Virus Chapare : Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes

Section I – Agent infectieux

Nom

Virus Chapare

Type d'agent

Virus

Taxonomie

Famille

Arenaviridae

Genre

Mammarenavirus

Espèce

Mammarenavirus chapareense^{Note de bas de page 1}

Synonyme ou renvoi

Communément appelé virus Chapare (VCHAP)^{Note de bas de page 2} ou fièvre hémorragique Chapare (Chapare Hemorrhagic Fever: CHHF)^{Note de bas de page 3}. Avant sa découverte et son nommage initial, ce virus était connu sous le nom générique de maladie qu'il causait : la fièvre hémorragique bolivienne (FHB)^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5}.

Caractéristiques

Brève description

Le virus Chapare fait partie de la famille Arenaviridae, famille de virus à acide ribonucléique (ARN) ambisens ayant des génomes d'environ 10,5 kb^{Note de bas de page 6}. Les virions arénaviridés sont sphériques ou pléomorphiques et mesurent entre 40 et 200 nm de diamètre, avec des enveloppes lipidiques denses qui sont couvertes de projections de glycoprotéines^{Note de bas de page 6}. De plus, le virion contient deux nucléocapsides filamenteuses à symétrie hélicoïdale^{Note de bas de page 7}. Le génome d'ARN des arénaviridés se compose de deux ou trois segments d'ARN à simple brin (habituellement ambisens) (petits [P], moyens [M] et grands [G])^{Note de bas de page 6Note de bas de page 7}.

Propriétés

Le genre Mammarenavirus est divisé en deux groupes, appelés virus de l'Ancien Monde (sérocomplexe de la chorioméningite lymphocytaire de Lassa) et virus du Nouveau Monde (sérocomplexe de Tacaribe), en fonction de leur répartition géographique, de leur phylogénie et de leurs propriétés antigéniques^{Note de bas de page 8Note de bas de page 9Note de bas de page 10}. De plus, la catégorie du Nouveau Monde est divisée en quatre clades (A, B, C et D). Le VCHAP est classé dans le clade B de la catégorie du Nouveau Monde, ce qui indique que ces arénavirus utilisent le récepteur 1 de la transferrine humaine (TfR1) pour entrer dans les cellules^{Note de bas de page 9}.

Les particules de virus pénètrent dans l'hôte par inhalation de particules aérosolisées^{Note de bas de page 2Note de bas de page 9}. On suppose que le premier type de cellules infectées sont les macrophages alvéolaires en raison de la voie d'infection et de la présence de particules infectieuses dans les macrophages au début de l'infection. Après attachement à la cellule hôte, le VCHAP pénètre par endocytose dépendante de la clathrine (EDC)^{Note de bas de page 9}. Après la réplication virale et le bourgeonnement, le VCHAP continue à circuler dans tout le système lymphatique, ce qui aide à propager l'infection à d'autres tissus^{Note de bas de page 9}.

Section II – Identification des dangers

Pathogénicité et toxicité

Dans la famille des Arenaviridae, le genre Mammarenavirus englobe les virus qui infectent les hôtes mammifères^{Note de bas de page 9}. La FHB peut être causée par deux agents viraux, le VCHAP et le virus Machupo (VMAC)^{Note de bas de page 4}. Les deux agents viraux ont des manifestations cliniques similaires. Comme mentionné ci-dessus, le VCHAP est classé dans le clade B du Nouveau Monde, ce qui signifie que ce virus est l'un des arénavirus qui causent une fièvre hémorragique grave et mortelle^{Note de bas de page 5Note de bas de page 8Note de bas de page 10}.

