Lignes directrices sur la réalisation d’un nouveau test PCR chez des personnes ayant déjà obtenu un résultat positif pour la COVID-19

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Objectif

Fournir des lignes directrices sur le moment d’effectuer de nouveaux tests réaction en chaîne de la polymérase (PCR) pour le SRAS-CoV-2 auprès des personnes qui ont déjà obtenu un résultat positif et la façon de les interpréter.

Contexte

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, une question clé a été de savoir si les personnes peuvent être réinfectées par le SRAS-CoV-2 et, le cas échéant, la fréquence de l’occurrence ainsi que le moment de l’infection par rapport à l’infection antérieure.

De nombreuses études démontrent une détection prolongée de l’ARN du SRAS-CoV-2 qui va au-delà de la résolution des symptômes de la COVID-19 et qui peut persister pendant plusieurs semaines ou mois^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2Note de bas de page 3Note de bas de page 4Note de bas de page 5Note de bas de page 6Note de bas de page 7Note de bas de page 8Note de bas de page 9Note de bas de page 10Note de bas de page 11}. Par ailleurs, il a été démontré que la détection du matériel génétique peut être intermittente pendant la phase de rétablissement, de sorte qu’une personne dont le test a déjà été négatif peut être de nouveau positive, et ce, quelques jours plus tard. Cela a été observé au début de la pandémie, lorsqu’on utilisait des « tests de contrôle post-traitement ». Chez la plupart des personnes immunocompétentes et celles qui se sont rétablies d’une maladie légère ou modérée, on ne croit pas que la détection prolongée ou renouvelée de l’ARN reflète le virus infectieux, mais plutôt des fragments viraux non infectieux, car on a rarement signalé que le virus viable persistait plus de 10 jours dans ces populations^{Note de bas de page 12Note de bas de page 13Note de bas de page 14Note de bas de page 15Note de bas de page 16}. L’excrétion du virus infectieux peut persister plus longtemps chez les personnes immunodéprimées ou souffrant d’une maladie grave ou persistante, mais les données sont insuffisantes.

La réinfection avec des coronavirus courants qui causent des infections respiratoires saisonnières peut se produire dans les mois suivant une infection antérieure avec le même virus^{Note de bas de page 17Note de bas de page 18Note de bas de page 19Note de bas de page 20}. Les anticorps neutralisants du SRAS-CoV-2 se développent chez la majorité des personnes dans un délai d’une à deux semaines suivant l’infection et commencent à diminuer dans un délai d’un à deux mois; on ne connaît pas la corrélation exacte et la durabilité de la protection contre la réinfection par le SRAS-CoV-2^{Note de bas de page 1Note de bas de page 20Note de bas de page 21Note de bas de page 22Note de bas de page 23Note de bas de page 24}.

De nombreux rapports font état d’une possible réinfection par le SRAS-CoV-2; toutefois, les preuves à l’appui sont souvent insuffisantes pour permettre une confirmation^{Note de bas de page 25Note de bas de page 26Note de bas de page 27Note de bas de page 28Note de bas de page 29Note de bas de page 30}. Des publications récentes et des articles préimprimés présentent des preuves plus convaincantes de la réinfection, notamment la résolution des symptômes et la négativité par PCR suivie d’un soutien épidémiologique pour la réinfection (p. ex., déplacements dans une région où la transmission ou la cohabitation augmente avec une personne atteinte d’une infection active par la COVID-19), preuve d’une charge virale élevée avec un déclin progressif et une séroconversion, et l’exécution du séquençage du génome entier montrant une discordance du virus détecté entre les épisodes d’infection^{Note de bas de page 31Note de bas de page 32Note de bas de page 33Note de bas de page 34Note de bas de page 35Note de bas de page 36Note de bas de page 37}. Les intervalles de temps déclarés entre les épisodes varient de moins de 2 à 4,5 mois^{Note de bas de page 31Note de bas de page 32Note de bas de page 33Note de bas de page 34Note de bas de page 35Note de bas de page 36Note de bas de page 37Note de bas de page 38Note de bas de page 39}. Le risque de transmission ultérieure d’une personne réinfectée à d’autres personnes est actuellement inconnu. Au moment d’écrire le présent article, la transmission d’une personne réinfectée à une autre n’a pas été démontrée, mais les données sont très limitées et elles peuvent changer.

