Surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées des refuges

Résumé

Les personnes sans-abri présentent des taux disproportionnés de morbidité et de mortalité dues à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) par rapport à ceux de la population générale, et les refuges pour sans-abri contribuent largement à ces résultats négatifs. En raison de leur structure, de leur population et de leur espace physique uniques, ces lieux compliquent la prévention de l'infection par la COVID-19 de nombreuses façons. Ces difficultés ne sont pas prises en compte de manière adéquate par les interventions de santé publique non pharmaceutiques conventionnelles. La surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées est une stratégie viable pour la protection de la santé dans les refuges en raison de sa capacité à surmonter ces difficultés uniques. Sa nature passive fait en sorte qu'elle ne dépend pas des comportements individuels en matière de santé, et elle peut fournir des informations épidémiologiques utiles dès le début d'une éclosion. Dans ce commentaire, les auteurs étudient une application récente de la surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées d'un refuge pour hommes à Toronto. D'autres applications de la surveillance des eaux usées des refuges pour d'autres maladies infectieuses préoccupantes y sont proposées, et on y discute de la nécessité de créer des cadres éthiques régissant l'utilisation de cette technologie.

Introduction

En juin 2023, le Canada avait signalé plus de quatre millions de cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et 40 000 décès liés à la COVID-19 ^{Note de bas de page 1}. Bien que les retombées de la COVID-19 aient été généralisées, on a observé des disparités majeures et soutenues dans les résultats à l'échelle du Canada ^{Note de bas de page 2}. Les personnes sans-abri, dont le nombre est estimé à 235 000 au Canada pour une année donnée ^{Note de bas de page 3}, ont été touchées de manière disproportionnée par la COVID-19. Au Canada, les personnes sans-abri subissent un plus grand nombre d'infections par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) et sont associées à des taux élevés d'hospitalisations, d'admissions aux unités de soins intensifs et de mortalité dues à la COVID-19 ^{Note de bas de page 4}. Les personnes sans-abri sont victimes de plusieurs inégalités qui, combinées, augmentent le risque de morbidité et de mortalité liées à la COVID-19, causant notamment des taux élevés de maladies chroniques et un accès réduit aux services de santé ^{Note de bas de page 5Note de bas de page 6}. Les interventions non pharmaceutiques comme la distanciation physique, le dépistage des symptômes, les tests et l'isolement sont difficiles à mettre en œuvre dans une communauté accablée par des problèmes de santé mentale et la consommation de substances, et se méfiant des établissements de santé ^{Note de bas de page 7Note de bas de page 8}.

Le contexte physique dans lequel les personnes sans-abri évoluent, interagissent et accèdent aux ressources peut exacerber bon nombre de ces risques. Les refuges pour sans-abri se caractérisent par une forte densité de population, un roulement rapide, la marginalisation et la pauvreté des clients, une mauvaise aération, un accès insuffisant à une hygiène optimale, l'insuffisance du contrôle des infections et d'autres protections réglementaires, et par la formation et les ressources limitées du personnel. Tous ces facteurs contribuent à augmenter le risque de transmission de la COVID-19 et d'autres maladies respiratoires ^{Note de bas de page 9}. Bien que des lignes directrices pour le contrôle de la COVID-19 dans les refuges aient été élaborées et recommandées par les organisations de santé publique au cours des premières phases de la pandémie ^{Note de bas de page 10}, les prestataires de services des refuges ont exprimé leur incertitude et leur impuissance compte tenu des ressources limitées en matière de soutien à la santé publique pendant la pandémie ^{Note de bas de page 11}. L'ensemble de ces facteurs contribue à l'augmentation de la prévalence de la COVID-19 dans les refuges par rapport à d'autres environnements ^{Note de bas de page 12}. Les refuges constituent un environnement particulier : ils servent une population unique et nécessitent des stratégies ciblées pour prévenir la COVID-19 et d'autres maladies transmissibles, les détecter et les guérir.

La surveillance des eaux usées est une stratégie de surveillance des maladies dans le cadre de laquelle des échantillons d'eaux usées sont régulièrement analysés afin de détecter la présence d'agents pathogènes et de quantifier les tendances en la matière. La surveillance des eaux usées a été utilisée pour la détection du poliovirus et des entérovirus humains dans les communautés ^{Note de bas de page 13Note de bas de page 14}. Ces dernières années, elle est devenue un moyen de surveiller le SRAS-CoV-2 et a été utilisée dans des environnements à risque élevé tels que les établissements correctionnels et les maisons de soins de longue durée ^{Note de bas de page 15Note de bas de page 16Note de bas de page 17}. Akingbola et al. ont décrit la mise en œuvre réussie d'une stratégie de surveillance des eaux usées dans un refuge pour hommes à Toronto, en Ontario, où cette approche a favorisé la détection précoce d'une éclosion et a permis le déclenchement de mesures pour prévenir toute nouvelle transmission dans ce contexte ^{Note de bas de page 18}. Avec ses tests de détection et son suivi des maladies transmissibles à l'échelle de la communauté ou de l'établissement (plutôt qu'à l'échelle de l'individu ou du patient), la surveillance des eaux usées combine des éléments des stratégies relatives aux maladies transmissibles et à la santé environnementale. À l'instar des systèmes de surveillance de la qualité de l'air ou de l'eau, la surveillance des eaux usées vise à repérer des menaces pour la santé publique et à y réagir de façon appropriée, qu'elles aient ou non déjà entraîné une morbidité cliniquement identifiable. Ces types de stratégies sont nécessaires pour résoudre et alléger le fardeau des maladies transmissibles dans les lieux de rassemblement tels que les refuges.

