Section 3 : Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) 2008 – Recherches en collaboration avec l'Agence de la santé publique du Canada

Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA)

Section 3 - Recherches en collaboration avec l'Agence de la santé publique du Canada

Encadré 1. Bactéries résistantes aux antimicrobiens chez les animaux de compagnie en Ontario.

Plusieurs projets de recherche liés au PICRA ont été entrepris pour vérifier la présence de bactéries résistantes aux antimicrobiens chez les chiens et les chats en Ontario. Les conclusions relatives à 3 études récentes sont décrites brièvement ci-dessous.

Étude préliminaire sur la fréquence des bactéries résistantes aux antimicrobiens chez des chiens et des chats en santé admis à des hôpitaux vétérinaires privés dans le sud de l'Ontario.

Murphy, C.Note de rattachement des auteurs 1, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, J.F. PrescottNote de rattachement des auteurs 3, B.N. BonnettNote de rattachement des auteurs 1, C. PoppeNote de rattachement des auteurs 2, P. BoerlinNote de rattachement des auteurs 3, J.S. WeeseNote de rattachement des auteurs 3, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 1et S.A. McEwenNote de rattachement des auteurs 1

La prévalence et les profils de sensibilité aux antimicrobiens de bactéries fécales ont été déterminés chez des chiens (n = 188) et des chats (n = 39) en santé, admis à des hôpitaux vétérinaires privés dans le sud de l'Ontario. Les animaux n'avaient pas été récemment exposés à des antimicrobiens. L'étude a été réalisée à l'été 2002. La bactérie Escherichia coli a été détectée chez tous les chiens et chats. Par ailleurs, aucune Salmonella, aucun E. coli producteur de β-lactamases à spectre étendu, aucun Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline ni Staphylococcus pseudintermedius résistant à la méthicilline n'ont été détectés.

La prévalence de la résistance d'E. coli aux antimicrobiens était la suivante : ampicilline-chiens, 13 %, et chats, 4 %; céphalothine-chiens, 13 %, et chats, < 1 %; streptomycine-chiens, 17 %, et chats, 2 %; tétracycline-chiens, 11 %, et chats, 2 %. Des isolats d'E. coli résistant à au moins 2 antimicrobiens ont été détectés parmi 11 % des chiens et 15 % des chats. Des isolats d'E. coli producteur de céphamycinase (blaCMY-2) ont été détectés parmi des échantillons d'excréments provenant de 2 chiens. La prévalence de la résistance parmi les E. coli générique provenant de ce groupe d'animaux était plus faible que ce qui a été antérieurement signalé dans le cas des animaux de compagnie. Il se peut toutefois qu'il existe une petite proportion de chiens qui constitue un réservoir pour E. coli blaCMY-2.

Accepté pour publication dans le Canadian Veterinary Journal.

Auteur-ressource : Colleen Murphy (cmurph02@uoguelph.ca)

Paramètres des soins donnés aux animaux de compagnie, associés à la présence de Salmonella dans les matières fécales de chiens en Ontario.

Leonard E.K.Note de rattachement des auteurs 1, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, N. JaneckoNote de bas de page 1, D. PearlNote de rattachement des auteurs 1, R. FinleyNote de rattachement des auteurs 3, A. PeregrineNote de rattachement des auteurs 4 et J.S. WeeseNote de rattachement des auteurs 4

Entre octobre 2005 et mai 2006, 138 chiens provenant de 84 ménages ontariens ont été inscrits pour participer à une étude transversale. Cette dernière avait pour objectif de déterminer les paramètres des soins donnés aux animaux de compagnie, associés à la présence de Salmonella dans les excréments de chiens appartenant à des ménages qui avaient accepté de participer volontairement à l'étude. La présence de Samonella a été détectée dans au moins 1 échantillon de matières fécales chez 23 % des chiens (32/138); chez 25 % (21/84) des ménages, au moins 1 chien avait excrété Salmonella. Douze sérotypes de Salmonella ont été identifiés. Les plus communs étaient : S. Typhimurium (33 %), S. Kentucky (15 %), S. Brandenburg (15 %) et S. Heidelberg (13 %).

Les facteurs de risque importants associés à l'excrétion de Salmonella étaient les suivants : contacts antérieurs avec des animaux d'élevage; consommation d'un probiotique dans le mois précédant le prélèvement de l'échantillon; consommation d'un régime alimentaire commercial ou fait à la maison composé d'aliments crus; consommation de viande et d'œufs crus; présence de plus de 1 chien dans le ménage. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens effectués sur les isolats de Salmonella ont été complétés et les analyses épidémiologiques sont en cours.

Auteur-ressource : Erin Leonard (eleonard@uoguelph.ca)

Paramètres des soins donnés aux animaux de compagnie associés à la présence de Campylobacter, Salmonella et Giardia dans les matières fécales de chiens de compagnie admis dans des cliniques vétérinaires en Ontario.

