Document d’orientation national sur les indications de dépistage de la COVID-19 en laboratoire

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Préambule

La première version du Document d’orientation national sur les indications de dépistage de la COVID-19 en laboratoire a été élaborée au début de l’éclosion de COVID-19. Elle reposait sur les connaissances scientifiques et les ressources de dépistage disponibles à l’époque, et reflète le fait que le dépistage était limité au test moléculaire par réaction de polymérisation en chaîne. Le document d’orientation initial a été achevé et approuvé par le Comité consultatif spécial le 16 avril 2020.

Depuis lors, des développements importants dans quatre domaines ont créé la nécessité de le revoir et de l’actualiser. Voici ces développements :

Ce document a été mis à jour en mai 2020 pour refléter ces développements. Il sera constamment mis à jour à mesure de l’apparition de nouvelles technologies de dépistage et de l’évolution de l’épidémiologie et des connaissances.

Objet

Faciliter une démarche de dépistage uniforme à l’échelle nationale, en reconnaissant les variations régionales de l’épidémiologie de la COVID-19 et le fait que les besoins de dépistage devraient varier au fil du temps.

Objectifs

Contexte

On reconnaît que la manière dont les provinces et les territoires mettent en œuvre le présent document d’orientation variera en fonction des ressources, de l’épidémiologie locale et d’autres considérations.

Les facteurs sociaux, démographiques et économiques sont importants à la réalisation des travaux épidémiologiques sur l’épidémie.

L’efficacité globale des tests moléculaires de la COVID-19 à distinguer les personnes infectées et non infectées par le SRAS-CoV-2 dépend à la fois des attributs du test et des considérations épidémiologiques.

Les attributs du test comprennent la sensibilité (capacité du test à identifier correctement les personnes réellement infectées par le SRAS-CoV-2) et la spécificité (capacité du test à identifier correctement les personnes qui ne sont pas réellement infectées par le SRAS-CoV-2) au moment où l’échantillon clinique a été prélevé en vue de l’analyse en laboratoire. Comme la sensibilité et la spécificité des tests moléculaires de la COVID-19 sont liées à la charge virale, l’efficacité des tests varie pendant le déroulement de la maladie. Des résultats faussement négatifs se produisent si l’excrétion virale du patient n’est pas suffisante au moment ou sur le lieu du prélèvement de l’échantillon et si l’échantillon n’est pas recueilli correctement. Les tests moléculaires sont également vulnérables aux réactions de polymérisation en chaîne non spécifiques, qui peuvent conduire à des résultats faussement positifs.

Les considérations épidémiologiques comprennent la probabilité d’un test positif et négatif avant le test. La proportion de résultats faussement positifs augmente à mesure que la prévalence du SRAS-CoV-2 dans la population diminue. Un résultat positif au test chez une personne asymptomatique sans exposition connue au SRAS-CoV-2 est particulièrement difficile à interpréter; la personne pourrait être infectieuse, pourrait ne plus l’être, ou ne pas être infectée (c’est-à-dire affiche un résultat faussement positif).

Un résultat positif au test devrait conduire à la prise de mesures de santé publique appropriées. Si le résultat du test est considéré comme étant faussement positif, il faut répéter le test. Un résultat de test négatif n’est pas interprétable, pour plusieurs raisons (par exemple, une personne infectée peut avoir été testée au début de sa période d’incubation), et il ne faut pas prendre de mesures uniquement sur la base d’un résultat négatif. La fausse sécurité d’un résultat de test négatif est préoccupante. Lorsque le degré de suspicion clinique est élevé, un résultat de test négatif n’exclut pas la maladie.

Démarche

Dans l’ensemble, la démarche de dépistage recommandée consiste à mettre l’accent sur les personnes symptomatiques (y compris celles qui présentent des symptômes légers) et à accorder la priorité à celles qui présentent des symptômes. Cette démarche est conforme aux lignes directrices de dépistage de l’Infectious Diseases Society of America Note de bas de page 1. En raison de la nature non spécifique de nombreux symptômes de la COVID-19, les symptômes utilisés pour déterminer l’indication de dépistage devront être considérés en fonction de la capacité de dépistage. Les considérations relatives au dépistage des patients individuels comprennent le jugement clinique, le contexte local du dépistage en laboratoire et les conseils des autorités régionales de santé publique. L’efficacité globale du dépistage de l’infection par la COVID-19 dépend du fait que les personnes susceptibles d’avoir été exposées au SRAS-CoV-2 se fassent connaître et aient accès aux tests de dépistage appropriés proposés.

