Rotavirus A : Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes
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Section I - Agent infectieux
Nom
Rotavirus A
Type d'agent
Virus
Taxonomie
Famille
Sedoreoviridae
Genre
Rotavirus
Espèce
Rotavirus alphagastroenteritidis
Synonyme ou renvoi
Rotavirus ovins, rotavirus bovin, rotavirus simien ou rotavirus du groupe A; anciennement « agent de type réovirus »Note de bas de page 1.
Caractéristiques
Brève description
Le génome du rotavirus A (RVA) comprend 11 segments d'ARN à double brinNote de bas de page 2. Les gènes encodent six protéines virales structurales (VP1-VP4, VP6, VP7) et six protéines non structurales (NSP1-NSP6)Note de bas de page 2 Note de bas de page 3 Note de bas de page 4. Le RVA n'est pas enveloppé et possède 3 couches : une couche centrale, une capside intérieure et une capside extérieureNote de bas de page 2. Les virions ont une symétrie icosaédrique.
Propriétés
Les rotavirus sont classés en neuf groupes (A-I), le groupe I étant le plus récent. Récemment, un groupe J a été proposé pour inclusionNote de bas de page 5 Note de bas de page 6. Quatre groupes sont pathogènes pour les humains (A, B, C, H)Note de bas de page 2 Note de bas de page 5 Note de bas de page 7. Le RVA est responsable d'au moins 90 % des infections à RV chez l'humainNote de bas de page 2 Note de bas de page 8. Les génotypes de RVA sont définis par les antigènes VP7 de la glycoprotéine (G) et VP4 sensible à la protéase (P)Note de bas de page 2. Les propriétés antigéniques du groupe, du sous-groupe et du sérotype rotavirus sont déterminées par les VPNote de bas de page 4. Pendant l'infection, les NSP sont produites pour faciliter la réplication virale et la pathogenèseNote de bas de page 4. La protéine NSP4 est encodée par le gène 10 qui facilite la réplication virale et fonctionne comme une entérotoxineNote de bas de page 4. Il existe actuellement 42 RVA génotypes G et 58 RVA génotypes P qui ont été isolés d'humains et d'animauxNote de bas de page 9 Note de bas de page 10. Les souches de RVA responsables de la majorité des infections humaines sont G1PNote de bas de page 8, G2PNote de bas de page 4, G3PNote de bas de page 8, G4PNote de bas de page 8, G9PNote de bas de page 4, G9PNote de bas de page 8, G12PNote de bas de page 5 Note de bas de page 8 Note de bas de page 9. Les souches de RVA qui circulent principalement dans les populations animales semblent être relativement spécifiques à l'espèceNote de bas de page 5. L'antigène VP4 semble être un déterminant de virulenceNote de bas de page 2.
Section II - Identification des dangers
Pathogénicité et toxicité
Le RVA provoque une gastro-entérite aiguë autolimitante, surtout chez les enfants de moins de 5 ans. Les enfants sont infectés par le RVA au moins une fois avant l'âge de 5 ansNote de bas de page 5. Le RVA infecte les entérocytes de l'intestin grêle et cause des dommages aux villosités intestinales, diminuant leur capacité d'absorptionNote de bas de page 2 Note de bas de page 11. On a observé une propagation extraintestinale du RVA vers d'autres sitesNote de bas de page 12. Des études suggèrent un lien étroit entre l'hospitalisation causée par les rotavirus et l'apparition de maladies auto-immunes chez les enfants, particulièrement les suivantes : arthrite inflammatoire, troubles des tissus conjonctifs, maladies du système nerveux, maladies endocriniennes et vasculiteNote de bas de page 13. Chez l'humain, les symptômes de l'infection à RVA comprennent la fièvre, la diarrhée aqueuse et les vomissementsNote de bas de page 2. L'infection peut aller d'asymptomatique, à légère (diarrhée aqueuse de durée limitée), à sévère (fièvre, vomissements, diarrhée aqueuse prolongée et sévère, déshydratation rapide) ou fataleNote de bas de page 2 Note de bas de page 5. Les symptômes gastro-intestinaux durent habituellement de 3 à 7 joursNote de bas de page 14. Les décès associés au RVA sont rares dans les pays développésNote de bas de page 15 Note de bas de page 16 Note de bas de page 17, mais sont fréquemment signalés dans les pays en développementNote de bas de page 18. Les complications de l'infection par RVA chez les enfants comprennent les crises épileptiques (4 % des cas)Note de bas de page 19, l'encéphalopathie Note de bas de page 20 et l'hypernatrémieNote de bas de page 21.