Le contrôle des eaux usées pour les maladies infectieuses certaines des difficultés observées dans l'atténuation des risques de COVID-19 dans les refuges pour sans-abri. Dans de nombreux cas, les signaux positifs dans les échantillons d'eaux usées peuvent être détectés à un stade précoce de la maladie, avant l'apparition des symptômes ou dans le cas d'infections asymptomatiques. Cela permet d'améliorer la visibilité de la situation et de disposer d'un délai d'intervention pratique, notamment pour lutter plus rapidement contre les éclosions. La surveillance des eaux usées peut faire partie d'une stratégie de réaction rapide selon laquelle un signal positif déclenche la mise en œuvre immédiate de mesures renforcées de protection et de contrôle des infections, telles que la surveillance syndromique et moléculaire, l'amélioration des procédures de nettoyage et le soutien de la clientèle à risque ^{Note de bas de page 18} (figure 1).

Figure 1 - Équivalent textuel

Organigramme illustrant un exemple d'approche de la surveillance de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans les eaux usées des refuges, basé sur l'utilisation de cette stratégie pour la détection d'une éclosion de COVID-19 dans un refuge pour hommes à Toronto. Un échantillon d'eaux usées prélevé le 24 août et testé pour détecter la présence de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) s'est révélé positif. Le personnel a été informé de ce résultat le 27 août. Ce résultat positif a déclenché une surveillance syndromique active cherchant à déterminer si des clients ou des membres du personnel présentaient des symptômes. Un deuxième échantillon de confirmation prélevé le 26 août s'est révélé positif et le personnel en a été informé le 30 août. C'est pourquoi une surveillance moléculaire active a été mise en place à partir du 30 août, et l'ensemble du personnel, des clients et des nouvelles personnes admises n'ayant pas été vaccinés ont été testés pour la COVID-19. Le premier cas a été identifié le 2 septembre et les suivants, les 9, 13 et 14 septembre. Une éclosion a été déclarée après l'identification du premier cas (total de 5 cas et 11 contacts étroits), ce qui a entraîné la mise en œuvre de mesures de prévention et de contrôle de l'infection telles que le regroupement en cohorte, les unités d'isolement pour les contacts étroits et les cas confirmés, la stratification des risques relatifs aux clients, le soutien accru aux clients à risque élevé et la mise en œuvre de procédures de désinfection améliorées La fin de l'éclosion a ensuite été déclarée le 26 septembre. Après plusieurs semaines, les taux de SRAS-CoV-2 dans les eaux usées ont diminué jusqu'à devenir indétectables. Le 28 septembre, le SRAS-CoV-2 était totalement indétectable dans les eaux usées.

La surveillance des eaux usées est passive et ne repose pas sur les comportements individuels de recherche de soins de santé ^{Note de bas de page 19}, ce qui avantageux pour suivre une population qui a moins accès aux soins de santé et qui peut être réticente à divulguer des symptômes transmissibles dans des lieux de rassemblement. De même, comme l'accès aux tests de réaction en chaîne par polymérase continue de diminuer et que les tests rapides sont de plus en plus répandus, la surveillance des eaux usées constitue un outil supplémentaire pour le suivi continu à l'échelle de l'établissement et de la communauté afin de suivre les tendances et d'orienter les mesures et la politique ^{Note de bas de page 20}. La surveillance des eaux usées dans les refuges a depuis été étendue à d'autres agents pathogènes que les personnes sans-abri risquent de contracter (notamment la grippe et le virus respiratoire syncytial), comme c'est le cas dans d'autres contextes communautaires ^{Note de bas de page 21Note de bas de page 22}. Les applications futures dans les refuges pourraient être la surveillance de pathogènes graves tels que le virus de l'hépatite A ^{Note de bas de page 23}.

Selon l'expérience des auteurs, lors de la surveillance des eaux usées à Toronto, le coût marginal par échantillon était d'environ 105 dollars canadiens, avec des coûts supplémentaires liés aux sites d'analyse additionnels, à la nécessité d'accroître le personnel de laboratoire et à des facteurs logistiques. Une analyse économique de la surveillance des eaux usées au Japon a favorisé l'utilisation de la surveillance des eaux usées par rapport aux tests antigéniques rapides dans les établissements individuels, en particulier lorsque l'incidence de COVID-19 est plus faible ^{Note de bas de page 24}, bien que la généralisabilité de cette étude au contexte canadien soit limitée. Une analyse économique de la surveillance des eaux usées et du dépistage rapide des antigènes dans un contexte canadien serait précieuse.

