SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 pour Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2)

Avis de biosécurité

29 février 2020*
*Date de publication originale le 27 janvier 2020

Résumé des changements récents :

  • Mise à jour du nom du nouveau coronavirus et de la maladie qu’il cause afin d’être représentatif de la nomenclature actuelle
  • Signalement à l’Agence canadienne de l’inspection des aliments (ACIA) si la maladie à coronavirus COVID-19 est observée chez des animaux
  • Des sections séparées pour les mesures recommandées en matière de biosécurité pour les activités de diagnostic et les exigences en matière de biosécurité pour les activités in vitro et in vivo

Le présent avis de biosécurité est émis par l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) en vue d’aider les laboratoires cliniques ainsi que ceux de diagnostic et de recherche à mettre en œuvre des procédures de biosécurité appropriées où sont manipulés des échantillons pouvant contenir le SARS-CoV-2 (précédemment désigné 2019-nCoV, le nouveau coronavirus originaire de la province de Hubei [Chine]). Le SARS-CoV-2 est responsable de l’épidémie de COVID-19 qui a débuté en Chine en décembre 2019. Le présent avis de biosécurité est fondé sur les données probantes scientifiques disponibles en date du 29 février 2020 et pourrait être sujet à des révisions et à des changements lorsque de nouveaux renseignements deviennent disponibles. Le SARS-CoV-2 a été classé comme agent pathogène humain du groupe de risque 3 (GR3) par le Centre de la biosûreté.

Ce document vise à appuyer les évaluations locales des risques (ELRs)Note de bas de page 1. Les laboratoires qui reçoivent des échantillons prélevés chez des patients faisant l’objet d’une enquête pour le COVID-19 doivent être conscients que la manipulation inappropriée de ces échantillons représente un risque d’exposition ou d’infection, pouvant ainsi mener à des conséquences graves pour la santé du personnel et celle de la communauté.

Renseignements généraux

Les premiers signalements de COVID-19 ont eu lieu dans la province de Hubei (Chine) en décembre 2019Note de bas de page 2. Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 a été identifié comme étant l’agent responsable et sa séquence génétique est accessible au public pour permettre la mise au point de tests de diagnostic et appuyer les recherches pour développer un vaccinNote de bas de page 3,Note de bas de page 4. Les symptômes courants de COVID-19 chez les humains comprennent la fièvre et des symptômes respiratoires (p. ex. toux, essoufflement, difficulté à respirer)Note de bas de page 5. Dans des cas plus sévères, l’infection peut causer une pneumonie et peut mettre la vie en dangerNote de bas de page 6. Bien que de nombreux pays aient identifiés des cas de COVID-19 liés à des déplacements, il existe plusieurs cas de COVID-19 résultant d’une transmission interhumaine, comme peuvent en témoigner les cas chez des individus n’ayant pas voyagé dans la région affectéeNote de bas de page 7,Note de bas de page 8,Note de bas de page 9. Le site Web de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) offre des renseignements sur le nombre de cas confirmés.

Des études épidémiologiques ont associées plusieurs cas de COVID-19 au début de l’épidémie dans la province de Hubei (Chine) à un marché de fruits de mer et d’animaux vivants, ce qui indique que l’épidémie pourrait être d’origine zoonotiqueNote de bas de page 10. L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE [Office International des Épizooties]), qui offre des conseils aux autorités vétérinaires, indique que le SARS-CoV-2 est un agent pathogène émergent, et que, s’il est détecté chez un animal, cela doit être signalé à l’OIE à travers une autorité vétérinaire nationale, qui au Canada, se trouve à être l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA)Note de bas de page 11. L’ACIA demande à ce que les gens les contactent immédiatement si le COVID-19 est observé chez un animal. Si de nouveaux renseignements entraînent une classification de SARS-CoV-2 comme agent zoopathogène émergent, cet avis sera mis à jour afin d’inclure des éléments de la réglementation de l’ACIA. Entre-temps, le contrôle des activités avec le SARS-CoV-2 demeure sous l’autorité de l’ASPC.

