Surveillance nationale en laboratoire de la maladie invasive due au streptocoque au Canada - Rapport sommaire annuel 2018
SOMMAIRE
- Streptococcus pneumoniae: 3 279 isolats causant une infection invasive à pneumocoque (IIP) ont été caractérisés en 2018.
- Le taux d'incidence des IIP a diminué chez les enfants de moins d'un an à 11,9 cas pour 100 000 habitants et a augmenté chez les personnes âgées de 60 ans et plus à 23,4 cas pour 100 000 habitants par rapport en 2017. Le taux d'incidence brut global est demeuré stable et s'élève en moyenne à 9,6 cas pour 100 000 habitants depuis 2009.
- Les sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-C-7, représentant 10% des IIP, connaissent un léger recul en 2018 par rapport à 2017 pour la plupart des groupes d'âge, excepté pour celui de 5 à 14 ans qui a augmenté de 3%.
- Les sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-C-13 (excluant les sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-C-7) représentent 21% des IIP globales, une légère hausse par rapport à 2017. Le taux de cas attribuable au sérotype 3 a augmenté dans tous les groupes d'âges, à l'exception du groupe de nourrissons où le nombre de cas est très faible (n=3 en 2018).
- Les taux globaux de sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-P-23 ont graduellement augmenté de 2% au cours des cinq dernières années et les sérotypes non-inclus dans les vaccins (NVT) ont diminué de 3,5% au cours de la même période de temps.
- En 2018, les sérotypes prédominants étaient les sérotypes 3 (12%), 22F (9%), 4 (6%), 9N (6%) et 8 (6%).
- Sensibilité aux antimicrobiens: L'analyse de 1 792 isolats a révélé que les taux de résistance étaient demeurés relativement stables en 2018. Les pourcentages de résistance étaient les suivants : clarithromycine (26%), pénicilline (11%), doxycycline (8%), triméthoprime/sulfaméthoxazole (8%), clindamycine (7%), chloramphénicol (6%), méropénème (2%), et imipénème (1%). Les sérotypes 6A/C, 19A/F, 23A/F, 15A, 9V, 14 et 35B affichaient généralement les taux les plus élevés de résistance aux antimicrobiens. La multirésistance a diminué, passant de 10% en 2017 à 8% en 2018. Les taux les plus élevés de multirésistance ont été observés chez les sérotypes 15A (57%) et 19A (30%).
- S. pyogenes (streptocoque du groupe A): Au total, 3 202 isolats causant des infections invasives ont été caractérisés en vue de déterminer le type emm.
- L'incidence globale des infections invasives est passée de 4,0 cas pour 100 000 habitants en 2009 à 7,9 cas pour 100 000 habitants en 2018.
- emm1 (17%) demeure le type le plus fréquent chez tous les groupes d'âge et de régions combinés (Figure 3). Des hausses régionales du type emm6 (15%) ont été observées dans l'Est, et des types emm76 (13%) et emm74 (16%) dans l'Ouest.
- Sensibilité aux antimicrobiens: La résistance aux antimicrobiens de S. pyogenes est relativement faible. Toutefois de légères diminutions ont été observées en 2018; une non-sensibilité au chloramphénicol à 2,6% et la résistance à la clindamycine à 3,5%. La résistance à l'érythromycine se maintenait à 10%.
- S. agalactiae (streptocoque du groupe B) : En 2018, 290 isolats de streptocoque du groupe B causant une infection invasive ont été soumis au Laboratoire national de microbiologie (LNM). Sept isolats provenaient de cas d'infection précoce (nourrissons de sept jours ou moins) et huit isolats provenaient de cas d'infection tardive (nourrissons âgés de 8 à 31 jours). L'incidence annuelle des infections invasives a augmenté, passant de 25,0 cas pour 100 000 habitants en 2009 à 38,1 cas pour 100 000 habitants en 2016. En 2018, le taux d'incidence s'établissait à 24,7.
