Des facteurs liés aux entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu

Résumé

Contexte : Les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont associées à de graves infections résistantes aux antimicrobiens chez les Canadiens. Les humains sont exposés aux entérobactéries productrices de BLSE par de nombreuses voies interconnectées. Pour mieux protéger les Canadiens, il est important de comprendre quelles sont les sources et les activités qui contribuent le plus à l'exposition aux BLSE et aux voies d'infection au Canada.

Objectif : Cette étude de la portée avait pour but de décrire de manière thématique les facteurs potentiellement associés à la colonisation, au portage et/ou à l'infection par des entérobactéries productrices de BLSE chez les humains provenant de pays ayant un indice de développement humain très élevé et de décrire les caractéristiques de l'étude.

Méthodes : Quatre bases de données (PubMed, CAB Direct, Web of Science, EBSCOhost) ont été consultées pour retrouver les études potentiellement pertinentes. Les articles ont été sélectionnés pour inclusion et les facteurs ont été identifiés, regroupés thématiquement et décrits.

Résultats : L'étude a permis d'identifier 381 articles pertinents. Les facteurs ont été regroupés en 13 thèmes : utilisation d'antimicrobiens, animaux, comorbidités et symptômes, communauté, données démographiques, alimentation et consommation de substances, soins de santé, ménage, profession, colonisation/portage/infection antérieure par une BLSE, soins en résidence, voyages et autres. Les thèmes les plus fréquents sont les données démographiques, les soins de santé, l'utilisation d'antibiotiques, les comorbidités et les symptômes. La plupart des articles ont rapporté des facteurs en milieu hospitalier (86 %) et ont évalué des facteurs pour les infections par des entérobactéries productrices de BLSE (52 %).

Conclusion : Cette étude de la portée a fourni des informations précieuses sur les thèmes factoriels qui ont été bien décrits (e.g., les soins de santé) et ceux qui ont été explorés moins fréquemment (e.g., l'alimentation ou le contact avec les animaux). Les thèmes établis couvrent les contextes humains, animaux et environnementaux, ce qui confirme la nécessité d'une diversité de points de vue et d'une approche multisectorielle pour atténuer l'exposition à la résistance aux antimicrobiens.

Introduction

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est une menace réelle et croissante pour la santé publique ^{Note de bas de page 1}. Les infections causées par des bactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) constituent une préoccupation importante, car les bêta-lactamines sont couramment utilisées pour traiter diverses infections, et certaines classes, telles que les céphalosporines de troisième génération et les monobactames, sont considérées par l'Organisation mondiale de la Santé comme d'une importance critique pour la médecine humaine ^{Note de bas de page 2Note de bas de page 3}. En outre, les infections par des bactéries productrices de BLSE sont associées à une probabilité accrue de maladie grave et de mortalité et peuvent conduire à des échecs thérapeutiques, ce qui peut entraîner une augmentation de la durée du séjour à l'hôpital et des coûts hospitaliers ^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5}.

En 2018, il a été rapporté qu'environ une infection bactérienne sur quatre au Canada était résistante aux antibiotiques de première intention, ce qui a entraîné directement environ 14 000 décès ^{Note de bas de page 5}. En outre, il a été signalé que la RAM entraînait des conséquences socio-économiques négatives, notamment une augmentation des coûts des soins de santé, une perte de productivité, une augmentation des inégalités et une diminution de la confiance envers le gouvernement et les organismes de santé publique ^{Note de bas de page 5Note de bas de page 6}. Par conséquent, les conséquences de la RAM sont considérables et ont des implications étendues pour les humains, les animaux et la société.

Les principaux producteurs de BLSE sont les entérobactéries, notamment Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae, et ces bactéries sont de plus en plus souvent décelées au Canada et dans le monde ^{Note de bas de page 7Note de bas de page 8Note de bas de page 9}. Les entérobactéries productrices de BLSE sont largement répandues dans les populations ^{Note de bas de page 9Note de bas de page 10Note de bas de page 11}, y compris le portage ou la colonisation chez les personnes saines et celles qui souffrent d'infections graves (e.g., les voies urinaires, la circulation sanguine, la pneumonie) ^{Note de bas de page 5Note de bas de page 12Note de bas de page 13}.

Des entérobactéries productrices de BLSE ont également été détectées chez les animaux de compagnie, le bétail, la faune, l'eau, le sol, les légumes, la viande et les fruits de mer, qui peuvent tous constituer des sources d'exposition pour l'humain ^{Note de bas de page 11Note de bas de page 14Note de bas de page 15}. En raison de la diversité des voies d'exposition, il est nécessaire d'adopter une approche « Un monde, une santé » qui tienne compte des interconnexions entre les humains, les animaux et leurs environnements communs pour couvrir toute l'étendue de cette menace croissante pour la santé publique ^{Note de bas de page 16Note de bas de page 17}.

