été signalées chez les animaux, en particulier les rongeurs, les oiseaux et les amphibiens. La caractérisation moléculaire du G. duodenalis a montré l'existence de génogroupes distincts (assemblages) correspondant à leur gamme d'hôtes. Certains groupes sont présents à la fois chez les humains et les animaux, tandis que d'autres sont spécifiquement inféodés à certains hôtes.

Les excréments humains et animaux (notamment ceux des bovins) sont d'importantes sources de G. duodenalis. Chez les animaux, les autres hôtes connus sont les castors, les rats musqués, les chiens, les ovins et les chevaux. Nombre de ces animaux peuvent être infectés par un G. duodenalis de source humaine (Davies et Hibler, 1979; Hewlett et coll., 1982; Erlandsen et coll., 1988). D'après les données épidémiologiques et moléculaires, seules les souches d'origine humaine ont pu être corrélées de manière significative avec la maladie chez les humains. La pathogénicité des souches spécifiquement animales de G. duodenalis et de Giardia n'est pas parfaitement connue. En conséquence, il est toujours avisé de considérer tout kyste de Giardia trouvé dans les eaux récréatives comme potentiellement infectieux pour les humains.

Les Giardia sont fréquemment observés dans les eaux usées et les eaux de surface. Dans les eaux usées, les concentrations sont en général de l'ordre de 5 000-50 000 kystes/L, tandis que dans les eaux de surface, elles se situent habituellement entre < 1 et 100 kystes/100 L (Medema et coll., 2003; Pond et coll., 2004).

Les mécanismes exacts par lesquels les Giardia provoquent la maladie n'ont pas été totalement explicités. Les dégâts causés à la muqueuse intestinale du fait de la fixation et du détachement des trophozoïtes contribuent à la perturbation des fonctions intestinales. La gravité des infections à Giardia peut aller d'une absence de symptômes observables à des troubles gastro-intestinaux graves exigeant une hospitalisation. Les symptômes les plus communs de la maladie sont des débâcles diarrhéiques aqueuses, des nausées, des dérangements intestinaux, de la fatigue, une faible fièvre et des frissons.

En théorie, un seul kyste suffit à provoquer l'infection chez l'humain. Toutefois, des études ont montré que la dose nécessaire pour causer l'affection est généralement plus importante. D'après des expériences alimentaires réalisées sur des sujets volontaires, la dose médiane nécessaire serait de l'ordre de 50 kystes (Hibler et coll., 1987) bien que des sujets aient été infectés à des doses bien inférieures (Rendtorff, 1978). Le temps écoulé entre l'ingestion et l'excrétion de nouveaux kystes (période prépatente) va de 6 à 16 jours. L'infection est autorésolutive et disparaît en moyenne au bout d'une à trois semaines. Certaines personnes peuvent rester des porteurs asymptomatiques, tandis que chez d'autres, la maladie peut récidiver pendant une période pouvant aller de quelques mois à un an. Lorsqu'elle perdure, la maladie peut être traitée par différents médicaments antiparasitaires.

Cryptosporidium

Les Cryptosporidium sont de petits protozoaires parasites non mobiles. Ces organismes présentent un cycle biologique complexe, multi-stades, dont le stade le plus important est la production d'oocystes ronds à paroi épaisse. On reconnaît actuellement 16 espèces dans ce genre. Deux génotypes ont principalement été associés à la maladie chez l'humain : le C. hominis (génotype 1) qui n'est signalé que chez l'humain, et le C. parvum (génotype 2) observé chez l'humain, les veaux et d'autres ruminants. D'autres espèces et génotypes ont été rencontrés, mais bien moins fréquemment.

Les humains et les bovins sont les principales sources de Cryptosporidium. Les ovins, les porcins et les chevaux sont aussi considérés comme des réservoirs (Olson et coll., 1997). Les rongeurs ne constituent pas une source importante de Cryptosporidium capables d'infecter les humains (Roach et coll., 1993).

