Information sur les aliments nouveaux : Variété de pommes de terre Gen2-Z6 de la marque Simplot InnateMD

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• Contexte
• 1. Présentation
• 2. Mise au point de la plante modifiée
• 3. Caractérisation de la plante modifiée
• 4. Information sur le produit
• 5. Exposition alimentaire
• 6. Nutrition
• 7. Chimie et toxicologie
• Conclusion

Contexte

Santé Canada a avisé J.R. Simplot Company (Simplot) qu’il ne s’oppose pas à l’utilisation alimentaire de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD. Le Ministère a effectué une évaluation exhaustive de cette lignée de pomme de terre conformément à ses Lignes directrices sur l’évaluation de l’innocuité des aliments nouveaux . Ces lignes directrices sont fondées sur des principes reconnus à l’échelle internationale pour établir l’innocuité des aliments à caractères nouveaux.

Le texte qui suit résume l’avis remis par Simplot ainsi que l’évaluation réalisée par Santé Canada. Il ne contient aucun renseignement commercial confidentiel.

1. Présentation

Simplot a mis au point la variété de pommes de terre génétiquement modifiées (Solanum tuberosum) Gen2-Z6 (développée à partir de Snowden), dont les tubercules contiennent une teneur réduite en asparagine libre, ainsi que des teneurs réduites de sucres réducteurs (c.-à-d. glucose et fructose). La réduction de l’asparagine a pour but de réduire la formation de l’acrylamide dans ces tubercules de pomme de terre lorsqu’ils sont soumis à diverses formes de traitements thermiques (p. ex., au four, frites, etc.). Les teneurs plus faibles en sucres réducteurs diminuent encore davantage la formation de l’acrylamide et limitent le brunissement provoqué par la chaleur. L’expression de l’enzyme polyphénol oxydase 5 (Ppo5) est aussi réduite dans cette variété de pommes de terre, avec pour conséquence, la diminution de l’apparition des taches noires causées par des meurtrissures sur les tubercules. Cette lignée de pomme de terre exprime aussi une protéine de résistance (protéine-R) présente dans les espèces sauvages de Solanum, soit Solanum venturii et Solanum phureja (VNT1). La protéine VNT1 permet à la plante de détecter la Avr-Vnt1, une protéine effectrice, qui est produite par Phytopthora infestans, un oomycète qui cause le mildiou de la pomme de terre. La détection de la protéine effectrice permet à la plante de déclencher sa réponse immunitaire native afin de résister à l’infection par P. infestans.

En dehors de la résistance au mildiou, les autres caractères nouveaux (c.-à-d., la teneur réduite en asparagine et en sucres réducteurs ainsi que la diminution des taches noires de meurtrissure) ont été obtenus par la transcription de séquences répétées inversées contenant de petits fragments d’ADN de cinq gènes endogènes distincts (c.-à-d., Asn1, Ppo5, PhL, R1, and VInv) avec pour résultat, la réduction des transcrits d’ARN messager (ARNm) (et subséquemment des protéines exprimées) de ces mêmes gènes au moyen de la voie d’interférence des ARN (ARNi). Comme indiqué ci-dessus, la résistance au mildiou est obtenue au moyen de l’expression de la protéine VNT1.

La variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD est considérée comme étant une plante de la « génération 2.0 ». La première génération de pommes de terre de marque Simplot Innate^MD (c.-à-d., Gen1-E12, Gen1-F10, Gen1-J3, Gen1-J55 et Gen1-V11) contient moins de sucres réducteurs, son potentiel pour la formation de l’acrylamide pendant un traitement thermique est plus faible et elle exprime une résistance aux taches noires de meurtrissure. La deuxième génération de pommes de terre de marque Simplot Innate^MD présente tous les mêmes caractères que les plantes de la génération 1.0, en plus de résister au mildiou.

L’évaluation de l’innocuité effectuée par les évaluateurs de la Direction des aliments a été réalisée conformément aux Lignes directrices pour l’évaluation de l’innocuité des aliments nouveaux de Santé Canada. Ces dernières sont fondées sur les démarches visant l’harmonisation avec les directives établies par d’autres autorités réglementaires et reflètent les documents d’orientation internationaux dans ce domaine (p. ex., le Codex Alimentarius). L’évaluation a tenu compte de la façon dont cette variété de pommes de terre a été créée, de la composition et de la qualité nutritionnelle de cette variété par rapport aux variétés de pommes de terre non modifiées et de la possibilité que cette variété de pommes de terre soit toxique ou cause des réactions allergiques. Simplot a fourni des données démontrant que la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD est tout aussi sans danger pour la population et que sa valeur nutritive est semblable à celle des variétés de pommes de terre habituellement consommées au Canada.

