Virus Chikungunya : Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes

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• Chikungunya (Faits sur la maladie et les affections)

Section I - Agent infectieux

Nom

Virus Chikungunya

Type d'agent

Virus

Taxonomie

Famille

Togaviridae

Genre

Alphavirus

Espèce

chikungunya

Synonyme ou renvoi

Le virus Chikungunya (VCHIK) est un arbovirus qui provoque la fièvre de Chikungunya (FCHIK)^{Note de bas de page 1}.

Caractéristiques

Brève description

Le VCHIK est un virus à ARN simple brin à sens positif qui mesure environ 11,8 kb^{Note de bas de page 1}. Le virion possède une capside icosaédrique recouverte d'une couche lipidique d'un diamètre de 60 à 70 nm. Le génome possède une coiffe 5' N7-méthylguanylée et une queue 3' polyadénylée, ainsi que deux régions codantes^{Note de bas de page 2}. La première région codante représente les deux tiers du génome et code pour quatre protéines non structurales (nsP 1-4) qui jouent un rôle dans la réplication du génome. La deuxième région codante code les protéines structurales, y compris la capside (C), deux glycoprotéines d'enveloppe (E1 et E2), deux petits produits de clivage (E3 et 6K)^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2}. De plus, une protéine transcadre (transframe: TF) est générée à partir du 6K par le décalage du cadre de lecture (-1) par le ribosome^{Note de bas de page 3}.

Propriétés

Le cycle de vie des alphavirus commence par une endocytose médiée par un récepteur^{Note de bas de page 4}. Le récepteur du VCHIK n'a pas encore été découvert mais en cultures cellulaires, le sulfate d'héparane semble jouer un rôle important dans la liaison. Les alphavirus de l'ancien monde s'appuient sur l'endocytose médiée par la clathrine pour pénétrer dans les cellules où ils s'échappent dans le cytoplasme à partir du compartiment endosomal précoce. Il existe également des preuves que l'entrée peut se faire directement au niveau de la membrane plasmique. Tout en nécessitant une étape d'acidification, ce processus est indépendant de la clathrine, ce qui démontre que les virus peuvent présenter des tropismes cellulaires étendus et qu'ils ont le potentiel de développer rapidement une résistance aux inhibiteurs d'entrée. La protéine E1 assure de manière indépendante la fusion des membranes du virus et de la cellule hôte après avoir subi un changement de conformation dépendant du pH. Lors de l'échappement de l'endosome, la nucléocapside est désassemblée par les ribosomes et le génome est traduit. La polyprotéine non structurale est la première à être traduite, et subit des événements de clivage autologues qui produisent le complexe mature final de la réplicase composé de nsP1/2/3/4. La réplication se produit dans des micro-invaginations appelées sphérules qui se forment en fonction de l'activité des nsP. Leur taille varie en fonction de la longueur de l'ARN transcrit à l'intérieur. On pense que les sphérules contribuent à l'évasion immunitaire virale en séquestrant l'ARN double brin loin des récepteurs cytoplasmiques de reconnaissance de formes et en protégeant l'ARN de la digestion enzymatique. Les protéines structurales sont traduites sous forme d'une polyprotéine dans le cytosol et la protéine de la capside utilise son domaine sérine-protéase pour se séparer des autres protéines. L'assemblage de la nucléocapside a lieu dans le cytoplasme et le système sécrétoire de l'hôte joue un rôle dans le transport des protéines structurales vers la membrane plasmique. Les alphavirus bourgeonnent directement à partir de la membrane plasmique de la cellule infectée, et il est proposé que ce bourgeonnement soit entraîné à la fois par les structures préformées de la nucléocapside et par les glycoprotéines.

De plus, les alphavirus possèdent de grandes régions non traduites (UTR, (untranslated regions en anglais) 5' et 3' qui sont biologiquement actives^{Note de bas de page 4}. L'UTR 5' favorise la traduction de l'ARN viral et permet d'échapper à la réponse de l'interféron, tandis que l'UTR 3' évite les goulets d'étranglement immunitaires existant dans la phase du cycle de vie dans les arthropodes.

