Lignes directrices à l'intention des laboratoires : Préparation du Canada en cas de grippe pandémique : Guide de planification pour le secteur de la santé

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Lignes directrices à l'intention des laboratoires en cas de pandémie d'influenza (Document PDF - 4 037 ko - 37 pages)

Annexe à l'intention des laboratoires

Mise à jour : décembre 2015

Table des matières

1 Introduction
2 Contexte de la planification
3 Stratégie de laboratoire du Canada en cas de pandémie
4 Intégration à d'autres éléments de l'intervention
- 4.1 Liens
5 Besoins en matière de recherche
6 Mesure et évaluation
Appendic A : Recommandations du RPLPI concernant la prestation de services par les laboratoires de santé publique pendant la grippe pandémique

1 Introduction

1.1 Historique

Le Réseau de préparation des laboratoires à une pandémie d'influenza (RPLPI) du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC) a élaboré le présent document en s'inspirant des meilleures pratiques actuelles en matière de détection de la grippe en laboratoire ainsi que des leçons tirées de la pandémie de grippe H1N1 de 2009. Plus précisément, cette annexe de la Préparation du Canada en cas de grippe pandémique : Guide de planification pour le secteur de la santé (PCGP) traite des questions liées aux prélèvements d'échantillons et du type d'échantillon approprié, aux épreuves de laboratoire, à la surveillance en laboratoire et à la collecte de données, de même que celles liées aux communications et à la préparation à la pandémie.

1.2 Portée et public cible

Dans le contexte du PCGP, le terme « laboratoire » désigne les laboratoires cliniques. Bien que le présent document soit destiné principalement aux professionnels des laboratoires cliniques, il peut servir de référence pratique pour d'autres intervenants, tels que les cliniciens de première ligne et les épidémiologistes. De plus, cette annexe met en évidence les aspects importants de la réponse des laboratoires, de sorte que les planificateurs en cas de pandémie, les décideurs et les autres intervenants intéressés connaîtront l'ensemble des ressources nécessaires pour soutenir cette réponse. On s'attend à ce que ce guide soit adapté aux différents contextes en fonction des régions, des territoires de compétence et des situations.

1.3 Changements apportés à la présente version

Tout comme dans le document maître du PCGP, la présente version de l'Annexe à l'intention des laboratoires intègre les leçons tirées au cours et à la suite de la pandémie de 2009, et propose une approche de gestion des risques visant à appuyer une intervention souple et proportionnée.

À l'instar de la version précédente des Lignes directrices à l'intention des laboratoires du PCGP, les tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) demeurent le pilier de la stratégie d'analyse en laboratoire en raison de leur sensibilité, de leur variabilité d'échelle et de leur capacité de diagnostic rapide de la grippe.

Les modifications qui ont été apportées à la présente version de l'Annexe à l'intention des laboratoires sont les suivantes :

La structure, l'organisation et l'orientation générale de l'annexe concordent avec celles du document maître du PCGP mis à jour.
Les principaux éléments de l'annexe représentent l'ensemble des activités d'analyse que les laboratoires doivent intégrer à leur préparation et à leur intervention en cas de pandémie. Ces activités sont notamment le prélèvement, le transport et l'enregistrement (saisie dans le système d'information du laboratoire) des échantillons à la phase pré-analytique, le processus d'analyse en tant que tel à la phase analytique, et l'analyse et la communication des résultats individuels particuliers ainsi que le regroupement et le résumé des résultats à la phase post-analytique. Souvent appelé « épidémiologie en laboratoire », l'ensemble de ces activités vise à informer les partenaires et les planificateurs en matière d'épidémiologie.
On a estimé le nombre d'analyses en fonction de quatre scénarios de planification présentés dans le document maître du PCGP.
Les éléments déclencheurs présentés dans cette annexe concordent avec ceux du document maître du PCGP et traduisent une gamme d'options adaptables à différentes échelles qui doit être prise en compte à mesure que le nouveau virus se propage au pays.
Sont également décrites les considérations éthiques sur lesquelles repose l'élaboration de cette annexe.
La présente annexe a été modifiée de façon à tenir compte du consensus actuel sur les rôles et les responsabilités, qui sont énoncés dans le document maître du PCGP.

2 Contexte de la planification

2.1 Rôle des laboratoires en matière de prévention et de traitement de la grippe pandémique

Dans l'éventualité d'une pandémie de grippe ou de l'émergence d'un nouveau sous-type de virus grippal, les laboratoires contribueront à faciliter la mise en œuvre de mesures de santé publique rapides et pertinentes. Pendant une pandémie, les épreuves de laboratoire permettront :

de détecter les tout premiers cas associés à une nouvelle souche grippale au Canada;
d'appuyer la surveillance de la santé publique en suivant la propagation géographique de la maladie et l'effet des interventions;
de faciliter la prise en charge clinique en distinguant les patients infectés par le virus grippal pandémique de ceux atteints d'autres maladies respiratoires;
de cerner les forces et les faiblesses des différentes méthodes d'analyse;
de surveiller la résistance aux antiviraux (RAV) des virus grippaux en circulation;
de contribuer à l'évaluation de l'efficacité du vaccin antigrippal en misant sur le sous-typage et la caractérisation des souches de virus grippal, qui peuvent aider à déterminer la non-concordance potentielle.

Les épreuves de détection primaires utilisées dans le cadre de la prise en charge des patients et de l'intervention de la santé publique sont effectuées par les laboratoires de santé publique (LSP) provinciaux et de nombreux laboratoires de première ligne de centres hospitaliers. Bien que certains laboratoires hospitaliers puissent effectuer le sous-typage, cette fonction relève en grande partie des LSP.

Une approche coordonnée à toutes les échelles (locales, régionales, provinciale-territoriale [PT] et nationale) devra être mise en place pour assurer la surveillance afin de veiller à ce que les données soient consignées et interprétées correctement. Les LSP doivent transmettre un nombre d'échantillons approprié du point de vue statistique au Laboratoire national de microbiologie (LNM) aux fins de caractérisation virale plus poussée, notamment pour les épreuves de RAV lorsque les LSP n'ont pas la capacité ou les ressources pour effectuer ces épreuves.

2.2 Incertitudes et imprévisibilité

La préparation des laboratoires à la prochaine pandémie est marquée par de nombreuses incertitudes :

Quand la pandémie aura-t-elle lieu et quand sera-t-elle déclarée au Canada? Comme on l'a observé pendant la pandémie de 2009, le délai pour la mise au point et la validation des épreuves peut être très court, et les demandes concurrentielles des nombreux utilisateurs peuvent dépasser la capacité des fournisseurs commerciaux de matériel diagnostique.
Quel échantillon devra être prélevé pour détecter le nouveau virus? Lorsqu'on identifiera le nouveau virus, il se peut qu'on ne sache pas exactement quel est l'échantillon idéal pour le détecter.
Quel sera le sous-type? Les méthodes utilisées à ce moment seront-elles efficaces pour détecter le nouveau virus? Les méthodes de test d'amplification des acides nucléiques (TAAN) nécessitent l'utilisation d'amorces spécifiques d'une région conservée à l'intérieur du génome viral. Les épreuves en temps réel ont également des sondes qui doivent se lier dans cette région conservée. S'il y a mutation dans les sites de liaison de ces amorces et de ces sondes, il est possible que l'épreuve ne puisse pas détecter le nouveau virus ou qu'elle présente un degré de sensibilité sous-optimal. Les épreuves « internes » offrent une plus grande souplesse pour ce qui est de modifier plus rapidement les amorces et les sondes, alors que de telles modifications des trousses commerciales peuvent nécessiter beaucoup plus de temps.
À quelle espèce animale la source du virus sera-t-elle associée? Il se peut que les virus d'origine zoonotique entraînent un niveau de confinement (NC) accru. De tels cas exigeront la coordination et la collaboration entre l'Agence canadienne d'inspection des aliments et l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC), ce qui peut influer sur certains aspects des analyses en laboratoire.
Quels groupes seront les plus gravement touchés? On ne peut prévoir avec certitude quel sera le groupe démographique cible. Ce facteur peut avoir des conséquences sur la dotation en personnel des laboratoires si le groupe le plus touché coïncide avec le personnel de laboratoire.
Comment les laboratoires existants pourront-ils satisfaire à la demande accrue découlant d'une pandémie? Compte tenu des réductions budgétaires, de nombreux laboratoires ont déjà mis en œuvre des mesures visant à rationaliser les activités et à améliorer l'efficacité des analyses. Par conséquent, le système dispose d'une faible marge de manœuvre pour satisfaire aux exigences en matière de ressources humaines qui pourraient être nécessaires pour répondre à la demande accrue d'analyses. Bien que les progrès rapides réalisés dans les technologies de diagnostic permettent d'améliorer la capacité de diagnostic et de typage et continueront à le faire, le recours à une approche plus systématique s'avère toujours nécessaire pour détecter les virus en circulation au sein de la collectivité et déterminer leur effet sur la santé. Idéalement, pour surveiller la propagation d'une pandémie grippale en temps quasi réel, il faudrait mettre sur pied un système coordonné sentinelle pour détecter les cas de grippe et de syndrome grippal (SG) dans la collectivité.
Le virus sera-t-il résistant aux antiviraux? La RVA des virus grippaux peut se manifester spontanément ou au cours d'un traitement, en particulier pour les personnes immunodéprimées ou dans le cadre d'une prophylaxie antivirale. Une RVA entraînerait une augmentation importante de la demande d'analyses, puisque chaque échantillon devrait faire l'objet d'un diagnostic viral, puis d'une épreuve de RVA.

2.3 Leçons à retenir de la pandémie de 2009

On peut tirer de précieuses leçons de l'intervention de la santé publique du Canada lors de la pandémie de grippe H1N1 de 2009 en ce qui a trait au rôle et à la contribution éventuels des laboratoires en cas d'éclosions futures.

Interventions d'ordre général :

Les exigences en matière d'épidémiologie et de surveillance en laboratoire doivent être cernées et définies dès le début de la pandémie.
Les laboratoires doivent se préparer à une augmentation du nombre d'analyses, qui peut décupler par rapport à la demande saisonnière observée pendant le pic de la vague pandémique, lequel peut durer jusqu'à trois semaines dans certaines régions géographiques. La demande d'analyses durant la pandémie de 2009 était d'environ 5 à 7 fois supérieure à celle observée par le passé. Cependant, pendant le pic de la pandémie, la demande dans de nombreuses régions a même décuplé par rapport à la demande habituelle.
Les définitions de cas de grippe élaborées pour la prise en charge clinique doivent évoluer en temps réel. Pendant la pandémie de 2009, la définition de cas de SG n'était pas un bon prédicteur de la grippe chez les patients hospitalisés. Les médecins et les responsables du contrôle des infections devaient donc recourir aux épreuves diagnostiques pour décider de la prise en charge des patients.
La réévaluation de la désignation du groupe de risque (GR) pour le virus doit faire l'objet d'une surveillance et être effectuée en temps opportun, étant donné que des retards dans la désignation appropriée peuvent nuire à l'efficacité des analyses en laboratoire. En 2009, même après la propagation du virus dans la collectivité, il a fallu hausser les niveaux de confinement à l'égard de la mise en culture du virus, ce qui a limité le travail de diagnostic de certains laboratoires.
Les liens du RPLPI doivent être maintenus pendant la période interpandémique. La création préalable de ce réseau ainsi que son fonctionnement continu ont facilité l'intervention rapide et la diffusion de l'information. Ce réseau a permis d'adopter une approche nationale coordonnée en matière d'analyse et d'échange des réactifs ainsi que des protocoles nécessaires à la validation et à l'optimisation des plateformes pour le diagnostic moléculaire.
Les laboratoires doivent examiner leurs politiques des ressources humaines et organiser sans délai et de façon proactive des formations par rotation de postes à l'intention de leur personnel pour aider à répondre à la demande. Il se peut que la capacité d'embauche de personnel pour répondre à l'augmentation de la demande soit limitée par le droit du travail et les exigences relatives à l'accréditation.
Les laboratoires doivent prévoir les questions de propriété intellectuelle et de droits d'auteur à l'égard du partage des données et des rapports de recherche, et élaborer des solutions possibles à cet effet. Les demandes de recherches mettent souvent une pression irréaliste sur les LSP. Pendant la pandémie de 2009, les questions touchant le partage des données, les droits de propriété intellectuelle et les droits d'auteur, de même que d'autres questions concernant la publication, étaient souvent floues. Les laboratoires doivent prévoir ces types de problèmes et élaborer des solutions possibles à l'avance, telles que l'établissement d'ententes officielles de partage des données et d'accords de transfert de matériel (ATM), afin que ces questions, dans l'éventualité où elles seraient soulevées, puissent être traitées dès le début de l'éclosion.

