Surveillance nationale en laboratoire de la maladie invasive due au streptocoque au Canada - Rapport sommaire annuel 2019
SOMMAIRE
- Streptococcus pneumoniae : En 2019, 3 673 isolats de Streptococcus pneumoniae causant une pneumococcie invasive (PI) ont été caractérisés.
- Le taux d'incidence des PI pour 2019 chez les enfants de moins d'un an est de13,2 cas pour 100 000 habitants et chez les personnes âgées de 60 ans et plus, 21,2 cas pour 100 000 habitants. Le taux d'incidence brut global est demeuré stable et s'élève en moyenne à 10,0 cas pour 100 000 habitants depuis 2009.
- Les sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-C-7 ont légèrement augmenté de 2018 à 2019 dans la plupart des groupes d'âge, représentant 11,5 % du nombre total de cas de PI.
- Les sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-C-13 (sans compter ceux contenus dans le vaccin Pneu-C-7) représentaient 19 % de l'ensemble des PI, affichant une légère baisse par rapport aux taux de 2018. Les tendances pour tous les sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-C-13 sont demeurées relativement constantes, autour de 30 %, au cours des cinq dernières années.
- Globalement, la part des sérotypes contenus dans le vaccin Pneu-P-23 a connu une légère hausse de 2,8 % au cours des cinq dernières années, alors que les sérotypes non inclus dans les vaccins (SNIV) ont affiché une baisse de 4,6 % durant la même période.
- En 2019, les sérotypes prédominants étaient les sérotypes 3 (12 %), 22F (10 %), 4 (7 %), 9N (7 %) et 8 (6 %). La fréquence globale du sérotype 3 a légèrement diminué, passant de 12 % en 2018 à 11,5 % en 2019, en dépit d'augmentations chez les moins de 2 ans et les 65 ans et plus.
- Sensibilité aux antimicrobiens : L'analyse de 1 815 isolats a révélé que les taux de résistance sont demeurés relativement stables en 2019. Les pourcentages de résistance étaient les suivants : clarithromycine (25 %), pénicilline (11 %), doxycycline (11 %), triméthoprime/sulfaméthoxazole (10 %), clindamycine (7 %) et chloramphénicol (3 %). Parmi les isolats analysés, les sérotypes 33F (89 %), 7C (73 %) et 19A (62 %) présentaient généralement les plus hauts taux de résistance aux antimicrobiens. La multirésistance a augmenté, passant de 6,4 % en 2018 à 7,6 % en 2019. Les taux les plus élevés de multirésistance ont été observés chez les sérotypes 15A (45 %) et 23A (24 %).
- S. pyogenes (streptocoque du groupe A) : Au total, 3 253 isolats causant des infections invasives ont été caractérisés en vue de déterminer le type emm.
- Globalement, le taux d'incidence annuel des infections invasives a augmenté, passant de 4,0 cas pour 100 000 habitants en 2009 à 8,1 cas pour 100 000 habitants en 2019.
- Emm76 (12,2 %) a dépassé emm1 (12,1 %) comme type prédominant lorsque tous les groupes d'âge et toutes les régions étaient combinés en 2019 (figure C). Les plus fortes hausses du type emm76 ont été observées au Manitoba et en Ontario.
- Emm49 occupait le troisième rang du point de vue de la fréquence en 2019; il est passé de 3 % en 2018 à 9 % en 2019 sous l'effet d'augmentations survenues dans la région centrale.
- Sensibilité aux antimicrobiens : La résistance de S. pyogenes aux antimicrobiens est relativement faible. Des diminutions ont été observées en 2019; la non-sensibilité au chloramphénicol atteignait 1,6 %, la résistance à la clindamycine était de 3,0 %, et la résistance à l'érythromycine se situait à 8,5 %.
- S. agalactiae (streptocoque du groupe B) : Au total, 295 isolats de streptocoque du groupe B causant une infection invasive ont été soumis au Laboratoire national de microbiologie (LNM) en 2019, dont 9 provenaient de cas d'infection précoce (nourrissons de 7 jours ou moins) et 12, de cas d'infection tardive (nourrissons de 8 à 31 jours). L'incidence annuelle des infections invasives chez les nouveau-nés a fluctué entre un creux de 25,0 pour 100 000 naissances vivantes en 2009 et un sommet de 38,1 en 2016; le taux d'incidence en 2019 était de 21,2 (par 100 000 habitants).
- Les sérotypes III (18 %), V (18 %) ainsi que Ia et Ib (17 % chacun) ont prédominé en 2019.
- Sensibilité aux antimicrobiens : La résistance de S. agalactiae a augmenté pour atteindre 53 % en ce qui concerne l'érythromycine et 34 % dans le cas de la clindamycine. La non-sensibilité au chloramphénicol demeure faible, à 1 %.