Des revues systématiques antérieures ont étudié les facteurs associés à la colonisation et aux infections par des entérobactéries productrices de BLSE ^{Note de bas de page 13Note de bas de page 18Note de bas de page 19Note de bas de page 20Note de bas de page 21Note de bas de page 22Note de bas de page 23Note de bas de page 24Note de bas de page 25Note de bas de page 26Note de bas de page 27}; cependant, les revues systématiques ont un champ d'application intentionnellement étroit, fournissant des connaissances sur des questions de recherche précises. Ce projet visait à décrire l'étendue des facteurs précédemment signalés comme étant associés aux entérobactéries productrices de BLSE au Canada ou dans des pays similaires. Ces informations pourraient être utilisées pour alimenter divers projets parallèles au sein de l'Agence de la santé publique du Canada, tels que le projet de modèle d'évaluation intégrée de la résistance aux antimicrobiens (iAM.AMR) ^{Note de bas de page 15Note de bas de page 28}, et aider à mieux comprendre l'exposition des Canadiens aux bactéries résistantes aux antimicrobiens. Par conséquent, les objectifs de cette étude de la portée étaient 1) de décrire de manière thématique les facteurs potentiellement associés à la colonisation, au portage et/ou à l'infection par des entérobactéries productrices de BLSE chez les humains provenant de pays ayant un indice de développement humain très élevé, et 2) de décrire les caractéristiques de l'étude.

Méthodes

Les méthodes sont décrites brièvement ci-dessous. Pour une description complète de la méthodologie, voir Goltz et al. ^{Note de bas de page 29}.

Enregistrement du protocole

Un protocole a priori de cette étude de la portée est disponible en ligne (en anglais seulement). Cette étude a suivi le cadre méthodologique décrit par Arksey et O'Malley ^{Note de bas de page 30} et les lignes directrices de l'extension Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) for Scoping Reviews ^{Note de bas de page 31}.

Stratégie de recherche

Les termes de recherche et les bases de données consultées sont décrits dans le protocole. Quatre bases de données (PubMed, CAB Direct, Web of Science et EBSCOhost) ont été consultées par l'intermédiaire de la bibliothèque McLaughlin de l'Université de Guelph afin d'extraire les articles potentiellement pertinents. Le critère de recherche pour cette étude a été adapté de Murphy et al. ^{Note de bas de page 32}, avec la consultation des coauteurs, ainsi que d'un bibliothécaire de l'Université de Guelph. Toutes les bases de données ont été filtrées pour n'inclure que les articles publiés en anglais. La recherche initiale a été achevée en août 2020 et mise à jour en août 2021.

Les résultats des recherches ont été téléchargés dans EndNote X9.3.3 (Clarivate Analytics, Philadelphie, États-Unis), dédupliqués, puis téléchargés dans DistillerSR (Evidence Partners, Ottawa, Canada), pour déduplication supplémentaire, vérification de l'admissibilité et extraction des données.

Critères d'admissibilité

Pour répondre aux critères d'inclusion, les articles devaient être des recherches primaires, provenir de pays similaires au Canada avec un indice de développement humain très élevé ^{Note de bas de page 33}, être rédigés en anglais et contenir des associations quantifiables entre des facteurs et la colonisation, le portage et/ou l'infection par des entérobactéries productrices de BLSE chez l'humain. Aucun article n'a été exclu en raison de l'année de publication, des caractéristiques de la population étudiée (e.g., âge, sexe ou état de santé) ou du contexte de l'étude (e.g., ménage ou hôpital). Ces critères d'inclusion ont été sélectionnés en raison du caractère canadien de cet article, et visaient donc à cibler des articles portant sur des populations canadiennes ou similaires. En outre, seuls les articles en anglais ont été retenus en raison des ressources linguistiques disponibles. Les revues systématiques et les méta-analyses pertinentes ont été exclues, mais leurs listes de référence ont été utilisées pour identifier des articles supplémentaires qui n'avaient pas été pris en compte dans la recherche.

Sélection d'articles

L'outil DistillerAI a été utilisé pour sélectionner les titres/résumés. L'outil DistillerAI a été formé par deux évaluateurs à partir de 226 articles. Après la formation, tous les titres/résumés ont été examinés par l'outil DistillerAI et par un évaluateur humain. Les conflits entre les titres et les résumés ont été résolus par un troisième évaluateur humain. Les articles inclus sur la base du titre/résumé ont fait l'objet d'un examen du texte intégral par deux évaluateurs et les conflits ont été résolus par une discussion entre les deux évaluateurs.

