Virus Sin Nombre : Fiche technique santé-sécurité: agents pathogènes

Section I - Agent infectieux

Nom

Virus Sin Nombre

Type d'agent

Virus

Taxonomie

Famille

Hantaviridae

Genre

Orthohantavirus

Espèces

sinnombreense

Synonyme ou renvoi

Le virus Sin Nombre (VSN) est un hantavirus du Nouveau Monde qui provoque le syndrome pulmonaire à hantavirus (SPH), également appelé syndrome cardio-pulmonaire à hantavirus (SCPH)^{Note de bas de page 1Note de bas de page 2}.

Caractéristiques

Brève description

Le VSN possède un génome d'ARN à simple brin à sens négatif, composé de trois segments : petit (S), moyen (M) et grand (L)^{Note de bas de page 3}. Le segment S mesure 2,06 kb et code la protéine de la nucléocapside, tandis que le segment M mesure 3,70 kb et code le précurseur de la glycoprotéine qui est clivé pour former les deux glycoprotéines de l'enveloppe, Gn et Gc. Le segment L mesure 6,56 kb et code l'ARN polymérase ARN-dépendante (ApAd). Les segments forment des nucléocapsides hélicoïdales une fois entourés par la nucléoprotéine^{Note de bas de page 1Note de bas de page 4}. Les virions du VSN sont enveloppés et à peu près sphériques, avec un diamètre moyen de 112 nm. Le VSN présente plusieurs morphologies : rondes, tubulaires et irrégulières^{Note de bas de page 5}. Les particules rondes et tubulaires ont un diamètre moyen de 90 nm et 85 nm, respectivement, et les particules tubulaires mesurent 180 nm de long, en moyenne.

Propriétés

L'intégrine humaine ɑVβ3 a été proposée comme récepteur cellulaire pour l'attachement du VSN à la cellule hôte^{Note de bas de page 4}. L'entrée est facilitée par d'autres protéines de la surface cellulaire, notamment le facteur accélérant le déclin, CD55, et le récepteur du complément, gC1qR/p32, et ce processus pourrait impliquer la micropinocytose. Après son entrée, le virus se dirige vers les endosomes précoces ou tardifs où le précurseur de la glycoprotéine, Gn/Gc, subit un changement de conformation dépendant du pH qui permet la libération du génome viral. La réplication du génome et la traduction des protéines virales ont lieu dans le cytoplasme. Le précurseur de la glycoprotéine est clivé dans le réticulum endoplasmique (RE) pour donner les glycoprotéines Gn et Gc. Celles-ci se dirigent ensuite vers l'appareil de Golgi où elles s'oligomérisent pour former des hétérodimères. On pense que le VSN s'assemble à la membrane plasmique où les spicules octamériques Gn/Gc aident au bourgeonnement de la cellule hôte.

Section II - Identification des dangers

Pathogénicité et toxicité

Quatre phases sont associées au SPH : le prodrome fébrile, la phase cardio-pulmonaire, la diurèse et la convalescence^{Note de bas de page 6}. La période du prodrome dure de trois à cinq jours et les symptômes comprennent une fièvre soudaine, des frissons, des douleurs musculaires et un malaise^{Note de bas de page 7Note de bas de page 8}. Une perte d'appétit, des nausées et des vomissements ont également été signalés à ce stade. Une étude a estimé qu'environ 50 % des patients peuvent consulter un médecin au cours de cette période, mais ils sont souvent renvoyés chez eux en l'absence de résultats spécifiques^{Note de bas de page 7}. Un marqueur clé de la progression de la maladie est la détection de la thrombocytopénie, car le degré de déplétion plaquettaire est associé à la mort^{Note de bas de page 9}. La phase suivante comprend des symptômes cardio-pulmonaires, notamment une toux légère et non productive et un essoufflement progressif^{Note de bas de page 7Note de bas de page 8}. Ce stade peut nécessiter une intubation dans les premières heures, des soins cardio-pulmonaires intensifs et une surveillance étroite de l'hypoxémie et de l'état de choc^{Note de bas de page 10}. La maladie peut évoluer rapidement et la mort peut survenir en quelques heures ou quelques jours^{Note de bas de page 9}. Cependant, une maladie pulmonaire grave ou une insuffisance respiratoire ne survient pas dans tous les cas d'infection par le VSN^{Note de bas de page 11}. La survie après la phase cardio-pulmonaire est associée au début soudain de la phase de diurèse et est généralement suivie d'une amélioration clinique rapide^{Note de bas de page 6Note de bas de page 10}. La phase de convalescence est caractérisée par une fatigue persistante et un essoufflement à l'effort et peut durer trois à quatre semaines ou plus^{Note de bas de page 6}. Au Canada, environ 25 % des cas de SPH causés par le VSN sont mortels^{Note de bas de page 12}.

