Infections et résistance aux antimicrobiens dans les hôpitaux
Publié par : L'Agence de la santé publique du Canada
Numéro : Volume 49-5, mai 2023 : Les technologies innovatrices en santé publique
Date de publication : mai 2023
ISSN : 1719-3109
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Volume 49-5, mai 2023 : Les technologies innovatrices en santé publique
Surveillance
Infections associées aux soins de santé et résistance aux antimicrobiens dans les hôpitaux canadiens de soins de courte durée, 2017 à 2021
Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales1
Affiliation
1 Centre de la lutte contre les maladies transmissibles et les infections, Agence de la santé publique du Canada, Ottawa, ON
Correspondance
Citation proposée
Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales. Infections associées aux soins de santé et résistance aux antimicrobiens dans les hôpitaux canadiens de soins de courte durée, 2017 à 2021. Relevé des maladies transmissibles au Canada 2023;49(5):263–81. https://doi.org/10.14745/ccdr.v49i05a09f
Mots-clés : infections nosocomiales, infections associées à la communauté, résistance aux antimicrobiens, surveillance, infection à Clostridioides difficile, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, Enterococcus résistant à la vancomycine, entérobactéries productrices de carbapénémases, Escherichia coli, Candida auris, Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales
Résumé
Contexte : Les infections associées aux soins de santé (IASS) et la résistance aux antimicrobiens (RAM) continuent de contribuer à la morbidité et à la mortalité excessives parmi les Canadiens. Ce rapport décrit les caractéristiques épidémiologiques et de laboratoire ainsi que les tendances des IASS et de la RAM de 2017 à 2021 (Candida auris 2012 à 2021) en utilisant les données de surveillance et de laboratoire soumises par les hôpitaux au Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales (PCSIN) et par les laboratoires provinciaux au Laboratoire national de microbiologie (LNM).
Méthodes : Données recueillies auprès de 88 hôpitaux sentinelles canadiens de soins de courte durée entre le 1er janvier 2017 et le 31 décembre 2021 pour les infections à Clostridioides difficile (ICD), les entérobactéries productrices de carbapénémase (EPC), les infections du sang (IS) à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) et les IS à Enterococcus résistant à la vancomycine (ERV). La surveillance de Candida auris (C. auris) a été initiée en 2019 par le PCSIN et en 2012 par le LNM. Le nombre de cas, les taux, les résultats, la caractérisation moléculaire et les profils de résistance aux antimicrobiens sont présentés.
Résultats : De 2017 à 2021, une augmentation des taux pour 10 000 jours-patients a été observée pour les IS à SARM (35 %; 0,84–1,13), les IS à ERV (43 %; 0,23–0,33) et les infections à EPC (166 %, 0,03–0,08). Les taux d'ICD ont diminué de 11 % (5,68–5,05). Trente et un isolats de C. auris ont été identifiés au Canada entre 2012 et 2021, la majorité provenant de l'Ouest canadien (68 %).
Conclusion : De 2017 à 2021, l'incidence des IS à SARM et à ERV et des infections à EPC a augmenté dans les hôpitaux canadiens de soins de courte durée participant à un réseau sentinelle national (PCSIN), tandis que les ICD ont diminué. Peu d'isolats de C. auris ont été identifiés entre 2012 et 2021. La communication de données de surveillance normalisées et l'application cohérente de pratiques de prévention et de contrôle des infections dans les hôpitaux de soins de courte durée sont essentielles pour contribuer à réduire le fardeau des IASS et de la RAM au Canada.
Introduction
Les infections associées aux soins de santé (IASS), y compris les organismes résistants aux antimicrobiens, continuent de peser lourdement sur le système de santé canadien et sont à l'origine d'une morbidité et d'une mortalité excessives Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 3 Note de bas de page 4 Note de bas de page 5. Des études de prévalence ponctuelle menées au Canada et en Europe en 2017 ont estimé que 6,5 % à 7,9 % des patients dans les établissements de soins de courte durée présentaient au moins une IASS Note de bas de page 6 Note de bas de page 7. Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis ont estimé qu'un patient hospitalisé sur 31 était infecté par une IASS, ce qui correspond à 687 000 infections et 72 000 décès par an Note de bas de page 8.
La résistance aux antimicrobiens (RAM) menace le traitement des IASS et a été identifiée comme une menace sanitaire mondiale par l'Organisation mondiale de la Santé Note de bas de page 9. Une étude sur la charge mondiale a estimé que 1,27 million de décès étaient imputables à la RAM bactérienne en 2019 Note de bas de page 10. Au Canada, on estime que 14 000 décès ont été associés à la RAM en 2018, avec un coût estimé à 1,4 milliard de dollars par an pour le secteur des soins de santé, qui devrait atteindre 7,6 milliards de dollars par an d'ici à 2050 Note de bas de page 11. Au cours de la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) déclarée le 11 mars 2020 Note de bas de page 12, les changements dans les efforts de prévention et de contrôle des infections hospitalières et de gestion des antimicrobiens ont eu des effets variés sur les taux d'IASS et de RAM Note de bas de page 13 Note de bas de page 14. Une action coordonnée de santé publique au niveau mondial, une meilleure gestion des antibiotiques et une meilleure sensibilisation du public sont essentielles pour identifier les schémas de résistance aux antimicrobiens et pour prévenir et contrôler les infections émergentes.
Au Canada, l'Agence de la santé publique du Canada recueille des données nationales sur diverses IASS et sur la RAM dans le cadre du Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales (PCSIN). Créé en 1994, le PCSIN est le fruit d'une collaboration entre l'Agence de la santé publique du Canada, l'Association pour la microbiologie médicale et l'infectiologie Canada et des hôpitaux sentinelles de tout le pays. L'objectif du PCSIN est de faciliter et d'informer la prévention, le contrôle et la réduction des IASS et des organismes résistants aux antimicrobiens dans les hôpitaux de soins courte durée au Canada par le biais d'une surveillance active et de rapports.
Conformément aux éléments fondamentaux de l'Organisation mondiale de la Santé en matière de prévention et de contrôle des infections Note de bas de page 14, le PCSIN exerce une surveillance cohérente et normalisée afin d'estimer de manière fiable la charge des IASS, d'établir des taux de référence à des fins de comparaison nationale et internationale, d'identifier les facteurs de risque potentiels et d'évaluer et d'informer les interventions spécifiques visant à améliorer les résultats pour la santé des patients. Les données fournies par le PCSIN soutiennent directement les objectifs de collaboration décrits dans le Cadre d'action pancanadien de 2017 pour lutter contre la RAM et l'utilisation des antimicrobiens Note de bas de page 9.
Dans ce rapport, nous décrivons les données de surveillance des IASS et de la RAM les plus récentes recueillies auprès des hôpitaux participant au PCSIN entre 2017 et 2021. De plus, pour la première fois, nous fournissons un résumé épidémiologique des isolats de Candida auris (C. auris) identifiés de 2012 à 2021 afin de mettre en contexte ce pathogène émergent au Canada.
Méthodes
Conception
Le PCSIN effectue une surveillance prospective et sentinelle des IASS (y compris des organismes résistants aux antimicrobiens).
Définitions de cas
Des définitions de cas normalisées pour les infections associées aux soins de santé (AS) et les infections associées à la communauté (AC) ont été utilisées. Voir l'appendice pour les définitions complètes des cas.
Sources de données
Entre le 1er janvier 2017 et le 31 décembre 2021, les hôpitaux participants ont soumis des données épidémiologiques et des isolats pour les cas répondant aux définitions de cas respectives pour les infections à Clostridioides difficile (ICD), les infections du sang à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), les infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine (ERV) et les infections à Enterobacterales productrices de carbapénémases (EPC). Les isolats de C. auris admissibles (infections ou colonisations) ont été identifiés par les laboratoires provinciaux et les laboratoires des hôpitaux participants entre le 1er janvier 2012 et le 31 décembre 2021, tandis que la surveillance de C. auris par le PCSIN a débuté le 1er janvier 2019. En 2021, 88 hôpitaux dans 10 provinces et un territoire ont participé à la surveillance des IASS et sont décrits plus en détail dans le tableau 1 et la figure S1 du matériel supplémentaire. En 2021, les admissions de patients saisies dans le cadre de la surveillance des IASS du PCSIN étaient réparties dans des hôpitaux classés comme petits (1 à 200 lits, n = 38 sites, 43 %), moyens (201 à 499 lits, n = 36 sites, 41 %) et grands (plus de 500 lits, n = 14 sites, 16 %) (tableau 1).
