Document d’orientation national sur les indications de dépistage de la COVID‑19 par tests réaction en chaîne de la polymérase (PCR)

Sur cette page

• Préambule
• Objet
• Objectifs
• Contexte
• Approche
  • Considérations relatives au test PCR pour les personnes asymptomatiques
  • Tester les personnes asymptomatiques ayant été exposées à un cas confirmé
  • Tests sur des personnes asymptomatiques n’ayant pas été exposées à un cas confirmé
• Autres modalités de test PCR
• Planification prospective
• Notes de fin de document

Préambule

La première version du Document d’orientation national sur les indications de dépistage de la COVID-19 en laboratoire a été élaborée au début de la pandémie de COVID-19. Le document d’orientation original a été finalisé et approuvé par le Comité consultatif spécial le 16 avril 2020, puis mis à jour à nouveau en mai 2020.

Dans le cadre de l’engagement pris de réévaluer en permanence les orientations en matière de dépistage, une mise à jour a été réalisée en septembre 2020. Les domaines distincts nécessitant des orientations spécifiques ont été recensés : (1) le présent document contient les principales orientations relatives aux tests moléculaires de réaction en chaîne de la polymérase par transcription inverse (RT-PCR); (2) et des orientations sur l’utilisation de technologies de dépistage plus récentes (p. ex. les tests d’antigènes) sont présentées dans le document intitulées Directive provisoire sur l’utilisation de l’antigène rapide des tests de détection pour l'identification des SARS-CoV-2 infection.

Objet

Faciliter une approche nationale cohérente des tests PCR, en tenant compte des variations régionales dans l’épidémiologie de la COVID-19 et du fait que les exigences en matière de tests devraient varier dans le temps.

Objectifs

• Définir les éléments d’une approche nationale des tests PCR pour le SRAS-CoV-2, afin que les provinces et territoires (PT) du Canada puissent l’envisager;
• Soutenir la détermination des éléments déclencheurs des mesures de santé publique.

Contexte

À l’heure actuelle, la réalisation d’un test PCR validé sur un échantillon cliniquement approprié (p. ex., un échantillon nasopharyngé des voies respiratoires inférieures obtenu par lavage broncho-alvéolaire) prélevé par un fournisseur de soins de santé qualifié est considérée comme la référence pour le diagnostic de l’infection par le SRAS-CoV-2.

La performance globale des tests PCR pour le SRAS-CoV-2 dans la distinction entre les personnes infectées et non infectées par le SRAS-CoV-2 dépend à la fois des attributs du test et de considérations épidémiologiques.

Les attributs du test comprennent la sensibilité (capacité du test à recenser correctement les personnes réellement infectées par le SRAS-CoV-2) et la spécificité (capacité du test à recenser correctement les personnes qui ne sont pas réellement infectées par le SRAS-CoV-2) au moment où l’échantillon clinique a été prélevé pour l’analyse en laboratoire. Étant donné que la sensibilité et la spécificité du test PCR pour le SRAS-CoV-2 varient en fonction de la charge virale, les performances du test varient au cours de la maladie. Des résultats faussement négatifs se produiront si l’excrétion virale du patient est insuffisante au moment ou sur le lieu du prélèvement de l’échantillon, ou si l’échantillon n’est pas prélevé correctement. Bien que rares, les tests PCR peuvent générer des résultats faussement positifs, par exemple lorsqu’une contamination croisée se produit pendant le traitement de l’échantillon ou dans des situations où il y a une amplification non spécifique proche de la limite de détection. L’observation d’une détection prolongée de l’ARN du SRAS-CoV-2 au-delà de la résolution des symptômes dus à des fragments viraux non infectieux plutôt qu’à un virus infectieux complique également l’interprétation des résultats montrant une faible charge virale.

Les considérations épidémiologiques comprennent la probabilité, avant le test, que le SRAS-CoV-2 soit réellement présent dans une population donnée que l’on envisage de tester (prévalence). La proportion de tests faussement positifs augmente à mesure que la prévalence du SRAS-CoV-2 dans la population diminue, et tout résultat de test considéré comme un faux positif doit faire l’objet d’une enquête plus approfondie (p. ex., un échantillon testé à nouveau ou des procédés de laboratoire vérifiés pour une éventuelle contamination). L’interprétation d’un résultat de test négatif doit être faite avec prudence, car, dans les situations où l’indice clinique de suspicion est élevé (forte probabilité avant le test), un test négatif n’exclut pas la maladie (en raison des facteurs mentionnés ci-dessus). Pour ceux qui ont été exposés récemment, il n’y a pas de délai défini après l’exposition pour déterminer qu’un test négatif exclut la maladie, puisque l’incubation peut durer jusqu’à 14 jours après le contact avec un cas infectieux.

