Variants du SRAS-CoV-2 : Définitions, classifications et mesures de santé publique nationales
Dernière mise à jour : 9 mars 2022
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L'Agence de la santé publique du Canada, en collaboration avec les autorités de santé publique provinciales et territoriales, a créé le groupe de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 afin de surveiller et d'évaluer l'incidence des variants du SRAS-CoV-2 sur la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l'efficacité des vaccins, des traitements et des diagnostics. Le groupe de surveillance a élaboré des projets nationaux de définitions, de classifications et de mesures de santé publique pour les variants d'intérêt et les variants préoccupants du SRAS-CoV-2, ainsi que les sous lignées qui en sont issues.
Variant préoccupant
Définition
Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant préoccupant si une évaluation comparative révèle qu'il est associé à :
- une augmentation de la transmissibilité ou une évolution préjudiciable de l'épidémiologie de la COVID‑19;
- une augmentation de la virulence ou une modification du tableau clinique;
- une diminution de l'efficacité des méthodes de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles ou des mesures de santé publique en vigueur;
ou
est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par l'OMS;
ou
est par ailleurs considéré comme un variant préoccupant par le groupe de surveillance.
Mesures
S'il est déterminé qu'un variant est un variant préoccupant, il est possible de prendre les mesures suivantes :
- Notifier le variant à l'OMS en vertu du Règlement sanitaire international.
- Effectuer une surveillance génomique et de cas renforcée.
- Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles connexes aux dépôts publics de séquences (p. ex. GISAID, INSDC).
- Réaliser des enquêtes épidémiologiques comprenant une désagrégation appropriée en fonction de l'âge, du sexe, du genre, de la race ou de l'ethnicité, de l'identité autochtone, du statut socio-économique et de la géographie ou du lieu de résidence, selon les données existantes, afin d'éclaircir les effets potentiels du variant d'intérêt sur la propagation de la COVID-19, la gravité, l'efficacité des vaccins et des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
- Effectuer des enquêtes en laboratoire pour évaluer l'effet du variant d'intérêt sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation par les anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.
| Étiquette OMS | Lignée Pango | Attributs | Date de désignation |
|---|---|---|---|
| Alpha | B.1.1.7 et lignées Q | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 2, Note de bas de page 3 Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 4, Note de bas de page 5, Note de bas de page 6 |
14 mai 2021 |
| Bêta | B.1.351 et lignées AZ | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 7 Preuve d'un effet sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux Note de bas de page 8 Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 9,Note de bas de page 4, Note de bas de page 10 |
14 mai 2021 |
| Gamma | P.1 | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 11, Note de bas de page 12 Preuve d'un effet sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux Note de bas de page 8 Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 13 |
14 mai 2021 |
| Delta | B.1.617.2 et lignées AY | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Preuve d'une gravité accrue Note de bas de page 14, Note de bas de page 15 Preuve d'un effet sur la neutralisation par les anticorps polyclonaux Note de bas de page 16, Note de bas de page 17 Preuve d'une neutralisation réduite par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 4, Note de bas de page 5 |
20 juillet 2021 |
| Omicron | B.1.1.529 et lignées BA | Preuve d'une transmissibilité accrueNote de bas de page 18 Preuve préliminaire d'un risque accru de réinfectionNote de bas de page 19 Preuve préliminaire d'une neutralisation réduite par les sérums après la vaccinationNote de bas de page 20,Note de bas de page 22 |
28 novembre 2021 |
| *Englobe toutes les lignées descendantes. | |||
Variant d'intérêt
Définition
Un variant du SRAS-CoV-2 est un variant d'intérêt s'il :
possède un génome présentant des mutations associées à des modifications de l'épidémiologie, de l'antigénicité ou de la virulence, ou des modifications susceptibles d'avoir un effet négatif sur les diagnostics, les vaccins, les traitements ou les mesures de santé publique disponibles;
et
est connu pour être à l'origine de la transmission dans la communauté, de plusieurs cas ou de concentration de cas de COVID-19 au Canada ou a été détecté dans plusieurs pays;
ou
est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS;
ou
est par ailleurs considéré comme un variant d'intérêt par le groupe de surveillance.
Mesures
S'il est déterminé qu'un variant est un variant d'intérêt, les mesures peuvent être les suivantes :
- Effectuer une surveillance génomique et de cas renforcée.
- Soumettre les séquences génomiques complètes et les données contextuelles qui les accompagnent aux dépôts publics de séquences (p. ex. GISAID, INSDC).
- Réaliser des investigations épidémiologiques comprenant une désagrégation appropriée en fonction de l'âge, du sexe, du genre, de la race ou de l'ethnicité, de l'autochtonie, du statut socio-économique et de la géographie ou du lieu de résidence, selon les données existantes, afin d'améliorer la compréhension des effets potentiels du variant d'intérêt sur la propagation de la COVID-19, la gravité, l'efficacité des mesures de santé publique ou d'autres caractéristiques pertinentes.