Selon les données actuelles, les personnes peuvent être réinfectées par le SRAS-CoV-2. Après environ six mois de transmission mondiale importante, la réinfection semble rare, mais la fréquence de l’occurrence demeure incertaine. Les enquêtes et les rapports continus nous aideront à mieux comprendre ce phénomène.

Les recommandations suivantes sont fondées sur ce qui est connu à ce jour. Ces recommandations devraient changer à mesure que les connaissances scientifiques évoluent. On reconnaît qu’il peut y avoir des variations dans la mesure où les provinces et les territoires utiliseront ces recommandations pour éclairer leurs propres décisions opérationnelles; le contexte local devrait être pris en compte, ainsi que le jugement des cliniciens, des microbiologistes, des représentants de la prévention et du contrôle des infections, et des autorités régionales de santé publique.

Recommandations

1. Une infection antérieure ne garantit pas l’immunité et, par conséquent, les personnes qui ont été infectées par le SRAS-CoV-2 devraient recevoir des conseils sur la possibilité d’une réinfection et sur l’importance d’une adhésion continue aux mesures de santé publique (p. ex., distance physique et port du masque) ainsi que les mesures de prévention et de contrôle des infections (p. ex., utilisation d’équipement de protection individuelle recommandé pour les travailleurs de la santé).
2. Lorsque des personnes précédemment infectées se présentent pour des soins ou ont déjà subi de nouveaux tests pour le SRAS-CoV-2, la décision de tester et d’interpréter les tests devrait tenir compte du contexte clinique et épidémiologique, ainsi que des résultats des examens en laboratoire, le cas échéant. (Voir l’algorithme et le tableau proposés.)
   • La positivité par PCR peut persister ou fluctuer pendant des semaines ou, dans certains cas, des mois, et les résultats positifs, particulièrement dans les trois mois suivant une infection antérieure, peuvent ne pas représenter une véritable réinfection. Cependant, on ne sait pas trop à quel moment une réinfection peut survenir après un diagnostic de COVID-19, alors que certaines ont été signalées en moins de deux mois. Les diagnostics différentiels ainsi que les examens pertinents sur le plan clinique doivent être pris en compte dans l’évaluation de tout patient rétabli de la COVID-19 présentant une nouvelle apparition de symptômes correspondant à une possible réinfection du virus. Au moment de procéder à de nouveaux tests pour le SRAS-CoV-2, il faut tenir compte de la consultation des spécialistes de la santé publique locale, de la prévention et du contrôle des infections dans les établissements ainsi que des maladies infectieuses, selon le contexte et la justification des tests.
3. Les personnes pleinement remises de la COVID-19 ne devraient généralement pas faire l’objet de tests de dépistage ou de surveillance si elles sont asymptomatiques. Si un test est effectué chez une personne asymptomatique rétablie qui n’a pas eu d’exposition connue et que le résultat est positif, on ne devrait généralement pas le considérer comme une nouvelle infection et le résultat ne devrait pas déclencher des mesures de santé publique à moins que d’autres facteurs, comme une nouvelle exposition ou un symptôme renouvelé, n’entrent en jeu. Cela ne s’applique pas nécessairement aux situations à très haut risque, comme les éclosions dans les foyers de soins de longue durée. 
   • Les représentants de la santé publique locale et de la prévention et du contrôle des infections dans les établissements devraient être consultés en ce qui concerne les personnes asymptomatiques rétablies qui ont été exposées à une nouvelle infection et qui ont un degré élevé d’interaction avec les populations qui présentent un risque élevé de maladies ou d’éclosions plus graves. Nos connaissances à propos des réinfections et de leurs effets envers certaines sous-populations (telles que le sexe, la sexospecificité, ou d’autres groupes de personnes diverses) continuent de s’accroitre; ces lignes directrices seront mise-à-jour pour refléter les différences, si nécessaire.
4. Si on suspecte une réinfection, il faut accorder une attention particulière au séquençage génétique du virus actuel et précédent si des échantillons sont disponibles et si suffisamment de matériel génétique peut être récupéré pour permettre le séquençage. Le séquençage du génome entier des échantillons de SRAS-CoV-2 permet de différencier l’excrétion virale persistante d’un seul épisode d’infection et la réinfection avec un nouveau virus en comparant les séquences génétiques de plus d’un échantillon du même patient.