Phase pré-analytique

Les laboratoires doivent disposer de plans visant à répondre à une augmentation de la demande grâce à l'accès à des fournitures de laboratoire, comme des trousses de prélèvement appropriées. Au début de la pandémie de 2009, certaines fournitures cliniques, comme les écouvillons et les milieux de transport viral, se faisaient rares.
Les laboratoires doivent tenir compte des répercussions sur le processus pré-analytique d'un volume d'échantillons supplémentaire et de la complexité éventuelle associée à la réception et au traitement des nouveaux échantillons. De nombreux laboratoires sous-estiment grandement les répercussions des problèmes de la phase pré-analytique, dont le type d'échantillon, l'enregistrement et la nécessité d'aliquoter (de diviser) les échantillons. En outre, comme les laboratoires n'étaient pas dotés d'un système frontal automatisé, leur capacité de répondre à la demande s'en voyait affaiblie.
Les formulaires de demande d'analyse en laboratoire doivent être structurés de façon à ce que les demandes prioritaires (c.-à-d. stat) soient facilement reconnaissables et à ce qu'ils puissent répondre aux exigences relatives aux ensembles de données et aux analyses uniques. Les renseignements fournis dans les demandes d'analyse en laboratoire étaient souvent non pertinents pour le triage. Certains laboratoires ont élaboré un nouveau formulaire de demande ou un formulaire modifié, ou ont réussi à assurer une meilleure coordination avec les partenaires cliniques.
Les écouvillonnages du nasopharynx (ENP) peuvent se révéler inadéquats pour détecter les infections touchant les voies respiratoires inférieures, ce qui devrait être pris en considération dans les protocoles d'analyse. Les ENP peuvent donner des résultats faussement négatifs chez les patients atteints d'une maladie grave. Des échantillons des voies respiratoires inférieures, tels que les sécrétions endotrachéales (ET) ou les prélèvements par lavage broncho-alvéolaire (LBA), peuvent être requis pour vérifier le diagnostic.

Phase analytique

Les TAAN étaient la principale méthode employée pour la détection du nouveau virus. Bien qu'une multitude d'épreuves soit nécessaire pour effectuer toute la gamme d'analyses, les TAAN étaient la principale méthode de détection utilisée au début de la pandémie. La méthode fondée sur les séquences du gène M comme cible universelle s'est avérée efficace. Des analyses supplémentaires devaient être effectuées pour distinguer la souche de virus de la grippe pandémique des autres souches de virus de la grippe saisonnière, afin de respecter les exigences fédérales-provinciales-territoriales (FPT) en matière de déclaration. Ensuite, une deuxième épreuve ciblant le gène de l'hémagglutinine ou de la neuraminidase était nécessaire pour distinguer les souches de la grippe pandémique des autres souches de la grippe saisonnière. De plus, de nombreuses administrations cherchaient à connaître toutes les souches grippales en circulation.
Il convient de réévaluer promptement les exigences qui s'appliquent aux laboratoires de niveau de confinement 3 (NC3) au début de la pandémie afin de déterminer si le virus est transmis rapidement au sein de la collectivité. Conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines, les laboratoires doivent s'attendre à ce que la manipulation des cultures virales soit restreinte aux installations NC3 et que le traitement des échantillons de diagnostic pour les TAAN soit effectué par des installations NC2, lesquelles devront prendre des précautions accrues. La réévaluation des risques associés aux activités professionnelles et à l'agent même doit être réalisée de façon périodique et en temps opportun, au fur et à mesure que de nouveaux renseignements sur l'agent seront disponibles.
Les laboratoires doivent prévoir une demande accrue des réactifs destinés aux TAAN. Au début de la pandémie de 2009, la demande de réactifs auprès des fournisseurs commerciaux a excédé l'offre, ce qui a ralenti la capacité de mise au point de nouvelles épreuves.
Les laboratoires devront définir le moment où il conviendra d'employer l'analyse multiplex. Il est possible que plusieurs virus respiratoires circulent à un moment donné. S'il est vrai que l'analyse multiplex est de plus en plus accessible, il n'en demeure pas moins qu'elle est coûteuse. C'est pourquoi on recommande que les laboratoires définissent le moment où il convient de recourir à l'analyse multiplex afin que les ressources puissent être affectées de façon appropriée à la détection de la souche virale de la grippe pandémique.
Le rôle des épreuves diagnostiques rapides de la grippe se limite à la détection des éclosions dans les milieux éloignés. L'exécution de ces épreuves, qui reposent sur une détection antigénique, affiche une faible sensibilité. En outre, les résultats négatifs étaient d'une valeur limitée pour la prise en charge individuelle des patients. Ces épreuves peuvent contribuer à détecter les éclosions dans les milieux éloignés où l'accès aux TAAN est limité ou à confirmer rapidement la présence de la grippe dans le contexte d'une éclosion (à partir du principe selon lequel de multiples épreuves réalisées auprès de populations de patients symptomatiques peuvent engendrer une sensibilité globale de 95 à 100 % lorsque quatre à six personnes subissent les épreuves, même si les épreuves font preuve d'une faible sensibilité).
Au cours de la période interpandémique, il faut renforcer la capacité diagnostique des laboratoires de première ligne des centres hospitaliers. Depuis la pandémie, les TAAN sont couramment utilisés comme épreuves diagnostiques dans les laboratoires de première ligne des centres hospitaliers. Toutefois, le contrôle de la qualité et la vérification de la compétence sont des éléments cruciaux et peuvent représenter des défis lorsque de nouveaux sites sont rapidement mis sur pied. Le fait d'accroître la capacité diagnostique des laboratoires de première ligne des centres hospitaliers pendant la période interpandémique permettrait de renforcer davantage la capacité d'intervention du Canada en cas de pandémie.
Une approche coordonnée en matière d'analyse et de déclaration à l'échelle PT doit être mise en place pour uniformiser les déclarations à l'échelle nationale. Au cours de la pandémie de 2009, il est clairement apparu que les critères de dépistage variaient d'une administration à l'autre. Certaines de ces administrations exigeaient l'analyse de tous les échantillons, alors que d'autres limitaient les analyses aux échantillons des patients admis dans les hôpitaux, et bon nombre ont suspendu certains services pour libérer des ressources. Il est important que les professionnels de la santé publique comprennent les différentes stratégies d'analyse adoptées par l'ensemble des PT.

Phase post-analytique

Des stratégies de communication efficaces à tous les niveaux des analyses en laboratoire sont nécessaires pour assurer un échange de données plus productif et plus rapide. Comme on a pu le constater au cours de la pandémie de 2009, il est impératif d'améliorer la communication entre les laboratoires de première ligne et les LSP afin d'assurer une intervention qui soit davantage coordonnée, plus particulièrement en ce qui a trait à la transmission des données de surveillance. La communication avec les médecins communautaires a également été difficile. On a observé une augmentation du nombre d'appels aux LSP, ce qui a forcé les laboratoires à modifier leur stratégie de communication afin que leur personnel hautement qualifié soit utilisé à la hauteur de ses compétences.
Il est nécessaire de renforcer les liens en temps réel avec les partenaires en épidémiologie et en statistiques. Ces partenaires aideraient à analyser les tendances et à déterminer si les laboratoires pourraient employer les processus de façon différente en vue d'améliorer l'efficacité.
Il faut améliorer la planification en matière d'entreposage et de suivi des échantillons. De nombreux LSP ont sous-estimé les problèmes liés à l'entreposage et au suivi des échantillons pendant la pandémie de 2009.

2.4 Prestation du programme dans le contexte canadien

Comme il est indiqué dans le document maître du PCGP, on suppose que des variations géographiques seront observées en ce qui concerne le délai d'apparition et l'intensité des vagues, même si plusieurs PT seront sans doute touchés simultanément. La population canadienne est répartie sur un vaste territoire comptant de grandes régions de population rurale ou éloignée. Par conséquent, l'accès aux services de laboratoire (particulièrement aux TAAN) peut poser problème dans certaines des communautés de ces régions, retardant ainsi le délai d'exécution. Une intervention concertée entre les PT peut s'avérer nécessaire afin de veiller à ce que les analyses en laboratoire soient réalisées de façon optimale pour orienter les réponses individuelles et communautaires. À titre d'exemple, les territoires comptent systématiquement sur la Colombie-Britannique et sur l'Alberta pour les tests de dépistage de la grippe; par conséquent, les stratégies d'analyse doivent être adaptées à ces régions de façon à englober la logistique du transport des échantillons en temps opportun en vue d'obtenir des résultats utiles pour le patient ou pour la gestion de l'éclosion. Il est également important que les échantillons transportés soient appropriés et qu'ils conservent leur intégrité afin d'éviter des retards supplémentaires s'ils ne satisfont pas aux exigences du laboratoire pour les épreuves demandées. Les nouveaux modèles de prestation de soins doivent tenir compte de ces conséquences sur les analyses en laboratoire.

2.5 Considérations éthiques et juridiques

La préparation et l'intervention en cas de pandémie sont étroitement liées aux objectifs de santé publique et d'épidémiologie, de même qu'à l'obligation de soigner les patients, laquelle exerce souvent une pression concurrente. Bien que les laboratoires de première ligne mettent l'accent sur les soins aux patients, il est essentiel que les LSP assurent un équilibre entre les besoins en matière de soins aux patients et les objectifs de santé publique et d'épidémiologie.

À cet égard, les considérations éthiques favorisent une approche de justice sociale qui est fondée sur la confiance, la solidarité, la réciprocité, l'intendance, l'équité et l'impartialité. L'Annexe à l'intention des laboratoires a été élaborée à partir des approches et des principes directeurs énoncés dans le document maître du PCGP et est axée plus précisément sur les éléments suivants :

Collaboration - L'intervention du réseau de LSP, qui compte les laboratoires de première ligne, le LNM ainsi que des liens avec l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), requiert, de par sa nature, une étroite collaboration. La collaboration entre les épidémiologistes et les professionnels des laboratoires est essentielle à la mise sur pied d'un système de surveillance efficace qui servira à soutenir l'intervention en cas de pandémie. Le RLSPC a pris en compte les commentaires formulés par les gouvernements FPT et les intervenants dans le cadre de l'élaboration de la présente annexe.
Intendance des laboratoires - L'intendance des laboratoires est une caractéristique clé des réseaux de LSP, et l'utilisation appropriée des ressources limitées est examinée de façon continue. Les principales considérations éthiques sur lesquelles repose l'élaboration de cette annexe comprennent la souplesse, la proportionnalité et la prise de décision fondée sur des données probantes. Pendant une pandémie, il est impératif d'assurer une communication constante afin de parvenir à un consensus et de faciliter la compréhension des décisions qui s'imposent.
Utilisation des pratiques et des systèmes établis - Bien qu'il soit entendu que les systèmes établis de surveillance de la grippe et d'intervention servent à détecter à la fois les pandémies et les épidémies annuelles de la grippe, l'intervention requise pour détecter la grippe pandémique à son pic d'activité fait appel à des approches quelque peu différentes en ce qui a trait au flux de travail, à l'établissement des priorités et aux processus de déclaration des laboratoires afin que ces derniers puissent répondre aux besoins. Le fait de recourir aux pratiques et aux systèmes établis offrira le tremplin requis pour répondre aux demandes découlant de la pandémie.