Section II - Identification des dangers

Pathogénicité et toxicité

La maladie se divise en une phase aiguë, qui dure une semaine, et un état chronique, qui peut persister de plusieurs mois à plusieurs années^{Note de bas de page 1}. L'infection se caractérise par une fièvre aiguë et une polyarthralgie, l'arthralgie étant présente dans 30 à 90 % des cas. Les douleurs articulaires sont souvent bilatérales, symétriques et invalidantes. Des symptômes ophtalmiques, neurologiques et cardiaques peuvent parfois se manifester. Des manifestations cutanées, notamment des éruptions maculaires ou maculopapulaires sur les extrémités, le tronc et le visage, ont été signalées dans 40 à 50 % des cas^{Note de bas de page 5}. Des lésions de la peau et des muqueuses ont également été identifiées au cours de la phase aiguë, notamment une hyperpigmentation, une photosensibilité, une dermatite exfoliative, des vésicules, des bulles, des lésions vasculaires, des lésions de type érythème noueux, l'exacerbation de dermatoses préexistantes telles que le psoriasis, et des ulcérations des muqueuses. Des symptômes gastro-intestinaux peuvent apparaître dans 15 à 47 % des cas et se caractérisent par des diarrhées, des vomissements, des nausées ou des douleurs abdominales. L'infection chronique peut entraîner des symptômes tels que rhumatismes, fatigue, douleurs articulaires, névrites, arthrite rhumatoïde et spondylarthrite ankylosante^{Note de bas de page 1}. On estime que 30 à 40 % des personnes infectées présentent des séquelles à long terme, notamment des arthralgies et/ou des arthrites persistantes^{Note de bas de page 6}.

Épidémiologie

Le VCHIK se maintient dans des cycles de transmission sylvatique, principalement en Afrique et en Asie, qui impliquent des primates non humains et des moustiques vivant dans les forêts, et dans des cycles de transmission urbaine impliquant des moustiques et des humains^{Note de bas de page 5Note de bas de page 6Note de bas de page 7}. Elle a été détectée en Afrique subsaharienne, dans les îles de l'océan Indien, en Asie, en Inde, en Europe méditerranéenne et dans les Caraïbes. Elle a été découverte en Tanzanie en 1952, provoquant des épidémies sporadiques en Afrique subsaharienne. Des épidémies sont survenues en République démocratique du Congo en 1999-2000, au Kenya et au Sénégal en 2004, au Soudan en 2005, au Cameroun en 2006, au Gabon en 2007 et 2010, et en République du Congo en 2011^{Note de bas de page 5}. La souche qui est apparue au Kenya est à l'origine de l'épidémie à grande échelle qui a touché l'île de la Réunion, dans l'océan Indien, en 2005-2006^{Note de bas de page 7}. Cette épidémie s'est ensuite propagée en Asie et en Inde, ainsi qu'en Europe méditerranéenne, notamment en Italie et en France. En 2013, une autre épidémie importante s'est déclarée sur l'île Saint-Martin, dans les Caraïbes, et a contribuée à la propagation du virus en Amérique du Sud, provoquant environ un million d'infections. Cette lignée continue de circuler au Brésil aujourd'hui.

L'épidémie de 2005-2006 sur l'île de la Réunion est l'une des plus importantes, avec près d'un tiers de la population de l'île infectée^{Note de bas de page 1}. Au cours de la même période, l'Inde a signalé 1,3 million de cas dans 13 États^{Note de bas de page 8}. Des épidémies récentes se sont produites en Martinique-Guadeloupe en 2014, touchant 308 000 personnes, et en Polynésie française en 2014-2015, touchant 66 000 personnes^{Note de bas de page 1}.

L'infection par le VCHIK est associée à une faible mortalité, mais à une morbidité élevée^{Note de bas de page 1}. Lors de l'épidémie de l'île de la Réunion, un taux de létalité de 1/1000 a été signalé, mais au Brésil, le taux national de létalité a été fixé à 0,13 % en 2016, avec un taux d'incidence de 114,70/100 000 et un taux de mortalité de 0,15/100 000^{Note de bas de page 1Note de bas de page 4Note de bas de page 9}. Le taux de létalité moyen est de 0,4 % et s'avère plus élevé chez les enfants (2,8 %) et les personnes âgées (1,6 %)^{Note de bas de page 10}.

Gamme d'hôtes

Hôtes naturels

Humains, primates non humains, rongeurs et oiseaux^{Note de bas de page 1}.

Autres hôtes

Des chevaux, des veaux, des chèvres, des porcs, des chiens, des lapins, des tatous, des ratons laveurs, des hamsters, des souris, des reptiles, des amphibiens et des oiseaux ont été infectés expérimentalement^{Note de bas de page 11Note de bas de page 12}.

