Surveillance nationale en laboratoire maladie invasive due au streptocoque au Canada – Rapport sommaire annuel de 2014

Figures et tableaux

• Figure 1.  Incidence des PI au Canada, 2000-2014
• Figure 2, Tableau 1.  L'incidence annuelle des cas de PI au Canada, par groupe d'âge, 2009 – 2014
• Tableau 2.  Nombre d’isolats de S. pneumoniae causant une infection invasive, dans chaque province et territoire, 2014
• Figure 3a,b.  Sites d’isolement clinique de S. pneumoniae, 2014
• Figures 4 à 7.  Distribution des sérotypes de S. pneumoniae causant une infection invasive par source clinique, 2014
• Figure 8. Répartition régionale des invasive sérotypes de S. pneumoniae, 2014
• Figures 9a,b.  Sérotypes de S. pneumoniae causant une infection  invasive   selon l’âge, 2014
• Figures 10-16.  Sérotypes de S. pneumoniae causant une infection Invasive, 2010-2014
• Tableau 3.  Sérotypes vaccinaux, 2014
• Figure 17, Tableau 4.  Sérotypes (4, 6B, 9V, 14, 18C, 19F, 23F) du vaccin Pneu-C-7 par groupe d’âge, 2010-2014 
• Figure 18, Tableau 5.  Sérotypes (1, 5, 7F, 3, 6A, 19A) du vaccin Pneu-C-13 par groupe d’âge, 2010-2014
• Figure 19, Tableau 6.  Sérotypes (2, 8, 9N, 10A, 11A, 12F, 15B, 17F, 20, 22F, 33F) du vaccin Pneu-P-23 par groupe d’âge, 2010-2014
• Figure 20, Tableau 7.  Sérotypes non inclus dans les vaccins par groupe d’âge, 2010-2014
• Figure 21.  Résistance des isolats de S. pneumoniae aux antimicrobiens, 2011-2014
• Tableau 8.  Résistance des isolats de S. pneumoniae aux antimicrobiens, 2011-2014
• Tableau 9.  Résistance des sérotypes de S. pneumoniae aux antimicrobiens, 2014
• Figures 22 à 29.  Profils de résistance des sérotypes de S. pneumoniae par antibiotique, 2011-2014
• Figure 30.  Profils de multirésistance des sérotypes de S. pneumoniae, 2014
• Figure 31. Profils de multirésistance de S. pneumoniae, 2011-2014
• Tableau 10. Profils de multirésistance de S. pneumoniae, 2014
• Figure 32. L'incidence annuelle des cas d’infection invasive à S. pyogenes  au Canada, par groupe d'âge, de 2009 à 2014
• Tableau 11. Taux d'incidence annuelle des infections invasives à S. pyogenes pour 100 000 au Canada, de 2009 à 2014
• Tableau 12.  Nombre d’isolats de S. pyogenes causant une infection invasive dans chaque province, 2014
• Figure 33a,b,c.  Sites d’isolement clinique de S. pyogenes chez les enfants et chez les adultes
• Figure 34a,b,c.  Distribution des types emm de S. pyogenes causant une infection invasive par source d’isolement clinique, 2014
• Figure 35.  Distribution régionale des types emm de S. pyogenes causant une infections invasive, 2014
• Figure 36.  Types emm de S. pyogenes causant une infection invasive, tous les groupes d'âge combinés, 2010-2014
• Figure 37a,b.  Types emm de S. pyogenes causant une infection invasive, par groupes d'âge, 2010-2014
• Figure 38, Tableau 13.  Résistance de S. pyogenes causant une infection invasive aux antimicrobiens, 2010-2014 
• Figure 39.  Types emm de S. pyogenes résistants au macrolide, 2014
• Tableau 14.  Sérotypes de S. agalactiae causant une infection invasive, pour chaque groupe d’âge, 2014
• Figure 40. Tableau 15.  Sérotypes de S. agalactiae causant une infection invasive, 2010- 2014
• Figures 41. Tableau 16.   Sérotypes de S. agalactiae causant une infection invasive par site d'isolement clinique 
• Figure 42, Tableau 17.  Résistance aux antimicrobiens des isolats de S. agalactiae causant une infection invasive, 2010-2014
• Figure 43.  Résistance des sérotypes de S. agalactiae au macrolide, 2014

Annexe

• Tableau A.  Proportion de cas sérotypés de Streptococcus pneumoniae causant une infection invasive au Canada, 2013
• Tableau B. Proportion de cas de Streptococcus pyogenes causant une infection invasive au Canada, 2013

Auteurs

Unité des streptocoques et des ITS
Programme de bactériologie et de maladies entériques
Laboratoire national de microbiologie
Agence de la santé publique du Canada
Walter H.B. Demczuk, Averil Griffith, Ravinder Singh, Karla Montes, Pam Sawatzky, Irene
Martin (chef de section), Dr Michael Mulvey (chef, Résistance aux antimicrobiens et
infections nosocomiales)