Leonard E.K.Note de rattachement des auteurs 1, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 1, D. PearlNote de rattachement des auteurs 1, R. FinleyNote de rattachement des auteurs 3, A. PeregrineNote de rattachement des auteurs 4et J.S. WeesNote de rattachement des auteurs 4

De juillet 2008 à mai 2009, 240 chiens admis à 7 cliniques vétérinaires de la région de Waterloo, en Ontario, ont été inscrits pour participer à une étude transversale. L'étude avait pour objectif d'identifier les paramètres relatifs aux soins donnés aux animaux de compagnie, qui peuvent être associés à la présence de Campylobacter, de Salmonella et de Giardia dans les excréments de chiens admis dans des cliniques vétérinaires. Dans vingt-deux pour cent (52/240) des cas, on a compté au moins 1 échantillon de matières fécales positif pour Campylobacter. Parmi les chiens positifs pour Campylobacter, 89 % l'ont été pour C. upsaliensis, 14 % ont été positifs pour C. jejuni et 1 chien a été positif pour C. upsaliensis et C. jejuni. Pour six pour cent (14/240) des chiens, on a compté au moins 1 échantillon positif pour Giardia, et chez 2 % (4/240) des chiens, on a compté au moins 1 échantillon positif pour Salmonella.

Les facteurs de risque significatifs susceptibles d'avoir une incidence sur le fait qu'un chien soit positif pour toute espèce de Campylobacter sont les suivants : âge inférieur à 1 an; participation à une activité de groupe (ex. : formation pour l'apprentissage de l'obéissance ou de l'agilité); consommation d'aliments cuits à la maison comme régime alimentaire ou ajoutés à la ration. L'administration d'antimicrobiens au cours du mois précédant le prélèvement de l'échantillon a été associée négativement à l'excrétion de Campylobacter. Les facteurs de risque importants pour qu'un chien présente un test positif pour Giardia sont les suivants : âge inférieur à 1 an, petite municipalité rurale comme lieu de résidence; maladie entérique antérieure (infection à Giardia, Salmonella, Campylobacter ou Clostridium difficile ); consommation d'eau de puits. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens des échantillons positifs pour Campylobacter et Salmonella ont été complétés; les profils de résistance aux antimicrobiens seront comparés à ceux d'Escherichia coli générique qui ont été observés auprès des mêmes chiens.

Auteur-ressource : Erin Leonard (eleonard@uoguelph.ca)

Encadré 2. Prévalence d'agents pathogènes vétérinaires et zoonotiques sélectionnés isolés à partir d'échantillons environnementaux prélevés dans des cliniques vétérinaires du sud de l'Ontario.

Murphy C.P.Note de rattachement des auteurs 1, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, P. BoerlinNote de rattachement des auteurs 3, J.S. WeeseNote de rattachement des auteurs 3, J.F. PrescottNote de rattachement des auteurs 3, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 1, L. HassardNote de rattachement des auteurs 4, S.A. McEwenNote de rattachement des auteurs 1

L'importance de la lutte contre les infections nosocomiales en médecine vétérinaire est de plus en plus reconnue, bien que le rôle du milieu clinique dans ce type d'infections soit encore très peu connu. Cette étude avait pour objectif d'évaluer la contamination environnementale par Escherichia coli et d'autres agents pathogènes vétérinaires et zoonotiques sélectionnés dans des hôpitaux vétérinaires communautaires du sud de l'Ontario. Au cours de la période de l'étude (soit de mai à août 2005), des échantillons environnementaux ont été prélevés dans 101 hôpitaux d'animaux de compagnie. La proportion des hôpitaux présentant des écouvillons environnementaux positifs était la suivante : E. coli, 92 %; Clostridium difficile, 58 %; Staphylococcus aureus (SARM) résistant à la méthicilline, 9 %; E. coli blaCMY-2, 9 %; Staphylococcus pseudintermedius résistant à la méthicilline, 7 %; Salmonella, 2 %. Aucun isolat d'Enterococcus spp. résistant à la vancomycine, de parvovirus canin et de calicivirus félin, n'a été détecté. La prévalence de la résistance aux antimicrobiens parmi les isolats d'E. coli était faible. Tous les isolats de Salmonella étaient sensibles à tous les antimicrobiens évalués. Les tests de sensibilité n'ont pas été effectués pour les autres isolats bactériens.

Cette étude a démontré que les hôpitaux vétérinaires constituent un réservoir environnemental d'organismes pathogènes. D'importants organismes vétérinaires et humains potentiellement pathogènes ont été détectés, incluant les souches canadiennes épidémiques SARM-2, SARM-5 et le ribotype C. difficile 027. Des études additionnelles sont nécessaires en vue de caractériser les facteurs de risque associés aux infections nosocomiales chez les animaux de compagnie, incluant le rôle de l'environnement.

Accepté pour publication dans le Canadian Veterinary Journal.

Auteur-ressource : Colleen Murphy (cmurph02@uoguelph.ca)

Encadré 3. Utilisation des antimicrobiens et résistance antimicrobienne dans les exploitations ovines de l'Ontario.