Dose infectieuse

La dose infectieuse est inconnue chez l'homme. Lorsque des macaques cynomolgus ont été inoculés avec 10³ PFU de VCHIK par voie intradermique ou intraveineuse, ils ont développé une virémie 1 jour après l'inoculation (dpi), de la fièvre 2 dpi et des éruptions cutanées morbilliformes au cours de la première semaine suivant l'inoculation^{Note de bas de page 13}. La dose de 10³ PFU a été choisie car elle est comparable à la quantité de virus sécrétée par les glandes salivaires des moustiques infectés artificiellement par le VCHIK. Chez Aedes albopictus, un moustique vecteur primaire du VCHIK, le titre infectieux le plus bas a été trouvé à 3,9 log₁₀ pfu/ml, tandis que chez Aedes aegypti, il était de 5,3 log₁₀ pfu/ml^{Note de bas de page 14}.

Période d'incubation

La période d'incubation varie de 4 à 7 jours^{Note de bas de page 1}.

Transmissibilité

Le mode de transmission privilégié du VCHIK est l'injection par les moustiques vecteurs Ae. aegypti et Ae. Albopictus^{Note de bas de page 1Note de bas de page 5Note de bas de page 6}. En outre, la transmission par une piqûre d'aiguille contaminée a été signalée chez un travailleur de la santé^{Note de bas de page 15}. La transmission par aérosol a également été proposée dans un cas d'infection acquise en laboratoire^{Note de bas de page 16}. La transmission verticale a été observée lors de l'épidémie de l'île de la Réunion, où l'infection des nourrissons s'est produite dans 50 % des cas lorsque les femmes enceintes avaient une charge virale élevée au cours de la phase initiale du travail^{Note de bas de page 17}.

Section III - Dissémination

Réservoir

Les réservoirs vertébrés comprennent les primates non humains (PNH), les rongeurs, les chauves-souris et éventuellement les oiseaux^{Note de bas de page 5Note de bas de page 18Note de bas de page 19}.

Zoonose

La zoonose indirecte se produit au cours des cycles de transmission sylvatique et urbaine, lorsque les moustiques sont infectés par des hôtes vertébrés réservoirs et infectent ensuite les humains^{Note de bas de page 1Note de bas de page 5}.

Vecteurs

Les principaux moustiques vecteurs responsables de la transmission du VCHIK sont ceux qui appartiennent au genre Aedes^{Note de bas de page 1Note de bas de page 5Note de bas de page 6}. Aedes aegypti et Aedes albopictus ont été impliqués dans la majorité des épidémies humaines.

Section IV - Viabilité et stabilité

Sensibilité/résistance aux médicaments

Aucun antiviral n'est actuellement disponible^{Note de bas de page 20}. Des médicaments réorientés tels que la suramine, le favipiravir, le sofosbuvir, le pimozide, l'auranofine, le polysulfate de pentosan (PPS), le pixatimob et la ribavirine (seuls et en synergie) ont démontré une réduction des signes pathologiques in vivo.

Sensibilité aux désinfectants

Le VCHIK est inactivé par 20 % de 1-propanol, 30 % de 2-propanol et 40 % d'éthanol^{Note de bas de page 21}. Le virus a également été totalement inactivé par les désinfectants de surface Bacillol AF (à base d'alcool), Descosept spezial (à base de composé d'ammonium quaternaire) et Perform (à base d'agent libérateur d'oxygène). Les alphavirus peuvent être inactivés par les solvants organiques et les détergents, l'hypochlorite de sodium à 1 %, les composés d'ammonium quaternaire, les désinfectants phénoliques, l'éthanol à 70 %, l'éthanol à 50 % pendant une heure, le glutaraldéhyde à 2 % et le formaldéhyde^{Note de bas de page 22}.

Inactivation physique

Le VCHIK est inactivé par dessiccation et par des températures supérieures à 58 °C^{Note de bas de page 1}. Il peut également être inactivé par des températures supérieures à 70 °C pendant au moins une minute^{Note de bas de page 21}. Les virions d'alphavirus sont stables dans les environnements basiques avec un pH de 7-8 et sont rapidement inactivés à un pH acide^{Note de bas de page 22}. Les alphavirus sont également sensibles aux rayons du soleil, à la chaleur humide ou sèche et au séchage.

Survie à l'extérieur de l'hôte

Les virions de l'alphavirus ont une demi-vie de 7 heures à 37 °C^{Note de bas de page 22}.

