Protocole d’enquête microbiologique concernant les Infections Respiratoires Aiguës Sévères (IRAS)

1.0 Introduction

C'est le Réseau de préparation des laboratoires à une pandémie d’influenza du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada qui a préparé ces lignes directrices.

Même si le protocole concernant les infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) a d’abord été élaboré en réponse à l’éclosion de SRAS de 2003, il vise à faciliter le diagnostic des infections respiratoires sévères causées par des agents pathogènes des voies respiratoires, connus ou non, pouvant causer des épidémies à grande échelle. Tant dans le cas du MERS-CoV que dans le cas du nouveau virus H7N9, un facteur clé est la détermination du risque fondé sur des facteurs épidémiologiques, qui est ensuite associé à l’exposition dans un « secteur préoccupant ». La première évaluation du risque doit être effectuée en collaboration avec le ministère de la Santé (MS) local. En cas d’alerte concernant une IRAS, les cliniciens devraient « envisager, aviser et détecter » :

2.0 Protocole de Laboratoire (Figure 1)

Même si les évaluations du risque seront modifiées au fur et à mesure que de nouveaux renseignements deviendront disponibles, en ce moment, il est extrêmement peu probable qu’une maladie des voies respiratoires aiguë sévère soit causée par le MERS-CoV ou virus H7N9. Par conséquent, chez les patients ne présentant pas de facteurs de risque épidémiologiques, les agents pathogènes les plus courants devraient être écartés avant d’envisager la présence d’un agent pathogène inhabituel ou fortement virulent. Ces analyses peuvent être faites au laboratoire local ou au laboratoire provincial de santé publique (LPSP) en fonction de la capacité et de l’expertise locales.

On doit envisager le prélèvement des échantillons suivants : expectorations, écouvillonnage du nasopharynx, lavage bronchoalvéolaire, sécrétions endotrachéales et écouvillonnage de la gorge. Chez les patients pédiatriques, l’aspirat rhinopharyngé peut remplacer adéquatement l’écouvillonnage du nasopharynx.

Les agents pathogènes qui devraient être éliminés dans le cadre des analyses préliminaires comprennent :

Quand doit-on soupçonner une infection par le MERS CoV?

Des données limitées évoquent la possibilité que MERS-CoV soit présent en tant que co infection avec d’autres agents pathogènes viraux. C’est pourquoi on doit soumettre à des tests de détection de MERS-CoV tant les échantillons dont les résultats sont négatifs pour les agents pathogènes courants que les échantillons contenant des agents pathogènes connus, mais qui sont compatibles avec des cas soupçonnés d’infection par le MERS-CoV selon la définition de cas de l’ASPC. Des précisions concernant les analyses et certains matériels témoins pour l’élaboration de la méthode peuvent être obtenues du Laboratoire national de microbiologie (LNM). Jusqu’à maintenant, seuls quelques LPSP ont acquis la capacité d’effectuer à l’interne les analyses concernant cet agent pathogène. Tous les autres LPSP transmettront les échantillons suspects au LNM pour qu’ils fassent l’objet d’analyses plus poussées.

Quand doit-on soupçonner une infection par un nouveau virus de la grippe (y compris H7N9)?

Les virus de la grippe qui ont été détectés par le premier test de détection de la grippe, mais dont le sous-type ne peut être déterminé par RT-PCR doivent faire l’objet d’une caractérisation approfondie. Les laboratoires qui ont la capacité d’effectuer une caractérisation approfondie des échantillons par des méthodes de séquençage (p. ex. séquençage du gène M) afin de déterminer le sous-type du virus le feront. Les autres feront appel au LNM à cette fin. Toutefois, comme les analyses de sous-typage sont généralement moins sensibles que les analyses d’identification, il peut être impossible de déterminer le type dans les échantillons faiblement positifs. Selon son expérience, le laboratoire local devrait évaluer la situation au cas par cas en collaboration avec les cliniciens locaux et leurs collègues de la santé publique.

Les échantillons positifs pour la grippe recueillis en dehors de la saison grippale ou prélevés chez des patients ayant des antécédents d’exposition à des animaux (p. ex. porcs ou poulets) devraient habituellement être soumis au LNM à des fins de caractérisation.