Similairement, chez de nombreux jeunes animaux, tels que les veauxNote de bas de page 22 Note de bas de page 23, les porceletsNote de bas de page 24 Note de bas de page 25, les poulainsNote de bas de page 26, les agneaux et les jeunes chèvresNote de bas de page 27 Note de bas de page 28, le RVA est une cause commune de la diarrhée et de la mortalité causée par celle-ci. Les infections peuvent être subcliniques, légères ou graves. La diarrhée persiste habituellement entre 4 à 8 joursNote de bas de page 28. La mortalité associée aux rotavirus est estimée à 30 % chez les porcelets et les chèvres, de 10 à 15 % chez les agneaux et de 5 à 20 % chez les veauxNote de bas de page 23 Note de bas de page 25 Note de bas de page 27.
Épidémiologie
Le RVA a été isolé pour la première fois dans les années 1970Note de bas de page 1. Depuis, on a déterminé que le RVA a une distribution mondiale. Les décès causés par l'infection aux rotavirus ont diminué de façon significative, passant de 659 053 en 1990 à 235 331 en 2019Note de bas de page 29. La maladie est souvent légère ou asymptomatique chez les nouveau-nés en raison de la protection conférée par les anticorps maternelsNote de bas de page 2. L'allaitement maternel exclusif a également été associé à une diminution de la diarrhée et de la morbidité associée aux rotavirus chez les enfants de moins de 5 ansNote de bas de page 30 Note de bas de page 31. Les infections chez les adultes sont aussi souvent asymptomatiquesNote de bas de page 2 Note de bas de page 32. Des éclosions de gastro-entérite associée au RVA ont été signalées parmi les populations âgées dans les établissements de soins de longue duréeNote de bas de page 33 Note de bas de page 34 Note de bas de page 35. De nombreux pays ont vu des réductions significatives de la morbidité et de la mortalité liées aux rotavirus et à la gastro-entérite aiguë chez les enfants de moins de 5 ans depuis l'introduction du vaccin contre le RVANote de bas de page 36 Note de bas de page 37 Note de bas de page 38 Note de bas de page 39. On estime que la vaccination contre le rotavirus a évité 139 000 décès d'enfants de moins de cinq ans causés par le rotavirus entre 2006 et 2019Note de bas de page 40.
Les facteurs prédisposants au RVA comprennent les personnes immunodéprimées qui peuvent développer une infection grave et soutenueNote de bas de page 32. Les personnes âgées de plus de 70 ans et les enfants de moins de 5 ans sont les populations les plus à risque de décès liés aux rotavirus, en particulier les personnes âgées dans les régions à indice sociodémographique faible et relativement élevéNote de bas de page 41. Les facteurs importants qui contribuent au nombre de décès liés au RVA comprennent : dépenses de santé actuelles, produit intérieur brut par habitant et nombre de médecins par 1 000 personnesNote de bas de page 41. Ces facteurs ont été négativement corrélés aux taux de mortalité causés par les rotavirusNote de bas de page 41. Les hospitalisations d'enfants pour la gastro-entérite causée par les rotavirus ont tendance à être plus fréquentes après les mois de temps sec ou froid comparativement aux mois de temps chaud ou humide, ce qui suggère que l'humidité intérieure et la surpopulation intérieure peuvent être des conditions clés qui prédisposent les populations à l'infectionNote de bas de page 42.