Données répertoriées

Après l'examen du texte intégral, les données pertinentes ont été répertoriées à l'aide de DistillerSR par un seul évaluateur. Les données extraites comprenaient : l'année de publication, la conception de l'étude, la région du pays (basée sur les régions de l'Organisation mondiale de la Santé) ^{Note de bas de page 34}, la méthode de collecte des données (primaire, e.g., questionnaire ou entretien; secondaire, e.g., base de données ou dossiers médicaux), le contexte de l'échantillon (e.g., hôpital), l'épisode épidémique, l'âge des participants, les micro-organismes évalués, le type de colonisation, de portage ou d'infection évalués et les thèmes des facteurs (n = 13). Un facteur a été défini comme une observation mesurée (e.g., l'utilisation de la pénicilline) qui a été étudiée pour sa relation avec les entérobactéries productrices de BLSE^{Note de bas de page 32Note de bas de page 35}. Les facteurs individuels ont été regroupés en 13 thèmes créés par un processus itératif inspiré de travaux antérieurs ^{Note de bas de page 15}. Les thèmes étaient les suivants : 1) utilisation d'antimicrobiens (antibactériens, antiviraux, antifongiques), 2) animaux (contact avec les animaux), 3) comorbidités et symptômes (conditions ou symptômes), 4) communauté (facteurs intervenant dans la communauté), 5) données démographiques, 6) alimentation et consommation, 7) soins de santé (facteurs intervenant en milieu hospitalier ou liés à la réception de soins de santé), 8) ménage (facteurs intervenant au domicile), 9) profession (facteurs liés à l'emploi), 10) colonisation/portage/infection antérieure à BLSE, 11) soins résidentiels (facteurs intervenant en milieu hospitalier ou liés à la réception de soins de santé), 12) voyages (facteurs liés aux voyages internationaux) et 13) d'autres facteurs (facteurs qui n'entraient pas dans un thème défini précédemment). Si un facteur appartenait à plus d'un thème (e.g., le patient a pris des antibiotiques pendant ses vacances), il a été enregistré dans tous les thèmes pertinents (e.g., l'utilisation d'antimicrobiens et les voyages).

Résultats

Sélection et inclusion des études

Après déduplication, 10 584 enregistrements admissibles ont été déterminés. Après sélection (résumé/titre, texte intégral), 366 articles ont été retenus. La sélection a également permis de cibler 17 revues systématiques et/ou méta-analyses et 15 articles supplémentaires ont été ciblés grâce à l'examen de leurs listes de référence. Par conséquent, 381 articles publiés entre 1991 et le 5 août 2021 ont été inclus dans cette analyse (figure 1).

Figure 1 - Équivalent textuel

La figure montre un diagramme de flux illustrant le nombre d'articles identifiés dans la littérature scientifique et faisant état de facteurs de risque pour les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu chez l'humain. Dans un premier temps, un total de 16 025 documents a été identifié dans les bases de données en ligne et les listes de référence des revues systématiques pertinentes. Après un processus méticuleux de déduplication, 10 584 articles uniques ont été conservés. Par la suite, une sélection rigoureuse des titres et des résumés a conduit à l'exclusion de 9 378 documents, laissant 1 244 articles pour l'extraction du texte intégral et une sélection plus poussée. Au final, 381 articles ont été jugés pertinents et inclus dans cette étude.

Dans les 381 articles inclus, les facteurs ont été regroupés en 13 thèmes : soins de santé (n = 325 articles), utilisation d'antimicrobiens (n = 325), données démographiques (n = 319), comorbidités et symptômes (n = 307), soins en résidence (n = 76), voyages (n = 76), colonisation/portage/infection antérieure par une BLSE (n = 44), alimentation et consommation (n = 44), ménage (n = 29), profession (n = 29), animaux (n = 25), communauté (n = 11) et autres (n = 146) (des détails supplémentaires peuvent être obtenus sur demande). Chaque thème couvrait un large éventail de facteurs de risque associés aux entérobactéries productrices de BLSE (tableau 1).

Caractéristiques de l'étude

Une description sommaire des articles est présentée dans le tableau 2. Sur les 381 articles retenus, 378 étaient des études d'observation et trois des études expérimentales. La plupart des études (n = 235) ont été menées dans des pays de la région européenne, dont six études multinationales (tableau 2). Sept études ont été menées au Canada.

Plus de la moitié (56 %) de tous les articles ont fourni des données pour des groupes d'âge précis, les plus courants étant les adultes/jeunes adultes (33 %). Dix-huit articles (5 %) ont signalé des facteurs dans le cadre d'une épidémie d'entérobactéries productrices de BLSE (tous en milieu hospitalier). Pour la plupart des études (53 %), les données proviennent de sources secondaires (bases de données, dossiers médicaux, etc.), 20 % de sources primaires (questionnaires, entretiens, etc.) et 7 % de sources primaires et secondaires. Pour 20 % des études, la manière dont les données ont été obtenues n'était pas claire (tableau 2).

Les articles rapportaient souvent des facteurs pour les entérobactéries (40 %), mais beaucoup faisaient état de micro-organismes précis, notamment E. coli (20 %), K. pneumoniae (11 %), Enterobacter cloacae (1 %), Klebsiella spp. (1 %), Proteus mirabilis (1 %) et Providencia stuartii (1 %). D'autres articles cherchaient à rapporter différentes combinaisons d'espèces d'entérobactéries (e.g., Klebsiella spp. et E. coli) (tableau 2).

La plupart des articles ont été réalisés en milieu hospitalier (86 %), suivi par les établissements de santé non hospitaliers (7 %), les collectivités (6 %) et les établissements de soins résidentiels (4 %). Onze de ces articles ont été échantillonnés dans plusieurs de ces différents contextes d'échantillonnage (tableau 2). Dans l'ensemble, le plus grand nombre d'articles ciblé pour chaque thème factoriel était ceux qui avaient réalisé leur étude en milieu hospitalier, à l'exception du thème communautaire (figure 2).