- Les sérotypes V (25%), III (17%), ainsi que Ib et IV (16% chacun) prédominaient.
- Sensibilité aux antimicrobiens: On a observé une diminution de la résistance à l'érythromycine, qui a atteint 42%, et de la résistance à la clindamycine, qui a atteint 31%.
Figure A. Sérotypes de S. pneumoniae causant une infection invasive, tous les groupes d'âges
* Composante du PCV7; ** Composante du PCV13; ^ Composante de PPV23; ‡ Nombre d'isolats pour 2014, 2015, 2016, 2017 et 2018 respectivement.
Figure A - Équivalent textuel
Diagramme à barres illustrant le pourcentage de sérotypes de S. pneumoniae de 2013 à 2017 en fonction du nombre total d'isolats testés chaque année.
| 2014 (n=2564) | 2015 (n=2689) | 2016 (n=2808) | 2017 (n=3223) | 2018 (n=3279) | |
|---|---|---|---|---|---|
| 4* (57,103,182,234,205)‡ | 2.2% | 3.8% | 6.5% | 7.3% | 6.3% |
| 6B* (5,10,20,9,8) | 0.2% | 0.4% | 0.7% | 0.3% | 0.2% |
| 9V* (9,7,5,15,35) | 0.4% | 0.3% | 0.2% | 0.5% | 1.1% |
| 14* (12,12,16,29,13) | 0.5% | 0.4% | 0.6% | 0.9% | 0.4% |
| 18C* (6,6,9,8,4) | 0.2% | 0.2% | 0.3% | 0.2% | 0.1% |
| 19F* (25,47,46,90,74) | 1.0% | 1.7% | 1.6% | 2.8% | 2.3% |
| 23F* (10,8,4,2,2) | 0.4% | 0.3% | 0.1% | 0.1% | 0.1% |
| 1** (3,4,4,0,0) | 0.1% | 0.1% | 0.1% | 0.0% | 0.0% |
| 3** (223,235,267,309,390) | 8.7% | 8.7% | 9.5% | 9.6% | 11.9% |
| 5** (0,3,0,0,0) | 0.0% | 0.1% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 6A** (17,9,19,7,14) | 0.7% | 0.3% | 0.7% | 0.2% | 0.4% |
| 7F** (184,145,109,115,106) | 7.2% | 5.4% | 3.9% | 3.6% | 3.2% |
| 19A** (221,213,176,159,175) | 8.6% | 7.9% | 6.3% | 4.9% | 5.3% |
| 2^ (0,0,0,1,2) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.1% |
| 8^ (105,139,148,156,186) | 4.1% | 5.2% | 5.3% | 4.8% | 5.7% |
| 9N^ (109,115,138,213,188) | 4.3% | 4.3% | 4.9% | 6.6% | 5.7% |
| 10A^ (60,47,48,64,62) | 2.3% | 1.7% | 1.7% | 2.0% | 1.9% |
| 11A^ (117,97,91,93,117) | 4.6% | 3.6% | 3.2% | 2.9% | 3.6% |
| 12F^ (88,128,102,126,160) | 3.4% | 4.8% | 3.6% | 3.9% | 4.9% |
| 15B/C^ (83,87,126,123,103) | 3.2% | 3.2% | 4.5% | 3.8% | 3.1% |
| 17F^ (32,22,29,37,37) | 1.2% | 0.8% | 1.0% | 1.1% | 1.1% |
| 20^ (70,90,81,117,127) | 2.7% | 3.3% | 2.9% | 3.6% | 3.9% |
| 22F^ (282,252,255,280,285) | 11.0% | 9.4% | 9.1% | 8.7% | 8.7% |
| 33F^ (59,89,98,105,94) | 2.3% | 3.3% | 3.5% | 3.3% | 2.9% |
| 6C (91,78,73,66,58) | 3.5% | 2.9% | 2.6% | 2.0% | 1.8% |
| 6D (2,3,0,0,0) | 0.1% | 0.1% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 7A (0,1,0,0,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 7B (1,2,0,2,0) | 0.0% | 0.1% | 0.0% | 0.1% | 0.0% |
| 7C (20,30,43,28,57) | 0.8% | 1.1% | 1.5% | 0.9% | 1.7% |
| 9A (0,2,0,0,1) | 0.0% | 0.1% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 9L (0,0,2,3,2) | 0.0% | 0.0% | 0.1% | 0.1% | 0.1% |
| 10B (4,2,2,2,3) | 0.2% | 0.1% | 0.1% | 0.1% | 0.1% |
| 10F (1,0,2,3,2) | 0.0% | 0.0% | 0.1% | 0.1% | 0.1% |
| 11B (2,6,3,0,0) | 0.1% | 0.2% | 0.1% | 0.0% | 0.0% |
| 11C (0,0,0,0,1) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 11D (0,0,0,3,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.1% | 0.0% |