Au Canada, les moutons font partie des espèces mineures d'animaux destinés à l'alimentation humaine et peu d'antimicrobiens sont homologués pour utilisation chez les moutons et les agneaux. On a donc formulé l'hypothèse qu'une grande partie des antimicrobiens sont administrés dans le cadre de l'utilisation de médicaments en dérogation des directives de l'étiquette (UMDDE). Cette utilisation des antimicrobiens chez les animaux d'élevage peut présenter des risques pour la santé publique. Un projet sur l'utilisation des antimicrobiens et sur la résistance antimicrobienne a donc été mis sur pied en vue de recueillir des données de manière prospective dans les fermes ovines en Ontario. Chacun des volets de ce projet est présenté de façon distincte ci-dessous.

Utilisation d'antimicrobiens dans les fermes ovines de l'Ontario, Canada.

Moon C.S.Note de rattachement des auteurs 1, O. BerkeNote de rattachement des auteurs 1, B.P. AveryNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, S.A. McEwenNote de rattachement des auteurs 1, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, L. ScottNote de bas de page 1, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 1 et P. MenziesNote de rattachement des auteurs 1

Des producteurs de 49 exploitations ovines produisant des agneaux en Ontario ont tenu des registres de traitement d'antimicrobiens durant la période d'étude de 12 mois, entre 2006 et 2008. Les données (c.-à-d. les pratiques d'élevage ainsi que les stocks d'agneaux, de brebis et de béliers à la ferme) ont été recueillies à la ferme à l'aide d'un questionnaire distribué aux producteurs au début et à la fin de la période de l'étude. Les taux d'exposition aux antimicrobiens et les taux d'utilisation en dérogation des directives de l'étiquette (UMDDE; indication, posologie ou catégorie de moutons non correspondantes aux directives de l'étiquette) ont été calculés à l'aide des registres de traitement et à partir des stocks de moutons. Les associations des variables relatives au traitement et à la ferme avec les taux d'utilisation des antimicrobiens ont été étudiées à l'aide d'une analyse de régression de Poisson combinée à des équations généralisées pondérées au niveau de la ferme.

Dans l'ensemble, la moyenne du taux d'exposition aux antimicrobiens dans le cas des agneaux et des moutons adultes était approximativement de 66 moutons-jours traités par 1000 moutons-jours à risque. C'est la chlortétracycline, un antimicrobien ajouté aux aliments et dont l'utilisation est homologuée chez les agneaux en vue de prévenir les pertes liées à l'entérotoxémie, qui présentait le taux moyen d'exposition le plus élevé chez les agneaux (32,7 moutons-jours traités par 1000 moutons-jours à risque) et chez les moutons adultes (10,6 moutons-jours traités par 1000 moutons-jours à risque). Les autres antimicrobiens associés à des taux élevés d'exposition étaient les suivants : l'oxytétracycline à action prolongée (non homologuée pour utilisation chez les moutons) et la pénicilline à action brève et action prolongée (les deux produits sont homologués pour utilisation chez les moutons). Chez les moutons traités avec un antimicrobien homologué, le produit approuvé a été utilisé en dérogation des directives de l'étiquette pour une moyenne de 811,6 moutons-jours par 1000 moutons-jours traités. Le taux d'utilisation moyenne d'un antimicrobien non homologué pour utilisation chez les moutons était de 191,2 moutons-jours par 1000 moutons-jours traités pour tous les antimicrobiens. En résumé, environ 20 % de l'utilisation d'antimicrobiens comportait un produit non homologué et environ 80 % de l'utilisation d'antimicrobiens homologués se faisaient dans le cadre d'une certaine forme d'UMDDE.

Les maladies les plus couramment déclarées comme les troubles respiratoires, les blessures et les infections, ou les états pathologiques non spécifiques (ex. : dépression, perte d'appétit ou fébrilité) étaient significativement (P ≤ 0,05) associés à un taux d'exposition aux antimicrobiens inférieur chez les agneaux et les moutons adultes. Le traitement des maladies non spécifiques, de la mammite et des troubles du pis, ainsi que des problèmes subséquents à la mise bas chez les brebis était significativement associé à des taux plus faibles d'utilisation d'antimicrobiens non homologués. Les états de santé moins fréquemment signalés (ex. : avortement ou problèmes gastro-intestinaux) étaient significativement associés à des taux plus élevés d'utilisation d'antimicrobiens non homologués que les maladies plus fréquemment déclarées.

Ces résultats laissent croire que la nécessité de traiter les maladies moins communes favorise le recours au processus de l'UMDDE chez les moutons en Ontario, probablement parce que dans le cas des maladies moins communes, il est moins probable que ces dernières soient mentionnées sur l'étiquette des antimicrobiens.

Chez les autres espèces, il n'a pas été possible d'effectuer de comparaisons directes des taux d'UMDDE en raison de la documentation limitée à ce sujet. Cependant, les résultats présentés ici serviront à vérifier si les préoccupations en santé publique relatives à l'utilisation des antimicrobiens dans les fermes ovines ontariennes sont justifiées. Ils faciliteront également l'élaboration de stratégies concernant l'utilisation et l'homologation des médicaments utilisés par l'industrie ovine au Canada.

Auteur-ressource : Catherine Moon (cmoon5@uwo.ca)

Prévalence de la résistance antimicrobienne parmi les isolats d'Escherichia coli, de Salmonella et de Campylobacter provenant de moutons en Ontario.