Recommandations générales pour les activités de diagnostic

Un agent pathogène (p. ex. SARS-CoV-2) dans un échantillon primaire (c.-à-d. dans son environnement naturel) est exclu de la Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines (LAPHT) et n’est donc pas réglementé par l’ASPC, tant que l’agent pathogène n’a pas été cultivé ou intentionnellement collecté ou extrait (p. ex. concentré, mis en culture). Les échantillons primaires contiennent généralement des concentrations plus faibles d’un agent pathogène que celles de cultures (c.-à-d. des pathogènes cultivés). Des exemples d’échantillons primaires comprennent des expectorations, du sang, du plasma, des fèces, et des tissus prélevés directement chez des patients. Les échantillons de diagnostic provenant d’animaux exposés naturellement (c.-à-d. ne résultant pas d’études in vivo) sont aussi considérés des échantillons primaires.

Les activités cliniques et celles de diagnostic avec des échantillons primaires n'impliquant pas la mise en culture, la collecte ou l'extraction (c.-à-d. l'isolement) de SARS-CoV-2 (p. ex. les études de biochimie clinique, l'analyse d'urine, les tests hématologiques et sérologiques, la fixation de tissus) ne sont pas réglementées par la LAPHT et il n'y a pas d’exigences auxquelles les installations doivent se conformer pour manipuler de tels échantillons. Il est tout de même recommandé que, au minimum, de bonnes pratiques microbiologique soient suivies dans les aires de travail où les échantillons primaires sont manipulésNote de bas de page 12. Des pratiques de routine et des précautions universelles sont également recommandées dans les laboratoires où des échantillons primaires pouvant contenir le SARS-CoV-2 sont manipulés.Note de bas de page 13

À mesure que plus de renseignements sur le SARS­-CoV-2 deviennent disponibles, il pourrait être déterminé qu’il existe un risque plus élevé avec certains types d'échantillons primaires ou certaines activités de diagnosticNote de bas de page 14. Afin de réduire les risques d'exposition, il est recommandé que les activités cliniques et celles de diagnostic avec des échantillons primaires pouvant entraîner l'extraction involontaire de virus vivants soient menées dans une installation qui répond aux recommandations en matière de biosécurité décrites dans le tableau 1.

Tableau 1 : Recommandations en matière de biosécurité pour les activités de diagnostic
Activités de diagnostic Minimum
recommandé

Activités de diagnostic sans mise en culture et qui ne résultent pas en la concentration ou l’extraction de SARS-CoV-2
Parmi ces activités figurent :

  • les études de chimie clinique, l’analyse de l’urine, et les analyses hématologiques et sérologiques (p. ex. analyses avec des plateformes automatisées);
  • l’examen visuel d’échantillons ou de tissus inactivés (p. ex. fixés à la formaline);
  • l’examen visuel de cultures bactériennes et fongiques;
  • le marquage (c.-à-d. la coloration) de routine et les analyses au microscope de frottis fixés chimiquement ou par la chaleur;
  • des tests avec des échantillons de virus inactivés;
  • la préparation d’échantillons pour leur emballage et leur distribution à des laboratoires de diagnostic pour des tests supplémentaires.
Pratiques de routine et Précautions universelles

Activités de diagnostic sans mise en culture qui peuvent involontairement concentrer ou isoler le SARS-CoV-2
Parmi ces activités figurent :

  • la concentration d’échantillons avant leur inactivation (p. ex. la centrifugation d’un échantillon de lavage bronchoalvéolaire);
  • la préparation d’échantillons pour une extraction d’acides nucléiques, une analyse moléculaire des acides nucléiques, et un dosage d’antigènes et d’anticorps.
NC2 Note de bas de page 1
Tableau 1 Note de bas de page 1

Niveau de confinement 2 (NC2) avec les recommandations additionnelles en matière de biosécurité dans le tableau 2.