Autres collaborateurs :

Section des maladies évitables par les vaccins
Division de la surveillance et de l'intervention en cas d'épidémie
Centre de l'immunisation et des maladies respiratoires infectieuses (CIMRI)
Agence de la santé publique du Canada
D^r Anita Li, Susan Squires

Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ)
D^re Brigitte Lefebvre, D^r Marc-Christian Domingo et D^re Jean Longtin

Toronto Invasive Bacterial Diseases Network (TIBDN)
Département de microbiologie, Mount Sinai Hospital
D^re Allison McGeer, Agron Plevneshi, Sylvia Pong-Porter, Karen Green, Kenny Wong et enquêteurs et personnel sur place

The Alberta Provincial Laboratory for Public Health (ProvLab Alberta)
D^r Gregory J. Tyrrell et D^r Graham Tipples

Département de microbiologique médicale et des maladies infectieuses, faculté de médecine, Université du Manitoba
D^re Heather Adam, Melanie Baxter, Kim Nichol, Barbara Weshnoweski, Ravi Vashisht et D^r George Zhanel

Le présent rapport a été soumis à l'examen des directeurs de laboratoires provinciaux et territoriaux du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC).

Remerciements

Les résultats présentés dans ce rapport ont été obtenus grâce aux isolats de streptocoques ayant été aimablement acheminés au LNM par les hôpitaux ou les laboratoires provinciaux de santé publique suivants : Centre de contrôle des maladies de la Colombie-Britannique, Vancouver, Colombie-Britannique – D^r Mel Krajden, D^re Linda Hoang, Ana Paccagnella, Loretta Janz, Robert Azana et Vincent Tang; Saskatchewan Disease Control Laboratory, Regina, Saskatchewan – D^r Greg Horsman et Rosanne Kitzul; Laboratoire provincial de Cadham, Winnipeg, Manitoba – D^r Jared Bullard, D^r Paul Van Caeseele et Denise Sitter; Santé Publique Ontario, Toronto, Ontario – D^r Frances Jamieson, D^r Jonathan Gubbay, Deirdre Soares, D^r Julianne Kus; Queen Elizabeth II Health Sciences Centre, Halifax, Nouvelle-Écosse – D^r David Haldane; Hôpitaux régionaux du Nouveau-Brunswick – D^r Alexander Doroshenko, Maryse Thibeault, Éric Brisson, Francine Plourde, D^r L. Thibault, D^r Lewis Abbott, Melanie Stace, Peter Delaney, Linda Turgeon et Tammy Mahaney; Hôpital Queen Elizabeth, Charlottetown, Île-du-Prince-Édouard – D^r G. German; Laboratoire de santé publique de Terre-Neuve, St. John’s, Terre-Neuve – Dr S. Ratnam; Stanton Territorial Hospital Laboratory, Yellowknife, Territoires du Nord-Ouest – Cheryl Case; Hôpital général de Whitehorse, Whitehorse, Yukon – Rosalyn Robertson, Becky Nash et Chris Cash.