Figure 2 - Équivalent textuel

Figure 2

Thème de facteurs	Réglage de l'échantillon	Nombre d'articles (n)
Utilisation d'antibiotiques	Communauté	15
Utilisation d'antibiotiques	Établissement de soins en résidence	11
Utilisation d'antibiotiques	Soins de santé non hospitaliers	13
Utilisation d'antibiotiques	Hôpital	280
Utilisation d'antibiotiques	Réglages multiples	6
Animal	Communauté	9
Animal	Établissement de soins en résidence	0
Animal	Soins de santé non hospitaliers	1
Animal	Hôpital	13
Animal	Réglages multiples	2
Communauté	Communauté	5
Communauté	Établissement de soins en résidence	0
Communauté	Soins de santé non hospitaliers	2
Communauté	Hôpital	3
Communauté	Réglages multiples	1
Comorbidités et symptômes	Communauté	9
Comorbidités et symptômes	Établissement de soins en résidence	11
Comorbidités et symptômes	Soins de santé non hospitaliers	11
Comorbidités et symptômes	Hôpital	272
Comorbidités et symptômes	Réglages multiples	4
Données démographiques	Communauté	16
Données démographiques	Établissement de soins en résidence	10
Données démographiques	Soins de santé non hospitaliers	13
Données démographiques	Hôpital	274
Données démographiques	Réglages multiples	6
Alimentation et consommation	Communauté	10
Alimentation et consommation	Établissement de soins en résidence	0
Alimentation et consommation	Soins de santé non hospitaliers	6
Alimentation et consommation	Hôpital	25
Alimentation et consommation	Réglages multiples	3
Soins de santé	Communauté	11
Soins de santé	Établissement de soins en résidence	10
Soins de santé	Soins de santé non hospitaliers	9
Soins de santé	Hôpital	288
Soins de santé	Réglages multiples	7
Ménage	Communauté	7
Ménage	Établissement de soins en résidence	0
Ménage	Soins de santé non hospitaliers	4
Ménage	Hôpital	16
Ménage	Réglages multiples	2
Emploi	Communauté	7
Emploi	Établissement de soins en résidence	0
Emploi	Soins de santé non hospitaliers	5
Emploi	Hôpital	15
Emploi	Réglages multiples	2
BLSE antérieures	Communauté	0
BLSE antérieures	Établissement de soins en résidence	4
BLSE antérieures	Soins de santé non hospitaliers	2
BLSE antérieures	Hôpital	38
BLSE antérieures	Réglages multiples	0
Soins en résidence	Communauté	0
Soins en résidence	Établissement de soins en résidence	8
Soins en résidence	Soins de santé non hospitaliers	4
Soins en résidence	Hôpital	60
Soins en résidence	Réglages multiples	4
Voyage	Communauté	11
Voyage	Établissement de soins en résidence	0
Voyage	Soins de santé non hospitaliers	13
Voyage	Hôpital	46
Voyage	Réglages multiples	6
Autre	Communauté	2
Autre	Établissement de soins en résidence	3
Autre	Soins de santé non hospitaliers	2
Autre	Hôpital	137
Autre	Réglages multiples	2

Les articles rapportaient des facteurs pour 1) l'infection (52 %), 2) la colonisation/le portage (33 %), et 3) la colonisation/le portage/l'infection (13 %) (tableau 3). Des facteurs potentiellement associés aux infections à entérobactéries productrices de BLSE ont été signalés dans plus de la moitié des articles (52 %) (principalement des infections du sang ou des infections des voies urinaires). Un plus grand nombre d'articles ont établi des facteurs d'infection que de colonisation ou de portage (figure 3), en particulier pour les thèmes de l'utilisation d'antimicrobiens, de la démographie, des comorbidités/symptômes et des soins de santé. La colonisation/le portage a fait l'objet d'un signalement dans le tiers des articles (33 %), la plupart étant axés sur le portage gastro-intestinal. Les thèmes relatifs aux animaux, à la communauté, à l'alimentation et à la consommation, au ménage, à l'occupation et aux voyages ont été plus fréquemment mentionnés pour la colonisation/le portage (figure 3). Pour huit articles (2 %), il n'était pas clair si l'étude faisait état d'une colonisation/d'un portage ou d'une infection.

Tableau 3 : Description des résultats concernant les entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu rapportés dans les articles inclus