REMARQUE : Même si l’évaluation initiale des analyses utilisées à l’interne par de nombreux laboratoires porte à croire que ces analyses seraient efficaces pour détecter H7N9, il est difficile de déterminer leur sensibilité dans ce cas. C’est particulièrement vrai pour le rendement des analyses commerciales dont les séquences d’amorce sont inconnues.

Si un laboratoire de première ligne soupçonne une infection par un nouvel agent pathogène des voies respiratoires :

Les premières analyses (décrites ci dessus) seraient les mêmes, mais des analyses additionnelles doivent être effectuées par le LPSP. Le laboratoire doit communiquer avec le clinicien pour s’assurer que les échantillons ci dessous sont prélevés :

Si un laboratoire de santé publique soupçonne une infection par un nouvel agent pathogène des voies respiratoires

Figure 1:



Équivalent textuel - Figure 1

Ce schéma représente le protocole de laboratoire destiné aux enquêtes microbiologiques décelant les infections respiratoires sévères en phase aiguë (IRSPA).

En haut du diagramme figure la case « Cas présumé d’IRPSA » pour lequel on a exclu les agents pathogènes courants et des facteurs de risque épidémiologiques.

La case « Contacter le MS » (ministre de la Santé) se rapporte à la case « Cas présumé d’IRSA ».

La case « Évaluation du risque » se rapporte à la case « Contacter le MS ».

La case « Évaluation du risque » est reliée par la gauche à la case « Faible » et par la droite, à la case « Élevé ».

La case « Exclure d’abord les agents classiques » est reliée à la case « Faible » et énumère les points suivants : Expectorations (bactéries ± Legionella), Sécrétions nasopharyngées par écouvillonnage, dans milieu de transport viral (études sur le virus), Hémoculture en milieu aérobie x 2.

Un appel de note de bas de page est inséré après « études sur le virus » et indique qu’il faut contacter le microbiologiste sur appel pour obtenir des conseils sur les analyses pertinentes à réaliser.

La case « Traitement empirique » se rapporte à la case « Exclure d’abord les agents classiques ».

La case « Contacter le microbiologiste sur appel du LPSP » est reliée à la case « Élevé ».

La case « Exclure les agents classiques PLUS » est reliée à la case « Élevé » et énumère les points suivants : Sécrétions nasopharyngées (écouvillonnage supplémentaire), Sécrétions de la gorge (recherche de virus, dans milieu de transport viral), analyse sérologique en phase aiguë, sécrétions endotrachéales, LBA, tissu (non dans le formaldéhyde), etc. si cela est possible et pertinent.

La case « Exclure les agents classiques PLUS » est reliée à la case « Traitement empirique, Envisager de demander un avis sur les maladies infectieuses »


3.0 Transport des échantillons

Si le cas a été lié à un cas avéré d’infection par un nouveau virus des voies respiratoires, ou s’il existe des données épidémiologiques probantes qui permettent de l’associer à la grippe aviaire, veuillez manipuler l’échantillon selon les directives présentées ci-dessous; sinon, le traiter de la même façon que les échantillons cliniques habituels.

Transport terrestre :
Si l’agent soupçonné est classé dans le groupe de risque 3, utiliser un emballage de type 1A.
(Une modification est possible pour le transport aérien, voir ci-dessous.)

D'autres exigences en vertu des règlements sur le TMD concernant la formation, l’étiquetage, le marquage et la documentation s’appliquent.

Transport aérien :
Les instructions techniques de l’Organisation de l’aviation civile internationale (OACI) ainsi que certaines dispositions additionnelles des règlements sur le TMD peuvent s’appliquer au transport par aéronef d’échantillons de diagnostic. Les envois préparés de la manière suivante peuvent être également transportés par route à destination et en provenance de l’aéroport.

En vertu des instructions techniques de l’OACI, l’appellation réglementaire ÉCHANTILLON DE DIAGNOSTIC UN3373 doit être utilisée pour tous les échantillons de diagnostic s’ils contiennent potentiellement un agent grippal appartenant au groupe de risque 3. Les échantillons de diagnostic sont exemptés de l’application des autres exigences des instructions techniques de l’OACI s’ils sont emballés dans un emballage de bonne qualité qui résiste à une épreuve de chute de 1,2 m. Un emballage de type 1A répond à ces exigences. Un emballage de type 1B ne peut être utilisé que s’il répond aux exigences additionnelles de l’OACI concernant le rembourrage du récipient secondaire, l’épreuve de chute et l’aptitude à maintenir la pression.

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2017-07-05