Système canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens - Mise à jour 2018 : Sommaire

Introduction

Le Système canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (SCSRA) est le système de surveillance national du Canada permettant la production de rapports sur la résistance aux antimicrobiens (RAM) et l’utilisation des antimicrobiens (UAM). Le SCSRA est l’un des principaux engagements pris par l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) dans le cadre du Plan d’action pancanadien sur la résistance et l’utilisation des antimicrobiens. Le SCSRA intègre et synthétise les renseignements épidémiologiques et recueillis en laboratoire provenant des systèmes de surveillance de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) qui concernent les êtres humains, les sources alimentaires et les animaux destinés à l’alimentation. En communiquant des renseignements sur la RAM et l’UAM au pays, le SCSRA fournit aux preneurs de décisions des données probantes visant à appuyer l’élaboration de politiques et de programmes pour encourager une utilisation prudente des antimicrobiens et pour prévenir, limiter et contrôler la RAM au Canada.

Tout le contenu portant sur la RAM et l’UMA méritent une attention particulière, toutefois, des changements importants dans la RAM et l’UMA qui ont une plus grande incidence sur la santé publique sont spécifiquement mis en évidence. Le présent document décrit également les nouvelles initiatives, notamment l’analyse des données standardisées sur la sensibilité aux antimicrobiens (antibiogrammes) en milieu hospitalier pour Escherichia coli, les résultats d’un sondage sur la prévalence de la RAM réalisé dans des hôpitaux de soins actifs non universitaires plus petits, et l’analyse des répercussions des activités d’intendance de l’UMA sur les populations animales.

La mise à jour de 2018 du SCSRA remplace les données présentées précédemment par les plus récents renseignements de surveillance disponibles sur la RAM et l’UAM. Les résultats de surveillance publiés par le SCSRA peuvent changer d’une année à l’autre, à mesure que la qualité des données s’améliore (p. ex., rapports de cas fournis par les hôpitaux) ou que les paramètres deviennent plus précis (p. ex., données sur les achats d’antimicrobiens effectués par les hôpitaux, ajustées en fonction des retours d’antimicrobiens au fil du temps). Par conséquent, lorsque cela est possible, les résultats devraient être comparés à ceux de la publication la plus récente du SCSRA. Les systèmes de surveillance et leurs méthodes, ainsi que les autres systèmes de données ayant servi de base à la mise à jour de 2018 du SCSRA, sont résumés plus loin dans cette publication et sont décrits plus en détail dans le rapport de 2017 du SCSRA.

La mise à jour de 2018 du SCSRA comprend deux parties : la première est un résumé, conçu pour mettre en évidence les résultats les plus pertinents sur la RAM et l’UAM; la deuxième est une annexe technique qui fournit une analyse plus détaillée des données de surveillance de la RAM et de l’UAM. L’annexe technique contient trois sections : une section sur la RAM qui met l’accent sur les organismes prioritaires; une section sur l’UAM qui se concentre sur les antimicrobiens destinés à l’usage humain; une section qui contient de l’information sur les antimicrobiens destinés aux animaux de compagnie, aux animaux de production alimentaire et aux cultures.

Sommaire

Ce résumé fournit un aperçu des principales conclusions du SCSRA, résume l’état actuel de la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et de l’utilisation des antimicrobiens (AMU), et décrit les étapes suivantes.

Résistance aux antimicrobiens

Organismes producteurs de carbapénémase

L’identification d’organismes producteurs de carbapénémase (OPC) de type New Delhi métallo-bêta-lactamase (NDM) en 2009 a marqué une nouvelle ère dans l’émergence de la RAM. Ces organismes représentent une menace grave pour la santé publique en raison de leur résistance à la plupart des antimicrobiens et de leur capacité à transmettre cette résistance à d’autres bactéries. Même si les taux d’infection à OPC chez les patients hospitalisés sont demeurés faibles et inchangés depuis les cinq dernières années (0,03 infection par 10 000 jours-patients depuis 2012), le taux de colonisation par OPC a augmenté de près de cinq fois depuis 2014 (passant de 0,03 colonisation par 10 000 jours-patients à 0,14 en 2017). Conformément aux tendances observées dans les hôpitaux, le nombre d’isolats d’OPC soumis aux laboratoires de santé publique provinciaux a continué d’augmenter en 2017 (889 isolats, comparativement à 779 en 2016), tandis que des taux à la hausse d’infections par OPC ont également été signalés dans d’autres pays.

