Staphylococcus saprophyticus : Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes

Section I – Agent infectieux

Nom

Staphylococcus saprophyticus

Type d'agent

Bactérie

Taxonomie

Famille

Staphylococcaceae

Genre

Staphylococcus

Espèce

Saprophyticus

Synonyme ou renvoi

Anciennement classé comme Micrococcus sous-groupe 3^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2}. S. saprophyticus est membre du groupe Staphylococcus à coagulase négative (CoNS)^{Note de bas de page 3}.

Caractéristiques

Brève description

S. saprophyticus est un coccus non mobile à Gram positif, mesurant de 0,6 à 1,4 μm de diamètre^{Note de bas de page3}. Les cellules peuvent être seules ou par paires, en chaînes courtes ou en grappes^{Note de bas de page3}. S. saprophyticus est une bactérie anaérobique facultative et peut croître en présence de 10 % de NaCl^{Note de bas de page3}. La bactérie S. saprophyticus est négative à la coagulase, négative à l'oxydase et positive à la catalase^{Note de bas de page3}. Les cellules peuvent contenir de multiples plasmides qui encodent des gènes pour la formation de biofilms, la résistance aux antibiotiques et la tolérance à des désinfectants spécifiques^{Note de bas de page 4Note de bas de page 5}. S. saprophyticus peut exister sous forme de biofilm ou de cellule planctonique (cellule libre). La formation du biofilm chez S. saprophyticus dépend des polysaccharides responsable de l'adhésion intercellulaire (PAI) dont la biosynthèse est médiée par l'opéron ica^{Note de bas de page 6}. La conjugaison se produit plus souvent entre les cellules bactériennes en biofilms qu'entre les cellules planctoniques^{Note de bas de page6Note de bas de page 7}. Les communautés de biofilms bactériens diffèrent des communautés planctoniques par leur taux de croissance, leur expression génique, leur transcription et leur traduction^{Note de bas de page 8}.

Propriétés

S. saprophyticus est une bactérie commensale des systèmes gastro-intestinal et génito-urinaire chez 5 à 10 % des femmes en santé^{Note de bas de page1Note de bas de page 9}. Les sites de colonisation chez les femmes comprennent le rectum, le plus fréquent, suivi de l'urètre, de l'urine et du col de l'utérus^{Note de bas de page9}. S. saprophyticus se trouve également dans l'urine d'adolescents et d'hommes en santé^{Note de bas de page 10Note de bas de page 11}.

S. saprophyticus produit des protéines d'adhésion (p. ex. Aas, UafA, UafB) qui permettent l'adhésion aux cellules uroépithéliales de l'appareil urinaire permettant la colonisation et la formation de biofilms^{Note de bas de page 12Note de bas de page 13Note de bas de page 14}. Plusieurs protéines de transport permettent à S. saprophyticus de s'adapter aux changements osmotiques et de pH^{Note de bas de page12}. Après la colonisation, S. saprophyticus sécrète des facteurs invasifs tels que la lipase, l'uréase et l'élastase qui favorisent la croissance dans l'urine et causent des dommages aux cellules uroépithéliales^{Note de bas de page13Note de bas de page 15}.