Scott L.Note de rattachement des auteurs 1, C.S. MoonNote de rattachement des auteurs 1, P. MenziesNote de rattachement des auteurs 1, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, O. BerkeNote de rattachement des auteurs 1, B.P. AveryNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 1 et S.A. McEwenNote de rattachement des auteurs 1

Des registres sur les animaux en stock et sur les traitements ont été maintenus pour 49 troupeaux ovins ontariens, incluant un parc d'engraissement de moutons, pour une période de 12 mois, entre 2006 et 2008. Des échantillons composites de matières fécales ont été prélevés au cours des visites initiale et finale, auprès de 5 animaux provenant chacun de 2 groupes : agneaux sevrés et brebis adultes. Les échantillons ont été mis en culture pour vérifier la présence d'Escherichia coli générique, de Salmonella et de Campylobacter. Tous les isolats bactériens ont été soumis à des tests de sensibilité aux antimicrobiens. Des analyses préliminaires ont démontré que la prévalence et le type de résistance détectés durant les 2 périodes de prélèvement étaient semblables. Par conséquent, seuls les résultats des visites finales à la ferme sont présentés ici.

Au total, 137 échantillons composites de matières fécales ont été prélevés auprès de 48 troupeaux. Le prélèvement d'échantillons fécaux n'a pas été effectué auprès de 1 ferme lors de la visite finale, en raison de problèmes de santé du troupeau. Tous les échantillons composites étaient positifs pour E. coli, et 3 isolats par échantillon ont été sélectionnés pour les tests de sensibilité aux antimicrobiens (n = 411 isolats). Quatorze pour cent (56/411) des isolats d'E. coli étaient résistants à au moins 1 antimicrobien. De la résistance à la tétracycline a été observée parmi 13 % des isolats évalués; de la résistance à la streptomycine parmi 3 % des isolats; de la résistance au sulfisoxazole parmi 3 % des isolats. Un pour cent ou moins des isolats étaient résistants à l'ampicilline, à la kanamycine, au triméthoprime-sulfaméthoxazole et au chloramphénicol. La résistance à plusieurs antimicrobiens parmi les isolats d'E. coli était faible (5 %), et aucune résistance aux antimicrobiens de la Catégorie 1 (très haute importance en médecine humaine) n'a été observée. La présence de Salmonella n'a été détectée que parmi 2 des échantillons fécaux composites : 1 isolat de S. Enteritidis et 1 isolat de Salmonella IIIb 61:k1,5,7. Aucun isolat de Salmonella n'était résistant aux antimicrobiens sélectionnés. La prévalence de Campylobacter était de 62 % (85/137). Parmi les 85 isolats (1 isolat par échantillon positif), 86 % étaient des isolats de C. jejuni, 11 % de C. coli, 1 % de C. lari et 2 % étaient des isolats d'autres espèces de Campylobacter. Parmi les 82 isolats de Campylobacter ayant fait l'objet de tests de sensibilité aux antimicrobiens, 53 % étaient résistants à 1 antimicrobien ou plus. De la résistance à la tétracycline a été observée parmi 41 % des isolats évalués; la résistance à l'acide nalidixique parmi 4 %, des isolats et de la résistance à la ciprofloxacine parmi 2 % des isolats. Un pour cent des isolats étaient résistants à l'azithromycine, à la clindamycine, à l'érythromycine et à la télithromycine. Un faible pourcentage de multirésistance (4 %) a été observé parmi les isolats de Campylobacter. Des analyses plus poussées permettront d'étudier les corrélations entre l'utilisation des antimicrobiens et la résistance parmi les isolats d'E. coli et de Campylobacter prélevés auprès des troupeaux ovins ontariens.

Auteur-ressource : Lisa Scott (lscott@uoguelph.ca)

Encadré 4. Prévalence des bactéries résistantes aux antimicrobiens dans de la viande vendue au détail provenant d'une communauté de Premières nations en Ontario.

Varughese M.Note de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 1, V. EdgeNote de rattachement des auteurs 3 et S.A. McEwenNote de rattachement des auteurs 1

La résistance aux antimicrobiens représente un enjeu crucial en matière de soins de santé à l'échelle mondiale. Par ailleurs, la transmission des bactéries résistantes aux antibiotiques le long de la chaîne alimentaire est de plus en plus préoccupante. Des éclosions de contamination alimentaire et hydrique au sein des communautés des Premières nations ont été documentées; toutefois, les taux de maladie sporadique et la détection de la résistance chez les bactéries alimentaires et hydriques (soit Salmonella, Campylobacter et Escherichia coli), chez les humains et dans la chaîne alimentaire n'ont pas été étudiés spécifiquement pour les collectivités des Premières nations. Un projet pilote de surveillance de la viande vendue au détail, conformément aux méthodes établies par le PICRA, a été mis en place en septembre 2007 dans une communauté éloignée de Premières nations du nord de l'Ontario.