Il n’est pas clair si l’augmentation des taux de colonisation d’OPC dans les hôpitaux canadiens est due à une plus grande sensibilisation et aux déclarations plus fréquentes, car les OPC doivent maintenant être déclarés aux autorités de la santé publique dans trois provinces (Ontario, Colombie-Britannique et Alberta), ou si elle représente une véritable augmentation du taux de colonisation chez les Canadiens. Quelles que soient les raisons sous-jacentes des taux croissants de colonisation par les OPC, cela demeure un résultat significatif.

Infection à Clostridioides difficile

Depuis les dix dernières années, les hôpitaux canadiens ont mis en œuvre diverses initiatives de prévention et de contrôle des infections, de gestion des antimicrobiens et d’amélioration de la qualité pour faire face aux infections à Clostridioides difficile (ICD, auparavant connues sous le nom d’infections à Clostridium difficile). Les taux d’infections à C. difficile associées aux soins de santé (ICD-ASS) ont diminué de façon constante avec le temps. En 2017, les ICD-ASS chez les patients hospitalisés ont continué de diminuer, et semblent se stabiliser à un taux qui est presque 40 % plus faible comparativement aux années antérieures (3,85 par 10 000 jours-patients en 2017 comparativement à 6,03 en 2012). Depuis 2015, lorsque la surveillance des ICD d’origine communautaire (ICD-OC) a débuté dans des hôpitaux sentinelles, approximativement un tiers de tous les cas d’ICD ont été établis comme étant des ICD-OC et cette proportion est demeurée semblable en 2017.

Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline

Le taux d’infections à Staphylococcus aureus résistantes à la méthicilline signalées par les hôpitaux sentinelles a continué d’augmenter, passant de 2,80 par 10 000 jours-patients en 2012 à 3,17 en 2017. Cette tendance semble attribuable aux infections à  SARM d’origine communautaire observées chez les patients hospitalisés, lesquelles ont augmenté de plus de 60 % de 2012 à 2017 (de 0,84 à 1,36 infection par 10 000 jours-patients, respectivement). Inversement, le taux d’infections à SARM associées aux soins de santé (SARM-ASS) a continué de diminuer en 2017 (1,65 par 10 000 jours-patients, ce qui représente une diminution de 6 % par rapport à 1,74 par 10 000 jours-patients en  2012).

Le taux global d’infections du sang (IS) à SARM-ASS a augmenté ces dernières années, passant de 0,30 infection par 10 000 jours-patients en  2012 à 0,44 en 2017. Le taux accru d’IS à  SARM-ASS déclaré par les hôpitaux pédiatriques, mentionné précédemment, a légèrement diminué pour la première fois depuis 2013 (0,38 cas par 10 000 jours-patients en 2017 comparativement à 0,42 en 2016). Par contre, le taux global d’IS à  SARM provenant de la communauté a plus que doublé depuis 2012 (0,35 cas par 10 000 jours-patients en 2017 comparativement à 0,14 en 2012). Une meilleure reconnaissance du SARM à titre d’agent étiologique potentiel explique sans doute pourquoi les taux de mortalité, toutes causes confondues, chez les patients atteints d’une IS à  SARM ont continué de diminuer de manière importante (passant de 22 % en 2012 à 16 % en 2017).