La Direction des aliments est chargée par la loi de l’évaluation préalable à la mise en marché des aliments nouveaux et des ingrédients alimentaires nouveaux, comme le précise le Règlement sur les aliments et drogues (Titre B.28). La variété de pomme de terreGen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD est considérée comme un aliment nouveau dans la partie suivante de la définition des aliments nouveaux :

« c) aliment dérivé d’un végétal, d’un animal ou d’un micro-organisme qui, ayant été modifié génétiquement, selon le cas :

• (i) présente des caractères qui n’avaient pas été observés auparavant. »

2. Mise au point de la plante modifiée

Le requérant a présenté une description des méthodes utilisées pour la mise au point de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate ^MD et les données de biologie moléculaire caractérisant la modification génétique à l’origine de la teneur réduite en asparagine libre et en sucres réducteurs (glucose et fructose) des tubercules, de la réduction de l’expression de l’enzyme polyphénol oxydase 5 (Ppo5) et de la protéine VNT1. Ce phénotype a été obtenu au moyen de la transformation des variétés traditionnelles de pommes de terre Snowden avec deux constructions distinctes d’ADN-T contenant les séquences répétées inversées des fragments particuliers d’ADN de cinq gènes endogènes (c.-à-d., Asn1,Ppo5, PhL, R1, et VInv) et du gène Rpi-vnt1 issu de S. venturii codant pour la protéine VNT1. Les cinq gènes cibles ont été choisis en raison de la fonction biochimique qu’ils jouent dans la production d’asparagine, dans l’accumulation des sucres réducteurs ou dans l’apparition des taches noires causées par des meurtrissures. Les insertions d’ADN-T dans la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD contiennent deux promoteurs natifs (c.-à-d., pAgp et pGbss) à l’origine de la transcription de trois séquences répétées inversées principalement observés dans le tissu des tubercules. L’expression de ces séquences répétées inversées entraîne la réduction de la teneur en ARNm (et de la teneur en protéines exprimées) de ces mêmes gènes au moyen de la voie d’interférence à l’ARN (ARNi).

Le gène Asn1code pour une enzyme, la synthétase d’asparagine 1 (Asn1), laquelle catalyse la conversion de la glutamine en asparagine en transférant la chaîne latérale amine (NH₂) de la glutamine à l’aspartate pour former l’asparagine. L’asparagine est un substrat de la réaction de Maillard qui convertit les acides aminés et les sucres réducteurs en acrylamide pendant les traitements à haute température. La réduction des teneurs en Asn1 et en asparagine dans les tubercules de pommes de terre diminue le potentiel de formation de l’acrylamide dans les produits alimentaires à base de pommes de terre cuites.

Le gène Ppo5 code pour l’enzyme polyphénol-oxydase 5 (Ppo5) qui catalyse la conversion des o-diphénols en o-quinones. Les molécules o-quinone réactives s’auto-polymérisent pour former des mélanines qui sont à l’origine de la coloration des tissus végétaux oxydés. Une réduction de l’activité de la Ppo5 limite la coloration des tissus oxydés (réduisant ainsi les taches noires causées par les meurtrissures).

Le gène Phl code l’a-glucane phosphorylase, une phosphorylase-L (PhL) qui dégrade l’amidon au moyen de la libération phosphorolytique du glucose -1-phosphate des chaînes de glucane. Une perte de l’activité de la PhL limite l’accumulation de sucres réducteurs (ce qui renforce encore davantage le phénotype de limitation de la formation de l’acrylamide).