La diarrhée associée au RVA est très répandue chez les jeunes de nombreux mammifères, notamment les veaux, les porcelets, les poulains, les agneaux et les jeunes chèvresNote de bas de page 22 Note de bas de page 24 Note de bas de page 27 Note de bas de page 43. Bien que les programmes de vaccination aient réduit la fréquence et la gravité de la diarrhée du RVA chez les veaux et les porcelets, des éclosions de diarrhée associée au RVA se produisent encore dans les troupeaux vaccinésNote de bas de page 44 Note de bas de page 45 Note de bas de page 46 Note de bas de page 47. Cela semble être dû aux différences entre les souches en circulation et les souches du vaccin contre le RVANote de bas de page 22 Note de bas de page 46 Note de bas de page 47.
Gamme d'hôtes
Hôtes naturels
Humains, primates non humains, bétail, porcs, chevaux, moutons, chèvres, chiens, chats, lapins, poulets, dindes, faisans, autruches, ratons laveurs, chauves-souris, pandas géants, sangliers, girafes, cerfs, alpaga, souris et ratsNote de bas de page 5 Note de bas de page 48 Note de bas de page 49 Note de bas de page 50 Note de bas de page 51 Note de bas de page 52 Note de bas de page 53.
Autres hôtes
Aucun.
Dose infectieuse
La DI50 chez l'humain est d'environ 10 unités de formation de foyerNote de bas de page 54.
Période d'incubation
De 24 à 48 heuresNote de bas de page 2. Les personnes atteintes d'une infection symptomatique et asymptomatique excrètent du RVA dans les fècesNote de bas de page 55. Chez l'humain, la durée d'excrétion chez les personnes symptomatiques est d'environ 24 jours et peut aller jusqu'à 51 jours après l'apparition des symptômesNote de bas de page 55. Les personnes asymptomatiques ont une durée d'excrétion plus courte et une charge virale plus faible dans les fècesNote de bas de page 55.
Transmissibilité
Le RVA est transmis par voie fécale-orale, principalement par contact intime et les fomites, mais aussi par la consommation de nourriture et d'eau contaminéesNote de bas de page 56 Note de bas de page 57 Note de bas de page 58. La transmission des rotavirus par inhalation d'aérosols infectieux a été démontrée chez les sourisNote de bas de page 59, mais on ignore dans quelle mesure le transfert des rotavirus par aérosol se produit dans la nature.
Section III - Dissémination
Réservoir
HumainsNote de bas de page 5. Cependant, l'analyse de la séquence génomique complète des souches de RVA porcines suggère que les porcs pourraient être le principal réservoir du RVA et la source des souches émergentes chez les humains et d'autres animauxNote de bas de page 5.
Zoonose
Les données phylogénétiques suggèrent que le RVA est transmissible de l'humain à l'animalNote de bas de page 5, de l'animal à l'humainNote de bas de page 60 Note de bas de page 61 et entre les espècesNote de bas de page 5 Note de bas de page 62 Note de bas de page 63 Note de bas de page 64.
Vecteurs
Aucun.
Section IV - Viabilité et stabilité
Sensibilité/résistance aux médicaments
On a découvert que le nitazoxanide réduisait la durée des maladies gastro-intestinales associées aux rotavirus dans un essai cliniqueNote de bas de page 65. Les analogues Triacsin C et Ergoferon sont efficaces contre le RVA in vitro Note de bas de page 66 Note de bas de page 67.
