Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) : Design et méthodes

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Utilisation du séquençage du génome entier pour la prédiction de la résistance aux antimicrobiens pour Salmonella

Le PICRA passe de l'utilisation de la technique de microdilution en bouillon au séquençage du génome entier (SGE) pour la détermination de la résistance aux antimicrobiens (RAM). Avec le SGE, la RAM est prédite en fonction de la présence de gènes, par rapport à la technique de microdilution en bouillon, qui mesure la croissance des bactéries en présence de concentrations croissantes d'antimicrobiens. Les tests de validation effectués par le Laboratoire national de microbiologie ont révélé que la prédiction de la RAM à partir du SGE pour Salmonella est précise et fiable (Bharat et al., 2022).

Cette transition entraîne des changements dans la manière dont le PICRA rapporte la résistance de Salmonella à la ciprofloxacine. Avec la technique de microdilution en bouillon, les bactéries sont classées comme sensibles, intermédiaires ou résistantes, en fonction de la concentration la plus faible d'antimicrobien nécessaire pour inhiber leur croissance. Cependant, avec le SGE, les gènes de « résistance » à la ciprofloxacine ne permettent pas de faire la distinction entre « résistant » et « intermédiaire », et les résultats sont donc rapportés comme 1) « non sensible » (classification intermédiaire et résistante basée sur la présence de gènes de résistance) ou 2) « sensible » (basée sur l'absence de gènes de résistance).

Il est important de noter que le pourcentage de Salmonella  « non sensible » à la ciprofloxacine (déterminé à l'aide du SGE) peut être plus élevé que le pourcentage présenté dans les rapports précédents où le pourcentage de Salmonella  « résistantes » à la ciprofloxacine (déterminé à l'aide de la technique de microdilution en bouillon) a été rapporté (figure 1). À l'avenir, un volet de cette transition comprendra l'harmonisation des données du SGE avec les données obtenues précédemment par la technique de microdilution en bouillon pour comparer les tendances rapportées antérieurement avec les résultats actuels de la surveillance de la RAM.

Figure 1 - Équivalent textuel

Exemple comparant la publication de résultats obtenus par la technique de microdilution en bouillon par rapport aux résultats obtenus par le séquençage du génome entier.

Méthode	Résultats	Pourcentage d'isolats sensibles	Pourcentage d'isolats intermédiaires	Pourcentage d'isolats résistants
Microdilution en bouillon	Sensible	70	20	NA
	Résistant	NA	NA	10
Séquençage du génome entier	Susceptible	70	NA	NA
	Non sensible	NA	20	10
Ne s'applique pas : NA

Ouvrage cité :

Bharat A, Petkau A, Avery BP, Chen JC, Folster JP, Carson CA, Kearney A, Nadon C, Mabon P, Thiessen J, Alexander DC, Allen V, El Bailey S, Bekal S, German GJ, Haldane D, Hoang L, Chui L, Minion J, Zahariadis G, Domselaar GV, Reid-Smith RJ, Mulvey MR. Correlation between phenotypic and In Silico detection of antimicrobial resistance in Salmonella enterica in Canada using Staramr. Microorganisms. 2022;10(2):292 doi:10.3390/microorganisms10020292.

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Ce document décrit le design et les méthodes utilisés pour l'ensemble des composantes de surveillance de la résistance aux antimicrobiens et de l'utilisation des antimicrobiens pour une année de surveillance récente

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