Le gène R1 code pour une protéine R1 apparentée à l’amidon (a-glucane-eau dikinase) qui catalyse le transfert des g- et b-phosphates de l’adénosine triphosphate (ATP) (par une histidine phosphate intermédiaire) en α-glucane et en eau produisant ainsi un amidon phosphorylé. La protéine R1 est principalement responsable de la phosphorylation en position C6. La phosphorylation influe sur le degré d’entassement des cristaux dans la granule d’amidon et la rend plus vulnérable à la dégradation. Ainsi, la perte de l’activité de la protéine R1 réduit la dégradation de l’amidon, ce qui diminue l’accumulation des sucres réducteurs (renforçant encore davantage le phénotype de limitation de la formation de l’acrylamide).

Le gène VInv code pour une invertase vacuolaire (VInv) qui hydrolyse le saccharose en sucres réducteurs, soit en glucose et en fructose. Ainsi, la perte de l’activité de VInv réduit l’accumulation des sucres réducteurs renforçant ainsi la limitation de la formation de l’acrylamide.

En raison de la nature des séquences répétées inversées, leurs transcrits forment des molécules d’ARN double brins (ARNdb) au moyen d’une fixation complémentaire. Les molécules d’ARNdb agissent comme les précurseurs de la voie d’autorégulation post-transcriptionnelle par ARNi de la plante. Une ribonucléase III (c.-à-d., Dicer) reconnaît et transforme ces précurseurs des molécules d’ARNdb en de petits duplex de 21 pb comportant deux brins individuels (désignés « guide » et « passager ») que l’on appelle petit ARN interférent (pARNi). Les duplex de pARNi sont ensuite fixés par le complexe de blocage de l’expression génique par des ADN (RISC), lequel dégrade sélectivement le brin « passager » de chaque duplex. Le brin « guide » qui est toujours fixé au complexe sert à activer le RISC et le transforme en complexe de blocage. Chez les végétaux, le RISC activé se fixe à tout ARN messager (ARNm) possédant une séquence complémentaire complète du brin « guide » fixé et détruit l’ARNm fixé par clivage enzymatique. Le clivage de l’ARNm cible peut entraîner la réduction de l’expression de la protéine associée (bien que la réduction de l’expression puisse varier pour chaque pARNi).

La première construction d’ADN-T (désignée ci-après comme ADN-T pSIM1278) contient les éléments génétiques suivants : le promoteur d’un gène d’ADP-glucose pyrophosphorylase (pAgp) (1re copie), un des deux promoteurs convergeants est à l’origine de l’expression d’une séquence répétée inversée contenant des fragments des gènes Asn1 etPpo5 issus de la variété de pommes de terre Solanum tuberosum Ranger Russet; de la séquence répétée inversée contenant des fragments des gènes Asn1 et Ppo5 du promoteur du gène codant pour l’amidon synthase liée aux granules (p Gbss) (1re copie). Le second des deux promoteurs convergeants est à la source de l’expression de la séquence répétée inversée contenant les fragments des gènes Asn1 et Ppo5 issus de S. tuberosum var. Ranger Russet; du promoteur d’un gène d’ADP-glucose pyrophosphorylase (pAgp) (2e copie). Un des deux promoteurs convergeants est à la source de l’expression d’une séquence répétée inversée contenant des fragments des gènes PhL et R1 issus de Solanum tuberosum var. Ranger Russet; la séquence répétée inversée contenant des fragments des gènes PhL et R1 et le promoteur du gène codant pour l’amidon synthase liée aux granules (pGbss) (dans l’orientation inverse) (2e copie). Le second des deux promoteurs convergeants à la source de l’expression de la séquence répétée inversée contenant les fragments des gènes PhL et R1 issus de S. tuberosum var. Ranger Russet. La construction d’ADN-T pSIM1278 a été utilisée pour la mise au point des lignées de pommes de terre Gen1-E12, Gen1-F10, Gen1-J3, Gen1-J55 et Gen1-V11 de marque Simplot Innate^MD et a déjà été évaluée par Santé Canada en 2016.

