Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2021–2022

Résumé

Contexte : L'infection invasive à streptocoques du groupe A (IISGA) (causée par Streptococcus pyogenes) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000. Ce rapport résume les données démographiques, les types emm et la résistance aux antimicrobiens des IISGA au Canada en 2020.

Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale du S. pyogenes invasif. Le typage des gènes emm a été effectué en utilisant le protocole de séquençage du gène emm des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention). Les susceptibilités antimicrobiennes ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer, conformément aux directives de la Clinical and Laboratory Standards Institute ou prédites à partir des données de séquençage du génome entier en fonction de la présence de déterminants de la résistance.

Résultats : Dans l'ensemble, l'incidence de l'IISGA au Canada était de 5,56 cas pour 100 000 habitants en 2021, en baisse par rapport au pic de 8,6 cas pour 100 000 habitants en 2018. Un total de 2 630 isolats de S. pyogenes invasif ont été prélevés en 2022, ce qui représente une augmentation par rapport à 2021 (n = 2 179). Plus particulièrement, il y a eu une forte augmentation des isolats prélevés entre octobre et décembre 2022. Le type emm le plus fréquent dans l'ensemble en 2021 et 2022 était emm49, à 21,5 % (n = 468) et 16,9 % (n = 444) respectivement, ce qui représente une augmentation significative de la prévalence depuis 2018 (p < 0,0001). L'ancien type le plus répandu, le gène emm1, est passé de 0,5 % (n = 10) en 2021 à 4,8 % (n = 125) en 2022; de même, le gène emm12 est passé de 1,0 % (n = 22) en 2021 à 5,8 % (n = 151) en 2022. Ces deux types représentaient ensemble près de 25 % des isolats prélevés à la fin de 2022 (octobre à décembre). Les taux de résistance aux antimicrobiens en 2021 et 2022 comprenaient 14,9 %/14,1 % de résistance à l'érythromycine, 4,8 %/3,0 % de résistance à la clindamycine et moins de 1 % de résistance au chloramphénicol.

Conclusion : L'augmentation du nombre d'isolats d'IISGA prélevés au Canada est un problème de santé publique important. La surveillance continue de l'IISGA est essentielle afin de suivre l'expansion des types emm et les profils de résistance aux antimicrobiens

Introduction

Le streptocoque invasif du groupe A (IISGA, Streptococcus pyogenes) est responsable d'un large éventail de maladies humaines, dont les plus graves sont la bactériémie, le syndrome de choc toxique streptococcique, la fasciite nécrosante et l'endocardite ^{Note de bas de page 1}. Au Canada, l'incidence globale des IISGA n'a cessé d'augmenter depuis que cette infection est devenue une maladie à déclaration obligatoire en 2000, atteignant un pic de 8,61 cas pour 100 000 habitants en 2018 ^{Note de bas de page 2}. En 2020, le Canada a fait état d'une diminution des soumissions d'isolats d'IISGA, attribuée aux mesures de confinement mises en place pour lutter contre la pandémie de SRAS-CoV-2 (COVID-19) ^{Note de bas de page 2}. Les types emm les plus couramment associés à la maladie au Canada ont également connu une évolution significative, passant de emm1, autrefois prévalent, à emm49 et à emm76 ^{Note de bas de page 2}.

Vers la fin de 2022, l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a signalé que plusieurs pays d'Europe avaient observé une augmentation des cas d'IISGA et de scarlatine, principalement chez les enfants ^{Note de bas de page 3}, ce qui a marqué le début d'une saison où l'on s'est intéressé de plus près à l'IISGA dans de nombreux pays. Puisque les restrictions liées à la pandémie de COVID-19 se sont assouplies et que la transmission de la maladie de personne à personne s'est intensifiée, il est de plus en plus important de surveiller la prévalence de l'IISGA et des types emm connexes, ainsi que la résistance aux antimicrobiens. Ce rapport présente un résumé des isolats d'IISGA prélevés au Canada en 2021 et 2022.

Méthodes

Programme de surveillance

Tel que décrit précédemment, la surveillance des IISGA au Canada consiste en un système passif, basé sur les laboratoires, dans lequel les isolats invasifs de S. pyogenes provenant de tous les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux (à l'exception de l'Alberta) sont envoyés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) à Winnipeg pour des analyses supplémentaires ^{Note de bas de page 2}. En 2021, un total de 2 179 isolats d'IISGA ont été signalés, dont 1 787 soumis directement au LNM par des laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux, et les données relatives à 392 isolats supplémentaires prélevés et analysés par le Laboratoire provincial de santé publique d'Edmonton, en Alberta (ProvLab Alberta); en 2022, un total de 2 630 isolats d'IISGA ont été signalés, dont 2 108 soumis directement et les données relatives à 522 isolats analysés par le ProvLab Alberta (tableau 1). Les sites d'isolement clinique stériles comprennent le sang, le liquide céphalorachidien, les tissus profonds, les échantillons de biopsie et de chirurgie, les os et toute source clinique associée à la fasciite nécrosante ou au syndrome du choc toxique.

L'incidence de l'IISGA dans la population jusqu'en 2021 a été obtenue par le Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SCSMDO). Les données démographiques pour les taux d'incidence ont été obtenues à partir des estimations démographiques annuelles du 1er juillet 2021 de Statistique Canada.

