Variants du SRAS-CoV-2 : Définitions, classifications et mesures de santé publique nationales

Dernière mise à jour : 23 décembre 2021

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L'Agence de la santé publique du Canada, en collaboration avec les autorités de santé publique provinciales et territoriales, a créé le groupe de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 afin de surveiller et d'évaluer l'incidence des variants du SRAS-CoV-2 sur la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins, des traitements et des diagnostics. Le groupe de surveillance a élaboré des projets nationaux de définitions, de classifications et de mesures de santé publique pour les variants d'intérêt et les variants préoccupants du SRAS-CoV-2, ainsi que les sous lignées qui en sont issues.

Variant préoccupant

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant préoccupant si une évaluation comparative révèle qu'il est associé à :

ou

est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par l'OMS;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant préoccupant, il est possible de prendre les mesures suivantes :

Tableau 1. Variants préoccupants. Mis à jour le 23 décembre 2021
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désignation
Alpha B.1.1.7 et lignées Q Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 2Note de bas de page 3
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 4Note de bas de page 5Note de bas de page 6
14 mai 2021
Bêta B.1.351 et lignées AZ Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 7
Preuve d'un effet sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux Note de bas de page 8
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 9,Note de bas de page 4Note de bas de page 10
14 mai 2021
Gamma P.1 Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 11Note de bas de page 12
Preuve d'un effet sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux Note de bas de page 8
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 13
14 mai 2021
Delta B.1.617.2 et lignées AY Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 14Note de bas de page 15
Preuve d'un effet sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux Note de bas de page 16Note de bas de page 17
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 4Note de bas de page 5
20 juillet 2021
Omicron B.1.1.529 et lignées BA

Preuve d'une transmissibilité accrueNote de bas de page 18

Preuve préliminaire d'un risque accru de réinfectionNote de bas de page 19

Preuve préliminaire d'une neutralisation réduite par les sérums après la vaccinationNote de bas de page 20,Note de bas de page 21

28 novembre 2021
*Englobe toutes les lignées descendantes.

Variant d'intérêt

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant d'intérêt s'il :

possède un génome présentant des mutations associées à des modifications de l'épidémiologie, de l'antigénicité ou de la virulence, ou des modifications susceptibles d'avoir un effet négatif sur les diagnostics, les vaccins, les traitements ou les mesures de santé publique disponibles;

et

est connu pour être à l'origine de la transmission dans la communauté, de plusieurs cas ou de concentration de cas de COVID-19 au Canada ou a été détecté dans plusieurs pays;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant d'intérêt, les mesures peuvent être les suivantes :

Tableau 2. Variants d'intérêt. Mis à jour le 23 décembre 2021
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désignation
Êta B.1.525 Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence
14 mai 2021
Mu B.1.621 Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination
5 août 2021
s.o. B.1.1.318 Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence
14 mai 2021
s.o. B.1.621 Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence
5 août 2021
*Englobe toutes les lignées descendantes.

Désescalade

Le SRAS-CoV-2 évolue constamment et produit sans cesse de nouvelles lignées. Au fil du temps, certaines sous-lignées peuvent devenir prévalentes, tandis que d'autres disparaissent et ne présentent plus de danger pour la santé publique. Les variants préoccupants et les variants d'intérêt font l'objet d'une désescalade s'ils ne sont pas observés au Canada pendant seize semaines consécutives ou si des données probantes montrent que, par rapport aux lignées en circulation, ils ne contribuent plus à augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et n'affectent pas l'efficacité des méthodes de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles ni des mesures de santé publique en vigueur. La stratégie de désescalade du Canada peut être modifiée si la situation l'exige. Les variants préoccupants et les variants d'intérêt qui font l'objet d'une désescalade continuent d'être surveillés et évalués, de manière à détecter les changements et les recrudescences possibles.