Comme il est mentionné dans le document maître du PCGP, l'un des objectifs visant à appuyer les buts du Canada quant à l'état de préparation et à l'intervention en cas de pandémie est de maintenir la confiance en assurant une prise de décision fondée sur des données probantes, grâce à la collecte, à l'analyse et à la communication de renseignements sur la surveillance et d'autres données scientifiques. Le fait d'établir des ententes de partage des données avant la prochaine pandémie permettra d'assurer une transmission coordonnée et efficace des données par l'intermédiaire du système des laboratoires. Il est important que les gouvernements FPT travaillent de concert pour élaborer et adopter des ensembles communs d'exigences minimales en matière de données visant à soutenir efficacement les systèmes de surveillance requis pour orienter l'intervention en cas de pandémie. En outre, les laboratoires doivent occuper une place importante dans ces discussions.

3 Stratégie de laboratoire du Canada en cas de pandémie

3.1 Objectifs

Les objectifs de l'analyse du virus de la grippe peuvent se regrouper en deux grandes catégories :

Surveillance de la population : La surveillance est essentielle pour définir la nouvelle souche en circulation au Canada et suivre sa progression dès son arrivée au pays. Les données produites grâce aux activités de surveillance des laboratoires constitueront des éléments importants de la prise de décision fondée sur des données probantes par les principaux décideurs de la santé publique.
La surveillance de la population exige, de la part des réseaux de laboratoires, une capacité de détection et de sous-typage du nouveau virus permettant de le distinguer des autres souches de virus de la grippe en circulation. Le sous-typage et la caractérisation des souches peuvent être particulièrement utiles si le nouveau virus présente un profil de sensibilité aux antiviraux différent et peuvent aider à déterminer l'efficacité du vaccin et la non-concordance potentielle. Il est donc recommandé qu'une partie des isolats de la grippe prélevés chez des sujets de la communauté et des patients hospitalisés soit isolée en culture cellulaire et soumise au LNM aux fins de caractérisation plus poussée, dont la RAV et la variation antigénique. Les laboratoires dotés du matériel nécessaire pour établir rapidement la séquence du génome pourront caractériser le virus de façon plus détaillée et déterminer l'apparition des génotypes associés à un risque accru de décès. On s'attend à ce que les laboratoires fournissent également un soutien en matière de diagnostic dans le cadre des initiatives de recherche, au besoin.
Épreuves diagnostiques chez les patients présentant un SG : Une fois que l'activité de la nouvelle souche est étendueFootnote 1 dans la collectivité, il se peut que l'épreuve diagnostique ne soit pas indiquée pour la prise en charge clinique des personnes présentant un SG sans complications. Dans ce cas, le traitement doit être basé sur le tableau clinique. Les autres épreuves diagnostiques pourraient être axées sur : les programmes de surveillance communautaires; les éclosions; les patients hospitalisés et les personnes présentant des facteurs de risque de maladie grave pour qui les résultats des tests pourraient influer sur les décisions concernant les soins et les traitements; la lutte contre les infections; la prise en charge des contacts étroits. Dans de telles circonstances, il est important que les décisions concernant le traitement et la prise en charge des patients, de même que les pratiques de lutte contre les infections, ne soient pas retardées en raison de l'attente des résultats des analyses.

3.2 Hypothèses de planification

Comme il est indiqué dans le document maître du PCGP, la définition des hypothèses de planification constitue un moyen de faire face à l'incertitude. Bien que les hypothèses de planification fournissent un cadre utile pour la planification, elles ne doivent pas être considérées comme des prévisions. En l'absence de certitude, les hypothèses de planification aident à orienter la planification et les décisions concernant l'établissement des procédures et des protocoles de laboratoire, et à constituer des réserves de matériel et de fournitures qui seront nécessaires au cours de l'intervention en cas de pandémie. Les hypothèses de planification liées à la préparation en cas de pandémie se trouvent dans le document maître du PCGP.

Plusieurs hypothèses de planification propres aux laboratoires sont présentées ci-dessous :

Comme un vaccin ne sera pas disponible pendant la première vague de la pandémie, la demande d'analyses demeurera élevée.
Il sera essentiel que la surveillance et l'analyse diagnostique en laboratoire se fassent rapidement et avec précision afin de gérer adéquatement la santé publique et la prise en charge clinique.
Au cours de la pandémie, il y aura au moins de 5 à 10 fois plus de demandes d'épreuves diagnostiques de la grippe.
Étant donné que les ressources, dont les ressources humaines, seront limitées, il faudra réévaluer les priorités en matière de surveillance et de dépistage clinique au fil de l'évolution de la pandémie.
La demande d'analyses demeurera élevée entre les vagues pandémiques.
Selon la gravité de la pandémie, l'absentéisme au travail (y compris chez le personnel de laboratoire) se fera sentir pendant plusieurs semaines.
Les laboratoires verront augmenter les demandes d'analyses pour des infections secondaires découlant de l'influenza, dont les infections nosocomiales, en raison du nombre accru d'admissions dans les hôpitaux.
Il y aura pénurie de matériel et de fournitures au cours de la période pandémique en raison d'interruptions des chaînes d'approvisionnement (comme les interruptions de distribution de courrier et des services de messagerie, les fermetures de frontières, les limites d'approvisionnement, etc.). Par conséquent, il faut mettre en place des plans pour s'assurer d'avoir un approvisionnement constant en fournitures pour la grippe et les autres infections pendant une période de huit semaines (en supposant une période de pointe équivalant à deux vagues pandémiques).
Il y aura une forte augmentation de la demande de renseignements. Des ressources et des stratégies de communication adaptées et délivrées en temps opportun seront nécessaires pour répondre à ce besoin.

3.3 Principaux éléments déclencheurs et interventions généralement associées

Les principaux éléments déclencheurs et les interventions généralement associées du point de vue des laboratoires sont décrits dans le tableau 1 ci-dessous.

**Tableau 1 : Principaux éléments déclencheurs et interventions généralement associées pour les laboratoires**
Principaux éléments déclencheurs	Interventions généralement associées
Notes de bas de page Note de bas de page 1 On s'attend à ce que les vagues ultérieures soient traitées de la même façon que la première vague, en tenant compte des compléments apportés aux meilleures pratiques à la suite de la première vague et en mettant l'accent sur le réapprovisionnement et l'évaluation de l'intervention initiale. Retour à la référence de la note de bas de page 1
Nouveau virus provoquant des cas de maladie chez l'homme, détecté quelque part dans le monde	Confirmation de la capacité de détection du virus : Examen des protocoles et élaboration de nouveaux procédés si le virus ne peut être identifié ou sous-typé à l'aide des épreuves actuelles. Le LNM doit accroître les communications avec les LSP, lesquels pourront ensuite transmettre l'information aux laboratoires de première ligne. Définition et communication des préoccupations en matière de biosécurité. Amélioration de la surveillance du nouveau virus. Établissement de directives concernant les personnes qui doivent subir les tests et la façon de le faire, c.-à-d. les stratégies d'analyse (surveillance et clinique). Les personnes visées par les tests et l'objet des tests seront définis en concertation avec les épidémiologistes.
Nouveau virus/virus pandémique (présentant une transmission durable chez l'homme) détecté pour la première fois au Canada	Le Centre des opérations du LNM doit prendre part à la coordination des communications entre les gouvernements FPT et les LSP ainsi que les intervenants sur la scène internationale. Le Centre des opérations du LNM doit assurer la liaison entre le Centre des opérations du portefeuille de la Santé, au fur et à mesure des besoins. Évaluation du rendement des diverses plateformes au moyen de l'extraction du plasmide ou des acides nucléiques du nouveau virus. Confirmation de la capacité de détection du virus grâce à la participation des LSP aux épreuves de compétences. Mise en place de nouveaux procédés (c.-à-d. détection et sensibilité aux antiviraux) et communication de ceux-ci aux intervenants. Évaluation des réserves et examen des plans en cas de pandémie afin de cerner et de combler les lacunes nécessitant des mesures correctives. Confirmation de la prise de dispositions pour le réapprovisionnement des réactifs et des fournitures. Prévision d'une augmentation du nombre d'analyses et de la demande tout en maintenant les principales activités de surveillance (p. ex. sensibilité aux antiviraux et caractérisation des souches).
Fin de la première vague^{Note de bas de page 1}	Réapprovisionnement. Perfectionnement de l'évaluation des risques. Nouvelle évaluation et perfectionnement des stratégies d'analyse en fonction de la virulence, de la transmission, de la sensibilité aux antiviraux et de l'épidémiologie. Élaboration d'un document portant sur les meilleures pratiques fondées sur les données actuelles. Prévision de l'augmentation de la demande d'analyses au début de la deuxième vague et mise en œuvre de stratégies visant à accroître la capacité (p. ex. nouvelles formations par rotation de postes). Réévaluation du rôle des LSP dans le cadre de la décentralisation des analyses, s'il y a lieu. Réévaluation des exigences en matière de biosécurité et communication des résultats aux laboratoires.

3.4 Principaux éléments de l'intervention

3.4.1 Phase pré-analytique

Type d'échantillon et prélèvement : La capacité de détection du virus de la grippe dépend de nombreux facteurs :

état de la maladie et endroit où se trouve le virus (différents compartiments anatomiques);
moment du prélèvement de l'échantillon par rapport à l'apparition des symptômes;
âge du patient;
type d'échantillon (type privilégié indiqué dans le tableau 2);
écouvillon de prélèvement;
transport des échantillons;
épreuves diagnostiques.

Bien que les profils d'excrétion d'un nouveau virus grippal puissent varier, étant donné l'absence d'immunité de la population il est probable que le nouveau virus se comporte de façon semblable à ce que l'on observe chez les enfants atteints de la grippe saisonnière. Les échantillons doivent être prélevés dans les 5 jours suivant l'apparition des symptômes, et de préférence dans les 48 heures. On peut envisager le prélèvement d'échantillons au-delà de 5 jours chez les jeunes enfants et les personnes âgées, de même que chez les personnes immunodéprimées et les patients présentant une persistance ou une aggravation des symptômes, quel que soit leur âge^{Footnote 2}. Il faut prélever des échantillons pour les patients admis à l'hôpital dont la grippe n'est pas confirmée, quelle que soit la durée des symptômes. Le tableau 2 propose des types d'échantillons, même si l'échantillon idéal devra être défini au fil de la progression de la pandémie.