Sommaire

• Streptococcus pneumoniae : En 2014, 2 473 isolats de causant une pneumococcie invasive (PI) ont été caractérisés.
• L’incidence globale des PI, tous groupes d’âges combinés, est demeuré relativement stable, à environ 9,6 cas pour 100 000 personnes (variation : 8,9 à 9,8) de 2009 à 2014. Le taux d’incidence des PI a décliné chez les enfants de moins de 5 ans. Toutefois, les taux d’incidence chez les groupes plus âgés sont demeurés relativement inchangés.
• En 2014, les taux d’incidence les plus élevés ont été observés chez les adultes de 60 ans et plus (21,5 cas pour 100 000), les nourrissons d’un an et moins (16,9 cas pour 100 000) et les enfants de 1 à 4 ans (11,0 cas pour 100 000).
• Les sérotypes du vaccin Pneu-C-7 (4, 6B, 9V, 14, 18C, 19F, 23F) ont fléchi, passant de 9,5 % à 4,9 % de tous les isolats à l’origine de PI entre 2010 et 2014 (p<0.001).
• Les sérotypes du vaccin Pneu-C-13 (1, 5, 3, 6A, 7F, 19A) ont connu une baisse dans tous les groupes d’âge, étant passés globalement de 45,6 % en 2010 à 26,0 % en 2014 (p<0.001) .
• Les sérotypes du vaccin Pneu-P-23 (2, 8, 9N, 10A, 11A, 12F, 15B, 17F, 20, 22F, 33F) ont augmenté dans tous les groupes d’âge : de 24,7 % en 2010, ils sont passés à 38,0 % en 2014 (p<0.001).
• Le sérotype 22F était le plus fréquent en 2014, mais il a connu une légère diminution entre 2013 et 2014, passant de 12,1 % à 11,4 % dans tous les groupes d’âge combines (p=0.443).
• Le sérotype 19A a poursuivi sa baisse : de 11,6 % en 2013, il a chuté à 8,9 % en 2014 (p=0.001). Les baisses par rapport à 2013 ont été observées dans tous les groupes d’âge, sauf dans le groupe des 2 à 4 ans, où la proportion est passée de 17,6 % à 25,0 % (p=0.253).
• Le sérotype 7F a lui aussi chuté, passant de 8,8 % en 2013 à 7,5 % en 2014 (p=0.088), et un seul isolat a été signalé dans le groupe des moins de 2 ans et dans celui des 2 à 4 ans en 2014.
• Le sérotype 3 est demeuré relativement constant globalement, s’établissant à 8,9 % des isolats dans tous les groupes d’âge combinés. Une baisse a été constatée chez les moins de 2 ans, la proportion étant passée de 8,6 % en 2013 à 2,3 % en 2014 (p=0.353), et dans le groupe de 5 à 14 ans, la proportion atteignant 2,9 % en 2014 par rapport à 5,2 % en 2013 (p=0.788).
• Sensibilité aux antimicrobiens : L’analyse des 1 125 isolats a révélé que les taux de résistance étaient demeurés relativement stables ou avaient décliné en 2014. Les pourcentages de résistance étaient les suivants : clarithromycine (22,1 %), pénicilline (8,6 %), doxycycline (7,9 %), clindamycine (4,4 %), triméthoprime/sulfaméthoxazole (5,8 %), méropénem (1,5 %) et imipénem (1,2 %). Multirésistance à trois classes d’antimicrobiens ou plus a été observée chez 4,9 % des isolats analysés en 2014; il s’agit d’une baisse par rapport aux 7,5 % de 2013. Les taux les plus élevés de multirésistance ont été observés chez les sérotypes 15A (53,8 %) et 19A (17,6 %).
• S. pyogenes (Streptococcus du groupe A) : Parmi les 1 457 isolats invasifs analysés en 2014, le type emm1 demeure le plus fréquent, représentant 27,5 % de tous les isolats dans tous les groupes d’âge combinés; il est suivi du type emm89, qui représentait 9,7 % de tous les isolats.
• Sensibilité aux antimicrobiens : La résistance à l’érythromycine atteignait 6,9 %, la résistance à la clindamycine, 2,8 %, et deux isolats n’étaient pas sensibles au chloramphénicol.
• S. agalactiae (Streptococcus du groupe B) : Au total, 249 isolats invasifs ont été expédiés au LNM en 2014, et les sérotypes V (23,3 %), III (21,1 %) et IV (17,5 %) prédominaient.
• Sensibilité aux antimicrobiens : La résistance à l’érythromycine (49,4 %) et à la clindamycine (27,3 %) est demeurée relativement constante en 2014 par rapport à 2013.

Introduction

Depuis le 1er avril 2010, le Laboratoire national de microbiologie (LNM), à Winnipeg, offre des services de surveillance, de diagnostic de référence et de soutien en cas d’éclosion d’infections invasives à Streptococcus pneumoniae (pneumocoque), à Streptococcus pyogenes (streptocoque du groupe A) et à Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B). L'Unité des streptocoques et des ITS participe également à un certain nombre de programmes de surveillance internationaux, nationaux et régionaux.

Le présent rapport vise à tracer un tableau de la distribution actuelle des sérotypes de S. pneumoniae, des types emm de S. pyogenes et des sérotypes de S. agalactiae isolés de sites stériles, qui sont acheminés au LNM par les laboratoires de santé publique, les unités sanitaires régionales et les centres de référence des provinces et territoires du Canada. Pour rendre les données encore plus représentatives, les dénombrements regroupés incluent également les données soumises par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ), le Toronto Invasive Bacterial Diseases Network (TIBDN) et l’Alberta Provincial Laboratory for Public Health (ProvLab Alberta), des organismes qui ont leurs propres activités de sérotypage.

La pneumococcie invasive (PI, S. pneumoniae) cause des infections graves, comme la méningite et la bactériémie [Marchessault, 2002; Schuchat, 1997], les enfants et les personnes âgées étant les groupes les plus exposés à l’infection [Robinson, 2001; Scott, 1996]. Bien qu’il existe 92 sérotypes de pneumocoque différents actuellement reconnus, la majorité des cas observés sur la planète sont attribuables à quelques sérotypes seulement.

