Variants du SRAS-CoV-2 : Définitions, désignations et mesures de santé publique nationales

Dernière mise à jour : 28 août 2023

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• Aperçu
• Variant préoccupant
• Variant d'intérêt
• Variant sous surveillance
• Désescalade
• Ventilation par semaine des cas causés par des variants et prévision immédiate
• Évaluations des risques

Aperçu

L'Agence de la santé publique du Canada a créé le groupe fédéral de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 afin de surveiller et d'évaluer l'incidence des variants du SRAS-CoV-2 sur la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins, des traitements et des diagnostics. Le groupe fédéral de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 a élaboré des définitions, des désignations et des mesures de santé publique nationales pour les variants du SRAS-CoV-2 sous surveillance, les variants d'intérêt, les variants préoccupants et les variants faisant l'objet d'une désescalade. Les lignées descendantes héritent de la classification de la lignée parentale, à moins d'une désignation différente. Il convient de noter que les désignations « variants sous surveillance » et « variants d'intérêt » se rapportent au statut de surveillance et ne constituent pas une déclaration du niveau de préoccupation associé à un variant donné.

Variant préoccupant

En général, les variants préoccupants devraient avoir une incidence significative sur les résultats au niveau de la population, au-delà de ce qui se passe avec les lignées actuelles.

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant préoccupant si, par le biais d'une évaluation comparative, il a été démontré qu'il est associé à un ou plusieurs des éléments suivants :

• Une virulence accrue ou un changement néfaste de la présentation clinique de la maladie
• Une diminution de l'efficacité des méthodes de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles ou des mesures de santé publique en vigueur
• Une incidence importante sur la capacité de prestation de soins dans le système de santé

ou

Est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS);

ou

Est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par le groupe fédéral de surveillance des variants du SRAS-CoV-2.

Mesures

Lorsqu'un variant est déterminé comme un variant préoccupant, les mesures peuvent inclure les suivantes :

• Notifier le variant à l'OMS en vertu du Règlement sanitaire international.
• Effectuer une surveillance génomique et de cas renforcée.
• Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles connexes aux dépôts publics de séquences (par exemple, GISAID, INSDC, NCBI, VirusSeq Data Portal).
• Réaliser des enquêtes épidémiologiques comprenant une désagrégation appropriée en fonction de l'âge, du sexe, du genre, de la race ou de l'ethnicité, de l'identité autochtone, du statut socio-économique et de la géographie ou du lieu de résidence, selon les données existantes, afin d'améliorer la compréhension des effets potentiels du variant préoccupant sur la propagation et la gravité de la COVID-19, l'efficacité des vaccins et des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
• Effectuer des enquêtes en laboratoire pour évaluer l'effet du variant préoccupant sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation par les anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.

Variants préoccupants au Canada à l'heure actuelle

Étiquette de l'OMS	Lignée PangoNote de bas de page * du tableau 1	Date de désignation
-	-	-

Aucune lignée actuellement en circulation n'est désignée comme des variants préoccupants au Canada.

Variant d'intérêt

En général, les variants d'intérêt ont le potentiel de remplacer la lignée dominante actuellement en circulation, mais leur incidence sur les résultats au niveau de la population est inconnue ou ne devrait pas être significativement différente de celle des lignées actuelles.

Définition

Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant d'intérêt s'il :

possède un génome présentant des mutations associées à des modifications de l'épidémiologie, de l'antigénicité ou de la virulence, ou des modifications susceptibles d'avoir un effet négatif sur les diagnostics, les vaccins, les traitements ou les mesures de santé publique disponibles;

et

est connu pour avoir un avantage de croissance par rapport aux lignées actuellement en circulation, mais l'incidence sur la population est inconnue ou devrait être semblable aux lignées actuellement en circulation au Canada ou au niveau international;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS;

ou

est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par le groupe fédéral de surveillance des variants du SRAS-CoV-2.

