Une étude pour le développement d'un système de surveillance des maladies à transmission vectorielle

Les maladies à transmission vectorielle (MTV) se développent rapidement dans le monde entier ^{Note de bas de page 1}. En plus des MTV sporadiques émergentes acquises au pays, des centaines de cas surviennent chaque année parmi les voyageurs canadiens ^{Note de bas de page 2Note de bas de page 3}. Pourtant, plusieurs MTV émergentes ne font pas l'objet d'une déclaration obligatoire et/ou d'une notification nationale au Canada.

En 2017, l'Agence de la santé publique du Canada (l'Agence) a lancé un projet pilote intitulé Rétro 3, visant à évaluer la faisabilité et l'utilité de la surveillance des MTV basée sur les données de laboratoire au Canada. L'étude pilote Rétro 3 était une collaboration entre l'Agence et les laboratoires de santé publique provinciaux participants afin d'évaluer la faisabilité de l'exploitation des données de laboratoire collectées de manière routinière pour la surveillance de ces maladies, par le biais d'une analyse rétrospective de la dengue, du Zika et du chikungunya. Ces maladies ont été sélectionnées en raison des épidémies de chikungunya et de Zika survenues entre 2014 et 2016 dans les Amériques, ainsi que de la réactivité croisée entre les virus Zika et dengue.

Vision pour le système de surveillance des maladies à transmission vectorielle basée sur les données de laboratoire

À terme, un système pancanadien de surveillance des MTV basée sur les données de laboratoire aurait pour objectif d'identifier et de surveiller les signaux précoces d'éclosions et de recueillir des données pour évaluer les tendances à long terme et l'épidémiologie des MTV d'intérêt au Canada.

Objectif du projet

Évaluer la faisabilité d'exploiter les données de laboratoire recueillies de manière routinière au niveau national et provincial pour effectuer une surveillance des MTV d'intérêt.

Aperçu de l'étude pilote

Au Canada, les tests diagnostiques pour les MTV sont répartis entre le Laboratoire national de microbiologie (LNM) et les laboratoires provinciaux de santé publique. En général, pour les agents pathogènes nouveaux, rares ou pour lesquels les demandes sont peu fréquentes, les échantillons sont prélevés au niveau provincial et envoyés au LNM pour les tests initiaux et de confirmation. Au fil du temps, et lorsque les capacités existent, les laboratoires provinciaux peuvent effectuer les tests initiaux et ne transmettre les échantillons au LNM que pour confirmation, le cas échéant.

Le flux de données commence par le prélèvement d'échantillons auprès de personnes répondant aux critères standard de test pour une ou plusieurs MTV. Ces échantillons sont envoyés au laboratoire provincial et/ou au LNM, où ils sont testés et où les résultats sont générés. La surveillance basée sur les données de laboratoire compile des données au niveau de l'échantillon à partir de tous les spécimens testés pour des maladies d'intérêt. Ces données sont reçues sous forme d'extraits disparates dépersonnalisés de chaque laboratoire, partagées en toute sécurité avec les épidémiologistes de l'Agence via une plateforme sécurisée de partage de données en ligne.

Ensuite, des étiquettes factices anonymes et non identifiables sont utilisées pour regrouper les données sur les échantillons provenant des laboratoires provinciaux et nationaux. Ces étiquettes facilitent également le lien entre tous les échantillons appartenant à une même personne, tout en garantissant qu'aucune information personnelle n'est incluse. Après le nettoyage des données, les définitions de cas basées sur les données de laboratoire a sont utilisées au stade de l'analyse des données, pour classer chaque personne testée comme positive ou négative pour la maladie en question, en fonction des résultats des tests diagnostiques de laboratoire. L'ensemble des données est ensuite préparé pour une exploration plus approfondie par le biais d'analyses épidémiologiques descriptives de base, y compris des analyses de sous-groupes par genre, groupe d'âge, état de grossesse, ainsi que les antécédents de voyage. En fin de compte, le système de surveillance des MTV basée sur les données de laboratoire envisagé permettrait de détecter les premiers signaux d'épidémie, de faire des rapports fréquents, d'informer l'évaluation des risques et d'obtenir de nombreux autres résultats qui peuvent être partagés avec les partenaires des laboratoires.