Un vaccin conjugué heptavalent contre le pneumocoque (Pneu-C-7) composé des sérotypes 4, 6B, 9V, 14, 18C, 19F et 23F a été adopté par tous les programmes de vaccination provinciaux et territoriaux entre 2002 et 2006 [Bettinger, 2010], ce qui a mené, chez les enfants, à une baisse radicale de l’incidence des infections invasives causées par les sérotypes contenus dans le vaccin [Bettinger, 2010; Bjornson, 2007; Bruce, 2008; Demczuk, 2012; Deng, 2013; DeWals, 2012; Kellner, 2008; Kellner, 2009; Lim, 2013; Lovgren, 1998; McIntosh, 2011; NACI, 2010; Shahidi, 2008; Tyrrell, 2009; Weinberger, 2011] (figure 1).   Depuis le lancement des programmes de vaccination, on a observé, chez les enfants, une hausse de l’incidence des PI causées par une substitution des sérotypes à l’origine d’infections pneumococciques, avec pour conséquence une augmentation des infections par des sérotypes non contenus dans le vaccin Pneu-C-7, comme les sérotypes 7F et 19A [Kellner, 2009; Tyrrell, 2009]. En 2009, un vaccin décavalent contre le pneumocoque, Haemophilus influenzae et la diphtérie (vaccin PHiD10), constitué de tous les sérotypes du vaccin Pneu-C-7 et des sérotypes 1, 5 et 7F, a été utilisé au Québec, en Ontario et à Terre-Neuve-et-Labrador. En 2010, on a recommandé l’utilisation au Canada [Comité consultatif national de l’immunisation (CCNI), 2010] du vaccin conjugué 13-valent contre le pneumocoque (Pneu-C-13), qui comprend tous les sérotypes du vaccin PHiD10 et les sérotypes 3, 6A et 19A; toutes les provinces et territoires ont commencé à l’utiliser entre la mi-2010 et la mi-2011. Les calendriers d’immunisation varient selon la province et le territoire; toutefois, le CCNI et l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) ont publié des recommandations [CCNI, 2010; ASPC, 2013]. Il existe un vaccin pour les adultes, le vaccin polysaccharidique 23-valent contre le pneumocoque (Pneu-P-23), qui n’est pas efficace chez les enfants en raison de la faible réponse anticorps thymo-indépendante caractéristique des systèmes immunitaires non parvenus à maturité [Merck & Co. Inc.]. Il est important de surveiller la distribution des sérotypes de S. pneumoniae pour guider le choix de sérotypes devant composer le vaccin et pour surveiller un éventuel remplacement des sérotypes prédominants [Demczuk, 2010; Demczuk, 2013].

L’infection invasive à streptocoque du groupe A (SGA, S. pyogenes). Cette infection est responsable d’un vaste éventail de maladies, dont la bactériémie, le syndrome de choc toxique et des infections de la peau et des tissus mous dont la fasciite nécrosante est la plus notoire [Cunningham, 2000]. Il est important de surveiller les souches pour repérer toute hausse des profils de virulence associés à ce microorganisme  [Schwartz, 1990; Siljander, 2010]. La protéine M, codée par le gène emm, est un facteur important de virulence et un marqueur épidémiologique servant à caractériser les isolats de S. pyogenes.

Le streptocoque du groupe B (SGB, S. agalactiae). SGB est généralement associé aux maladies néonatales pour lesquelles l’accouchement présente le risque d’infection le plus élevé, et qui sont souvent traitées par des antibiotiques à des fins prophylactiques. La maladie associée au nourrisson est une maladie à déclaration obligatoire. Toutefois, le SGB constitue également une préoccupation de santé croissante chez les adultes, car il cause la septicémie, la méningite, la pneumonie, ainsi que des infections des os, des articulations et des tissus. Les groupes d’adultes à risque englobent les personnes atteintes d’une affection sous-jacente, les femmes enceintes et les personnes qui résident dans des établissements de soins de longue durée [Lamangni, 2013].

Méthodes

Au total, 2 473 isolats invasifs de S. pneumoniae, 1 457 isolats invasifs de S. pyogenes et 249 isolats de S. agalactiae ont été inclus dans le rapport de 2014. Les données de 2014 comprennent les résultats d’analyse des isolats expédiés au LNM par les laboratoires de santé publique provinciaux ou territoriaux et les données fournies par les provinces et territoires concernant les isolats invasifs de S. pneumoniae, soit : 397 PI isolats sérotypés par le Laboratoire de santé publique du Québec, 320 PI isolats sérotypés par le Provincial Laboratory for Public Health de l’Alberta et 371 PI isolats sérotypés par le Toronto Invasive Bacterial Diseases Network.

