ARCHIVÉ - Rapport sur la surveillance canadienne intégrée : Salmonella, Campylobacter, E. coli producteur de vérotoxine et Shigella, de 2000 à 2004

 

Annexe A : Sources des données

La présente section décrit les sources de données utilisées pour produire le rapport intégré. Les données sur les cas humains figurant dans le présent rapport sont tirées des sources suivantes :

  • Base de données nationale sur les maladies à déclaration obligatoire – sommaire (MDOS)
  • Programme des maladies entériques, base de données du Laboratoire national de microbiologie (LNM)
  • PulseNet Canada – Base de données de PulseNet Canada
  • Base de données du Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME)
  • Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA)
  • Base de données sur la morbidité hospitalière (BDMH) de l'Institut canadien d'information sur la santé (ICIS)
  • Base de données sur la mortalité – Statistique de l'état civil de Statistique Canada

Les données sur les isolats provenant de sources non humaines ont été fournies par :

  • Laboratoire de lutte contre les zoonoses d'origine alimentaire (LLZOA)
  • Inclut les isolats non humains du PICRA (composantes sur les abattoirs et les aliments vendus au détail)

Section 1

Les données dans la base de données du Système national des maladies à déclaration obligatoire (SNMDO) englobent les données que les unités/ autorités locales de santé publique sont tenues de recueillir. Ces données ont été communiquées par l'intermédiaire des ministères provinciaux/ territoriaux de la Santé à la Direction générale des maladies infectieuses et des mesures d'urgence de l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) pour être incluses dans le SNMDO. Les données sont soumises pour chaque cas ou sous forme agrégée. Les données sur chaque cas incluent les rapports « confirmés » (détection en laboratoire du pathogène) et « fermés » (enquête terminée). Huit provinces et territoires ont fourni des données pour chaque cas, mais l'exhaustivité des données enregistrées dans les champs ainsi que les valeurs variaient selon la région. On disposait toutefois de données sur la maladie, la province et la date pour tous les cas. L'information sur la date variait, allant de la date du diagnostic à la date de réception du rapport. Parmi les autres données facultatives figuraient l'âge, le sexe et le facteur de risque comme les voyages et le mode de transmission.
Des données agrégées sont disponibles pour toutes les provinces et tous les territoires au Canada. Les renseignements ont été regroupés par maladie (p. ex. salmonellose), groupe d'âge, sexe, année et mois, et aucun renseignement sur un cas particulier n'a été inclus. Les chiffres pour le Nunavut ont été intégrés dans les totaux provinciaux/territoriaux à partir d'avril 1999. Toutes les données ont été vérifiées à l'échelle de la province ou du territoire. On a ainsi résumé les rapports mensuels pour obtenir un rapport annuel, qui a été retourné à la province ou au territoire d'origine pour une vérification. Une fois les données mises à jour et approuvées, elles ont été renvoyées à l'ASPC. Ces données sont ensuite affichées sur le site Web Maladies à déclaration obligatoire en direct à l'adresse http://dsol-smed.phac-aspc.gc.ca/dsol-smed/ndis/index_f.html.

Section 2

Les données fournies par le Programme des maladies entériques, Laboratoire national de microbiologie (LNM – anciennement le Laboratoire national de bactériologie et des entéropathogènes) proviennent surtout des laboratoires de référence et de santé publique provinciaux de même que des travaux effectués au LNM. Les laboratoires locaux et régionaux ont transmis certains isolats d'entéropathogènes aux laboratoires provinciaux pour confirmation et identification. Certains isolats des laboratoires provinciaux ont été envoyés au LNM pour des services d'analyse spécialisée, telle qu'une confirmation et une caractérisation plus poussée de la souche. Les laboratoires provinciaux ont également communiqué au LNM des données agrégées sur tous les entéropathogènes à déclaration obligatoire détectés chaque mois. Les ensembles de données pour chaque patient et de données agrégées incluaient les renseignements suivants : micro organisme, province, espèce, sérotype, source (seulement les données sur les sources humaines sont incluses dans le présent rapport), provenance de l'isolat (p. ex. selles, urine), renseignements sur les voyages, renseignements sur l'éclosion si possible, et âge et sexe. Les deux ensembles renfermaient de plus des renseignements sur la date, mais dans l'ensemble de données agrégées, il s'agissait de la date de déclaration, alors que dans l'ensemble de données non agrégées, c'était la date de l'isolement qui était indiquée. On peut obtenir d'autres détails sur ces données dans les sommaires annuels [Sommaires annuels des données de surveillance en laboratoire pour les entéropathies au Canada, 2000 2004 (http://nml-lnm.gc.ca/NESPPNSME/ index-fra.htm)].