Détails des hôpitaux participants | OuestNote de bas de page a | CentreNote de bas de page b | EstNote de bas de page c | NordNote de bas de page d | Total |
---|---|---|---|---|---|
Nombre total d'hôpitaux | 29 | 32 | 26 | 1 | 88 |
Type d'hôpital | |||||
AdulteNote de bas de page e | 12 | 21 | 16 | 0 | 49 |
Mixte | 13 | 7 | 9 | 1 | 30 |
Pédiatrique | 4 | 4 | 1 | 0 | 9 |
Taille de l'hôpital | |||||
Petit (1 à 200 lits) | 11 | 8 | 18 | 1 | 38 |
Moyen (201 à 499 lits) | 10 | 18 | 8 | 0 | 36 |
Grand (plus de 500 lits) | 8 | 6 | 0 | 0 | 14 |
Admissions et congés | |||||
Nombre total de lits | 9 707 | 12 155 | 3 302 | 22 | 25 186 |
Nombre total d'admissions | 435 550 | 522 198 | 104 531 | 2 272 | 1 064 551 |
Nombre total de jours-patients | 3 281 963 | 3 860 904 | 952 460 | 6 084 | 8 101 411 |
|
Les données épidémiologiques (démographiques, cliniques et de résultats) et les données de dénominateur (jours-patients et admissions de patients) ont été collectées et soumises par les hôpitaux participants par l'intermédiaire du Réseau canadien de renseignements sur la santé publique, soit une plateforme de données en ligne sécurisée.
Des groupes de travail composés d'experts en maladies infectieuses ont examiné chaque année les protocoles normalisés et les définitions de cas; le personnel des hôpitaux participant au PCSIN a reçu une formation sur la transmission des données, selon les besoins. La qualité des données des projets de surveillance a été évaluée périodiquement; la méthodologie a été publiée précédemment Note de bas de page 15 Note de bas de page 16.
Données de laboratoire
Les isolats de laboratoire liés aux patients (échantillons de selles pour les cas d'ICD) ont été envoyés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l'Agence de la santé publique du Canada pour une caractérisation moléculaire et des épreuves de sensibilité. Les isolats des infections du sang à SARM, des infections du sang à ERV, d'EPC, de C. auris (2019 à 2021) et d'ICD pédiatrique ont été soumis tout au long de l'année. Les isolats d'ICD adultes ont été soumis chaque année au cours d'une période ciblée de deux mois (du 1er mars au 30 avril). Les laboratoires provinciaux soumettent des isolats de C. auris au LNM depuis 2012.
Analyse statistique
Les taux d'IASS ont été calculés en divisant le nombre total de cas identifiés chez les patients admis dans les hôpitaux participant au PCSIN par le nombre total d'admissions de patients (multiplié par 1 000) ou de jours-patients (multiplié par 10 000). Les taux d'IASS sont rapportés au niveau national et par région (Ouest : Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan et Manitoba; Centre : Ontario et Québec; Est : Nouvelle-Écosse, Nouveau-Brunswick, Île-du-Prince-Édouard et Terre-Neuve-et-Labrador; Nord : Nunavut). Les sites qui n'ont pas été en mesure de fournir des données sur les cas ont été exclus du calcul des taux et les données manquantes du dénominateur ont été estimées à l'aide des données rapportées l'année précédente, le cas échéant. Les données épidémiologiques et moléculaires manquantes ont été exclues de l'analyse. Le test de Mann-Kendall a été utilisé pour évaluer les tendances. Les tests de signification étaient bilatéraux et les différences étaient considérées comme significatives à p ≤ 0,05.
Lorsqu'elle était disponible, la mortalité attribuable et la mortalité toutes causes confondues ont été rapportées pour les IASS. Le taux de mortalité attribuable a été défini comme le nombre de décès pour 100 cas d'IASS où l'infection a été la cause directe du décès ou a contribué au décès dans les 30 jours suivant la culture positive ou l'échantillon histopathologique, tel que déterminé par l'examen du médecin. Le taux de mortalité toutes causes confondues a été défini comme le nombre de décès pour 100 cas d'IASS 30 jours après une culture positive.
Résultats
Infection à Clostridioides difficile
Entre 2017 et 2021, les taux globaux d'ICD ont diminué de 11 % (de 5,68 à 5,05 infections pour 10 000 jours-patients); cependant, cette tendance à la baisse n'était pas significative (p = 0,142) (tableau 2). Stratifiée par source d'infection, l'incidence des ICD-SS a diminué de manière significative; de 15,5 %, passant de 4,19 à 3,54 infections pour 10 000 jours-patients (p = 0,050) (tableau S1.1). Les taux d'ICD associée à la communauté (appendice) sont restés stables si l'on compare les taux de 2017 à ceux de 2021 pour 1 000 admissions de patients.
Données sur l'infection à C. difficile | Année | |||||||||
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2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | ||||||
Nombre d'infections et taux d'incidence | ||||||||||
Nombre de cas d'infection à C. difficile | 4 018 | 3 850 | 3 600 | 3 654 | 3 572 | |||||
Taux pour 1 000 admissions de patients | 4,29 | 4,15 | 3,70 | 3,97 | 3,94 | |||||
Taux pour 10 000 jours-patients | 5,68 | 5,42 | 4,90 | 5,35 | 5,05 | |||||
Nombre d'hôpitaux répondants | 68 | 68 | 73 | 82 | 80 | |||||
Taux de mortalité attribuable pour 100 cas (%)Note de bas de page b | 2,6 | 1,2 | 2,2 | 2,5 | 2,2 | |||||
Résistance aux antimicrobiensNote de bas de page c | n | % | n | % | n | % | n | % | n | % |
Clindamycine | 149 | 22,0 | 307 | 48,7 | 221 | 38,9 | 62 | 17,1 | 64 | 11,9 |
Moxifloxacine | 114 | 16,9 | 70 | 11,1 | 66 | 11,6 | 24 | 6,6 | 49 | 9,1 |
Rifampicine | 14 | 2,1 | 10 | 1,6 | 6 | 1,1 | 3 | 0,8 | 9 | 1,7 |
Métronidazole | 0 | 0,0 | 1 | 0,2 | 0 | 0,0 | 0 | 0,0 | 0 | 0,0 |
Nombre total d'isolats testésNote de bas de page d | 676 | s.o. | 631 | s.o. | 568 | s.o. | 363 | s.o. | 538 | s.o. |
|
Au niveau régional, les taux d'ICD-AS ont diminué dans toutes les régions, à l'exception de l'Est où les taux sont restés relativement stables. Pour l'ICD-AC, les taux de la région du Centre restent globalement les plus élevés entre 2017 et 2021 (intervalle : 1,39–1,66), suivie de la région Ouest et de la région Est. La mortalité globale attribuable à l'ICD est restée faible et a fluctué (intervalle : 1,2–2,6 décès pour 100 cas) de 2017 à 2021 (p = 0,801) (tableau S1.1).
La proportion d'isolats de C. difficile résistants à la moxifloxacine a diminué de 7,8 % entre 2017 (16,9 %, n = 114/676) et 2021 (9,1 %, n = 49/538) (tableau 2). Depuis 2017, la résistance à la moxifloxacine a diminué de manière significative parmi les isolats ICD-AS (8,7 %, p = 0,050), tandis qu'une diminution moins importante et non significative a été observée parmi les ICD-AC (3,9 %, p = 0,327) (tableau S1.2). Tous les isolats de C. difficile testés étaient sensibles à la vancomycine et à la tigécycline. Un seul cas de résistance au métronidazole a été identifié en 2018. Entre 2017 et 2021, la prévalence du ribotype 027 associé à NAP1 a diminué pour les AS et les ICD-AC (de 7,7 %, passant de 15,4 % à 7,7 %, et de 4,6 %, passant de 14,7 % à 11,0 %, respectivement) (tableau S1.3).
Infections du sang à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline
Entre 2017 et 2021, les taux globaux d'infection du sang à SARM ont augmenté de 35 % (0,84–1,13 infections pour 10 000 jours-patients), avec un pic observé en 2020 (1,16 infection pour 10 000 jours-patients) (tableau 3). Une augmentation continue et régulière (80 %, p = 0,05) a été observée de 2017 à 2021 dans les taux d'infection du sang à SARM-AC stratifiés par type de cas par rapport aux taux de SARM-AS, qui sont restés stables au fil du temps (intervalle : 0,43–0,50 infections pour 10 000 jours-patients) (tableau S2.1).