Sources de données

Des extraits de données de réquisition et de tests des laboratoires provinciaux et fédéraux de santé publique, contenant des informations anonymes sur tous les échantillons testés pour les maladies en question.

Éléments de données

Résultats clés de l'étude pilote de faisabilité

Le projet pilote Rétro 3 a consisté en une étude rétrospective analysant plus de 56 000 échantillons testés pour la dengue, le Zika et le chikungunya entre 2012 et 2017 au LNM, au BCCDC Public Health Laboratory, à l'Alberta Health Services Laboratory Services et au laboratoire de Santé publique Ontario. Dans sa phase finale, Rétro 3 recueille actuellement des données de laboratoire rétrospectives sur les échantillons testés pour les trois maladies à ce jour, afin de mettre à jour les analyses ^{Note de bas de page 4}.

Cette étude pilote a démontré que :

• Faisabilité de la surveillance basée sur les données de laboratoire : Il est possible de compiler et d'harmoniser les données provenant de plusieurs laboratoires de santé publique à travers le Canada, fournissant ainsi un cadre unifié pour la détection précoce des signaux et la surveillance des MTV.
• Qualité et exhaustivité des données : La qualité et l'exhaustivité des données de laboratoire permettent d'effectuer des analyses épidémiologiques descriptives de base et d'obtenir des informations utiles sur l'apparition et les caractéristiques des MTV.
• Définitions de cas basées sur les données de laboratoire : Des définitions flexibles des maladies basées uniquement sur les données de laboratoire peuvent être élaborées et appliquées efficacement pour classer les diagnostics de laboratoire positifs, ce qui permet une approche normalisée du suivi et de la surveillance des signaux.
• Tendances des maladies liées aux voyages : Les diagnostics de laboratoire reflètent les tendances mondiales et correspondent à l'activité des maladies dans les pays de destination.
• Utilité des données de laboratoire : Les données de laboratoire permettent de détecter les premiers signes de maladie, de suivre les tendances et d'informer les initiatives de santé publique, y compris la communication des risques, les conseils sanitaires aux voyageurs et la préparation aux épidémies, grâce à des analyses épidémiologiques de base.

Le projet pilote Rétro 3 a fourni une base solide, fondée sur des données, pour le développement d'un système pancanadien de surveillance basée sur les données de laboratoire des MTV au Canada, démontrant la faisabilité et l'utilité de la surveillance basée sur les données de laboratoire pour répondre aux besoins émergents de santé publique en matière de MTV dans un contexte mondialisé et sensible au climat.

Conclusion

Cette étude pilote de faisabilité a démontré que les données relatives aux demandes et aux tests de laboratoire concernant la dengue, le Zika et le chikungunya peuvent être exploitées pour effectuer des analyses compatibles avec celles d'un système de surveillance, ce qui indique la viabilité d'un système pancanadien de surveillance de ces maladies basée sur les données de laboratoire. Le système envisagé devrait rester flexible afin de s'étendre à d'autres MTV à l'avenir, selon une approche progressive, et pourrait, à terme, compléter les efforts de surveillance traditionnelle basée sur les cas et combler des lacunes cruciales dans la surveillance des MTV au Canada.

La surveillance basée sur les données de laboratoire représente une approche innovante, collaborative et efficace pour exploiter, intégrer et diffuser les données de laboratoire collectées de manière routinière afin de soutenir des actions de santé publique ciblées et d'améliorer de manière significative la capacité du Canada à détecter et à répondre aux menaces émergentes des MTV.

Agence de la santé publique du Canada, BCCDC Public Health Laboratory, Alberta Health Services Laboratory Services, Laboratoire de santé publique Ontario. Rétro 3 : Une étude pilote de faisabilité pour le développement d'un système de surveillance des maladies à transmission vectorielle basée sur les données de laboratoire. Relevé des maladies transmissibles au Canada 2025;51(5):228.