Figure 1 : Algorithme proposé pour les nouveaux tests par PCR pour le SRAS-CoV-2 chez des personnes ayant déjà eu un diagnostic positif

Figure 1 - Description textuel

Soutien clinique pour les nouveaux tests?

• Si yes, soutien épidémiologique pour les nouveaux tests?
• Si non, nouveau test généralement non indiqué

Soutien épidémiologique pour les nouveaux tests?

• Si yes, nouveau test recommandé ou fortement envisagé (voir le tableau)
• Si non, envisager de nouveaux tests en cas d’immunodéficience ou d’hospitalisation, de maladie persistante ou grave

La figure illustre les étapes proposées ou les points à prendre en considération pour le nouveau test de dépistage du SRAS-CoV2 chez les personnes qui ont déjà obtenu un résultat positif. La première étape consiste à déterminer s’il y a un soutien clinique pour les nouveaux tests; autrement, les nouveaux tests ne sont généralement pas indiqués. S’il y a des preuves cliniques à l’appui des tests, il faut déterminer s’il y a un soutien épidémiologique pour les tests. En général, lorsqu’il y a un soutien épidémiologique, les nouveaux tests sont fortement envisagés. Toutefois, même en cas de manque de soutien épidémiologique, on peut envisager de procéder à un nouveau test dans des circonstances particulières, notamment chez les personnes immunodéprimées ou hospitalisées ou chez celles qui sont gravement malades ou dont la maladie persiste.

Soutien clinique pour les nouveaux tests :

• Nouveaux symptômes de la COVID-19 pour une personne rétablie (une personne rétablie s’entend d’une personne dont les symptômes associés à la COVID-19, s’ils sont présents, ou qui a passé suffisamment de temps depuis le premier test de SRAS-CoV-2 positif pour une personne asymptomatique, de sorte qu’il est peu probable que de nouveaux symptômes soient associés à un test positif antérieur)
• Patients immunodéprimés ou hospitalisés, souffrant d’une maladie persistante ou grave

Soutien épidémiologique pour les nouveaux tests :

• Nouvelle exposition non protégée à un cas non lié (c.-à-d. sans lien épidémiologique avec l’épisode antérieur d’infection de la personne) ou à une éclosion de COVID-19, ou déplacement vers une région où la prévalence dans la collectivité est élevée ou séjour dans cette région
• Degré élevé d’interaction avec les populations qui présentent un risque élevé de maladies ou d’éclosions plus graves (p. ex., les travailleurs de la santé, le personnel et les résidents des établissements de soins de longue durée [ESLD], les prisons, les refuges, les résidences de chambres individuelles, les camps de travail).

Nouveau test généralement non indiqué :

Le dépistage pour les cas asymptomatiques ou l’isolement, quel que soit le résultat du test, peuvent être des mesures recommandées dans certaines circonstances, par exemple dans les cas de personnes rétablies qui ont eu une nouvelle exposition à un cas non lié (c.-à-d. sans lien épidémiologique avec l’épisode antérieur d’infection de la personne), et un degré élevé d’interaction avec les populations qui sont à haut risque de maladies ou d’épidémies plus graves (p. ex., les travailleurs de la santé, le personnel et les résidents des établissements de soins de longue durée, les prisons, les refuges, les résidences de chambres individuelles, les camps de travail). Pour plus de détails, veuillez consulter les directives locales en matière de prévention et de contrôle des infections de la santé publique et de l’établissement.

Tableau 1 : Exemples de scénarios et de lignes directrices sur la réalisation d’un test et sur la façon d’interpréter les nouveaux tests par PCR pour le SRAS-CoV-2 chez des personnes qui ont déjà obtenu un résultat positif