La seconde construction d’ADN-T (désigné par ADN-T pSIM1678) contient les éléments génétiques suivants : le promoteur natif de la protéine R, la protéine VNT1 (pRpi-vnt1) issue de S. venturii; la séquence codante du gène Rpi-vnt1 (Rpi-vnt1) issu de S. venturii codant pour la protéine VNT1; le terminateur natif de la protéine R, la protéine VNT1 (tRpi-vnt1) issue de S. venturii; le promoteur d’un gène ADP-glucose pyrophosphorylase (pAgp) issu de S. tuberosum var. Ranger Russet; la séquence répétée inversée contenant les fragments du gène VInv issu de S. tuberosum var. Ranger Russet et le promoteur du gène codant pour la synthase liée aux granules (pGbss) (dans l’orientation inverse) issu de S. tuberosum var. Ranger Russet. La construction ADN-T pSIM1678 a été utilisée pour transformer la lignée de pommes de terre Gen1-E56 de la génération 1.0 de marque Simplot Innate ^MD en lignée Gen2-W8 de la génération 2.0 et les lignées Gen1-F10 et Gen1-J3 évaluées précédemment en lignées de la génération 2.0 Gen2-X17 et Gen2-Y9.

La variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD a été mise au point en recourant à une transformation par Agrobacterium selon la méthode de Richael et coll., 2008 ^{Note de bas de page 1} . La souche AGL1 d'Agrobacterium dérivée de la souche de référence C58 (Lazo et al., 1991 ^{Note de bas de page 2} ) portant le vecteur pSIM1278 ou pSIM1678, a été utilisée pour transformer des segments d'entre-nœuds de pomme de terre.

La variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD a été mise au point en transformant la variété de première génération Gen1-V11 (évaluée précédemment par Santé Canada) avec le vecteur pSIM1678, créant ainsi la variété Gen2.

3. Caractérisation de la plante modifiée

L’intégrité et le nombre de copies d’inserts d’ADN-T pSIM1278 et pSIM1678 dans la lignée Gen2-Z6 ont été caractérisés au moyen du transfert de Southern, complété par plusieurs techniques de séquençage de l’ADN (c.-à-d., Illumina et Sanger) lorsque cela s’est révélé nécessaire afin d’identifier les séquences particulières dans chaque insert. Plusieurs digestions par enzyme de restriction ont eu lieu en utilisant des jeux de sondes spécifiques aux éléments dans chaque insertion d’ADN-T (c.-à-d. ASN, GBS, AGP, R1, INV et VNT1) pour détecter la présence de ces éléments. En se fondant sur l’hypothèse d’une structure simple, les bandes produites observées ont été comparées à la taille, à l’intensité et au nombre des bandes produites attendues. Lorsque les bandes observées donnaient à penser à la présence d’une structure d’insert simple, le séquençage du génome entier Illumina a été utilisé pour confirmer la séquence de l’insert et la vérifier ainsi que vérifier la couverture de la séquence à l’échelle de l’insert simple. Toutes les bandes observées suggéraient une structure d’insert simple pour les deux inserts d’ADN T.

L’analyse du transfert de Southern et les techniques de séquençage de l’ADN ont confirmé que dans la lignée Gen2-Z6, l’insert pSIM1278 contient une séquence d’ADN T presque pleine longueur et est identique à l’insert pSIM1278 dans sa ligne parentale (décrit précédemment pour la variété Gen1-V11). Dans la variété Gen2-Z6, l’insert du pSIM1678 se compose d’une séquence d’ADN T presque complète (avec des suppressions mineures dans les séquences de bord, ce qui est un résultat courant de la transformation médiée par Agrobacterium).

De plus, l’analyse par transfert de Southern a confirmé l’absence de séquences de squelette plasmidique de pSIM1278 et p1678 dans le génome de la lignée Gen2-Z6.

La pomme de terre est une culture à multiplication végétative et sa reproduction se produit sans méiose. Par conséquent, les inserts d’ADN-T dans la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate ^MD devraient se révéler stables. Néanmoins, la stabilité des inserts D’ADN-T a été confirmée dans plusieurs propagations de cette lignée au moyen de l’analyse par transfert de Southern.