Données sur les infections du sang à SARM | Année | ||||||||||
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2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | |||||||
Nombre d'infections et taux d'incidence | |||||||||||
Nombre d'infections du sang à SARM | 606 | 767 | 888 | 873 | 855 | ||||||
Taux pour 1 000 admissions de patients | 0,61 | 0,78 | 0,85 | 0,86 | 0,84 | ||||||
Taux pour 10 000 jours-patients | 0,84 | 1,05 | 1,14 | 1,16 | 1,13 | ||||||
Nombre d'hôpitaux répondants | 65 | 62 | 69 | 81 | 78 | ||||||
Taux de mortalité, toutes causes confonduesNote de bas de page a | |||||||||||
Nombre de décès | 99 | 144 | 144 | 152 | 159 | ||||||
Taux de mortalité, toutes causes confondues, pour 100 cas | 16,4 | 18,8 | 16,2 | 17,4 | 18,6 | ||||||
Résistance aux antimicrobiensNote de bas de page b | n | % | n | % | n | % | n | % | n | % | |
Erythromycine | 455 | 80,7 | 527 | 75,6 | 602 | 75,6 | 501 | 72,2 | 440 | 68,1 | |
Ciprofloxacine | 432 | 76,6 | 503 | 72,2 | 560 | 70,4 | 454 | 65,4 | 414 | 64,1 | |
Clindamycine | 239 | 42,4 | 287 | 41,2 | 297 | 37,3 | 229 | 33,0 | 185 | 28,6 | |
Tétracycline | 35 | 6,2 | 49 | 7,0 | 62 | 7,8 | 46 | 6,6 | 51 | 7,9 | |
Triméthoprime/sulfaméthoxazole | 8 | 1,4 | 13 | 1,9 | 15 | 1,9 | 16 | 2,3 | 27 | 4,2 | |
Rifampicine | 9 | 1,6 | 6 | 0,9 | 7 | 0,9 | 6 | 0,9 | 8 | 1,2 | |
Tigécycline | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0,1 | 2 | 0,3 | |
Daptomycine | 5 | 0,9 | 0 | 0 | 3 | 0,4 | 5 | 0,7 | 5 | 0,8 | |
Nombre total d'isolats testésNote de bas de page c Note de bas de page d | 564 | s.o. | 697 | s.o. | 796 | s.o. | 694 | s.o. | 646 | s.o. | |
|
En 2021, les taux d'infection du sang à SARM-AS et à SARM-AC étaient les plus élevés dans l'Ouest du Canada (0,47 et 0,82 infection pour 10 000 jours-patients, respectivement) (tableau S2.1). Parmi les types d'hôpitaux, les taux d'infection du sang à SARM-AC et AS sont généralement restés les plus élevés dans les hôpitaux pour adultes et les hôpitaux mixtes. Depuis 2019, les taux d'infection du sang à SARM-AS stratifiés par taille d'hôpital étaient les plus élevés dans les hôpitaux de taille moyenne (201–499 lits) et de grande taille (plus de 500 lits), tandis que les taux d'infection du sang à SARM-AC étaient les plus élevés dans les hôpitaux de taille moyenne. Le taux de mortalité, toutes causes confondues, est resté relativement stable entre 2017 et 2021 (intervalle : 16,2 %–18,8 %) (tableau 3). En 2021, la mortalité toutes causes confondues par 30 jours était plus élevée chez les patients atteints de SARM-AS (24,8 %) que chez ceux atteints de SARM-AC (15,0 %).
La résistance à la clindamycine parmi les isolats de SARM a diminué de manière significative de 13,8 % entre 2017 (42,4 %, n = 239/564) et 2021 (28,6 %, n = 185/646) (p = 0,0143) (tableau 3). Depuis 2017, la proportion d'isolats de SARM résistants à l'érythromycine et à la ciprofloxacine a diminué, mais est resté élevée (68,1 % et 64,1 % en 2021, respectivement) par rapport aux autres antibiotiques testés. Entre 2017 et 2021, la non-sensibilité à la daptomycine a été détectée chez 18 isolats. Tous les isolats d'infection du sang à SARM soumis entre 2017 et 2021 étaient sensibles au linézolide et à la vancomycine.
En comparant les isolats de SARM-AS aux isolats de SARM-AC, la résistance à la clindamycine était systématiquement plus élevée parmi les isolats de SARM-AS chaque année, de 2017 (47,3 % C. 36,6 %) à 2021 (36,3 % C. 23,9 %) (tableau S2.2). Il n'y a pas eu d'autres différences notables dans les profils de résistance aux antibiotiques selon le type de cas de bactérie SARM.
Entre 2017 et 2021, la proportion des types de spa identifiés comme t002 (SARMC2) et le plus souvent associés à des infections à SARM contractées dans un établissement de santé a continué à diminuer, passant de 23,5 % de tous les isolats de SARM-AS en 2017 à 15,6 % en 2021. La proportion de types de spa identifiés comme t008 (SARMC10) et le plus souvent associés à des infections à SARM acquises dans la communauté a continué d'augmenter et représente la plus grande proportion d'isolats de SARM-AC de 2017 (45,3 %) à 2021 (48,9 %) (tableau S2.3).
Infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine
De 2017 à 2018, les taux d'infection du sang à ERV ont augmenté de 43 %, passant de 0,23 à 0,33 infection pour 10 000 jours-patients, tandis que les taux sont restés élevés, mais stables de 2018 à 2021 (intervalle : 0,30–0,33 infections pour 10 000 jours-patients) (tableau 4). Au niveau régional, les taux d'infection du sang à ERV étaient les plus élevés dans l'Ouest et le Centre du Canada (0,42 et 0,34 infection par 10 000 jours-patients en 2021, respectivement), peu d'infection du sang à ERV ayant été signalée dans l'Est du Canada (intervalle : 0–0,02 infections pour 10 000 jours-patients) (tableau S3.1). Stratifiés par type d'hôpital, les taux d'infection du sang à ERV sont restés les plus élevés dans les hôpitaux pour adultes de 2017 à 2021 (intervalle : 0,29–0,45 infections pour 10 000 jours-patients). De 2017 à 2021, les taux d'infection du sang à ERV dans les hôpitaux pédiatriques ont été faibles et aucun cas n'a été signalé en 2021. En 2021, les taux d'infection du sang à ERV étaient de 0,36 infection pour 10 000 jours-patients dans les hôpitaux de taille moyenne (201 à 499 lits) et de grande taille (plus de 500 lits), tandis que les taux dans les petits hôpitaux (1 à 200 lits) ont diminué depuis 2019 (0,35 à 0,14 infection pour 10 000 jours-patients).
Données sur les infections du sang à ERV | Année | |||||||||
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2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | ||||||
Données sur les infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine | ||||||||||
Nombre d'infections du sang à ERV | 154 | 242 | 241 | 223 | 246 | |||||
Taux pour 1 000 admissions de patients | 0,16 | 0,25 | 0,23 | 0,22 | 0,25 | |||||
Taux pour 10 000 jours-patients | 0,23 | 0,33 | 0,30 | 0,30 | 0,33 | |||||
Nombre d'hôpitaux répondants | 59 | 62 | 70 | 80 | 76 | |||||
Résistance antimicrobienne des isolats d'Enterococcus faecium | n | % | n | % | n | % | n | % | n | % |
Ampicilline | 115 | 100 | 180 | 100 | 173 | 100 | 130 | 98,5 | 142 | 99,3 |
Chloramphénicol | 11 | 9,6 | 4 | 2,2 | 30 | 17,3 | 28 | 21,2 | 48 | 33,6 |
Ciprofloxacine | 115 | 100 | 180 | 100 | 173 | 100 | 131 | 99,2 | 142 | 99,3 |
DaptomycineNote de bas de page a | 9 | 7,8 | 11 | 6,1 | 7 | 4,0 | 4 | 3,0 | 2 | 1,4 |
Erythromycine | 107 | 93,0 | 172 | 95,6 | 166 | 96,0 | 126 | 95,5 | 135 | 94,4 |
Résistance de haut niveau à la gentamicine | 44 | 38,3 | 76 | 42,2 | 57 | 32,9 | 35 | 26,5 | 26 | 18,2 |
Levofloxacine | 115 | 100 | 178 | 98,9 | 173 | 100 | 130 | 98,5 | 142 | 99,3 |
Linezolide | 0 | 0,0 | 2 | 1,1 | 3 | 1,7 | 1 | 0,8 | 1 | 0,7 |
Nitrofurantoïne | 51 | 44,3 | 54 | 30,0 | 66 | 38,2 | 54 | 40,9 | 112 | 78,3 |
Pénicilline | 115 | 100 | 180 | 100 | 173 | 100 | 131 | 99,2 | 142 | 99,3 |
Quinupristine/dalfopristine | 8 | 7,0 | 18 | 10,0 | 18 | 10,4 | 7 | 5,3 | 4 | 2,8 |
Rifampicine | 109 | 94,8 | 162 | 90,0 | 160 | 92,5 | 114 | 86,4 | 131 | 91,6 |
Résistance de haut niveau à la streptomycine | 39 | 33,9 | 60 | 33,3 | 42 | 24,3 | 29 | 22,0 | 39 | 27,3 |
Tétracycline | 65 | 56,5 | 107 | 59,4 | 119 | 68,8 | 88 | 66,7 | 114 | 79,7 |
Tigécycline | 0 | 0,0 | 1 | 0,6 | 0 | 0,0 | 0 | 0,0 | 0 | 0,0 |
Vancomycine | 110 | 95,7 | 175 | 97,2 | 170 | 98,3 | 128 | 97,0 | 138 | 96,5 |
Nombre total d'isolats testésNote de bas de page b | 115 | s.o. | 180 | s.o. | 173 | s.o. | 132 | s.o. | 143 | s.o. |
|
Les infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine étaient majoritairement AS, puisque 89,9 % (n = 994/1 106) des infections du sang à ERV déclarées entre 2017 et 2021 ont été acquises dans un établissement de soins de santé. La mortalité toutes causes confondues est restée élevée (32,6 %) de 2017 à 2021. Les taux d'incidence par région, par type d'hôpital et par taille d'hôpital sont présentés dans le tableau S3.2.