Sensibilité aux désinfectants
Le RVA est sensible au chlorure de benzalkonium (0,05 %), au nonoxynol iodique (0,06 %) et au glutaraldéhyde (2 %)Note de bas de page 68. Le RVA est sensible au peroxymonosulfate de potassium et au chlorure de sodium et au dichloroisocyanurate de sodium; cependant, la faible température et la présence de matière organique ont réduit l'efficacité de ces désinfectantsNote de bas de page 68. Les rotavirus sur des surfaces ont été réduits d'au moins 99,9 % après traitement à l'acide peracétique (0,035 %-0,35 %); chloramine-T (1,7 %); o-benzyl-p-chlorophénate de sodium (0,5 %); complexe povidone-iode (1 % I2 disponible); une solution de chlorhexidine gluconate (0,05 %) et de cétrimide (0,5 %); et une solution d'alcool isopropylique (45 %), de propylène glycol (2 %), de triéthylène glycol (3 %) et d'un composé d'ammonium quaternaireNote de bas de page 69.
Inactivation physique
Le RVA est sensible à un pH acide fort (<3,0) Note de bas de page 70 et à l'irradiation gamma (50 kGy)Note de bas de page 71. Le RVA est inactivé par traitement à la chaleur à 121 °C pendant 30 minutesNote de bas de page 72.
Survie à l'extérieur de l'hôte
Le RVA peut persister pendant de longues périodes dans l'environnement. On a détecté le RVA dans des échantillons d'eauNote de bas de page 73 Note de bas de page 74, des eaux usées Note de bas de page 75 et sur diverses surfaces des établissements de soins de santé et de garderiesNote de bas de page 76 Note de bas de page 77. La survie du RVA sur les surfaces peut varier de 1 heure à plus de 60 jours selon les conditions environnementalesNote de bas de page 16 Note de bas de page 77 Note de bas de page 78.
Section V - Premiers soins et aspects médicaux
Surveillance
Un patient soupçonné d'infection devrait être surveillé. Le RVA peut être détecté dans des échantillons de selles à l'aide de microscopie électronique, d'immunoessais enzymatiques, de transcriptase inverse suivie de la réaction en chaîne de la polymérase (RT PCR) et de séquençageNote de bas de page 2 Note de bas de page 79. De nombreux tests enzymatiques et immunochromatographiques commerciaux sont disponibles pour la détection du RVA dans des échantillons de selles Note de bas de page 80 Note de bas de page 81. Le RVA a été détecté dans des sécrétions respiratoires et des cas de pneumonie en utilisant des écouvillons des voies respiratoires supérieures chez un petit nombre de patientsNote de bas de page 4 Note de bas de page 82.
Remarque : Les recommandations spécifiques pour la surveillance en laboratoire devraient provenir du programme de surveillance médicale, qui est fondé sur une évaluation locale des risques des agents pathogènes et des activités en cours, ainsi qu'une évaluation globale des risques du programme de biosécurité dans son ensemble. De plus amples renseignements sur la surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.
Premiers soins et traitement
Le traitement est de soutien et peut inclure l'administration de solutions de réhydratation par voie orale pour remplacer les fluides et les électrolytesNote de bas de page 4 Note de bas de page 83 Note de bas de page 84. On peut prendre des comprimés de zinc pour restaurer la muqueuse épithéliale endommagéeNote de bas de page 4. Les probiotiques peuvent être bénéfiques pour le traitement et l'atténuation de la gastro-entérite causée par le RVANote de bas de page 4.
Remarque : Les recommandations spécifiques concernant les premiers soins et les traitements en laboratoire devraient provenir du plan d'intervention après exposition, qui est élaboré dans le cadre du programme de surveillance médicale. De plus amples renseignements sur le plan d'intervention après l'exposition sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.