Analyse d'isolats

Les isolats de S. pyogenes ont été confirmés par une réaction PYR (pyrrolidonyl-β-naphthylamide) positive et une sensibilité à la bacitracine ^{Note de bas de page 4}. De janvier 2021 à octobre 2022, le typage du gène emm a été effectué sur tous les isolats d'IISGA soumis au LNM et à ProvLab Alberta en utilisant le protocole de séquençage emm des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention [CDC]) disponible en ligne (en anglais seulement). Les séquences obtenues ont été comparées à la base de données CDC du gène emm et les résultats ont été rapportés au niveau du type. Les sensibilités antimicrobiennes de l'IISGA durant cette période ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer pour le chloramphénicol (30 μg), l'érythromycine (15 μg), la clindamycine (2 μg), la pénicilline (10 μg) et la vancomycine (30 μg), conformément aux directives du Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) ^{Note de bas de page 5}. De novembre 2022 à décembre 2022, le séquençage du génome entier a été réalisé sur tous les isolats d'IISGA soumis au LNM à l'aide de la plateforme Illumina, le type emm étant identifié directement en utilisant le pipeline WGS Analysis and Detection of Molecular Markers (WADE) (en anglais seulement). L'interprétation de la résistance aux antimicrobiens (sensible, résistante) a également été prédite à l'aide de WADE, en fonction de la présence ou de l'absence de marqueurs de résistance pour le chloramphénicol (cat), les macrolides/lincosamides (ermA, ermB, ermT, mefA/E) et les β-lactamines (pbp2x).

Des analyses supplémentaires ont été effectuées sur tous les isolats du gène emm1 soumis au LNM en 2021–2022 afin de déterminer la prévalence de la nouvelle lignée M1_UK. Les génotypes des isolats M1_UK ont été déterminés en cartographiant les lectures de séquençage du génome entier par rapport à la souche de référence MGAS5005 et en identifiant 27 variants génomiques mononucléotidiques (SNV) caractéristiques, comme décrit précédemment ^{Note de bas de page 6Note de bas de page 7}.

Analyse des données

Les données démographiques soumises avec les isolats bactériens comprenaient l'âge du patient, le sexe, la source clinique, la province et la date de prélèvement. Les isolats multiples présentant le même type emm et prélevés chez le même patient dans les 14 jours ont été comptés une fois, le site d'isolement le plus invasif étant attribué. Les isolats liés à la méningite ont été considérés comme les plus invasifs, suivis par le sang, puis par les autres sites stériles. Les données de laboratoire ont été regroupées par âge en groupes de moins de 2 ans, de 2 à 4 ans, de 5 à 14 ans, de 15 à 49 ans, de 50 à 64 ans et de 65 ans et plus, et par région en régions de l'Ouest (Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan, Manitoba), du Centre (Ontario, Québec), de l'Est (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard, Terre-Neuve-et-Labrador) et du Nord (Territoires du Yukon, Territoires du Nord-Ouest et Nunavut) du Canada. La signification statistique des tendances a été évaluée à l'aide du test de tendance de Cochran Armitage, une valeur p de < 0,05 étant considérée comme significative.

Résultats

Après avoir atteint un pic de 8,61 cas pour 100 000 habitants en 2018, l'incidence globale de l'IISGA au Canada a diminué en 2020 et 2021. Le taux d'incidence global en 2021 était de 5,56 cas pour 100 000 habitants, soit l'incidence globale la plus faible au Canada depuis 2015 (figure 1, appendice, tableau S1 du supplément). Le nombre d'isolats d'IISGA soumis en 2022 (n = 2 630) a augmenté par rapport à 2021 (n = 2 179). En particulier, on a observé une forte augmentation des isolats prélevés au cours du dernier trimestre (T4, octobre à décembre) de 2022 (figure 2), dont le total était considérablement plus élevé que le T4 de 2018 et 2019 (années avant la pandémie). Il convient de noter que le nombre d'isolats prélevés chez des enfants de moins de 15 ans a augmenté au cours du quatrième trimestre par rapport aux trimestres précédents.

Figure 1 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique à barres qui présente l'incidence des cas invasifs de Streptococcus pyogenes pour 100 000 habitants au Canada de 2011 à 2021, par groupe d'âge.

Figure 1

Groupe d'âge (ans)	2011	2012	2013	2014	2015	2016	2017	2018	2019	2020	2021
Moins de 1	9,83	9,00	9,72	9,18	13,87	7,31	8,71	10,63	8,87	7,57	7,77
1 à 4	5,78	4,87	4,60	5,24	4,40	6,41	6,21	6,58	6,47	3,68	1,90
5 à 9	4,31	2,92	3,28	3,62	3,60	3,64	3,12	4,38	4,07	1,71	0,64
10 à 14	2,29	1,48	2,01	1,37	1,06	1,77	1,74	2,31	1,13	0,68	0,67
15 à 19	1,97	1,37	1,02	1,27	1,53	1,34	1,77	2,23	1,80	1,81	0,87
20 à 24	2,21	2,26	2,19	2,48	2,71	2,81	3,54	3,94	3,68	3,71	2,90
25 à 29	2,53	2,98	3,30	3,69	3,99	5,07	5,05	6,95	6,93	5,71	3,72
30 à 39	5,24	4,91	5,27	5,29	5,57	7,53	8,33	9,33	9,39	8,70	7,17
40 à 59	4,70	4,97	5,06	5,05	5,39	6,17	7,83	9,89	9,59	9,35	8,38
Plus de 60 ans	7,45	7,42	7,19	8,72	8,36	8,70	9,48	12,69	11,95	8,35	6,44
Tous les âges	4,78	4,66	4,75	5,17	5,30	6,00	6,82	8,61	8,23	6,85	5,56

Figure 2 - Équivalent textuel

Cette figure est un diagramme à barres superposées affichant le nombre d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes prélevés chez des patients de moins de 15 ans et chez des patients de 15 ans et plus, de 2018 à 2022, par trimestre.