Section II – Identification des dangers

Pathogénicité et toxicité

S. saprophyticus est un agent pathogène opportuniste qui provoque des infections des voies urinaires (IVU) et une inflammation de la vessie (cystite aiguë). Environ 90 % des patients d'IVU sont symptomatiques^{Note de bas de page15}. Les symptômes comprennent la dysurie, l'augmentation de la fréquence/l'urgence urinaire, la pyurie, la protéinurie et l'hématurie^{Note de bas de page15}. Les symptômes se résorbent généralement 3 jours après le traitement^{Note de bas de page 16}, cependant les IVU récurrentes associées à S. saprophyticus ne sont pas inhabituelles^{Note de bas de page 17}. Malgré des taux succès des traitement très élevés, jusqu'à 60 % de tous les patients subiront une UVI récurrente dans l'année qui suit^{Note de bas de page 18}. Les complications des IVU comprennent la pyélonéphrite aiguë, et chez les hommes, l'urétrite, l'épididymite et la prostatite^{Note de bas de page2Note de bas de page11}. De plus, chez les hommes, S. saprophyticus a aussi été démontré comme cause de tératozoospermie, de réduction de la déprotamination du sperme et d'anomalies dans la condensation de la chromatine du sperme. Ces problèmes sont associés à une probabilité plus faible de grossesse clinique chez les couples ayant divers facteurs d'infertilité masculine^{Note de bas de page 19}. S. saprophyticus a été impliqué dans des infections oculaires^{Note de bas de page 20Note de bas de page 21}, des endocardites^{Note de bas de page 22}, des lésions cutanées^{Note de bas de page 23}, des septicémies^{Note de bas de page 24Note de bas de page 25}, des méningites post-neurochirurgicales^{Note de bas de page 26} et la colonisation d'implants médicaux^{Note de bas de page 27}.

S. saprophyticus a été isolé de la peau des chiens montrant des signes cliniques de dermatite^{Note de bas de page 28} et de l'urine de chats et de chiens présentant des signes cliniques d'IVU^{Note de bas de page 29Note de bas de page 30}. S. saprophyticus est l'agent étiologique d'environ 3 % des cas d'IVU canine^{Note de bas de page30}. S. saprophyticus a également été isolé de porcs^{Note de bas de page 31}, chevaux^{Note de bas de page 32}, chèvres^{Note de bas de page 33}, moutons^{Note de bas de page 34} et volailles sains^{Note de bas de page 35}.

Épidémiologie

À l'échelle mondiale, il y a eu plus de 400 millions de cas et plus de 235 000 décès associés aux IVU entre 1990 et 2019^{Note de bas de page 36}, principalement des jeunes femmes sexuellement actives^{Note de bas de page2Note de bas de page 37}. Les infections des voies urinaires sont les infections les plus courantes chez les patients non hospitalisés, avec une incidence à vie de 50 à 60 % chez les femmes adultes. La récurrence dans les 6 mois est fréquente^{Note de bas de page 38}. S. saprophyticus cause de 5 à 20 % des IVU non nosocomiales^{Note de bas de page 39Note de bas de page 40Note de bas de page 41Note de bas de page 42Note de bas de page 43}. Les IVU causées par S. saprophyticus ne se produisent généralement pas chez les patients hospitalisés^{Note de bas de page11}. La majorité des IVU associées à S. saprophyticus se produisent chez les femmes préménopausées^{Note de bas de page39Note de bas de page42}. Chez les hommes, ceux de plus de 50 ans sont plus souvent touchées^{Note de bas de page11}. Une tendance saisonnière a été observée dans certaines études, la plupart des IVU associées à S. saprophyticus se produisant à la fin de l'été ou au début de l'automne^{Note de bas de page1Note de bas de page 44}.

Gamme d'hôtes

Hôtes naturels

Humains, primates non humains^{Note de bas de page 45}, vaches^{Note de bas de page 46}, cochons^{Note de bas de page31}, chevaux^{Note de bas de page32}, chèvres^{Note de bas de page33}, chats^{Note de bas de page29}, chiens^{Note de bas de page30Note de bas de page 47}, rongeurs^{Note de bas de page 48} et oiseaux^{Note de bas de page 49}.

Autres hôtes

Aucun.

Dose infectieuse

Inconnus.

Période d'incubation

Inconnus.