Entre 2017 et 2021, la résistance de haut niveau à la gentamicine parmi les isolats d'infection du sang à ERV (Enterococcus faecium) a diminué de 38,3 % à 18,2 % (p = 0,05) (tableau 4). La non-susceptibilité à la daptomycine, identifiée pour la première fois en 2016, est passée de 7,8 % (n = 9 isolats) en 2017 à 1,4 % (n = 2 isolats) en 2021 (p = 0,0143). Depuis 2017, la majorité (99,4 %) des isolats d'infection du sang à ERV ont été identifiés comme Enterococcus faecium; cependant, trois E. faecalis ont été identifiés en 2018 et un en 2020 (tableau S3.3). Parmi les isolats d'E. faecium, la proportion identifiée comme étant de type de séquence (ST)1478 était la plus élevée en 2018 (37,2 %, n = 67/180) et a diminué à 7,0 % (n = 10/143) en 2021 (p = 0,0415) (tableau S3.4). En outre, la proportion d'isolats ST17 a augmenté de manière significative entre 2017 (6,1 %, n = 7/115) et 2021 (53,8 %, n = 77/143) (p = 0,05) (tableau S3.4).
Entérobactéries productrices de carbapénémase
De 2017 à 2021, les taux d'infection par EPC sont restés faibles. Une légère augmentation a été observée entre 2017 et 2018 (0,03 à 0,06 infection pour 10 000 jours-patients, respectivement) et les taux sont restés stables de 2018 à 2021 (tableau 5).
Données sur l'EPC | Année | |||||||||||||
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2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | ||||||||||
Nombre d'infections et taux d'incidence | ||||||||||||||
Nombre d'infections à EPC | 20 | 36 | 50 | 41 | 55 | |||||||||
Taux d'infection pour 1 000 admissions de patients | 0,02 | 0,04 | 0,06 | 0,05 | 0,06 | |||||||||
Taux d'infection pour 1 000 jours-patients | 0,3 | 0,6 | 0,8 | 0,6 | 0,8 | |||||||||
Taux d'infection pour 10 000 jours-patients | 0,03 | 0,06 | 0,08 | 0,06 | 0,08 | |||||||||
Nombre d'hôpitaux répondants | 52 | 51 | 59 | 75 | 77 | |||||||||
Médicaments testés pour la résistance aux antimicrobiens | ||||||||||||||
AntibiotiquesNote de bas de page b Note de bas de page c | n | % | n | % | n | % | n | % | n | % | ||||
Pipéracilline-tazobactam | 159 | 85,0 | 210 | 92,1 | 237 | 90,8 | 230 | 93,9 | 262 | 92,3 | ||||
Ceftriaxone | 173 | 92,5 | 212 | 93,0 | 250 | 95,8 | 218 | 88,9 | 244 | 85,9 | ||||
Ceftazidime | 160 | 85,6 | 192 | 84,2 | 233 | 89,3 | 203 | 82,9 | 225 | 79,2 | ||||
Méropénem | 159 | 85,0 | 198 | 86,8 | 190 | 72,8 | 149 | 60,8 | 183 | 64,4 | ||||
Ciprofloxacine | 138 | 73,8 | 158 | 69,3 | 183 | 70,1 | 173 | 70,6 | 195 | 68,7 | ||||
Amikacine | 32 | 17,1 | 44 | 19,3 | 23 | 8,8 | 24 | 9,8 | 22 | 7,7 | ||||
Gentamicine | 64 | 34,2 | 80 | 35,1 | 86 | 33,0 | 76 | 31 | 78 | 27,5 | ||||
Tobramycine | 71 | 38,0 | 101 | 44,3 | 121 | 46,4 | 91 | 37,1 | 106 | 37,2 | ||||
Triméthoprime-sulfaméthoxazole | 113 | 60,4 | 143 | 62,7 | 193 | 73,9 | 184 | 75,1 | 204 | 71,8 | ||||
Tigécycline | 18 | 9,6 | 30 | 13,2 | 36 | 13,8 | 0 | 0 | 1 | 0,4 | ||||
Nombre total d'isolats testésNote de bas de page d | 187 | s.o. | 228 | s.o. | 261 | s.o. | 245 | s.o. | 284 | s.o. | ||||
Carbapénémases identifiées | ||||||||||||||
KPC | 86 | 46,0 | 122 | 53,0 | 127 | 48,5 | 98 | 40 | 133 | 46,8 | ||||
NDM | 53 | 28,3 | 59 | 25,7 | 74 | 28,2 | 80 | 32,7 | 74 | 26,1 | ||||
OXA-48 | 33 | 17,6 | 30 | 13,0 | 40 | 15,3 | 48 | 19,6 | 45 | 15,8 | ||||
PMENote de bas de page e | 2 | 1,1 | 4 | 1,7 | 1 | 0,4 | 2 | 0,8 | 1 | 0,4 | ||||
NDM/OXA-48 | 5 | 2,7 | 6 | 2,6 | 10 | 3,8 | 9 | 3,7 | 11 | 3,9 | ||||
GES | 1 | 0,5 | 1 | 0,4 | 2 | 0,8 | 0 | 0 | 1 | 0,4 | ||||
IMP | 0 | 0,0 | 3 | 1,3 | 1 | 0,4 | 1 | 0,4 | 1 | 0,4 | ||||
NMC | 4 | 2,1 | 2 | 0,9 | 4 | 1,5 | 7 | 2,9 | 15 | 5,3 | ||||
VIM | 3 | 1,6 | 3 | 1,3 | 3 | 1,1 | 0 | 0 | 1 | 0,4 | ||||
Autres | 0 | 0,0 | 0 | 0,0 | 0 | 0,0 | 0 | 0 | 2 | 0,7 | ||||
Nombre total d'isolats testésNote de bas de page f | 187 | s.o. | 230 | s.o. | 262 | s.o. | 245 | s.o. | 284 | s.o. | ||||
|
De 2017 à 2021, la majorité des infections à EPC (97,5 %) ont été identifiées dans le Centre (50,0 %, n = 101/202) et l'Ouest du Canada (47,0 %, n = 95/202), tandis que peu d'infections ont été identifiées dans l'Est (3,0 %, n = 6/202) (tableau S4). De 2017 à 2021, les grands hôpitaux (plus de 500 lits) ont généralement signalé les taux les plus élevés d'infections à EPC (0,05–0,12 infections pour 10 000 jours-patients). La mortalité en trente jours, toutes causes confondues, était de 19,7 % (n = 38/193). De 2017 à 2021, 28,9 % (n = 48/166) des patients infectés par EPC ont déclaré avoir voyagé à l'étranger et parmi eux, 91,5 % (n = 43/47) ont reçu des soins médicaux à l'étranger.
Entre 2017 et 2021, la prévalence de la résistance à l'amikacine et à la gentamicine parmi les isolats d'EPC a diminué de 9,4 % et de 6,7 %, respectivement, tandis que la résistance au triméthoprime-sulfaméthoxazole a augmenté de 11,4 % (tableau 5). Les carbapénémases prédominantes identifiées au Canada étaient la Klebsiella pneumoniae productrice de carbapénémase (KPC), la New Delhi métallo-bêta-lactamase (NDM) et la carbapénémase de type oxacillinase 48 (OXA-48), représentant 88,7 % des carbapénémases identifiées en 2021. Parmi les isolats soumis, la proportion d'agents pathogènes producteurs de carbapénémase identifiés comme Escherichia coli a diminué de 7,1 % depuis 2019; cependant, ils restent l'agent pathogène le plus fréquemment identifié de 2017 à 2021 (intervalle : 23,1 %–33,7 %) (tableau S5). De 2017 à 2021, les agents pathogènes producteurs de carbapénémases identifiés comme Klebsiella pneumoniae ont diminué de 7,7 %, tandis que le Citrobacter freundii a augmenté de 9 %.
Candida auris
Au total, 31 isolats (colonisations et infections) ont été signalés au LNM entre 2012 et 2021. Vingt-et-un cas ont été recensés dans l'Ouest du Canada, neuf dans le centre du pays et un dans l'est. Environ un tiers des isolats étaient résistants à l'amphotéricine B (38,7 %, n = 12/31) et deux tiers étaient résistants au fluconazole (58,1 %, n = 18/31). Un tiers des isolats étaient multirésistants (résistants à deux classes d'antifongiques) (38,7 %, n = 12/31). Sur les huit patients ayant fourni des informations sur leurs voyages, deux n'ont déclaré aucun voyage (25 %) et six ont déclaré des voyages internationaux (75 %). Sur les six patients ayant déclaré avoir voyagé, cinq avaient reçu des soins de santé à l'étranger (83 %). Sur les six patients ayant voyagé, quatre avaient un statut connu d'organisme producteur de carbapénèmase et trois étaient positifs.
Discussion
Les données de surveillance du PCSIN ont montré qu'entre 2017 et 2021, il y avait une tendance à la baisse des taux d'infection à ICD (pour tous les cas AS et AC) au Canada, mais que les taux de SARM et d'infection du sang à ERV ont augmenté de 35 % et 43 %, respectivement. Les taux d'infection par EPC ont augmenté, mais sont restés stables entre 2018 et 2021, et peu d'isolats de C. auris ont été identifiés entre 2012 et 2021. La pandémie de la COVID-19 a eu un effet variable sur les taux d'IASS au Canada et aux États-Unis Note de bas de page 13 Note de bas de page 17. La modélisation des taux d'IASS avant et pendant la pandémie de la COVID-19 a mis en évidence une augmentation immédiate des taux d'IASS à ICD, tandis que les taux d'infection du sang à SARM, d'ECP et d'infection du sang à ERV ont immédiatement diminué; toutefois, le statut de pandémie de la COVID-19 n'a pas été associé à des effets durables sur les tendances des taux mensuels de ces infections Note de bas de page 18. Des études ont suggéré des facteurs liés à la pandémie qui ont pu contribuer à l'évolution des taux observés d'infection AS, tels que les mesures de santé publique mises en œuvre à l'hôpital et dans la communauté, les déplacements et la mobilité de la population, les changements dans les pratiques de lutte contre les infections, le dépistage, les tests de laboratoire et la gestion des antimicrobiens Note de bas de page 14.