Retour à la référence de la note de bas de page 1

Lorsque le SARS-CoV-2 risque d’être concentré ou extrait de manière involontaire durant des activités de diagnostic sans mise en culture, il est recommandé que les installations répondent aux exigences minimales applicables pour un NC2, tel qu’énoncées dans la Norme canadienne sur la biosécurité (NCB), et que les recommandations énoncées dans le tableau 2 soient mises en place. Les installations où les activités cliniques et de diagnostic avec des échantillons primaires ne posent aucun risque de concentrer ou d’isoler le SARS-CoV-2 peuvent aussi mettre en place les précautions recommandées dans le tableau 2 en fonction de leur ELR (c.-à-d. tel qu’effectué pour tout échantillon qui pourrait contenir un agent pathogène humain de GR3) pour les activités pouvant produire des aérosols (p. ex. la préparation de frottis pour l’analyse au microscope, l’inoculation de milieux de culture bactériens ou fongiques). Le tableau 2 fournit des précautions recommandées qui peuvent être mises en œuvre dans n’importe quelle aire de travail où sont menées des activités avec des échantillons primaires de patients faisant l’objet d’une enquête pour le COVID-19.

Tableau 2 : Recommandations additionnelles en matière de biosécurité

Les précautions recommandées pour les activités de diagnostic avec des échantillons primaires de patients faisant l’objet d’une enquête pour le COVID­-19

  • Un sarrau, des gants, et une protection oculaire sont portés lors de la manipulation d’échantillons primaires.
  • La centrifugation d’échantillons primaires doit être effectuée dans des godets de sécurité (ou des rotors) scellés, qui sont chargés/déchargés dans une enceinte de sécurité biologique (ESB) ou un autre dispositif de confinement primaire.
  • Une ESB certifiée, ou un autre dispositif de confinement primaire, est utilisée pour les procédures qui peuvent produire des aérosols infectieux (p. ex. pipetage [p. ex. ajout d’un tampon de lyse], préparation d’aliquotes, dilution d’échantillons, agitation au vortex).
  • Un appareil de protection respiratoire (qui procure un niveau de filtration de 95 % ou plus [p. ex. N95]) est porté lorsque des activités qui peuvent produire des aérosols ne peuvent être menées dans une ESB ou un autre dispositif de confinement.
  • Les échantillons qui sont manipulés à l’intérieur d’une ESB sont déplacés aux appareils d’analyse (p. ex. l’appareil pour une réaction en chaîne par polymérase [PCR]) dans un deuxième contenant (p. ex. fermé avec un joint étanche, des plaques fermées de manière étanches avec un ruban ou un film flexible).

Selon les données probantes scientifiques actuellement disponibles, les désinfectants chimiques qui sont efficaces contre les virus enveloppés sont appropriés pour décontaminer SARS-CoV-2 (c.-à-d. lorsqu’ils sont utilisés selon les instructions du manufacturier). Ces désinfectants efficaces comprennent l’hypochlorite de sodium (eau de Javel), une solution d’éthanol à 70 %, une solution de peroxyde d’hydrogène à 0.5 %, les composés d’ammonium quaternaire et les composés phénoliques. Il est possible que d’autres agents biocides soient moins efficaces (p. ex. une solution de chlorure de benzalkonium à 0.05-0.2 %, une solution de gluconate de chlorhexidine à 0.02 %)Note de bas de page 15.

Exigences en matière de biosécurité pour les activités in vitro et in vivo

Le tableau suivant résume les exigences minimales en matière de confinement qui sont appropriées pour les laboratoires où le SARS-CoV-2 est manipulé. À moins d’être exempté sous le Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines (RAPHT), toutes les activités in vitro et in vivo doivent être menées conformément à un permis délivré sous la LAPHT et dans une installation qui répond aux exigences minimales applicables pour un niveau de confinement 3 (NC3), tel qu’énoncées dans la NCBNote de bas de page 16. Les activités in vivo comprennent exposer expérimentalement un animal au SARS-CoV-2 et la manipulation qui s’ensuit de ces animaux et des échantillons prélevés d’eux dans un contexte de recherche.