**Tableau 2 : Types d'échantillons pour la détection du virus grippal, selon le tableau clinique**
Nature de la maladie	Échantillon à privilégier	Autres échantillons possibles
Notes de bas de page Note de bas de page 1 Le peu de données recensées sur l'utilisation de ces échantillons par rapport à l'ENP laisse entendre qu'ils sont associés à une sensibilité réduite. Retour à la référence de la note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Il faut envisager le prélèvement par écouvillonnage de la gorge et des échantillons d'expectorations, en plus d'un ENP si le nouveau virus est d'origine aviaire, car le peu de données dont on dispose sur les éclosions de grippes H5N1 et H7N9 indique que les virus de la grippe aviaire peuvent être détectés à l'aide de ces échantillons. Remarque : Il se peut que de nombreux laboratoires ne disposent pas de protocoles sur la détection des pathogènes viraux des voies respiratoires provenant d'expectorations. Retour à la référence de la note de bas de page 2 Note de bas de page 3 Les données fondées sur l'expérience au pays concernant les patients admis à l'unité de soins intensifs (USI) laissent supposer que, chez certains patients, les résultats de l'analyse de l'ENP peuvent être négatifs, alors que ceux de l'analyse des prélèvements par aspiration endotrachéale (ET) ou des prélèvements par LBA effectués simultanément étaient susceptibles d'être positifs. Retour à la référence de la note de bas de page 3 Note de bas de page 4 Il n'existe à l'heure actuelle aucune étude comparant le rendement des analyses pour les échantillons prélevés par aspiration ET et pour ceux prélevés par LBA, qui permettrait de déterminer l'échantillon à privilégier. Retour à la référence de la note de bas de page 4
Asymptomatique	Aucune analyse à effectuer.
SG léger ou modéré	Écouvillonnage du nasopharynx (ENP) ou aspirat rhinopharyngé (ARP) Vidéo de démonstration du prélèvement de ces échantillons accessible sur le site Web suivant : http://www.youtube.com/watch?v=TFwSefezIHU	Écouvillonnage nasal profond ET écouvillonnage de la gorge ou écouvillonnage du cornet nasal moyen^{Note de bas de page 1} Écouvillonnage de la gorge et expectoration^{Note de bas de page 2}
Maladie respiratoire grave ou infection des voies respiratoires inférieures	ENP ainsi que aspiration des sécrétions ET ou prélèvement par LBA^{Note de bas de page 3} ^{Note de bas de page 4}
Autopsie	Tissu du poumon ou de tout autre organe que l'on soupçonne être touché. Les échantillons doivent être frais ou congelés à -70 oC. NE PAS les fixer à la formaline.

Des écouvillons floqués doivent être utilisés pour prélever des échantillons combinés de sécrétions au niveau de la gorge et du nez ou de sécrétions nasopharyngiennes. Les écouvillons à tige de bois inhibent le test des acides nucléiques et ne sont donc pas recommandés^{Footnote 3}.

On recommande le port d'un équipement de protection individuelle (EPI) approprié pour le prélèvement des échantillons. Les lignes directrices sur la santé au travail et la lutte contre les infections peuvent varier d'une province ou d'un territoire à l'autre. Pour connaître les directives sur les EPI à utiliser, les laboratoires doivent consulter les services de santé publique locaux et se reporter aux lignes directrices sur la prévention et le contrôle des infections de leur région respective ainsi qu'aux Normes et lignes directrices canadiennes sur la biosécurité.

Transport des échantillons : Les échantillons doivent être prélevés et transportés au laboratoire dès que possible, de préférence dans les 72 heures, sur des blocs réfrigérants (+ 4 ⁰C). Si l'on prévoit un délai d'expédition plus long, les échantillons doivent être congelés à - 70 ⁰C ou moins et expédiés sur de la glace sèche. Cependant, la congélation peut avoir une incidence sur la récupération du virus si une culture s'avère nécessaire. Les échantillons ne doivent pas être congelés à - 20 ⁰C.

Si on ne peut congeler les virus à - 70 ⁰C ou sur de la glace sèche, ils doivent être conservés à une température de + 4 ⁰C et expédiés dès que possible. Des données récentes semblent indiquer que, lorsque l'ARN extrait est expédié seul, il demeure stable à une température de + 4 ⁰C^{Footnote 4}. Les échantillons doivent être transportés comme échantillons de diagnostic conformément aux pratiques habituelles s'appliquant aux échantillons de la grippe saisonnière, et aucune précaution supplémentaire n'est requise.

Il est important de s'assurer que le tube de l'échantillon et la demande sont remplis entièrement et correctement, et qu'ils affichent le nom et l'identifiant unique du patient, ainsi que les données cliniques et épidémiologiques pertinentes.

Capacité accrue : Au cours de la pandémie de 2009, nombreux sont les laboratoires qui ont sous-estimé les pressions associées à l'augmentation de la demande d'analyses sur le processus pré-analytique au sein du laboratoire. Les points suivants doivent être pris en compte dans le cadre de la planification de la prochaine pandémie :

Enregistrement : Il faut prévoir des ressources supplémentaires (p. ex. personnel de bureau) ainsi que des procédés de rechange, comme l'élargissement de l'aire d'enregistrement, afin de réduire les retards éventuels liés à cette fonction critique.
Ordre de priorité : Il est important que les laboratoires disposent de processus pour établir l'ordre de priorité des échantillons en cas de dépassement de leur capacité. Notons, parmi ces procédés, l'élaboration de demandes spéciales et d'un formulaire de commande en ligne pour aider à normaliser les renseignements requis pour le triage des échantillons. Comme on l'a mentionné précédemment, il est extrêmement difficile de mettre en œuvre de nouvelles approches lors d'une situation d'urgence. Par conséquent, on recommande de s'appuyer sur les pratiques et les systèmes établis dans la mesure du possible, et de mettre à l'essai de nouveaux procédés avant la survenue d'une situation d'urgence.
Répartition en parties aliquotes : Pendant la pandémie de 2009, la répartition en parties aliquotes des échantillons s'est souvent avérée nécessaire pour que les échantillons soient en nombre suffisant pour pouvoir subir d'autres analyses et être soumis au LNM aux fins de caractérisation plus poussée, ou pour répondre aux demandes de recherche. On recommande que les laboratoires prévoient un procédé pour que cette étape de répartition en parties aliquotes puisse être réalisée sans devoir modifier le délai d'exécution du traitement des échantillons.

3.4.2 Phase analytique

Il existe plusieurs méthodes pour la détection du virus de la grippe, chacune avec des caractéristiques différentes. Les protocoles de TAAN, tels que la transcription inverse suivie d'une réaction en chaîne de la polymérase, en temps réel (rRT-PCR) ou classique (RT-PCR), qui présentent une sensibilité élevée, un délai d'exécution rapide et des caractéristiques permettant la caractérisation des souches, de même qu'un haut débit et une capacité d'automatisation, constituent la méthode de choix pour la détection de la grippe pandémique. Le tableau 3 ci-dessous présente un résumé des options d'analyse pour la détection et la caractérisation des virus de la grippe; des renseignements plus détaillés sur les diverses méthodes d'analyse sont fournis à la suite du tableau.

**Tableau 3 : Méthodes de détection et de caractérisation des virus de la grippe**
Test	Méthode	Délai d'exécution du test	Sensibilité^{Note de bas de page 1}	Sous-typage	Coût	Débit
Notes de bas de page Note de bas de page 1 En comparaison avec les tests RT-PCR; ces tests sont comparés à d'autres méthodes TAAN. Retour à la référence de la note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Le test RT-PCR est le TAAN le plus largement utilisé. Retour à la référence de la note de bas de page 2 Note de bas de page 3 Nécessite une caractérisation plus poussée à l'aide d'un test d'acides nucléiques ou la caractérisation de l'antigène. Retour à la référence de la note de bas de page 3
TAAN (RT-PCR^{Note de bas de page 2})	Détection de l'ARN	4 à 8 h	86 à 100 %	Oui	$$-$$$	++++
Culture virale	Isolement du virus	2 à 10 jours	Environ 30 %	Oui^{Note de bas de page 3}	$$	+
Épreuves d'immunofluorescence directe ou indirecte (DFA et IFA)	Détection de l'antigène	2 à 4 h	47 à 93 %	Non	$$	++
Épreuves diagnostiques rapides de l'influenza	Détection de l'antigène	0,5 h	10 à 69 %	Non	$$$	++

Méthodes d'analyse

TAAN : Les TAAN, comme les RT-PCR, sont les méthodes de choix recommandées pour la détection et la caractérisation des virus de la grippe, en raison de leur rendement idéal, de leur capacité d'automatisation et de leur variabilité d'échelle^{Footnote 5} ^{Footnote 6}. Les TAAN peuvent être effectués dans les laboratoires de diagnostic clinique de type NC2. De nombreuses trousses commerciales et méthodes élaborées « à l'interne » sont actuellement utilisées pour diagnostiquer et distinguer les types et les sous-types des virus de la grippe. La sensibilité de ces tests est élevée, mais peut varier^{Footnote 7} ^{Footnote 8} ^{Footnote 9} ^{Footnote 10}. Au Canada, lorsqu'un laboratoire détecte une nouvelle souche ayant un potentiel pandémique, le LNM, de concert avec l'OMS et ses Centres collaborateurs pour la grippe, communique les données sur la séquence afin que les LSP puissent optimiser les protocoles des TAAN utilisés pour déterminer le nouveau sous-type. Les LSP ainsi que les laboratoires de diagnostic désignés peuvent ensuite transmettre ces données aux laboratoires de leur région respective.
Il est recommandé que les laboratoires provinciaux prévoient des procédures à la fois pour la détection et le sous-typage des virus de la grippe. Le RT-PCR servira à rechercher les sous-types de virus de la grippe saisonnière courante dans les échantillons positifs pour la grippe de type A prélevés chez des patients présentant des caractéristiques cliniques et épidémiologiques qui laissent penser à une infection par un nouveau sous-type de la grippe. Ce sont les LSP ou des laboratoires désignés qui effectueront le sous-typage rapide des échantillons positifs. Si l'on obtient des résultats positifs successifs pour la grippe, mais que l'on ne peut effectuer le sous-typage de l'échantillon ou que sa séquence génomique s'avère unique, l'échantillon doit être transmis au LNM aux fins de caractérisation plus poussée. À mesure que la pandémie évolue, le sous-typage peut demeurer un aspect important des analyses en vue de satisfaire aux exigences en matière de surveillance continue et peut s'avérer essentiel dans le cadre de la prise en charge des patients, dans le cas où le profil de sensibilité aux antiviraux diffère de celui des souches de virus de la grippe saisonnière. Cependant, si le virus pandémique devient la souche dominante en circulation, le sous-typage pourrait ne revêtir qu'une importance limitée.

Il est recommandé de déployer des efforts soutenus afin de décentraliser les TAAN et d'accroître la capacité des laboratoires d'hôpitaux à réaliser ces tests. Afin de soutenir ces efforts, il est recommandé que les LSP mettent en œuvre des initiatives appropriées et contribuent à créer des centres d'analyse dans leur région respective ainsi que des mécanismes pour assurer une communication centralisée des résultats. Il est également recommandé que les laboratoires optimisent les stratégies de déclaration de façon à ce que les résultats aussi bien négatifs que positifs soient communiqués sans délai.