Épidémiologie

Le VSN est répandu dans l'Amérique du Nord, où il représente la majorité des cas de SPH^{Note de bas de page 13Note de bas de page 14}. Cependant, le SPH peut également être causé par d'autres virus circulant dans la population de rongeurs en Amérique du Nord, tels que le virus Monongahela, le virus Bayou, le virus Black Creek Canal et le virus New York^{Note de bas de page 14}. Environ 1 000 cas de SPH ont été confirmés en Amérique du Nord et, en date de 2020, 143 cas, confirmés en laboratoire, de SPH causés par le VSN ont été signalés au Canada^{Note de bas de page 2}. Les pics du nombre de cas signalés se produisent généralement entre mai et juin, possiblement dû à l'augmentation de la population de souris sylvestres et au contact humain avec des environnements contaminés par des excréments de rongeurs^{Note de bas de page 2}. Les infections par le VSN sont généralement sporadiques et indépendantes, mais deux éclosions ainsi que divers foyers affectant des communautés et des ménages ont été signalés^{Note de bas de page 2Note de bas de page 15}. La première éclosion s'est déclarée en 1993 dans la région des Four Corners aux États-Unis, où au moins 24 cas d'infection par le VSN ont été confirmés, avec un taux de mortalité de 50 %^{Note de bas de page 9}. La deuxième éclosion est apparue en 2012 dans le parc national de Yosemite, en Californie, impliquant 10 personnes ayant une infection par le VSN confirmée en laboratoire et dont le taux de létalité a été de 30 %^{Note de bas de page 15}.

Gamme d'hôtes

Hôtes naturels

Les humains sont considérés comme impasses épidémiologiques (dead-end hosts)^{Note de bas de page 16}. Les hôtes animaux comprennent les souris sylvestres (Peromyscus maniculatus) et d'autres rongeurs (Peromyscus boylii, Mus musculus, Neotoma mexicana et Tamias minimus)^{Note de bas de page 17}.

Autres hôtes

Des hamsters et des macaques rhésus ont été infectés expérimentalement^{Note de bas de page 18Note de bas de page 19}.

Dose infectieuse

Inconnue.

Période d'incubation

La période d'incubation du VSN varie de 14 à 17 jours, mais il a également été démontré qu'elle pouvait atteindre 51 jours^{Note de bas de page 7Note de bas de page 8}.

Transmissibilité

Le mode de transmission principal du VSN à l'homme est par l'inhalation de sécrétions et d'excréments aérosolisés de souris infectées, en particulier de l'hôte réservoir primaire, la souris sylvestre (Peromyscus maniculatus)^{Note de bas de page 2Note de bas de page 13Note de bas de page 17}. L'ingestion d'aliments contaminés par l'urine, les excréments ou la salive de rongeurs infectés est également considérée comme un mode de transmission des hantavirus. Le VSN étant transmis par des aérosols, il est possible que le virus se propage par contact avec les muqueuses. La transmission par morsure de rongeurs a été documentée pour d'autres hantavirus, mais elle est assez rare. La transmission entre rongeurs se fait par contact avec des fluides corporels, lors de confrontations entre animaux ou lors de séances de toilettage^{Note de bas de page 3}.

Section III - Dissémination

Réservoir

Les réservoirs comprennent les souris sylvestres (Peromyscus maniculatus) et d'autres rongeurs (Peromyscus boylii, Mus musculus, Neotoma mexicana et Tamias minimus)^{Note de bas de page 17}.

Zoonose

Les rongeurs infectés transmettent le virus à l'homme par l'intermédiaire d'excréments et/ou de sécrétions contaminés^{Note de bas de page 2}.

Vecteurs

Aucun.

Section IV - Viabilité et stabilité

Sensibilité/résistance aux médicaments

Il n'existe pas de médicaments approuvés pour traiter l'infection par le VSN, mais les antiviraux favipiravir et ribavirine ont démontré une certaine efficacité dans des modèles in vitro et in vivo^{Note de bas de page 20}.