Les données accompagnant les isolats bactériens comprenaient l’âge du patient, le sexe, la source clinique et la date du prélèvement. Les isolats multiples de même sérotype prélevés chez un même patient dans une période de 14 jours ont été comptés comme un seul, le site d'isolement le plus invasif étant consigné. Les isolats liés à la méningite ont été considérés comme les plus invasifs, suivis du sang, puis des autres sites stériles. Les données ont été réunies par groupe d'âge, soit les < 2 ans, les 2-14 ans, les 15-49 ans, les 50-64 ans et les ≥ 65 ans, et par région, soit l'Ouest (Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan, Manitoba, Yukon, Territoires du Nord-Ouest et Nunavut), le Centre (Ontario et Québec) et l'Est (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard et Terre-Neuve-et-Labrador). Il convient d’être prudent lors de l’interprétation des données présentées dans le rapport. En effet, l’interprétation globale des résultats est difficile en raison des limites associées aux isolats transmis à des fins d’analyse. Seul un sous-groupe d’isolats de laboratoire de chaque province peut être acheminé pour subir une analyse. Ce rapport ne constitue donc pas un véritable portrait de l’incidence ou du taux de la maladie au Canada. L’envoi d’isolats au LNM est volontaire et n’est pas systématique à l’échelle nationale. C’est pourquoi nous présentons ici des sommaires d’ensemble pour le Canada et les régions.

Les données de surveillance validées couvrant la période 2009 à 2014 sont tirées du Système de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SSMDO) [ASPC, 2014]. Les données sur la population correspondent aux estimations annuelles de la population au 1er juillet de Statistique Canada, de 2009 à 2013. La population des provinces et des territoires dont on n’a pas pu fournir de données sur les cas a été exclue du dénominateur.  SSMDO données épidémiologiques et des données de laboratoire du LNM ne sont pas liées. Parce que les provinces et les territoires liste Report données en ligne ne sont pas tous à SSMDO, seules les données agrégées sont disponibles au niveau national. Par conséquent, les données SSMDO et des données de laboratoire du LNM ont été présentés différemment en termes de groupe d'âge. Le groupe d'âge pour les données LNM est conforme à celle des déclarations du CCNI.

Tous les isolats pneumococciques ont subi un test de solubilité biliaire et des analyses réalisées à l'aide d'optochine (Oxoid). Les infections invasives causées par le streptocoque du groupe A et le streptocoque du groupe B ont été confirmées à l'aide de la réaction PYR (pyrrolidone naphthylamide), de tests de sensibilité à la bacitracine (Oxoid) et de disques de sensibilité au triméthoprime-sulfaméthoxazole (BBL, 1,25/23,75 µg/ml) [Spellerberg, 2007]. Les sites d'isolement stériles cliniques sont les suivants : sang, liquide céphalorachidien (LCR) ou autre tissu nerveux, liquide pleural, liquide péritonéal, liquide péricardique, liquide articulaire et sites situés à l'intérieur du corps et des muscles, y compris les échantillons provenant d'une chirurgie ou d'une biopsie et les ponctions. En ce qui concerne S. pyogenes, les sites d'isolement ont été analysés lorsqu'un cas de syndrome de choc toxique ou de fasciite nécrosante était associé à l'infection [Relevé des maladies transmissibles au Canada, 2009; Minnesota Department of Health].

PI, invasive SGA et SGB chez le nouveau né sont notigiable national et définitions de cas peuvent être trouvés à :

• http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/09vol35/35s2/Pneumoco-fra.php
• http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/09vol35/35s2/Strep_A-fra.php
• http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/09vol35/35s2/Strep_B-fra.php.

Au LNM, le sérotypage de l’agent responsable de la PI est réalisé en observant la réaction de Quellung à l’aide d’antisérums commercial  dirigés contre pool, groupe, type et facteur (SSI Diagnostica, Statens Serum Institute, Copenhague, Danemark) [Austrian, 1976; Lovgren, 1998]. Les isolats associés à une absence de réaction de Quellung sont confirmés par un séquençage du gène rpoB [Drancourt, 2004; Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI), 2008] de même qu’un sérotypage effectué par PCR, comme il est indiqué à l’adresse http://www.cdc.gov/streplab/pcr.html.