Les tendances à la baisse des taux d'ICD observées dans le réseau du PCSIN sont similaires à celles rapportées au niveau mondial; cependant, les taux ont été rapportés comme étant plus élevés en Amérique du Nord que dans d'autres régions Note de bas de page 19. La réduction globale des taux d'ICD au Canada suggère une amélioration des pratiques de prévention et de contrôle des infections et des initiatives d'amélioration de la qualité telles que le respect de l'hygiène des mains, le nettoyage de l'environnement, l'amélioration des techniques de diagnostic de laboratoire et la gestion des antibiotiques Note de bas de page 20 Note de bas de page 21. En 2020, lors de la pandémie de COVID-19, on a constaté une augmentation immédiate des taux d'ICD dans le réseau du PCSIN, contrairement aux États-Unis où les taux ont continué à diminuer Note de bas de page 17; toutefois, la pandémie de la COVID-19 n'a pas eu d'impact durable sur les tendances des taux d'ICD.
Au Canada, la prévalence du ribotype 027 a continué à diminuer entre 2017 et 2021, et a coïncidé avec une diminution de 7,8 % de la résistance à la moxifloxacine au cours de cette période. En outre, la résistance à la moxifloxacine est restée plus faible (9,1 % en 2021) que les données de résistance pondérées et regroupées précédemment publiées pour l'Amérique du Nord (44,0 %) et l'Asie (33,0 %) Note de bas de page 22 Note de bas de page 23. La baisse de la prévalence de RT027 entre 2017 et 2021 peut également avoir influencé la baisse des taux d'ICD dans les hôpitaux du PCSIN, car ce ribotype a été associé à une virulence accrue et à une résistance aux fluoroquinolones Note de bas de page 24.
De 2017 à 2021, les taux d'infection du sang à SARM ont continué à augmenter dans le réseau du PCSIN, et sont attribués à l'augmentation des cas AC. Les infections du sang à S. aureus résistant à la méthicilline sont associées à une morbidité et une mortalité accrues, à une durée d'hospitalisation plus longue et à une augmentation des coûts des soins de santé chez les patients admis Note de bas de page 25 Note de bas de page 26 Note de bas de page 27 Note de bas de page 28. La diminution de 13,8 % de la résistance à la clindamycine parmi les isolats d'infection du sang à SARM entre 2017 et 2021 a probablement été associée à la diminution de la proportion de spa de type t002 (type épidémique SARMC2) identifiée parmi les isolats testés Note de bas de page 29. Taux d'infection du sang à SARM observés dans le réseau du PCSIN de 2017 à 2020 (intervalle : 0,43–0,50 infections pour 10 000 jours-patients) étaient inférieures à celles rapportées dans les hôpitaux publics australiens (intervalle : 0,71–0,76 infections pour 10 000 jours-patients) Note de bas de page 30. Selon les données disponibles en 2017 et 2018, les taux d'infection du sang à SARM-AS étaient plus élevés aux États-Unis (0,52 infection pour 10 000 jours-patients) qu'au Canada (0,43–0,45 infection pour 10 000 jours-patients) Note de bas de page 31.
Le nombre croissant de patients identifiés comme porteurs de SARM-AC et admis à l'hôpital dans le réseau du PCSIN peut être associé à un réservoir croissant de SARM-AC, tant au Canada que dans le monde Note de bas de page 32 Note de bas de page 33. L'augmentation des taux d'infection du sang à SARM-AC suggère que les stratégies visant à réduire et à prévenir les infections à SARM dans la communauté, en particulier dans les populations présentant un risque accru de contracter des infections à SARM-AC (i.e. les enfants, les athlètes, les populations incarcérées, les personnes qui s'injectent des drogues), telles que le dépistage et l'éradication du portage de SARM, peuvent être efficaces pour réduire le fardeau des infections du sang à SARM dans leur ensemble Note de bas de page 34 Note de bas de page 35.
L'augmentation des taux d'infection du sang à ERV dans les hôpitaux canadiens de soins de courte durée est préoccupante, car la résistance à la vancomycine liée à cette infection s'est avérée être un facteur prédictif principal de mortalité et est associée à une charge hospitalière accrue Note de bas de page 36 Note de bas de page 37 Note de bas de page 38. L'augmentation des taux d'infection du sang à l'ERV observée dans le réseau du PCSIN peut être liée à des changements dans les politiques de contrôle des infections, notamment l'abandon des programmes de dépistage et d'isolement de l'ERV dans certains hôpitaux canadiens de soins de courte durée Note de bas de page 39. Le type de séquence ST17 a contribué à l'augmentation du nombre d'infections du sang à ERV dans les hôpitaux participant au PCSIN en devenant le clone prédominant, dépassant le ST1478. Le type de séquence ST17 est un clone d'ERV disséminé dans le monde entier et endémique dans de nombreux pays, mais observé précédemment en faible nombre au Canada Note de bas de page 40. Les changements dans les profils de résistance des infections du sang à ERV coïncident avec les changements dans la distribution des ST. Le type de séquence ST17 est associé à la résistance à la nitrofurantoïne et au chloramphénicol, et l'augmentation de la prévalence du ST17 correspond à la tendance à la hausse de la résistance détectée pour ces antimicrobiens, tandis que la résistance à la daptomycine et à la gentamicine de haut niveau, associée au ST1478, a diminué depuis 2017. Les tendances des infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine sont également influencées par le nombre de patients à haut risque admis à l'hôpital (e.g. greffes de moelle osseuse, greffes d'organes solides, patients cancéreux, etc.) Note de bas de page 41. Bien que l'on manque de données récentes sur les taux d'infection du sang à l'ERV dans des administrations comparables, des tendances à la hausse ont été observées en Europe Note de bas de page 42 Note de bas de page 43 Note de bas de page 44 Note de bas de page 45, qui peuvent être associées, en partie, à l'introduction et à la propagation d'un nouveau clone et à des lacunes dans les pratiques de prévention des infections Note de bas de page 44 Note de bas de page 45 Note de bas de page 46.
Les infections à Enterobacterales productrices de carbapénémases constituent une menace importante pour la santé publique en raison de leur résistance aux antimicrobiens de dernière ligne, ce qui limite les options thérapeutiques pour les patients souffrant d'une infection due à des agents pathogènes qui ont tendance à se propager rapidement dans les établissements de soins Note de bas de page 47 Note de bas de page 48 Note de bas de page 49 Note de bas de page 50 Note de bas de page 51. Alors que le nombre d'infections à EPC a augmenté de 2017 à 2021 dans le réseau du PCSIN, l'incidence est restée stable de 2018 à 2021. Les données sur l'incidence des infections à EPC dans d'autres pays, comme le Royaume-Uni, ont révélé une augmentation Note de bas de page 52 Note de bas de page 53. De même, le nombre d'isolats d'EPC identifiés dans le cadre de la surveillance en laboratoire et associés à des infections à EPC a augmenté en Suisse entre 2013 et 2018 Note de bas de page 54. La mise en œuvre stricte des mesures de contrôle des infections, y compris la recherche des antécédents de voyage des patients, est essentielle pour réduire la transmission de l'EPC dans les hôpitaux canadiens de soins de courte durée.
Candida auris est un fongique émergent multirésistant aux médicaments qui a été détecté dans de nombreux pays et continents, y compris au Canada, depuis sa première détection en 2009. Candida auris a été associé à des épidémies dans les établissements de santé de nombreux pays, dont le Canada et les États-Unis Note de bas de page 55 Note de bas de page 56 Note de bas de page 57 Note de bas de page 58, et peut provoquer des infections superficielles et invasives avec une mortalité allant de 30 à 60 % Note de bas de page 59. Bien qu'ils soient encore relativement rares au Canada, les États-Unis ont signalé près de 8 000 cas cliniques et de dépistage au cours d'une période récente d'un an Note de bas de page 60. Nous avons évalué la préparation au C. auris dans les hôpitaux du PCSIN en 2018 et avons constaté que la plupart des hôpitaux n'avaient pas encore mis en place de protocoles de laboratoire ou de politiques de prévention et de contrôle des infections pour détecter et contrôler le C. auris Note de bas de page 61. L'identification systématique du C. auris dans les laboratoires de microbiologie nécessite l'identification de Candida au niveau de l'espèce, ce qui n'est pas toujours de routine en raison des difficultés à trouver un équilibre entre le coût et la valeur ajoutée pour la prise de décision clinique. Les options thérapeutiques sont limitées pour les patients, car un tiers des isolats de C. auris identifiés au Canada étaient multirésistants et une résistance supplémentaire peut se développer au cours du traitement antifongique Note de bas de page 62. Par conséquent, l'identification rapide, le dépistage de la colonisation chez les patients à risque et la mise en œuvre stricte de mesures de prévention et de contrôle des infections sont nécessaires pour réduire la transmission de C. auris dans les établissements de santé canadiens. Il est important de continuer à signaler la présence de C. auris au Canada pour évaluer et surveiller le risque lié à ce pathogène, ainsi que pour identifier les tendances épidémiologiques et microbiologiques Note de bas de page 63.