Le Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) est un système de surveillance qui est géré conjointement par le Centre des maladies infectieuses d'origine alimentaire, environnementale et zoonotique (CMIOAEZ) et le Programme des maladies entériques, Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l'Agence de la santé publique du Canada, en coopération avec les laboratoires provinciaux de santé publique et les laboratoires centraux de référence (LSP). Chaque semaine le système reçoit des LSP les totaux hebdomadaires agrégés des nouvelles détections d'un groupe choisi d'entéropathogènes afin de produire des analyses et des rapports nationaux hebdomadaires. Le programme suit un vaste éventail de maladies d'origine bactérienne, virale et parasitaire dont l'agent est identifié au niveau de l'espèce ou du sérotype. Le programme a été étendu à l'échelle nationale en avril 1997, et l'année 1998 marque la première année civile entière de collecte de données. Seules les données à compter de 1998 ont été utilisées pour le présent rapport. On retrouve parmi ces données des nombres totaux par semaine et par espèce ou sérotype pour chaque province et territoire. Des renseignements additionnels ont aussi été consignés, si possible, sur la résistance aux antimicrobiens, les éclosions et les grappes de cas, les sites d'isolement inhabituels et les voyages.

Section 3

Données sur les éclosions et les grappes de cas

Les données sur les éclosions et les grappes de cas englobent de l'information recueillie par divers systèmes de surveillance, dont le LNM, le PNSME et PulseNet Canada, de même que les résultats d'enquêtes auxquelles le LNM et le CMIOAEZ ont participé. Le PNSME définit une grappe de cas comme un groupe de cas qui présente un taux d'incidence plus élevé que prévu dans le temps ou l'espace mais pour lequel aucun lien épidémiologique ou des liens faibles ont été établis. Une éclosion est définie comme un groupe de cas qui présente un taux d'incidence plus élevé que prévu dans le temps ou l'espace et qui fait l'objet d'une enquête visant à déterminer la source des infections. Il n'existe actuellement aucun système national de déclaration des éclosions; les données sur les éclosions ne sont donc peut être pas représentatives de toutes les éclosions qui sont survenues au Canada durant cette période. De même, les nombres de cas signalés peuvent ne pas donner une image fidèle de la distribution finale des cas ni du nombre total de cas associés aux éclosions. Bien que les données sur les cas associés aux éclosions soient enregistrées dans la base de données sur les MDOS, il n'existe pas de code d'identification unique liant les cas associés à des éclosions; tout comme pour le LNM/PNSME, les nombres de cas associés à des éclosions peuvent ne pas représenter les nombres finals réels de cas.

Description du cadre d'exposition (données du PNSME et du LNM)

Les éclosions communautaires regroupaient des cas non liés (c. à d. non issus d'un même ménage ou n'ayant pas participé à un événement institutionnel) qui souffraient d'une maladie similaire pouvant être liés épidémiologiquement (associés dans le temps ou l'espace ou partageant une même exposition). En ce qui concerne les événements et les réceptions ou réunions privées, les cas d'infection sont liés à des groupes de personnes ayant toutes été exposées à des événements spécifiques (p. ex. banquets, noces, fêtes). Les éclosions associées à un service alimentaire mettent en cause des établissements alimentaires (p. ex. restaurants, cafétérias, boulangeries) ou la distribution commerciale de repas préparés. Les grappes familiales de cas regroupent en général un petit nombre de membres de la famille immédiate et des amis et peuvent inclure des cas de transmission secondaire ou peuvent être liées à une communauté plus importante ou à d'autres événements. Un établissement résidentiel est un lieu où résident des personnes soignées par du personnel pendant une courte ou une longue période (p. ex. maisons de santé, hôpitaux). Les établissements non résidentiels englobent les garderies, les écoles, les collèges, les universités, etc. Les éclosions associées aux voyages qui surviennent au Canada sont incluses dans le présent rapport, mais les grappes de cas associées à des voyages à l'étranger ne le sont pas.

Section 4

Le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA), créé en 2002, est un programme national qui se consacre à la collecte, à l'intégration, à l'analyse et à la publication des tendances sur l'utilisation des antimicrobiens et le développement de la résistance à ces agents chez certaines bactéries isolées chez les humains, les animaux et dans les aliments à l'échelle du Canada. Plusieurs composantes de surveillance représentatives et méthodologiquement uniformes peuvent être couplées afin de permettre au programme d'examiner la relation entre les antimicrobiens utilisés chez les animaux destinés à l'alimentation et chez les humains ainsi que les effets sur la santé qui en découlent. Entre 2002 et 2004, les activités du PICRA ont porté sur deux composantes de surveillance actives : 1) la surveillance en abattoir, notamment le recueil et l'analyse d'isolats d'E. coli générique et de Salmonella dans le contenu intestinal d'animaux en santé avant leur abattage dans tout le Canada; et 2) la surveillance des produits vendus au détail, notamment le recueil et l'analyse d'isolats d'E. coli générique, de Salmonella et de Campylobacter dans des viandes vendues au détail en Ontario et au Québec. Le programme a également recueilli des données de surveillance passive sur la résistance aux antimicrobiens (RA) dans des isolats de Salmonella provenant d'échantillons humains et d'échantillons d'animaux malades prélevés dans différents laboratoires un peu partout au Canada. Pour le présent rapport, seuls les isolats humains et non humains de Salmonella recueillis entre 2002 et 2004 ont été inclus.