- Effectuer des investigations de laboratoire pour évaluer l'effet du variant d'intérêt sur les méthodes de diagnostic, les réponses immunitaires, la neutralisation des anticorps ou d'autres caractéristiques pertinentes.
| Étiquette OMS | Lignée Pango | Attributs | Date de désignation |
|---|---|---|---|
| Êta | B.1.525 | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence |
14 mai 2021 |
| *Englobe toutes les lignées descendantes. | |||
Désescalade
Le SRAS-CoV-2 évolue constamment et produit sans cesse de nouvelles lignées. Au fil du temps, certaines sous-lignées peuvent devenir prévalentes, tandis que d'autres disparaissent et ne présentent plus de danger pour la santé publique. Les variants préoccupants et les variants d'intérêt font l'objet d'une désescalade s'ils ne sont pas observés au Canada pendant seize semaines consécutives ou si des données probantes montrent que, par rapport aux lignées en circulation, ils ne contribuent plus à augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et n'affectent pas l'efficacité des méthodes de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles ni des mesures de santé publique en vigueur. La stratégie de désescalade du Canada peut être modifiée si la situation l'exige. Les variants préoccupants et les variants d'intérêt qui font l'objet d'une désescalade continuent d'être surveillés et évalués, de manière à détecter les changements et les recrudescences possibles.
| Étiquette OMS | Lignée Pango | Attributs | Date de désescalade |
|---|---|---|---|
| Epsilon | B.1.427 B.1.429 |
Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Preuve d'une neutralisation modérée par certains traitements par anticorps monoclonaux Note de bas de page 8 |
12 novembre 2021 |
| Zeta | P.2 | Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence |
9 septembre 2021 |
| Thêta | P.3 | Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence |
9 décembre 2021 |
| Iota | B.1.526 | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence |
9 décembre 2021 |
| Kappa | B.1.617.1 | Preuve d'une transmissibilité accrue Note de bas de page 1 Données préliminaires indiquant un effet sur la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 16, Note de bas de page 17 |
1er octobre 2021 |
| Lambda | C.37 | Données indiquant une réduction modérée de la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination Note de bas de page 23 | 9 décembre 2021 |
| Mu | B.1.621 |
Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination |
17 février 2022 |
| s.o. | A.23.1 | Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence |
14 octobre 2021 |
| s.o. | B.1.1.318 |
Réduction prévue de la neutralisation par certains traitements par anticorps monoclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux dans les sérums en phase de convalescence |
27 janvier 2022 |
| s.o. | B.1.617.3 | Réduction prévue de la neutralisation par les anticorps polyclonaux Réduction prévue de la neutralisation par les sérums en phase de convalescence et les sérums après la vaccination |
20 juillet 2021 |
| *Englobe toutes les lignées descendantes. | |||
Références
- Note de bas de page 1
-
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- Note de bas de page 2
-
Davies, N. G. et al. (2021) Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7. Nature doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03426-1
- Note de bas de page 3
-
Challen, R. et al. (2021) Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJdoi: http://doi.org/10.1136/bmj.n579
- Note de bas de page 4
-
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- Note de bas de page 5
-
Bernal, J. L. et al. (2021) Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. medRxiv, doi: https://doi.org/2021.05.22.21257658
- Note de bas de page 6
-
Cele, S. et al. (2021) Escape of SARS-CoV-2 501Y.V2 from neutralization by convalescent plasma. Nature, doi: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03471-w
- Note de bas de page 7
-
Jassat, W. et al. (2021) Increased mortality among individuals hospitalised with COVID-19 during the second wave in South Africa. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.09.21253184
- Note de bas de page 8
-
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- Note de bas de page 9
-
Madhi, S. A. et al. (2021)Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant. N. Engl. J. Med. doi: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2102214
- Note de bas de page 10
-
Lustig, Y. et al. (2021) Neutralizing Response against Variants after SARS-CoV-2 Infection and One Dose of BNT162b2. N. Engl. J. Med., doi: https://doi.org/10.1056/NEJMc2104036
- Note de bas de page 11
-
Funk, T. et al. (2021) Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021. Eurosurveillance, doi: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.16.2100348
- Note de bas de page 12
-
Freitas, A. R. R. et al. (2021) The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.13.21255281
- Note de bas de page 13
-
Wang, P. et al. (2021) Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization. CSHL, doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.01.433466
- Note de bas de page 14
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Sheikh, A. et al. (2021) SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness. Lancet, doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)01358-1
- Note de bas de page 15
-
Ong, S. W. X., et al. (2021). Clinical and Virological Features of SARS-CoV-2 Variants of Concern: A Retrospective Cohort Study Comparing B.1.1.7 (Alpha), B.1.315 (Beta), and B.1.617.2 (Delta). SSRN, doi: https://doi.org/10.2139/ssrn.3861566
- Note de bas de page 16
-
Hoffmann, M. et al. (2021) SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442663
- Note de bas de page 17
-
Liu, C. et al. (2021) Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell, doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.020
- Note de bas de page 18
-
European Centre For Disease Control (2021) Threat Assessment Brief: Implications of the further emergence and spread of the SARS CoV 2 B.1.1.529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA first update. https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/covid-19-threat-assessment-spread-omicron-first-update
- Note de bas de page 19
-
Pulliam, J.R.C. et al. (2021) Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. bioRxiv, doi : https://doi.org/10.1101/2021.11.11.21266068
- Note de bas de page 20
-
Pfizer and BioNTech (2021) Update on Omicron Variant. Press Release, https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/pfizer-and-biontech-provide-update-omicron-variant
- Note de bas de page 21
-
Cele, S. et al. (2021) SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection. In bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2021.12.08.21267417
- Note de bas de page 22
-
Steel, K., & Fordham, E. (2022, January 19). Coronavirus (COVID-19) Infection Survey, characteristics of people testing positive for COVID-19, UK - Office for National Statistics. Office for National Statistics
https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/bulletins/coronaviruscovid19infectionsurveycharacteristicsofpeopletestingpositiveforcovid19uk/19january2022 - Note de bas de page 23
-
Tada, T. et al. (2021) SARS-CoV-2 Lambda Variant Remains Susceptible to Neutralization by mRNA Vaccine-elicited Antibodies and Convalescent Serum. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.02.450959
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