Immunisation
Rotarix™ (GlaxoSmithKline Inc.) et RotaTeq®(Merck & Co Inc.) sont autorisés dans de nombreux pays, y compris au CanadaNote de bas de page 38 Note de bas de page 85. Les vaccins contre les rotavirus sont utilisés pour immuniser les humains dans plus de 95 paysNote de bas de page 38. Les vaccins contre le RVA sont disponibles pour les bovinsNote de bas de page 45, les porcsNote de bas de page 24 et les chevauxNote de bas de page 43 Note de bas de page 86. Les vaccins sont administrés aux femmes enceintes pour assurer la protection des nouveau-nés par le transfert passif d'anticorps maternels contre le RVA dans le colostrum et le laitNote de bas de page 64 Note de bas de page 86.
Remarque : De plus amples renseignements sur le programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité et en consultant le Guide canadien d'immunisation.
Prophylaxie
Aucune recommandation.
Remarque : De plus amples renseignements sur la prophylaxie dans le cadre du programme de surveillance médicale sont disponibles dans le Guide canadien sur la biosécurité.
Section VI - Dangers pour le personnel de laboratoire
Infections contractées en laboratoire
Aucune.
Remarque : Veuillez consulter la Norme canadienne sur la biosécurité et le Guide canadien sur la biosécurité pour obtenir de plus amples renseignements sur les exigences relatives à la déclaration des incidents d'exposition.
Sources et échantillons
Des niveaux élevés de RVA sont excrétés dans les selles de personnes infectées. Il arrive que le RVA soit détecté dans le sang, les sécrétions respiratoires et le liquide céphalorachidienNote de bas de page 87 Note de bas de page 88 Note de bas de page 89.
Dangers primaires
L'ingestion de matières infectieuses par l'exposition à des déchets infectieux provenant d'animaux et d'humains, ou l'exposition à des matières infectieuses sur les fomites sont les principaux dangers associés à l'exposition au RVA.
Dangers particuliers
Aucun.
Section VII - Contrôle de l'exposition et protection personnelle
Classification par groupe de risque
Le RVA est un pathogène humain du groupe de risque 2 et un pathogène animal du groupe de risque 2Note de bas de page 90 Note de bas de page 91.
Exigences de confinement
Les installations, l'équipement et les pratiques opérationnelles de niveau de confinement 2 tels que décrits dans la Norme canadienne sur la biosécurité pour le travail avec des matières, des animaux ou des cultures infectieux ou possiblement infectieux.
Vêtements de protection
Les exigences applicables au niveau de confinement 2 pour l'équipement et les vêtements de protection individuelle décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité doivent être respectées. L'équipement de protection individuelle peut inclure l'utilisation d'un sarrau de laboratoire et de chaussures spécialisées (par exemple, des bottes, des chaussures) ou de chaussures de protection supplémentaires (par exemple, des couvre-bottes ou des couvre-chaussures) lorsque les sols peuvent être contaminés (par exemple, les box, les salles de nécropsie), des gants lorsque le contact direct de la peau avec des matériaux ou des animaux infectés est inévitable, et une protection oculaire lorsqu'il existe un risque connu ou potentiel d'exposition à des éclaboussures.
Remarque : Une évaluation locale des risques permettra de déterminer la protection appropriée pour les mains, les pieds, la tête, le corps, les yeux, le visage et les voies respiratoires. De plus, les exigences relatives à l'équipement de protection individuelle pour la zone de confinement et les activités de travail doivent être documentées.
Autres précautions
Une enceinte de sécurité biologique (ESB) ou autres dispositifs de confinement primaire doivent être utilisés pour les activités utilisant des récipients ouverts, en fonction des risques associés aux caractéristiques inhérentes de la matière réglementée, de la possibilité de produire des aérosols infectieux ou des toxines aérosolisées, de la manipulation de fortes concentrations de matières réglementées ou de la manipulation de grands volumes de matières réglementées.
Utilisation d'aiguilles et de seringues strictement limitée. Le pliage, le cisaillement, le rebouchage ou l'élimination d'aiguilles de seringues est à éviter, et, si nécessaire, à effectuer uniquement comme spécifié dans les procédures d'opération normalisées (PON). Des précautions supplémentaires sont requises pour les travaux comprenant des animaux ou des activités à grande échelle.