Colonisation/portage et/ou détails de l'infection	Nombre d'articlesTableau 3 note de bas de page a
	n	%
Infection	198	52
Bactériémie/infection du sang	75	20
Infection des voies urinaires	52	14
Cultures non spécifiques (e.g., surveillance générale ou enregistrements de bases de données)	49	13
Pyélonéphrite aiguë	5	1
Prostatite bactérienne aiguë	2	1
Bactériémie/infection du sang et infection des voies urinaires	1	1
Bactériémie/infection du sang, infection des voies urinaires et infection associée à un cathéter	1	1
Péritonite bactérienne spontanée	1	1
Infection des voies urinaires associée à un cathéter	1	1
Cystite compliquée	1	1
Infection du pied	1	1
Infections des voies génitales	1	1
Péritonite	1	1
Pneumonie	1	1
Septicémie	1	1
Péritonite bactérienne spontanée	1	1
Infection de la plaie sternale	1	1
Infection des voies urinaires/pyélonéphrite aiguë	1	1
Infection des voies urinaires	1	1
Pneumonie acquise sous ventilation	1	1
Colonisation/portage	125	33
Gastro-intestinale (e.g., fécal, selles, rectal, périrectal)	110	29
Cultures non spécifiques (e.g., surveillance générale ou enregistrements de bases de données)	5	1
Gastro-intestinale et nasale	2	1
Gastro-intestinale et vaginale	2	1
Gastro-intestinale, vaginale et nasopharyngée	1	1
Gastro-intestinale, nasale et nombril	1	1
Gastro-intestinale, nasale, oropharyngée et urinaire	1	1
Gastro-intestinale, nasale et pharyngée	1	1
Peau	1	1
Urinaire	1	1
Colonisation/portage et/ou infection	51	13
Colonisation/portage non spécifique et/ou infection non spécifique	38	10
Colonisation/portage urinaire et/ou infection des voies urinaires	6	1
Colonisation/portage gastro-intestinal et/ou infection non spécifique	5	1
Colonisation/portage et/ou infection respiratoire	1	1
Colonisation/portage urinaire et/ou infection des voies urinaires, cystite et pyélonéphrite	1	1
Incertain	8	2
Isolement non spécifique	7	2
Isolement urinaire	1	1

Figure 3 - Équivalent textuel

Figure 3

Thème de facteurs	Colonisation/portage ou infection évaluée	Nombre d'articles (n)
Utilisation d'antibiotiques	Colonisation/portage	104
Utilisation d'antibiotiques	Colonisation/portage et/ou infection	39
Utilisation d'antibiotiques	Infection	176
Utilisation d'antibiotiques	Non défini	6
Animal	Colonisation/portage	22
Animal	Colonisation/portage et/ou infection	0
Animal	Infection	3
Animal	Non défini	0
Communauté	Colonisation/portage	7
Communauté	Colonisation/portage et/ou infection	1
Communauté	Infection	3
Communauté	Non défini	0
Comorbidités et symptômes	Colonisation/portage	78
Comorbidités et symptômes	Colonisation/portage et/ou infection	40
Comorbidités et symptômes	Infection	183
Comorbidités et symptômes	Non défini	6
Données démographiques	Colonisation/portage	93
Données démographiques	Colonisation/portage et/ou infection	42
Données démographiques	Infection	177
Données démographiques	Non défini	7
Alimentation et consommation	Colonisation/portage	31
Alimentation et consommation	Colonisation/portage et/ou infection	4
Alimentation et consommation	Infection	9
Alimentation et consommation	Non défini	0
Soins de santé	Colonisation/portage	93
Soins de santé	Colonisation/portage et/ou infection	46
Soins de santé	Infection	178
Soins de santé	Non défini	8
Ménage	Colonisation/portage	20
Ménage	Colonisation/portage et/ou infection	0
Ménage	Infection	9
Ménage	Non défini	0
Emploi	Colonisation/portage	25
Emploi	Colonisation/portage et/ou infection	0
Emploi	Infection	4
Emploi	Non défini	0
BLSE antérieures	Colonisation/portage	11
BLSE antérieures	Colonisation/portage et/ou infection	5
BLSE antérieures	Infection	28
BLSE antérieures	Non défini	0
Soins en résidence	Colonisation/portage	23
Soins en résidence	Colonisation/portage et/ou infection	10
Soins en résidence	Infection	42
Soins en résidence	Non défini	1
Voyage	Colonisation/portage	57
Voyage	Colonisation/portage et/ou infection	0
Voyage	Infection	19
Voyage	Non défini	0
Autre	Colonisation/portage	11
Autre	Colonisation/portage et/ou infection	18
Autre	Infection	113
Autre	Non défini	4

De nombreux groupes de comparaison ont été signalés (tableau 4). La culture d'une entérobactérie positive aux BLSE était la plus fréquente, comparée à une culture d'une entérobactérie négative aux BLSE (n = 171). Vingt articles ont fait état de deux groupes de comparaison (e.g., des études cas-témoins).

Tableau 4 : Comparaison des résultats entre les articles concernant la colonisation/le portage et/ou l'infection par des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu dans les articles inclus