Sensibilité aux désinfectants

Comme d'autres virus enveloppés, les hantavirus sont inactivés par les détergents, les solutions d'hypochlorite et les solvants organiques^{Note de bas de page 21}. Un orthohantavirus apparenté, le virus Hantaan (VHTN), a été inactivé après incubation dans du méthanol pendant 8 minutes, dans du paraformaldéhyde à 1 % pendant 20 minutes ou dans de l'acétone/méthanol (1:1) pendant 10 minutes^{Note de bas de page 22}.

Inactivation physique

Les méthodes d'inactivation pour le VSN sont inconnues, mais les virus enveloppés peuvent être inactivés par une température de 60 °C pendant 30 minutes^{Note de bas de page 20}. De plus, il a été démontré qu'une irradiation par UV inactive le VHTN dans des cellules Vero E6 infectées après 3 minutes à 312 nm^{Note de bas de page 21}.

Survie à l'extérieur de l'hôte

La viabilité du VSN à l'extérieur de l'hôte est inconnue, mais une étude a montré que d'autres orthohantavirus, le virus Puumala et le virus Tula, restaient infectieux pendant 12 à 15 jours à température ambiante dans de la literie contaminée, pendant 5 à 11 jours dans un milieu de culture cellulaire à température ambiante et pendant 18 jours dans un milieu de culture cellulaire à 4 °C^{Note de bas de page 23}.

Section V - Premiers soins et aspects médicaux

Surveillance

Les VSN peuvent être détectés dans le sérum, le sang total et le plasma à l'aide de la transcriptase inverse suivie de la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (RT-qPCR)^{Note de bas de page 17}. Des tests immuno-enzymatiques (ELISA) peuvent également être utilisés pour détecter les anticorps IgG ou IgM dans le sérum^{Note de bas de page 3}.

Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu'une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Premiers soins et traitement

Il n'existe pas de traitement spécifique pour l'infection par le VSN ou le SPH^{Note de bas de page 2Note de bas de page 24}. Des soins de soutien, souvent en soins intensifs, sont recommandés, ainsi qu'un supplément d'oxygène en cas d'hypoxie si la maladie entre dans la phase cardio-pulmonaire^{Note de bas de page 3}. En raison du risque d'œdème, la quantité de liquides administrée doit être surveillée.

Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d'intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d'intervention après l'exposition sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Immunisation

Aucun vaccin n'est actuellement disponible; cependant, des candidats potentiels sont à l'étude, comme un vaccin à ADN contre le VSN qui a provoqué un haut titre d'anticorps neutralisants in-vivo^{Note de bas de page 3Note de bas de page 25}.

Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité et en consultant le Guide canadien d'immunisation.

Prophylaxie

Il n'existe aucune mesure pré ou post-exposition pour prévenir l'infection ou la maladie causées par le VSN^{Note de bas de page 2Note de bas de page 24}.

Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.

Section VI - Dangers pour le personnel de laboratoire

Infections contractées en laboratoire

Une travailleuse de laboratoire de l'Institut de recherche médicale de l'armée américaine sur les maladies infectieuses (USAMRIID) a été exposée à 7 ml de surnageant de culture cellulaire contenant une forte concentration de VSN^{Note de bas de page 26}. Elle a été traitée oralement avec 400 mg de ribavirine pendant 20 jours. Elle était asymptomatique et les tests RT-PCR et IgM ELISA étaient négatifs.

Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité et le Guide canadien sur la biosécurité pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d'exposition.

Sources/spécimens

Les VSN peuvent être détectés dans le sérum, le sang total ou le plasma^{Note de bas de page 17}.

Dangers primaires

L'inhalation de matériel infectieux contenu dans les déchets animaux infectés est le principal risque associé à l'exposition au VSN^{Note de bas de page 13Note de bas de page 17}.

Dangers particuliers

Aucun.

Section VII - Contrôle de l'exposition et protection personnelle

Classification par groupe de risque

Orthohantavirus sinnombreense est un pathogène humain du groupe de risque 3, un pathogène animal du groupe de risque 1 et un agent biologique à cote de sécurité élevée (ABCSE)^{Note de bas de page 27}.

Exigences en matière de confinement

Les installations, l'équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 3, tels que décrits dans la Norme canadienne sur la biosécurité pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.