En 2011, le LNM a entrepris un projet de collaboration avec le Health Sciences Centre – Canadian Antimicrobial Resistance Alliance (CARA) de l’Université du Manitoba en vue de la réalisation de tests de sensibilité aux antimicrobiens (TSA) sur les isolats de S. pneumoniae soumis au LNM; ce projet est désigné par l’acronyme SAVE (sérotypage de Streptococcus pneumoniae et sensibilité aux antimicrobiens : Évaluation de l’efficacité des vaccins au Canada après l’introduction du Pneu-C-13). Nous avons inclus dans l’étude tous les isolats ayant causé une PI, prélevés de sites stériles chez des sujets de n’importe quel groupe d’âge, qui ont été soumis par huit provinces participantes (Saskatchewan, Manitoba, Ontario, Québec, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard, Nouveau-Brunswick et Terre-Neuve-et-Labrador) (2014, n=1125). Pour les analyses, nous avons employé un panel composé de 18 antimicrobiens, dont les suivants : pénicilline, amoxicilline/clavulanate, céfuroxime, ceftriaxone, clarithromycine, ertapénème, méropénème, clindamycine, vancomycine, ciprofloxacine, lévofloxacine, moxifloxacine, linézolide, tigécycline, triméthoprime/sulfaméthoxazole et doxycycline. Les CMI de ces antimicrobiens sont déterminées par la technique de microdilution en milieu liquide du CLSI au moyen de plaques de microtitrage à 96 puits faites sur mesure [CLSI, 2015]. Les normes d’interprétation pour les CMI ont été définies en fonction des seuils publiés par le CLSI (CLSI, 2015) pour tous les antibiotiques à l’exception de la ciprofloxacine et de la doxycycline, pour lesquelles on a plutôt employé les seuils d’interprétation approuvés par l’EUCAST [EUCAST, 2015].

On a réalisé le typage du gène emm de tous les isolats de streptocoque du groupe A causant une infection invasive acheminés au LNM. Les isolats ont été caractérisés à l’aide du protocole des CDC sur le séquençage du gène emm affiché à l’adresse http://www.cdc.gov/streplab/M-ProteinGene-typing.html. Les séquences du gène emm obtenues ont été comparées à celles de la banque de données des CDC (Atlanta) et les résultats sont présentés par type, et non par sous-type (emm4.4 est classé comme emm4). Conformément aux lignes directrices du CLSI, la sensibilité aux antimicrobiens en ce qui concerne le chloramphénicol (CHL, 30 µg), l'érythromycine (ERY, 15 µg), la clindamycine (CLI, 2 µg), la pénicilline (PEN, 10 µg) et la vancomycine (VAN, 30, µg) été déterminée à l'aide de la méthode de diffusion en gélose utilisant des disques de Kirby-Bauer [CLSI, 2015] (2014 GAS n=1 443; GBS n=249).

Les sérotypes du streptocoque du groupe B ont été déterminés au moyen d’antisérums commerciaux d’agglutination au latex (SSI Diagnostica; Statens Serum Institute, Copenhague, Danemark).

La régression de Poisson a été utilisée pour estimer la différence d’incidence en utilisant SAS EG5.1.   Les analyses statistiques ont été effectuées à l'aide du chi carré ou test exact de Fisher en utilisant OpenEpi la version 2.3.1. Les différences de p <0,05 ont été considérées comme statistiquement significatives.

Résultats et analyse

Streptococcus pneumoniae

Entre 2009 et 2014, l'incidence globale des IPD au Canada a diminué de 9,8 à 8,9 cas pour 100.000 habitants (p<0,001). En 2014, ce taux était de 8,9 cas pour 100 000, les taux les plus élevés étant toujours observés chez les nourrissons de < 1 an (16,9 cas pour 100 000), les enfants de 1-4 ans (11,0 cas pour 100 000) et les personnes âgées de 60 ans et plus (21,5 cas pour 100 000) (figure 2, tableau 1). Entre 2009 et 2014, on a observé une baisse régulière des taux de PI chez les nourrissons de < 1 an (p>0,001),  et chez les enfants de 1-4 ans (p>0,001), 5-9 année olds groupe d'âge, 30-39 ans olds groupe d'âge (p=0,005) et 60 ci-dessus et le groupe d'âge (p=0,02) (tableau 1).

Les données sur la population correspondent aux estimations annuelles de la population au 1^er juillet de Statistique Canada, de 2009 à 2014. La population des provinces et des territoires dont on n’a pas pu fournir de données sur les cas a été exclue du dénominateur.

Distribution des sérotypes de Streptococcus pneumoniae

Parmi les 2 473 isolats invasifs de S. pneumoniae sérotypés en 2014, 5,2 % (n = 128) provenaient d’enfants de moins de 2 ans, 3,6 % (n = 88) d’enfants de 2 à 4 ans, 2,8 % (n = 69) d’enfants de 5 à 14 ans, 20,5 % (n = 508) d’adultes de 15 à 49 ans, 28,3 % (n = 700) d’adultes de 50 à 64 ans et 39,1 % (n = 967) de personnes de 65 ans et plus (tableau 2). Sur les 2 439 isolats pour lesquels le sexe était connu, 55 % (n = 1 345) provenaient de patients de sexe masculin.