4. Information sur le produit

La variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD diffère de son équivalent traditionnel en raison de l’ajout à ces premières de trois séquences répétées inversées contenant des fragments de séquence de 5 gènes endogènes (c.-à-d. Asn1, Ppo5, Phl,R1 et VInv) et les promoteurs convergents (c.-à-d. p Agp et pGbss) à l’origine de leur expression. L’expression de ces séquences répétées inversées entraîne la réduction de la teneur en ARNm et subséquemment, en protéines exprimées de ces mêmes gènes au moyen d’une voie d’interférence ARN (ARNi) de la plante hôte. La réduction de l’expression protéique de l’Asn1, de la Ppo5, de la PhL, de la R1 et de la VInv réduit les teneurs en asparagine et en sucres réducteurs (c.-à-d., en glucose et en fructose) des tubercules, de même qu’en l’enzyme Ppo5. La seule réduction de l’asparagine diminue significativement la formation de l’acrylamide dans les tubercules lorsqu’ils sont soumis à diverses formes de traitements thermiques (p. ex. la cuisson au four, la friture, etc.). Les teneurs plus faibles en sucres réducteurs diminuent encore davantage la formation de l’acrylamide et limitent le brunissement provoqué par la chaleur. La réduction de l’enzyme Ppo5 diminue l’apparition des taches noires sur les tubercules. Ces lignées expriment aussi la protéine R, VNT1, laquelle confère la résistance à l’agent pathogène P. infestans causant le mildiou.

L’organisme hôte, Solanum tuberosum (pomme de terre), est produit dans toutes les provinces et tous les territoires du Canada et fait partie intégrante de l’approvisionnement alimentaire mondial De nombreuses variétés de cette espèce ont une longue histoire d’utilisation sécuritaire comme aliment. La variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque de Simplot Innate^MD contient des séquences d’ADN génomique de la pomme de terre traditionnelle et d’une espèce de pomme de terre sauvage (Solanum verrucosum et Solanum venturii). Selon l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE), S. verrucosum est une source acceptable de matériel génétique pour l’amélioration des variétés de pommes de terre qui a un antécédent d’utilisation comme aliment. S. venturii est une espèce de pomme de terre sauvage de l’Argentine et constitue un système modèle pour les études sur le silence génique induit par un virus. Le recours au matériel génétique provenant des trois sources de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD ne devrait pas poser de problème de sécurité.

À l’exception de la protéine VNT1, les inserts d’ADN-T qui se trouvent dans la variété de pommes de terre Gen2-Z6 n’entraînent pas l’expression d’une ou de plusieurs protéines nouvelles, mais plutôt la formation de molécules d’ARN double brins qui seront ultérieurement transformés par l’enzyme endogène Dicer en de petits ARNi qui seront activés par la voie de l’ARNi avec comme résultat, la réduction du niveau des transcrits d’ARNm des cinq protéines endogènes (c.-à-d., Asn1, Ppo5, PhL, R1 et VInv).

Ainsi, les teneurs en ARNm (plutôt que les concentrations en protéines) ont été évaluées dans le but d’établir le lien entre les nouveaux caractères phénotypiques de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 et les changements sur le plan moléculaire (c.-à-d.le niveau d’ARNm). L’ARN isolé de divers tissus de cette lignée de pommes de terre et des variétés de pommes de terre traditionnelles non modifiées a fait l’objet d’analyses par transfert de Northern. Trois échantillons répétés de la variété Gen2-Z6 et de son témoin non modifié ont été évalués dans chaque gel et transfert.

Les promoteurs utilisés pour contrôler la transcription des séquences répétées inversées dans les cassettes d’expression de l’ADN T (c.-à-d. p Agp et pGbss) sont bien caractérisés et connus pour être très actifs dans les tubercules et les stolons, et moins actifs dans les tissus photosynthétiques et les racines (Nakata et coll., 1994 ^{Note de bas de page 3} ; Visser et coll., 1991 ^{Note de bas de page 4} ). Par conséquent, la réduction des niveaux de transcrits d’ARNm des cinq protéines cibles a été prédite par le pétitionnaire comme étant plus élevée dans les tubercules et moins prononcée dans les feuilles, les tiges et les racines.

Pour la variété Gen2-Z6, les résultats ont montré une expression réduite des cinq gènes cibles dans les tubercules. Aucune différence n’a été observée dans les autres tissus.

L’expression du transcrit de l’ARNm du gène Rpi-vnt1 dans la variété Gen2-Z6 est sous le contrôle de son promoteur et son terminateur de transcription endogènes. La PCR par transcription inverse quantitative en temps réel (qRT-PCR) pour mesurer les niveaux de transcription de l’ARNm de Rpi-vnt1 dans les feuilles et les tubercules de la Gen2-Z6. L’ARN total a été isolé à partir de ces tissus de Gen2-Z6 et de son témoin non modifié et soumis à une qRT-PCR à l’aide d’amorces spécifiques pour Rpi-vnt1.

