Variants du SRAS-CoV-2 : Définitions, désignations et mesures de santé publique nationales

Dernière mise à jour : 18 août 2022

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• Aperçu
• Variant préoccupant
• Variant d'intérêt
• Désescalade
• Évaluations des risques

Aperçu

L'Agence de la santé publique du Canada a créé le groupe de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 afin de surveiller et d'évaluer l'incidence des variants du SRAS-CoV-2 sur la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins, des traitements et des diagnostics. Le groupe de surveillance a élaboré des projets nationaux de définitions, de désignations et de mesures de santé publique pour les variants d'intérêt et les variants préoccupants du SRAS-CoV-2, ainsi que les variants ayant fait l'objet d'une désescalade. Les lignées descendantes héritent de la classification de la lignée parentale, à moins de faire l'objet d'une désignation différente. Il importe de souligner que la désignation « variant d'intérêt » renvoie aux mesures de surveillance : elle n'indique pas le niveau de préoccupation associé à un variant donné.

Variant préoccupant

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant préoccupant si une évaluation comparative révèle qu'il est associé à :

• une augmentation de la transmissibilité ou une évolution préjudiciable de l'épidémiologie de la COVID-19;
• une augmentation de la virulence ou une modification du tableau clinique;
• une diminution de l'efficacité des méthodes de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles ou des mesures de santé publique en vigueur;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS);

ou

est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant préoccupant, il est possible de prendre les mesures suivantes :

• Notifier le variant à l'OMS en vertu du Règlement sanitaire international.
• Effectuer une surveillance génomique et de cas renforcée.
• Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles connexes aux dépôts publics de séquences (p. ex. GISAID, INSDC).
• Réaliser des enquêtes épidémiologiques comprenant une désagrégation appropriée en fonction de l'âge, du sexe, du genre, de la race ou de l'ethnicité, de l'identité autochtone, du statut socio-économique et de la géographie ou du lieu de résidence, selon les données existantes, afin d'éclaircir les effets potentiels du variant d'intérêt sur la propagation de la COVID-19, la gravité, l'efficacité des vaccins et des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
• Effectuer des enquêtes en laboratoire pour évaluer l'effet du variant préoccupant sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation par les anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.

Variant d'intérêt

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant d'intérêt s'il :

possède un génome présentant des mutations associées à des modifications de l'épidémiologie, de l'antigénicité ou de la virulence, ou des modifications susceptibles d'avoir un effet négatif sur les diagnostics, les vaccins, les traitements ou les mesures de santé publique disponibles;

et

est connu pour être à l'origine de la transmission dans la communauté, de plusieurs cas ou de concentration de cas de COVID-19 au Canada ou a été détecté dans plusieurs pays;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par le groupe de surveillance.

Mesures

S'il est déterminé qu'un variant est un variant d'intérêt, les mesures peuvent être les suivantes :

• Effectuer une surveillance génomique et de cas renforcée.
• Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles qui les accompagnent aux dépôts publics de séquences (p. ex. GISAID, INSDC).
• Réaliser des investigations épidémiologiques comprenant une désagrégation appropriée en fonction de l'âge, du sexe, du genre, de la race ou de l'ethnicité, de l'autochtonie, du statut socio-économique et de la géographie ou du lieu de résidence, selon les données existantes, afin d'améliorer la compréhension des effets potentiels du variant d'intérêt sur la propagation de la COVID-19, la gravité, l'efficacité des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
• Effectuer des investigations de laboratoire pour évaluer l'effet du variant d'intérêt sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation des anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.

À l'heure actuelle, aucune lignée en circulation au Canada n'a été désignée comme un variant d'intérêt.

Désescalade

Le SRAS-CoV-2 évolue constamment et produit sans cesse de nouvelles lignées. Au fil du temps, certaines sous-lignées peuvent devenir prévalentes, tandis que d'autres disparaissent et ne présentent plus de danger pour la santé publique.

Un variant préoccupant fait l'objet d'une désescalade si :

• sa prévalence est ≤1 % selon le système national de surveillance génomique chaque semaine (c.-à-d. résultats non moyennés ni cumulatifs) pendant ≥4 semaines consécutives et au moins une des conditions ci-dessous est présente :
• il y a une diminution marquée des indicateurs de la gravité (hospitalisations, admissions à l'urgence, décès) comparativement au variant préoccupant dominant; ou
• des données probantes montrent que le variant préoccupant n'entraîne pas une diminution de l'efficacité des outils de diagnostic, des vaccins, des traitements ou des mesures de santé publique comparativement à la souche prédominante en circulation; ou
• le variant préoccupant a fait l'objet d'une désescalade de l'OMS ou d'une autre organisation sanitaire internationale.

Les variants d'intérêt font l'objet d'une désescalade lorsqu'un examen mené par le groupe de surveillance le justifie.

Évaluations des risques

• Évaluations des risques pour les variants préoccupants de la COVID-19