Il est reconnu que la manière dont les PT mettent en œuvre ces orientations variera en fonction des ressources, de l’épidémiologie locale et d’autres considérations.

Approche

Globalement, l’approche recommandée pour les tests PCR consiste à donner la priorité aux personnes symptomatiques (y compris celles présentant des symptômes légers) à des fins de détection des cas, de traitement clinique et de recherche des contacts.^{Note de bas de page 1} Cette approche est conforme aux lignes directrices de l’Infectious Diseases Society of America en matière de dépistage. En raison de la nature non spécifique de nombreux symptômes de la COVID-19, l’ensemble des symptômes utilisés pour déterminer l’indication du test devra être examiné en fonction de l’épidémiologie locale, de la capacité de test et des orientations des autorités de santé publique. Le rendement des tests est le plus élevé chez les personnes présentant des symptômes. L’efficacité globale des tests visant à détecter l’infection par le SRAS-CoV-2 dépend de la capacité des personnes susceptibles d’y avoir été exposées à se manifester et à accéder rapidement aux tests proposés de manière appropriée. Si les ressources en matière de dépistage devaient être limitées, il pourrait être nécessaire d’envisager de faire correspondre les ressources en matière de dépistage aux objectifs de santé publique.

Considérations relatives au test PCR pour les personnes asymptomatiques

Il a été reconnu qu’une proportion importante des patients infectés par le SRAS-CoV-2 peut être asymptomatique. Par conséquent, la valeur d’un dépistage asymptomatique à grande échelle a fait l’objet de fréquentes discussions au Canada. Bien que l’intérêt de tels programmes demeure incertain, quelques projets pilotes de dépistage chez des personnes asymptomatiques n’ayant pas été exposées ont été menés à bien au Canada au cours du printemps et de l’été de 2020. Ils ont démontré une faible utilité et un rendement limité jusqu’à présent, mais cela pourrait changer si la transmission communautaire augmente de manière significative.

outre, les tests asymptomatiques non ciblés peuvent déplacer la capacité à tester en temps utile les personnes symptomatiques, et cela deviendra probablement un problème encore plus important pendant les saisons d’automne et d’hiver, lorsque les rhumes, la grippe et d’autres maladies virales respiratoires co-circulent. Bien que les tests asymptomatiques présentent des limites, il existe des circonstances dans lesquelles ils peuvent être justifiés et celles-ci sont décrites ci-dessous, en distinguant les tests asymptomatiques effectués à la suite d’une exposition connue à un cas confirmé et ceux qui n’ont pas été exposés.

Tester les personnes asymptomatiques ayant été exposées à un cas confirmé

Les groupes suivants de personnes ne présentant pas de symptômes doivent être pris en considération pour les tests, pour des raisons de recherche des contacts ou de gestion de l’épidémie :

• Contacts étroits d’un cas dans la communauté;
• Travailleurs de la santé et personnel travaillant dans les établissements de soins de santé où des éclosions ont été signalées;^{Note de bas de page 2}
• Résidents et travailleurs dans des milieux de vie commune à risque élevé (p. ex., les établissements de soins de longue durée, les établissements correctionnels, les refuges pour sans-abri, d’autres refuges temporaires, les résidences d’une seule pièce et les camps de travail) où des éclosions sont signalées;
• Lieux de travail où l’éloignement physique ne peut être maintenu (p. ex., les installations de transformation de la viande et de la volaille) et où des éclosions sont signalées;
• Autres enquêtes sur les éclosions ou les groupes.

Tests sur des personnes asymptomatiques n’ayant pas été exposées à un cas confirmé

Il existe peu de preuves concernant l’utilité de tester des personnes asymptomatiques n’ayant pas été exposées à un cas connu et ce n’est généralement pas recommandé pour le moment. Les résultats d’un certain nombre de projets pilotes suggèrent que le rendement des tests asymptomatiques est faible dans le contexte d’une transmission communautaire limitée. L’utilité du dépistage asymptomatique dans le contexte d’une transmission communautaire importante est inconnue à l’heure actuelle. À l’heure actuelle, le test des personnes asymptomatiques n’ayant pas été exposées à un cas connu est mieux effectué dans le contexte d’activités de recherche visant à générer les connaissances nécessaires pour prendre des décisions futures fondées sur des preuves. À mesure que l’épidémiologie de la COVID-19 et les données probantes évolueront, les critères permettant de déterminer quand un test asymptomatique apporte une valeur ajoutée à la prévention et au contrôle de la transmission du SRAS-CoV-2 deviendront plus clairs. En outre, à mesure que de nouvelles technologies, telles que les tests de dépistage des antigènes, deviendront disponibles avec de bonnes caractéristiques de performance, elles pourraient étendre leurs capacités dans des domaines où les tests asymptomatiques utilisant les méthodes PCR ne sont pas possibles actuellement. Veuillez consulter la Directive provisoire sur l’utilisation de l’antigène rapide des tests de détection pour l'identification des SARS-CoV-2 infection pour plus de détails.