Figure A. Sérotypes de S. pneumoniae causant une infection invasive, tous les groupes d'âges, 2015-2019
* Composante du PCV7; ** Composante du PCV13; ^ Composante de PPV23; ‡ Nombre d'isolats pour 2015, 2016, 2017, 2018 et 2019 respectivement.
Figure A - Équivalent textuel
Diagramme à barres illustrant le pourcentage de sérotypes de S. pneumoniae de 2015 à 2019 en fonction du nombre total d'isolats testés chaque année.
| 2015 (n=2724) | 2016 (n=2855) | 2017 (n=3270) | 2018 (n=3327) | 2019 (n=3673) | |
|---|---|---|---|---|---|
| 4* (103,182,234,205,262)‡ | 3,8% | 6,4% | 7,2% | 6,2% | 7,1% |
| 6B* (10,20,9,8,8) | 0,4% | 0,7% | 0,3% | 0,2% | 0,2% |
| 9V* (8,5,15,35,48) | 0,3% | 0,2% | 0,5% | 1,1% | 1,3% |
| 14* (12,16,29,13,11) | 0,4% | 0,6% | 0,9% | 0,4% | 0,3% |
| 18C* (6,9,8,4,15) | 0,2% | 0,3% | 0,2% | 0,1% | 0,4% |
| 19F* (47,46,91,75,75) | 1,7% | 1,6% | 2,8% | 2,3% | 2,0% |
| 23F* (8,4,2,2,2) | 0,3% | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,1% |
| 1** (4,4,0,0,0) | 0,1% | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 3** (239,272,312,398,424) | 8,8% | 9,5% | 9,5% | 12,0% | 11,5% |
| 5** (3,0,0,0,0) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 6A** (9,19,7,14,8) | 0,3% | 0,7% | 0,2% | 0,4% | 0,2% |
| 7F** (147,109,116,106,118) | 5,4% | 3,8% | 3,5% | 3,2% | 3,2% |
| 19A** (215,179,165,181,154) | 7,9% | 6,3% | 5,0% | 5,4% | 4,2% |
| 2^ (0,0,1,4,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,0% |
| 8^ (140,148,158,187,220) | 5,1% | 5,2% | 4,8% | 5,6% | 6,0% |
| 9N^ (117,141,214,189,254) | 4,3% | 4,9% | 6,5% | 5,7% | 6,9% |
| 10A^ (49,51,66,65,68) | 1,8% | 1,8% | 2,0% | 2,0% | 1,9% |
| 11A^ (97,93,95,117,99) | 3,6% | 3,3% | 2,9% | 3,5% | 2,7% |
| 12F^ (128,102,127,160,147) | 4,7% | 3,6% | 3,9% | 4,8% | 4,0% |
| 15B/C^(92,132,131,105,101) | 3,4% | 4,6% | 4,0% | 3,2% | 2,7% |
| 17F^ (22,29,38,37,35) | 0,8% | 1,0% | 1,2% | 1,1% | 1,0% |
| 20^ (90,81,118,127,133) | 3,3% | 2,8% | 3,6% | 3,8% | 3,6% |
| 22F^ (258,260,283,292,360) | 9,5% | 9,1% | 8,7% | 8,8% | 9,8% |
| 33F^ (92,100,107,96,147) | 3,4% | 3,5% | 3,3% | 2,9% | 4,0% |
| 6C (78,73,66,58,69) | 2,9% | 2,6% | 2,0% | 1,7% | 1,9% |
| 6D (3,0,0,0,9) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,2% |
| 7A (1,0,0,0,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 7B (2,0,2,0,4) | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,1% |
| 7C (30,45,28,57,44) | 1,1% | 1,6% | 0,9% | 1,7% | 1,2% |
| 9A (1,0,0,1,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 9L (0,1,2,2,2) | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,1% | 0,1% |
| 10B (2,2,2,3,2) | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,1% |
| 10F (0,2,3,2,2) | 0,0% | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,1% |
| 11B (6,3,0,0,1) | 0,2% | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 11C (0,0,0,1,1) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 11D (0,0,1,0,1) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 12A (0,0,0,4,2) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 12B (0,0,1,0,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 13 (8,9,6,10,9) | 0,3% | 0,3% | 0,2% | 0,3% | 0,2% |
| 15A (121,123,155,130,160) | 4,4% | 4,3% | 4,7% | 3,9% | 4,4% |
| 16F (73,72,77,71,109) | 2,7% | 2,5% | 2,4% | 2,1% | 3,0% |
| 17A (1,0,0,0,2) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 18A (0,1,0,0,2) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 18F (0,1,0,2,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,0% |