Figure 2

Date d'isolat	Trimestre	Moins de 15 ans	15 ans et plus	Total
2018 (n = 3 206)	T1	120	874	994
	T2	67	721	788
	T3	38	642	680
	T4	43	682	725
2019 (n = 3 235)	T1	88	857	945
	T2	62	732	794
	T3	37	640	677
	T4	67	744	811
2020 (n = 2 858)	T1	80	852	932
	T2	18	602	620
	T3	25	628	653
	T4	24	625	649
2021 (n = 2 179)	T1	27	508	535
	T2	18	495	513
	T3	22	485	507
	T4	18	592	610
2022 (n = 2 630)	T1	24	580	604
	T2	24	526	550
	T3	32	513	545
	T4	110	810	920

La proportion globale d'isolats d'IISGA prélevés auprès des groupes d'âge pédiatriques est restée stable au cours des deux années, les nourrissons de moins de 2 ans représentant 1 % à 2 % des isolats, les tout-petits de 2 à 4 ans 1 % à 1,5 % et les enfants de 5 à 14 ans 1 % à 3 %. Les proportions pour les autres groupes d'âge étaient plus fluctuantes. Les patients âgés de 15 à 49 ans représentaient 46,1 % des isolats prélevés en 2021 et 40,9 % de ceux prélevés en 2022; les adultes âgés de 50 à 64 ans représentaient 30,3 % et 27,1 %; et les aînés de 65 ans et plus, 19,0 % et 24,4 %. Parmi les isolats pour lesquels l'information sur le sexe était disponible, les isolats provenant de patients de sexe masculin représentaient 61,8 % et 61,7 % des isolats en 2021 et 2022, respectivement. Le sang était le principal site d'isolement clinique, représentant 69,3 % des isolats prélevés en 2021 et 70,5 % en 2022. Des informations supplémentaires sur les sources de spécimen par groupe d'âge et les types emm se trouvent en appendice, aux figures S1 à S5.

Le type emm le plus prédominant dans l'ensemble en 2021 et 2022 était emm49, (21,5 %, n = 468 et 16,9 %, (n = 444, respectivement), ce qui représente une augmentation significative de la prévalence depuis 2018 (de 3,1 %, n = 99; p < 0,0001) (figure 3). Les autres types emm qui ont affiché des tendances croissantes significatives entre 2018 et 2022 comprennent emm22 (0,9 %–1,7 %; p = 0,025), emm41 (1,5 %–3,4 %; p < 0,0001), emm59 (1,1 %–4,2 %; p < 0001) emm80 (0,3 %–4,0 %; p < 0001), emm82 (2,1 %–8,9 %; p < 0001), emm83 (1,8 %–4,6 %; p < 0001), emm91 (0,8 %–1,8 %; p < 0001) et emm92 (2,0 %–3,7 %; p < 0001). D'autres types emm ont affiché des tendances décroissantes significatives (voir figure 3), comme le type emm1, qui est passé de 17,1 % (n = 547) de tous les isolats d'IISGA prélevés en 2018 à 4,8 % (n = 125) en 2022 (p < 0,0001). La prévalence de 4,8 % en 2022 est en nette augmentation par rapport à 2021, où le type emm1 ne représentait que 0,5 % (n = 10) des isolats prélevés; cette augmentation récente est statistiquement significative (p < 0,0001). Il convient de noter que 49,0 % (n = 47) des isolats emm1 séquencés en 2022 appartenaient à la nouvelle lignée M1_UK; en comparaison, en 2015 (année où le premier isolat M1_UK a été identifié au Canada), seuls 2,6 % (n = 3) des isolats emm1 séquencés appartenaient à la lignée M1_UK. Un autre type d'intérêt est emm12, qui n'a pas montré de tendance significative de 2018 à 2022; cependant, le type emm12 a diminué de manière significative de 4,5 % (n = 145) en 2018 à 1,0 % (n = 22) en 2021 (p < 0,0001), avant de remonter de manière significative à 5,8 % (n = 151) en 2022 (p < 0,0001). Les types emm1 et emm12 ont connu une réapparition particulière à la fin de 2022, représentant ensemble près de 25 % des isolats prélevés au quatrième trimestre (figure 4).

Figure 3 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique à barres affichant le pourcentage de types emm de Streptococcus pyogenes de tous les groupes d'âge de 2018 à 2022, sur la base du nombre total d'isolats analysés annuellement.

