Variants du SRAS-CoV-2 : Définitions, classifications et mesures de santé publique nationales

Dernière mise à jour : Le 21 juillet 2021

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Préambule

L'Agence de la santé publique du Canada, en collaboration avec les autorités de santé publique provinciales et territoriales, a créé le groupe de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 afin de surveiller et d'évaluer l'incidence des variants du SRAS-CoV-2 sur la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins, des traitements et des diagnostics. Le groupe de surveillance a élaboré des projets nationaux de définitions, de classifications et de mesures de santé publique pour les variants d'intérêt et les variants préoccupants du SRAS-CoV-2.

Variant d'intérêt

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant d'intérêt s'il :

possède un génome présentant des mutations associées à des modifications de l'épidémiologie, de l'antigénicité ou de la virulence, ou des modifications susceptibles d'avoir un effet négatif sur les diagnostics, les vaccins, les traitements ou les mesures de santé publique disponibles;

et

est connu pour être à l'origine de la transmission dans la communauté, de plusieurs cas ou de concentration de cas de COVID-19 au Canada ou a été détecté dans plusieurs pays;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant d'intérêt, les mesures peuvent être les suivantes :

Tableau 1. Variants d'intérêt. Mis à jour le 21 juillet 2021
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désignation
Epsilon B.1.427
B.1.429

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Preuve d'une neutralisation modérée par certains traitements par anticorps monoclonaux Note de bas de page 2

14 mai 2021
Zêta P.2

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Êta B.1.525

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Thêta P.3

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Iota B.1.526
B.1.526.1

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
Kappa B.1.617.1

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Données préliminaires indiquant un effet sur la neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 3, Note de bas de page 4

20 juillet 2021
Lambda C.37 Données préliminaires indiquant une réduction modérée de la neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 5 20 juillet 2021
s/o A.23.1

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
s/o B.1.1.318

Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux

Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums de convalescents

14 mai 2021
s/o B.1.617.3 Effet prévu sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux
Effet prévu sur la neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination
20 juillet 2021

Variant préoccupant

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant préoccupant si, par une évaluation comparative, il a été démontré qu'il est associé à un ou plusieurs des éléments suivants :

ou

Il est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par l'OMS;

ou

Il est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant préoccupant, les mesures peuvent être les suivantes :

Tableau 2. Variants préoccupants. Mis à jour le 21 juillet 2021
Étiquette OMS Lignée Pango Attributs Date de désignation
Alpha B.1.1.7

Preuve d'une transmission accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 6, Note de bas de page 7

Preuve d'une neutralisation par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 8, Note de bas de page 9, Note de bas de page 10

14 mai 2021
Bêta B.1.351
B.1.351.1
B.1.351.2
B.1.351.3
B.1.351.4
Preuve d'une transmission accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Footnote 11
Preuve d'un effet sur la neutralisation par des anticorps polyclonaux Note de bas de page 2
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 12,Note de bas de page 8, Note de bas de page 13
14 mai 2021
Gamma P.1
P.1.1
P.1.2

Preuve d'une transmission accrue Note de bas de page 1
Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 14, Note de bas de page 15

Preuve d'un effet sur la neutralisation par des anticorps polyclonaux Note de bas de page 2
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 16

14 mai 2021
Delta B.1.617.2
AY.1
AY.2

Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1

Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 17, Note de bas de page 18

Preuve d'un effet sur la neutralisation par des anticorps polyclonaux Note de bas de page 3, Note de bas de page 4
Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums de convalescents et les sérums après la vaccination Note de bas de page 8, Note de bas de page 9

20 juillet 2021

Références

Campbell

Campbell
Campbell, F et al. (2021) Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021. Eurosurveillance doi: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509

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FDA des É.-U.

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US FDA (2021) U. S. Fact sheet for health care providers emergency use authorization (Eua) of bamlanivimab and etesevimab. https://www.fda.gov/media/145802/download

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Hoffmann, M. et al. (2021) SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442663

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Liu

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Liu, C. et al. (2021) Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell, doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.020

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Tada

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Tada, T. et al. (2021) SARS-CoV-2 Lambda Variant Remains Susceptible to Neutralization by mRNA Vaccine-elicited Antibodies and Convalescent Serum. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.02.450959

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Davies

Davies
Davies, N. G. et al. (2021) Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7. Nature doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03426-1

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Challen

Challen
Challen, R. et al. (2021) Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJdoi: http://doi.org/10.1136/bmj.n579

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Nasreen, S. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against variants of concern, Canada. medRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.06.28.21259420

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Bernal

Bernal
Bernal, J. L. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. medRxiv, doi: https://doi.org/2021.05.22.21257658

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Cele
Cele, S. et al. (2021) Escape of SARS-CoV-2 501Y.V2 from neutralization by convalescent plasma. Nature, doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03471-w

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Jassat

Jassat
Jassat, W. et al. (2021) Increased mortality among individuals hospitalised with COVID-19 during the second wave in South Africa. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.09.21253184

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Mahdi

Madhi
Madhi, S. A. et al. (2021)Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant. N. Engl. J. Med. doi: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2102214

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Lustig

Lustig
Lustig, Y. et al. (2021) Neutralizing Response against Variants after SARS-CoV-2 Infection and One Dose of BNT162b2. N. Engl. J. Med., doi: https://doi.org/10.1056/NEJMc2104036

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Funk

Funk
Funk, T. et al. (2021) Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021. Eurosurveillance, doi:https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.16.2100348

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Freitas

Freitas
Freitas, A. R. R. et al. (2021) The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.13.21255281

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Wang

Wang
Wang, P. et al. (2021) Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization. CSHL, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.01.433466

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Sheikh

Sheikh
Sheikh, A. et al. (2021) SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness. Lancet, doi :https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)01358-1

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Ong

Ong
Ong, S. W. X., et al. (2021). Clinical and Virological Features of SARS-CoV-2 Variants of Concern: A Retrospective Cohort Study Comparing B.1.1.7 (Alpha), B.1.315 (Beta), and B.1.617.2 (Delta). SSRN, doi: https://doi.org/10.2139/ssrn.3861566

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