On trouve fréquemment des oocystes dans des eaux souillées par des déchets humains ou par les excréments des animaux d'élevage provenant d'eaux usées, ou contaminées par des baigneurs et des ruissellements d'eaux pluviales. Il a été suggéré que certains oiseaux aquatiques (canards, oies, bernaches) pourraient prélever ces oocystes dans leur habitat pour aller les déposer ailleurs dans leurs déjections. Les concentrations généralement mesurées dans les eaux d'égout sont de l'ordre de 1 000-10 000 oocystes/L, tandis que dans les eaux de surface, elles se situent habituellement entre < 1 et 5 000 oocystes/100 L (Guy et coll., 2003).

On ne comprend pas encore exactement de quelle manière les Cryptosporidium causent la maladie chez l'humain. On sait que les dégâts provoqués par l'infection des globules rouges de la muqueuse de l'intestin grêle contribuent à l'apparition de la maladie. Les infections à Cryptosporidium causent des troubles de gravité variable, allant du transport asymptomatique à une maladie grave mettant en péril le pronostic vital chez les individus immunodéprimés. La maladie se caractérise principalement par une diarrhée abondante, aqueuse, et parfois mucoïde. On constate aussi des nausées, des vomissements, des douleurs abdominales, une perte de poids, une anorexie et une faible fièvre.

Plusieurs doses infectieuses médianes ont été rapportées pour les Cryptosporidium en dépit du fait que, comme dans le cas des autres pathogènes, un seul organisme suffise théoriquement à provoquer l'infection. La plupart des études alimentaires réalisées sur des volontaires portent à croire que la dose infectieuse médiane de Cryptosporidium se situerait entre 80 et 140 oocystes (DuPont et coll., 1995; Chappell et coll., 1999, 2006; Okhuysen et coll., 2002). La période prépatente (temps écoulé entre l'ingestion et l'excrétion de nouveaux kystes) dure de quatre à neuf jours. La plupart des individus en bonne santé se remettent totalement, la maladie évoluant vers la guérison en une à deux semaines. Ils peuvent continuer à excréter des oocystes dans leurs selles pendant une courte période après leur rétablissement. À l'heure actuelle, il n'existe aucun traitement efficace contre la cryptosporidiose chez les adultes. L'administration aux enfants d'un antimicrobien appelé nitazoxamide a été approuvée par la Food and Drug Administration aux États-Unis (Santé Canada, 2012b).

Épidémiologie

Les éclosions de giardiase et de cryptosporidiose, signalées en rapport avec des eaux récréatives naturelles, sont rares. Les données de surveillance publiées par les CDC pour la période 1992-2002 montrent que les Giardia étaient en cause dans 9 % (6 sur 64) des éclosions de gastro-entérite rapportées pour les eaux naturelles (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). Les foyers se situaient dans des lacs et une rivière utilisés à des fins récréatives, ainsi que dans un étang. Bien que les Giardia n'aient jamais été mis en cause dans les éclosions infectieuses enregistrées dans les eaux récréatives naturelles du Canada, il est probable que des cas se soient produits sans avoir été détectés ou signalés.

D'après les données de surveillance pour la même période, 6 (9 %) des 64 éclosions de maladies gastro-intestinales déclarées en rapport avec des eaux naturelles étaient imputables aux Cryptosporidium (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). Dans la plupart des cas, les foyers infectieux se situaient dans des lacs à vocation récréative. Une vaste éclosion dans un lac du New Jersey en 1994, qui a touché 418 personnes, a été la première éclosion de cryptosporidiose enregistrée aux États-Unis en rapport avec des eaux récréatives (Kramer et coll., 1996). La plupart des foyers de cryptosporidiose concernaient des eaux récréatives traitées telles que les parcs aquatiques, les piscines communautaires et les piscines de motel. Au Canada, la surveillance a été limitée; à ce jour, cependant, aucune éclosion de cryptosporidiose n'a été rapportée dans les eaux récréatives naturelles. Comme pour les Giardia, il est probable que des cas se soient produits sans avoir été détectés ni déclarés.

