Le réseau PulseNet est un système national de surveillance par les laboratoires permettant de déterminer les éclosions de maladies d'origine alimentaire. Découvrez comment le réseau PulseNet Canada utilise la science génomique pour détecter les éclosions au Canada.
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Objectif de PulseNet Canada
PulseNet Canada est un système de surveillance national permettant de détecter les éclosions de maladies d'origine alimentaire et d'y réagir. Il est constitué d'un réseau de laboratoires de santé publique à l'échelle du Canada, reliés par des bases de données. C'est l'équipe de PulseNet Canada au Laboratoire national de microbiologie (LNM) à Winnipeg (Manitoba) qui héberge et gère les bases de données nationales. Ce réseau national assure le suivi de tous les cas de maladies d'origine alimentaire causées par les bactéries :
- Vibrio
- E. coli
- Shigella
- Salmonella
- Listeria monocytogenes
PulseNet Canada a recours à la science génomique avancée pour détecter les éclosions pouvant se manifester partout au Canada.
Les maladies d'origine alimentaire sont un problème mondial. Les éclosions peuvent se répandre et souvent couvrir de vastes régions géographiques, même au-delà des frontières internationales, en raison du commerce de produits alimentaires bruts et transformés ainsi que des voyages internationaux.
Bases de données de séquençage du génome entier
Un élément essentiel de la détection des éclosions d'origine alimentaire chez l'humain et des enquêtes à leur sujet est l'empreinte génétique des bactéries qui les causent. Ces empreintes génétiques sont les profils d'ADN obtenus par séquençage du génome entier. Lorsque des organismes ont la même séquence d'ADN, c'est le signe que les maladies peuvent provenir de la même source.
Les scientifiques de PulseNet Canada génèrent les séquences du génome entier pour chaque cas de maladie peu après son diagnostic, et les inscrivent dans la base de données électronique du LNM. Cette base de données contient toutes les séquences de tous les cas de maladie d'origine alimentaire au Canada, afin que les responsables de la santé publique puissent repérer rapidement une souche d'éclosion. Ces profils peuvent être consultés en ligne par les partenaires. Le recours à la technologie de séquençage du génome entier et à une base de données nationale centralisée permet une comparaison rapide entre laboratoires, la communication rapide de renseignements sur les maladies d'origine alimentaire et le signalement des éclosions potentielles le plus tôt possible.
L'utilisation de ce système contribue à :
- déterminer si une épidémie est en cours même si les personnes touchées sont géographiquement éloignées les unes des autres;
- déclencher la nécessité d'enquêter et d'intervenir rapidement pour protéger le grand public;
- déterminer lorsqu'une éclosion est terminée.
PulseNet Canada constitue également un mécanisme permettant aux laboratoires et aux enquêteurs de communiquer clairement et rapidement à l'échelle du pays.
Processus de suivi
Le processus de surveillance des éclosions de maladie d'origine alimentaire comporte une série d'étapes :
- Les laboratoires publics provinciaux isolent des pathogènes bactériens entériques à partir de cas cliniques humains.
- Les laboratoires participants effectuent le séquençage du génome entier à l'aide de méthodes, d'équipements et de logiciels normalisés.
- Les scientifiques de PulseNet entrent les séquences du génome entier dans les bases de données électroniques des laboratoires provinciaux et du LNM. Les membres participants disposent d'un lien direct avec les bases de données nationales.
- Les laboratoires participants affichent les groupes de cas dont les profils de séquençage du génome entier correspondent dans leur territoire de compétence sur le babillard de PulseNet Canada au sein du Réseau canadien de renseignements sur la santé publique. Les membres consultent les messages et y répondent quotidiennement.
- Les gestionnaires de la base de données du LNM sont à l'affût de groupes d'isolats apparentés dans plus d'une province. Ils communiquent les résultats aux laboratoires participants et aux épidémiologistes de l'Agence de la santé publique du Canada, et les affichent sur le babillard.
Partenaires de PulseNet Canada
Les provinces et certains ministères fédéraux collaborent à l'exploitation de PulseNet Canada pour assurer le suivi des pathogènes d'origine alimentaire dans l'ensemble du pays.
Les laboratoires participants sont les suivants :
Histoire de PulseNet
Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), en collaboration avec l'Association of Public Health Laboratories, ont développé PulseNet aux États-Unis en réponse à une vaste éclosion de E. coli en 1996. Au cours de cette éclosion, les scientifiques des CDC (Atlanta, Géorgie) ont établi le profil d'ADN par électrophorèse en champ pulsé (PFGE). Ils ont déterminé que la souche E. coli trouvée chez les patients avait le même profil PFGE que la souche trouvée dans les galettes de hamburger servies par une grande chaîne de restauration rapide de la région. À partir de cette découverte, ils ont mis en place un réseau national pour effectuer des PFGE de manière routinière et en transmettre les données à l'échelle des États-Unis, en vue de détecter les éclosions et d'y réagir rapidement.
Avec nos partenaires des laboratoires de santé publique provinciaux, nous avons créé PulseNet Canada en 2001 pour harmoniser notre système de surveillance avec PulseNet USA. Peu de temps après, PulseNet International a vu le jour, permettant une détection et une réaction harmonisées concernant les éclosions d'origine alimentaire dans le monde entier. En 2021, 88 pays participaient à PulseNet International.
C'est à partir de 2013 que la technologie du séquençage du génome entier a fait son apparition, et que PulseNet Canada a commencé à planifier le remplacement de la PFGE par cette dernière, plus performante. Le séquençage du génome entier est une méthode de dépistage des maladies beaucoup plus précise que l'ancienne technologie. En 2017, la PFGE a été remplacée par le séquençage du génome entier. Aujourd'hui, le séquençage du génome entier fournit les données d'empreintes bactériennes les plus précises possible. (en anglais)
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