Figure 3

Type emm	2018 (n = 3 206)	2019 (n = 3 235)	2020 (n = 2 858)	2021 (n = 2 179)	2022 (n = 2 630)
emm 1 (547,385,216,10,125)a	17,1 %	11,9 %	7,6 %	0,5 %	4,8 %
emm 2 (53,34,30,8,7)	1,7 %	1,1 %	1,0 %	0,4 %	0,3 %
emm 3 (88,115,31,1,0)	2,7 %	3,6 %	1,1 %	0,0 %	0,0 %
emm 4 (102,95,46,11,19)	3,2 %	2,9 %	1,6 %	0,5 %	0,7 %
emm 5 (11,15,2,0,4)	0,3 %	0,5 %	0,1 %	0,0 %	0,2 %
emm 6 (108,86,72,11,27)	3,4 %	2,7 %	2,5 %	0,5 %	1,0 %
emm 8 (2,2,3,2,0)	0,1 %	0,1 %	0,1 %	0,1 %	0,0 %
emm 9 (45,21,11,14,7)	1,4 %	0,6 %	0,4 %	0,6 %	0,3 %
emm 11(72,78,69,54,52)	2,2 %	2,4 %	2,4 %	2,5 %	2,0 %
emm 12(145,136,61,22,151)	4,5 %	4,2 %	2,1 %	1,0 %	5,8 %
emm 22(30,34,24,21,44)	0,9 %	1,1 %	0,8 %	1,0 %	1,7 %
emm 25(4,2,0,2,6)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,1 %	0,2 %
emm 27(0,2,0,7,3)	0,0 %	0,1 %	0,0 %	0,3 %	0,1 %
emm 28(164,159,80,43,49)	5,1 %	4,9 %	2,8 %	2,0 %	1,9 %
emm 33(3,2,1,0,1)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm 41(47,64,60,42,89)	1,5 %	2,0 %	2,1 %	1,9 %	3,4 %
emm 43(0,1,0,2,9)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %	0,3 %
emm 44(9,6,5,1,4)	0,3 %	0,2 %	0,2 %	0,0 %	0,2 %
emm 48(3,6,0,1,7)	0,1 %	0,2 %	0,0 %	0,0 %	0,3 %
emm 49(99,279,483,468,444)	3,1 %	8,6 %	16,9 %	21,5 %	16,9 %
emm 53(131,142,59,91,99)	4,1 %	4,4 %	2,1 %	4,2 %	3,8 %
emm 58(10,6,4,9,2)	0,3 %	0,2 %	0,1 %	0,4 %	0,1 %
emm 59(35,48,66,115,111)	1,1 %	1,5 %	2,3 %	5,3 %	4,2 %
emm 63(5,1,0,1,2)	0,2 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm 64(3,0,0,0,3)	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm 68(24,7,10,6,3)	0,7 %	0,2 %	0,3 %	0,3 %	0,1 %
emm 73(7,9,6,8,3)	0,2 %	0,3 %	0,2 %	0,4 %	0,1 %
emm 74(373,249,190,161,239)	11,6 %	7,7 %	6,6 %	7,4 %	9,1 %
emm 75(60,59,45,25,24)	1,9 %	1,8 %	1,6 %	1,1 %	0,9 %
emm 76(205,395,428,212,118)	6,4 %	12,2 %	15,0 %	9,7 %	4,5 %
emm 77(64,77,68,60,69)	2,0 %	2,4 %	2,4 %	2,8 %	2,6 %
emm 78(3,3,4,1,0)	0,1 %	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %
emm 80(9,27,96,107,106)	0,3 %	0,8 %	3,4 %	4,9 %	4,0 %
emm 81(200,191,204,138,91)	6,2 %	5,9 %	7,1 %	6,3 %	3,5 %
emm 82(68,34,74,159,234)	2,1 %	1,1 %	2,6 %	7,3 %	8,9 %
emm 83(58,49,51,69,120)	1,8 %	1,5 %	1,8 %	3,2 %	4,6 %
emm 87(40,40,29,20,28)	1,2 %	1,2 %	1,0 %	0,9 %	1,1 %
emm 88(0,0,5,6,7)	0,0 %	0,0 %	0,2 %	0,3 %	0,3 %
emm 89(144,169,105,72,76)	4,5 %	5,2 %	3,7 %	3,3 %	2,9 %
emm 90(3,2,0,1,2)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm 91(27,39,60,61,48)	0,8 %	1,2 %	2,1 %	2,8 %	1,8 %
emm 92(64,36,81,63,96)	2,0 %	1,1 %	2,8 %	2,9 %	3,7 %
emm 93(2,1,1,1,0)	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm 94(11,22,11,8,10)	0,3 %	0,7 %	0,4 %	0,4 %	0,4 %
emm 95(1,1,1,0,2)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm101(50,49,12,7,5)	1,6 %	1,5 %	0,4 %	0,3 %	0,2 %
emm102(8,11,14,5,7)	0,2 %	0,3 %	0,5 %	0,2 %	0,3 %
emm106(0,1,1,0,3)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm112(2,2,1,0,0)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm114(19,3,4,3,7)	0,6 %	0,1 %	0,1 %	0,1 %	0,3 %
emm118(15,7,2,6,4)	0,5 %	0,2 %	0,1 %	0,3 %	0,2 %
emm122(0,0,0,0,14)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,5 %
emm151(1,1,0,1,2)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,1 %
emm161(0,2,6,3,0)	0,0 %	0,1 %	0,2 %	0,1 %	0,0 %
emm168(4,2,0,0,1)	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %	0,0 %
emm169(4,2,7,20,15)	0,1 %	0,1 %	0,2 %	0,9 %	0,6 %
emm183(1,3,3,0,1)	0,0 %	0,1 %	0,1 %	0,0 %	0,0 %
emm265(0,0,0,11,4)	0,0 %	0,0 %	0,0 %	0,5 %	0,2 %
Autre (23,23,16,9,26)	0,7 %	0,7 %	0,6 %	0,4 %	1,0 %

Figure 4 - Équivalent textuel

Cette figure est une combinaison d'un graphique linéaire et d'un graphique à barres superposées. Les barres représentent le nombre d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes prélevés trimestriellement de 2018 à 2022 qui sont de type emm1, emm12 ou d'autres types emm. La ligne représente la prévalence trimestrielle en pourcentage de emm1 et de emm12 de 2018 à 2022.

Figure 4

Date d'isolement	Trimestre	emm1	emm12	Tous les autres types emm	Total	% emm1	% emm12
2018	T1	273	58	673	1 004	27,2 %	5,8 %
	T2	135	41	614	790	17,1 %	5,2 %
	T3	63	26	596	685	9,2 %	3,8 %
	T4	76	20	631	727	10,5 %	2,8 %
2019	T1	137	47	763	947	14,5 %	5,0 %
	T2	124	43	629	796	15,6 %	5,4 %
	T3	44	23	611	678	6,5 %	3,4 %
	T4	80	23	711	814	9,8 %	2,8 %
2020	T1	163	44	725	932	17,5 %	4,7 %
	T2	31	8	583	622	5,0 %	1,3 %
	T3	17	5	634	656	2,6 %	0,8 %
	T4	5	4	641	650	0,8 %	0,6 %
2021	T1	3	6	529	538	0,6 %	1,1 %
	T2	1	4	513	518	0,2 %	0,8 %
	T3	1	4	504	509	0,2 %	0,8 %
	T4	5	8	601	614	0,8 %	1,3 %
2022	T1	4	7	596	607	0,7 %	1,2 %
	T2	6	10	536	552	1,1 %	1,8 %
	T3	12	12	525	549	2,2 %	2,2 %
	T4	103	122	697	922	11,2 %	13,2 %