Tous les isolats de SARM évalués sont demeurés universellement sensibles à la vancomycine et au linézolide, moins de 1 % étant résistants à la daptomycine. Fait à noter, il y a eu une diminution annuelle constante de la résistance à la clindamycine, passant de 84 % en 2013 à 42 % en 2017.

Entérocoques résistants à la vancomycine

Les infections à entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) sont habituellement résistantes à plusieurs classes d’antimicrobiales, ce qui offre aux professionnels de la santé des options de traitement limitées. Le taux d’IS à  ERV dans les hôpitaux sentinelles continuent d’augmenter, passant de 0,18 infection par 10 000 jours-patients en 2016 à 0,23 en 2017. Les données de surveillance indiquent également que le taux d’infections à  ERV non sanguines (y compris les infections urinaires et des plaies) a augmenté pour la première fois en 2017 (0,26 infection par 10 000 jours-patients en 2016 comparativement à 0,34). Avant 2017, les infections non sanguines à ERV diminuaient chaque année depuis 2012.

Les isolats d’ERV provenant d’hôpitaux sentinelles ont démontré des changements dans les profils de résistance. Au cours des deux dernières années, la résistance à la daptomycine a augmenté, une non-sensibilité étant actuellement détectée dans 9 % des isolats. Des changements dans la sensibilité aux antimicrobiens ont été observés en ce qui concerne les aminoglucosides, une augmentation substantielle de la résistance à la gentamicine à forte dose ayant été signalée en 2017 (39 % des isolats testés, comparativement à 14 % en 2016). Par opposition, la proportion d’isolats montrant une résistance à la streptomycine à forte dose a diminué de 17 % depuis 2014 (passant de 41 % à 34 % en 2017). Il faut noter que 45 % des isolats d’ERV étaient résistants à la nitrofurantoïne, l’un des médicaments de premier recours utilisés pour traiter les infections des voies urinaires à entérocoque (en particulier dans la communauté); par rapport à 2012, il s’agit d’une augmentation par un facteur de 3. En 2017, les isolats d’ERV étaient universellement sensibles au linézolide.

Neisseria gonorrhoea

Au Canada, le taux d’infection à Neisseria gonorrhoea a augmenté de 20 %, passant de 55 cas pour 100 000 habitants en 2015 à 65 en 2016. En 2016, moins d’isolats présentaient une sensibilité réduite à la céfixime et à la ceftriaxone (0,3 % et 1,8 %, respectivement). Toutefois, la proportion d’isolats résistants à l’azithromycine a augmenté de plus de 50 %, passant de 5 % en 2015 à 7 % en 2016. Le N. Gonorrhoeae ultrarésistant demeure rare au Canada, avec un seul cas importé signalé en 2017.

Bactéries entériques provenant d’aliments et d’animaux d’élevage

Parmi les bactéries entériques recueillies à partir de poulets et de viande de poulet, il y a eu une diminution continue de la prévalence de la résistance aux céphalosporines de troisième-génération. La proportion d’isolats d’E. coli provenant de viande de poulet qui étaient résistants à la ceftriaxone est passée de 28 % en 2013 à 6 % en 2017. Dans les isolats de Salmonella spp. provenant de viande de poulet analysée dans les points de vente au détail, ainsi que dans ces mêmes isolats de poulets provenant de fermes sentinelles, la résistance à la ceftriaxone était de 6 % en 2017 (taux réduit par rapport à 20 % en 2013). Au cours de la même période, il y a également eu une diminution significative de la résistance à la ceftriaxone dans les isolats de Salmonella spp. non typhiques chez les humains (passant de 6 % en 2013 à 4 % en 2017).

Points saillants des nouvelles activités de surveillance

En 2016, des données standardisées provenant d’antibiogrammes réalisés en milieu hospitalier pour Escherichia coli (E. coli) ont été recueillies. Il y a eu des changements minimes dans les profils de résistance de 2015 à 2016, mais en 2016, les taux plus élevés de non-sensibilité au sulfaméthoxazole-triméthoprime (23 %) et à la ciprofloxacine (19 %) étaient toujours présents.