Forces et limites
La principale force du PCSIN est la collecte de données épidémiologiques et de laboratoire normalisées et détaillées auprès de 88 hôpitaux sentinelles à travers le Canada, dans le but de fournir des tendances nationales en matière d'IASS et de RAM à des fins d'analyse comparative et d'informer les pratiques de prévention et de contrôle des infections en milieu hospitalier. Il est important de noter que les données de ce rapport incluent celles des premières années de la pandémie de la COVID-19. Par conséquent, les taux d'IASS et de RAM en 2020 et 2021 peuvent être influencés par des changements dans les mesures nationales, régionales et municipales de prévention et de contrôle des infections dans les hôpitaux.
Les données épidémiologiques recueillies par le PCSIN se limitent aux informations disponibles dans les dossiers des patients. La rotation du personnel hospitalier peut affecter l'application cohérente des définitions du PCSIN lors de l'examen des dossiers médicaux; toutefois, ces données ont été recueillies par du personnel expérimenté et formé à la prévention et au contrôle des infections, qui reçoit une formation périodique sur les méthodes et les définitions du PCSIN. En outre, des évaluations de la qualité des données ont été réalisées afin de la maintenir et de l'améliorer. Les efforts de recrutement ont permis d'augmenter la représentation et la couverture des lits de soins de courte durée canadiens dans le réseau du PCSIN de 32 % à 35 % entre 2017 et 2021, notamment parmi les communautés nordiques et rurales et les populations autochtones.
Prochaines étapes
Le recrutement d'hôpitaux de soins de courte durée canadiens dans le réseau du PCSIN dans les dix provinces et les trois territoires est un effort continu pour améliorer la qualité et la représentativité des données de surveillance des IASS au Canada. En outre, l'enquête améliorée sur les pratiques de dépistage des hôpitaux est menée chaque année pour mieux comprendre et contextualiser l'évolution des taux d'IASS dans le réseau du PCSIN. Afin d'améliorer la représentativité et la généralisation des taux de référence nationaux des IASS, le PCSIN et l'Association pour la microbiologie médicale et l'infectiologie Canada ont lancé un ensemble de données simplifié accessible par tous les hôpitaux de soins de courte durée du Canada pour collecter et visualiser les données annuelles sur les taux d'IASS. Ces dernières années, le PCSIN a mis en place une surveillance des pathogènes nouveaux et émergents, notamment le C. auris et la COVID-19. Des études sont en cours pour évaluer l'impact de la pandémie de la COVID-19 sur les taux d'IASS et la résistance aux antimicrobiens.
Conclusion
Les résultats de la surveillance d'un réseau sentinelle national d'hôpitaux de soins de courte durée canadiens indiquent que les taux d'infection du sang à SARM, d'infection du sang à ERV et d'infections à EPC ont augmenté entre 2017 et 2021, tandis que les taux d'ICD ont diminué. Peu de cas de C. auris ont été détectés au Canada entre 2012 et 2021. Une surveillance cohérente et normalisée des données épidémiologiques et de laboratoire sur les IASS est essentielle pour fournir aux praticiens hospitaliers des taux de référence et informer les politiques de prévention et de contrôle des infections et de gestion des antimicrobiens afin de réduire le fardeau des IASS et l'impact de la résistance aux antimicrobiens dans les hôpitaux de soins de courte durée au Canada.
Déclaration des auteurs
Les hôpitaux du Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales ont apporté leur expertise dans l'élaboration de protocoles ainsi que dans la collecte et la soumission de données épidémiologiques et d'isolats de laboratoire. Le Laboratoire national de microbiologie a effectué les analyses de laboratoire et a contribué à l'interprétation et à la révision de l'article. Des épidémiologistes de l'Agence de la santé publique du Canada ont été chargés de la conception, de l'analyse, de l'interprétation, de la rédaction et de la révision de l'article.
Intérêts concurrents
Aucun.
Remerciements
Nous remercions les médecins, les épidémiologistes, les spécialistes de la lutte contre les infections et le personnel de laboratoire de chaque hôpital participant pour leur contribution : Vancouver General Hospital (VGH), Vancouver, Colombie-Britannique (C.-B.); Richmond General Hospital, Richmond, C.-B.; UBC Hospital, Vancouver, C.-B.; Lion's Gate, North Vancouver, C.-B.; Powell River General Hospital, Powell River, C.-B.; Sechelt Hospital (anciennement St. Mary's), Sechelt, C.-B.; Squamish General Hospital, Squamish, C.-B.; Victoria General Hospital, Victoria, C.-B.; Royal Jubilee Hospital, Victoria, C.-B.; Nanaimo Regional General Hospital, Nanaimo, C.-B.; BC Women's Hospital, Vancouver, C.-B.; BC Children's Hospital, Vancouver, C.-B.; Kelowna General Hospital, Kelowna, C.-B.; Penticton Regional Hospital, Penticton, C.-B.; University Hospital of Northern BC, Prince George, C.-B.; Peter Lougheed Centre, Calgary, Alberta (Alb.); Rockyview General Hospital, Calgary, Alb.; South Health Campus, Calgary, Alb.; Foothills Medical Centre, Calgary, Alb.; Alberta Children's Hospital, Calgary, Alb.; University of Alberta Hospital, Edmonton, Alb.; Stollery Children's Hospital, Edmonton, Alb.; Royal University Hospital, Saskatoon, Saskatchewan (Saks.); Regina General Hospital, Regina, Saks.; Pasqua Hospital, Regina, Saks.; Moose Jaw Hospital, Saks.; St. Paul's Hospital, Saskatoon, Saks.; Health Sciences Centre-Winnipeg, Winnipeg, Manitoba (Man.); University of Manitoba Children's Hospital, Winnipeg, (Man.; Children's Hospital of Western Ontario, London, Ontario (Ont.); St. Michael's Hospital, Toronto, Ont.; Victoria Hospital, London, Ont.; University Hospital, London, Ont.; Toronto General Hospital, Toronto, Ont.; Toronto Western Hospital, Toronto, Ont.; Princess Margaret, Toronto, Ont.; Mount Sinai Hospital, Toronto, Ont.; Bridgepoint Active Healthcare, Toronto, Ont.; Sunnybrook Hospital, Toronto, Ont.; Kingston General Hospital, Kingston, Ont.; The Hospital for Sick Children, Toronto, Ont.; McMaster Children's Hospital, Hamilton, Ont.; St Joseph's Healthcare, Hamilton, Ont.; Jurvinski Hospital and Cancer Center, Hamilton, Ont.; Hamilton Health Sciences General Site, Hamilton, Ont.; The Ottawa Hospital Civic Campus, Ottawa, Ont.; The Ottawa Hospital General Campus, Ottawa, Ont.; University of Ottawa Heart Institute, Ottawa, Ont.; Children's Hospital of Eastern Ontario (CHEO), Ottawa, Ont.; North York General Hospital, Toronto, Ont.; Hôpital régional de Sudbury, Sudbury, Ont.; Hôpital Temiskaming, Temiskaming Shores, Ont.; SMBD - Hôpital général juif, Montréal, Québec (Qc); Hôpital général de Lachine, Lachine, Qc; Hôpital de Montréal pour enfants, Montréal, Qc; Hôpital Maisonneuve-Rosemont, Montréal, Qc; Hôtel-Dieu de Québec, Québec, Qc; Centre hospitalier de l'Université de Montréal, Montréal, Qc; Hôpital général de Montréal, Montréal, Qc; Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine, Montréal, Qc; Hôpital Royal Victoria, Montréal, Qc; Institut neurologique de Montréal, Montréal, Qc; Hôpital de Moncton, Moncton, Nouveau-Brunswick (N.-B.); Halifax Infirmary, Halifax, Nouvelle-Écosse (N.-É.); Victoria General, Halifax, N.-É.; Rehabilitation Centre, Halifax, N.-É.; Veterans Memorial Building, Halifax, N.-É.; Dartmouth General Hospital, Halifax, N.-É.; IWK Health Centre, Halifax, N.-É.; General Hospital & Miller Centre, St. John's, Terre-Neuve et Labrador (T.-N.-L.); Burin Peninsula Health Care Centre, Burin, T.-N.-L.; Carbonear General Hospital, Carbonear, T.-N.-L.; Dr. Cross Memorial Hospital, Clarenville, T.-N.-L.; Janeway Children's Hospital and Rehabilitation Centre, St. John's, T.-N.-L.; St. Clare's Mercy Hospital, St. John's, T.-N.-L.; Sir Thomas Roddick Hospital, Stephenville, T.-N.-L.; Western Memorial Regional Hospital, Corner Brook, T.-N.-L.; Central Newfoundland Regional Health Centre, Grand Falls-Windsor, T.-N.-L.; James Paton Memorial Hospital, Gander, T.-N.-L.; Dr. Jeon Kittiwake Health Centre, New-Wes-Valley, T.-N.-L.; Fogo Island Health Centre, Fogo, T.-N.-L.; Notre Dame Bay Memorial Health Centre, Twillingate, T.-N.-L.; Connaigre Peninsula Health Centre, Harbour Breton, T.-N.-L.; A.M. Guy Health Centre, Buchans, T.-N.-L.; Green Bay Health Centre, Springdale, T.N-L.; Baie Verte Peninsula Health Centre, Baie Verte, T.-N.-L.; Queen Elizabeth Hospital, Charlottetown, Île-du-Prince-Édouard (Î.-P.-É.); Prince County Hospital, Summerside, Î.-P.-É.; Qikiqtani General Hospital, Nunavut.