Les motifs et les objectifs du dépistage de toutes les personnes symptomatiques sont énumérés dans le tableau 1. En outre, certains groupes précis sont désignés, auxquels des considérations particulières ou des implications supplémentaires en matière de santé publique peuvent s’appliquer. Les groupements ne sont pas présentés dans un ordre particulier. Si les ressources de dépistage devaient être limitées, il pourrait être nécessaire d’envisager d’adapter les ressources de dépistage aux objectifs de santé publique.

Tableau 1 : Groupes de personnes symptomatiques devant faire l’objet d’un dépistage
Groupe Description des sous-groupes Motif ou objectif du dépistage
Toutes les personnes s.o.
  • Recenser, isoler et soigner les personnes atteintes de COVID-19.
  • Établir les contacts du cas et mettre en œuvre des mesures de santé publique pour prévenir la retransmission.
  • À mesure que les nouvelles infections diminuent, le dépistage de toutes les personnes symptomatiques permettra de déterminer s’il y a transmission communautaire ou pourra répertorier de nouvelles sources de transmission communautaire.
Tous les enfants et les jeunes s.o.
  • Éclairer les premières constatations sur un cas
  • Faciliter les enquêtes sur les grappes de ménages.
  • Le dépistage effectué dans ce groupe reconnaît ce qui suit :
    • Jusqu’à présent, les patients pédiatriques ont généralement présenté des symptômes plus légers et moins de complications que les adultes. Certaines manifestations cliniques, telles que la diarrhée, sont plus courantes.
    • La décision de procéder au dépistage et l’interprétation des résultats doivent tenir compte du fait que les patients pédiatriques sont plus fréquemment atteints d’une infection des voies respiratoires supérieures (IVRS), et la prise en compte de la probabilité de la COVID-19 avant le test en fonction de l’épidémiologie locale devrait éclairer l’efficacité du dépistage de la COVID-19.

Membre de populations à risque élevé, vulnérables ou vivant dans des contextes d’habitation collective, ou personne ayant un degré élevé d’interaction avec ces populations
et
personnes qui doivent subir un dépistage afin d’orienter une mesure opérationnelle immédiate.

Travailleurs de la santé symptomatiques (quel que soit le lieu de prestation des soins) et personnel qui travaille dans les établissements de soins de santé.

  • Prévenir la transmission ou l’introduction du virus dans un établissement de soins de santé.
  • Prévenir les maladies graves, puisque ces personnes travaillent avec des populations à haut risque et vulnérables.
  • Prévenir la transmission à d’autres membres du personnel au sein de l’établissement afin de garder les effectifs en bonne santé.
Résidents et personnel symptomatiques des établissements de soins de longue durée, des prisons, des refuges pour sans-abri, d’autres refuges temporaires, des résidences de chambre et des camps de travail.
  • Confirmer la présence du virus dans l’établissement ou le milieu et déclencher les mesures d’intervention en cas d’éclosion dans l’établissement.
  • Prévenir la transmission à d’autres membres du personnel afin de garder la main-d’œuvre en bonne santé.
  • Anticiper les maladies graves, car la plupart de ces populations présentent généralement une forte prévalence de maladies chroniques multimorbides ou comorbides.
  • Permettre la mise en cohorte et la gestion des éclosions.
Patients hospitalisés sans autre diagnostic en laboratoire.
  • Anticiper les maladies graves en raison de la probabilité accrue de conséquences graves dans cette population.
  • Repérer un cas index nosocomial ou une éclosion non détectés et mener une enquête sur l’éclosion.
  • Permettre la mise en cohorte appropriée des patients.
Membres symptomatiques de communautés éloignées, isolées, rurales ou autochtones.
  • Faciliter la détection précoce et prévenir la transmission dans les milieux où les ressources en soins de santé sont limitées.
  • Anticiper les maladies graves, car cette population peut présenter une prévalence accrue de maladies chroniques multimorbides ou comorbides.
  • Anticiper les poussées de volume dans le domaine de la santé et des transports.
Voyageurs symptomatiques repérés à un point d’entrée au Canada.
  • Déterminer quand ces personnes peuvent poursuivre leur voyage à bord de moyens de transport publics (p. ex., vols intérieurs, trains) jusqu’à leur domicile ou un autre endroit au Canada pour s’isoler de façon continue.
  • Détecter rapidement les cas importés et mettre des mesures en œuvre pour empêcher la propagation.