La FHB comporte trois phases cliniques appelées phase prodromique, phase hémorragique et phase convalescente^{Note de bas de page 4}. La maladie commence par la phase prodromique caractérisée par des symptômes non spécifiques comme la fièvre, le malaise, les maux de tête, l'anorexie, les étourdissements, l'arthralgie, la myalgie, la déshydratation, les douleurs rétro-orbitales, les frissons, le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) et les douleurs dorsales^{Note de bas de page 2Note de bas de page 4Note de bas de page 5}. Trois à quatre jours plus tard, la gravité de la maladie augmente avec d'autres symptômes comme des nausées, des vomissements, des douleurs abdominales, de la diarrhée, une hypersensibilité cutanée, une leucopénie, une thrombocytopénie, une hémorragie gastro-intestinale supérieure et des signes précoces de lésions vasculaires comme des pétéchies, des saignements gingivaux et une injection conjonctivale. Environ un tiers des patients passent à une phase hémorragique, qui se produit habituellement deux semaines après l'apparition des symptômes, et se caractérise par des manifestations hémorragiques multiorganiques comme des pétéchies, des hémorragie sous-conjonctivale, des saignements gingivaux, de l'épistaxis, de l'hématémèse, de la mélæna, de la bradycardie relative, de l'hypotension, de l'œdème pulmonaire, de l'hématurie, de l'hémorragie aux sites de ponction veineuse et des signes neurologiques comme des tremblements, de l'ataxie, des spasmes musculaires, des convulsions, du délire et le coma. Le décès se produit de sept à douze jours après l'apparition des symptômes et les causes les plus fréquentes sont l'œdème pulmonaire, les saignements internes massifs et le choc hypovolémique^{Note de bas de page 2Note de bas de page 4}. Le taux de mortalité est d'environ 30 %, mais la probabilité de mortalité diminue lorsque les patients sont traités rapidement pendant les premières phases de la maladie^{Note de bas de page 4}. Les patients qui survivent à la phase hémorragique commencent à se rétablir après deux semaines entrant en phase convalescente qui peut durer plusieurs semaines ou même plusieurs mois avant d'atteindre le rétablissement complet^{Note de bas de page 2Note de bas de page 4}. Pendant cette phase, des signes cliniques comme la fatigue, les étourdissements, les lignes de Beau sur les ongles et la perte des cheveux peuvent survenir^{Note de bas de page 2Note de bas de page 4}.

Avec le virus de Lassa génétiquement apparenté, les patientes enceintes ont tendance à avoir des taux de mortalité plus élevés (décès de la mère ou du fœtus) et une possibilité plus élevée de complications supplémentaires, y compris une fausse couche ou le syndrome du bébé enflé chez les nourrissons (caractérisé par des saignements, une distension et une anasarque)^{Note de bas de page 11}.

Épidémiologie

Autres que les éclosions de FHB qui se sont produites au 20^e siècle, pour lesquelles il n'y a aucune confirmation que le VCHAP était l'agent causal viral, il y a eu deux éclosions de FHB confirmées, l'une en 2003-2004 et l'autre en 2019^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5}.

Entre décembre 2003 et janvier 2004, trois cas de fièvre hémorragique ont été signalés dans une zone rurale près du fleuve Chapare, près de Cochabamba^{Note de bas de page 5Note de bas de page 12}. L'analyse des symptômes cliniques et des échantillons sanguins prélevés sur un cas mortel (un homme de 22 ans) ainsi que l'analyse subséquente des séquences complètes de segments d'ARN du virus ont identifié le virus comme étant un membre du clade B des arénavirus^{Note de bas de page 5Note de bas de page 12}. L'analyse comparative des séquences a confirmé que le virus était étroitement lié au virus Sabiá, mais des différences suffisantes ont été découvertes pour conclure que le virus représentait un arénavirus nouvellement découvert, le virus Chapare^{Note de bas de page 5}.

Entre mai et décembre 2019, un total de neuf cas, dont quatre qui se sont révélés mortels, ont été enregistrés dans le département de La Paz, en Bolivie^{Note de bas de page 3Note de bas de page 5}. Les cinq premiers cas détectés entre mai et juin 2019 se sont produits de manière interconnectée, deux étaient des travailleurs agricoles et trois étaient des professionnels de la santé. Trois de ces cas qui se sont révélés mortels. Les quatre cas suivants se sont produits en juillet et décembre de la même année, dont trois chez des travailleurs agricoles et un chez un enfant, un cas s'est révélé mortel. De plus, sur ces quatre cas, deux étaient des femmes enceintes (de 16 et cinq semaines de grossesse). On ignore si leur grossesse a causé une maladie plus grave.