| 12A (0,0,0,0,4) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.1% |
| 12B (0,0,0,1,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 13 (12,7,9,6,10) | 0.5% | 0.3% | 0.3% | 0.2% | 0.3% |
| 15A (111,119,123,152,128) | 4.3% | 4.4% | 4.4% | 4.7% | 3.9% |
| 16F (96,73,72,77,70) | 3.7% | 2.7% | 2.6% | 2.4% | 2.1% |
| 17A (0,1,0,0,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 18A (1,0,1,0,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 18F (0,0,1,0,2) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.1% |
| 21 (6,14,12,20,15) | 0.2% | 0.5% | 0.4% | 0.6% | 0.5% |
| 22A (4,1,0,1,0) | 0.2% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 23A (108,110,107,152,112) | 4.2% | 4.1% | 3.8% | 4.7% | 3.4% |
| 23B (85,85,83,101,116) | 3.3% | 3.2% | 3.0% | 3.1% | 3.5% |
| 24 (1,2,1,0,1) | 0.0% | 0.1% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 24A (0,0,1,0,1) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 24B (1,2,1,1,2) | 0.0% | 0.1% | 0.0% | 0.0% | 0.1% |
| 24F (14,20,23,27,23) | 0.5% | 0.7% | 0.8% | 0.8% | 0.7% |
| 25A (0,0,0,0,1) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 25F (1,0,0,0,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 27 (0,0,0,0,1) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 28A (1,3,5,10,10) | 0.0% | 0.1% | 0.2% | 0.3% | 0.3% |
| 29 (13,15,10,4,6) | 0.5% | 0.6% | 0.4% | 0.1% | 0.2% |
| 31 (40,36,50,51,54) | 1.6% | 1.3% | 1.8% | 1.6% | 1.6% |
| 32A (0,0,0,2,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.1% | 0.0% |
| 33A (3,10,4,2,0) | 0.1% | 0.4% | 0.1% | 0.1% | 0.0% |
| 33B (0,0,1,0,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 33C (0,0,0,1,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 34 (22,27,30,28,33) | 0.9% | 1.0% | 1.1% | 0.9% | 1.0% |
| 35A (2,1,4,2,0) | 0.1% | 0.0% | 0.1% | 0.1% | 0.0% |
| 35B (51,61,62,78,74) | 2.0% | 2.3% | 2.2% | 2.4% | 2.3% |
| 35C (1,1,0,0,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| 35F (60,64,56,50,44) | 2.3% | 2.4% | 2.0% | 1.6% | 1.3% |
| 37 (4,2,2,2,1) | 0.2% | 0.1% | 0.1% | 0.1% | 0.0% |
| 38 (21,37,46,51,51) | 0.8% | 1.4% | 1.6% | 1.6% | 1.6% |
| 42 (0,0,0,1,0) | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% | 0.0% |
| NT (8,6,6,4,9) | 0.3% | 0.2% | 0.2% | 0.1% | 0.3% |
Figure B. Profils de multirésistance de S. pneumoniae
* Les classes d'antimicrobiens sont les suivantes: β-lactamines (amoxicilline/acide clavulanique, pénicilline en fonction des doses seuils pour la méningite, ceftriaxone en fonction des doses seuils pour la méningite, céfuroxime en fonction de la dose seuil parentérale, ertapénème, imipénème et méropénème); macrolides (clarithromycine); fluoroquinolones (lévofloxacine et moxifloxacine); tétracyclines (doxycycline); inhibiteurs de la voie folate (triméthoprime-sulfaméthoxazole); phénicols (chloramphénicol); lincosamides (clindamycine); oxazolidinones (linézolide)
Figure B - Équivalent textuel
Une ligne de combinaison et un graphique à barres empilées, affichant les tendances de la résistance aux antimicrobiens de S. pneumoniae de 2014 à 2018.
