Bulletin des agents pathogènes des voies respiratoires émergents: Numéro 50, février 2021

Analyse de la situation mensuelle des maladies des voies respiratoires émergentes affectant les humains (à partir du 28 février 2021)

Dans ce bulletin

• Mise à jour sur la COVID-19
• Mises à jour sur les virus grippaux aviaires
• Mises à jour sur les virus grippaux d'origine porcine
• Mise à jour sur le Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (SRMO-CoV)

Mise à jour sur la COVID-19

Le 31 décembre 2019, des cas de pneumonie d'une étiologie inconnue ont été signalés à Wuhan, en Chine. Ces cas ont depuis été déterminés comme étant dus à un nouveau coronavirus appelé coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), qui provoque la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Le 30 janvier 2020, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré pour la première fois une urgence de santé publique de portée internationale. Le 11 mars 2020, l'OMS a qualifié l'épidémie de pandémie mondiale. Le Directeur général de l'OMS a convoqué le Comité d'urgence (CE) du Règlement sanitaire international (RSI) sur la COVID-19 cinq fois en 2020, et une sixième fois le 14 janvier 2021, et celui-ci a déterminé à chaque fois que la COVID-19 constituait une urgence de santé publique de portée internationale.

En date du 26 février 2021, 861 472 cas de COVID-2019 avaient été signalés au Canada dont 21 915 décès.L'Agence de la santé publique du Canada surveille de près la situation

Mises à jour sur les virus grippaux aviaires

Grippe aviaire A(H5N8)

Le 18 février 2021, la Russie a informé l'OMS d'un groupe de sept cas de grippe aviaire A (H5N8) détectés à Astrakhan, dans le sud de la Russie. Ces cas se sont déclarés dans le cadre des opérations d'intervention en cas d'éclosion et de désinfection dans une ferme avicole, après une éclosion de H5N8 signalée en décembre 2020. Avant la publication de ce rapport, aucun cas humain n'avait été signalé dans le monde, ce qui en fait les premiers cas humains de H5N8. Les cas étaient asymptomatiques, ils s'en sont tous remis, et on a signalé qu'il n'y avait aucun signe de transmission entre humains. Une séquence virale complète isolée à partir d'un écouvillon prélevé dans l'un des cas a été déposée auprès de l'Initiative mondiale de partage des données sur la grippe aviaire (GISAID). La nomenclature actuelle désigne cet isolat A/Astrakhan/3212/2020 (H5N8).

Grippe aviaire A(H5N6)

La Chine a avisé l'OMS de deux cas humains distincts de grippe aviaire A (H5N6) le 24 janvier 2021. Le premier cas était celui d'une enfant de trois ans de la province de Guizhou qui avait été exposée à de la volaille avant la survenue de la maladie le 21 novembre 2020. Elle a été hospitalisée pour une maladie grave le 28 novembre 2020 et est décédée le 22 décembre 2020. Le deuxième cas est celui d'une enfant d'un an de la province d'Anhui. Elle a également été exposée à de la volaille avant la survenue de la maladie le 22 décembre 2020. Toutefois, le deuxième cas présentait une maladie bénigne. Ces deux cas représentent les deuxième et troisième infections humaines associées à la grippe aviaire A (H5N6) signalées à l'OMS en 2021. Il s'agit du premier cas de H5N6 signalé en 2021. Vingt-neuf cas de H5N6 ont été signalés dans le monde.

Grippe aviaire A(H9N2)

La Chine a signalé trois cas de H9N2 distincts à l'OMS en février 2021. Le premier cas, celui d'une enfant de cinq ans de la province d'Anhui, a été signalé le 17 janvier 2021 pour des symptômes bénins. Le deuxième cas, une enfant d'un an de la province du Sichuan, a été exposée à de la volaille de basse-cour avant de présenter des symptômes le 30 novembre 2020. Le troisième cas, celui d'une enfant de deux ans de la province de Jiangxi, a également présenté une maladie bénigne dont la date de survenue est le 18 janvier 2021. Les trois cas se sont depuis rétablis. À l'échelle mondiale, 71 cas humains de H9N2 ont été signalés à l'OMS depuis 1998, dont cinq au cours des deux premiers mois de 2021.

Mises à jour sur les virus grippaux d'origine porcine

Grippe A(H3N2)v d'origine porcine

Le cas le plus récent de grippe d'origine porcine à virus A(H3N2)v a été signalé en janvier 2021 aux États-Unis. Incluant ce cas en 2021, 437 cas, y compris un décès, ont été signalés à l'échelle mondiale depuis 2011. Un cas local d'infection par le virus H3N2v a été signalé en Ontario, Canada en décembre 2016.

Grippe A(H1N2)v d'origine porcine

Le cas le plus récent de grippe d'origine porcine à virus A(H1N2)v a été signalé en décembre 2020 au Brésil. En tout, 28 cas, notamment un en Alberta, au Canada, en octobre 2020, ont été signalés à l'échelle mondiale depuis 2005.