L'analyse des eaux usées a suscité des discussions éthiques légitimes ayant soulevé la nécessité d'établir des cadres éthiques solides pour régir son utilisation ^{Note de bas de page 25}. Dans le cas des tests à petite échelle et à proximité de la source, cette stratégie peut être adaptée au contexte afin de répondre aux besoins de la population concernée et de défendre ses droits. Cette proximité nécessite que les prestataires de services de refuge et les personnes sans-abri soient impliqués dans l'orientation de la collecte de données, de l'utilisation de ces données et des interventions en matière de tests des eaux usées. La collaboration avec les partenaires des services de refuge, des services de santé, de la santé publique, des services environnementaux et des organismes éthiques peut rendre la surveillance des eaux usées dans les refuges à la fois efficace et culturellement appropriée.

Les refuges constituent une ressource essentielle et une mesure de sécurité pour les personnes sans-abri, mais ils remettent également en question les efforts visant à protéger les résidents contre les menaces sanitaires, y compris les maladies transmissibles. Les refuges, bien que nécessaires pour fournir un hébergement et un soutien aux personnes sans-abri, ne peuvent pas remplacer des logements accessibles et abordables pour tous. La surveillance des eaux usées peut servir à réduire la morbidité et la mortalité évitables qui sont associées à l'itinérance, et être combinée aux mesures visant à mettre fin à l'itinérance elle-même ^{Note de bas de page 8Note de bas de page 26}.

Conclusion

La pandémie de COVID-19 a révélé que les approches conventionnelles en matière de surveillance des maladies transmissibles, de recherche de cas, de réaction aux éclosions et de protection de la santé continueront à causer des inégalités durables en matière d'exposition et d'accès aux interventions préventives. Des stratégies innovantes et adaptées à la communauté, telles que la surveillance des eaux usées, offrent des approches de rechange et intensives pour corriger ces inégalités. Le programme national de surveillance des eaux usées de l'Agence de la santé publique du Canada a joué un rôle de premier plan dans ce domaine et a favorisé le soutien et la collaboration à l'échelle nationale en matière de surveillance des eaux usées. Pour assurer la mise en œuvre durable et efficace de cette intervention, un soutien supplémentaire et un engagement intersectoriel majeur de la part des agences de santé publique, des établissements et réseaux de rassemblement, des systèmes d'approvisionnement en eau et d'assainissement, et des centres d'études seront nécessaires. Alors que les communautés commencent à se rétablir de la pandémie de COVID-19, nous courrons le risque que les innovations développées en contexte de crise soient jugées comme étant injustifiées ou indignes d'un investissement durable et mises de côté. À ce stade, nous pouvons et devons investir dans des programmes à long terme, notamment dans l'amélioration de la surveillance et de la prestation de services, afin de mieux faire face aux risques sanitaires auxquels sont confrontés les membres les plus marginalisés de notre communauté, ou nous n'aurons pas appris grand-chose de la crise de la COVID-19.

Déclaration des auteurs

• C. R. — Conceptualisation, rédaction–ébauche initiale
• S. B. — Conceptualisation, rédaction–ébauche initiale
• A. M. O. — Conceptualisation, rédaction–ébauche initiale
• S. E. S. — Rédaction–révision et édition
• C. O. — Rédaction–révision et édition
• R. S. — Rédaction–révision et édition
• A. T. — Rédaction–révision et édition, analyse des données
• K. G. — Rédaction–révision et édition, analyse des données
• P. A. — Rédaction–révision et édition

Le contenu de cet article et les opinions qui y sont exprimées n'engagent que les auteurs et ne reflètent pas nécessairement les opinions du gouvernement du Canada.

Intérêts concurrents

Aucun.

Remerciements

Nous tenons à remercier les nombreux partenaires des refuges et des communautés, les responsables, les travailleurs de première ligne et les clients qui ont contribué à notre collaboration concernant l'analyse des eaux usées et d'autres réponses à la pandémie de COVID-19, et l'ont rendue possible. Nous souhaitons également remercier le personnel chargé de l'échantillonnage et du laboratoire qui assure la surveillance des eaux usées dans les refuges.

Financement

Le financement de la surveillance des eaux usées effectuée par l'Université métropolitaine de Toronto a été assuré par le ministère de l'Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs de l'Ontario, et par une sous-subvention du Groupe de travail sur l'immunité face à la COVID-19 de Santé Canada. S. E. S. est financé par une chaire de recherche du Canada de niveau 1. A. M. O. reçoit une aide salariale de Inner City Health Associates, de Unity Health Toronto, de l'École de santé publique Dalla Lana de l'Université de Toronto et des bourses de chercheurs du Département de médecine familiale et communautaire de l'Université de Toronto.