En 2021, le type emm le plus fréquent chez les enfants de moins de 15 ans était emm49 (28,2 %, n = 24). Le type emm49 était désormais le troisième type le plus fréquent dans ce groupe d'âge en 2022, remplacé par le type emm12 (25,8 %, n = 49) et emm1 (24,2 %, n = 46) (appendice, figure S6). Chez les patients âgés de 15 ans et plus, le type emm49 (21,3 %, n = 442) et le type emm76 (10,0 %, n = 207) étaient les plus fréquents en 2021. En 2022, emm49 (17,0 %, n = 412) était également le type le plus fréquent dans le groupe d'âge, suivi du type emm74 (9,7 %, n = 236) et de emm82 (9,5 %, n = 230) (appendice, figure S7).

Les types emm associés à l'Ouest canadien (figure 5) comprenaient emm49 (25,1 %, n = 271 en 2021; 15,3 %, n = 194 en 2022) et emm74 (13,5 %, n = 145 en 2021; 16,9 %, n = 214 en 2022). Dans le Centre du Canada, emm49 (14,9 %, n = 152 en 2021; 17,2 %, n = 219 en 2022) et emm82 (13,4 %, n = 136 en 2021; 12,8 %, n = 162 en 2022) étaient prédominants à la fois en 2021 et en 2022. Dans l'Est du Canada, emm49 était le type le plus fréquemment isolé en 2021 (56,5 %, n = 35) et en 2022 (35,0 %, n = 28). Les isolats du Nord du Canada étaient fortement représentés par emm49 en 2021, à 45,5 % (n = 10), bien que seulement 22 isolats aient été soumis par cette région. En 2022, seuls 11 isolats ont été soumis et il n'y avait pas de type commun (appendice, figures S8 à S11).

Figure 5A - Équivalent textuel

Figure 5A

Type emm	Ouest (n = 1 078)	Centre (n = 1 017)	East (n = 62)	Nord (n = 22)
emm 1 (4,6,0,0)a	4	6	0	0
emm 2 (4,3,1,0)	4	3	1	0
emm 4 (1,9,1,0)	1	9	1	0
emm 6 (7,4,0,0)	7	4	0	0
emm 9 (1,11,2,0)	1	11	2	0
emm 11(25,23,5,1)	25	23	5	1
emm 12(6,16,0,0)	6	16	0	0
emm 22(12,9,0,0)	12	9	0	0
emm 28(12,29,2,0)	12	29	2	0
emm 41(30,11,0,1)	30	11	0	1
emm 49(271,152,35,10)	271	152	35	10
emm 53(34,56,0,1)	34	56	0	1
emm 59(103,12,0,0)	103	12	0	0
emm 74(145,13,0,3)	145	13	0	3
emm 75(8,15,2,0)	8	15	2	0
emm 76(80,127,3,2)	80	127	3	2
emm 77(26,31,1,2)	26	31	1	2
emm 80(15,92,0,0)	15	92	0	0
emm 81(83,52,3,0)	83	52	3	0
emm 82(23,136,0,0)	23	136	0	0
emm 83(47,22,0,0)	47	22	0	0
emm 87(9,10,1,0)	9	10	1	0
emm 88(0,6,0,0)	0	6	0	0
emm 89(19,50,3,0)	19	50	3	0
emm 91(36,23,0,2)	36	23	0	2
emm 92(48,15,0,0)	48	15	0	0
emm 94(1,7,0,0)	1	7	0	0
emm101(5,2,0,0)	5	2	0	0
emm102(1,4,0,0)	1	4	0	0
emm122(0,0,0,0)	0	0	0	0
emm169(1,19,0,0)	1	19	0	0
emm265(0,11,0,0)	0	11	0	0
Other (21,41,3,0)	21	41	3	0

Figure 5B - Équivalent textuel

Figure 5B

Type emm	Ouest (n = 1 265)	Centre (n = 1 270)	East (n = 80)	Nord (n = 11)
emm 1 (34,85,6,0)a	34	85	6	0
emm 2 (1,6,0,0)	1	6	0	0
emm 4 (8,10,1,0)	8	10	1	0
emm 6 (24,3,0,0)	24	3	0	0
emm 9 (0,7,0,0)	0	7	0	0
emm 11(24,26,1,1)	24	26	1	1
emm 12(64,82,5,0)	64	82	5	0
emm 22(21,22,1,0)	21	22	1	0
emm 28(20,26,3,0)	20	26	3	0
emm 41(67,22,0,0)	67	22	0	0
emm 49(194,219,28,3)	194	219	28	3
emm 53(49,47,0,3)	49	47	0	3
emm 59(94,17,0,0)	94	17	0	0
emm 74(214,24,0,1)	214	24	0	1
emm 75(12,5,7,0)	12	5	7	0
emm 76(52,64,2,0)	52	64	2	0
emm 77(24,41,4,0)	24	41	4	0
emm 80(29,77,0,0)	29	77	0	0
emm 81(44,33,12,2)	44	33	12	2
emm 82(70,162,1,1)	70	162	1	1
emm 83(67,52,1,0)	67	52	1	0
emm 87(5,21,2,0)	5	21	2	0
emm 88(3,4,0,0)	3	4	0	0
emm 89(12,63,1,0)	12	63	1	0
emm 91(26,22,0,0)	26	22	0	0
emm 92(65,31,0,0)	65	31	0	0
emm 94(0,10,0,0)	0	10	0	0
emm101(5,0,0,0)	5	0	0	0
emm102(2,4,1,0)	2	4	1	0
emm122(0,14,0,0)	0	14	0	0
emm169(0,14,1,0)	0	14	1	0
emm265(0,4,0,0)	0	4	0	0
Other (35,53,3,0)	35	53	3	0