Soutien clinique pour les nouveaux tests	Soutien épidémiologique pour les nouveaux tests	Justification du test par PCR	Interprétation du résultat par PCR positif
Nouveaux symptômes de COVID-19 pour une personne rétablieNote de bas de page 1	Nouvelle exposition non protégée ou à haut risque à un cas ou à une éclosion sans lienNote de bas de page 2	Tests recommandés pour éclairer les mesures de prévention et de contrôle de la santé publique et des infections afin de prévenir la transmission	Cela peut représenter une infection ou une réinfection antérieure. On peut envisager des consultations en laboratoire et des tests supplémentaires.
Nouveaux symptômes de COVID-19 pour une personne rétablieNote de bas de page 1	Voyage ou résidence dans une région à forte prévalence dans la collectivité	Le dépistage devrait être sérieusement envisagé pour éclairer les mesures de prévention et de contrôle de la santé publique et des infections afin de prévenir la transmission.	Cela peut représenter une infection ou une réinfection antérieure. On peut envisager des consultations en laboratoire et des tests supplémentaires.
Nouveaux symptômes de COVID-19 pour une personne rétablieNote de bas de page 1	Aucune exposition connue à un nouveau cas ou à une nouvelle éclosion sans lienNote de bas de page 2 ou déplacement ou résidence dans une région où la prévalence dans la collectivité est élevée, mais degré élevé d’interaction avec les populations qui présentent un risque élevé de maladies ou d’éclosions plus graves (p. ex., travailleurs de la santé, membres du personnel et résidents des ESLD, prisons, refuges, résidences avec chambres individuelles, camps de travail)	Le dépistage devrait être sérieusement envisagé pour éclairer les mesures de prévention et de contrôle de la santé publique et des infections afin de prévenir la transmission.	Cela peut représenter une infection ou une réinfection antérieure. On peut envisager des consultations en laboratoire et des tests supplémentaires.
Patients immunodéprimés ou hospitalisés souffrant d’une maladie persistante ou grave	On pourrait envisager un nouveau test dans les scénarios ci-dessus. Par ailleurs, un nouveau test de dépistage dans cette population peut être motivé par la nécessité de déterminer la positivité continue dans le contexte de la possibilité d’une période prolongée d’infection	Le dépistage peut être envisagé pour éclairer les mesures de prévention et de contrôle de la santé publique et des infections afin de prévenir la transmission et d’orienter la prise de décisions en matière de gestion clinique.	Cela peut représenter une infection ou une réinfection antérieure ou persistante. On peut envisager des consultations en laboratoire et des tests supplémentaires. On devrait envisager de consulter les autorités locales de santé publique et de prévention et de contrôle des infections.
Notes de bas de page Note de bas de page 1 Une personne rétablie s’entend d’une personne dont les symptômes associés à la COVID-19, s’ils sont présents, ou qui a passé suffisamment de temps depuis le premier test de SRAS-CoV-2 étant asymptomatique, de sorte qu’il est peu probable que de nouveaux symptômes soient associés à un test positif antérieur. Retour à la référence de la note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Désigne un cas ou une éclosion qui n’était pas lié sur le plan épidémiologique à l’épisode antérieur d’infection de la personne. Retour à la référence de la note de bas de page 2

Consultation en laboratoire et tests supplémentaires :

Une analyse par PCR positive est une condition nécessaire, mais pas suffisante en soi pour le diagnostic de réinfection en raison de preuves de détection prolongée qui peut durer des semaines ou, dans certains cas, des mois après la disparition des symptômes. Un cas de réinfection a été signalé moins de deux mois après un premier épisode d’infection.

Autres tests au-delà du test par PCR :

• Valeurs du cycle seuil par PCR (Ct) : Plus la valeur du Ct requise pour détecter une cible génétique est élevée, plus le nombre de copies virales présentes dans un échantillon est faible. Des valeurs du Ct plus élevées dans le contexte de l’apparition de nouveaux symptômes aigus peuvent être plus révélatrices d’excrétion virale ancienne et persistante. Cependant, les valeurs du Ct peuvent également être plus élevées avec la détection précoce des cas, et on peut envisager un nouveau test fait 48 heures plus tard pour faciliter l’interprétation. Si la valeur du Ct d’un échantillon ultérieur est plus faible, cela permettrait d’étayer le diagnostic d’une nouvelle infection. Les valeurs scanographiques et les seuils varient selon le dosage utilisé et elles doivent être examinées avec le laboratoire qui a effectué le test.
• Sérologie : La sérologie n’est généralement pas utile pour diagnostiquer une infection aiguë, mais une nouvelle séroconversion peut aider à confirmer la réinfection.
• Analyse génomique : Le séquençage du génome entier du virus à partir d’épisodes présumés d’infection distincts peut être utilisé pour une analyse phylogénétique comparative afin de déterminer si les virus sont suffisamment distincts sur le plan génétique pour appuyer un diagnostic de réinfection. Il est peu probable que cette information soit largement disponible avec un délai d’exécution qui appuie la prise de décisions cliniques et de santé publique, mais les résultats peuvent aussi éclairer les études qui évaluent la réinfection.

Bibliographie