Section V - Premiers soins et aspects médicaux

Surveillance

L'acide nucléique du VCHIK peut être détecté dans le sang, le sérum ou le plasma à l'aide de la transcriptase inverse suivie de la réaction en chaîne de la polymérase (RT-PCR)^{Note de bas de page 23}. Cette méthode est sensible et spécifique et permet d'identifier l'infection pendant sa phase aiguë (prélèvement dans les 7 jours suivant l'apparition des symptômes). La RT-PCR en temps réel permet d'obtenir des résultats quantitatifs et d'évaluer la charge virale. Les tests immuno-enzymatiques (ELISA) sont utilisés pour la détection des anticorps anti-VCHIK dans le sérum ou le plasma^{Note de bas de page 1Note de bas de page 23}. Les niveaux d'IgM sont les plus élevés trois à cinq semaines après l'infection et persistent jusqu'à deux mois. Le test de neutralisation par réduction de plaque (PRNT) peut également être utilisé pour mesurer les niveaux d'anticorps neutralisants^{Note de bas de page 23}. La culture virale pourrait également fournir un diagnostic définitif, mais il s'agit d'une approche complexe qui prend du temps.

Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu'une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Premiers soins et traitement

Le traitement du FCHIK se concentre sur la réduction de la gravité des symptômes par l'utilisation d'antipyrétiques et d'anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS)^{Note de bas de page 1Note de bas de page 23}. Il est également important de maintenir un niveau de fluide adéquat^{Note de bas de page 1}. En cas d'arthralgie chronique grave, des médicaments antirhumatismaux modificateurs de la maladie (ARMM), tels que le méthotrexate, l'hydroxychloroquine ou la sulfasalazine, ont été proposés^{Note de bas de page 1}.

Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d'intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d'intervention après l'exposition sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Immunisation

IXCHIQ (VLA1553) est un vaccin vivant atténué dont l'utilisation est approuvée au Canada en tant qu'immunisation à dose unique^{Note de bas de page 24Note de bas de page 25}. Le vaccin est sûr chez les personnes non enceintes âgées de 18 ans ou plus.

Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité et en consultant le Guide canadien d'immunisation.

Prophylaxie

Il n'existe pas de prophylaxie post-exposition connue^{Note de bas de page 1}.

Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Section VI - Dangers pour le personnel de laboratoire

Infections contractées en laboratoire

En 1965, un chercheur a été infecté par le VCHIK après avoir tenté d'infecter des moustiques avec une suspension à 10 % de cerveau de souris infecté^{Note de bas de page 16}. Après une période d'incubation de huit jours, l'individu a présenté de la fièvre, des douleurs musculaires, une éruption cutanée et une lymphocytose. La voie par aérosols a été proposée comme mode de transmission car le chercheur est entré en contact direct avec la suspension virale et n'a pas été piqué par un moustique au cours de l'expérience. Avant 2004, l'exposition au VCHIK par piqûre d'aiguille en laboratoire avait donné lieu à un cas d'infection confirmée^{Note de bas de page 15}.

Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité et le Guide canadien sur la biosécurité pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d'exposition.

Sources et échantillons

Sang, sérum et plasma^{Note de bas de page 23}.

Dangers primaires

Les piqûres d'un moustique vecteur infecté et l'inhalation de matériel infectieux en suspension dans l'air représentent les principaux risques associés à l'exposition au VCHIK^{Note de bas de page 1Note de bas de page 16}.

Dangers particuliers

Exposition à des insectes infectés lors de l'isolement de VCHIK dans des zones endémiques et de l'utilisation de matériel infecté provenant de ces zones dans le laboratoire^{Note de bas de page 26}.

Section VII - Contrôle de l'exposition et protection personnelle

Classification par groupe de risque

L'alphavirus chikungunya est un pathogène humain du groupe de risque 3, un pathogène animal du groupe de risque 2 et un agent biologique à cote de sécurité élevée (ABCSE)^{Note de bas de page 27Note de bas de page 28}.

Exigences de confinement

Les installations, l'équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 3, tels que décrits dans la Norme canadienne sur la biosécurité pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.