Bien que les TAAN soient la méthode de détection la plus sensible, il existe plusieurs trousses commerciales permettant de détecter le virus de la grippe, dont certaines analyses multiplex offrant divers degrés de sensibilité analytique. Des données récentes montrent que la sensibilité analytique d'un certain nombre d'épreuves commerciales servant à la détection du virus H7N9 est faible par rapport à celle de la plupart des épreuves internes utilisées dans la majorité des LSP, qui sont fondées sur la trousse mise au point par les Centers for Disease Control and Prevention^{Footnote 11} ^{Footnote 12}. Il est impératif de procéder à l'évaluation du rendement des épreuves commerciales quant à leur capacité à détecter de nouveaux agents pathogènes lorsque de nouvelles souches de virus grippal sont identifiées^{Footnote 13}.
Culture virale : Il est important d'assurer une capacité de culture pour soutenir les programmes de surveillance nationaux et internationaux (OMS), car les isolats viraux sont indispensables à la caractérisation antigénique, qui est utilisée dans le cadre de la surveillance de la dérive antigénique potentielle et de la RAV. Le virus de la grippe peut être isolé à partir de différentes cultures cellulaires, dont les cellules rénales de chien Madin-Darby (MDCK), les lignées cellulaires primaires de singe rhésus et des préparations de co-culture commerciales (MDCK et poumon de vison, ou MDCK et A549)^{Footnote 14}. On ne connaît pas l'efficacité de ces lignées cellulaires pour la culture d'un nouveau virus ayant un potentiel pandémique, et d'autres lignées cellulaires pourraient être évaluées pour obtenir une croissance optimale du virus. Puisqu'un nouveau virus grippal pourrait présenter un risque élevé pour la santé des personnes, on s'attend à ce que les nouveaux virus de la grippe soient considérés comme des agents de GR3 et, par conséquent, analysés seulement par les LSP de type NC3. Comme il a déjà été indiqué, une évaluation rapide des risques doit être menée pour déterminer où un virus pandémique peut être traité afin qu'on puisse l'isoler.
Étant donné que le LNM possède la capacité technique d'effectuer la caractérisation antigénique et qu'il est tenu de déclarer les données de surveillance à l'OMS, il sera le principal laboratoire à réaliser ce type d'analyse. Toutefois, lorsque des antisérums de référence seront disponibles, les laboratoires qui disposeront d'installations appropriées de confinement, conformément aux exigences applicables à la nouvelle souche (se reporter à la section Caractérisation du virus ci-après) pourront procéder au sous-typage et à la caractérisation antigénique à l'aide d'épreuves d'inhibition de l'hémagglutination et de neutralisation.
Épreuves d'immunofluorescence directe et indirecte : Bien que la sensibilité de l'épreuve d'immunofluorescence directe pour la détection du virus de la grippe A signalée dans une étude était de 93 % (comparativement à la RT-PCR)^{Footnote 15}, d'autres études ont indiqué une sensibilité aussi faible que 47 %^{Footnote 16}, ce qui donne à penser que ces épreuves pourraient ne pas être suffisamment sensibles pour éliminer la possibilité d'une infection par le virus de la grippe A^{Footnote 17}. De plus, des épreuves supplémentaires sont nécessaires pour identifier les souches. Selon les leçons tirées de la dernière pandémie, si on a recours aux IFD, un échantillon approprié doit contenir 60 cellules épithéliales cylindriques par puits^{Footnote 18}. Cette épreuve, qui exige beaucoup de temps ainsi que des microscopes à fluorescence, est subjective. Il s'agit donc d'une épreuve à faible débit, ce qui limite sa variabilité d'échelle.
Test de diagnostic rapide de la grippe (TDRG) : Un certain nombre de TDRG sont en vente sur le marché et sont couramment utilisés. Bien que la spécificité de ces tests soit raisonnable, leur faible sensibilité limite leur utilité dans le cadre de la prise en charge de chaque patient. Selon les données, la sensibilité clinique de ces épreuves varie grandement, allant de 10 % à 69 %^{Footnote 19} ^{Footnote 20} ^{Footnote 21} ^{Footnote 22} ^{Footnote 23} ^{Footnote 24}. De plus, leur sensibilité analytique pour les souches de la variante de la grippe porcine et de la grippe aviaire est faible^{Footnote 25} ^{Footnote 26} ^{Footnote 27} ^{Footnote 28} ^{Footnote 29} ^{Footnote 30}. Par conséquent, un résultat négatif de TDRG ne permet pas d'exclure la grippe, en particulier dans le cas de nouveaux sous-types. En outre, il existe un risque de résultats faussement positifs, particulièrement pendant la période de faible prévalence de la maladie. Par conséquent, les TDRG ne doivent pas être pris en compte dans les décisions cliniques concernant le diagnostic et le traitement des patients individuels.
Les analyses fondées sur les TDRG peuvent contribuer à la surveillance des éclosions dans certains milieux et peuvent constituer la seule option permettant de déterminer en temps opportun la présence du virus de la grippe dans les collectivités éloignées. Des données récentes de l'Ontario recueillies pendant la saison grippale 2011-2012 laissent entendre que même si la sensibilité des TDRG utilisant des échantillons individuels est respectivement de 59 % et de 35 % pour la détection des virus de la grippe H3 et de la grippe B, la sensibilité globale de ces tests est de 78,9 % pour la détection des éclosions de grippe H3, lorsque jusqu'à quatre échantillons sont testés par éclosion^{Footnote 31}.

Si les TDRG sont utilisés pour évaluer l'activité grippale, il est important de bien en comprendre les limites, et les centres d'analyse doivent offrir aux professionnels de la santé une formation sur les procédures optimales de prélèvement et d'analyse des échantillons^{Footnote 32}. Le LSP local pourrait fournir de l'aide en validant les TDRG et en effectuant un TAAN pour confirmer les résultats positifs des TDRG au début de la pandémie et pendant les éclosions lorsque les résultats des TDRG sont négatifs. Si certains milieux utilisent ces tests, il est recommandé qu'ils s'assurent d'avoir une réserve de trousses de dépistage et les écouvillons de prélèvement appropriés.
Sérologie : La sérologie n'est pas couramment utilisée pour le diagnostic, car le fait que le sérum doit être prélevé en phase de convalescence entraîne nécessairement un long délai d'exécution. Qui plus est, les méthodes sérologiques actuelles qui utilisent l'inhibition de l'hémagglutination et la microneutralisation exigent beaucoup de travail. La sérologie s'avère très utile dans le cadre des études de séroprévalence et de la surveillance. Toutefois, l'identification des nouveaux virus exigera la mise au point et la validation de nouvelles méthodes. En raison des faux positifs et de la réactivité croisée possibles, il est conseillé de faire preuve de prudence dans l'interprétation des résultats positifs au début de la pandémie, lorsqu'on ne dispose pas toujours de suffisamment de réactifs pour la validation^{Footnote 33}.

Caractérisation du virus

Caractérisation antigénique : La surveillance de la variation antigénique au fil de la progression de la saison grippale est un élément important du programme de surveillance. Il est recommandé que les administrations qui peuvent procéder à la culture du nouveau virus transmettent au LNM environ 10 % des échantillons provenant des voies respiratoires, aux fins de caractérisation antigénique et génétique et d'analyse de résistance phénotypique aux antiviraux.
Surveillance de la résistance aux antiviraux : L'analyse de la RAV sera effectuée principalement aux fins de surveillance. La soumission des échantillons aux fins d'analyse est fondée sur deux critères importants : la surveillance systématique, dans le cadre de laquelle on analyse tous les échantillons soumis aux fins de caractérisation antigénique, comme il est décrit ci-dessus, et l'analyse ciblée d'échantillons prélevés chez des patients qui présentent des caractéristiques laissant croire qu'ils sont infectés par un virus résistant (tableau 4). Si on détecte une résistance et que celle-ci augmente, les analyses de RAV pourraient jouer un rôle important dans la prise en charge clinique des patients. L'analyse des isolats pour la détection d'une RAV peut se faire au moyen de plateformes de génotypage et de phénotypage, y compris par l'analyse de la séquence du gène de la neuraminidase ou au moyen des épreuves de détection de polymorphisme mononucléotidique dans les régions de résistance connue encodant des mutations comme H275Y. Lorsqu'une mutation est décelée, le LNM doit mettre au point ou modifier les épreuves pertinentes pour mettre en évidence la mutation, puis diffuser les protocoles aux LSP qui en font la demande.

**Tableau 4 : Recommandations concernant les critères de sélection des échantillons ou des isolats à soumettre aux fins d'analyse de la RAV**
	Positivité ≤ 5 %^{Note de bas de page 1}	Positivité > 5 %^{Note de bas de page 2}
Notes de bas de page Note de bas de page 1 Au début et à la fin de la saison grippale lorsque le taux de positivité est inférieur à 5 % Retour à la référence de la note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Pendant le pic de l'activité grippale lorsque le taux de positivité est supérieur à 5 %. Retour à la référence de la note de bas de page 2 Note de bas de page 3 Les critères cliniques supplémentaires pour l'analyse du phénotype comprennent la détérioration continue de l'état d'un patient présentant un génotype sauvage. Retour à la référence de la note de bas de page 3
Surveillance	Représentativité temporelle et géographique. Les LSP doivent soumettre au LNM 10 % des isolats positifs provenant d'un échantillonnage communautaire, effectué par exemple par le Réseau de praticiens sentinelles.	Représentativité temporelle et géographique. Chaque semaine, les LSP doivent soumettre au LNM deux échantillons positifs choisis au hasard provenant d'un échantillonnage communautaire. Éclosion de la grippe A dans un nouvel établissement, dans une nouvelle province ou dans un nouveau territoire.
Critère/application clinique	Échec du traitement - patient à l'USI, 10 jours après le traitement^{Note de bas de page 3}. Résultat positif chez un patient présentant un SG qui reçoit ou qui a reçu une prophylaxie. Résultat positif chez un voyageur qui revient d'une région où la résistance est endémique. Infection persistante chez les personnes immunodéprimées. Transmission nosocomiale dans des aires cliniques où se trouvent des personnes immunodéprimées. Échantillon positif provenant d'un sujet en contact avec une personne immunodéprimée infectée.

Échec clinique chez un patient traité par antiviraux

On n'a pas encore défini l'échec clinique du traitement d'une infection grippale. Dans une étude sur les résultats de traitement menée chez des patients infectés par le virus H5N1, l'échec du traitement était associé à une charge virale élevée persistante après 48 heures de traitement^{Footnote 34}. Les laboratoires qui effectuent le RT-PCR en temps réel (rRT-PCR) pour la grippe peuvent évaluer les charges virales dans les échantillons prélevés chez des patients ayant subi un traitement antiviral, mais dans la plupart des cas, cette approche n'a pas été dûment validée et n'est pas couramment utilisée.

Une répétition systématique du RT-PCR n'est pas recommandée. Il existe des données présentant les profils d'excrétion du virus de la grippe chez des patients infectés, mais on ignore la signification clinique d'un RT-PCR positif chez les patients traités par antiviraux. Selon des données canadiennes tirées d'une étude sur les contacts familiaux au cours de la première vague de la pandémie de 2009, bien que le virus vivant ait été isolé à partir d'une culture cellulaire huit jours après l'infection chez seulement 13 % des patients dont l'échantillon était positif pour la grippe pH1N1, le virus avait pu être détecté par RT-PCR chez 74 % des patients^{Footnote 35}. Une étude allemande semblable menée sur une période de quatre ans (2007-2011) a montré que les patients pouvaient excréter le virus vivant (isolé à partir d'une culture cellulaire) pendant 4 à 6 jours après l'infection, et que la RT-PCR pouvait donner un résultat positif jusqu'à 9 jours après l'infection^{Footnote 36}. Dans une étude vietnamienne, le délai médian avant que la RT-PCR ne donne un résultat négatif pour les patients traités par l'oseltamivir était de 2,6 jours, et le résultat était positif pour moins de 7 % des personnes traitées 5 jours après le traitement. Aucun échantillon n'était positif à la culture après 5 jours de traitement^{Footnote 37}. Ces cas étaient considérés comme bénins sur le plan clinique, ce qui donne à penser que chez les personnes atteintes d'une maladie non compliquée, le virus sera éliminé en moins de 5 jours par la plupart des patients. Par conséquent, on juge que le traitement a été efficace lorsque l'analyse des échantillons de suivi des voies respiratoires ne détecte aucun virus. On ignore toutefois la signification d'un résultat positif.