L’expression du transcrit de l’ARNm de Rpi-vnt1 a été normalisée par rapport aux gènes de référence endogènes (facteur d’élongation 1a et adénine phosphoribosyltransférase [APRT]), pour chaque échantillon. Ces gènes de référence ont été choisis en fonction de leur expression constante dans la pomme de terre dans diverses conditions environnementales. La spécificité de la réaction qrt-PCR a été démontrée à l’aide d’amorces spécifiques aux gènes. Comme contrôle positif, on a analysé l’expression de la transcription de l’ARNm Rpi-vnt1 dans l’échantillon de tissu foliaire de S. venturii. Pour chaque type d’échantillon (y compris l’échantillon de tissu foliaire de S. venturii), trois réplicats biologiques ont été analysés en trois exemplaires. Les résultats de l’expression du transcrit montrent que l’ARNm de Rpi-vnt1 est exprimé dans les racines, les tiges, les feuilles, les fleurs et les tubercules de la lignée Gen2-Z6, mais à des niveaux très bas

Dans l’ensemble, les niveaux d’expression de l’ARNm de Rpi-vnt1 étaient semblables dans le tissu foliaire de la pomme de terre Gen2-Z6 et dans l’échantillon de feuilles de S. venturii., et ils étaient plus élevés dans les feuilles que dans les tubercules de la pomme de terre Gen2-Z6. Cette observation est cohérente avec d’autres travaux sur les niveaux d’expression des gènes R ^{Note de bas de page 5} .

Le pétitionnaire a fait remarquer que la protéine R est exprimée en faibles teneurs dans les plantes et dans certains cas elles seraient aussi faibles que 18 pp ^{Note de bas de page 6} . La protéine VNT1 a été détectée dans les tissus de ces lignées lorsqu’elle est mesurée au moyen d’un essai à transfert de Western sensible à moins de 500 ppb.

5. Exposition alimentaire

Bien que le but visé des pommes de terre Simplot Innate^MD soit de fournir une pomme de terre ayant un potentiel plus faible pour la formation de l’acrylamide pendant un traitement thermique, une résistance aux taches noires de meurtrissure et au mildiou, on ne s’attend pas à ce que la commercialisation de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 entraîne de modifications importantes de la façon dont les pommes de terre seront utilisées dans l’alimentation.

6. Nutrition

Pour évaluer si les modifications génétiques de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD avaient des conséquences imprévues, les composantes nutritionnelles et anti-nutritionnelles de la pomme de terre Gen2-Z6 ont été analysées et comparées à celles du contrôle parental non génétiquement modifié (non GM), Snowden. Cela a été fait dans le cadre d’essais sur le terrain menés en 2018 sur quatre sites différents aux États-Unis (Canyon, Idaho; Bonneville, Idaho; Montcalm, Michigan; Waushara, Wisconsin). L’essai sur le terrain a consisté en un plan aléatoire en blocs complets comprenant 4 répétitions/blocs à chaque site et chaque bloc contenant la pomme de terre de Gen2-Z6 et le témoin parental, Snowden. Bien qu’il n’y ait pas de sites canadiens, le pétitionnaire fait remarquer que ces sites étaient situés à des latitudes et dans des conditions semblables à celles des régions productrices de pommes de terre au Canada.

Les analytes de composition nutritionnelle mesurés dans le cas de la pomme de terre Gen2-Z6 et du témoin non GM Snowden étaient l’humidité, les protéines, les lipides totaux, les cendres, les fibres brutes, les glucides (y compris le sucrose et les sucres réducteurs fructose et glucose); les calories; les vitamines (B₃, B₆, et C); les minéraux (c.-à-d., le cuivre, le magnésium et le potassium); les acides aminés (18) et les glycoalcaloïdes. Il s’agissait notamment de tous les analytes recommandés par le Consensus Document on Compositional Consideration for New Varieties of Potatoes (document de consensus sur les considérations relatives à la composition des nouvelles variétés de pommes de terre) publié en 2002 par l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE).