Une étude pilote a été menée en 2017 dans 30 petits hôpitaux de soins de courte durée communautaires, ruraux et du Nord, dans neuf provinces et territoires du Canada, pour évaluer la prévalence de la RAM dans les milieux de soins de santé non universitaires. Une enquête menée sur une période de 24 heures a révélé la présence de SARM, d’ERV, d’OPC, d’Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu ou d’ICD chez approximativement un quart des patients pour qui on disposait de résultats microbiologiques.

Utilisation des antimicrobiens

Utilisation des antimicrobiens chez les humains

En 2017, un total combiné de 262 590 kilogrammes d’antimicrobiens a été soit distribués par des pharmacies communautaires soit achetés par des hôpitaux, ce qui représente des dépenses totales d’environ 822 millions de dollars. Comme au cours des années précédentes, la majorité de l’utilisation d’antimicrobiens chez l’humain au Canada s’est produite en milieu communautaire, où 92 % des antimicrobiens ont été distribués par l’entremise de pharmacies de détail. La proportion restante (8 %) a été achetée pour un usage hospitalier.

Au cours de la même année, un total combiné de 19,5 doses thérapeutiques quotidiennes (DTQ) par 1 000 habitants-jour ont été distribuées par des pharmacies communautaires ou achetées par des hôpitaux, c.-à-d. qu’au cours d’une journée moyenne, environ 2 % de la population canadienne a pu recevoir un antimicrobien pour traiter ou prévenir une infection bactérienne.

À l’échelle nationale, aucun changement n’a été observé dans la quantité globale d’antimicrobiens distribués dans la communauté. Toutefois, comme on l’a vu les années précédentes, les taux d’ordonnances dans les collectivités ont varié d’une province à l’autre. En 2017, le taux d’ordonnances (par 1 000 habitants) était plus faible dans tous les territoires combinés (358,6) et en Colombie-Britannique (569,3), et plus important à l’Île-du-Prince-Édouard/Terre-Neuve-et-Labrador (970,2) comparativement aux autres provinces. Le taux d’ordonnances variait selon l’antimicrobiens, l’amoxicilline demeurant le médicament le plus fréquemment distribué dans la communauté (164,0 ordonnances par 1 000 habitants).

Les achats d’antimicrobiens ont été deux fois plus élevés dans les hôpitaux des provinces atlantiques que dans ceux de l’Ontario en 2017. Les Canadiens âgés de 60 ans ou plus ont continué de recevoir des antimicrobiens à un taux près de 60 % supérieur à celui observé chez les adultes âgés de 15 à 59 ans (923,1 ordonnances comparativement à 577,3 ordonnances par 1 000 habitants), les taux d’ordonnances continuant d’augmenter au fil du temps. À l’inverse, les ordonnances d’antimicrobiens destinées à des enfants de moins de 15 ans ont continué de diminuer, plus récemment de 610,0 ordonnances par 1 000 habitants en 2016 à 577,1 en 2017. Des différences ont été observées dans les indications des traitements antimicrobiens chez les adultes et les enfants. Les indications les plus courantes pour le recours aux antimicrobiens chez les adultes étaient les infections des voies respiratoires et des voies urinaires, tandis que chez les enfants, 43 % des recommandations d’antimicrobiens étaient liées au traitement d’otites moyennes.

Utilisation des antimicrobiens chez les animaux destinés à l’alimentation et les animaux de compagnie et dans les cultures

La surveillance de l’utilisation des antimicrobiens chez les animaux est une composante importante d’une approche intégrée visant à aborder l’intendance des antimicrobiens et la résistance aux antimicrobiens au Canada. L’Institut canadien de la santé animale (ICSA) fournit à l’ASPC des données sur la quantité d’antimicrobiens qui sont distribués aux fins d’utilisation chez les animaux. En 2017, le volume total de ces antimicrobiens, excluant les ionophores et les anticoccidiens chimiques, était d’environ 950 000 kilogrammes, soit presque quatre fois le volume destiné aux humains. La quantité d’antimicrobiens destinée aux animaux était de 11 % plus faible qu’en 2016, et représente le volume de ventes le plus faible depuis le début de la déclaration de ces données, en 2006. Presque tous les antimicrobiens ont été distribués aux fins d’utilisation chez les animaux destinés à l’alimentation.

