Fiche Technique Santé-Sécurité : Agents Pathogènes – Salmonella enterica spp.

FICHE TECHNIQUE SANTÉ-SÉCURITÉ: AGENTS PATHOGÈNES

SECTION I – AGENT INFECTIEUX

NOM: Salmonella enterica spp. (anciennement Salmonella choleraesuis)

SYNONYME OU RENVOI : Salmonella enterica spp. – Salmonellose.

Sérotype Typhi – Fièvre typhoïde, fièvre entérique, typhus abdominalis, Salmonella enterica sérotype typhi,

Sérotype Choleraesuis – Septicémie à Salmonella, peste porcine classique, typhose du porc, Salmonella enterica sérotype Choleraesuis, salmonellose.

Sérotype Paratyphi – Fièvre entérique, fièvre paratyphoïde, Salmonella Paratyphi A, B et C, Salmonella enterica sérotype Paratyphi A, B et C.

CARACTÉRISTIQUES: Salmonella enterica est l’une des deux espèces du genre Salmonella (enterica et bongori) et est membre de la famille des Enterobacteriaceae(1, 2). Salmonella enterica est subdivisée en six sous-espèces : enterica (I), salamae (II), arizonae (IIIa), diarizonae (IIIb), houtenae (IV) et indica (VI). L’habitat commun de la sous-espèce enterica (I) sont les animaux à sang chaud(1-3), tandis que l’habitat commun des sous-espèces II, IIIa, IIIb, IV et VI sont les animaux à sang froid et l’environnement(2). Toutes les espèces du genre Salmonella peuvent infecter les humains. La sous-espèce enterica de Salmonella enterica comprend 2 610 sérotypes différents, les plus connus étant Typhi, Paratyphi, Enteritidis, Typhimurium et Choleraesuis(1). Les sérotypes sont caractérisés par trois antigènes de surface : l’antigène flagellaire « H », l’antigène oligosaccharidique « O » et l’antigène polysaccharidique « Vi » (découvert dans les sérotypes Typhi et Paratyphi)(4). Salmonella enterica est un bacille Gram négatif, mobile, non sporulé et anaérobie facultatif mesurant 0,7-1,5 µm par 2,0-5,0 µm(4-6).

SECTION II – DÉTERMINATION DU RISQUE

PATHOGÉNICITÉ ET TOXICITÉ: Salmonella enterica peut causer quatre manifestations cliniques différentes : la gastro-entérite, la bactériémie, la fièvre entérique et l’état de porteur asymptomatique(7). Ces manifestations sont plus courantes chez les enfants de moins de 5 ans, chez les adultes de 20 à 30 ans et chez les patients de 70 ans et plus(7).

Gastro-entérite : La gastro-entérite ou « intoxication alimentaire » est habituellement caractérisée par des nausées soudaines, des vomissements, des crampes abdominales, de la diarrhée, des maux de tête, des frissons et une fièvre allant jusqu’à 39 ºC(6-9). Les symptômes peuvent varier de bénins à graves et durer de 5 à 7 jours(7, 8). Le sérotype Typhimurium est la cause la plus fréquente de gastro-entérite; on estime à 1,3 milliard le nombre de cas annuels de gastro-entérite et à 3 millions le nombre de décès par année (1,4 million de cas et 600 décès uniquement aux États-Unis) attribuables à Salmonella non typhique(2, 9, 10). Dans les pays industrialisés où l’on note de faibles taux de complications invasives, le taux de mortalité lié à Salmonella non typhique est inférieur à 1 %(10); cependant, le taux de mortalité peut atteindre 24 % dans les pays en développement(10).

Bactériémie : Une bactériémie survient chez 3 à 10 % des personnes infectées par Salmonella enterica, et certains sérotypes (particulièrement le sérotype Choleraesuis) sont associés à des taux de mortalité plus élevés(4, 11). Les sujets immunodéprimés et les patients atteints d’un trouble comorbide (p. ex. le VIH/sida, le diabète sucré, une tumeur maligne, une cirrhose, une maladie granulomateuse chronique, une drépanocytose, une maladie lymphoproliférative ou une collagénose avec manifestations vasculaires) sont plus susceptibles de présenter une bactériémie attribuable à une infection à Salmonella(4, 7). La bactériémie peut causer un choc septique; une endocardite; particulièrement chez les patients de plus de 50 ans ou atteints d’un trouble cardiaque; une infection de l’aorte, surtout chez les patients atteints d’une maladie athéroscléreuse; une infection du foie, de la rate et des voies biliaires chez les patients présentant des anomalies structurelles sous-jacentes; une lymphadénite mésentérique; une ostéomyélite des os longs et des vertèbres; une infection urinaire; une pneumonie; un abcès pulmonaire; un abcès cérébral; un empyème épidural ou sous-dural; une méningite; une infection du système nerveux central (rarement); et la mort(4, 7).