Veuillez noter qu'il existe d'autres exigences en matière de sécurité, comme l'obtention d'une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Vêtements de protection

Les exigences applicables au niveau de confinement 3 pour l'équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité doivent être respectées. À tout le moins, l'utilisation de vêtements protecteurs dédiés qui recouvrent entièrement le corps, de chaussures de sécurité dédiées et/ou de couvre-chaussures, de gants lors de la manipulation de matières infectieuses ou d'animaux infectés, d'une protection du visage lorsqu'il y a un risque connu ou potentiel d'exposition aux éclaboussures ou aux objets projetés en l'air, d'appareils de protection respiratoire lorsqu'il y a un risque d'exposition à des aérosols infectieux et d'une deuxième couche de vêtements de protection avant de travailler avec des matières infectieuses ou des animaux infectés.

Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l'équipement de protection individuelle pour la zone de confinement et les activités de travail doivent être documentées.

Autres précautions

Toutes les activités impliquant des récipients ouverts d'agents pathogènes doivent être effectuées dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) certifiée ou un autre espace de confinement primaire approprié. La centrifugation de matières réglementées doit être effectuée dans des godets de sécurité ou des rotors scellés qui sont déchargés dans une ESB ou un autre dispositif de confinement primaire à l'aide d'un mécanisme qui prévient leur rejet. L'utilisation d'aiguilles, de seringues et d'autres objets pointus doit être strictement limitée. Des précautions supplémentaires doivent être prises pour les travaux impliquant des animaux ou des activités à grande échelle.

Des précautions appropriées doivent être prises lors du travail avec des arthropodes infectés. Cela peut inclure la mise en œuvre d'un programme visant à prévenir les fuites et à détecter tout arthropode échappé, ainsi que l'utilisation d'équipements de protection individuelle (EPI) appropriés, entre autres mesures^{Note de bas de page 29Note de bas de page 30}.

Section VIII - Manutention et entreposage

Déversements

Laisser les aérosols se déposer. Tout en portant de l'équipement de protection individuelle, couvrir doucement le déversement avec du papier absorbant et appliquer un désinfectant approprié, à partir du périmètre et en allant vers le centre. Permettre un contact suffisant avec le désinfectant avant le nettoyage (Guide canadien sur la biosécurité).

Élimination

Les matières réglementées, ainsi que tous les articles et les déchets doivent être décontaminés à la barrière de confinement avant leur retrait de la zone de confinement, de la salle animalière, du box ou de la salle de nécropsie. Pour ce faire, on peut utiliser des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières infectieuses, comme les désinfectants chimiques, l'autoclave, l'irradiation, l'incinération, un système de traitement des effluents ou une décontamination gazeuse (Guide canadien sur la biosécurité).

Entreposage

Les exigences applicables en matière de confinement de niveau 3 pour l'entreposage, décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité, doivent être respectées. Les contenants primaires de matières réglementées retirés de la zone de confinement doivent être entreposés dans des contenants secondaires étiquetés, étanches, résistants aux chocs et conservés dans un équipement d'entreposage verrouillé ou dans un espace auquel l'accès est limité.

Les contenants d'agents biologiques à cote de sécurité élevée (ABCSE) entreposés à l'extérieur de la zone de confinement doivent être étiquetés, étanches, résistants aux chocs et conservés dans un équipement d'entreposage verrouillé à un endroit fixe (c.-à-d., non mobile) et dans un endroit avec accès limité.

Un inventaire des agents pathogènes du GR3 et les ABCSE entreposés pour une longue durée doit être dressé et inclure :

• l'identification précise des matières réglementées
• un mécanisme qui permet de détecter rapidement la disparition ou le vol d'un échantillon

Section IX - Renseignements sur la réglementation et autres

Renseignements sur la réglementation canadienne

Les activités contrôlées avec l'Alphavirus chikungunya nécessitent un permis d'agent pathogène et de toxine délivré par l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC). A. chikungunya est un agent pathogène des animaux terrestres au Canada; son importation nécessite donc un permis d'importation en vertu du Règlement sur la santé des animaux (RSA). L'ASPC délivre un « document de licence pour les agents pathogènes et les toxines » qui inclut un permis d'agent pathogène humain et de toxine et un permis d'importation du RSA.

Veuillez noter qu'il existe d'autres exigences en matière de sécurité, comme l'obtention d'une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Voici une liste non exhaustive des désignations, réglementations ou législations applicables :

• Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines
• Loi sur la santé des animaux et Règlement sur la santé des animaux
• Loi sur le transport des marchandises dangereuses et Règlement sur le transport des marchandises dangereuses

Dernière mise à jour

Janvier 2025

Préparé par

Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.

Mise en garde

L'information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l'utilisation de ces renseignements.

Les personnes au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les lignes directrices et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.

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