Mesures

Lorsqu'un variant est déterminé comme un variant d'intérêt, les mesures peuvent inclure les suivantes :

• Effectuer une surveillance génomique et de cas renforcée.
• Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles qui les accompagnent aux dépôts publics de séquences (par exemple, GISAID, INSDC, NCBI, VirusSeq Data Portal).
• Réaliser des investigations épidémiologiques comprenant une désagrégation appropriée en fonction de l'âge, du sexe, du genre, de la race ou de l'ethnicité, de l'identité autochtone, du statut socio-économique et de la géographie ou du lieu de résidence, selon les données existantes, afin d'améliorer la compréhension des effets potentiels du variant d'intérêt sur la propagation et la gravité de la COVID-19, l'efficacité des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
• Effectuer des enquêtes en laboratoire pour évaluer l'effet du variant d'intérêt sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation des anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.

Variants d'intérêt au Canada à l'heure actuelle

Étiquette de l'OMS	Lignée Pango	Date de désignation
Omicron	XBB.1.5Note de bas de page * du tableau 2	9 août 2023
Omicron	EG.5Note de bas de page * du tableau 2	11 août 2023

Variant sous surveillance

En général, les variants sous surveillance présentent des caractéristiques génomiques ou épidémiologiques d'intérêt, mais leur capacité à s'établir au niveau de la population canadienne est inconnue ou non prévue.

Définition

Bien que tous les variants du SRAS-CoV-2 soient sous surveillance au Canada, un variant est spécifiquement un variant sous surveillance s'il présente des changements génétiques pouvant potentiellement influencer les caractéristiques du virus ou présente des signes précoces de l'avantage de croissance par rapport à d'autres variants en circulation, mais pour lesquels les données probantes actuelles sont limitées ou peu claires, ce qui nécessite une surveillance accrue et une réévaluation en attendant de nouvelles données probantes.

Mesures

Lorsqu'un variant est déterminé comme un variant sous surveillance, les mesures peuvent inclure les suivantes :

• Continuer à transmettre systématiquement les données génomiques et de surveillance des cas.
• Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles qui les accompagnent aux dépôts publics de séquences (par exemple, GISAID, INSDC, NCBI, VirusSeq Data Portal).
• Surveiller les données épidémiologiques, y compris une désagrégation appropriée par âge, sexe, genre, race/ethnicité, identité autochtone, statut socio-économique et géographie/lieu de résidence, au fur et à mesure que les données sont disponibles, afin d'améliorer la compréhension des effets potentiels du variant sous surveillance sur la propagation et la gravité de la COVID-19, l'efficacité des vaccins et des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
• Effectuer des enquêtes en laboratoire pour évaluer l'incidence du variant sous surveillance sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation des anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.

Variants sous surveillance au Canada à l'heure actuelle

Étiquette de l'OMS	Lignée Pango	Date de désignation
Omicron	XBB.1.9.2	2 mars 2023
Omicron	XBB.1.16	16 mars 2023
Omicron	XBCNote de bas de page * du tableau 3	30 mars 2023
Omicron	FLNote de bas de page * du tableau 3	22 juin 2023
Omicron	EGNote de bas de page * du tableau 3 (à l'exclusion de EG.5Note de bas de page * du tableau 2)	22 juin 2023
Omicron	FUNote de bas de page * du tableau 3	22 juin 2023
Omicron	BA 2.86	25 août 2023

Désescalade

Le virus du SRAS-CoV-2 évolue continuellement, générant de nouvelles lignées au fil du temps. Certaines lignées peuvent devenir prévalentes, tandis que d'autres disparaîtront et ne constitueront plus une menace pour la santé publique. Par conséquent, les lignées peuvent faire l'objet d'une escalade de variant sous surveillance à variant d'intérêt à variant préoccupant, mais elles peuvent également être soumises à une désescalade à mesure que de nouvelles lignées émergent et remplacent les lignées actuellement en circulation.

La désescalade de variant d'intérêt ou de variant sous surveillance est amorcée à la suite de l'examen interne des données probantes par le groupe fédéral de surveillance des variants du SRAS-CoV-2. La désescalade d'un variant préoccupant est envisagée lorsque l'une des conditions suivantes est satisfaite :

• La prévalence a clairement atteint son maximum et le variant préoccupant est remplacé par des lignées plus récentes.
• Il y a un déclin clair et constant des indicateurs de gravité (hospitalisations, admissions aux soins intensifs, décès).
• Le variant préoccupant a fait l'objet d'une désescalade de l'OMS ou d'une autre organisation sanitaire internationale.