Nous remercions le personnel de l'Agence de la santé publique du Canada au Centre de la lutte contre les maladies transmissibles et les infections, Ottawa, Ont. (O. Varsaneux, L. Pelude, R. Mitchell, W. Rudnick, K. B. Choi, A. Silva, J. Cayen, C. McClellan, D. Lee, J. Bartoszko, N. Papayiannakis, M. Spagnuolo et J. Xu) et le Laboratoire national de microbiologie, Winnipeg, Man. (G. Golding, M. Mulvey, J. Campbell, T. Du, M. McCracken, L. Mataseje, A. Bharat, R. Edirmanasinghe, R. Hizon, S. Ahmed, K. Fakharuddin, D. Spreitzer et D. Boyd).
Financement
Ce travail a été soutenu par l'Agence de la santé publique du Canada.
Matériel supplémentaire
Ces documents peuvent être consultés dans le dossier Matériel supplémentaire.
Figure S1 : Nombre et proportion d'admissions de patients incluses dans le Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales, par type et taille d'hôpital, 2021
Tableau S1.1 : Cas et taux d'incidence des infections à Clostridioides difficile associées aux soins de santé et à la communauté selon la région, le type d'hôpital et la taille de l'hôpital, Canada, 2017 à 2021
Tableau S1.2 : Résistance aux antimicrobiens des isolats d'infections à Clostridioides difficile associées aux soins de santé et à la communauté, Canada, 2017 à 2021
Tableau S1.3 : Nombre et proportion des ribotypes communs des cas d'infection à Clostridioides difficile associée aux soins de santé et à la communauté, Canada, 2017 à 2021
Tableau S2.1 : Cas et taux d'incidence des infections du sang à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline associées aux soins de santé et à la communauté par région, type d'hôpital et taille de l'hôpital, 2017 à 2021
Tableau S2.2 : Résistance aux antimicrobiens des isolats d'infections du sang à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline associées aux soins de santé et à la communauté, Canada, 2017 à 2021
Tableau S2.3 : Nombre et proportion de certains types de spa identifiés de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (avec les types d'épidémies correspondants)
Tableau S3.1 : Taux d'incidence du nombre d'infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine par région, type d'hôpital et taille de l'hôpital, 2017 à 2021
Tableau S3.2 : Nombre d'infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine associées aux soins de santé et taux d'incidence par région, type d'hôpital et taille de l'hôpital, 2017 à 2021
Tableau S3.3 : Nombre et proportion de types d'isolats identifiés d'infections du sang à Enterococcus résistant à la vancomycine, 2017 à 2021
Tableau S3.4 : Répartition des types de séquences sanguines d'Enterococcus fæcium résistant à la vancomycine, 2017 à 2021
Tableau S4 : Nombre d'infections à Enterobacterales productrices de carbapénémase et taux d'incidence par région, type d'hôpital et taille de l'hôpital, 2017 à 2021
Tableau S5 : Nombre et proportion des principaux pathogènes identifiés producteurs de carbapénémases
Références
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Trepanier P, Mallard K, Meunier D, Pike R, Brown D, Ashby JP, Donaldson H, Awad-El-Kariem FM, Balakrishnan I, Cubbon M, Chadwick PR, Doughton M, Doughton R, Hardiman F, Harvey G, Horner C, Lee J, Lewis J, Loughrey A, Manuel R, Parsons H, Perry JD, Vanstone G, White G, Shetty N, Coia J, Wiuff C, Hopkins KL, Woodford N. Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in the UK: a national study (EuSCAPE-UK) on prevalence, incidence, laboratory detection methods and infection control measures. J Antimicrob Chemother 2017;72(2):596–603. https://doi.org/10.1093/jac/dkw414
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Appendice : Définitions de cas de surveillance et critères d'admissibilité, 2021
Infection à Clostridioides difficile
Un épisode « primaire » d'infection à Clostridioides difficile (ICD) est défini soit comme le premier épisode d'ICD à vie vécu par le patient, soit comme un nouvel épisode d'ICD survenant plus de huit semaines après le diagnostic d'un épisode précédent chez le même patient.
Un patient est identifié comme souffrant d'une ICD si :
- Le patient présente une diarrhée ou de la fièvre, des douleurs abdominales ou un iléus ET une confirmation en laboratoire d'un test de toxine positif ou d'une réaction en chaîne de la polymérase (PCR) positive pour C. difficile (sans preuve raisonnable d'une autre cause de diarrhée)
OU
- Le patient présente un diagnostic de pseudomembranes à la sigmoïdoscopie ou à la coloscopie (ou après colectomie) ou un diagnostic histologique/pathologique d'ICD
OU
- Un mégacôlon toxique est diagnostiqué chez le patient (uniquement chez les patients adultes)
La diarrhée est définie comme l'une des situations suivantes :
- Selles plus liquides/non formées au cours d'une période de 36 heures
OU
- Selles plus liquides/non formées au cours d'une période de 24 heures, ce qui est nouveau ou inhabituel pour le patient (uniquement chez les patients adultes)
Exclusion :
- Tous les patients âgés de moins d'un an
- Tout patient pédiatrique (âgé d'un an à moins de 18 ans) chez qui une autre cause de diarrhée a été trouvée (i.e. rotavirus, norovirus, lavement ou médicament, etc.) est exclu, même si le résultat du test de diagnostic de C. difficile est positif
Classification des cas d'ICD :
Une fois qu'un patient a été identifié avec une ICD, l'infection sera classée en fonction des critères suivants et du meilleur jugement clinique du professionnel de la santé ou de la prévention et du contrôle des infections.
Définition des cas d'ICD associés aux soins de santé (contractés dans votre établissement) :
- En rapport avec l'hospitalisation en cours :
- Les symptômes de l'ICD se manifestent dans votre établissement de santé trois jours ou plus (ou 72 heures ou plus) après l'admission
- En rapport avec une hospitalisation antérieure :
- Malade hospitalisé : les symptômes d'ICD surviennent moins de trois jours après l'admission actuelle (ou moins de 72 heures) ET le patient a déjà été hospitalisé dans votre établissement de santé et a reçu un congé au cours des quatre semaines précédentes
- Patient externe : le patient présente des symptômes d'ICD aux urgences ou en consultation externe ET le patient a déjà été hospitalisé dans votre établissement de santé et a reçu son congé de l'hôpital au cours des quatre semaines précédentes
- Liées à une exposition antérieure à des soins de santé dans votre établissement :
- Malade hospitalisé : les symptômes d'ICD surviennent moins de trois jours après l'admission actuelle (ou moins de 72 heures) ET le patient a déjà été exposé à des soins de santé dans votre établissement au cours des quatre semaines précédentes
- Patient externe : le patient présente des symptômes d'ICD aux urgences ou dans un centre de soins ambulatoires ET le patient a déjà été exposé à des soins de santé dans votre établissement au cours des quatre semaines précédentes
Définition des cas d'ICD associés aux soins de santé (contractés dans un autre établissement de soins de santé) :
- En rapport avec une hospitalisation antérieure dans un autre établissement de soins de santé :
- Malade hospitalisé : les symptômes d'ICD du patient surviennent moins de trois jours après l'admission actuelle (ou moins de 72 heures) ET le patient est connu pour avoir été précédemment hospitalisé dans un autre établissement de soins de santé et a reçu un congé/été transféré au cours des quatre semaines précédentes
- Patient externe : le patient présente des symptômes d'ICD à vos urgences ou à votre centre externe ET le patient est connu pour avoir été précédemment hospitalisé dans un autre établissement de santé et avoir reçu un congé/été transféré au cours des quatre semaines précédentes
- Liée à une exposition antérieure à des soins de santé dans un autre établissement de santé
- Malade hospitalisé : les symptômes d'ICD surviennent moins de trois jours après l'admission actuelle (ou moins de 72 heures) ET le patient est connu pour avoir déjà été exposé à des soins de santé dans un autre établissement de santé au cours des quatre semaines précédentes
- Patient externe : le patient présente des symptômes d'ICD aux urgences ou dans un établissement de soins ambulatoires ET le patient est connu pour avoir déjà été exposé à des soins de santé dans un autre établissement de soins de santé au cours des quatre semaines précédentes
ICD associées aux soins de santé, mais impossible de déterminer l'établissement concerné :
Le patient atteint d'une ICD répond aux deux définitions de AS (contractée dans votre établissement) et de AS (contractée dans un autre établissement de santé), mais vous n'êtes pas en mesure de déterminer l'établissement auquel le cas est principalement imputable.