Fièvre entérique : Également connue sous le nom « fièvre thyphoïde », cette infection est causée par les sérotypes Typhi et Paratyphi(7, 12). La fièvre entérique est caractérisée par une fièvre (qui prend de l’ampleur dans les 72 heures suivant l’apparition des symptômes) de même que par des maux de tête, une bradycardie, une éruption cutanée rose pâle sur l’abdomen et la poitrine, une anorexie, des douleurs abdominales, des myalgies, une sensation de malaise, une diarrhée (plus fréquente chez les enfants) ou une constipation (plus fréquente chez les adultes), une hépatosplénomégalie, un iléus segmentaire, un méningisme et des manifestations neuropsychiatriques(4, 7). Les symptômes moins fréquents sont le mal de gorge, la toux et une diarrhée sanglante(4). Les complications comprennent la myocardite, l’encéphalopathie, la coagulation intravasculaire, les infections de l’arbre biliaire et du tractus intestinal, l’infection urinaire et des lésions métastatiques dans les os, les articulations, le foie et les méninges(7, 8). La complication la plus grave (survenant chez environ 3 % des patients) est l’hémorragie causée par des perforations de la paroi de l’iléon terminal ou du côlon proximal(4, 7). Si la fièvre entérique n’est pas traitée, elle peut durer plusieurs semaines; cependant, lorsqu’un traitement antimicrobien approprié est administré, les patients se rétablissent habituellement en l’espace de 10 à 14 jours(7). La maladie est plus bénigne chez les enfants et, si elle est traitée, le taux de mortalité est inférieur à 1 %; chez les sujets non traités, le taux de mortalité est supérieur à 10 %(2, 4).

ÉPIDÉMIOLOGIE: Des cas d’infection à Salmonella enterica surviennent partout dans le monde; cependant, certaines maladies sont plus courantes dans différentes régions. La salmonellose non typhique survient plus fréquemment dans les pays industrialisés, tandis que la fièvre entérique touche principalement les pays en développement (surtout en Asie)(4, 12). Chaque année, on enregistre environ 1,3 milliard de cas de salmonellose non typhique dans le monde. L’Organisation mondiale de la Santé estime que 17 millions de cas et plus de 500 000 décès sont attribuables chaque année à la fièvre typhoïde(4, 10). La maladie atteint un point culminant à l’été et à l’automne, et elle touche principalement les enfants(2, 7, 9). Dans les pays en développement, la salmonellose est en partie responsable de la morbidité et de la mortalité liées à la diarrhée infantile, car les bactéries sont en cause dans environ 20 % des cas(4, 13). Des épidémies de salmonellose ont été déclarées dans des établissements comme les hôpitaux et les centres de soins infirmiers(7).

GAMME D’HÔTES: En ce qui concerne les sérotypes causant la salmonellose non typhique, les principaux hôtes sont les animaux domestiques et sauvages, tels les bovins, les porcs, la volaille, la faune aviaire, les animaux de compagne (particulièrement les reptiles) et les mouches(8, 14, 15). Les humains sont habituellement l’hôte définitif(8). Dans le cas de Salmonella Typhi, les humains sont le seul hôte connu(7).

DOSE INFECTIEUSE: La dose infectieuse varie selon le sérotype. Dans le cas de la salmonellose non typhique, la dose infectieuse est d’environ 10bacilles(4, 7). Pour ce qui est de la fièvre entérique, la dose infectieuse est d’environ 105 bacilles en cas d’ingestion(4, 6, 7). Les patients atteints d’achlorhydrie, ceux qui présentent un déficit de l’immunité à médiation cellulaire et les personnes âgées peuvent contracter l’infection au contact d’une dose infectieuse plus faible(4, 7). La dose infectieuse peut également être fonction du degré d’acidité dans l’estomac du patient(4).