Risque représenté par les déplacements : En ce moment, une transmission communautaire se produit dans un certain nombre de régions canadiennes. Ainsi, le rôle des déplacements dans la détermination de l’indication de dépistage doit être examiné dans le contexte de l’épidémiologie de la région.

Considération de dépistage chez les personnes asymptomatiques

Actuellement, le rôle du dépistage chez les personnes asymptomatiques dans certains contextes est inconnu. Plusieurs facteurs doivent être pris en compte pour le dépistage chez les personnes asymptomatiques, notamment :

Certaines populations et certains milieux sont disproportionnellement vulnérables à une nouvelle transmission du SRAS-COV-2 ou à de mauvais résultats ultérieurs de l’infection par la COVID-19; dans certains contextes, on peut envisager un dépistage en l’absence de symptômes. Le dépistage chez les personnes asymptomatiques ne devrait généralement être envisagé que lorsque le dépistage chez les personnes symptomatiques est couramment disponible.

Dépistage chez les personnes asymptomatiques dont l’exposition à un cas confirmé est connue

Parmi les personnes ne présentant pas de symptômes, on peut envisager de procéder au dépistage pour des raisons de recherche de contacts ou de gestion de l’éclosion :

Dépistage chez les personnes asymptomatiques sans exposition à un cas confirmé connue

Les données probantes de l’utilité du dépistage chez les personnes asymptomatiques sans exposition à un cas connue sont limitées et, pour l’instant, ce dépistage n’est généralement pas recommandé. Actuellement, il est préférable de procéder au dépistage chez les personnes asymptomatiques sans exposition à un cas connue dans le cadre d’activités pilotes ou de surveillance systématique afin de générer les connaissances nécessaires pour prendre des décisions futures fondées sur des preuves. La nécessité de ces activités sera déterminée par l’épidémiologie locale. Ces situations peuvent inclure :

On signale des cas de mort subite et de décès à domicile chez les personnes qui n’ont pas cherché à obtenir des soins. Il convient d’envisager un dépistage chez les personnes décédées sans cause de décès connue.

Comme toujours, il faut tenir compte du contexte local, et le jugement des autorités régionales de santé publique doit être exercé. Au fur et à mesure de l’évolution des connaissances et de l’expérience scientifiques, des recommandations plus fermes, fondées sur des preuves, pourraient être disponibles.

Choix de la modalité de dépistage

La plupart des besoins liés aux tests moléculaires peuvent être satisfaits de manière efficace et efficiente grâce à la capacité des laboratoires à haut débit, ce qui se traduit par un délai d’exécution qui permet de prendre des mesures de santé publique en temps utile. Si ces laboratoires sont en mesure de prendre en charge les communautés éloignées, rurales, isolées ou autochtones, les retards introduits en raison de l’expédition des échantillons et des temps de transit peuvent augmenter considérablement le délai d’exécution. Il est recommandé d’envisager la prise en charge du déploiement de tests moléculaires aux points de service dans ces milieux. Le dépistage aux points de service peut également être mis en œuvre dans des situations où le dépistage doit être effectué sur place et rapidement, par exemple avant l’admission dans un lieu d’habitation collective à haut risque. Il est recommandé d’affecter des ressources aux points de service limitées aux endroits où ces dispositifs auront les retombées les plus bénéfiques.

Bien que les tests sérologiques ne jouent actuellement aucun rôle dans le diagnostic de l’infection par la COVID-19, ils pourraient être utilisés à l’avenir dans le cadre d’études d’échantillonnage ciblées pour modéliser la propagation du virus et la dynamique de la réponse immunitaire afin d’éclairer le risque de nouvelles vagues épidémiques. Ils pourraient également être utilisés pour l’identification rétrospective des cas et le diagnostic des complications post-infectieuses, ainsi que pour déterminer plus précisément la prévalence de l’infection par la COVID-19. À cet égard, le gouvernement fédéral a convoqué le groupe de travail sur l’immunité face à la COVID-19 pour établir les priorités et superviser la coordination d’une série d’analyses du sérum partout au pays qui nous indiqueront l’étendue de la propagation du virus au Canada et nous permettront d’évaluer de manière fiable l’immunité et les vulnérabilités potentielles des populations canadiennes.

Planification à long terme

Le présent document d’orientation sera révisé et mis à jour selon les besoins.

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

Hanson KE, Caliendo AM, Arias CA, et al. Infectious Diseases Society of America Guidelines on the Diagnosis of COVID-19. IDSA 2020. Consulté le 13 mai 2020. Accessible à l’adresse suivante : https://www.idsociety.org/practice-guideline/covid-19-guideline-diagnostics/ (en anglais seulement).

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