Attribution de source
Définition et objectif
L'attribution des sources de maladies humaines entériques infectieuses est l'un des principaux objectifs scientifiques du système FoodNet Canada (anciennement connu sous le nom de C-EnterNet).
En effet, les maladies entériques infectieuses peuvent être provoquées par une grande variété de microbes : virus, bactéries ou parasites. L'infection transmise par ces microbes peut provenir d'aliments ou d'une eau contaminés, ou résulter d'un contact avec des personnes ou des animaux malades.
L'attribution des sources de maladies d'origine alimentaire consiste à associer le fardeau d'une ou de plusieurs infections humaines d'origine alimentaire à des sources précises, le terme « source » pouvant désigner des réservoirs animaux ou des vecteurs (p. ex., aliments) (Pires et al. Food-borne Pathogens and Disease 2009;6(4):417-424).
FoodNet Canada se réfère à une définition plus générique et plus précise : c'est l'action d'assigner des sources précises à des infections gastro-intestinales humaines, le terme « source » désignant des réservoirs animaux ou des vecteurs (ce qui inclut notamment toutes les voies de transmission, qu'elles soient d'origine alimentaire ou hydrique, d'un animal à une personne ou d'une personne à l'autre, qui sont pertinentes pour l'épidémiologie des maladies gastro-intestinales).
Dans l'attribution des sources, la « source » se rapporte à la fois au réservoir du pathogène et au vecteur. Les réservoirs sont les hôtes d'où proviennent les pathogènes : ils peuvent inclure des porteurs/excréteurs, malades ou asymptomatiques, chez les êtres humains; des animaux, malades ou porteurs (animaux destinés à l'alimentation, animaux domestiques, faune; les premiers désignant souvent la source du point de production). Les vecteurs favorisent le contact entre des réservoirs pathogènes et des personnes. Ce seront notamment l'eau, les aliments, les animaux, la terre, le fumier, le compost ou d'autres personnes.
L'attribution des sources de maladies gastro-intestinales nous permet d'étudier les nombreuses combinaisons de facteurs susceptibles de provoquer une maladie et, dans chaque cas, d'estimer :
FoodNet Canada (anciennement connu sous le nom de C-EnterNet)
- le nombre de cas humains,
- le nombre d'hospitalisations,
- le nombre de décès,
- les coûts associés à chacun de ces aspects.
L'attribution des sources est ainsi devenue un outil important pour diriger plus efficacement l'élaboration et l'évaluation des politiques sur la salubrité des aliments et de l'eau. En définitive, l'attribution des sources permet d'alléger le fardeau des maladies entériques au Canada. Elle nous sert également à déterminer si les nouvelles politiques et interventions à l'échelle des fermes, de l'environnement ou de la production alimentaire, limitent efficacement la diffusion des maladies au Canada.
Approches méthodologiques
On peut recourir à plusieurs méthodes pour estimer la source et le fardeau des maladies humaines d'origine entérique (Pires et al., 2009). Chacune a ses avantages et ses inconvénients. Les experts en attribution des sources ont conclu qu'aucune méthode actuelle ne garantit à elle seule d'estimation précise. Le principe et la portée de ces approches varient; chacune remplit des fonctions quelque peu différentes; les résultats qu'elles génèrent sont donc considérés comme plus complémentaires que comparables.
- Comparaison des sous-types microbiens : il s'agit de décrire chaque source potentielle à l'aide des caractéristiques phénotypiques ou génotypiques des microbes, en comparant les caractéristiques des pathogènes responsables des cas humains. Plus les caractéristiques microbiennes retenues sont spécifiques de la source, plus il est facile de repérer la source de contamination avec le plus d'assurance possible.
- Évaluation comparative de l'exposition : L'évaluation comparative de l'exposition sert à déterminer l'importance relative des voies de transmission connues en estimant l'exposition humaine aux pathogènes par chaque voie. L'approche nécessite, pour chaque voie de transmission connue, des données sur la prévalence et la dose du pathogène dans diverses sources, les changements au chapitre de la prévalence et de la dose du pathogène tout au long de la chaîne de transmission et la fréquence à laquelle les humains sont exposés à chaque voie.