Bien qu'on NE recommande PAS la répétition systématique de la RT-PCR, on estime qu'il est approprié de le faire lorsqu'on soupçonne l'échec du traitement, d'après la réponse clinique au traitement (p. ex. aggravation de la maladie malgré un traitement de 10 jours par antiviraux, en l'absence de toute autre cause évidente, telle une surinfection bactérienne). Dans de tels cas, il est recommandé de prélever des échantillons de suivi, notamment un aspirat ET ou un prélèvement par LBA, aux fins d'analyse par RT-PCR, et les échantillons présentant des concentrations virales importantes doivent être transmis aux fins d'analyse de la RAV.

Détection d'autres virus des voies respiratoires

Au Canada, durant la pandémie de 2009 et au cours des saisons grippales antérieures, on a observé qu'un certain nombre d'autres virus des voies respiratoires, comme le parainfluenza et le rhinovirus, peuvent circulent en même temps que le virus de la grippe, causant une morbidité importante. Afin d'éviter d'attribuer à tort des cas de morbidité et de mortalité à la grippe, il convient de déployer des efforts visant à détecter les autres agents viraux des voies respiratoires. Comme la question des ressources peut poser problème dans de nombreux laboratoires, il peut se révéler impossible que tous les laboratoires effectuent des analyses systématiques englobant d'autres virus. On recommande donc, en présence d'échantillons négatifs pour la grippe, de recourir à une méthode d'échantillonnage par ordre de priorité, plus particulièrement pour les patients atteints d'une infection respiratoire aiguë grave, les personnes immunodéprimées, les enfants de moins de cinq ans admis à l'hôpital pour un SG, ou dans le cas d'éclosions de SG dans des milieux fermés comme des maisons de soins infirmiers^{Footnote 38}.

3.4.3 Phase post-analytique

Il est recommandé que les laboratoires utilisent leur système d'information afin de veiller à ce que les renseignements sur les nouvelles épreuves mises au point soient diffusés de façon appropriée. Il est important que les laboratoires de première ligne coordonnent leurs activités avec celles des LSP provinciaux afin que les données de déclaration et les échantillons soient accessibles aux fins de surveillance. Il se peut que les laboratoires doivent modifier leurs analyses pour s'adapter à l'augmentation de la demande. Afin de communiquer de tels changements en temps opportun, il est recommandé que les laboratoires élaborent une stratégie de communication visant à renseigner les cliniciens et les autres utilisateurs sur les modifications et sur les répercussions que ces dernières peuvent avoir sur la surveillance ou les soins aux patients. S'il est vrai qu'il est difficile de créer des messages cohérents pendant une crise sanitaire en pleine évolution, la diffusion de ce type d'information se révélera encore plus difficile si on ne s'est pas doté au préalable de l'infrastructure nécessaire. Il est essentiel de parvenir à mettre en œuvre des stratégies de communication efficaces pendant la saison grippale afin de pouvoir s'en inspirer en période de crise.

3.4.4 Assurance de la qualité et contrôle de la qualité

Dans le cadre des programmes d'agrément, tous les laboratoires qui effectuent des épreuves diagnostiques de la grippe, quel qu'en soit le type, doivent participer aux programmes de vérification de la compétence en matière de virus de la grippe. Le LNM offre des panels de vérification de la compétence pour évaluer la sensibilité diagnostique et la spécificité des épreuves effectuées dans les LSP et autres laboratoires de virologie diagnostique. Le LNM et les LSP utilisent les mêmes lots de réactifs destinés à diagnostiquer les sous-types de virus grippal en circulation ou en émergence. Le LNM fournit aussi au moins une fois par année un panel de vérification de la compétence en matière de virus de la grippe à tout laboratoire canadien qui souhaite participer à l'identification par TAAN des souches courantes d'influenza A.

Comme la pandémie de 2009 l'a mis en évidence, l'apparition d'un nouveau virus peut nécessiter l'élaboration de nouveaux protocoles d'analyse. Pour obtenir des résultats fiables, il est essentiel de procéder à la validation et à la vérification correctes de ces méthodes ou des épreuves actuellement en vente sur le marché. En tant que réseau, les LSP provinciaux et le LNM continueront à travailler en collaboration, en partageant leurs réactifs et leurs échantillons pour aider les laboratoires à se conformer à cette exigence.

Au fil de l'évolution de la pandémie, on s'attend à ce que les capacités diagnostiques des laboratoires soient dépassées. Cependant, il sera important de maintenir les activités d'assurance de la qualité, comme la participation aux panels de vérification de la compétence distribués par le LNM. Il incombera à ce dernier de fournir les directives et le matériel requis.

Le RPLPI recommande la participation à d'autres programmes agréés de vérification de la compétence, notamment ceux du College of American Pathologists.

3.4.5 Considérations en matière de biosécurité

L'expérience internationale ayant trait à la pandémie de 2009 indique que, du point de vue des laboratoires, le nouveau virus ne s'est pas comporté très différemment des souches virales de la grippe saisonnière. Cependant, on ignore comment le prochain nouveau virus se comportera. De plus, au début de la pandémie, lorsque le virus ne circulera pas à grande échelle, le risque d'exposition au virus pourrait être plus important dans les laboratoires que dans la collectivité. Le Centre de la biosûreté (CB) de l'ASPC est responsable de fournir des directives et l'avis de biosécurité initial sur la façon de manipuler les échantillons de diagnostic et le virus. L'avis de biosécurité du CB pourra être révisé à mesure que de nouveaux renseignements seront disponibles. Les laboratoires doivent s'attendre à ce que la manipulation de la culture virale soit réservée aux installations de type NC3 et que le traitement des échantillons de diagnostic par TAAN nécessite des installations de type NC2 avec des précautions accrues. Une autre considération en matière de biosécurité est la vaccination contre la grippe^{Footnote 39}. Il est recommandé que tout le personnel des laboratoires se fasse vacciner conformément aux recommandations établies concernant l'administration du vaccin pandémique.

3.5 Rôles et responsabilités des laboratoires

3.5.1 LNM

Le LNM est responsable de ce qui suit :

Remplir les exigences énoncées dans le Cadre de préparation en cas de grippe pandémique pour l'échange des virus grippaux et l'accès aux vaccins et autres avantages, qui a été adopté par l'Assemblée mondiale de la santé en 2011 (accessible à l'adresse : http://www.who.int/influenza/resources/pip_framework/fr/).
Fournir les résultats de laboratoire à l'OMS et à ses partenaires de collaboration.
Transférer, en consultation avec l'OMS et ses Centres collaborateurs pour la grippe (comme les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis), les données de séquençage aux LSP afin de veiller à ce que les TAAN identifient le nouveau sous-type de façon efficace.
Accorder la priorité à la préparation de réactifs en prévision de la distribution aux LSP pour la détection de la nouvelle souche une fois que celle-ci aura été identifiée quelque part dans le monde.
Fournir aux LSP l'information et le soutien qui seront essentiels à la mise au point d'épreuves pour les nouvelles souches émergentes et à l'assurance de la qualité. Ce soutien peut comprendre les protocoles, les amorces, les sondes, les réactifs témoins et les panels de vérification de la compétence.
Effectuer la caractérisation antigénique et l'analyse de résistance phénotypique aux antiviraux, et assurer la diffusion de l'information aux LSP.
Confirmer, avant l'établissement du nouveau virus au Canada, les échantillons positifs où la présence d'un nouveau virus est soupçonnée et qui ont été soumis par les LSP.
Fournir de l'aide pour la caractérisation des souches virales.

3.5.2 LSP

Les LSP sont responsables de ce qui suit :

Disposer des ressources et des algorithmes requis pour détecter l'émergence d'un nouveau sous-type viral potentiel.
En collaboration avec les laboratoires de diagnostic désignés, s'assurer que les laboratoires de première ligne transmettent les résultats primaires de sous-typage des virus et communiquent ces données au LNM par l'intermédiaire du système de surveillance désigné.
Échanger, avec les laboratoires de diagnostic désignés, de l'information et des réactifs pour l'identification de la souche émergente, et dispenser des conseils sur les lignées cellulaires, l'utilisation de méthodes de détection rapide, le niveau de confinement requis, etc., aussi bien avec les laboratoires de première ligne qu'avec les partenaires PT en santé publique.
Fournir aux laboratoires de première ligne le soutien qui sera essentiel à la mise au point d'épreuves ou au contrôle de la qualité des épreuves commerciales, notamment les protocoles, les réactifs témoins et les panels de vérification de la compétence.
Établir des ATM avec le LNM et les laboratoires de première ligne avant la pandémie afin de garantir un transfert rapide de l'information et du matériel.
Obtenir suffisamment de réactifs pour répondre de façon réaliste à une demande d'analyses cinq fois supérieure à celle observée pendant la saison grippale moyenne.

3.5.3 Laboratoires de première ligne

Les laboratoires de première ligne sont responsables de ce qui suit :

Effectuer, en collaboration avec les LSP et les laboratoires de diagnostic désignés, l'identification primaire par TAAN du virus de la grippe à partir des échantillons prélevés chez des patients.
Soumettre des échantillons de diagnostic aux LSP aux fins de caractérisation plus poussée, conformément aux lignes directrices PT en matière de surveillance. Selon la norme de pratique, tout laboratoire qui détecte un cas suspect d'un nouveau virus de la grippe doit transmettre immédiatement les échantillons au LSP de sa région.
Établir des ATM avec les LSP avant la pandémie afin de garantir un transfert rapide de l'information et du matériel.

3.6 Approche de la gestion du risque

Cette section porte sur un autre outil important de planification en cas de pandémie : l'utilisation de multiples scénarios de planification visant spécifiquement à étayer les principes de planification et les démarches visant une prise de décision fondée sur des preuves, la proportionnalité et la souplesse, ainsi qu'une approche préventive/protectrice.

De tels scénarios fournissent un point de départ pour aborder les implications et les risques associés à une pandémie dont les répercussions varient selon la population. Ils peuvent également servir d'exercices et d'outils de formation dans le cadre de plans en cas de pandémie. Pour faciliter la détermination des risques, on a mis au point quatre scénarios de planification, qui décrivent les répercussions possibles d'une pandémie, variant d'un niveau faible à élever.

Lorsqu'ils utilisent ces scénarios pour la planification en cas de pandémie, les laboratoires voudront tenir compte de tous les aspects de l'analyse : phases pré-analytique, analytique et post-analytique, y compris l'enregistrement, les rapports, les systèmes d'information des laboratoires, la conservation des échantillons, l'absentéisme potentiel et les exigences relatives à la formation par rotation de postes.

Chaque laboratoire voudra définir un nombre d'analyses de base. Bien qu'il s'agisse d'une simple estimation équivalente au nombre d'analyses prévu au cours d'une saison grippale ordinaire, il peut être difficile de définir un nombre de base. Les laboratoires voudront peut-être tenir compte de la variation saisonnière et de l'évolution des méthodes d'analyse, qui donnent lieu à des modifications des algorithmes (les personnes à tester) et des protocoles. Nombreux sont les laboratoires qui ont modifié leur algorithme de détection depuis la pandémie de 2009 et qui ne peuvent donc pas fournir un calcul réel du nombre de base. Si les protocoles et les algorithmes de détection des laboratoires sont relativement constants sur une période d'au moins trois ans, la moyenne ou la médiane des nombres d'analyses au cours de ces années peut être établie. Cependant, si les protocoles et les algorithmes de détection ont changé, il se peut que les laboratoires aient à modéliser les estimations du nombre d'analyses en fonction de leurs données historiques des nombres élevés, moyens et faibles d'analyses observés pendant les saisons grippales.