Des différences statistiques ont été observées dans les analytes suivants de la lignée Gen2-Z6 comparativement au témoin Snowden non GM : glucides (plus élevés dans le cas de Gen2-Z6), fructose et glucose (plus faible dans le cas de Gen2-Z6), saccharose (plus élevé dans le cas de Gen2-Z6), calories (plus élevée dans le cas de la Gen2-Z6), humidité (plus faible dans le cas de la Gen2-Z6), vitamine B₃ (plus élevée dans le cas de la Gen2-Z6), vitamine C (plus élevée dans le cas de la Gen2-Z6), glycoalkaloïdes (plus faible dans le cas de la Gen2-Z6), acide aspartique et asparagine (plus faible dans le cas de la Gen2-Z6). La teneur des acides aminés suivants était plus élevée dans le cas de la pomme de terre Gen2-Z6 que dans le cas de la pomme de terre Snowden non GM : alanine, arginine, acide glutamique et glutamine, glycine, isoleucine, leucine, lysine, méthionine, phénylalanine, proline, sérine, thréonine, tyrosine et valine. Certaines différences dans les teneurs des analytes de la pomme de terre Gen2-Z6 par rapport au témoin étaient attendues en raison des effets prévus des modifications génétiques (p. ex., fructose et glucose, saccharose et asparagine) et/ou les niveaux d’analyte se situaient se situaient dans la plage des teneurs des analytes des variétés de référence et/ou figurant dans la documentation au sujet des pommes de terre traditionnelles, y compris l’OCDE (2002) et/ou la base de données de l’ILSI sur la composition des cultures (2019). Ces différences ne suscitent pas de préoccupation sur le plan nutritionnel. Les autres analytes ne présentaient pas de différences statistiquement significatives entre Gen2-Z6 et le témoin.

Les changements recherchés dans les acides aminés s’accompagnent de modifications prévisibles concernant l’expression du gène Asn1 qui code pour l’enzyme synthétase d’asparagine qui convertit l’aspartate en asparagine. De façon concomitante, en raison de la faible teneur en asparagine, des teneurs significativement plus élevées ont été observées dans certains acides aminés de la lignée Gen2-Z6 lorsqu’elles sont considérées comme pourcentage des acides aminés totaux, celle de la glutamine étant la plus élevée. Les teneurs en acides aminés de la variété Gen2-Z6 se situent dans les plages observées chez les variétés de référence et ne suscitent pas de préoccupation sur le plan nutritionnel.

Les teneurs plus faibles de sucres réducteurs, fructose et glucose, de la Gen2-Z6 par rapport au témoin peuvent être attribués à la régulation à la baisse partielle de la protéine R1 (α-glucane-eau dikinase) et à la régulation à la baisse de la phosphorylase L et de l’invertase vacuolaire. Les niveaux de saccharose étaient beaucoup plus élevés dans le cas de la pomme de terre de Gen2-Z6 au moment de la récolte comparativement à son témoin Snowden. Cette différence peut être attribuée à la régulation à la baisse de l’invertase vacuolaire, qui ralentit la conversion du sucrose en fructose et en glucose dans la vacuole. Les faibles niveaux d’asparagine libre et de sucres réducteurs pourraient renforcer la limitation de la formation de l’acrylamide dans la variété de pommes de terre Gen2-Z6.

Le pétitionnaire a démontré que la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD a une composition nutritionnelle semblable à celle du témoin ou des variétés traditionnelles signalées dans la documentation scientifique. Les changements recherchés dans les analytes ne posent aucun problème de salubrité concernant l’utilisation alimentaire de la pomme de terre Gen2-Z6 d’un point de vue nutritionnel.

7. Chimie et toxicologie

Le pétitionnaire a fourni une justification scientifique de l’absence de toxicité de la pomme de terre Gen2-Z6 en se fondant sur les autorisations antérieures de Santé Canada concernant l’utilisation de pommes de terre portant les mêmes modifications génétiques (c.-à-d. les lignées de pommes de terre Gen2-W8, Gen2-X17 et Gen2-Y9 de marque Simplot Innate^MD ) à des fins alimentaires. L’équivalence des modifications génétiques de la lignée Gen2-Z6 et des variétés de pommes de terre lignées déjà approuvées a été confirmée.