Variants ayant fait l'objet d'une désescalade après l'examen du groupe fédéral de surveillance des variants du SRAS-CoV-2

Étiquette de l'OMS	Lignée PangoNote de bas de page * du tableau 4	Date de désescalade
Alpha	B.1.1.7	18 août 2022
Bêta	B.1.351	18 août 2022
Gamma	P.1	18 août 2022
Delta	B.1.617.2	18 août 2022
Omicron	B.1.1.529	9 août 2023
Epsilon	B.1.427 B.1.429	12 novembre 2021
Zeta	P.2	9 septembre 2021
Êta	B.1.525	17 mars 2022
Thêta	P.3	9 décembre 2021
Iota	B.1.526	9 décembre 2021
Kappa	B.1.617.1	1er octobre 2021
Lambda	C.37	9 décembre 2021
Mu	B.1.621	17 février 2022
-	A.23.1	14 octobre 2021
-	B.1.1.318	27 janvier 2022
-	B.1.617.3	20 juillet 2021

Ventilation par semaine des cas causés par des variants et prévision immédiate

La ventilation par semaine des cas causés par des variants contient les dernières mises à jour concernant les variants au Canada. Ce graphique est basé sur le séquençage du génome entier par des laboratoires fédéraux et provinciaux à travers le Canada.

En août 2023, l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) a commencé à afficher 2 semaines de prévisions immédiates sur le graphique en ligne des variants de la COVID-19 au Canada, au lieu d'afficher simplement un pourcentage de variants de la COVID-19 détectés au Canada dans un délai de 3 semaines.

Les prévisions immédiates utilisent des modèles statistiques pour estimer la situation actuelle à partir de données imparfaites en tirant des renseignements des tendances antérieures (elles ne prévoient pas l'avenir). La modélisation des prévisions immédiates est courante dans d'autres domaines, tels que les prévisions météorologiques et les prévisions économiques. Ces méthodes mathématiques ont récemment été appliquées à la prévision immédiate des tendances en matière de maladies infectieuses. Pour la surveillance génomique, un modèle de prévision immédiate correspond aux courbes de croissance des lignées virales et fournit des estimations de la proportion pour les périodes où les données s'accumulent et sont incomplètes.

Le Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l'ASPC a élaboré un modèle de prévision immédiate pour estimer les lignées dont la prévalence augmente ou diminue actuellement au Canada. Cette méthode permet d'obtenir des estimations plus à jour de la situation actuelle concernant le nombre de cas canadiens susceptibles d'être infectés par certains variants du SRAS-CoV-2. Ces tendances de variants sont utilisées pour informer les professionnels de la santé, les autorités de la santé publique et les décideurs. Les variants inhabituels ou à croissance rapide sont détectés et suivis afin d'éclairer les politiques qui protègent la santé des personnes au Canada.

Précision des prévisions immédiates

Avant d'entraîner le modèle de prévision immédiate sur les données, 2 étapes sont exécutées pour améliorer la précision de la prédiction. Tout d'abord, toutes les lignées qui ont atteint au moins 50 détections au cours de n'importe quelle semaine dans la période complète de 10 semaines sont choisies pour la modélisation, et le reste est regroupé dans la catégorie « autres ». Ensuite, les lignées sélectionnées — appelées sous-lignées — sont réévaluées pour être regroupées sous des lignées parentales génériques, dans lesquelles plusieurs lignées partagent une ascendance directe (représentées par les couleurs principales, comme le bleu). Les lignées avec peu de détections et qui ne se développent pas rapidement seront regroupées avec des lignées connexes, afin d'obtenir un maximum de 5 sous-lignées par groupe.

Enfin, un modèle statistique adapte les courbes de croissance des proportions hebdomadaires des lignées pour les 8 semaines précédant la période pour laquelle une prévision immédiate est nécessaire. Ces courbes de croissance permettent d'évaluer l'augmentation ou la diminution des variants les uns par rapport aux autres. La projection des prévisions immédiates est l'extension de ces courbes dans les 2 semaines où les données sont encore en cours d'accumulation. Le résultat est une estimation de l'ensemble actuel des proportions des variants circulant au Canada, ainsi que leurs intervalles de prédiction à 95 %, une mesure de l'incertitude.

Évaluations des risques

• Évaluations des risques pour les variants préoccupants de la COVID-19