Le sang était le site d’isolement clinique le plus fréquent, représentant 92,3 % (n = 2 283) de tous les isolats (figures 3a, 3b). Le sérotype 22F était prévalent dans toutes les sources (figures 4-7); il représentait 11,5 % (n = 262) de tous les isolats provenant du sang, 8,3 % (n = 6) de ceux provenant du liquide céphalorachidien (LCR), 14,3 % (n = 5) de ceux provenant du liquide pleural et 16,7 % (n = 3) de ceux provenant du liquide synovial. Les sérotypes 23B, 11A et 12F étaient plus fréquents dans le LCR (11,1 %, n = 8; 9,7 %, n = 7; et 9,7 %, n = 7; respectivement) que dans les autres sites d’isolement clinique. De même, le sérotype 3 prédominait dans le sang et le liquide pleural, représentant 8,9 % (n = 202) et 17,1 % (n = 6) des isolats, respectivement.

En ce qui concerne la distribution par région, les sérotypes 4 (4,5 %, n = 43), 12F (6,7 %, n = 64) et 20 (5,5 %, n = 53) étaient associés aux régions de l’Ouest, le sérotype 15A (5,5 %, n = 75), aux régions centrales, et les sérotypes 9N (8,1 %, n = 13) et 6C (6,2 %, n = 10), aux régions de l’Est (figure 8).

Globalement, les sérotypes prédominants en 2014 étaient les sérotypes 22F (11,4 %, n = 282), 19A (8,9 %, n = 220), 3 (8,9 %, n = 220), 7F (7,5 %, n = 185) et 15A (4,5 %, n = 112), qui représentaient à eux seuls 41,2 % (n = 1 019) de tous les isolats à l’origine de PI au Canada (figure 10). Après une hausse constante depuis 2010, le sérotype 22F a légèrement diminué en 2014, passant de 12,1 % (n = 312) à 11,4 % (n = 282). Entre 2010 et 2014, les sérotypes 19A et 7F ont diminué de 57 % et de 52 %, respectivement, le sérotype 19A étant passé de 19,1 % (n = 517) à 8,9 % (n = 220) et le sérotype 7F, de 14,3 % (n = 388) à 7,5 % (n = 185). De 2010 à 2014, la prévalence globale du sérotype 3 est demeurée relativement constante : elle est passée de 8,3 % (n = 225) à 8,9 % (n = 220) (figures 9 à 16).

Sérotype 22F : La plus forte augmentation de la proportion relative des isolats 22F entre 2013 et 2014 a été constatée chez les 5 à 14 ans : le taux a atteint 14,5 % (n = 10) en 2014 par rapport à 10,4 % (n = 8) en 2013. Les proportions dans les autres groupes d’âge sont nestés relativement constants, soit de 12,5 % (n = 16) chez les moins de 2 ans, 10,2 % (n = 9) chez les 2 à 4 ans, 8,7 % (n = 44) chez les 15 à 49 ans, 10,7 % (n = 75) chez les 50 à 64 ans, et 13,2 % (n = 128) chez les 65 ans et plus.

Sérotype 19A: Le sérotype 19A a poursuivi sa chute dans tous les groupes d’âge, sauf celui de 2 à 4 ans, où il a augmenté entre 2013 et 2014, passant de 17,6 % (n = 13) à 25,0 % (n = 22). Entre 2010 et 2014, des baisses spectaculaires ont été constatées : le taux est passé de 40,0 % (n = 68) à 3,9 % (n = 5) chez les moins de 2 ans; de 17,2 % (n = 118) à 8,1 % (n = 57) chez les 50 à 64 ans; et de 17,8 % (n = 172) à 7,9 % (n = 76) chez les 65 ans et plus. Dans le groupe des 5 à 14 ans, après une augmentation entre 2010 (12,7 %, n = 14) et 2013 (28,6 %, n = 22), la proportion en 2014 a chuté à 11,6 % (n = 8). Des baisses plus modestes ont été enregistrées chez les 15 à 49 ans, le taux étant passé de 12,2 % (n = 71) à 9,6 % (n = 49).

Sérotype 7F: Un seul isolat du sérotype 7F a été signalé dans le groupe des moins de 2 ans et dans celui des 2 à 4 ans en 2014, ce qui constitue une baisse considérable par rapport à 2010, le nombre d’isolats dans ces deux groupes étant alors de 21 et de 14, respectivement. En 2014, la baisse s’est poursuivie dans d’autres groupes d’âge, les proportions étant de 12,8 % (n = 65) chez les 15 à 49 ans, 8,0 % (n = 56) chez les 50 à 64 ans et 5,5 % (n = 53) chez les 65 ans et plus. Après une importante chute chez les 5 à 14 ans entre 2011 et 2013, les taux étant alors passés de 30,5 % (n = 39) à 9,1 % (n = 7), le pourcentage dans ce groupe d’âge n’a pas connu de changement majeur en 2014, s’établissant à 11,6 % (n = 8) des isolats.