| 21 (15,14,21,15,12) | 0,6% | 0,5% | 0,6% | 0,5% | 0,3% |
| 22A (1,0,1,0,3) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 23A (111,108,155,115,135) | 4,1% | 3,8% | 4,7% | 3,5% | 3,7% |
| 23B (85,90,104,117,119) | 3,1% | 3,2% | 3,2% | 3,5% | 3,2% |
| 24 (0,1,0,1,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 24A (0,1,0,1,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 24B (4,1,1,2,1) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,0% |
| 24F (20,24,27,24,19) | 0,7% | 0,8% | 0,8% | 0,7% | 0,5% |
| 25A (0,0,0,1,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 27 (0,0,0,2,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,0% |
| 28A (3,5,10,10,9) | 0,1% | 0,2% | 0,3% | 0,3% | 0,2% |
| 29 (15,10,4,7,6) | 0,6% | 0,4% | 0,1% | 0,2% | 0,2% |
| 31 (36,50,51,54,46) | 1,3% | 1,8% | 1,6% | 1,6% | 1,3% |
| 32A (0,0,2,0,0) | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,0% |
| 33A (10,4,2,0,1) | 0,4% | 0,1% | 0,1% | 0,0% | 0,0% |
| 33B (0,1,0,0,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 33C (0,0,1,0,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 34 (28,30,29,33,35) | 1,0% | 1,1% | 0,9% | 1,0% | 1,0% |
| 35A (1,4,2,0,1) | 0,0% | 0,1% | 0,1% | 0,0% | 0,0% |
| 35B (62,64,80,76,82) | 2,3% | 2,2% | 2,4% | 2,3% | 2,2% |
| 35C (1,0,0,0,1) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| 35F (64,58,51,46,54) | 2,3% | 2,0% | 1,6% | 1,4% | 1,5% |
| 37 (2,2,2,1,1) | 0,1% | 0,1% | 0,1% | 0,0% | 0,0% |
| 38 (38,48,53,51,27) | 1,4% | 1,7% | 1,6% | 1,5% | 0,7% |
| 42 (0,0,1,0,0) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% |
| NT (6,6,4,10,13) | 0,2% | 0,2% | 0,1% | 0,3% | 0,4% |
Figure B. Profils de multirésistance de S. pneumoniae
* Les classes d'antimicrobiens sont les suivantes: β-lactamines (amoxicilline/acide clavulanique, pénicilline en fonction des doses seuils pour la méningite, ceftriaxone en fonction des doses seuils pour la méningite, céfuroxime en fonction de la dose seuil parentérale, ertapénème, imipénème et méropénème); macrolides (clarithromycine); fluoroquinolones (lévofloxacine et moxifloxacine); tétracyclines (doxycycline); inhibiteurs de la voie folate (triméthoprime-sulfaméthoxazole); phénicols (chloramphénicol); lincosamides (clindamycine); oxazolidinones (linézolide)
Figure B - Équivalent textuel
Une ligne de combinaison et un graphique à barres empilées, affichant les tendances de la résistance aux antimicrobiens de S. pneumoniae de 2015 à 2019.
| Résistance à 7 classes* | Résistance à 6 classes | Résistance à 5 classes | Résistance à 4 classes | Résistance à 3 classes | Résistance à 2 classes | Résistance à 1 class | Résistance à ≥3 classes | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2015 (n=1133) | 0,0% | 0,0% | 1,1% | 1,3% | 2,9% | 4,9% | 18,8% | 5,4% |
| 2016 (n=1120) | 0,0% | 0,1% | 0,3% | 0,9% | 2,9% | 7,1% | 17,2% | 4,2% |
| 2017 (n=1130) | 0,0% | 0,4% | 0,8% | 1,8% | 4,6% | 7,6% | 18,1% | 7,5% |
| 2018 (n=1785) | 0,0% | 0,6% | 1,3% | 2,3% | 2,2% | 6,2% | 20,8% | 6,4% |
| 2019 (n=1815) | 0,0% | 0,0% | 0,6% | 2,0% | 5,0% | 7,1% | 16,7% | 7,6% |
Figure C. Types emm de S. pyogenes causant une infection invasive
† Nombre d'isolats 2015, 2016, 2016, 2018 and 2019 respectivement.
Figure C - Équivalent textuel
Diagramme à barres présentant les types emm de S. pyogenes de 2015 à 2019 en pourcentage basé sur le nombre total d'isolats testés chaque année.