Le test PCR des personnes asymptomatiques sans exposition connue peut être envisagé dans certaines situations limitées, en fonction du contexte local et du jugement des autorités régionales de santé publique, notamment :

• Les personnes admises à l’hôpital dans des zones où la prévalence communautaire de COVID-19 est élevée (veuillez noter que les personnes présentant des symptômes ou connaissant une exposition seront testées conformément aux recommandations mentionnées ci-dessus);
• Les personnes immunodéprimées avant leur admission à l’hôpital, quelle que soit la prévalence de la COVID-19 dans la communauté;
• Les personnes qui subissent des procédures immunosuppressives ou des interventions chirurgicales importantes et urgentes qui ne peuvent pas être remises;
• Les voyageurs se rendant dans certains lieux éloignés, tels que définis par les autorités locales de santé publique, où les taux d’infection sont faibles et où la capacité à faire face à une augmentation des cas est particulièrement limitée;
• Personnes décédées sans cause de décès connue, mais où la COVID-19 est possible et où des mesures de santé publique seraient prises si la COVID-19 était la cause du décès.

Les versions précédentes de ce document d’orientation mentionnaient spécifiquement le dépistage des travailleurs et des résidents asymptomatiques, tant dans les milieux à risque élevé (p. ex., les habitations collectives, les établissements correctionnels) que dans les milieux vulnérables (p. ex., les établissements de soins de longue durée). L’intérêt pour le dépistage auprès des personnes asymptomatiques avant de travailler ou d’être admises dans ces milieux au moyen de tests PCR est inconnu, mais pourrait être envisagé, notamment en cas de transmission communautaire importante et si l’évaluation du risque d’exposition est difficile. Les tests répétés utilisant des écouvillons nasopharyngés sont peu efficaces dans les situations de faible transmission communautaire et l’utilité de répéter les tests en utilisant des technologies alternatives, telles que les tests d’antigènes, est examinée dans la Directive provisoire sur l’utilisation de l’antigène rapide des tests de détection pour l'identification des SARS-CoV-2 infection.

Considérations particulières

• Les femmes enceintes asymptomatiques pourraient être testées durant la période péripartum, selon l’épidémiologie locale, les directives et la disponibilité des tests, cependant peu d’information est disponible par rapport à l’utilité et le rendement de cette approche.
• Les personnes asymptomatiques qui doivent subir un test avant un voyage international. Cette exigence de test est établie par les gouvernements nationaux étrangers ou les organismes internationaux de compagnies aériennes/voyages. À l’heure actuelle, l’intérêt des tests avant les voyages est inconnu et le mécanisme d’accès à ces tests peut varier selon les juridictions.

Autres modalités de test PCR

La plupart des besoins en matière de tests PCR peuvent être satisfaits de manière efficace et efficiente grâce à la capacité des laboratoires à haut débit, ce qui se traduit par un délai d’exécution qui permet d’agir en temps utile dans le domaine de la santé publique. Si ces laboratoires sont en mesure de soutenir les communautés éloignées, rurales, isolées et/ou autochtones, les délais introduits en raison de l’expédition des échantillons et des temps de transit peuvent augmenter considérablement le temps d’exécution. Dans ces contextes, il est fortement recommandé de déployer des tests PCR hors laboratoire. Les tests hors laboratoire et autres tests rapides seront utiles dans d’autres situations où des délais d’exécution rapides sont importants, et il est recommandé d’affecter des ressources limitées aux endroits où ces dispositifs auront l’impact le plus bénéfique. Une variante de la PCR, le LAMP (amplification isotherme à médiation par boucle), est une technologie qui peut offrir des caractéristiques de performance similaires à la PCR et peut être envisagée en utilisant les mêmes principes que ceux décrits ci-dessus.

Dans certaines situations, la gêne ou l’intolérabilité d’un prélèvement nasopharyngé (p. ex. chez les enfants) peut constituer un obstacle aux tests PCR. Le développement de méthodes de prélèvement alternatives, telles que le « gargarisme » pour la salive ou le prélèvement des narines antérieures, contribuera à améliorer l’accès et l’utilisation des tests PCR en général, et pourrait avoir un impact sur les recommandations de test.

Planification prospective

Ces orientations ont été créées en collaboration avec les autorités sanitaires provinciales et territoriales et continueront à être révisées et mises à jour si nécessaire.