Le tableau 5 décrit les répercussions sur les analyses du virus de la grippe en fonction des scénarios de planification en cas de pandémie. Toutefois, il est recommandé que les laboratoires tiennent compte des répercussions sur d'autres services, tels que les hémocultures, les cultures bactériennes et les épreuves de sensibilité aux antimicrobiens, dont la demande peut connaître une augmentation en raison du nombre accru d'hospitalisations attribuables à la grippe. Bien que ces valeurs soient plus difficiles à quantifier, il serait prudent que les laboratoires se préparent à une augmentation du nombre de ces analyses secondaires.

**Tableau 5 : Scénarios basés sur les répercussions pour les analyses de la grippe pandémique**
Nature des répercussions	A Répercussions faibles	B Répercussions modérées	C Répercussions modérées	D Répercussions élevées
Notes de bas de page Note de bas de page 1 Voir le texte plus haut pour la détermination du nombre de base. Retour à la référence de la note de bas de page 1
Caractéristiques de base du virus	Transmission et virulence faibles	Transmission élevée et faible virulence	Virulence élevée et faible transmission	Transmission et virulence élevées
Nature et échelle de la maladie	Nombre de cas similaire à celui d'une flambée modérée ou grave de grippe saisonnière. Caractéristiques cliniques légères à modérées (dans la plupart des cas).	Nombre de cas supérieur à celui d'une forte flambée de grippe saisonnière, mais profil clinique similaire. Augmentation globale du nombre de personnes ayant besoin de soins médicaux et gravement atteintes par la maladie.	Nombre de cas similaire à celui d'une forte flambée de grippe saisonnière, mais maladie plus grave. Augmentation globale du nombre de personnes ayant besoin de soins médicaux et gravement atteintes par la maladie.	Nombre important de personnes malades, forte proportion gravement atteinte par la maladie.
Répercussions sur les analyses	Nombre de base^{Note de bas de page 1} (1 x)	5 x	7,5 x	> 10 x

4 Intégration à d'autres éléments de l'intervention

4.1 Liens

La collaboration est l'un des principes directeurs qui sous-tendent les activités relatives à la préparation et à l'intervention ainsi que la prise de décision en cas de pandémie au Canada. Afin d'assurer une réponse coordonnée et efficace, il est essentiel d'intégrer les divers aspects de la préparation et de l'intervention en cas de pandémie. Dans cette optique, l'Annexe à l'intention des laboratoires vise à déterminer les principaux liens et relations qui contribueront à une intervention coordonnée et efficace.

Pendant la période interpandémique, la participation des laboratoires et des décideurs en santé publique sera importante afin de favoriser la sensibilisation aux fonctions de laboratoire, aux exigences associées à la détection de la grippe ainsi qu'à la relation contextuelle du laboratoire en tant que l'un des piliers d'une intervention efficace en cas de pandémie; le fait de mieux comprendre ces enjeux permettra la mise en place de processus décisionnels rapides qui sont indispensables durant une pandémie.

En pratique, il convient de clarifier les ententes de partage des données entre les laboratoires de la province ou du territoire, entre les PT, ainsi qu'entre les PT et l'ASPC, afin de garantir un transfert de données uniforme à l'appui des activités de surveillance continue. Il est impératif que ces ententes traitent de la propriété intellectuelle, des droits d'auteur et d'autres questions touchant la publication.

Certaines relations clés entre la présente annexe et d'autres volets de la préparation et de l'intervention en cas de pandémie sont présentées ci-après.

4.1.1 Surveillance et épidémiologie

Afin de s'assurer que les données sont comparables et interprétées correctement, il est impératif que les épidémiologistes comprennent les nuances des analyses et les différences qui existent dans la façon de les effectuer dans l'ensemble du pays. Il est tout aussi important que les laboratoires comprennent les besoins des épidémiologistes et les données dont ils ont besoin pour réaliser des évaluations des risques et analyser efficacement l'évolution de la pandémie.

La surveillance est la pierre angulaire de la planification et de la préparation en cas de pandémie. Pour cette raison, dans l'éventualité d'une urgence sanitaire, il faut utiliser et renforcer les infrastructures de surveillance et les ententes de partage des données préexistantes. Chaque année, le SG entraîne une morbidité et une mortalité élevées au sein de la population, et de nombreuses ressources sont affectées annuellement à la vaccination antigrippale et à la gestion des interventions. D'autres virus sont également à l'origine de maladies respiratoires chaque année, et on connaît mal les retombées relatives de ces autres agents viraux sur les taux de morbidité et de mortalité et sur la meilleure façon de prendre en charge les personnes infectées. Le fait d'assurer une surveillance efficace et fonctionnelle dans le cas de la grippe saisonnière et d'autres virus des voies respiratoires au Canada pendant la période interpandémique sert à optimiser la capacité d'intervention en cas de pandémie.

Étant donné que les progrès rapides réalisés dans les technologies de diagnostic continueront d'améliorer la capacité à détecter et à diagnostiquer avec exactitude le virus de la grippe, les nouvelles souches de virus grippal ainsi que d'autres virus en circulation, la mise sur pied et l'utilisation systématique d'un réseau à grande échelle qui permettrait de comprendre l'épidémiologie des virus des voies respiratoires en circulation et d'évaluer leurs effets sur la santé serviront également à renforcer la capacité au Canada. Un tel réseau, comptant idéalement un réseau coordonné de sites sentinelles et une surveillance en milieu hospitalier, contribuerait non seulement à améliorer la capacité d'évaluer les interventions existantes (p. ex. les vaccins, les antiviraux et les pratiques de regroupement) au regard des résultats sur la santé des personnes infectées par un virus des voies respiratoires, mais aussi à servir de fondement pour l'intervention liée à la surveillance en cas de pandémie, grâce aux renseignements stratégiques fournis pour suivre l'éclosion en temps quasi réel et y réagir. L'annexe sur la surveillance du PCGP présente des renseignements supplémentaires sur les différents aspects de la surveillance dans le cadre de la planification en cas de grippe pandémique.

4.1.2 Soins cliniques, prévention et contrôle des infections

Il est indispensable de comprendre les caractéristiques de rendement, les avantages et les limites des différentes méthodes d'analyse pour faciliter la prise en charge des patients. Une collaboration permanente avec les groupes cliniques pertinents aidera les cliniciens à comprendre les différentes méthodes d'analyse et à connaître celles à privilégier.

Les laboratoires cliniques et de santé publique contribuent également à la prise en charge clinique des patients grâce à leurs analyses. Toutefois, comme l'indiquent les hypothèses de planification, puisqu'on s'attend à ce que les ressources soient limitées, les priorités en matière d'analyse clinique devront être réévaluées à mesure de la progression de la pandémie. Une fois que la nouvelle souche se sera propagée dans la collectivité, les épreuves diagnostiques ne seront peut-être plus recommandées pour la prise en charge clinique des personnes atteintes du SG sans complications. Il sera important que les cliniciens de tous les établissements de soins de santé connaissent les lignes directrices relatives aux épreuves de laboratoire et qu'ils soient au courant des changements qui leur sont apportés (p. ex. restrictions quant aux analyses) afin d'éviter les surcharges de demandes de confirmation de diagnostic dans les laboratoires. Il faut indiquer aux cliniciens quelles demandes ils doivent utiliser, quels renseignements ils doivent saisir et à quels laboratoires ils doivent envoyer les échantillons.

Le Canada a des réserves d'antiviraux, dont l'oseltamivir et le zanamivir, et ce dernier sera utilisé plus souvent afin de lutter contre la résistance à l'oseltamivir. Les analyses en laboratoire doivent être effectuées lorsqu'on soupçonne une RAV (voir les situations présentées dans le tableau 4).

4.1.3 Communautés autochtones et collectivités éloignées ou isolées

Dans le cadre de la planification de la préparation et de l'intervention en cas de pandémie, il convient de prendre en compte les difficultés uniques se rattachant aux activités de laboratoire dans les communautés des Premières nations et les collectivités éloignées ou isolées. Il est donc essentiel que les planificateurs de pandémie communautaires, ainsi que les experts de laboratoire et les partenaires PT, travaillent ensemble pour promouvoir un transfert des données uniforme et déterminer les options possibles permettant à ces collectivités d'avoir accès aux services d'analyse. Les planificateurs de pandémie communautaires qui travaillent dans ces communautés doivent se familiariser avec les lignes directrices et les procédures établies portant sur les analyses, afin de s'assurer que les échantillons envoyés au laboratoire seront traités adéquatement.

L'un des défis à prévoir sera l'accès aux diagnostics en temps opportun, ce qui se révèle souvent difficile en raison des limites de l'infrastructure et des délais de transport vers les laboratoires de référence. Les planificateurs et les fournisseurs de soins de santé de première ligne doivent tenir compte de l'emplacement géographique et des conditions météorologiques lorsqu'ils planifient l'expédition des échantillons de laboratoire, car ces derniers sont sensibles aux délais et à la température. Des variations extrêmes de température ainsi que des retards dans le transport des échantillons peuvent nuire aux résultats des épreuves de laboratoire (p. ex. si un échantillon est congelé et décongelé, l'analyse par PCR peut donner un résultat faussement négatif). Il est donc conseillé de tout mettre en œuvre pour que les échantillons soient expédiés dans les plus brefs délais.

4.1.4 Laboratoires de première ligne

Les LSP seront les coordonnateurs d'accès aux analyses de référence. Il est important que les laboratoires de première ligne soient ou puissent être intégrés au système de surveillance afin de veiller à ce que la transmission des résultats d'analyse, des données et des échantillons s'effectue comme il se doit. Ainsi qu'il a été mentionné précédemment, cela comprend l'élaboration préalable d'ententes de partage de données et d'ATM.

4.1.5 Industrie et approvisionnement

Tout problème lié au rendement des épreuves commerciales ou à la disponibilité des stocks de réactifs doit être communiqué au fournisseur visé. Il est important que des processus soient établis pour l'approbation rapide de l'équipement et des réactifs qui sont essentiels à l'intervention des laboratoires. La collaboration entre les laboratoires et les services d'approvisionnement permettra de répondre aux besoins des laboratoires.

5 Besoins en matière de recherche

La recherche est essentielle pour combler le manque de connaissances relatives au virus de la grippe et à la mise en œuvre de mesures efficaces de prévention, de traitement et de contrôle de la grippe. Il est important de déterminer les questions clés concernant l'élaboration de protocoles avant la prochaine pandémie. Afin de garantir la mobilisation rapide des ressources disponibles, une planification préalable s'impose. Les composantes d'une telle planification sont notamment l'établissement de mécanismes de recherches rapides en réaction à la pandémie avant que celle-ci ne soit déclarée, le fait de tirer parti des partenariats déjà en place entre les services de santé publique et les établissements cliniques et universitaires, ainsi que d'autres éléments. Il est important que les laboratoires participent à cette planification, car ils peuvent contribuer aux recherches en fournissant des données recueillies dans le cadre de leurs analyses habituelles ou de référence ou en effectuant des analyses supplémentaires pour répondre aux questions de recherche. Le fait de renforcer la capacité scientifique existante des LSP permettrait aussi de s'assurer que l'infrastructure nécessaire pour répondre aux questions de diagnostic, soutenir les études cliniques en cours et l'évaluation de l'efficacité du vaccin est en place.

Il est recommandé que les laboratoires songent à la planification préalable de l'infrastructure nécessaire pour appuyer la recherche en collaboration avec les services de santé publique ainsi que les établissements cliniques et universitaires. Ils pourraient également prévoir les protocoles visant l'utilisation des échantillons et l'exigence relative au consentement éclairé. Cette planification devrait comprendre, sans toutefois s'y limiter, l'élaboration d'ATM et d'ententes de partages des données, notamment en ce qui concerne la propriété intellectuelle, les droits d'auteur et d'autres questions touchant la publication, ainsi que les processus pour la diffusion de l'information aux utilisateurs finaux.