Veuillez noter qu'il existe d'autres exigences en matière de sécurité, comme l'obtention d'une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Vêtements de protection

Les exigences applicables au niveau de confinement 3 pour l'équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité doivent être respectées. À tout le moins, l'utilisation de vêtements protecteurs dédiés qui recouvrent entièrement le corps, de chaussures de sécurité dédiées et/ou de couvre-chaussures, de gants lors de la manipulation de matières infectieuses ou d'animaux infectés, d'une protection du visage lorsqu'il y a un risque connu ou potentiel d'exposition aux éclaboussures ou aux objets projetés en l'air, d'appareils de protection respiratoire lorsqu'il y a un risque d'exposition à des aérosols infectieux et d'une deuxième couche de vêtements de protection avant de travailler avec des matières infectieuses ou des animaux infectés.

Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l'équipement de protection individuelle pour la zone de confinement et les activités de travail doivent être documentées.

Autres précautions

Toutes les activités impliquant des récipients ouverts d'agents pathogènes doivent être effectuées dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) certifiée ou un autre espace de confinement primaire approprié. La centrifugation de matières réglementées doit être effectuée dans des godets de sécurité ou des rotors scellés qui sont déchargés dans une ESB ou un autre dispositif de confinement primaire à l'aide d'un mécanisme qui prévient leur rejet. L'utilisation d'aiguilles, de seringues et d'autres objets pointus doit être strictement limitée. Des précautions supplémentaires doivent être prises pour les travaux impliquant des animaux ou des activités à grande échelle.

Section VIII - Manutention et entreposage

Déversements

Laisser les aérosols se déposer. Tout en portant de l'équipement de protection individuelle, couvrir doucement le déversement avec du papier absorbant et appliquer un désinfectant approprié, à partir du périmètre et en allant vers le centre. Permettre un contact suffisant avec le désinfectant avant le nettoyage (Guide canadien sur la biosécurité).

Élimination

Les matières réglementées, ainsi que tous les articles et les déchets doivent être décontaminés à la barrière de confinement avant leur retrait de la zone de confinement, de la salle animalière, du box ou de la salle de nécropsie. Pour ce faire, on peut utiliser des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières infectieuses, comme les désinfectants chimiques, l'autoclave, l'irradiation, l'incinération, un système de traitement des effluents ou une décontamination gazeuse (Guide canadien sur la biosécurité).

Entreposage

Les exigences applicables en matière de confinement de niveau 3 pour l'entreposage, décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité, doivent être respectées. Les contenants primaires de matières réglementées retirés de la zone de confinement doivent être entreposés dans des contenants secondaires étiquetés, étanches, résistants aux chocs et conservés dans un équipement d'entreposage verrouillé ou dans un espace auquel l'accès est limité.

Les contenants d'ABCSE entreposés à l'extérieur de la zone de confinement doivent être étiquetés, étanches, résistants aux chocs et conservés dans un équipement d'entreposage verrouillé à un endroit fixe (c.-à-d., non mobile) et dans un endroit avec accès limité.

Un inventaire des agents pathogènes du GR3 ainsi que des ABCSE entreposés pour une longue durée doit être dressé et inclure :

• l'identification précise des matières réglementées
• un mécanisme qui permet de détecter rapidement la disparition ou le vol d'un échantillon

Section IX - Informations réglementaires et autres

Informations réglementaires canadiennes

Les activités contrôlées avec Orthohantavirus sinnombreense nécessitent un permis d'agent pathogène et de toxine délivré par l'Agence de la santé publique du Canada.

Veuillez noter qu'il existe d'autres exigences en matière de sécurité, comme l'obtention d'une habilitation de sécurité conformément à la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines pour les travaux impliquant des ABCSE.

Voici une liste non exhaustive des désignations, réglementations ou législations applicables :

• Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines
• Loi sur le transport des marchandises dangereuses et Règlement sur le transport des marchandises dangereuses
• Maladies à déclaration obligatoire à l'échelle nationale (humaines)
• L'infection à hantavirus ou le syndrome pulmonaire à hantavirus est une maladie à déclaration obligatoire dans toutes les provinces et territoires du Canada

Dernière mise à jour

Août 2024

Rédigé

Centre de la biosûreté, Agence de santé publique du Canada.

Mise en garde

L'information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l'utilisation de ces renseignements.

Les personnes au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les directives et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes et toxines au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.

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