- Analyse des données sur les éclosions : Une fois qu'une éclosion est détectée, on amorce une enquête visant à identifier l'agent en cause et le pathogène source, ainsi que la raison de l'éclosion (quel vecteur est impliqué et pourquoi?), de manière à prévenir d'autres cas. Le vecteur impliqué peut être décelé par des tests microbiens ou grâce à une corrélation épidémiologique. Les enquêtes sur les éclosions sont résumées dans des rapports et des bases de données, et peuvent servir, sous cette forme, à quantifier le rapport entre les pathogènes et les sources.
- Étude cas-témoins : Cette approche peut se définir comme un plan d'analyse épidémiologique où les personnes infectées par la maladie à l'étude (aussi appelées « cas ») sont comparées avec des individus asymptomatiques (aussi appelés « témoins ») quant à de possibles expositions antérieures. Le rôle relatif des expositions est évalué en comparant leur fréquence parmi les cas et les témoins. Lorsque des infections sont associées à une exposition, on peut calculer la proportion de cas susceptibles de lui être attribuée. Les épidémiologistes définissent ce nombre comme la portion de la population atteinte (PPA).
- Étude d'intervention : Cette approche sert à comparer les taux d'incidence avant et après l'instauration d'une intervention. Les interventions sont des mesures destinées à corriger l'exposition des humains à un pathogène donné par l'entremise d'un réservoir ou d'un vecteur précis. L'intervention peut être délibérée ou elle peut être le résultat d'un événement naturel (lié à des problèmes de salubrité alimentaire) comme le retrait de toute la production de volaille après une exposition à la dioxine.
- Solliciter l'avis d'experts : On fait appel à des experts pour obtenir leurs estimations (opinions) sur la proportion de cas attribués à chaque voie de transmission principale ou à chaque catégorie alimentaire. Leurs avis sont condensés afin d'obtenir une seule estimation moyenne ou un ensemble d'estimations sur les sources et les voies les plus probables de contamination (valeur moyenne et intervalle de confiance ou crédible).
Données probantes produites par FoodNet Canada
Depuis 2005, FoodNet Canada a effectué des recherches et obtenu plusieurs résultats grâce aux méthodes d'attribution des sources au Canada. Notons à titre d'exemple :
- des données sur les éclosions survenues au Canada et dans d'autres pays;
- une ÉQRM des cryptosporidioses (2007-2008);
- une comparaison de cas-à-cas des occurrences de cryptosporidiose;
- l'établissement d'une communication avec des experts canadiens en salubrité alimentaire de manière à pouvoir recueillir leur avis entre 2008-2010;
- une analyse des données sur les cas humains issues de la surveillance du site sentinelle afin d'estimer la proportion de cas internationaux de maladies gastro-intestinales liés à des voyages;
- un sondage sur le maintien de la santé (n = 1200) destiné à mieux cerner la maladie en question en comparant les cas entériques humains dans le site sentinelle 1 avec la population en bonne santé.
Enfin, dans la mesure où toutes les approches génèrent des résultats plus complémentaires que comparables, des efforts sont consentis pour synthétiser le produit des diverses études menées au Canada.
L'amélioration de l'attribution des sources permettra de déterminer, avec plus de certitude, les principales sources et voies de transmission de chaque agent pathogène responsable d'une maladie entérique infectieuse. Grâce à ces éléments d'information, il sera plus facile de répartir de façon optimale les ressources consacrées à la salubrité des aliments et de l'eau et à la prévention de maladies transmissibles, de manière à réduire le fardeau des maladies entériques au Canada. L'attribution des sources permettra également au Canada d'évaluer l'efficacité de ses interventions à l'échelle des fermes et du secteur de la transformation et de l'environnement, afin d'améliorer la salubrité alimentaire et hydrique, et la santé publique.