Grippe A(H1N1)v d'origine porcine

Les cas les plus récents de grippe d'origine porcine à virus A(H1N1) ont été signalés en décembre 2020 : deux aux Pays-Bas et un en Chine. Vingt-neuf cas de grippe A(H1N1)v ont été signalés à l'échelle mondiale, avec aucun décès signalé jusqu'ici.

De plus, le 4 février 2021, l'OMS a été informée qu'un virus réassorti de la grippe d'origine porcine A(H1N1) (A/Denmark/1/2021) avait été détecté chez un citoyen du Danemark dans le cadre d'une surveillance de routine. Le Statens Serum Institut (SSI) a indiqué que ce cas était isolé et qu'il n'y avait aucun signe de propagation. Le cas, une femme de 73 ans, s'est présenté à l'hôpital avec des symptômes respiratoires qui ont commencé le 19 janvier 2021. Elle a été admise à l'hôpital du 20 au 26 janvier 2021 et a reçu son congé pour retourner chez elle par la suite. Même si le cas vit à la campagne à moins de 400 mètres d'une ferme porcine, elle n'a signalé aucun contact avec des porcs avant la survenue de la maladie et la source d'infection n'a pas encore été identifiée. Le cas présente des problèmes sous-jacents. Les résultats du séquençage du virus indiquent que tous les gènes (à l'exception de NS) ont été dérivés du virus de la grippe A, sous-type H1N1pdm09, le gène de NS ressemblant le plus aux virus de la grippe aviaire A(H1N1) et A(H1N2) chez le porc (H1 clade 1C.2). La séquence virale a été téléchargée dans GISAID et on a déclaré que d'autres analyses sont en cours.

Ces cas sont distincts des infections au virus A(H1N1)pdm09 à l'origine de la pandémie de 2009.

Figure 1 - Équivalent du texte

La répartition spatiale des cas humains des grippes aviaires et porcines en février 2021 est présentée dans la Figure 1.

Remarque :Cette carte a été préparée par le Centre de l'immunisation et des maladies respiratoires infectieuses (CIMRI) à partir des données des Bulletins sur les flambées épidémiques. Il reflète les données disponibles le 28 février 2021.

Mise à jour sur le Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (SRMO-CoV)

Six nouveaux cas de SRMO-CoV, dont trois décès, ont été signalés en 2021, cinq en Arabie saoudite et un aux Émirats arabes unis (EAU) (figure 2). Tous les cas étaient de sexe masculin. Parmi les cas d'Arabie saoudite, 3/5 (60 %) ont signalé un contact avec un chameau avant la survenue de la maladie et l'âge médian était de 63 ans (fourchette de 46 à 84 ans). Trois de ces cas (60 %) se sont soldés par un décès. Des cas ont été signalés dans les régions de La Mecque, de Jeddah, de Riyad et d'Alahsa. Les EAU ont signalé un cas le 2 février 2021. Il s'agit d'un homme de 39 ans propriétaire d'une ferme chamelle qui a présenté des symptômes le 18 janvier 2021. Après de multiples visites dans un hôpital privé et une diminution de ses symptômes, il a été admis dans un hôpital privé le 26 janvier 2021 et transféré dans un hôpital gouvernemental le 28 janvier 2021, après quoi il a obtenu un résultat positif au test de dépistage du SRMO-CoV. Au moment de la publication du rapport, il était dans un état stable. Au total, 2563 cas de SRMO-CoV confirmés en laboratoire, dont 875 décès, ont été signalés dans le monde depuis 2012 par l'OMS. Aucun cas n'a été signalé au Canada.

Remarque : Ce graphique a été préparé par le Centre de l'immunisation et des maladies respiratoires infectieuses (CIMRI) à partir des données des Bulletins sur les flambées épidémiques de l'OMS et du ministère de la Santé de l'Arabie saoudite. Il reflète les données disponibles le 28 février 2021.

Figure 2 - Équivalent du texte

La distribution temporelle de SRMO-CoV à l'échelle mondiale, du 1e janvier 2018 au 28 février 2021, est présentée sur la Figure 2.

Répartition temporelle des cas humains de SRMO-CoV déclarés par l'OMS à l'échelle mondiale, par mois et par année, du 1e janvier 2018 au 28 février 2021 (n=408).

Day		Cas	Décès
2018	Janv	17	11
	Févr	14	2
	Mars	17	4
	Avr	8	5
	Mai	13	2
	Juin	10	1
	Juil	7	3
	Août	6	2
	Sept	14	6
	Oct	9	2
	Nov	7	1
	Déc	5	0
2019	Janv	19	5
	Févr	76	14
	Mars	29	3
	Avr	22	7
	Mai	14	4
	Juin	7	1
	Juil	9	4
	Août	6	1
	Sept	4	1
	Oct	14	6
	Nov	15	2
	Déc	4	2
2020	Janv	17	2
	Févr	19	3
	Mars	15	5
	Avr	2	0
	Mai	1	1
	Juin	0	0
	Juil	0	0
	Août	0	0
	Sept	0	0
	Oct	0	0
	Nov	1	0
	Déc	3	0
2021	Janv	0	0
	Févr	6	3