MODE DE TRANSMISSION: Les humains contractent habituellement l’infection après avoir consommé de l’eau ou des aliments contaminés ou après avoir été en contact avec des excréments contaminés, des animaux ou des humains infectieux ou de la nourriture pour animaux contaminée(2, 4, 7, 8, 16). Les aliments associés au risque le plus élevé sont la viande, la volaille, les produits laitiers et les produits aux œufs(7-9). Dans certains services pédiatriques hospitaliers, la bactérie s’est aussi propagée par les mains du personnel ou par des instruments d’examen mal désinfectés(5, 17). Les mouches peuvent contaminer les aliments, ce qui peut aussi représenter un risque de transmission à l’humain(18, 19).

PÉRIODE D’INCUBATION: La période d’incubation de la salmonellose non typhique varie de 5 à 72 heures selon la quantité d’inoculum(8). La période d’incubation de la fièvre typhoïde varie de 3 à 60 jours, bien que la plupart des infections se manifestent de 7 à 14 jours après la contamination(4). La période d’incubation de la fièvre typhoïde varie considérablement selon la quantité d’inoculum, la sensibilité de l’hôte et la souche bactérienne(2, 4).

TRANSMISSIBILITÉ: Chez l’humain la maladie peut se propager aussi longtemps que la bactérie est excrétée dans les matières fécales (20). Certains porteurs peuvent excréter la bactérie pendant des années, et 5 % des patients qui guérissent de la salmonellose non typhique peuvent l’excréter durant 20 semaines(7). Les animaux peuvent être des porteurs latents et excréter l’organisme, de façon ponctuelle, intermittente ou constante(4).

SECTION III - DISSÉMINATION

RÉSERVOIR: Pour ce qui est de la salmonellose non typhique, les hôtes réservoirs sont les animaux domestiques et sauvages tels que les bovins, les porcs, la volaille, la faune aviaire, les mouches et les animaux de compagnie (particulièrement les reptiles), ainsi que l’humain (porteurs chroniques)(7, 8, 14, 18). Dans le cas du sérotype Typhi, les personnes porteuses chroniques sont le seul réservoir de la maladie(7, 14).

ZOONOSE: Oui. La transmission entre les animaux et les humains survient lorsque ces derniers entrent en contact avec des animaux infectieux et leurs excréments(2, 8).

VECTEURS: Les mouches sont un vecteur indirect possible, car elles peuvent transmettre la bactérie aux aliments(19).

SECTION IV - VIABILITÉ ET STABILITÉ

SENSIBILITÉ AUX MÉDICAMENTS: Sensible au chloramphénicol, à la ciprofloxacine, à l’amoxicilline, au co-trimoxazole, au triméthoprime-sulfamide, aux céphalosporines et à la norfloxacine(4, 8). Des cas de résistance au chloramphénicol ont été signalés, et, en 1989, 32 % des souches étaient multirésistantes aux médicaments(2, 4, 17).

SENSIBILITÉ AUX DÉSINFECTANTS: Les bactéries à gram négatif sont sensibles au phénol de 2 % à 5 %, à l’hypochlorite de sodium à 1 %, au formaldéhyde à 4 %, au glutaraldéhyde à 2 %, à l’éthanol à 70 %, à l’acide peracétique à 2 %, au peroxyde d’hydrogène de 3 % à 6 %, aux composés d’ammonium quaternaire et aux iodophores. Salmonella est toutefois résistante aux nitrites(6, 17).

INACTIVATION PHYSIQUE: Sensible à la chaleur humide (121 °C pendant au moins 15 minutes) et à la chaleur sèche (170 °C pendant au moins 1 heure)(17). La désinfection par l’ozone est également possible(17).