Dans l’ensemble, il y a eu une augmentation importante du nombre de fermes sentinelles déclarant ne plus utiliser d’antimicrobiens importants sur le plan médical. En 2017, 32 % des fermes porcines et 19 % des fermes d’élevage de poulets ont déclaré ne pas utiliser de ces produits, comparativement à 11 % et 7 % en 2016, respectivement. Aucune utilisation de fluoroquinolones ou de céphalosporines de troisième génération n’a été signalée par les fermes de poulets sentinelles, ce qui est conforme aux récents changements de politique qui ont mené à l’interdiction de l’utilisation préventive d’antimicrobiens de catégorie I dans les fermes avicoles du Canada.

Conclusion

La mise à jour de 2018 du SCSRA met en lumière plusieurs domaines essentiels nécessitant une surveillance afin d’éclairer la recherche, l’intendance, la prévention des infections et les interventions de contrôle. La surveillance continue exigera d’examiner de nouvelles sources de données, de tirer parti de l’information existante de manière innovante, d’étendre la surveillance à différents contextes et de former des partenariats novateurs. La collaboration continue avec les autorités de la santé régionales, provinciales, territoriales et fédérales ainsi que d’autres intervenants, permettra d’améliorer la surveillance de la RAM, ce qui contribuera à une meilleure compréhension de l’épidémiologie des infections résistantes aux antimicrobiens et de l’utilisation des antimicrobiens au Canada.

Prochaines étapes

En collaboration avec ses partenaires, l’ASPC continuera de renforcer la surveillance de la RAM et de l’UAM au moyen des initiatives suivantes.

• Surveillance ciblée pour mieux comprendre le taux de colonisation par des OPC dans la collectivité au moyen de nouvelles initiatives en collaboration avec des partenaires provinciaux et locaux;
• Expansion des activités de surveillance en vue de repérer les patients hospitalisés atteints d’infections résistantes aux antimicrobiens acquises dans la collectivité;
• Amélioration de la représentativité des données de surveillance de la RAM en milieu hospitalier en obtenant la participation de nouveaux hôpitaux dans des régions éloignées;
• Aligner les pratiques avec celles des intervenants internationaux en recueillant des données sur toutes les infections du sang à Staphylococcus aureus à partir de 2018 (auparavant, seules les IS à SARM), afin que la proportion d’infections résistantes puisse être déterminée;
• Collecte de données sur la sensibilité aux antimicrobiens (antibiogrammes) des infections à E. coli comme première étape pour déterminer les modèles de résistance aux infections bactériennes dans les établissements de soins de santé, avec possibilité d’accroître le nombre d’organismes examinés dans le cadre de l’initiative de surveillance;
• Mise en œuvre d’études de prévalence, basées sur le succès des projets pilotes, afin d’évaluer la RAM et les pratiques de prescription dans les hôpitaux des collectivités petites et du Nord, ainsi que dans les établissements de soins de longue durée;
• Création d’une plateforme d’affichage et de visualisation de données interactive permettant de montrer les données sur la sensibilité aux antimicrobiens dans la collectivité (AMR-Net);
• Amélioration des connaissances sur les pratiques de prescription d’antimicrobiens dans la collectivité au moyen d’une enquête transversale qui recueille de l’information sur l’UAM à domicile, notamment l’observance thérapeutique et la compréhension des patients du motif de la prescription d’antimicrobiens et de leur schéma posologique;
• Intégration des résultats de la surveillance de l’UMA dans les exploitations aquacoles de poissons à nageoires d’eau douce.