Définition des cas d'ICD associé à la communauté :
- Malade hospitalisé : les symptômes d'ICD surviennent moins de trois jours (ou moins de 72 heures) après l'admission, sans antécédents d'hospitalisation ou d'exposition à d'autres soins de santé au cours des 12 semaines précédentes
- Patient externe : le patient présente des symptômes d'ICD à vos urgences ou à votre centre de soins ambulatoires, sans antécédents d'hospitalisation ou d'exposition à d'autres soins de santé au cours des 12 semaines précédentes
Définition d'un cas d'ICD indéterminé :
Le patient atteint d'une ICD ne répond à AUCUNE des définitions énumérées ci-dessus pour l'ICD associée aux soins de santé ou à la communauté. Les symptômes sont apparus plus de quatre semaines, mais moins de douze semaines après la sortie du patient d'un établissement de soins ou après toute autre exposition à des soins de santé.
Infection à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM)
Définition des cas d'infections du sang à SARM :
- Isolement de Staphylococcus aureus dans le sang
ET
- Le patient doit être admis à l'hôpital
ET
- Est une « infection à S. aureus nouvellement identifiée » dans un hôpital du Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales (PCSIN) au moment de l'admission à l'hôpital ou identifiée au cours de l'hospitalisation
Critères d'inclusion des infections :
- Staphylococcus aureus sensible à la méthicilline (SASM) ou infection du sang à SARM identifiée pour la première fois au cours de l'hospitalisation actuelle
- SASM ou infection du sang à SARM qui ont déjà été identifiées sur votre site ou sur un autre site du PCSIN, mais qui sont de nouvelles infections
Critères pour déterminer la NOUVELLE infection du sang à SASM ou SARM :
- Une fois que le patient a été identifié avec une infection du sang à SASM ou SARM, il sera classé comme nouveau SASM ou SARM s'il remplit les critères suivants : plus de 14 jours depuis une infection du sang à SASM ou SARM précédemment traitée et, de l'avis des médecins et praticiens chargés de la lutte contre les infections, il s'agit d'une nouvelle infection
Critères d'exclusion des infections :
- Urgences, cliniques ou autres cas externes qui ne sont PAS admis à l'hôpital
Définition des cas associés aux soins de santé (AS) :
L'expression « associée aux soins de santé » est définie comme un malade hospitalisé répondant aux critères suivants et conformément au meilleur jugement clinique du professionnel de la santé ou du praticien chargé de la prévention et du contrôle des infections :
- Le patient se trouve au troisième jour civil de son hospitalisation ou au-delà (le premier jour civil est le jour de l'admission à l'hôpital)
OU
- A été hospitalisé dans votre établissement au cours des 7 derniers jours ou jusqu'à 90 jours selon la source de l'infection
OU
- A eu une exposition à des soins de santé dans votre établissement qui aurait pu entraîner cette bactériémie (en se basant sur le meilleur jugement clinique)
OU
- Tout patient atteint d'une bactériémie qui n'a pas été contractée dans votre établissement et dont on pense qu'elle est associée à une autre exposition à des soins de santé (e.g. un autre établissement de soins de courte durée, un établissement de soins de longue durée, un établissement de réadaptation, une clinique ou une exposition à un dispositif médical)
Définition des cas d'infections associées aux soins de santé (AS) (nouveau-nés) :
- Le nouveau-né se trouve au troisième jour civil de son hospitalisation ou au-delà (le premier jour civil est le jour de l'admission à l'hôpital)
- La mère n'était PAS connue pour être porteuse de SARM au moment de l'admission et il n'y a pas de raison épidémiologique de suspecter que la mère ait été colonisée avant l'admission, même si le nouveau-né est âgé de moins de 48 heures
- Dans le cas d'un nouveau-né transféré d'un autre établissement, une infection à SASM ou à SARM peut être classée comme SS de votre établissement de soins courte durée si la présence de l'organisme n'était PAS connue et qu'il n'y a pas de raison épidémiologique de suspecter que l'acquisition a eu lieu avant le transfert
Définition des cas associés à la communauté :
- Pas d'exposition aux soins de santé qui aurait pu entraîner cette infection du sang (selon le meilleur jugement clinique) et ne répond pas aux critères d'une infection du sang associée aux soins de santé
Infection à Enterococcus résistant à la vancomycine (ERV)
Définition des cas d'infection du sang à ERV :
- Isolement d'Enterococcus faecalis ou faecium dans le sang
ET
- Concentration minimale inhibitrice de vancomycine d'au moins 8 µg/ml
ET
- Le patient doit être admis à l'hôpital
ET
- Il s'agit d'une bactérie à ERV « nouvellement » identifiée dans un établissement du PCSIN au moment de l'admission à l'hôpital ou identifiée au cours de l'hospitalisation
Une bactérie à ERV nouvellement identifiée est définie comme un isolat sanguin positif à ERV plus de 14 jours après la fin du traitement d'une infection antérieure et considéré comme n'étant pas lié à l'infection antérieure, selon le meilleur jugement clinique des médecins et praticiens du contrôle des infections.
Critères d'exclusion :
- Cas des services d'urgence, clinique ou d'autres cas externes qui ne sont pas admis à l'hôpital
Définition des cas associés aux soins de santé (AS) :
L'expression « associée aux soins de santé » est définie comme un malade hospitalisé répondant aux critères suivants et conformément au meilleur jugement clinique du professionnel de la santé ou du praticien chargé de la prévention et du contrôle des infections :
- Le patient se trouve au troisième jour civil de son hospitalisation ou au-delà (le premier jour civil est le jour de l'admission à l'hôpital)
OU
- A été hospitalisé dans votre établissement au cours des 7 derniers jours ou jusqu'à 90 jours selon la source de l'infection
OU
- A eu une exposition à des soins de santé dans votre établissement qui aurait pu entraîner cette bactériémie (en se basant sur le meilleur jugement clinique)
OU
- Tout patient atteint d'une bactériémie qui n'a pas été contractée dans votre établissement et dont on pense qu'elle est associée à une autre exposition à des soins de santé (e.g. un autre établissement de soins de courte durée, un établissement de soins de longue durée, un établissement de réadaptation, une clinique ou une exposition à un dispositif médical)
Infection à Enterobacterales productrices de carbapénémase (EPC)
Admissibilité des cas :
- Le patient est admis dans un hôpital du PCSIN ou se présente aux urgences d'un hôpital du PCSIN ou d'une clinique externe du PCSIN
- Confirmation en laboratoire de la résistance aux carbapénèmes ou de la production de carbapénémase chez les Enterobacterales spp.
Après les tests moléculaires, seuls les isolats dont il est établi qu'ils contiennent une carbapénémase sont inclus dans la surveillance. Si plusieurs isolats sont soumis pour le même patient au cours de la même année de surveillance, seul l'isolat provenant du site le plus invasif est inclus dans les résultats épidémiologiques (e.g. les taux et les données sur les résultats). Cependant, les résultats des antibiogrammes représentent tous les isolats d'EPC (y compris les isolats cliniques et de dépistage provenant de patients hospitalisés et ambulatoires) soumis entre 2016 et 2020; les doublons (i.e. les isolats provenant d'un même patient où l'organisme et la carbapénémase étaient les mêmes) ont été exclus.
Candida auris
Patients admis dans un hôpital participant ou se présentant au service des urgences d'un hôpital ou à une clinique externe de l'hôpital avec une confirmation en laboratoire de C. auris à partir de n'importe quel échantillon.
Sont inclus dans ce projet de surveillance tous les échantillons cliniques ou de dépistage qui se sont révélés positifs pour C. auris, quelle que soit la méthode utilisée. Actuellement, C. auris peut être identifié par séquençage de l'ARNr, Vitek SM MALDI-TOF (avec la base de données cliniques v3.2 ou ultérieure ou la base de données RUO), ou Bruker MALDI-TOF (avec la base de données cliniques v6903 ou ultérieure ou la base de données RUO). Le projet comprend également des erreurs d'identification potentielles de C. auris ou l'absence d'identification, comme indiqué dans le tableau A1 ci-dessous.
Méthode d'identification | Identification des isolats suspects |
---|---|
Vitek SM MALDI Base de données cliniques antérieure à la version 3.2 |
C. haemulonii Pas d'identification/faible discrimination C. rugosa (pas de problème pour les versions 3.0 et ultérieures) C. pulcherrima (pas de problème pour les versions 3.0 et ultérieures) |
Bruker MALDI Base de données cliniques antérieure à v6903 |
Pas d'identification |
Vitek 2 version 8.01 | C. haemulonii C. duobushaemulonii Pas d'identification/faible discrimination |
Vitek 2 version antérieure à 8,01 | C. haemulonii C. duobushaemulonii C. lusitaniae C. famata Pas d'identification/faible discrimination |
API 20C AUX | Rhodotorula glutinis (absence de la couleur rouge caractéristique) C. saké Pas d'identification/faible discrimination |
API Candida | C. famata |
Système d'identification des levures BD Phoenix | C. haemulonii C. catenulata Pas d'identification |
|
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