6 Mesure et évaluation

Chaque fois que survient une urgence sanitaire, on a l'occasion d'examiner et de réévaluer la planification. L'élaboration de l'Annexe à l'intention des laboratoires a permis au RPLPI d'examiner l'expérience de la dernière pandémie pour améliorer les documents d'orientation en vue de la prochaine pandémie. Lorsqu'on détecte pour la première fois un nouveau virus grippal chez l'humain (comme l'identification récente du virus H7N9), le RLSPC et le RPLPI se réunissent pour examiner les protocoles et s'assurer que le Canada peut détecter ce nouvel agent pathogène en cas de besoin. Ces réseaux participeront aux exercices sur table organisés par l'ASPC visant à mettre à l'essai l'état de préparation actuel et la capacité d'intervention. En outre, le RPLPI dirigera l'examen de l'Annexe à l'intention des laboratoires tous les deux ans et y intégrera tout nouveau changement.

Appendice A : Recommandations du RPLPI concernant la prestation de services par les laboratoires de santé publique pendant la grippe pandémique

Préambule

Hypothèses concernant la demande de services d'analyse

Il est impossible de prédire avec précision le pic de demande de services d'analyse, la durée de cette période de pic, la disponibilité des fournitures et des réactifs nécessaires aux analyses, de même que les ressources humaines disponibles durant cette période.
Les recommandations suivantes sont fondées sur les meilleures prévisions et hypothèses du RPLPI ainsi que sur les leçons tirées de la pandémie de 2009.

Procédures et capacité d'analyse recommandées

Chaque LSP ou laboratoire désigné (p. ex. un laboratoire d'hôpital désigné pour assurer la fonction de LSP) doit être en mesure de diagnostiquer la grippe A par des TAAN. Ces méthodes doivent être dotées d'un large spectre de réactivité pour être en mesure d'identifier de nouveaux sous-types de grippe A.
Chaque LSP ou laboratoire désigné doit pouvoir effectuer le sous-typage des échantillons positifs de grippe A afin de distinguer la grippe saisonnière des nouveaux sous-types.
Chaque LSP ayant des capacités de confinement de type NC3 doit élaborer des procédures normalisées pour la culture et l'identification des nouveaux sous-types de grippe A. Les LSP ou les laboratoires désignés qui n'ont pas cette capacité doivent établir un protocole d'entente avec un autre laboratoire désigné qui possède cette capacité de confinement et qui peut leur fournir ce service.
Chaque LSP ou laboratoire désigné doit avoir l'EPI adéquat pour effectuer les analyses dans un environnement de type NC2 où des précautions accrues peuvent être prises.
Les laboratoires provinciaux et autres laboratoires désignés doivent avoir la capacité de répondre aux demandes accrues prévues de dépistage de la grippe pandémique.
Le LNM a le mandat d'effectuer d'autres analyses plus spécialisées, comme des analyses sérologiques, des tests de RAV et des épreuves de caractérisation antigénique. Toutefois, selon leurs ressources et leur savoir-faire, les LSP peuvent collaborer avec le LNM pour mettre au point ces épreuves afin d'offrir une capacité accrue d'analyses spécialisées.

Collecte d'échantillons

Chaque LSP ou laboratoire désigné doit pouvoir fournir les outils appropriés de collecte d'échantillons et donner des conseils à ce sujet.

Actuellement, on ne connaît pas l'échantillon idéal pour un nouveau sous-type de virus grippal. Les laboratoires doivent être prêts à analyser un large éventail de types d'échantillons, notamment des ENP, des prélèvements par écouvillonnage de la gorge, des écouvillonnages du cornet moyen, des prélèvements par LBA et des sécrétions ET ainsi que, potentiellement, des prélèvements de plasma et de selles chez les personnes qui présentent des caractéristiques épidémiologiques les exposant à un risque accru face à un nouveau sous-type de virus de la grippe A.
À mesure que la pandémie progresse, des renseignements concernant les échantillons les plus appropriés seront fournis.

Plan de continuité des activités

Chaque LSP ou laboratoire désigné doit établir un plan de continuité des activités relativement aux services de dépistage de la grippe et aux autres services essentiels d'analyses non liés à la grippe. Ce plan précisera notamment les points suivants :
1. Les exigences minimales en matière de ressources humaines et matérielles pour maintenir les services essentiels de façon ininterrompue durant la phase critique de la pandémie. Puisque la vague initiale de pandémie peut durer au moins huit semaines (selon l'endroit), les laboratoires doivent prévoir une réponse à des pénuries, notamment de fournitures, de réactifs et de personnes.
2. L'élaboration et la publication d'une liste des services de laboratoire qui seront réduits, durant une pandémie, au besoin et par ordre de priorité.
3. Les réserves de réactifs et de fournitures nécessaires pour maintenir les services essentiels et la mise en place d'un système de gestion des stocks pour maximiser l'utilisation des réactifs et réduire le plus possible les pertes dues à la péremption des réactifs. Ce système doit tenir compte de la durée de conservation limitée des articles essentiels périssables.

Communication

Exigences minimales pour des communications en temps opportun

Chaque LSP ou laboratoire désigné doit créer ou renforcer ses liens de communication avec les bureaux locaux des services PT de santé publique, le RLSPC et les laboratoires locaux. Le LNM diffusera de l'information à jour concernant les nouveaux sous-types par l'entremise du RPLPI, puis du RLSPC. Bien que la structure hiérarchique pour l'intervention en cas de pandémie n'ait pas encore été définie, les laboratoires joueront un rôle clé et feront partie intégrante de l'intervention.
Il faut préciser comment se fera la mise à jour constante et rapide des renseignements épidémiologiques des laboratoires (données, collecte et acheminement des échantillons, biosécurité, etc.) durant une pandémie.
Les LSP et les laboratoires désignés devront jouer un rôle de premier plan dans l'élaboration et l'orientation des mécanismes de triage des échantillons (p. ex. formulaire de renseignements cliniques essentiels).

Notes de bas de page 1

Les niveaux d'activité grippale sont définis par le programme Surveillance de l'influenza à l'adresse suivante : http://www.phac-aspc.gc.ca/fluwatch/13-14/def13-14-fra.php. (Il est à noter que les seuils et les protocoles relatifs aux tests et à la surveillance sont établis de façon indépendante par chaque PT.)

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Notes de bas de page 2

Harper SA, Bradley JS, Englund JA, File TM, Gravenstein S, Hayden FG, et al. Expert Panel of the Infectious Diseases Society of America. Seasonal influenza in adults and children - diagnosis, treatment, chemoprophylaxis, and institutional outbreak management: clinical practice guidelines of the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis 2009;48:1003-32.

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Notes de bas de page 3

Réseau des laboratoires de santé publique du Canada, Interim Guidance for Laboratory Testing for Detection and Characterization of Pandemic H1N1 (2009) Virus.

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Notes de bas de page 4

Hasan MR, Tan R, Al-Rawahi GN, Thomas E, Tilley P. Short-term stability of pathogen-specific nucleic acid targets in clinical samples. J Clin Microbiol 2012;50(12):4147-50.

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Notes de bas de page 5

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Notes de bas de page 6

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Notes de bas de page 7

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Notes de bas de page 8

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Notes de bas de page 9

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Notes de bas de page 10

Mahony JB, Petrich A, Smieja M. Molecular diagnosis of respiratory virus infections. Crit Rev Clin Lab Sci, 2011;48(5-6):217-49.

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Notes de bas de page 11

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Notes de bas de page 12

Chan KH, To KK, Chan JF, Li CP, Chen H, Yuen KY. Analytical sensitivity of seven point-of-care influenza virus detection tests and two molecular tests for detection of avian origin H7N9 and swine origin H3N2 variant influenza A viruses. J Clin Microbiol 2013;51(9):3160-1.

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Notes de bas de page 13

Hatchette TF et al., op. cit.

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Notes de bas de page 14

Petric M, Comanor L, Petti CA. Role of the laboratory in diagnosis of influenza during seasonal epidemics and potential pandemics. J Infect Dis 2006;194 Suppl 2:S98-110.

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Notes de bas de page 15

Pollock NR, Duong S, Cheng A, Han LL, Smole S, Kirby JE. Ruling out novel H1N1 influenza virus infection with direct fluorescent antigen testing. Clin Infect Dis 2009;49:66-8.

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Notes de bas de page 17

Kapelusznik L, Patel R, Jao J, Patel G, Daefler S, Labombardi V, Calfee D. Severe pandemic (H1N1) 2009 influenza with false negative direct fluorescent antibody assay: case series., J Clin Virol 2009;46(3):279-81.

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Notes de bas de page 18

Chan KH, et al., op. cit.

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Notes de bas de page 19

Centers for Disease Control and Prevention. Rapid diagnostic testing for influenza: information for clinical laboratory directors. Accès : http://www.cdc.gov/flu/professionals/diagnosis/rapidlab.htm. Site consulté le 16 mai 2013.

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Notes de bas de page 20

Mahony JB, Hatchette T, Ojkic D, Drews S, Gubbay J, Low D et al. Multiplex PCR tests sentinel the appearance of pandemic influenza viruses including H1N1 swine influenza. J Clin Virol 2009;45:200-2.

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Notes de bas de page 21

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Notes de bas de page 22

Hatchette TF, Bastien N, Berry J, Booth TF, Chernesky M, Couillard M, et al. Pandemic Influenza Laboratory Preparedness Network. The limitations of point of care testing for pandemic influenza: what clinicians and public health professionals need to know. Can J Public Health 2009;100:204-7.

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Rouleau I, Charest H, Douville-Fradet M, Skowronski DM, De Serres G. Field performance of a rapid diagnostic test for influenza in an ambulatory setting. J Clin Microbiol 2009;47(9):2699-703.

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Notes de bas de page 24

Clinical laboratories would take into account hospital labs, private laboratories, and public health but not research related laboratories.

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Notes de bas de page 25

Chan KH, et al., op. cit.

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Notes de bas de page 26

Balish A, Garten R, Klimov A, Villanueva J. Analytical detection of influenza A(H3N2)v and other A variant viruses from the USA by rapid influenza diagnostic tests. Influenza Other Respir Viruses 2012;7(4):491-6. Sep 18. doi: 10.1111/irv.12017

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Hurt AC, Baas C, Deng YM, Roberts S, Kelso A, Barr IG. Performance of influenza rapid point-of-care tests in the detection of swine lineage A (H1N1) influenza viruses. Influenza Other Respir Viruses 2009;3:171-6.

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Notes de bas de page 28

Richards S, Conover C, DiOrio M, et al. Evaluation of rapid influenza diagnostic tests for influenza A (H3N2)v virus and updated case count United States, 2012. MMWR 2012;61:619-21. Accès : http://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/mm6132a4.htm#tab1.

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Notes de bas de page 30

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Notes de bas de page 31

Gubbay, J. (Laboratoires de santé publique de l'Ontario), communication personnelle, le 17 décembre 2013.

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Notes de bas de page 32

Hatchette TF et al., op. cit.

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Notes de bas de page 33

Petric M et al., op. cit.

Retour à la référence de la note de bas de page33

Notes de bas de page 34

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Notes de bas de page 35

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Notes de bas de page 38

Réseau des laboratoires de santé publique du Canada, op. cit.

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Notes de bas de page 39

Pour de plus amples renseignements, consulter le site Web de l'ASPC

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Date de modification :: 2017-12-05