Résultat positif (e.g., cas)	Résultat négatif (e.g., contrôles)	Nombre d'articlesTableau 4 note de bas de page a
		n	%
Culture d'entérobactéries positive aux BLSE (e.g., culture d'urine d'E. coli producteurs de BLSE)	BLSE négative pour la même culture d'entérobactéries explicitement définie (e.g., culture d'urine d'E. coli non producteur de BLSE)Tableau 4 note de bas de page b	171	45
Colonisation/portage d'entérobactéries productrices de BLSE positif (e.g., échantillon fécal d'E. coli producteur de BLSE)	Négatif pour la même colonisation/portage d'entérobactéries productrices de BLSE explicitement définie (e.g., négatif pour un échantillon fécal d'E. coli producteur de BLSE)Tableau 4 note de bas de page c	119	31
Infection à entérobactéries productrice de BLSE positive (e.g., IVU à E. coli producteur de BLSE)	Négatif pour la même infection à entérobactéries productrice de BLSE explicitement définie (e.g., négatif pour une IVU à E. coli producteur de BLSE)Tableau 4 note de bas de page d	34	9
Colonisation, portage et/ou infection par des entérobactéries productrices de BLSE (e.g., colonisation, portage ou infection par des entérobactéries productrices de BLSE)	Négatif pour la même colonisation/portage et/ou infection par des entérobactéries productrices de BLSE explicitement définie (e.g., négatif pour la colonisation/portage ou infection par des entérobactéries productrices de BLSE)Tableau 4 note de bas de page e	32	8
Culture d'entérobactéries positive aux BLSE (e.g., culture d'urine d'entérobactéries productrices de BLSE)	BLSE négative pour une combinaison d'entérobactéries et d'entérobactéries non productrices de BLSE explicitement définies dans la même culture (e.g., entérobactéries non productrices de BLSE et culture d'urine d'entérobactéries non productrices de BLSE)Tableau 4 note de bas de page f	16	4
Culture d'entérobactéries positive aux BLSE (e.g., culture d'urine d'E. coli producteurs de BLSE)	BLSE négative pour les bactéries qui n'ont pas été explicitement définies dans la même culture (e.g., culture d'urine bactérienne non productrice de BLSE)Tableau 4 note de bas de page g	7	2
Développement d'une infection à entérobactéries productrice de BLSE	Positif pour la colonisation/le portage d'entérobactéries productrices de BLSE	6	2
Entérobactéries productrices de CTX-M	Entérobactéries produisant un génotype différent (e.g., entérobactéries productrices de TEM ou de SHV)	5	1
Culture d'entérobactéries productrices de BLSE positive (e.g., hémoculture positive à E. coli producteur de BLSE)	Négatif aux BLSE avec une culture différente d'entérobactéries ou de bactéries non entérobactériennes explicitement définies (e.g., hémoculture positive à K. pneumoniae ou à des espèces de Pseudomonas ne produisant pas de BLSE)	5	1
Positif à la culture d'entérobactéries productrices de BLSE acquises dans un contexte spécifique (e.g., infection urinaire à E. coli acquise dans la communauté)	Positif pour une culture d'entérobactéries productrices de BLSE acquise dans un autre contexte spécifié (e.g., infection urinaire à E. coli acquise à l'hôpital)	2	1
Positif pour la colonisation/le portage d'entérobactéries productrices de BLSE en combinaison avec une infection à entérobactéries productrices de BLSE	Positif pour la colonisation/le portage d'entérobactéries productrices de BLSE en association avec une infection non causée par des entérobactéries productrices de BLSE	2	1
Culture d'entérobactéries positive aux BLSE (e.g., urine avec E. coli producteurs de BLSE)	Entérobactéries positives aux BLSE provenant d'une culture différente (e.g. sang avec d'E. coli producteurs de BLSE)	1	1
Culture d'entérobactéries productrices de BLSE (e.g., hémoculture positive à E. coli producteur de BLSE)	La même culture avec toute autre bactérie que la souche d'entérobactéries positive aux BLSE comparée (i.e., les cultures peuvent être négatives ou positives pour toute bactérie de l'hémoculture, à l'exception d'E. coli productrice de BLSE)	1	1

Discussion

Dans le cadre de cette analyse, nous avons identifié 381 articles faisant état de facteurs relatifs aux entérobactéries productrices de BLSE. La plupart des articles inclus ont été publiés au cours des dix dernières années, ce qui correspond probablement à l'urgence de comprendre les taux croissants d'acquisition par l'homme d'entérobactéries productrices de BLSE et à la croissance exponentielle des publications scientifiques en général ^{Note de bas de page 8Note de bas de page 37Note de bas de page 38Note de bas de page 39}. Il convient de noter que la plupart des articles ont mis l'accent sur les facteurs liés à l'utilisation d'antimicrobiens, aux comorbidités/symptômes, à la démographie et aux soins de santé, et que seule une petite partie des articles ciblés ont fait état de facteurs associés au contact avec les animaux, à la communauté, à l'alimentation et à la consommation; principalement liés à la colonisation et au portage d'entérobactéries productrices de BLSE. Bien qu'il y ait eu moins d'articles sur ces thèmes, ils peuvent fournir des informations importantes, car des articles antérieurs ont suggéré que le contact avec les animaux, la consommation d'aliments et la transmission domestique ou communautaire peuvent jouer un rôle dans l'exposition aux entérobactéries productrices de BLSE ^{Note de bas de page 11Note de bas de page 17Note de bas de page 40Note de bas de page 41Note de bas de page 42}. Il n'est pas certain que les facteurs individuels les plus fréquemment mentionnés dans ces articles étaient en fait plus souvent associés aux entérobactéries productrices de BLSE (i.e., qu'ils présentaient des mesures d'association plus importantes), qu'ils avaient été évalués et mentionnés plus fréquemment que d'autres, ou que les études évaluant ces facteurs bénéficiaient d'un financement plus important.