Relations avec les indicateurs

Bien qu'E. coli et les entérocoques soient de bons indicateurs des bactéries entériques pathogènes fréquemment observées dans les eaux récréatives naturelles, ils sont bien moins efficaces en tant qu'indicateurs de la présence des protozoaires. Diverses études ont montré une absence de corrélation entre les concentrations d'E. coli et d'entérocoques et la présence de Giardia et de Cryptosporidium dans les eaux de surface (Hörman et coll., 2004; Dorner et coll., 2007; Sunderland et coll., 2007). E. coli et les entérocoques sont systématiquement présents dans les excréments humains et animaux, tandis que la présence de Cryptosporidium et de Giardia dépend de la source. Par ailleurs, l'émission de ces organismes dans les matières fécales de sources reconnues peut être intermittente et saisonnière. Les kystes de Giardia et les oocystes de Cryptosporidium sont aussi plus résistants aux stress que les bactéries et peuvent survivre pendant des périodes plus longues dans l'environnement.

Autres protozoaires entériques potentiellement préoccupants

D'autres protozoaires entériques pathogènes tels que les Entamoeba et les Toxoplasma peuvent également être libérés dans les excréments humains et animaux et peuvent donc, en toute logique, contaminer les eaux récréatives. Aucune éclosion associée à ces organismes n'a été rapportée à ce jour dans les eaux récréatives. On ne pense pas que les activités aquatiques récréatives constituent un facteur de risque important pour ce qui est des maladies causées par ces organismes.

5.3.2 Protozoaires libres

Les protozoaires libres reconnus comme les plus importants pour les eaux récréatives naturelles sont les Naegleria et les Acanthamoeba.

Naegleria fowleri

Les Naegleria sont de petites amibes thermophiles libres des milieux dulcicoles. Le genre Naegleria compte six espèces. N. fowleri est le principal pathogène chez l'humain et l'espèce la plus préoccupante dans les eaux récréatives. Il a un cycle biologique multi-stades, dont un stade trophozoïte alimentaire mobile, un stade flagellé sans reproduction et un stade kystique résistant aux stress environnementaux.

N. fowleri peut être observé dans les eaux douces et les sols du monde entier. Il a été isolé dans des eaux naturelles et artificielles, notamment des lacs, des rivières, des sources chaudes, des piscines, des bains d'hydrothérapie et l'eau du robinet. Aucun réservoir humain ou animal n'a été identifié. L'organisme préfère les eaux chaudes, pouvant tolérer des températures de l'ordre de 40-45 °C (Percival et coll., 2004). Les eaux douces tropicales et subtropicales et les sources chaudes se prêtent particulièrement bien à sa survie. Dans les eaux froides, on pense que la forme kystique peut survivre dans les sédiments des lacs et des rivières (Pond, 2005).

N. fowleri cause une maladie du système nerveux central appelée méningo-encéphalite amibienne primitive (MEAP) qui est presque toujours mortelle. Chez l'humain, l'infection survient lorsque les amibes ont été inhalées ou introduites avec force dans les voies nasales (p. ex. pendant un plongeon, un saut, une chute ou la nage sous l'eau). Suite à son inhalation, l'organisme s'introduit par les voies nasales jusqu'au cerveau où il endommage les cellules du système olfactif et le cortex cérébral. La maladie se déclare rapidement. Les symptômes incluent de violentes céphalées, une forte fièvre, une sensation de pression intracrânienne, une raideur du cou, un état mental modifié, puis un coma qui aboutit à la mort. La maladie peut être traitée, mais elle exige un diagnostic rapide et un traitement antimicrobien agressif. Cet organisme serait sensible à l'amphotéricine B.