L'accès par la route à la communauté n'était possible que durant 6 à 8 semaines durant l'hiver; le reste du temps, l'endroit n'était accessible que par avion. Des échantillons de viande ont été achetés dans une épicerie locale, puis ils ont été emballés et envoyés par le technicien sur place. Les échantillons ont été reçus dans les 24 heures suivant la date de leur envoi et ils ont été mis en culture au Canadian Research Institute for Food Safety, à l'Université de Guelph; l'objectif était de détecter la présence d'E. coli et de Salmonella. Une portion de chaque échantillon de poulet a été expédiée à la Division des services laboratoires de l'Université de Guelph pour l'isolement de Campylobacter. Des isolats de Salmonella et d'E. coli ont été envoyés au Laboratoire de lutte contre les zoonoses d'origine alimentaire (LLZOA) à Guelph, Ontario, pour les tests de sensibilité aux antimicrobiens (méthode de microdilution en bouillon) et pour le sérotypage et le lysotypage de Salmonella. Les isolats de Campylobacter ont été envoyés au LLZOA de Saint-Hyacinthe, Québec, pour les tests de sensibilité (méthode de microdilution en bouillon). Quatre-vingts échantillons congelés de poulet, de porc et de bœuf ont été prélevés entre 2007 et 2008.

Auteur-ressource : Betsy Varughese (Marie_Varughese@phac-aspc.gc.ca)

Encadré 5. Bactéries résistantes aux antimicrobiens détectées parmi des échantillons provenant de petits mammifères sauvages en Ontario.

De manière générale, la prévalence de bactéries entériques et la présence de résistance aux antimicrobiens ont été bien étudiées chez les humains et les animaux d'élevage. Peu de travaux ont cependant été effectués sur la présence de bactéries résistantes aux antimicrobiens chez les animaux sauvages en liberté. Afin d'évaluer si la faune joue un rôle dans le maintien et la dissémination de ces bactéries, le PICRA a réalisé plusieurs recherches en collaboration avec l'Université de Guelph. Les résultats de l'une de ces études sont présentés ci-dessous. D'autres projets étudiant la résistance aux antimicrobiens au sein de la faune sont actuellement en cours de réalisation. L'ensemble de ces études fournira des informations essentielles à l'amélioration de la compréhension du rôle de la faune dans la propagation de la résistance antimicrobienne des bactéries présentes dans l'environnement; ces renseignements seront également utiles pour évaluer les risques que la faune représente en santé publique. Ces informations permettront en outre d'améliorer les programmes actuels de surveillance et de lutte contre les maladies.

Résistance aux antimicrobiens parmi les isolats d'Escherichia coli provenant de porcs et de petits mammifères sauvages à proximité d'élevages porcins et dans des environnements naturels de l'Ontario.

KozakNote de rattachement des auteurs 1 G.K., P. BoerlinNote de rattachement des auteurs 1, N. JaneckoNote de rattachement des auteurs 2, R. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 2Note de rattachement des auteurs 3 et C. JardineNote de rattachement des auteurs 1

Cette étude avait pour but d'évaluer l'effet de l'habitat (soit la ferme ou une aire naturelle) sur la présence de la résistance aux antimicrobiens parmi des isolats d'Escherichia coli générique provenant de petits mammifères sauvages (souris, campagnols et musaraignes). De plus, les types et la distribution de la résistance aux antimicrobiens des isolats d'E. coli provenant de porcs issus des mêmes fermes où les petits mammifères sauvages ont été échantillonnés ont été comparés.

De petits mammifères sauvages ont été capturés entre juin et novembre 2007. Au total, 42 isolats d'E. coli provenant de 22 petits mammifères sauvages capturés sur les fermes, et 37 isolats provenant de 20 petits mammifères sauvages capturés dans l'environnement naturel ont été détectés. Des échantillons fécaux de porcs ont été prélevés entre 2005 et 2008; un échantillonnage additionnel a eu lieu en 2007 afin de permettre d'établir des corrélations avec la capture de mammifères sauvages. Tous les isolats d'E. coli provenant de petits mammifères sauvages et les 25 isolats provenant des échantillons composites de matières fécales ont été prélevés dans chacune des 5 fermes porcines et ont fait l'objet de tests de sensibilité à 15 antimicrobiens (voir le tableau ci-dessous).

Tableau 2 : Antimicrobien
AntimicrobienNote de bas de page a Nombre (%) d'isolats résistants provenant de porcs (n = 125) Nombre (%) d'isolats résistants provenant de petits mammifères sauvages
Fermes (n = 42) Zone naturelle (n = 37)
I Amoxicilline-acide clavulanique 5 (4) 0 (0) 0 (0)
Ceftiofur 3 (2) 0 (0) 0 (0)
Ceftriaxone 3 (2) 0 (0) 0 (0)
II Ampicilline 28 (22) 1 (2) 3 (8)
Céfoxitine 3 (2) 1 (2) 0 (0)
Kanamycine 11 (9) 0 (0) 0 (0)
Streptomycine 48 (38) 3 (7) 0 (0)
Triméthoprime-sulfaméthoxazole 8 (6) 1 (2) 0 (0)
III Chloramphenicol 13 (10) 2 (5) 0 (0)
Sulfisoxazole 62 (50) 5 (12) 0 (0)
Tétracycline 104 (83) 10 (24) 2 (5)
IV        

