Cryptococcus gattii : Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes

Section I – Agent infectieux

Nom

Cryptococcus gattii

Type d'agent

Champignons

Taxonomie

Famille

Cryptococcaceae

Genre

Cryptococcus

Espèce

gattii

Synonyme ou renvoi

Auparavant nommé Cryptococcus neoformans var. gattii et Cryptococcus neoformans sérotypes B et C^{Note de bas de page1}; la taxonomie proposée de C. gattii comprend C. gattii sensu stricto (VGI), C. deuterogattii (VGII), C. bacillisporus (VGIII), C. tetragattii (VGIV) et C. decagattii (VGIV/VGIIIc), collectivement nommés complexes d'espèces C. gattii^{Note de bas de page2}; et également connu sous le nom de cryptococcose^{Note de bas de page2}.

Caractéristiques

Brève description

C. gattii est un basidiomycète dimorphique qui se présente principalement sous forme de levure mais qui peut se transformer en hyphes filamenteux pendant le développement sexuel. La forme téléomorphe de C. gattii est Filobasidiella gattii^{Note de bas de page2}. Les hyphes forment le mycélium et produisent des basidospores^{Note de bas de page2}. Les cellules de levures haploïdes sont encapsulées, rondes ou ovales et mesurent environ 5 à 20 μm de diamètre^{Note de bas de page3}. Le génome est organisé en 14 chromosomes d'une taille totale d'environ 18,4 Mb^{Note de bas de page4}.

Propriétés

Les cellules C. gattii sont capables de se reproduire dans les phagosomes des macrophages de l'hôte et peuvent échapper à la phagocytose par les autres cellules immunitaires innées^{Note de bas de page5Note de bas de page6}, la capsule de polysaccharide joue un rôle dans l'évasion et la suppression de la réponse immunitaire de l'hôte; la mélanine protège contre le stress oxydatif; les enzymes, comme les invasines, la phospholipase B, l'uréase, la superoxyde dismutase et le tréhalose, jouent un rôle dans la dissémination de l'agent pathogène fongique dans l'hôte et le transport à travers la barrière hémato-cérébrale^{Note de bas de page2Note de bas de page7Note de bas de page8Note de bas de page9}.

Certains génotypes de C. gattii (p. ex., VGI, VGII, VGIII) sont plus souvent isolés d'infections chez les hôtes immunocompétents, tandis que d'autres génotypes ont tendance à affecter principalement les hôtes immunodéprimés^{Note de bas de page2Note de bas de page10Note de bas de page11}. Les caractéristiques cliniques et la progression de la maladie diffèrent d'un membre à l'autre du complexe d'espèces C. gattii^{Note de bas de page2Note de bas de page12}. Par exemple, VGII est considéré comme un génotype très virulent^{Note de bas de page2Note de bas de page12}.

C. gattii peut se reproduire à la fois sexuellement (basidiospores) et asexuellement (bourgeonnement de levures). Il existe deux types d'accouplement : MATa et MATα^{Note de bas de page2}. Les cellules opposées ou du même type d'accouplement peuvent se reproduire sexuellement^{Note de bas de page2}.

Section II – Identification des dangers

Pathogénicité et toxicité

Les infections de C. gattii affectent généralement les voies respiratoires ou le système nerveux central (SNC), mais d'autres parties du corps (p. ex., peau, os, ganglions lymphatiques, tissus mous) peuvent également être impliquées^{Note de bas de page2Note de bas de page13Note de bas de page14Note de bas de page15}. La proportion de cas affectant le SNC sous forme de méningite ou d'infection cérébrale varie de 18 % à 85 % chez les souches^{Note de bas de page2Note de bas de page11Note de bas de page16}.