Tableau 3 : Exigences canadiennes en matière de niveau de confinement pour le SARS-CoV-2
Type d’échantillon et activité Niveau de confinement minimal exigé

Activités in vitro sans mise en culture
Parmi ces activités figurent :

  • les procédures pour concentrer ou isoler de manière intentionnelle le SARS-CoV-2 à partir d’échantillons primaires prélevés chez un humain ou un animal (p. ex. ultracentrifugation d’un échantillon).
NC3

Activités de mise en culture in vitro
Parmi ces activités figurent :

  • la mise en culture d’échantillons (p. ex. culture du virus);
  • le travail préparatoire pour les activités in vivo;
  • la manipulation d’une culture (c.-à-d. cultivée ou multipliée suite à une mise en culture) dans laquelle la présence du SARS-CoV-2 est connue en vue de son emballage et de sa distribution à d’autres laboratoires.
NC3

Activités in vivo
Parmi ces activités figurent :

  • la préparation d’un inoculum;
  • l’inoculation d’animaux;
  • le prélèvement d’échantillons chez des animaux infectés expérimentalement.
NC3 Note de bas de page 1
Tableau 3 Note de bas de page 1

Les travaux dans les zones de confinement de petits animaux (zone PA) doivent répondre aux exigences de la colonne « NC3 » de la NCB et les travaux dans les zones de grands animaux (zone GA) doivent répondre aux exigences de la colonne « NC3-Ag » de la NCB.

Retour à la référence de la note de bas de page 1

Bon nombre des exigences de la NCB sont axées sur les risques et la performance, de sorte qu’elles sont déterminées en fonction de l’ELR menée. Étant donné les risques associés aux activités in vitro et in vivo avec le SARS-CoV-2, des mesures supplémentaires en matière de biosécurité peuvent être appropriées en NC3. Les installations doivent effectuer une ELR pour leurs activités planifiées avec le SARS-CoV-2 afin de déterminer les mesures d’atténuation des risques qui sont appropriées (NCB E4.1.8) et mettre à jour l’ELR et les mesures d’atténuation à fur et à mesure que de nouveaux renseignements deviennent disponibles.

Si de nouveaux renseignements entraînent un changement de la classification du groupe de risque ou la publication d’une directive en matière de biosécurité, cette information sera reflétée dans la base de données sur les groupes de risque ePATHogèneNote de bas de page 17.

Transport

Le transport des échantillons de SARS-CoV-2 doit se conformer au Règlement sur le transport des marchandises dangereuses, ce qui inclut les exigences d’emballage énoncées dans la norme CAN/CGSB-43.125.

Les échantillons de SARS-CoV-2 doivent être expédiées en tant que :

Pour plus de renseignements, veuillez communiquer avec Transports Canada à l’adresse TDG-TMD@tc.gc.ca ou TDGMOC-TMDContenants@tc.gc.ca, ou visitez le site Web de Transports Canada sur le transport de matières dangereuses ou le bulletin de Transport Canada sur l’expédition de substances infectieuses.

En cas d’urgence concernant des marchandises dangereuses, veuillez appeler CANUTEC au 1 888 CANUTEC (226-8832), au 613 996-6666 ou au *666 (pour les téléphones cellulaires).