Tableau 3. Variants ayant fait l'objet d'une désescalade. Dernière modification : 23 décembre 2021.
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désescalade
Epsilon B.1.427
B.1.429
Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une neutralisation modérée par certains traitements par anticorps monoclonaux Note de bas de page 8
12 novembre 2021
Zeta P.2

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence

9 septembre 2021
Thêta P.3

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence

9 décembre 2021
Iota B.1.526

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence

9 décembre 2021
Kappa B.1.617.1 Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1
Données préliminaires indiquant un effet sur la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 16Note de bas de page 17
1er octobre 2021
Lambda C.37 Données préliminaires indiquant une réduction modérée de la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 22 9 décembre 2021
s.o. A.23.1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence

14 octobre 2021
s.o. B.1.617.3

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination

20 juillet 2021
*Englobe toutes les lignées descendantes.

Références

Note de bas de page 1

Campbell, F et al. (2021) Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021. Eurosurveillance doi: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509

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Note de bas de page 2

Davies, N. G. et al. (2021) Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7. Nature doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03426-1

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Note de bas de page 3

Challen, R. et al. (2021) Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJdoi: http://doi.org/10.1136/bmj.n579

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Note de bas de page 4

Nasreen, S. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against variants of concern, Canada. medRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.06.28.21259420

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Note de bas de page 5

Bernal, J. L. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. medRxiv, doi: https://doi.org/2021.05.22.21257658

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Note de bas de page 6

Cele, S. et al. (2021) Escape of SARS-CoV-2 501Y.V2 from neutralization by convalescent plasma. Nature, doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03471-w

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Note de bas de page 7

Jassat, W. et al. (2021) Increased mortality among individuals hospitalised with COVID-19 during the second wave in South Africa. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.09.21253184

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Note de bas de page 8

US FDA (2021) U. S. Fact sheet for health care providers emergency use authorization (Eua) of bamlanivimab and etesevimab. https://www.fda.gov/media/145802/download

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Note de bas de page 9

Madhi, S. A. et al. (2021)Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant. N. Engl. J. Med. doi: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2102214

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Note de bas de page 10

Lustig, Y. et al. (2021) Neutralizing Response against Variants after SARS-CoV-2 Infection and One Dose of BNT162b2. N. Engl. J. Med., doi: https://doi.org/10.1056/NEJMc2104036

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Note de bas de page 11

Funk, T. et al. (2021) Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021. Eurosurveillance, doi: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.16.2100348

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Note de bas de page 12

Freitas, A. R. R. et al. (2021) The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.13.21255281

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Note de bas de page 13

Wang, P. et al. (2021) Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization. CSHL, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.01.433466

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Note de bas de page 14

Sheikh, A. et al. (2021) SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness. Lancet, doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)01358-1

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Note de bas de page 15

Ong, S. W. X., et al. (2021). Clinical and Virological Features of SARS-CoV-2 Variants of Concern: A Retrospective Cohort Study Comparing B.1.1.7 (Alpha), B.1.315 (Beta), and B.1.617.2 (Delta). SSRN, doi: https://doi.org/10.2139/ssrn.3861566

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Note de bas de page 16

Hoffmann, M. et al. (2021) SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442663

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Note de bas de page 17

Liu, C. et al. (2021) Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell, doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.020

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Note de bas de page 18

European Centre For Disease Control (2021) Threat Assessment Brief: Implications of the further emergence and spread of the SARS CoV 2 B.1.1.529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA first update. https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/covid-19-threat-assessment-spread-omicron-first-update

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Note de bas de page 19

Pulliam, J.R.C. et al. (2021) Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. bioRxiv, doi : https://doi.org/10.1101/2021.11.11.21266068

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Note de bas de page 20

Pfizer and BioNTech (2021) Update on Omicron Variant. Press Release, https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant

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Note de bas de page 21

Cele, S. et al. (2021) SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection. In bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2021.12.08.21267417

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Note de bas de page 22

Tada, T. et al. (2021) SARS-CoV-2 Lambda Variant Remains Susceptible to Neutralization by mRNA Vaccine-elicited Antibodies and Convalescent Serum. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.02.450959

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