Transmissibilité

S. saprophyticus fait partie de la flore de la peau humaine et animale et a été isolé à partir d'une grande variété de sources, y compris des aliments d'origine animale, des eaux récréatives^{Note de bas de page 50}, des particules aéroportées^{Note de bas de page 51Note de bas de page 52}, ainsi que des fomites comme du tissu et de la monnaie^{Note de bas de page 53}. Étant donné la prévalence de S. saprophyticus sur les aliments prêts à manger tels que les charcuteries, les produits du poisson, les saucisses^{Note de bas de page 54Note de bas de page 55Note de bas de page 56}, le lait non pasteurisé et les produits laitiers^{Note de bas de page50Note de bas de page 57Note de bas de page 58}, l'ingestion est une voie probable d'exposition à S. saprophyticus chez l'humain. De plus, des données probantes ont révélé que la chaîne de production de viande est une source majeure de S. saprophyticus causant des IVU humaines^{Note de bas de page 59}. S. saprophyticus aéroporté a été isolé dans divers environnements, y compris des hôpitaux^{Note de bas de page51Note de bas de page 60}, des écoles^{Note de bas de page50} et des fermes^{Note de bas de page 61}, indiquant que l'inhalation est également une voie d'exposition probable à S. saprophyticus chez l'humain. Il a été démontré que S. saprophyticus peut être transféré directement (main à main) et indirectement (fomite-main-fomite)^{Note de bas de page 62Note de bas de page 63}. S. saprophyticus est présent de manière prévalente chez les femmes âgées de 13 à 40 ans, mais pas chez les hommes du même âge ni chez les femmes âgées de plus de 40 ans, ce qui indique un réservoir potentiel d'auto-infection^{Note de bas de page39}.

Section III – Dissémination

Réservoir

S. saprophyticus est omniprésent dans l'environnement. La bactérie a été isolée chez un large éventail de mammifères et d'oiseaux en santé, cependant un réservoir primaire n'a pas été identifié^{Note de bas de page 64}.

Zoonose

S. saprophyticus est fréquemment détecté sur les lésions cutanées et les mains de personnes qui ont un contact étroit avec les animaux, ce qui indique une zoonose potentielle^{Note de bas de page11}.

Vecteurs

Aucun.

Section IV – Viabilité et stabilité

Sensibilité/résistance aux médicaments

La plupart des isolats de S. saprophyticus sont sensibles au triméthoprime-sulfaméthoxazole^{Note de bas de page6Note de bas de page37Note de bas de page42}; aux fluroquinolones (p. ex., ciprofloxacine^{Note de bas de page37Note de bas de page 65}, norfloxacine^{Note de bas de page6}, levofloxacine^{Note de bas de page9}, ofloxacine^{Note de bas de page9}); aux céphalosporines (p. ex., ceftriaxone^{Note de bas de page37Note de bas de page65}, céphalexine^{Note de bas de page37}, ceftazidime^{Note de bas de page37}, cefpodoxime^{Note de bas de page65}); à l'amoxicilline/acide clavulanique^{Note de bas de page63}; carbapénèmes (p. ex., imipénème); certains aminoglycosides (p. ex., gentamicine^{Note de bas de page37Note de bas de page42Note de bas de page65Note de bas de page 66}); à la fosfomycine^{Note de bas de page 67}; aux oxazolidinones (p. ex., linézolide^{Note de bas de page66}); la nitrofurantoïne^{Note de bas de page37Note de bas de page42Note de bas de page67} et la vancomycine^{Note de bas de page6Note de bas de page66}.

Tous les isolats de S. saprophyticus sont résistants à la novobiocine^{Note de bas de page 68}. Les cellules de S. saprophyticus dans un biofilm sont généralement moins sensibles aux antibiotiques que les cellules planctoniques^{Note de bas de page6Note de bas de page66}. La résistance aux antibiotiques varie en fonction de l'emplacement géographique^{Note de bas de page 69}. La plupart des isolats de S. saprophyticus sont résistants aux quinolones (p. ex., l'acide nalidixique^{Note de bas de page37Note de bas de page65}); les dérivés de la pénicilline (p. ex., méticilline, amoxicilline^{Note de bas de page37Note de bas de page65}, oxacilline^{Note de bas de page66Note de bas de page68}, cloxacilline^{Note de bas de page37}); la tétracycline^{Note de bas de page35Note de bas de page60Note de bas de page65}; les macrolides (p. ex., érythromycine^{Note de bas de page66}); certains aminoglycosides (p. ex., streptomycine^{Note de bas de page65}); et le chloramphénicol^{Note de bas de page35Note de bas de page65}.