| Résistance à 7 classes* | Résistance à 6 classes | Résistance à 5 classes | Résistance à 4 classes | Résistance à 3 classes | Résistance à 2 classes | Résistance à 1 class | Résistance à ≥3 classes | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2014 (n=1116) | 0,0% | 0,5% | 1,0% | 1,5% | 2,0% | 8,3% | 18,3% | 5,0% |
| 2015 (n=1128) | 0,0% | 0,0% | 1,8% | 2,6% | 2,4% | 5,2% | 18,4% | 6,7% |
| 2016 (n=1114) | 0,0% | 0,1% | 0,8% | 2,8% | 2,5% | 6,4% | 18,2% | 6,2% |
| 2017 (n=1129) | 0,0% | 0,4% | 1,5% | 4,6% | 3,1% | 6,1% | 19,5% | 9,6% |
| 2018 (n=1792) | 0,0% | 0,9% | 2,1% | 2,2% | 2,4% | 6,1% | 22,1% | 7,6% |
Figure C. Types emm de S. pyogenes causant une infection invasive
† Nombre d'isolats 2014, 2015, 2016, 2017 et 2018 respectivement.
Figure C - Équivalent textuel
Diagramme à barres présentant les types emm de S. pyogenes de 2014 à 2018 en pourcentage basé sur le nombre total d'isolats testés chaque année.
| 2014 (n=1704) | 2015 (n=1760) | 2016 (n=2154) | 2017 (n=2473) | 2018 (n=3202) | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 (456,317,323,449,547)† | 26,8% | 18,0% | 15,0% | 18,2% | 17,1% |
| 2 (46,39,31,33,53) | 2,7% | 2,2% | 1,4% | 1,3% | 1,7% |
| 3 (37,150,132,61,88) | 2,2% | 8,5% | 6,1% | 2,5% | 2,7% |
| 4 (99,86,98,86,100) | 5,8% | 4,9% | 4,5% | 3,5% | 3,1% |
| 5 (9,8,11,7,11) | 0,5% | 0,5% | 0,5% | 0,3% | 0,3% |
| 6 (80,41,57,48,109) | 4,7% | 2,3% | 2,6% | 1,9% | 3,4% |
| 8 (2,0,1,0,2) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 9 (10,11,11,41,45) | 0,6% | 0,6% | 0,5% | 1,7% | 1,4% |
| 11 (55,85,64,68,72) | 3,2% | 4,8% | 3,0% | 2,7% | 2,2% |
| 12 (108,128,137,147,145) | 6,3% | 7,3% | 6,4% | 5,9% | 4,5% |
| 13 (0,0,0,0,3) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 18 (0,0,5,4,3) | 0,0% | 0,0% | 0,2% | 0,2% | 0,1% |
| 22 (18,26,25,25,30) | 1,1% | 1,5% | 1,2% | 1,0% | 0,9% |
| 25 (1,2,3,1,4) | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,0% | 0,1% |
| 28 (107,92,97,126,164) | 6,3% | 5,2% | 4,5% | 5,1% | 5,1% |
| 33 (1,0,0,0,3) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 41 (36,44,37,55,47) | 2,1% | 2,5% | 1,7% | 2,2% | 1,5% |
| 44 (6,3,4,4,9) | 0,4% | 0,2% | 0,2% | 0,2% | 0,3% |
| 48 (1,3,5,4,3) | 0,1% | 0,2% | 0,2% | 0,2% | 0,1% |