Les symptômes de la maladie pulmonaire comprennent la toux, la douleur thoracique et l'hémoptysie^{Note de bas de page2Note de bas de page11}. Les individus peuvent être asymptomatiques avec la présence de lésions massiques (cryptococcomas) aux sites infectés^{Note de bas de page2Note de bas de page11}. Les symptômes de la maladie neurologique comprennent les maux de tête, la fièvre, les nausées, la confusion, les troubles visuels et la raideur au cou^{Note de bas de page2Note de bas de page7Note de bas de page11Note de bas de page17Note de bas de page18}. La méningite est la présentation clinique la plus fréquente chez les enfants et les patients séropositifs^{Note de bas de page2Note de bas de page18}.

Les complications associées aux infections du SNC comprennent l'hydrocéphalie (17-50 %), l'augmentation de la pression intracrânienne, la papilledémie, la déficience visuelle ou la cécité (18-53 %) et la surdité^{Note de bas de page2}. On a décrit le syndrome inflammatoire de reconstitution immunitaire (9-17 %), associé à l'aggravation des symptômes de la maladie, des semaines à des mois après le début du traitement avec des médicaments antifongiques^{Note de bas de page16Note de bas de page19Note de bas de page20}. Des séquelles neurologiques, comme une déficience visuelle, ont été signalées après la fin du traitement^{Note de bas de page2}. Les rechutes sont rares (4,4 %)^{Note de bas de page20} mais il y a eu de rares cas qui, on suspecte, seraient causés par des infections latentes qui seraient réapparues chez des individus^{Note de bas de page21}.

Les taux de mortalité des infections à C. gattii varient selon de nombreux facteurs, dont l'accès aux ressources en santé, le génotype de C. gattii et le statut immunitaire de l'hôte^{Note de bas de page2Note de bas de page7}. La létalité des cas, chez les personnes immunocompétentes où le SNC est affecté, varie de 9 à 42 %^{Note de bas de page7}.

C. gattii est principalement associé à une infection nasale et respiratoire des voies inférieures chez les koalas, les chevaux, les moutons et les chèvres, mais des cas de maladies disséminées et de SNC affectés ont été signalés^{Note de bas de page2Note de bas de page3Note de bas de page22Note de bas de page23}. Des infections asymptomatiques ont été découvertes chez les koalas^{Note de bas de page24Note de bas de page25}. Les chats ont souvent des infections de la cavité nasale et paranasale^{Note de bas de page2}. Les autres sites d'infection comprennent la peau, les ganglions lymphatiques, le cerveau, les méninges et les yeux^{Note de bas de page2}. Chez les chiens, les infections sont généralement disséminées impliquant la cavité nasale, le SNC, la peau, les reins et le tractus gastro-intestinal^{Note de bas de page2}. Les symptômes de l'infection respiratoire comprennent l'éternuement, la décharge nasale et la léthargie. Les symptômes neurologiques comprennent le trébuchement, la paralysie et, dans certains cas, la cécité^{Note de bas de page2}. En général, les cas nasaux et pulmonaires sont traitables^{Note de bas de page26Note de bas de page27}, mais l'implication du SNC est associée avec une probabilité accrue de maladie grave et de mortalité^{Note de bas de page28Note de bas de page29Note de bas de page30}.

Épidémiologie

Les membres du complexe d'espèces C. gattii se retrouvent dans le monde entier; chaque génotype de C. gattii a une répartition géographique différente^{Note de bas de page2Note de bas de page7}. C. gattii est endémique dans certaines régions, dont l'Australie (0,61 cas par million de personnes par an)^{Note de bas de page2}; la Colombie-Britannique, Canada^{Note de bas de page11}; le Pacifique Nord-Ouest, États-Unis^{Note de bas de page31}; la Papouasie–Nouvelle-Guinée (42,8 cas par million de personnes par an)^{Note de bas de page7}; le Brésil^{Note de bas de page32}; et certaines parties de l'Afrique^{Note de bas de page2}. L'incidence annuelle moyenne de la cryptococcose en Colombie-Britannique, au Canada, durant l'épidémie de 1999-2007 était de 5,8 cas par million de personnes par an^{Note de bas de page11} et le taux de mortalité pendant l'épidémie était de 23 %^{Note de bas de page20}. Cette épidémie de cryptococose s'est par la suite propagée dans le Pacifique Nord-Ouest des États-Unis^{Note de bas de page33}.