SURVIE À L'EXTÉRIEUR DE L'HÔTE: Le sérotype Choleraesuis peut survivre dans les excréments humides de porcs pendant au moins 3 mois et dans les excréments secs de porcs pendant au moins 13 mois(21). Le sérotype Dublin peut survivre presque 6 ans dans des excréments sur du béton, du caoutchouc ou du polyester(17). Le sérotype Typhimurium peut survivre dans le lisier de bovins pendant 19 à 60 jours, dans le fumier de bovins pendant 48 jours, dans le sol pendant 231 jours et dans l’eau pendant un maximum de 152 jours(22, 23). On a montré que les mouches excrètent certains sérotypes pendant 8 jours; quant aux punaises de lit, elles peuvent excréter le bacille pendant un maximum de 21 jours(15, 24). On a aussi montré que certains sérotypes survivent jusqu’à 80 minutes sur le bout des doigts, selon la quantité d’inoculum(25). On a constaté que des sérotypes de Salmonella peuvent vivre jusqu’à 63 jours sur la laitue, 231 jours sur le persil, 32 semaines sur des pacanes, 10 mois sur du cheddar au réfrigérateur, 9 mois dans le beurre, jusqu’à 63 jours dans le yogourt congelé et jusqu’à 20 semaines dans du bœuf haché et du poulet congelés(26-28).

SECTION V - PREMIERS SOINS ET ASPECTS MÉDICAUX

SURVEILLANCE: Rechercher les symptômes. Confirmer le diagnostic par isolement de la bactérie dans les selles ou le sang et par sérotypage afin d’identifier le sérotype(7, 8).

Remarque : Les méthodes de diagnostic ne sont pas nécessairement toutes disponibles dans tous les pays.

PREMIERS SOINS ET TRAITEMENT: Le traitement dépend des symptômes cliniques du patient.

Gastro-entérite : La rééquilibration hydro-électrolytique et l’atténuation des nausées et des vomissements sont les traitements habituels de ces symptômes(7, 8). Une antibiothérapie n’est généralement pas requise; cependant, l’administration d’antibiotiques tels que la ciprofloxacine, le co-trimoxazole, l’ampicilline et les céphalosporine, peut être nécessaire chez les nouveau-nés, les enfants, les personnes âgées et les sujets immunodéprimés(4, 7, 8).

Bactériémie : On administre une antibiothérapie (p. ex. par la ciprofloxacine, le co-trimoxazole, l’ampicilline ou les céphalosporines) pour traiter la bactériémie, particulièrement chez les nouveau-nés, les enfants, les personnes âgées et les sujets immunodéprimés(7, 8).

Fièvre entérique : Le chloramphénicol est l’antibiotique le plus fréquemment utilisé pour traiter la fièvre entérique, bien que l’ampicilline, le triméthoprime-sulfamide, les céphalosporines, la ciprofloxacine et la norfloxacine soient aussi administrés pour traiter la maladie(4, 7).

État de porteur asymptomatique : Les porteurs peuvent être traités par la ciprofloxacine afin de réduire la propagation de l’agent infectieux(8).

IMMUNISATION: Il n’existe actuellement aucun vaccin pour prévenir la salmonellose non typhique(14). Trois vaccins (deux administrés par voie parentérale, et un, par voie orale) ont été autorisés aux Etats-Unis; leur utilisation devrait être envisagée chez le personnel de laboratoire qui manipule le sérotype Typhi et chez les voyageurs qui ont l’intention de passer de longues périodes dans des régions endémiques(4, 7, 14). Les vaccins disponibles offrent une protection modérée contre la fièvre typhoïde, mais ils n’offrent aucune protection contre le sérotype Paratyphi(12). On a montré qu’un vaccin oral vivant protège 70 % des enfants inoculés vivant dans les régions endémiques(7). La vaccination n’est pas recommandée chez les femmes enceintes et les patients atteints de l’infection à VIH/du sida(29).

PROPHYLAXIE: Les antibiotiques peuvent être utilisés comme traitement préventif chez les personnes à risque (par exemple les nouveau-nés et les personnes immunodéprimées)(7). L’assainissement des réseaux d’approvisionnement en eau, la désinfection et le traitement des sujets porteurs de la bactérie sont les mesures prophylactiques les plus efficaces pour prévenir la propagation de la fièvre entérique dans les régions endémiques(7).

SECTION VI - DANGERS POUR LE PERSONNEL DE LABORATOIRE

INFECTIONS CONTRACTÉES AU LABORATOIRE: Jusqu’en 1974, on a signalé 258 cas et 20 décès attribuables à la fièvre typhoïde contractée en laboratoire(6). Au total, quarante-huit cas de salmonellose ont été déclarés jusqu’en 1976(2). De 1979 à 2004, on a signalé 64 cas et 2 décès attribuables à une infection à Salmonella, la plupart étant associées à S. Typhi(30).