Le cadre de cette étude peut expliquer le plus grand nombre d'articles sur l'utilisation des antimicrobiens, les comorbidités/symptômes, la démographie et les facteurs liés aux soins de santé. La plupart des articles ont été rédigés en milieu hospitalier et plus de la moitié d'entre eux ont utilisé des sources d'information secondaires (e.g., des dossiers médicaux ou des bases de données). Cette combinaison de paramètres et de sources peut avoir été choisie en raison de la relative facilité d'accès aux données. Les facteurs associés aux infections résistantes dans les hôpitaux sont des préoccupations majeures et constituent donc un domaine de recherche important. Bien que certains facteurs rapportés en milieu hospitalier puissent être liés à ceux du milieu communautaire (e.g., la prise de médicaments), les facteurs rapportés en milieu hospitalier peuvent ne pas être représentatifs des facteurs du milieu communautaire (e.g., les populations, les comorbidités, les activités variées). Les résultats des études menées en milieu hospitalier ne sont donc pas généralisables à d'autres contextes.

Cette analyse a permis d'identifier les études dont les sujets provenaient de pays ayant un indice de développement humain très élevé ^{Note de bas de page 33}, car nous nous intéressions à des facteurs pertinents pour le contexte canadien. La plupart des études ont été menées dans la région européenne (n = 235), suivie par le Pacifique occidental (n = 78), les Amériques (n = 60) et la Méditerranée orientale (n = 8). Seules sept études ont été réalisées au Canada; cependant, un grand nombre de documents ont été recueillis et peuvent être utilisés pour comprendre les connaissances actuelles sur les facteurs associés à l'acquisition d'entérobactéries productrices de BLSE dans des populations similaires. Bien que ces pays présentent des similitudes, les différences de politiques et de pratiques peuvent limiter la généralisation des données propres au Canada.

Plusieurs articles ont fait état de facteurs similaires pour les infections à entérobactéries, indépendamment de leur statut en matière de RAM, y compris les comorbidités, les données démographiques et les soins de santé ^{Note de bas de page 43Note de bas de page 44Note de bas de page 45}. Les facteurs associés à la colonisation ou à l'infection par des entérobactéries productrices de BLSE peuvent être liés à des caractéristiques bactériennes plutôt qu'à une distinction entre bactéries sensibles et résistantes, ce qui est important, car les interventions qui ciblent l'agent pathogène, indépendamment de la résistance, sont probablement efficaces pour réduire à la fois les souches résistantes et les souches sensibles. Cela souligne l'importance du choix du comparateur (groupe de contrôle) approprié pour la question de recherche envisagée et l'interprétation des résultats. De nombreux comparateurs de résultats différents ont été identifiés dans notre étude. Chaque combinaison de comparaisons fournit des informations différentes qui contribuent à une meilleure compréhension globale des facteurs associés aux entérobactéries productrices de BLSE.

Cet article présente l'étendue des facteurs associés aux entérobactéries productrices de BLSE rapportés dans la littérature. De nombreuses références font souvent état de facteurs démographiques (e.g., l'âge et l'appartenance ethnique) et de groupes susceptibles d'être particulièrement vulnérables. Bien que ces facteurs ne puissent être modifiés, ils peuvent être utilisés pour identifier les groupes particulièrement vulnérables pour lesquels des interventions peuvent être ciblées. D'autres articles font état de facteurs modifiables (e.g., l'alimentation, les voyages, l'utilisation d'antimicrobiens), qui peuvent être ciblés en tant qu'interventions et potentiellement mis en œuvre immédiatement (e.g., les interventions liées à l'alimentation), en notant les dépendances de faisabilité et de coût, tandis que d'autres peuvent nécessiter des solutions plus graduelles et à plusieurs volets (e.g., la réduction des comorbidités). Il est nécessaire d'adopter une approche multidisciplinaire pour aborder les stratégies réalisables de promotion de la santé et la nature complexe de la résistance aux antimicrobiens, dont les facteurs sont multiples.

Des travaux sont en cours pour mieux décrire les facteurs identifiés dans ces articles. Cela permettra de connaître le nombre de facteurs rapportés par étude et les données quantitatives rapportées pour ces facteurs (i.e., la force et la direction de l'association entre le facteur et les entérobactéries productrices de BLSE). En outre, les facteurs de cette étude seront utilisés pour alimenter des modèles dans le cadre du projet iAM.AMR ^{Note de bas de page 15Note de bas de page 28} afin d'améliorer notre compréhension des voies d'exposition humaine aux entérobactéries productrices de BLSE. Ces informations permettront de déterminer les caractéristiques humaines, les comportements et les actions qui ont un impact sur la probabilité d'être colonisé ou infecté par des entérobactéries productrices de BLSE et d'identifier les facteurs à prendre en compte en priorité dans les interventions. Ces informations seront précieuses pour comprendre comment conseiller les Canadiens sur la manière de réduire leur probabilité de contracter des bactéries résistantes et de réduire les effets négatifs sur la santé associés à l'infection.

Limites

Les articles ont été identifiés à partir de bases de données en ligne sélectionnées, en omettant les recherches issues de la littérature grise. Cela peut avoir introduit un biais de publication, car les résultats qui n'ont pas été diffusés dans des publications évaluées par des pairs n'ont pas été examinés en vue de leur inclusion (e.g., les thèses et dissertations, les rapports gouvernementaux) et les articles avec des résultats nuls, négatifs ou non concluants sont moins susceptibles d'être publiés ^{Note de bas de page 46}. Le biais linguistique a été pris en compte, car l'examen a été limité aux articles rédigés en anglais; cependant, l'impact de ce biais est probablement négligeable, car environ 98 % des publications scientifiques sont rédigées en anglais ^{Note de bas de page 47Note de bas de page 48}.