Les estimations de l'incidence mondiale de la cryptococcose et des décès attribuables à C. gattii sont incertaines. Moins de 20 % de la cryptococose humaine du SNC est attribuable à C. gattii^{Note de bas de page17Note de bas de page34Note de bas de page35}. La cryptococose est généralement rare chez les enfants^{Note de bas de page2}.

Des éclosions de cryptococcose chez les chèvres et les chevaux ont été signalées^{Note de bas de page22Note de bas de page23}. En 2003, en Colombie-Britannique au Canada, on a signalé une éclosion de cryptococcose touchant des chiens, des chats, des furets et un oiseau^{Note de bas de page36}.

La présence d'autoanticorps anti-granulocyte-macrophage stimulant la colonie est associée à la cryptococcose du SNC chez des individus apparemment immunocompétents^{Note de bas de page37Note de bas de page38}. Les conditions associées à un risque accru d'infection à C. gattii comprennent l'infection à VIH, le cancer invasif, la transplantation d'organes solides, les médicaments immunosuppresseurs et le tabagisme^{Note de bas de page2}. Un état immunodéprimé est également associé à un taux de mortalité plus élevé^{Note de bas de page16}.

Gamme d'hôtes

Hôtes naturels

Humains, moutons^{Note de bas de page23}, lamas^{Note de bas de page33}, cerfs^{Note de bas de page29}, chèvres^{Note de bas de page22}, chevaux^{Note de bas de page23Note de bas de page27Note de bas de page28}, furets^{Note de bas de page39Note de bas de page40}, chats^{Note de bas de page2Note de bas de page26}, chiens^{Note de bas de page2Note de bas de page41}, koalas^{Note de bas de page42}, marsouins^{Note de bas de page43Note de bas de page44}, phoques^{Note de bas de page30}, et des espèces aviaires^{Note de bas de page45Note de bas de page46}.

Autres hôtes

Les rats^{Note de bas de page47}, les souris^{Note de bas de page48} et les poissons zèbres^{Note de bas de page49} ont été infectés expérimentalement.

Dose infectieuse

Inconnue.

Période d'incubation

Environ 2 à 13 mois, mais peut atteindre plusieurs années^{Note de bas de page2Note de bas de page50}.

Transmissibilité

La voie de transmission principale est l'inhalation de propagules infectieuses aéroportées (c.-à-d. cellules de levures desséchées, basidospores) dans les voies respiratoires^{Note de bas de page2Note de bas de page51}. On a signalé la transmission de C. gattii par inoculation directe^{Note de bas de page52Note de bas de page53}.

Section III – Dissémination

Réservoir

C. gattii peut être présent dans la cavité nasale et les voies respiratoires inférieures des humains et des animaux, dans certains cas sans causer de symptômes cliniques^{Note de bas de page11Note de bas de page42}. L'exposition à des sources environnementales de C. gattii associées aux arbres ou au sol est probablement la principale source d'infection humaine et animale^{Note de bas de page2}.

Zoonose

Aucune.

Vecteurs

Aucun.

Section IV – Viabilité et stabilité

Sensibilité/résistance aux médicaments

La sensibilité aux antifongiques varie légèrement d'un membre du complexe d'espèces C. gattii à l'autre^{Note de bas de page54}. On a utilisé l'amphotéricine B, la 5-flucytosine et les azoles (p. ex. fluconazole, voriconazole, posaconazole, itraconazole) pour traiter les infections à C. gattii^{Note de bas de page2Note de bas de page55}.

APX001 est efficace in vivo contre C. gattii et est en développement clinique^{Note de bas de page56}. Arylamidine T-2307 est efficace in vivo contre C. gattii^{Note de bas de page48}.

Une faible fréquence de résistance au fluconazole a été signalée dans certaines régions^{Note de bas de page2Note de bas de page54}.