De plus, la souche KM1053 de S. saprophyticus a présenté une résistance à la pénicilline G et à la tétracycline lorsqu'elle a été isolée d'un fruit de mer coréen fermenté à haute teneur en sel^{Note de bas de page 70}.

Sensibilité aux désinfectants

S. saprophyticus est sensible aux phénols et à leurs dérivés, aux salicylanilides, aux carbanilides, à l'éthanol (70 %), au glutaraldéhyde (2 %) et aux halogènes (chlore et iode ainsi que leurs dérivés)^{Note de bas de page1Note de bas de page62}. Les composés d'ammonium quaternaire tels que le chlorure de benzalkonium (200 ppm) ont donné une réduction de 3 log contre un biofilm de S. saprophyticus^{Note de bas de page4}.

Inactivation physique

D'autres espèces de Staphylococcus négatives à la coagulase sont inactivées par irradiation UV^{Note de bas de page 71Note de bas de page 72} et traitement thermique humide à 121 °C pendant 15 minutes^{Note de bas de page 73}.

Survie à l'extérieur de l'hôte

D'autres staphylocoques négatifs à la coagulase ont survécu pendant 6 à 28 jours sur du tissu et plus de 90 jours sur du plastique^{Note de bas de page 74}.

Section V – Premiers soins et aspects médicaux

Surveillance

Le diagnostic se fait au moyen de la surveillance des symptômes cliniques. S. saprophyticus peut être détecté dans des spécimens cliniques à l'aide de méthodes basées sur la culture, suivi d'un test biochimique ou moléculaire pour l'identification spécifique à l'espèce (Becker, Bergys). De nombreux systèmes d'identification commerciaux sont disponibles comme API Staph (bioMérieux, France), HiStaph™ Identification Kit (HiMedia Laboratories Ltd), Rapidec Staph (bioMérieux, France), Biolog (Biolog, Hayward, CA) et RapidBAC immunoassay^{Note de bas de page3Note de bas de page 75}. Les MALDI-TOF et PCR ont également été utilisés pour identifier les espèces de Staphylococcus^{Note de bas de page3Note de bas de page39Note de bas de page 76}.

Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu'une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Premiers soins et traitement

Les infections à S. saprophyticus peuvent être traitées avec des antibiotiques appropriés, le choix des antibiotiques étant choisi selon le profil de sensibilité de l'isolat. La nitrofurantoïne, la triméthoprime-sulfaméthoxazole, les fluoroquinolones, les céphalosporines et l'amoxicilline/acide clavulanique ont été utilisées pour traiter les infections causées par S. saprophyticus^{Note de bas de page 77}.

Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d'intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d'intervention après l'exposition sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Immunisation

Aucun.

Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité et en consultant le Guide canadien d'immunisation.

Prophylaxie

Aucun.

Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Section VI – Dangers pour le personnel de laboratoire

Infections contractées en laboratoire

Aucune.

Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité et le Guide canadien sur la biosécurité pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d'exposition.

Sources et échantillons

Urine, sang.

Dangers primaires

Exposition à des matières infectieuses sur les fomites, transfert aux muqueuses ou à la peau endommagée, et auto-inoculation avec des matières infectieuses.

Dangers particuliers

Aucun.

Section VII – Contrôle de l'exposition et protection personnelle

Classification par groupe de risque

S. saprophyticus est un pathogène humain du groupe de risque 2 et un pathogène animal du groupe de risque 1^{Note de bas de page 78Note de bas de page 79}.

