Variants du SRAS-CoV-2 : Définitions, classifications et mesures de santé publique nationales

Dernière mise à jour : Le 26 août 2021

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Préambule

L'Agence de la santé publique du Canada, en collaboration avec les autorités de santé publique provinciales et territoriales, a créé le groupe de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 afin de surveiller et d'évaluer l'incidence des variants du SRAS-CoV-2 sur la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins, des traitements et des diagnostics. Le groupe de surveillance a élaboré des projets nationaux de définitions, de classifications et de mesures de santé publique pour les variants d'intérêt et les variants préoccupants du SRAS-CoV-2.

Variant d'intérêt

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant d'intérêt s'il :

possède un génome présentant des mutations associées à des modifications de l'épidémiologie, de l'antigénicité ou de la virulence, ou des modifications susceptibles d'avoir un effet négatif sur les diagnostics, les vaccins, les traitements ou les mesures de santé publique disponibles;

et

est connu pour être à l'origine de la transmission dans la communauté, de plusieurs cas ou de concentration de cas de COVID-19 au Canada ou a été détecté dans plusieurs pays;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant d'intérêt, les mesures peuvent être les suivantes :

Tableau 1. Variants d'intérêt. Mis à jour le 5 août 2021
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désignation
Epsilon B.1.427
B.1.429

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Preuve d'une neutralisation modérée par certains traitements par anticorps monoclonaux Note de bas de page 2

14 mai 2021
Zêta P.2

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Êta B.1.525

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Thêta P.3

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Iota B.1.526
B.1.526.1

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Kappa B.1.617.1

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Données préliminaires indiquant un effet sur la neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 3, Note de bas de page 4

20 juillet 2021
Lambda C.37 Données préliminaires indiquant une réduction modérée de la neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 5 20 juillet 2021
s/o A.23.1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
s/o B.1.1.318

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
s/o B.1.617.3 Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux
Réduction prévue de la neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination
20 juillet 2021
s/o B.1.621
B.1.621.1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

5 août 2021

Variant préoccupant

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant préoccupant si, par une évaluation comparative, il a été démontré qu'il est associé à un ou plusieurs des éléments suivants :

ou

Il est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par l'OMS;

ou

Il est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant préoccupant, les mesures peuvent être les suivantes :

Tableau 2. Variants préoccupants. Mis à jour le 5 août 2021
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désignation
Alpha B.1.1.7

Preuve d'une transmission accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 6, Note de bas de page 7

Preuve d'une neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 8, Note de bas de page 9, Note de bas de page 10

14 mai 2021
Bêta B.1.351
B.1.351.1
B.1.351.2
B.1.351.3
B.1.351.4
Preuve d'une transmission accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Footnote 11
Preuve d'un effet sur la neutralisation par des anticorps polyclonaux Note de bas de page 2
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 12,Note de bas de page 8, Note de bas de page 13
14 mai 2021
Gamma P.1
P.1.1
P.1.2

Preuve d'une transmission accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 14, Note de bas de page 15

Preuve d'un effet sur la neutralisation par des anticorps polyclonaux Note de bas de page 2
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 16

14 mai 2021
Delta

B.1.617.2
AY.1
AY.2
AY.3
AY.3.1

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 17, Note de bas de page 18

Preuve d'un effet sur la neutralisation par des anticorps polyclonaux Note de bas de page 3, Note de bas de page 4
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 8, Note de bas de page 9

20 juillet 2021

Références

Note de bas de page 1

Campbell, F et al. (2021) Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021. Eurosurveillance doi: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509

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Note de bas de page 2

US FDA (2021) U. S. Fact sheet for health care providers emergency use authorization (Eua) of bamlanivimab and etesevimab. https://www.fda.gov/media/145802/download

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Note de bas de page 3

Hoffmann, M. et al. (2021) SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442663

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Note de bas de page 4

Liu, C. et al. (2021) Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell, doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.020

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Note de bas de page 5

Tada, T. et al. (2021) SARS-CoV-2 Lambda Variant Remains Susceptible to Neutralization by mRNA Vaccine-elicited Antibodies and Convalescent Serum. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.02.450959

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Note de bas de page 6

Davies, N. G. et al. (2021) Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7. Nature doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03426-1

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Note de bas de page 7

Challen, R. et al. (2021) Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJdoi: http://doi.org/10.1136/bmj.n579

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Note de bas de page 8

Nasreen, S. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against variants of concern, Canada. medRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.06.28.21259420

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Note de bas de page 9

Bernal, J. L. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. medRxiv, doi: https://doi.org/2021.05.22.21257658

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Note de bas de page 10

Cele, S. et al. (2021) Escape of SARS-CoV-2 501Y.V2 from neutralization by convalescent plasma. Nature, doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03471-w

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Note de bas de page 11

Jassat, W. et al. (2021) Increased mortality among individuals hospitalised with COVID-19 during the second wave in South Africa. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.09.21253184

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Note de bas de page 12

Madhi, S. A. et al. (2021)Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant. N. Engl. J. Med. doi: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2102214

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Note de bas de page 13

Lustig, Y. et al. (2021) Neutralizing Response against Variants after SARS-CoV-2 Infection and One Dose of BNT162b2. N. Engl. J. Med., doi: https://doi.org/10.1056/NEJMc2104036

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Note de bas de page 14

Funk, T. et al. (2021) Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021. Eurosurveillance, doi:https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.16.2100348

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Note de bas de page 15

Freitas, A. R. R. et al. (2021) The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.13.21255281

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Note de bas de page 16

Wang, P. et al. (2021) Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization. CSHL, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.01.433466

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Note de bas de page 17

Sheikh, A. et al. (2021) SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness. Lancet, doi :https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)01358-1

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Note de bas de page 18

Ong, S. W. X., et al. (2021). Clinical and Virological Features of SARS-CoV-2 Variants of Concern: A Retrospective Cohort Study Comparing B.1.1.7 (Alpha), B.1.315 (Beta), and B.1.617.2 (Delta). SSRN, doi: https://doi.org/10.2139/ssrn.3861566

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