Sensibilité aux désinfectants

La polyvinylpyrrolidone iode (10 %), le laurylsulfate de sodium (2 %), la chlorhexidine (0,5 %), l'éthanol (70 %), l'hypochlorite de sodium (1 %) et les composés de l'ammonium quaternaire sont efficaces contre Cryptococcus spp.^{Note de bas de page57Note de bas de page58Note de bas de page59}.

Inactivation physique

Les Cryptococcus spp. sont modérément sensibles à l'inactivation par rayonnement UV (20 000 µJ/cm²)^{Note de bas de page60} et complètement inactivés par traitement thermique humide (121 °C pendant au moins 15 min)^{Note de bas de page59}.

Survie à l'extérieur de l'hôte

Les membres du complexe d'espèces de C. gattii ont été récupérés à partir d'échantillons de bois en décomposition entreposés à température ambiante pendant 10 ans, ce qui laisse croire que C. gattii peut survivre pendant de longues périodes sur des matériaux naturellement colonisés^{Note de bas de page61Note de bas de page62}. C. gattii peut survivre pendant plus d'un an en eau douce et en eau de mer, et pendant des mois sur les matières contaminées (p. ex., chaussures)^{Note de bas de page62}.

Section V – Premiers soins et aspects médicaux

Surveillance

La technologie d'imagerie peut être utilisée pour visualiser les cryptococcomes dans les poumons, le cerveau et d'autres endroits du corps^{Note de bas de page2}. Les échantillons cliniques, tels que le liquide céphalo-rachidien ou le sérum, peuvent être analysés à l'aide d'essais d'antigènes cryptococciques (p. ex. agglutination de particules de latex, immunoessai enzymatique, test à flux latéral), qui donnent des résultats rapides et sont disponibles sur le marché, mais ne fournissent pas d'identification au niveau de l'espèce^{Note de bas de page2Note de bas de page63}. C. gattii peut être cultivé sur différents types de gélose nutritive^{Note de bas de page2}. Des tests de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et le séquençage par espaceur transcrit interne (ETI) sont utilisés pour l'identification au niveau de l'espèce^{Note de bas de page2Note de bas de page7}. Les souches de C. gattii peuvent être typées à l'aide du typage génomique multilocus ou par séquençage du génome entier^{Note de bas de page2}. L'identification des espèces par désorption-ionisation laser assistée par matrice à mesure de temps de vol (MALDI-TDV) a également été appliquée dans certains laboratoires de diagnostic^{Note de bas de page7}.

Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu'une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité (GCB).

Premiers soins et traitement

Le traitement comprend habituellement un traitement de consolidation avec des médicaments antifongiques pendant environ 6 semaines, suivie d'un traitement de maintien, selon les besoins^{Note de bas de page64}. Les durées approximatives du traitement des infections pulmonaires et du SNC sont de 6 à 12 mois et de 12 à 18 mois respectivement^{Note de bas de page2}. Une intervention chirurgicale peut être nécessaire pour retirer les lésions massives.

Le traitement des infections à C. gattii chez les animaux implique également l'administration de médicaments antifongiques^{Note de bas de page2Note de bas de page65}.

Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d'intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d'intervention après l'exposition sont disponibles dans le GCB.

Immunisation

Aucun vaccin n'est actuellement disponible^{Note de bas de page66}.

Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le GCB et en consultant le Guide canadien d'immunisation.

Prophylaxie

Aucune.

Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale sont disponibles dans le GCB.

Section VI – Dangers pour le personnel de laboratoire

Infections contractées en laboratoire

Aucune infection contractée en laboratoire n'a été signalée à ce jour.

Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité (NCB) et le GCB pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d'exposition. Une ligne directrice canadienne sur la biosécurité décrivant les procédures de déclaration est également disponible.

Sources et échantillons

Spécimens de biopsie (p. ex. poumon, cerveau), sang, liquide céphalo-rachidien, liquide de lavage bronchoalvéolaire, expectorations^{Note de bas de page2Note de bas de page7}.

Dangers primaires

Le risque d'exposition primaire est l'inhalation de matières infectieuses en suspension dans l'air ou en aérosol.

Dangers particuliers

Aucun.