Sérotype 3: Après une hausse des isolats de ce sérotype chez les moins de 2 ans entre 2010 (6,5 %, n = 12) et 2012 (8,6 %, n = 10), le sérotype 3 a diminué en 2013 et correspond à 2,3 % (n = 3) des isolats en 2014. Une autre diminution est survenue chez les 5 à 14 ans, où le sérotype 3 est passé de 7,3 % (n = 8) à 2,9 % (n = 2) entre 2010 et 2014. Les proportions du sérotype 3 sont demeurées relativement stables au cours de la période de 2010 à 2014 chez les 2 à 4 ans, les 15 à 49 ans, les 50 à 64 ans et les 65 ans et plus, représentant respectivement 9,1 % (n = 8), 7,5 % (n = 38), 11,1 % (n = 78) et 9,2 % (n = 89) des isolats en 2014.

Autres sérotypes : Chez les moins de 2 ans, les sérotypes 10A, 11A, 15B et 33F du vaccin Pneu-p-23 ont été observés au cours des 5 dernières années, et ils représentaient respectivement 7,8 % (n = 10), 8,6 % (n = 11), 9,4 % (n = 12) et 7,8 % (n = 10) des isolats de 2014. Bien que le nombre d’isolats du sérotype 15A demeure relativement faible, ce sérotype a augmenté dans tous les groupes d’âge au cours des dernières années et représente 3,0 % à 5,8 % des isolats dans chaque groupe. De même, le sérotype 23B a connu une hausse dans tous les groupes et représente 2,6 % à 8,7 % des isolats dans chacun des groupes d’âge en 2014. Une augmentation des sérotypes 16F et 23A a aussi été notée chez les 15 à 49 ans, les 50 à 64 ans et les 65 ans et plus.

Sérotypes vaccinaux

La distribution des sérotypes des vaccins antipneumococciques selon l’âge est présentée au tableau 3. Les sérotypes du vaccin Pneu-C-7 (4, 6B, 9V 14, 18C 19F, 23F) en 2014 représentent toujours un petit nombre d’isolats dans les groupes de moins de 15 ans: un seul isolat a été observé dans le groupe des moins de 2 ans et dans celui des 2 à 4 ans, et 5 isolats provenaient du groupe des 5 à 14 ans. Globalement, les taux dans tous les groupes d’âge combinés ont baissé entre 2010 et 2014, étant passés de 9,5 % (n = 257) à 4,9 % (n = 120) (figure 17, tableau 4).

La proportion des sérotypes du vaccin Pneu-C-13 (1, 3, 5, 6A, 7F et 19A) au Canada a elle aussi continué de baisser dans tous les groupes d’âge combinés, étant passée de 45,6 % (n = 1 235) en 2010 à 26,0 % (n = 644, p<0.001) en 2014 (figure 18, tableau 5). Entre 2013 et 2014, les diminutions des sérotypes 6A, 7F et 19A se sont traduites par des baisses globales des sérotypes du vaccin PCV13 dans tous les groupes d’âge (tableau 5) (< 2 year olds p<0.010; 5-14 years p=0.023; 15-49 years p=0.229; 50-64 years p=0.189; ≥65 years p=0.011), à l’exception du groupe des 2 à 4 ans, dans lequel une légère hausse du sérotype 19A a augmenté la proportion globale des sérotypes du vaccin Pneu-C-13, la faisant passer de 32,4 % (n = 24) à 35,2 % (n = 31, p=0.708) dans ce groupe d’âge. Dans l’ensemble, les sérotypes des vaccins Pneu-C-7 et Pneu-C-13 ont diminué dans tous les groupes d’âge combinés, passant de 55,1 % (n = 1 492) à 30,9 % (n = 764, p<0.001) entre 2010 et 2014.

La proportion des isolats des sérotypes inclus dans le vaccin Pneu-P-23 (2, 8, 9N, 10A, 11A, 12F, 15B, 17F, 20, 22F, 33F) a poursuivi sa montée dans tous les groupes d’âge combinés, étant passée de 24,7 % (n = 670) à 38,0 % (n = 939, p<0.001) entre 2010 et 2014 (figure 19, tableau 6). La hausse la plus forte enregistrée en 2014 est survenue chez les moins de 2 ans, la proportion étant passée de 48,1 % (n = 63) à 57,0 % (n = 73, p=0.150) entre 2013 et 2014. Une faible diminution des sérotypes du vaccin Pneu-P-23 a été constatée chez les 2 à 4 ans entre 2013 (37,8 %, n = 28) et 2014 (25,0 %, n = 22, p=0.078). Des sérotypes non vaccinaux ont augmenté dans tous les groupes d'âge combinés de 20,2% (n = 546) à 31,1% (n = 770, p <0,001 ) 2010-2014 (figure 20 , tableau 7).