SOURCES ET ÉCHANTILLONS: On trouve toutes les sous-espèces de Salmonella enterica (à l’exception du sérotype Typhi) dans le sang, l’urine, les excréments, les aliments pour humains et pour animaux et les matières environnementales(14), alors que l’on note la présence du sérotype Typhi dans le sang, l’urine, les excréments et la bile(14).

DANGERS PRIMAIRES: Les principaux risques associés à la manipulation de Salmonella enterica sont l’inoculation parentérale accidentelle et l’ingestion(14). Le risque associé à l’exposition aux aérosols est encore inconnu(14).

DANGERS PARTICULIERS: Les animaux infectés constituent un risque pour ce qui concerne tous les sérotypes, à l’exception des sérotypes Typhi et Paratyphi(14).

SECTION VII - CONTRÔLE DE L'EXPOSITION ET PROTECTION PERSONNELLE

CLASSIFICATION PAR GROUPE DE RISQUE: Groupe de risque 2 (31). Ce groupe de risque s’applique au genre de façon globale et peut ne pas s’appliquer à chacune des espèces du genre.

EXIGENCES DE CONFINEMENT: Installations, équipement et pratiques opérationnelles de niveau de confinement 2 pour le travail avec des matières, cultures ou animaux infectieux ou potentiellement infectieux. Installations, équipement et pratiques opérationnelles de niveau de confinement 3 sont recommandés pour les activités avec le sérotype Typhi qui peuvent générer des aerosols ou de grandes quantités de microorganismes. Le niveau de confinement et des pratiques opérationelles peuvent varier selon le sérotype.

VÊTEMENTS DE PROTECTION: Sarrau. Gants, lorsqu’un contact direct de la peau avec des matières infectées ou des animaux est inévitable. Une protection pour les yeux doit être utilisée lorsqu’il y a un risque connu ou potentiel d’éclaboussure (32).

AUTRES PRÉCAUTIONS: Toutes les procédures pouvant produire des aérosols ou mettant en cause des concentrations ou des quantités élevées doivent s’effectuer dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) (12). L’utilisation d’aiguilles, de seringues et d’autres objets tranchants doit être strictement restreinte. Des précautions supplémentaires doivent être envisagées pour les activités avec des animaux ou à grande échelle (32).

SECTION VIII - MANUTENTION ET ENTREPOSAGE

DÉVERSEMENTS : Laisser les aérosols se poser et, tout en portant des vêtements de protection, couvrir délicatement le déversement avec des essuie‑tout et appliquer un désinfectant approprié, en commençant par le périmètre et en se rapprochant du centre. Laisser agir suffisamment longtemps avant de nettoyer (32).

ÉLIMINATION: Décontaminer les déchets par stérilisation à la vapeur, incinération ou désinfection chimique (32).

ENTREPOSAGE: Dans des contenants étanches et scellés, étiquetés de façon appropriée et placés en lieu sûr (32).

SECTION IX – RENSEIGNEMENTS SUR LA RÉGLEMENTATION ET AUTRES

INFORMATION SUR LA RÉGLEMENTATION : L’importation, le transport et l’utilisation de pathogènes au Canada sont régis par de nombreux organismes de réglementation, dont l’Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l’Agence canadienne d’inspection des aliments, Environnement Canada et Transports Canada. Il incombe aux utilisateurs de veiller à respecter tous les règlements et toutes les lois, directives et normes applicables.

DERNIÈRE MISE À JOUR: Août 2010

PRÉPARÉE PAR: Direction de la règlementation des agents pathogènes, agence de la santé publique du Canada.

Bien que les renseignements, opinions et recommandations présentés dans cette Fiche de renseignements proviennent de sources que nous jugeons fiables, nous ne nous rendons pas responsables de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l’utilisation de ces renseignements. Comme on découvre fréquemment de nouveaux dangers, il est possible que ces renseignements ne soient pas tout à fait à jour.

Tous droits réservés

© Agence de la santé publique du Canada, 2010

Canada

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