Section VII – Contrôle de l'exposition et protection personnelle

Classification par groupe de risque

C. gattii est un pathogène humain du groupe de risque 3 et un pathogène animal du groupe de risque 3^{Note de bas de page67Note de bas de page68}.

Exigences de confinement

Les installations, l'équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 3, tels que décrits dans la NCB pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.

Vêtements de protection

Les exigences applicables au niveau de confinement 3 pour l'équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la NCB doivent être respectées. À tout le moins, l'utilisation de vêtements protecteurs dédiés qui recouvrent entièrement le corps, de chaussures de sécurité dédiées et/ou de couvre-chaussures, de gants lors de la manipulation de matières infectieuses ou d'animaux infectés, d'une protection du visage lorsqu'il y a un risque connu ou potentiel d'exposition aux éclaboussures ou aux objets projetés en l'air, d'appareils de protection respiratoire lorsqu'il y a un risque d'exposition à des aérosols infectieux et d'une deuxième couche de vêtements de protection avant de travailler avec des matières infectieuses ou des animaux infectés.

Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l'équipement de protection individuelle pour la zone de confinement et les activités de travail doivent être documentées.

Autres précautions

Toutes les activités impliquant des récipients ouverts d'agents pathogènes doivent être effectuées dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) certifiée ou un autre espace de confinement primaire approprié. L'utilisation d'aiguilles, de seringues et d'autres objets pointus doit être strictement limitée. Des précautions supplémentaires doivent être prises pour les travaux impliquant des animaux ou des activités à grande échelle.

Section VIII – Manutention et entreposage

Déversements

Laisser les aérosols se déposer. Tout en portant de l'équipement de protection individuelle, couvrir doucement le déversement avec du papier absorbant et appliquer un désinfectant approprié, à partir du périmètre et en allant vers le centre. Permettre un contact suffisant avec le désinfectant avant le nettoyage (GCB).

Élimination

Les matières réglementées, ainsi que tous les articles et les déchets doivent être décontaminés à la barrière de confinement avant leur retrait de la zone de confinement, de la salle animalière, du box ou de la salle de nécropsie. Pour ce faire, on peut utiliser des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières infectieuses, comme les désinfectants chimiques, l'autoclave, l'irradiation, l'incinération, un système de traitement des effluents ou une décontamination gazeuse (GCB).

Entreposage

Les exigences applicables en matière de confinement de niveau 2 pour l'entreposage, décrites dans la NCB, doivent être respectées. Les contenants primaires de matières réglementées retirés de la zone de confinement doivent être entreposés dans des contenants secondaires étiquetés, étanches, résistants aux chocs et conservés dans un équipement d'entreposage verrouillé ou dans un espace auquel l'accès est limité.

ABCSE : Les contenants d'agents biologiques à cote de sécurité élevée (ABCSE) entreposés à l'extérieur de la zone de confinement doivent être étiquetés, étanches, résistants aux chocs et conservés dans un équipement d'entreposage verrouillé à un endroit fixe (c.-à-d., non mobile) et dans un endroit avec accès limité.

Un inventaire des agents pathogènes du GR3 et du GR4 ainsi que des toxines d'ABCSE entreposés pour une longue durée doit être dressé et inclure :

1. l'identification précise des matières réglementées;
2. un mécanisme qui permet de détecter rapidement la disparition ou le vol d'un échantillon.

Section IX – Renseignements sur la réglementation et autres

Renseignements sur la réglementation canadienne

Les activités contrôlées avec C. gattii nécessitent un permis d'agent pathogène humain et de toxines, délivré par l'Agence de la santé publique du Canada^{Note de bas de page68}.

Voici une liste non exhaustive des désignations, règlements ou lois applicables :

• Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines
• Loi sur la santé des animaux et Règlement sur la santé des animaux
• Règlement sur le transport des marchandises dangereuses

Dernière mise à jour

Octobre 2019

Rédigé par

Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.

Mise en garde

L'information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l'utilisation de ces renseignements.

Les personnes au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les lignes directrices et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.

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