La composante Surveillance des isolats cliniques humains du PICRA consiste à fournir des données représentatives sur les isolats de Salmonella à l'échelle provinciale. Tous les isolats humains de Salmonella reçus par les laboratoires provinciaux de santé publique au Nouveau-Brunswick, à Terre-Neuve, en Nouvelle-Écosse, au Manitoba, à l'Île-du-PrinceÉdouard et en Saskatchewan sont transmis au Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada à Winnipeg, Manitoba. Les provinces plus populeuses (Alberta, Colombie- Britannique, Ontario et Québec) envoient les isolats reçus entre le 1er et le 15e jour de chaque mois. En outre, tous les isolats humains de S. Newport et de S. Typhi sont expédiés au Laboratoire national de microbiologie à cause, respectivement, des craintes concernant l'émergence d'une multirésistance et de leur importance clinique.

Section 5

Les données du Laboratoire de lutte contre les zoonoses d'origine alimentaire (LLZOA) portaient sur les isolats de Salmonella provenant de sources non humaines qui lui ont été envoyés pour des analyses. Ce laboratoire joue le rôle de centre national pour le sérotypage de Salmonella de sources non humaines. Pour le présent rapport, les isolats provenant de projets de recherche et de programmes d'assurance de la qualité ont été exclus. En revanche ont été incluses, les données issues d'une évaluation environnementale ou de programmes sur la qualité des aliments (p. ex. troupeaux d'approvisionnement, exportation, surveillance de la qualité), celle sur les échantillons soumis pour un diagnostic vétérinaire, sur les composantes surveillance en abattoir et surveillance des produits vendus au détail du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) (voir la description du PICRA ci dessus). Les isolats ont été transmis par les laboratoires vétérinaires provinciaux, d'autres laboratoires fédéraux, des laboratoires d'université, des laboratoires privés de même que des organismes effectuant des enquêtes sur des éclosions. Il y avait cependant un manque d'uniformité dans la soumission des isolats durant la période étudiée dans le rapport, car les types d'échantillons et la distribution régionale variaient d'une année à l'autre. Un certain nombre de données étaient recueillies systématiquement pour chaque dossier : source de l'isolat, type d'échantillon, espèce ou produit, laboratoire d'origine, numéro de l'échantillon, date du prélèvement, province, comté ou municipalité, établissement, programme, priorité, sérotype, lysotype et caractéristiques biochimiques. Pour plus de détails, on peut consulter les sommaires annuels [Sommaires annuels des données de surveillance en laboratoire pour les entéropathies au Canada, 2000 2004 (http://www.nml-lnm.gc.ca/index-fra.htm)].

Section 6

La Base de données sur la morbidité hospitalière (BDMH) de l'ICIS enregistre des données administratives, cliniques et démographiques sur les patients hospitalisés dans des établissements de soins de courte durée et dans certains établissements de soins de longue durée et de réadaptation dans tout le Canada. Pour le présent rapport, nous avons choisi des dossiers où l'on avait indiqué les entéropathogènes suivants dans les trois premiers codes de diagnostic de la Classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexes, Neuvième révision et Dixième révision (CIM 9 et CIM 10 : Choléra (001.0 001.9 et A000, A001 et A009), Fièvres typhoïde et paratyphoïde (002.0 002.9 et A010 A014), Salmonellose (003.0 003.9 et A020 A029), Shigellose (004.0 004.9 et A030 A039), Autres toxi infections alimentaires (005.0 005.9 et A050 A059), Amibiase (006.0 006.9 et A060 A069), Autres maladies intestinales à protozoaires (007.0 007.9 et A071 A079), Infection entéropathogène à Escherichia coli (008.0 et A040 A044), Autres micro-organismes (008.1 008.8 et A046 A049), Charbon gastro intestinal (022.2 et A222), Listériose (027.0 et A32) et Hépatite A virale (007.0 007.1 et A080 A085). Seuls les quatre premiers chiffres de la CIM 9 étaient disponibles; les données ne sont donc pas assez précises pour permettre l'analyse des cas d'infection à Campylobacter. Dans le CIM 10, l'entérite à Campylobacter est identifiée par le code A045; seuls les nombres de cas codés à l'aide de la CIM 10 sont ainsi présentés dans le rapport. Les données de l'ICIS sont enregistrées par année financière, mais elles ont été analysées par année civile. Au nombre des variables clés figuraient les codes diagnostiques, l'âge, le sexe, la province ou le territoire et le code de départ (p. ex. congé ou décès).


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