Sur demande, le LNM fournit une assistance aux laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour les enquêtes sur les éclosions et les agrégats spacio-temporels de cas d'IISGA (y compris les isolats non invasifs issus du dépistage) et les augmentations de emm dans les juridictions. En 2021, le LNM a participé à quatre enquêtes sur des éclosions provenant de diverses juridictions, notamment emm53 (n = 3 cas), emm76 (n = 45), emm77 (n = 2) et une éclosion de type multi-emm (emm49 et emm53, n = 8). Un nombre accru de demandes a été reçu en 2022, où le LNM a contribué à une augmentation juridictionnelle (emm49) et sept enquêtes sur des éclosions, y compris emm1.3 (n = 3), emm41.11 (n = 7 et n = 9), emm49 (n = 4), emm89 (n = 23 et n = 4) et deux éclosions de type multi-emm (emm49, emm53, emm76, emm77, emm83.1, emm91 et emm169.3, n = 20; emm6.4, emm41.11, emm49, emm59, emm74, emm75 et emm83.1, n = 26).

La résistance aux antimicrobiens parmi les isolats d'IISGA est restée faible en 2021–2022 (figure 6, appendice, tableau S2). La résistance à l'érythromycine a augmenté de manière significative, passant de 9,8 % en 2018 à 14,1 % en 2022 (p < 0,0001), tandis que la résistance au chloramphénicol a diminué de manière significative, passant de 1,2 % à 0,3 % (p < 0,0001). La résistance à la clindamycine est restée relativement stable au cours de la période d'étude (2,9 % à 4,8 %). Aucune résistance n'a été observée à la pénicilline ou à la vancomycine. Les types emm associés à la résistance à l'érythromycine et à la résistance acquise et inductible à la clindamycine étaient similaires en 2021 et 2022, comprenant emm11 (88,9 %/93,5 % de résistance à l'érythromycine; 27,8 %/22,6 % de résistance acquise à la clindamycine; 66,7 %/71,0 % de résistance inductible à la clindamycine); emm77 (92,3 %/82,0 %; 0 %/0 %; 92,3 %/82,0 %); emm83 (29,5 %/42,7 %; 4,9 %/1,8 %; 29,5 %/42,7 %) et emm92 (100 %/95,5 %; 0 %/4,5 %; 96,7 %/69,3 %) (appendice, figures S12 à S13, tableaux S3 à S4).

Figure 6 - Équivalent textuel

Cette figure est un graphique linéaire affichant le pourcentage de tous les isolats invasifs de Streptococcus pyogenes déterminés comme étant résistants à la clarithromycine, à la clindamycine et au chloramphénicol chaque année, de 2018 à 2022.

Figure 6

Isolats	2018 (n = 2 765)	2019 (n = 2 768)	2020 (n = 2 371)	2021 (n = 1 770)	2022 (n = 2 125)
CHL-R	1,2 %	0,3 %	0,3 %	0,1 %	0,3 %
ERY-R	9,8 %	8,9 %	11,7 %	14,9 %	14,1 %
CLI-R	2,9 %	3,3 %	3,0 %	4,8 %	3,0 %

Discussion

En 2021, 2 127 cas d'IISGA ont été signalés au SCSMDO, avec un taux d'incidence national de 5,56 cas pour 100 000 habitants, un taux nettement inférieur au sommet observé en 2018 (8,61 cas pour 100 000 habitants). Cette faible incidence en 2021 est cohérente avec le plus faible taux observé en 2020 (6,85 cas pour 100 000 habitants) et peut probablement être attribuée aux effets indirects des mesures de confinement mises en place en 2020 pour empêcher la propagation du virus pandémique SRAS-CoV-2 (COVID-19). De nombreuses études ont observé que l'activité des maladies bactériennes invasives dues à des agents pathogènes transmis par des gouttelettes respiratoires (y compris S. pyogenes) a diminué pendant cette période ^{Note de bas de page 2Note de bas de page 8Note de bas de page 9Note de bas de page 10}.

À partir de 2022, de nombreux pays ont commencé à voir les taux d'IISGA augmenter à nouveau. En décembre 2022, l'OMS a signalé que cinq pays européens avaient observé une augmentation des cas d'IISGA et de scarlatine, principalement chez les enfants ^{Note de bas de page 3}. Par la suite, les CDC des États-Unis ont signalé une augmentation des cas d'IISGA chez les enfants dans plusieurs États, dont le Colorado, le Minnesota et le Texas ^{Note de bas de page 11Note de bas de page 12Note de bas de page 13}, et l'Organisation panaméricaine de la Santé (OPS) a publié une note d'information invitant les pays membres à rester attentifs aux cas d'IISGA après que plusieurs d'entre eux ont été identifiés en Uruguay ^{Note de bas de page 14}. Au Canada, le nombre d'isolats d'IISGA soumis au LNM a augmenté en 2022 par rapport à 2021. Bien que le nombre total annuel n'ait pas dépassé les totaux les plus élevés prélevés avant la pandémie (2018 et 2019), il y a eu une forte augmentation des isolats prélevés en 2022-T4, y compris chez les enfants. L'OMS a indiqué que l'augmentation des IISGA pouvait être due aux contacts accrus de la population après une période de circulation réduite du SGA pendant la pandémie de COVID-19, et à une circulation accrue des virus respiratoires ^{Note de bas de page 3}; les virus respiratoires et les co-infections virales sont associés aux infections à SGA et peuvent augmenter le risque de maladie invasive ^{Note de bas de page 3Note de bas de page 15}. Bien que notre étude actuelle ne soit pas en mesure de fournir des données canadiennes sur les co-infections virales avec l'IISGA, plusieurs études, notamment en France, au Royaume-Uni et aux États-Unis, ont signalé des taux accrus d'infection virale avant ou en même temps que les IISGA ^{Note de bas de page 12Note de bas de page 16Note de bas de page 17}. Les virus associés comprenaient l'influenza, le virus respiratoire syncytial, le virus pandémique SRAS-CoV-2, le métapneumovirus humain et le rhinovirus^{Note de bas de page 12Note de bas de page 16Note de bas de page 17}.