L'extraction des données par un seul examinateur a également été limitée en raison du manque de ressources. L'extraction des données de l'étude par plusieurs personnes réduit les erreurs et les biais de classification ^{Note de bas de page 49}. Afin d'atténuer ces types d'erreurs et d'identifier les erreurs d'extraction des données, les auteurs ont participé à la fois à l'élaboration de la collecte des données et à l'analyse.

Enfin, le regroupement des facteurs par thèmes a évolué au cours de l'extraction des données. Il a été difficile de regrouper les facteurs par thèmes en raison des différences de terminologie utilisée, des populations étudiées et des définitions appliquées. La combinaison de données provenant de différentes études s'est avérée difficile en raison de l'hétérogénéité des données de l'étude (e.g., la même variable mesurée sur des échelles différentes, des données manquantes) ^{Note de bas de page 50}. Les termes, y compris le portage et la colonisation, n'ont pas été normalisés dans les études et ont été utilisés de manière interchangeable; par conséquent, certaines données ont dû être combinées (e.g., colonisation et/ou portage) ou consignées comme « peu claires ».

Conclusion

Cette revue a synthétisé les preuves d'une large collection d'articles rapportant les facteurs associés à la colonisation, au portage et/ou aux infections par les entérobactéries productrices de BLSE chez les humains dans les pays à indice du développement humain très élevé. Les facteurs ont été rapportés dans de nombreux contextes, groupes d'âge et organismes différents, et en utilisant différents groupes de comparaison des résultats. Cette variabilité entre les études a mis en évidence la nécessité d'une présentation transparente ou, si possible, harmonisée des méthodes afin de permettre des interprétations et des comparaisons appropriées entre les facteurs présentés. Dans l'ensemble, les études réalisées en milieu hospitalier ont prédominé et les facteurs les plus fréquemment cités sont l'utilisation d'antimicrobiens, les comorbidités/symptômes, les données démographiques et les soins de santé. Les articles faisant état de contacts avec des animaux, de consommation/pratiques alimentaires et d'activités au sein de la communauté n'étaient pas aussi nombreux et, par conséquent, peu d'informations ont été décelées sur ces facteurs. Il est nécessaire de réaliser davantage d'études sur les facteurs associés aux entérobactéries productrices de BLSE dans la communauté, qui ont été établies comme préoccupantes ^{Note de bas de page 6Note de bas de page 8}.

Cette étude de la portée a synthétisé les connaissances sur les sources et les activités potentielles qui affectent le risque d'exposition humaine aux entérobactéries productrices de BLSE. Les thèmes factoriels décelés couvrent les contextes humain, animal et environnemental, et les contextes soutiennent la nécessité d'une diversité de perspectives et d'une approche multisectorielle de la résistance aux antimicrobiens. Les résultats de cet article permettront d'orienter les recommandations visant à réduire le risque de contracter des entérobactéries productrices de BLSE pour les Canadiens, ainsi que pour d'autres pays similaires, tout en tenant compte des nombreuses sources d'exposition dans divers contextes. Ces résultats permettront également d'orienter les recherches futures sur des activités et dans des contextes qui n'ont pas encore été étudiés.

Déclaration des auteurs

• J. G. — Conceptualisation, méthodologie, analyse formelle, rédaction−révision et édition
• C. U. — Analyse formelle, rédaction−révision et édition
• S. P. — Analyse formelle, révision et édition
• C. M. — Conceptualisation, méthodologie, révision et édition
• C. A. C. — Conceptualisation, méthodologie, révision et édition
• E. J. P. — Conceptualisation, méthodologie, analyse formelle, révision et édition

Intérêts concurrents

J. G., C. U., S. P., C. M. et C. A. C. n'ont aucun conflit d'intérêts à déclarer. E. J. P. bénéficie (ou a bénéficié au cours des cinq dernières années) de subventions/contrats de recherche financés par les Instituts de recherche en santé du Canada, le Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie, le ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation et des Affaires rurales de l'Ontario, l'Agence de la santé publique du Canada et le Programme canadien pour la sûreté et la sécurité. Elle est actuellement présidente du conseil d'administration du Centre for Coastal Health, membre du conseil d'administration du McEachran Institute et membre du Advisory Council for Research Directions : One Health et membre du groupe de travail « Un monde, une santé » de la Société royale du Canada. Avant février 2019, elle était employée par l'Agence de la santé publique du Canada.

Remerciements

Les auteurs souhaitent remercier Scott McEwen et Courtney Primeau pour leurs conseils et leur contribution à ce projet. Nous tenons également à remercier Jacqueline Kreller-Vanderkooy (bibliothécaire à l'Université de Guelph) pour ses conseils lors de l'élaboration de la chaîne de recherche et de la stratégie de recherche pour ce projet.

Financement

Ce travail a été soutenu par les sources suivantes : le département de médecine des populations de l'Université de Guelph, l'Agence de la santé publique du Canada, les Instituts de recherche en santé du Canada, les bourses d'études supérieures du Canada (programme de maîtrise) et le complément tri-conseil du doyen de l'Université de Guelph.