Partie 9 : Opérations gouvernementales, territoire domanial et terres autochtones (art. 206 à 215)
En vertu de la Constitution du Canada, les lois provinciales ne s'appliquent normalement pas à Sa Majesté du chef du Canada. Cela signifie que la réglementation des provinces et territoires concernant les émissions, les effluents, les urgences environnementales, la manutention des déchets et toute autre question environnementale n'ont aucune incidence sur les opérations ou les terres du gouvernement fédéral, y compris les terres autochtones. Les éléments inclus dans la partie 9 sont souvent désignés par le terme « grande maison fédérale », ce qui inclut les ministères, organismes, agences, commissions et conseils fédéraux, les sociétés d'État, les ouvrages et entreprises de compétence fédérale tels que les banques, les lignes aériennes et les systèmes de radiodiffusion, ainsi que les terres fédérales et autochtones.
La partie 9 de la LCPE 1999 permet de combler cette lacune de la réglementation pour faire en sorte que la « grande maison fédérale » soit soumise au même type de règlements environnementaux que les instances régies par les provinces.
Selon cette partie de la LCPE, le ministre peut aussi établir des objectifs, des directives et des codes de pratique à l'intention de « la grande maison fédérale ».