On a également avancé que les Naegleria pourraient être des hôtes naturels de la bactérie pathogène Legionella. On pense que le fait d'être abritée à l'intérieur des Naegleria offre à cette bactérie un milieu propice à la reproduction, tout en la protégeant des stress environnementaux.

Les cas de méningo-encéphalite amibienne primitive sont extrêmement rares; aux États-Unis, on les estime à environ un cas pour 2,5 millions de baigneurs (Visvesvara et Moura, 2006). Selon les données de surveillance, 29 cas ont été signalés dans ce pays pour la période 1992-2002, avec une incidence moyenne de 0-6 cas par an (Moore et coll., 1993; Kramer et coll., 1996; Levy et coll., 1998; Barwick et coll., 2000; Lee et coll., 2002; Yoder et coll., 2004). Les éclosions rapportées ont été limitées aux États du sud des États-Unis, en particulier la Floride, le Texas, l'Oklahoma, la Californie, la Géorgie et la Caroline du Nord. Il n'y a pas à ce jour de cas de méningo-encéphalite amibienne primitive déclaré suite à un contact avec des eaux récréatives naturelles canadiennes. La très grande majorité des faits suggère que la méningo-encéphalite amibienne primitive ne constitue probablement pas, au Canada, une préoccupation sanitaire. Des chercheurs ont toutefois avancé que l'accroissement de la température des lacs induit par le changement climatique pourrait entraîner une augmentation de la prévalence de cet organisme (Rose et coll., 2001; Schuster et Visvesvara, 2004). Il existe donc un risque que dans l'avenir, cet organisme et sa maladie associée deviennent une préoccupation émergente dans les eaux récréatives du Canada et du nord des États-Unis.

Acanthamoeba

Les Acanthamoeba sont de petites amibes libres. Leur cycle biologique se compose de deux stades, un stade trophozoïte alimentaire et un stade kystique résistant aux stress environnementaux. Le genre Acanthamoeba compte environ 20 espèces. Les espèces les plus fréquemment associées à des infections chez l'humain sont A. culbertsoni, A. polyphaga et A. castellanii.

On pense que les Acanthamoeba sont omniprésentes dans l'environnement. On les trouve dans les eaux douces, marines et estuariennes, les sources chaudes, les sols, les eaux usées et les installations d'approvisionnement en eau, comme les robinets et les condenseurs de conditionneurs d'air.

Les espèces pathogènes d'Acanthamoeba provoquent deux maladies distinctes au plan clinique : la kératite amibienne (KA), une infection douloureuse de la cornée mettant les fonctions visuelles en péril, causée par A. polyphaga et A. castellanii; et l'encéphalite amibienne granulomateuse (EAG), maladie mortelle du système nerveux central provoquée par A. culbertsoni. Les infections surviennent par inhalation ou par contact direct avec la muqueuse de l'oeil ou les écorchures ou traumatismes cutanés.

Bien que les espèces pathogènes d'Acanthamoeba puissent être transmises par l'eau, le contact avec les eaux récréatives n'est pas considéré comme un facteur de risque important pour l'une ou l'autre de ces maladies. Le manque d'hygiène chez les porteurs de lentilles de contact (utilisation de solutions contaminées, désinfection insuffisante) constitue le principal risque de kératite amibienne. L'infection peut aussi se déclarer chez des personnes portant des lentilles de contact pour se baigner dans des lacs ou des étangs; le risque est toutefois considéré comme extrêmement faible. À l'heure actuelle, le contact avec les eaux récréatives n'est pas considéré comme un facteur de risque d'encéphalite amibienne granulomateuse.

Il a par ailleurs été suggéré que les Acanthamoeba pourraient être des hôtes naturels de certaines bactéries pathogènes libres, à savoir les Legionella et les Mycobacterium. On pense que le fait d'être abrités à l'intérieur des Acanthamoeba offre à ces organismes un milieu propice à la reproduction, tout en les protégeant des stress environnementaux.

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