Exigences de confinement

Les installations, l'équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 2 tels que décrits dans la Norme canadienne sur la biosécurité pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.

Vêtements de protection

Les exigences applicables au niveau de confinement 2 pour l'équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité doivent être respectées. L'équipement de protection individuelle peut inclure l'utilisation d'un sarrau de laboratoire et de chaussures spécialisées (par exemple, des bottes, des chaussures) ou de chaussures de protection supplémentaires (par exemple, des couvre-bottes ou des couvre-chaussures) lorsque les sols peuvent être contaminés (par exemple, les box, les salles de nécropsie), des gants lorsque le contact direct de la peau avec des matériaux ou des animaux infectés est inévitable, et une protection oculaire lorsqu'il existe un risque connu ou potentiel d'exposition à des éclaboussures.

Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l'équipement de protection individuelle pour la zone de confinement et les activités de travail doivent être documentées.

Autres précautions

Une enceinte de sécurité biologique (ESB) ou autres dispositifs de confinement primaire doivent être utilisés pour les activités utilisant des récipients ouverts, en fonction des risques associés aux caractéristiques inhérentes de la matière réglementée, de la possibilité de produire des aérosols infectieux ou des toxines aérosolisées, de la manipulation de fortes concentrations de matières réglementées ou de la manipulation de grands volumes de matières réglementées.

Utilisation d'aiguilles et de seringues strictement limitée. Le pliage, le cisaillement, le rebouchage ou l'élimination d'aiguilles de seringues est à éviter, et, si nécessaire, à effectuer uniquement comme spécifié dans les procédures d'opération normalisées (PON). Des précautions supplémentaires sont requises pour les travaux comprenant des animaux ou des activités à grande échelle.

Pour les laboratoires de diagnostic qui manipulent des échantillons primaires provenant de patients susceptibles d'être infectés par S. saprophyticus, les ressources suivantes peuvent être consultées :

• Ligne directrice canadienne sur la biosécurité : Activités de diagnostic humain
• Lignes directrices canadiennes sur la biosécurité : Évaluation locale des risques

Section VIII – Manutention et entreposage

Déversements

Laisser les aérosols se déposer. Tout en portant de l'équipement de protection individuelle, couvrir doucement le déversement avec du papier absorbant et appliquer un désinfectant approprié, à partir du périmètre et en allant vers le centre. Permettre un contact suffisant avec le désinfectant avant le nettoyage (Guide canadien sur la biosécurité).

Élimination

Toutes les matières ou substances qui sont en contact avec les matières réglementées doivent être entièrement décontaminées avant d'être retirées de la zone de confinement ou des procédures d'opérations normalisées (PON) doivent être en place afin de déplacer ou de transporter les déchets en toute sécurité hors de la zone de confinement vers une zone de décontamination désignée ou une tierce partie. On peut y parvenir en utilisant des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières réglementées, comme les désinfectants chimiques, l'autoclavage, l'irradiation, l'incinération, un système de traitement des effluents ou la décontamination gazeuse (Guide canadien sur la biosécurité).

Entreposage

Les exigences applicables en matière de confinement de niveau 2 pour l'entreposage, décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité, doivent être respectées. Les contenants primaires de matières réglementées enlevés de la zone de confinement doivent être étiquetés, étanches aux fuites, résistants aux impacts et gardés soit dans des équipements d'entreposage verrouillés, soit dans une zone à accès limité.

Section IX – Renseignements sur la réglementation et autres

Renseignements sur la réglementation canadienne

Les activités contrôlées avec S. saprophyticus nécessitent un permis d'agent pathogène et de toxine délivré par l'Agence de la santé publique du Canada.

Voici une liste non exhaustive des désignations, règlements ou lois applicables:

• Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines

Dernière mise à jour

Février 2024

Rédigé par

Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.

Mise en garde

L'information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l'utilisation de ces renseignements.

Les personnes au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les lignes directrices et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.

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