Les petits mammifères capturés à la ferme avaient 5 fois plus de chances d'être porteurs d'E. coli résistant à la tétracycline que ceux qui vivaient en zone naturelle. C'est la résistance à la tétracycline qui a été détectée le plus fréquemment parmi les isolats provenant de porcs (soit 83 % des isolats). En conclusion, les petits mammifères sauvages qui vivent sur les fermes sont plus susceptibles d'être porteurs d'E. coli que ceux qui vivent en zone naturelle, car ces derniers seraient moins affectés par les humains et les activités agricoles. Nous avons formulé l'hypothèse que la proximité des animaux destinés à l'alimentation humaine augmente la probabilité de la présence de résistance aux antimicrobiens dans les isolats d'E. coli provenant d'animaux sauvages; cette situation peut s'expliquer par le fait que les petits mammifères sont exposés aux bactéries E. coli résistantes des animaux d'élevage, à leurs gènes de résistance ou aux antimicrobiens auxquels ils auraient été exposés par l'alimentation animale.

Publié dans Applied and Environmental Microbiology 2009;75:559-566.

Auteur-ressource : Patrick Boerlin (pboerlin@uoguelph.ca)

Encadré 6. Présence de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline dans de la viande vendue au détail : 2008-2009.

Weese, J.S.Note de rattachement des auteurs 1, J. Rousseau, B.P. AveryNote de rattachement des auteurs 2 et R. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2

Le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) est un organisme pathogène très important en médecine humaine. Au cours des 10 ou 15 dernières années, les infections à SARM d'origine communautaire ont augmenté considérablement à l'échelle internationale, et on s'est interrogé sur le rôle des animaux et de l'alimentation à cet égard. En Europe, une souche particulière de SARM, la ST398, est apparue chez les animaux destinés à l'alimentation dans des pays où la prévalence du SARM était antérieurement faible; cette souche représente maintenant une large proportion d'infections humaines, qui continue d'augmenter. Les contacts directs ou indirects avec des animaux destinés à l'alimentation constituent un facteur de risque pour les infections à SARM; on s'est donc interrogé sur le rôle possible de la viande à titre de vecteur de la transmission du SARM. Compte tenu de ces préoccupations, une surveillance prospective de la viande vendue au détail a été mise en place.

Des échantillons de viande vendue au détail ont été achetés dans le cadre du protocole d'échantillonnage du PICRA et ont été testés afin de vérifier s'ils étaient contaminés par le SARM. Dans le cadre de la première étude, on a détecté de la contamination par le SARM dans 31/402 (8 %) des échantillons de côtelettes de porc, de porc haché et d'épaules de porc provenant de la Colombie-Britannique, de la Saskatchewan, de l'Ontario et du Québec. Une souche communément associée aux chevaux et aux préposés aux chevaux, la CMRSA-5, représentait 39 % des isolats. Trente-deux pour cent des isolats provenaient de la souche associée à des animaux destinés à l'alimentation, la ST398, et 29 % provenaient de la souche CMRSA-2, un clone épidémique commun. Une étude a été réalisée dans le but de détecter et de quantifier le SARM dans la viande de bœuf et de porc en Colombie-Britannique, en Saskatchewan et en Ontario. Des isolats de SARM ont été détectés dans 8/127 (6 %) des échantillons de porc haché, dans 14/89 (16 %) des échantillons de côtelettes de porc et dans 11/198 (6 %) des échantillons de bœuf haché. Cinquante-neuf pour cent des échantillons positifs de porc n'étaient positifs qu'en culture d'enrichissement et les niveaux détectés dans les échantillons quantifiables se situaient entre 20 et 3590 unités formant des colonies (CFU)/g). De façon analogue, 45 % des échantillons de viande de bœuf étaient positifs uniquement en culture d'enrichissement.

Par conséquent, la majorité des échantillons ne comptaient vraisemblablement que de très faibles quantités de SARM et même les échantillons dont la teneur était quantifiable présentaient de faibles niveaux de contamination. Parmi les échantillons quantifiables, le nombre d'unités formant colonies était de 20 à 240 CFU/g. Tous les isolats appartenaient à la catégorie CMRSA-2. La prédominance de ce clone humain de SARM soulève des questions sur l'origine de la contamination de la viande, surtout si l'on tient compte que la souche ST398, celle qui est le plus communément associée aux animaux destinés à l'alimentation animale, n'a pas été détectée. La viande de poulet vendue au détail a également été analysée; le SARM n'était présent que dans seulement 1/250 échantillon (0,4%) en culture directe et en culture d'enrichissement. Une seule colonie a été détectée en culture directe, ce qui indique un niveau de contamination très faible (environ 20 CFU/g).