Gamme d'hôtes

Hôtes naturels

Les hôtes naturels comprennent les humains et les rongeurs^{Note de bas de page 4}.

Autres hôtes

Pour le VMAC et le virus Junin (VJUN), génétiquement apparentés, les hôtes infectés expérimentalement comprennent les hamsters, les souris, les chevaux, les chats, les lapins, les cobayes, les poulets, les marmousets, les singes rhésus et les marsupiaux^{Note de bas de page 13}.

Dose infectieuse

Inconnue.

Période d'incubation

Entre trois et 21 jours^{Note de bas de page 4}.

Transmissibilité

La principale méthode de transmission du VCHAP aux humains est l'inhalation de particules aérosolisées provenant des excréments de rongeurs, ainsi que leur contact avec les muqueuses et la peau blessée^{Note de bas de page 2Note de bas de page 3Note de bas de page 4}. De plus, la consommation d'excréments de rongeurs par le biais de denrées alimentaires contaminées est une autre voie de transmission potentielle^{Note de bas de page 4}. On soupçonne que la transmission entre humains s'est produite au cours de l'éclosion de 2019, ainsi qu'une transmission nosocomiale potentielle^{Note de bas de page 3Note de bas de page 5}. Les rongeurs contractent le virus soit par contact direct avec d'autres rongeurs infectés, soit par exposition environnementale au virus dans les habitats où ce dernier est présent^{Note de bas de page 3}.

Section III – Dissémination

Réservoir

On sait que les rongeurs sont les réservoirs du VCHAP, mais les espèces précises sont inconnues^{Note de bas de page 12}. Callomys callosus est soupçonné d'être un réservoir potentiel, car il a été le réservoir confirmé pour les virus Machupo et Latino (tous deux détectés en Bolivie)^{Note de bas de page 4Note de bas de page 12}. De plus, lors de l'éclosion de 2019, l'ARN du VCHAP a été détecté dans des échantillons de Oligoryzomys microtis, également connu sous le nom de rats pygmées de rizière à petites oreilles^{Note de bas de page 3}.

Zoonose

Le virus est transmis par les rongeurs aux humains^{Note de bas de page 3Note de bas de page 8}.

Vecteurs

Il n'y a pas de vecteurs connus pour le VCHAP. Toutefois, les virus du groupe de l'Ancien Monde (comme les souches de chorioméningite lymphocytaire) ainsi que du groupe du Nouveau Monde (comme une souche du virus Tamiami et du virus Taracribe) ont été isolés chez des arthropodes. Par conséquent, la transmission par arthropode ne peut être exclue entièrement pour le VCHAP^{Note de bas de page 8}.

Section IV – Viabilité et stabilité

Sensibilité/résistance aux médicaments

Il n'y a pas de sensibilité aux médicaments confirmée pour le VCHAP. Cependant, l'utilisation de l'antiviral ribavirine (un analogue non immunosuppressif de la guanosine qui inhibe l'IMP déshydrogénase) a démontré une certaine efficacité in vitro et in vivo pour divers arénavirus, y compris^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5Note de bas de page 14} . Bien que la ribavirine ait donné des résultats favorables in vivo, il faut effectuer d'autres essais cliniques^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5}.

Sensibilité aux désinfectants

Comme tous les virus à enveloppe lipidique, le VCHAP est inactivé par des composés comme les hypochlorites, les produits phénoliques, les alcools (comme l'éthanol et le propanol), le formaldéhyde (le paraformaldéhyde et le formaline), le glutaraldéhyde, les iodophores, le peroxyde d'hydrogène et l'acide peracétique^{Note de bas de page 15Note de bas de page 16}. De plus, le VCHAP peut être inactivé par des composés d'ammonium quaternaire (CAQ) comme le digluconate de chlorhexidine^{Note de bas de page 16}.

Inactivation physique

Comme d'autres virus de la famille Arenaviridae, le VCHAP est rapidement inactivé à une température de 56 ℃, à un pH inférieur à 5,5 ou supérieur à 8,5, ou par l'exposition aux rayons ultraviolets et aux rayons gamma^{Note de bas de page 14}.