| 2015 (n=1490) | 2016 (n=1799) | 2017 (n=2085) | 2018 (n=3207) | 2019 (n=3253) | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 (270,267,369,547,394)† | 18,1% | 14,8% | 17,7% | 17,1% | 12,1% |
| 2 (37,28,29,53,34) | 2,5% | 1,6% | 1,4% | 1,7% | 1,0% |
| 3 (121,116,59,88,115) | 8,1% | 6,4% | 2,8% | 2,7% | 3,5% |
| 4 (79,92,75,102,95) | 5,3% | 5,1% | 3,6% | 3,2% | 2,9% |
| 5 (8,11,7,11,15) | 0,5% | 0,6% | 0,3% | 0,3% | 0,5% |
| 6 (29,52,46,109,87) | 1,9% | 2,9% | 2,2% | 3,4% | 2,7% |
| 8 (0,1,0,2,2) | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 9 (10,10,38,45,21) | 0,7% | 0,6% | 1,8% | 1,4% | 0,6% |
| 11 (75,50,46,73,78) | 5,0% | 2,8% | 2,2% | 2,3% | 2,4% |
| 12 (119,118,128,145,135) | 8,0% | 6,6% | 6,1% | 4,5% | 4,2% |
| 22 (20,16,22,30,34) | 1,3% | 0,9% | 1,1% | 0,9% | 1,0% |
| 25 (0,2,1,4,2) | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 27 (1,0,0,0,2) | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 28 (77,77,103,164,161) | 5,2% | 4,3% | 4,9% | 5,1% | 4,9% |
| 33 (0,0,0,3,2) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 41 (28,31,50,47,64) | 1,9% | 1,7% | 2,4% | 1,5% | 2,0% |
| 44 (3,4,4,9,6) | 0,2% | 0,2% | 0,2% | 0,3% | 0,2% |
| 48 (3,5,4,3,6) | 0,2% | 0,3% | 0,2% | 0,1% | 0,2% |
| 49 (2,12,70,99,282) | 0,1% | 0,7% | 3,4% | 3,1% | 8,7% |
| 53 (54,26,34,131,142) | 3,6% | 1,4% | 1,6% | 4,1% | 4,4% |
| 58 (9,20,14,10,6) | 0,6% | 1,1% | 0,7% | 0,3% | 0,2% |
| 59 (16,31,28,35,49) | 1,1% | 1,7% | 1,3% | 1,1% | 1,5% |
| 68 (30,39,23,24,7) | 2,0% | 2,2% | 1,1% | 0,7% | 0,2% |
| 73 (9,6,14,7,9) | 0,6% | 0,3% | 0,7% | 0,2% | 0,3% |
| 74 (9,111,195,373,250) | 0,6% | 6,2% | 9,4% | 11,6% | 7,7% |
| 75 (19,30,40,60,58) | 1,3% | 1,7% | 1,9% | 1,9% | 1,8% |
| 76 (8,8,52,205,396) | 0,5% | 0,4% | 2,5% | 6,4% | 12,2% |
| 77 (31,30,27,64,77) | 2,1% | 1,7% | 1,3% | 2,0% | 2,4% |
| 78 (0,0,0,3,3) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 80 (26,21,9,9,28) | 1,7% | 1,2% | 0,4% | 0,3% | 0,9% |
| 81 (110,157,205,199,191) | 7,4% | 8,7% | 9,8% | 6,2% | 5,9% |
| 82 (39,79,48,68,34) | 2,6% | 4,4% | 2,3% | 2,1% | 1,0% |
| 83 (16,19,24,58,49) | 1,1% | 1,1% | 1,2% | 1,8% | 1,5% |
| 87 (24,31,27,40,40) | 1,6% | 1,7% | 1,3% | 1,2% | 1,2% |
| 89 (99,101,122,144,170) | 6,6% | 5,6% | 5,9% | 4,5% | 5,2% |
| 90 (2,0,2,3,2) | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,1% | 0,1% |
| 91 (19,33,33,27,39) | 1,3% | 1,8% | 1,6% | 0,8% | 1,2% |
| 92 (2,3,11,64,36) | 0,1% | 0,2% | 0,5% | 2,0% | 1,1% |
| 94 (3,7,5,11,22) | 0,2% | 0,4% | 0,2% | 0,3% | 0,7% |
| 101 (18,79,50,50,49) | 1,2% | 4,4% | 2,4% | 1,6% | 1,5% |
| 102 (6,4,4,8,11) | 0,4% | 0,2% | 0,2% | 0,2% | 0,3% |
| 112 (2,0,2,2,2) | 0,1% | 0,0% | 0,1% | 0,1% | 0,1% |
| 114 (7,12,8,19,3) | 0,5% | 0,7% | 0,4% | 0,6% | 0,1% |
| 118 (21,23,8,15,7) | 1,4% | 1,3% | 0,4% | 0,5% | 0,2% |
| 161 (0,0,0,0,3) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 168 (0,0,0,4,2) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% | 0,1% |
| 169 (1,2,8,4,2) | 0,1% | 0,1% | 0,4% | 0,1% | 0,1% |
| 183 (0,1,0,1,3) | 0,0% | 0,1% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| 221 (0,0,0,0,2) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| NT (0,0,1,1,4) | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,0% | 0,1% |
| Autre (28,34,40,34,22) | 1,9% | 1,9% | 1,9% | 1,1% | 0,7% |
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