Il convient de noter que les pays qui ont signalé une augmentation de maladies liées à l'IISGA à la fin de 2022 ont tous identifié les types emm 1 et 12 comme étant la cause prédominante des cas ^{Note de bas de page 12Note de bas de page 13Note de bas de page 18Note de bas de page 19Note de bas de page 20Note de bas de page 21}. Au Canada, la prévalence du type emm1 diminuait considérablement avant la pandémie de COVID-19 et était pratiquement inexistante en 2021 (0,5 % des isolats prélevés). Bien que le nombre du type emm1 soit resté relativement faible au début de 2022, la prévalence a augmenté au Canada au T4, comme cela a été le cas dans d'autres pays. Près de la moitié des isolats emm1 analysés en 2022 appartenaient à la lignée M1_UK décrite à l'origine par Lynskey et al. comme étant associée à une hyperproduction de l'exotoxine SpeA ^{Note de bas de page 7}. La Belgique, les Pays-Bas et le Royaume-Uni ont également noté des taux élevés (environ 75 %) de la lignée M1_UK en 2022 ^{Note de bas de page 22Note de bas de page 23Note de bas de page 24}. Le type emm12 a également été associé à des lignées toxigènes; ce type a déjà été associé à des éclosions de scarlatine, avec des lignées connexes possédant l'exotoxine SpeC et le superantigène SSA, ainsi qu'une résistance aux antimicrobiens ^{Note de bas de page 25}. Avant 2022, la prévalence du type emm12 diminuait de manière significative au Canada. Une forte augmentation de la prévalence en 2022-T4 (un peu plus de 13 % de tous les isolats prélevés) a entraîné une augmentation globale d'environ 6 % en 2022. Une faible résistance aux antimicrobiens a été observée dans le type emm12 au cours de cette période. Des études menées aux États-Unis (Colorado, Minnesota, Texas) n'ont pas non plus identifié de résistance lors de leurs augmentations emm à la fin de 2022 ^{Note de bas de page 12Note de bas de page 13}. Au Portugal, l'augmentation d'IISGA en 2022 a été caractérisée par des isolats emm12 présentant une grande diversité génomique, sans expansion d'une lignée particulière ^{Note de bas de page 20}. Une caractérisation génomique plus poussée des isolats emm12 au Canada serait utile pour identifier les profils de toxines et les lignées d'éclosions potentielles.

Le type emm le plus fréquemment prélevé au Canada depuis 2020 est emm49. Au moment de rédiger notre précédent rapport annuel en 2020 ^{Note de bas de page 2}, emm49 n'était pas considéré dans la documentation comme un type fréquent ou émergent. Toutefois, plus récemment, une étude américaine a identifié emm49 comme étant de plus en plus associé à la résistance aux antimicrobiens. Li et al. ont identifié une sous-lignée du type emm49 résistante aux macrolides et aux lincosamides qui s'est rapidement développée dans l'État du Maryland pour devenir la lignée dominante ^{Note de bas de page 26}. Une étude espagnole a également noté l'émergence du type emm49 à la fin de 2022 après avoir été rarement détectée dans le pays. Ces isolats étaient différents de la lignée américaine en ce sens qu'ils n'étaient résistants qu'à la tétracycline ^{Note de bas de page 21}. Bien que la résistance aux antimicrobiens du type emm49 ait été rarement détectée au Canada en 2021 et 2022 (moins de 2 % de résistance à l'érythromycine), il sera important de surveiller l'émergence de clones résistants aux médicaments.

Streptococcus pyogenes reste sensible à la pénicilline, le traitement antimicrobien de première ligne pour les IISGA, mais la résistance à l'érythromycine (un traitement de deuxième ligne) continue d'augmenter au Canada. En 2021 et 2022, les types emm les plus fréquemment prélevés au Canada et présentant des taux élevés (plus de 40 %) de résistance à l'érythromycine étaient similaires à ceux signalés en 2020, notamment emm11, emm77, emm83 et emm92 ^{Note de bas de page 2}. Parmi ceux-ci, emm83 et emm92 ont enregistré des augmentations significatives au cours de la période de 2018 à 2022. Des études similaires réalisées dans d'autres pays confirment que ces types emm présentent une résistance ailleurs, notamment en Espagne (emm11, emm77) et aux États-Unis (emm11, emm83, emm92) ^{Note de bas de page 26Note de bas de page 27}. Il convient de noter que le type emm92 a été identifié en Virginie-Occidentale (États-Unis) comme un type emm présentant une résistance uniforme aux macrolides/lincosamides et affectant de manière disproportionnée les patients ayant des antécédents d'utilisation de drogues par voie intraveineuse ^{Note de bas de page 28}. Au Canada, les éclosions d'IISGA surviennent souvent dans des groupes à risque, notamment les personnes sans domicile fixe ou celles qui consomment des substances, les populations fermées comme les établissements de soins de longue durée et les communautés autochtones ^{Note de bas de page 29Note de bas de page 30}; il sera très préoccupant que le type emm92 résistant aux médicaments continue de s'étendre au Canada au sein des populations vulnérables.