Le SARM se retrouve relativement couramment dans la viande vendue au détail au Canada, mais sa présence a également été signalée dans certaines autres régions. Les souches retrouvées dans la viande sont préoccupantes en raison de leur impact en santé humaine bien qu'actuellement les infections à la souche ST398 soient rares chez les humains au Canada. L'importance de la contamination au SARM demeure nébuleuse. Bien qu'il soit plausible que les aliments puissent agir à titre de vecteur pour la transmission du SARM, on ne dispose pas encore de preuves objectives pour le confirmer. La source de contamination est également floue, compte tenu particulièrement de la prévalence de 6 % observée dans la viande de bœuf vendue au détail et de l'incapacité de détecter le SARM dans les parcs d'engraissement au Canada. En effet, selon les résultats d'une étude réalisée en Alberta dans les parcs d'engraissement, le SARM n'a pas été détecté chez aucun des 500 bovins d'élevage qui s'y trouvaient. Il se peut qu'il y ait aussi d'autres sources de contamination, comme les abattoirs et les usines de transformation, de même que les personnes travaillant en abattoir ou dans les magasins de détail.

Auteur-ressource : J. Scott Weese (jsweese@uoguelph.ca)

Encadré 7. Clostridium difficile dans la viande vendue au détail.

Weese J.S.Note de rattachement des auteurs 1, J. RousseauNote de rattachement des auteurs 1, B.P. AveryNote de rattachement des auteurs 2 et R. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 1Note de rattachement des auteurs 2

Les infections à Clostridium difficile sont une cause importante de maladie entérique chez les humains. Cet organisme pathogène a déjà surtout été associé à des infections en milieu hospitalier, mais il semble devenir une cause importante de maladie d'origine communautaire. Par ailleurs, l'épidémiologie des infections à C. difficile (CDI) évolue et on observe une augmentation des taux de morbidité, de mortalité et de rechute. Ces changements sont en grande partie attribuables à l'apparition du ribotype 027/NAP1. Il semble également qu'il y ait une autre souche, le ribotype 078/toxinotype V, qui pourrait être surreprésentée chez les humains dans les CDI d'origine communautaire. Puisque ces 2 souches sont celles qui sont le plus couramment détectées chez les animaux destinés à l'alimentation humaine ainsi que dans le cadre des études préliminaires relatives à l'alimentation, on a formulé l'hypothèse que les aliments pouvaient être une source d'infection.

Après que des études initiales aient révélé la présence de C. difficile dans la viande vendue au détail au Canada, d'autres études ont été entreprises en vue de mieux évaluer la prévalence, la distribution des souches et la répartition régionale de la bactérie au pays. La bactérie Clostridium difficile a été isolée à partir de 7/393 (2 %) échantillons de viande de porc vendue au détail en Colombie-Britannique, en Saskatchewan, en Ontario et au Québec. La souche la plus commune était le ribotype 027. La dose infectieuse de C. difficile pour les humains n'est pas connue et est probablement variable, mais le niveau de contamination de la viande peut cependant être un facteur important. Par conséquent, une étude a été réalisée dans le but de détecter et de quantifier C. difficile dans la viande de porc et de bœuf vendue au détail en Colombie-Britannique, en Saskatchewan, en Ontario et au Québec. La bactérie Clostridium difficile a été détectée parmi 14/115 (12 %) échantillons de bœuf haché et parmi 14/115 (12 %) échantillons de porc haché. Dans le cas du bœuf haché, 10 des 14 échantillons étaient positifs en culture d'enrichissement, et les échantillons qui étaient quantifiables ne présentaient que de 120 à 240 spores/g. Dans le cas du porc haché, 10 des 14 échantillons étaient positifs en culture d'enrichissement seulement, et de 20 à 60 spores/g ont été observées dans les échantillons quantifiables. C'est le ribotype 078 qui était prédominant dans la viande bœuf comme dans la viande de porc, mais on a également identifié le ribotype 027. La bactérie Clostridium difficile a également été isolée parmi 26/208 (13 %) des échantillons de viande de poulet vendue au détail provenant de l'Ontario. Tous les isolats de viande de poulet étaient des ribotypes 078 et n'étaient que positifs en culture d'enrichissement; il semble donc que C. difficile n'était présent qu'à de très faibles concentrations (< 20 unités formant colonies par gramme).

La bactérie Clostridium difficile est présente dans divers produits de viande vendue au détail au Canada. De façon générale, les concentrations observées sont faibles et il est difficile de mesurer la portée de cette constatation. Il se peut que de faibles niveaux d'exposition à C. difficile dans la viande, dans l'eau, dans les légumes et dans l'environnement soient choses courantes, et que la présence de cette bactérie dans la viande ne soit pas une source de préoccupation importante. Il est également possible que les aliments ne soient une source significative d'infection que pour les personnes déjà à haut risque, comme celles qui sont sous traitement d'antimicrobiens, les personnes malades ainsi que les individus immunosupprimés. Toutefois, la présence dans la viande vendue au détail de souches de C. difficile qui sont importantes pour les infections d'origine communautaire, ainsi que l'habilité des spores de C. difficile à survivre à la cuisson indiquent qu'il sera nécessaire d'approfondir les recherches en vue d'évaluer la portée de la situation.

Auteur-ressource : J. Scott Weese (jsweese@uoguelph.ca)

Encadré 8. Caractérisation de la résistance aux antimicrobiens parmi les isolats d'Escherichia coli, d'entérocoques et de Salmonella détectés dans des échantillons de viande vendue au détail en Alberta.