Survie à l'extérieur de l'hôte

Comme le VCHAP est un virus à enveloppe lipidique, il a un taux de survie habituellement minimal à l'extérieur de l'hôte en raison de la sensibilité de l'enveloppe à des facteurs environnementaux comme l'humidité, ainsi que la présence de rayons ultraviolets et de désinfectants^{Note de bas de page 17Note de bas de page 18}.

Section V – Premiers soins et aspects médicaux

Surveillance

Les Mammarenavirus peuvent être identifiés par des méthodes immuno-enzymatiques (ELISA) pour détecter les anticorps contre le virus, les épreuves de neutralisation virale, les épreuves d'immunofluorescences (IFA), à l'aide de la transcriptase inverse suivie de la réaction en chaîne de la polymérase (RT-PCR), la RT-PCR en temps réel et la PCR^{Note de bas de page 2Note de bas de page 14}.

Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu'une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Premiers soins et traitement

Le traitement pour le VCHAP consiste principalement en des soins de soutien comme la ventilation mécanique, l'administration du facteur de coagulation ou le remplacement des plaquettes, ainsi que la correction du déséquilibre fluidique, électrolytique et osmotique^{Note de bas de page 2Note de bas de page 14}. À l'heure actuelle, il n'y a pas de traitements antiviraux approuvés pour la FHB et les options actuelles, y compris l'utilisation de la ribavirine et de la thérapie passive par anticorps, doivent être testées davantage au cours des essais cliniques spécifiquement pour le VCHAP^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5}.

Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d'intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d'intervention après l'exposition sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Immunisation

Il n'existe actuellement aucun vaccin approuvé pour le VCHAP. Cependant, en Argentine, un vaccin contre le VJUN génétiquement apparenté, appelé Candid #1, a démontré des signes de réactivité croisée au VMAC et peut donc être efficace contre le VCHAP^{Note de bas de page 5Note de bas de page 14}.

Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité et en consultant le Guide canadien d'immunisation.

Prophylaxie

Aucune prophylaxie post-exposition n'est connue.

Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Section VI – Dangers pour le personnel de laboratoire

Infections contractées en laboratoire

Aucun cas d'infection contractée en laboratoire n'a été signalé.

Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité et le Guide canadien sur la biosécurité pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d'exposition. Une ligne directrice canadienne sur la biosécurité décrivant les processus de déclaration est également disponible.

Sources et échantillons

L'ARN du VCHAP a été détecté par la RT-PCR en temps réel dans des échantillons de sang entier, de sérum et d'urine, ainsi que dans des échantillons nasopharyngés, oropharyngés et de lavage bronchoalvéolaire, ainsi que dans des échantillons de la conjonctive et de sperme^{Note de bas de page 2Note de bas de page 4Note de bas de page 14}.

Dangers primaires

L'exposition (inhalation ou ingestion) aux matières infectieuses contenus dans les déchets d'animaux est le danger principal associé à l'exposition au VCHAP^{Note de bas de page 4}.

Dangers particuliers

Le travail avec des rongeurs infectés expérimentalement par le VCHAP peut présenter un danger particulier^{Note de bas de page 3Note de bas de page 5}.

Section VII – Contrôle de l'exposition et protection personnelle

Classification par groupe de risque

Le VCHAP est un pathogène humain du groupe de risque (GR) 4, un pathogène animal du groupe de risque 2 et un agent biologique à cote de sécurité élevée (ABCSE)^{Note de bas de page 19Note de bas de page 20}.

Exigences de confinement

Les installations, l'équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 4, tel qu'ils sont décrits dans la Norme canadienne sur la biosécurité pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.

Veuillez noter qu'il existe d'autres exigences en matière de sécurité, comme l'obtention d'une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Vêtements de protection

Les exigences applicables au niveau de confinement 4 pour l'équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité doivent être respectées. L'utilisation d'une combinaison à pression positive ou d'enceintes de sécurité biologique de classe III est requise pour tout travail avec des agents pathogènes du GR4.

Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l'équipement de protection individuelle pour la zone de confinement doivent être documentées.