Limites

Il convient d'être prudent dans l'interprétation des données présentées dans ce rapport, car l'interprétation globale des résultats est limitée aux seuls isolats disponibles pour les analyses. Il se peut que seul un sous-ensemble d'isolats de laboratoire de chaque province ait été soumis à des analyses et, par conséquent, ce rapport ne reflète pas l'incidence ou les taux réels de la maladie au Canada. La représentativité des proportions d'isolats soumis aux analyses du LNM par rapport à ceux du SCSMDO est présentée en appendice, dans le tableau S5. Toutes les provinces et tous les territoires ne communiquent pas les données linéaires au SCSMDO; par conséquent, seules des données agrégées sont disponibles au niveau national. Les données du SCSMDO et les données du LNM sont donc présentées différemment en termes de groupe d'âge.

Conclusion

Bien que le nombre d'isolats prélevés ait été faible en 2021, le nombre d'IISGA a augmenté en 2022, surtout dans la dernière partie de l'année. Le type emm49 est resté le type le plus fréquemment prélevé au Canada en 2021 et 2022; cependant, emm1 et emm12 ont commencé à augmenter rapidement leur prévalence au cours du dernier trimestre de 2022. Comme le nombre d'IISGA continue d'augmenter à la suite de la pandémie de COVID-19, il est impératif de poursuivre la surveillance des types emm et de la résistance aux antimicrobiens au Canada. Le renforcement de la surveillance pour inclure des données épidémiologiques et de laboratoire en établissant des liens entre ces données améliorerait nos connaissances et notre interprétation de la façon dont les types emm d'IISGA et les profils de résistance aux antimicrobiens affectent les groupes à risque au Canada.

Déclaration des auteurs

• A. R. G. — Analyse formelle, conservation des données, visualisation, rédaction de la version originale, révision et édition de la version finale
• A. G. — Analyse formelle, validation, investigation, conservation des données, visualisation, rédaction–révision et édition
• G. J. T. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• J. V. K. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• A. M. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• M. C. D. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• L. H. —Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• J. Minion — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• P. V. C. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• H. S. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
  D. H. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• Y. Y. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• X. D. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• L. S. — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• J. McFadzen — Ressources, méthodologie, rédaction–révision et édition
• C. P. — Rédaction–révision et édition
• K. F. — Rédaction–révision et édition
• I. M. — Conceptualisation, validation, méthodologie, supervision, administration du projet, rédaction–révision et édition

Intérêts concurrents

Aucun.

Remerciements

Nous remercions Angela Yuen et Rachel Hink de l’Unité des streptocoques et des maladies sexuellement transmissibles du LNM pour leur assistance technique en laboratoire, ainsi que le personnel des laboratoires provinciaux et de santé publique du Canada pour leur participation au programme national de surveillance en laboratoire.

Financement

Ce projet a été soutenu par un financement interne de l’Agence de la santé publique du Canada.

Appendice

Des figures et des tableaux supplémentaires sont disponibles sur demande auprès de l'auteur.

• Tableau S1 : Taux d'incidence annuelle des cas invasifs de Streptococcus pyogenes au Canada, par groupe d'âge, 2011–2021
• Figure S1 : Sites d'isolement clinique de Streptococcus pyogenes chez des enfants de moins de 15 ans en A) 2021 (n = 85) et B) 2022 (n = 190)
• Figure S2 : Sites d'isolement clinique de Streptococcus pyogenes chez des patients âgés de 15 ans ou plus en A) 2021 (n = 2 094) et B) 2022 (n = 2 436)
• Figure S3 : Pourcentage d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes dans le sang en 2021 (n = 1 509) et 2022 (n = 1 853), par type emm
• Figure S4 : Pourcentage d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes provenant d'autres sites stériles en 2021 (n = 664) et 2022 (n = 769), par type emm
• Figure S5 : Pourcentage d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes dans le liquide céphalorachidien en 2021 (n = 6) et 2022 (n = 8), par type emm
• Figure S6 : Prévalence des types emm invasifs de Streptococcus pyogenes isolés chez des patients de moins de 15 ans en 2021 (n = 85) et 2022 (n = 190)
• Figure S7 : Prévalence des types emm invasifs de Streptococcus pyogenes isolés chez des patients âgés de 15 ans et plus en 2021 (n = 2 080) et 2022 (n = 2 425)
• Figure S8 : Prévalence des dix types emm de Streptococcus pyogenes invasifs les plus courants prélevés dans l'Ouest du Canada en A) 2021 et B) 2022
• Figure S9 : Prévalence des dix types emm de Streptococcus pyogenes invasifs les plus courants prélevés dans le Centre du Canada en A) 2021 et B) 2022
• Figure S10 : Prévalence des dix types emm de Streptococcus pyogenes invasifs les plus courants prélevés dans l'Est du Canada en A) 2021 et B) 2022
• Figure S11 : Prévalence des dix types emm de Streptococcus pyogenes invasifs les plus courants prélevés dans le Nord du Canada en A) 2021 et B) 2022
• Tableau S2 : Isolats de Streptococcus pyogenes invasifs résistants aux antimicrobiens par année, 2018–2022
• Figure S12 : Pourcentage d'isolats de Streptococcus pyogenes résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2021, par type emm
• Figure S13 : Pourcentage d'isolats de Streptococcus pyogenes résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2022, par type emm
• Tableau S3 : Pourcentage d'isolats de Streptococcus pyogenes résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2021, par type emm
• Tableau S4 : Pourcentage d'isolats de Streptococcus pyogenes résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2021, par type emm
• Tableau S5 : Nombre de type d'isolats invasifs de Streptococcus pyogenes par le Laboratoire national de microbiologie (LNM) par rapport au nombre total de cas signalés au Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SCSMDO) en 2021, par groupe d'âge des patients