Aslam, M.Note de rattachement des auteurs 1, V. BohaychukNote de rattachement des auteurs 2, S. CheckleyNote de rattachement des auteurs 2, M.S. DiarraNote de rattachement des auteurs 3, B. AveryNote de rattachement des auteurs 4, R.J. Reid-SmithNote de rattachement des auteurs 4

La présente étude avait pour objectif de caractériser la résistance aux antimicrobiens d'isolats d'Escherichia coli, d'Enterococcus et de Salmonella provenant d'échantillons de viande vendue au détail en Alberta. Les prélèvements ont été effectués conformément au protocole d'échantillonnage du PICRA et ont été recueillis de manière continue dans des magasins au détail situés dans des divisions de recensement choisies au hasard, pondérées en fonction de la population. Un total de 564 échantillons comprenant de la viande de poulet (n = 206), de bœuf (134), de porc (133) et de dinde (91) ont été prélevés. La présence d'isolats d'E. coli générique, d'entérocoques et de Salmonella ainsi que l'identité des isolats ont été confirmées à l'aide de méthodes de culture standard, de méthodes biochimiques et de la méthode de réaction en chaîne de la polymérase.

Tableau 2 : Bactérie
Bactérie Poulet (n = 206) Boeuf (n = 134) Porc (n = 133) Dinde (n = 91)
Nombre d'échantillons positifs Nombre d'isolats Nombre d'échantillons positifs Nombre d'isolats Nombre d'échantillons positifs Nombre d'isolats Nombre d'échantillons positifs Nombre d'isolats
Escherichia coli 197 394 110 220 40 79 78 156
Enterococci 206 412 132 264 118 221Note de bas de page a 91 182
Salmonella 83 249 0 0 3 9 25 75

Au total, 849 isolats d'E. coli et 1079 isolats d'Enterococcus, comprenant 2 isolats de chacune des 4 types de viande, ont été analysés dans le but d'évaluer leur résistance aux antimicrobiens. Trois isolats de Salmonella ont été sélectionnés à partir de chaque échantillon positif, ce qui a donné un total de 333 isolats. On a évalué la sensibilité à 15 antimicrobiens dans le cas d'E. coli et de Salmonella et à 17 antimicrobiens pour les entérocoques, en utilisant un système automatisé. Les résultats ont été interprétés conformément aux directives du Clinical Laboratory Standard Institute.

La présence de résistance aux antimicrobiens était plus commune parmi les isolats d'E. coli provenant des échantillons de viande de poulet et de dinde que dans les isolats provenant de bœuf et de porc. Trente-six pour cent et 23 % des isolats d'E. coli provenant de poulet étaient respectivement résistants à l'amoxicilline-acide clavulanique et au ceftiofur. Ces 2 antimicrobiens appartiennent à la Catégorie I (très haute importance en médecine humaine). De la résistance à plus de 2 antimicrobiens était également commune parmi les isolats d'E. coli provenant de viande de poulet.

L'espèce d'entérocoque la plus commune (> 90 %) était E. faecalis, suivie d'E. faecium (4 %). Des pourcentages élevés d'entérocoques détectés dans les échantillons de viande de poulet ont présenté de la résistance à l'érythromycine (47 %), à la lincomycine (94%) et à la tylosine (27%). Tous ces antimicrobiens appartiennent à la Catégorie II de la classification de la Direction des médicaments vétérinaires (haute importance en médecine humaine). Un nombre comparativement inférieur d'entérocoques provenant de viande de bœuf, de porc et de dinde a présenté de la résistance à ces antimicrobiens. Tous les entérocoques étaient sensibles à la vancomycine.

La bactérie Salmonella a été détectée dans les échantillons de poulet, de dinde et de porc; aucun isolat de Salmonella n'a été détecté dans les échantillons de bœuf. Les sérotypes les plus communs de Salmonella étaient : Hadar (27 % des isolats), Heidelberg (23 %) et Kentucky (16 %). Parmi les isolats de Salmonella provenant d'échantillons de poulet et de dinde, on a fréquemment observé de la résistance aux antimicrobiens suivants : tétracycline (51 % - poulet; 45 % - dinde), streptomycine (31 % - poulet ; 30 % - dinde), amoxicilline-acide clavulanique (22 % - poulet; 27 % - dinde), ampicilline (22 % - poulet; 27 % - dinde), ceftiofur (22 % - poulet; 27 % - dinde) et céfoxitine (22 % - poulet; 27 % - dinde). De la sensibilité intermédiaire à la ceftriaxoneNote de bas de page 35 (19 % - poulet; 27 % - dinde) a également été observée. Les résultats des tests de sensibilité aux antimicrobiens pour Salmonella qui sont présentés ici ne sont que préliminaires, car les résultats relatifs à 99 isolats n'étaient pas encore disponibles au moment de la publication du présent rapport.

En résumé, ces données préliminaires indiquent que les isolats résistants d'E. coli, d'entérocoques et de Salmonella présentent une prévalence plus élevée dans la viande de poulet (40 %) et la viande de dinde (27 %) que dans la viande de porc (2 %) et de bœuf (0 %).

Auteur-ressource : Mueen Aslam (Aslamm@agr.gc.ca)

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