Pour les laboratoires de diagnostic qui manipulent des échantillons primaires provenant de patients susceptibles d'être infectés par le RVA, les ressources suivantes peuvent être consultées :
- Ligne directrice canadienne sur la biosécurité : Activités de diagnostic humain
- Lignes directrices canadiennes sur la biosécurité : Évaluation locale des risques
Section VIII - Manutention et entreposage
Déversements
Laisser les aérosols se déposer. Tout en portant de l'équipement de protection individuelle, couvrir doucement le déversement avec du papier absorbant et appliquer un désinfectant approprié, à partir du périmètre et en allant vers le centre. Permettre un contact suffisant avec le désinfectant avant le nettoyage (Guide canadien sur la biosécurité).
Élimination
Toutes les matières ou substances qui sont en contact avec les matières réglementées doivent être entièrement décontaminées avant d'être retirées de la zone de confinement ou des procédures d'opérations normalisées (PON) doivent être en place afin de déplacer ou de transporter les déchets en toute sécurité hors de la zone de confinement vers une zone de décontamination désignée ou une tierce partie. On peut y parvenir en utilisant des technologies et des procédés de décontamination qui se sont avérés efficaces contre les matières réglementées, comme les désinfectants chimiques, l'autoclavage, l'irradiation, l'incinération, un système de traitement des effluents ou la décontamination gazeuse (Guide canadien sur la biosécurité).
Entreposage
Les exigences applicables en matière de confinement de niveau 2 pour l'entreposage, décrites dans la Norme canadienne sur la biosécurité, doivent être respectées. Les contenants primaires de matières réglementées enlevés de la zone de confinement doivent être étiquetés, étanches aux fuites, résistants aux impacts et gardés soit dans des équipements d'entreposage verrouillés, soit dans une zone à accès limité.
Section IX - Renseignements sur la réglementation et autres
Renseignements sur la réglementation canadienne
Les activités contrôlées avec le RVA nécessitent un permis d'agent pathogène et de toxine délivré par l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC). Le RVA est un pathogène animal terrestre au Canada; par conséquent, son importation nécessite un permis d'importation en vertu du Règlement sur la santé des animaux (RSA). L'ASPC délivre un permis d'agent pathogène et de toxine qui inclut un permis d'agent pathogène humain et de toxine et un permis d'importation du RSA.
Voici une liste non exhaustive des désignations, règlements ou lois applicables :
- Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines
- Loi sur la santé des animaux et Règlement sur la santé des animaux
- Loi sur le transport des marchandises dangereuses et Règlement sur le transport des marchandises dangereuses
Dernière mise à jour
Mars 2024
Rédigé par
Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.
Mise en garde
L'information scientifique, opinions et recommandations contenues dans cette Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes ont été élaborées sur la base de ou compilées à partir de sources fiables disponibles au moment de la publication. Les dangers nouvellement découverts sont fréquents et ces informations peuvent ne pas être totalement à jour. Le gouvernement du Canada ne se tient pas responsable de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l'utilisation de ces renseignements.
Les personnes au Canada sont tenues de se conformer aux lois pertinentes, y compris les règlements, les lignes directrices et les normes applicables à l'importation, au transport et à l'utilisation d'agents pathogènes au Canada, établis par les autorités réglementaires compétentes, notamment l'Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l'Agence canadienne d'inspection des aliments, Environnement et Changement climatique Canada et Transports Canada. La classification des risques et les exigences réglementaires connexes mentionnées dans la présente Fiche technique santé-sécurité : agents pathogènes, telles que celles qui figurent dans la norme canadienne de biosécurité, peuvent être incomplètes et sont spécifiques au contexte canadien. D'autres juridictions auront leurs propres exigences.
Tous droits réservés © Agence de la santé publique du Canada, 2024, Canada
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