Les évaluations précédentes ont permis de constater que les petites séquences d’ARN interférant (ARNsi) impliquées dans l’ARNi ne présentent pas une complémentarité parfaite des séquences avec les transcrits chez l’humain. Cela signifie que même dans le cas peu probable où ils seraient absorbés par le corps humain, ils n’auraient pas de cible sur laquelle agir, de sorte qu’aucune toxicité ne serait attendue. On a constaté que la protéine VNT1 avait un faible degré d’homologie de séquence avec des toxines connues et aucun effet toxicologique pertinent n’a été observé dans trois études de toxicité de 90 jours chez des rats ayant reçu de la poudre de pommes de terre des variétés de pommes de terre déjà approuvées exprimant cette protéine et possédant les mêmes modifications au moyen de l’ARNi.

Les recherches d’homologie mises à jour (base de données du National Centre for Biotechnology Information [NCBI]; mars 2019) entre les séquences d’acides aminés correspondant au matériel génétique introduit et les toxines connues ou présumées n’ont pas permis d’identifier d’homologie pertinente. Cela donne à penser que le matériel génétique introduit ne produit pas de toxines connues.

Le pétitionnaire a fourni une justification scientifique de l’absence d’allergénicité de la pomme de terre Gen2-Z6 en se fondant sur les autorisations antérieures de Santé Canada concernant l’utilisation de pommes de terre portant les mêmes modifications génétiques (c.-à-d. les lignées de pommes de terre Gen2-W8, Gen2-X17 et Gen2-Y9 de marque Simplot Innate^MD) à des fins alimentaires.

Les évaluations précédentes ont révélé que la protéine VNT1 n’avait pas d’homologie avec des allergènes connus. Les changements apportés par l’ARNi ne produisent pas de nouvelles protéines et sont donc peu susceptibles d’entraîner des réactions allergiques puisque presque tous les allergènes alimentaires connus sont des protéines.

Les recherches d’homologie mises à jour (AllergenOnline ; 2129 séquences, ver. 19 février 2019) entre les séquences d’acides aminés correspondant au matériel génétique introduit et les allergènes connus ou présumés n’ont pas permis de relever d’homologie pertinente.

La pomme de terre n’est pas un allergène alimentaire prioritaire, bien que certaines protéines présentes dans la pomme de terre (p. ex., patatine et inhibiteurs de la trypsine du soya) soient associées à l’allergie alimentaire.

Des diminutions statistiquement significatives de l’acide aminé asparagine et des augmentations de la plupart des autres acides aminés mesurés portent à croire que de légers changements sont possibles dans les types ou les teneurs de protéines entre la pomme de terre de Gen2-Z6 et la variété parentale Snowden. Toutefois, toutes les valeurs d’acides aminés se situaient dans la plage combinée de la documentation scientifique. Cela suggère que tout changement des teneurs en protéines allergènes dans la variété Gen2-Z6 se situerait dans la plage des teneurs retrouvées dans les variétés de pommes de terre existantes.

D’après les renseignements examinés, il n’y a pas de problème d’innocuité concernant l’utilisation alimentaire de la pomme de terre Gen2-Z6 par rapport aux variétés conventionnelles de pommes de terre d’un point de vue toxicologique ou allergène.

Conclusion

L’examen par Santé Canada des renseignements présentés à l’appui de l’utilisation aux fins alimentaires de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD ne soulève pas de préoccupations liées à l’innocuité des aliments. Santé Canada est d’avis que les aliments dérivés de cette variété de pommes de terre sont tout aussi sécuritaires et nutritifs que les aliments issus des variétés de pommes de terre sur le marché actuellement.

L’opinion de Santé Canada porte uniquement sur l’utilisation de la variété de pommes de terre Gen2-Z6 de marque Simplot Innate^MD à des fins alimentaires. Les questions liées à son utilisation comme aliment pour animaux ont été traitées séparément dans le cadre des processus réglementaires existants de l’ACIA.

Le présent document d’information sur les aliments nouveaux a été préparé pour résumer l’avis concernant le produit en question fourni par la Direction des aliments, Direction générale des produits de santé et des aliments de Santé Canada. Cet avis est fondé sur l’examen exhaustif des renseignements soumis par le pétitionnaire conformément aux Lignes directrices sur l’évaluation de l’innocuité des aliments nouveaux.

Pour de plus amples renseignements, veuillez communiquer avec :

Section des aliments nouveaux
Direction des aliments
Direction générale des produits de santé et des aliments
Santé Canada, PL2204A1
251, promenade Frederick Banting
Ottawa (Ontario) K1A 0K9
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