Coordonnées

De plus amples renseignements en matière de biosécurité peuvent être obtenus :

Plus de renseignement sur les agents zoopathogènes émergents peuvent être obtenus :

Ressources

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

Gouvernement du Canada. (2018). Ligne directrice canadienne sur la biosécurité – Évaluation locale des risques. Disponible à l’adresse
https://www.canada.ca/fr/sante-publique/services/normes-lignes-directrices-canadiennes-biosecurite/directrices/lignes-directrices-canadiennes-biosecurite/document.html

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Note de bas de page 2

ProMED-mail. (2019). Undiagnosed pneumonia - China (HU) RFI.

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Note de bas de page 3

ProMED-mail. (2020d). Undiagnosed pneumonia - China (Hubei) (05) : Novel Coronavirus Identified.

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Note de bas de page 4

GenBank. (2020). Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome. Consulté le 20 janvier 2020 à l’adresse
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

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Note de bas de page 5

Organisation mondiale de la santé. (2020). Coronavirus. Consulté le 20 janvier 2020 à l’adresse
https://www.who.int/health-topics/coronavirus

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Note de bas de page 6

Organisation mondiale de la santé. (2020). Coronavirus. Consulté le 20 janvier 2020 à l’adresse
https://www.who.int/health-topics/coronavirus

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Note de bas de page 7

Organisation mondiale de la santé. (2020). Novel Coronavirus – Republic of Korea (ex-China). Consulté le 21 janvier 2020 à l’adresse
https://www.who.int/csr/don/21-january-2020-novel-coronavirus-republic-of-korea-ex-china/en/

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Note de bas de page 8

Organisation mondiale de la santé. (2020). Novel Coronavirus (2019-nCoV) situation reports. Consulté le 29 janvier 2020 à l’adresse
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

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Note de bas de page 9

Organisation mondiale de la santé. (2020). Novel Coronavirus. Consulté le 20 janvier 2020 à l’adresse
https://www.who.int/westernpacific/emergencies/novel-coronavirus

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Note de bas de page 10

Li, Q., Guan, X., Wu, P., Wang, X., Zhou, L., Tong, Y., et al. (2020). Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected Pneumonia. The New England journal of medicine, doi: 10.1056/NEJMoa2001316. (avant publication)

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Note de bas de page 11

Organisation mondiale de la santé animale. (2020). Questions et réponses sur la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Consulté le 11 février 2020 à l’adresse
https://www.oie.int/fr/expertise-scientifique/informations-specifiques-et-recommandations/questions-et-reponses-sur-le-nouveau-coronavirus2019/

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Note de bas de page 12

Society for General Microbiology. (2014). Good microbiological laboratory practice. Consulté le 27 février 2020 à l’adresse
http://www.microbiologyonline.org.uk/teachers/safety-information/good-microbiological-laboratory-practice

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Note de bas de page 13

Gouvernement du Canada. (2016). Guide canadien sur la biosécurité (2e éd.). Ottawa, ON, Canada : Gouvernement du Canada. Disponible à l’adresse
https://www.canada.ca/fr/sante-publique/services/normes-lignes-directrices-canadiennes-biosecurite/guide-deuxieme-edition.html

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Note de bas de page 14

Organisation mondiale de la santé. (2020). Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases. Consulté le 17 février 2020 à l’adresse
https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-in-suspected-human-cases-20200117

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Note de bas de page 15

Organisation mondiale de la santé. (2020). Laboratory biosafety guidance related to the novel coronavirus (2019-nCoV). Consulté le 27 février 2020 à l’adresse
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/laboratory-biosafety-novel-coronavirus-version-1-1.pdf?sfvrsn=912a9847_2

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Note de bas de page 16

Gouvernement du Canada. (2015). Norme canadienne sur la biosécurité (2e éd.). Ottawa, ON, Canada : Gouvernement du Canada. Disponible à l’adresse
https://www.canada.ca/fr/sante-publique/services/normes-lignes-directrices-canadiennes-biosecurite/deuxieme-edition.html

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Note de bas de page 17

Gouvernement du Canada. ePATHogen - la base de données sur les groupes de risque. Disponible à l’adresse
https://health.canada.ca/fr/epathogene

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