| 49 (1,3,12,70,99) | 0,1% | 0,2% | 0,6% | 2,8% | 3,1% |
| 53 (45,57,26,37,131) | 2,6% | 3,2% | 1,2% | 1,5% | 4,1% |
| 58 (3,9,22,14,10) | 0,2% | 0,5% | 1,0% | 0,6% | 0,3% |
| 59 (31,24,49,57,35) | 1,8% | 1,4% | 2,3% | 2,3% | 1,1% |
| 63 (1,0,1,2,5) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,2% |
| 64 (0,0,0,1,3) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 68 (43,31,40,25,24) | 2,5% | 1,8% | 1,9% | 1,0% | 0,7% |
| 73 (10,9,8,15,7) | 0,6% | 0,5% | 0,4% | 0,6% | 0,2% |
| 74 (0,9,172,234,372) | 0,0% | 0,5% | 8,0% | 9,5% | 11,6% |
| 75 (21,23,33,41,60) | 1,2% | 1,3% | 1,5% | 1,7% | 1,9% |
| 76 (10,9,8,73,205) | 0,6% | 0,5% | 0,4% | 3,0% | 6,4% |
| 77 (18,36,36,33,64) | 1,1% | 2,0% | 1,7% | 1,3% | 2,0% |
| 78 (0,0,0,0,3) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 80 (33,26,22,9,9) | 1,9% | 1,5% | 1,0% | 0,4% | 0,3% |
| 81 (30,113,160,226,200) | 1,8% | 6,4% | 7,4% | 9,1% | 6,2% |
| 82 (23,60,104,63,68) | 1,3% | 3,4% | 4,8% | 2,5% | 2,1% |
| 83 (19,24,32,37,57) | 1,1% | 1,4% | 1,5% | 1,5% | 1,8% |
| 87 (37,29,37,29,40) | 2,2% | 1,6% | 1,7% | 1,2% | 1,2% |
| 89 (159,112,107,136,144) | 9,3% | 6,4% | 5,0% | 5,5% | 4,5% |
| 90 (1,2,0,2,3) | 0,1% | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 91 (15,25,38,34,27) | 0,9% | 1,4% | 1,8% | 1,4% | 0,8% |
| 92 (4,2,3,14,63) | 0,2% | 0,1% | 0,1% | 0,6% | 2,0% |
| 93 (1,1,3,4,2) | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,2% | 0,1% |
| 94 (4,4,7,5,11) | 0,2% | 0,2% | 0,3% | 0,2% | 0,3% |
| 101 (52,42,110,87,50) | 3,1% | 2,4% | 5,1% | 3,5% | 1,6% |
| 102 (1,7,5,8,8) | 0,1% | 0,4% | 0,2% | 0,3% | 0,2% |
| 103 (0,2,0,0,2) | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 110 (0,0,2,1,3) | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,1% |
| 112 (0,2,0,2,2) | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 114 (11,14,17,8,19) | 0,6% | 0,8% | 0,8% | 0,3% | 0,6% |
| 118 (25,23,29,8,15) | 1,5% | 1,3% | 1,3% | 0,3% | 0,5% |
| 168 (0,0,0,0,4) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 169 (1,1,2,9,4) | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,4% | 0,1% |
| Autre (33,26,28,30,15) | 1,9% | 1,5% | 1,3% | 1,2% | 0,5% |
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