Autres précautions

Toutes les activités impliquant des récipients ouverts qui contiennent des matières réglementées doivent être effectuées dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) certifiée ou dans un autre dispositif de confinement primaire approprié. La centrifugation des matières infectées doit être effectuée dans des contenants fermés placés dans des gobelets de sûreté scellés ou dans des rotors qui sont déchargés dans une ESB. L'intégrité des combinaisons pressurisées doit être vérifiée régulièrement pour détecter les fuites possibles. L'utilisation d'aiguilles, de seringues et d'autres objets pointus doit être restreinte. Les plaies ouvertes, les coupures, les égratignures et les éraflures doivent être recouvertes par des pansements imperméables. Les travailleurs doivent prendre des précautions supplémentaires pour les travaux impliquant des animaux.

Section VIII – Manutention et entreposage

Déversements

La zone de déversement doit être évacuée et sécurisée. Laisser les particules en aérosols se déposer pendant 30 minutes. Les déversements de matières potentiellement contaminées doivent être recouverts de papier absorbant (p. ex., des essuie-tout), puis abondamment recouverts d'un désinfectant efficace (p. ex., hypochlorite de sodium à 1 %). Il faut laisser le désinfectant pendant une période appropriée (p. ex., 10 minutes) avant de commencer à essuyer le déversement. Après le retrait de la matière initiale, le processus de désinfection doit être répété.

Pour les déversements hors d'une enceinte de sécurité biologique (ESB), il faut assurer l'approvisionnement en air des combinaisons à pression positive. Les combinaisons à pression positive qui sont entrées en contact avec les matières réglementées, doivent être décontaminer entièrement en suivant les procédures pour la décontamination grossière de ces combinaisons. Les plastiques doivent être transférés dans un bac à vaisselle, qui doit être déplacé vers l'ESB. Les déversements de matières potentiellement contaminées doivent être recouverts de papier absorbant (p. ex., essuie-tout), abondamment recouverts d'un désinfectant efficace (p. ex., MicroChem à 5 %) pendant au moins 5 minutes avant d'être essuyé. Après le retrait de la matière initiale, le processus de désinfection doit être répété. Après la désinfection, informer l'autorité interne appropriée (p. ex., le superviseur de la zone de confinement, l'ASB) de l'incident.

Élimination

Toutes les matières et substances qui sont entrées en contact avec les matières réglementées doivent être complètement décontaminées avant d'être retirées de la zone de confinement. Pour ce faire, on peut utiliser des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières réglementées, comme les désinfectants chimiques, l'autoclave, l'irradiation, l'incinération, un système de traitement des effluents ou une décontamination gazeuse (Guide canadien sur la biosécurité).

Entreposage

Les exigences applicables du niveau de confinement 4 pour l'entreposage décrites dans le Guide canadien sur la biosécurité doivent être respectées. Les agents pathogènes et autres matières réglementées doivent être entreposés dans la zone de confinement.

Un inventaire des agents pathogènes du GR3 et du GR4 ainsi que des toxines d'ABCSE entreposés pour une longue durée doit être dressé et inclure :

• l'identification précise des matières réglementées
• un mécanisme qui permet de détecter rapidement la disparition ou le vol d'un échantillon

Section IX – Renseignements sur la réglementation et autres

Renseignements sur la réglementation canadienne

Les activités réglementées avec le Mammarenavirus chapareense nécessitent un permis d'agent pathogène humain et de toxine délivré par l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC). M. chapareense est aussi un pathogène animal terrestre au Canada; par conséquent, son importation nécessite un permis d'importation en vertu du Règlement sur la santé des animaux (RSA). L'ASPC délivre un « document de licence pour les agents pathogènes et les toxines » qui inclut un permis d'agent pathogène humain et de toxine et un permis d'importation du RSA.

Veuillez noter qu'il existe d'autres exigences en matière de sécurité, comme l'obtention d'une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Voici une liste non exhaustive des désignations, règlements ou lois applicables :

• Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines
• Loi sur la santé des animaux et Règlement sur la santé des animaux
• Maladies à déclaration obligatoire à l'échelle nationale (humaines)

Dernière mise à jour

Juin 2024

Rédigé par

Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.

Mise en garde

L'information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l'utilisation de ces renseignements.

Les personnes vivant au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les directives et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes et toxines au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.

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