Préambule : Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) 2008

Préambule

Au sujet du PICRA

Le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) a été mis sur pied en 2002. Ce programme national est axé sur la collecte, l'intégration, l'analyse et la communication des variations observées, à l'échelle canadienne, relativement à l'utilisation des antimicrobiens et à la résistance de certaines bactéries détectées chez des humains, des animaux et dans certaines denrées d'origine animale. Ces renseignements permettent (i) la création de politiques basées sur des données probantes relatives à l'utilisation des antimicrobiens dans les hôpitaux, la communauté et en production animale, afin de prolonger l'efficacité de ces médicaments, ainsi que (ii) de prendre les mesures appropriées pour freiner l'apparition et la propagation des bactéries résistantes chez les animaux et les humains et dans les aliments. La présente publication constitue le 7^e rapport annuel du PICRA publié par le gouvernement du Canada sous la supervision de l'Agence de la santé publique du Canada.

Objectifs du PICRA

• Offrir une démarche concertée en matière de surveillance de l'évolution de la résistance aux antimicrobiens et de l'utilisation de ces derniers chez les humains et les animaux.
• Diffuser les résultats en temps opportun.
• Générer des données afin de faciliter l'évaluation des répercussions sur la santé publique de l'utilisation des antimicrobiens chez les humains et dans le secteur agricole.
• Fournir des données permettant des comparaisons précises avec les données d'autres pays qui ont recours à des systèmes de surveillance semblables.

Activités du PICRA en 2008

En 2008, le PICRA comportait 2 composantes passives et 3 composantes actives de surveillance aux antimicrobiens, de même qu'un volet de surveillance de l'utilisation des antimicrobiens chez les humains et les animaux (figure 1).

Surveillance de la résistance aux antimicrobiens

• La Surveillance des isolats cliniques humains consiste en une surveillance passive d'isolats cliniques humains de Salmonella dans les provinces et les territoires et fait appel à la participation de tous les laboratoires provinciaux de santé publique au pays.
• La Surveillance de la viande vendue au détail consiste à prélever des échantillons et à évaluer la sensibilité aux antimicrobiens d'Escherichia coli ^{Note 4}, d'Enterococcus, de Salmonella et de Campylobacter dans la viande de poulet vendue au détail et d'E. coli dans le bœuf ainsi que de Salmonella et E. coli dans la viande de porc provenant de la Colombie-Britannique, de la Saskatchewan, de l'Ontario, du Québec et de la région des Maritimes (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse et Île-du-Prince-Édouard). Des isolats de Campylobacter et d'Enterococcus provenant de viande de poulet vendue au détail dans la région des Maritimes ont fait l'objet de tests de sensibilité aux antimicrobiens. Ces derniers résultats ne sont toutefois pas présentés dans ce rapport en raison de problèmes liés à l'harmonisation des méthodes de laboratoire au cours de l'année 2008.
• La Surveillance en abattoir consiste à prélever des échantillons de contenu caecal et à évaluer la sensibilité aux antimicrobiens d'isolats de Salmonella et d'E. coli générique provenant de poulets et de porcs sains ainsi que d'isolats de Campylobacter et d'E. coli provenant de bovins de boucherie sains au pays.
• La Surveillance à la ferme porte sur des troupeaux porcins provenant des cinq principales provinces productrices de porcs (Alberta, Saskatchewan, Manitoba, Ontario et Québec). Le concept de ferme sentinelle a été utilisé pour le prélèvement d'échantillons composites de matières fécales provenant de porcs et le recouvrement d'isolats d'E. coli, d'Enterococcus et de Salmonella pour les tests de sensibilité aux antimicrobiens.
• La Surveillance des isolats cliniques animaux consiste en une surveillance passive d'isolats cliniques animaux de Salmonella provenant de plusieurs provinces. Les échantillons ont été initialement soumis par les vétérinaires ou les producteurs aux laboratoires locaux ou provinciaux. Ces soumissions pouvaient provenir à l'occasion d'échantillons de moulée, d'échantillons prélevés dans l'environnement des animaux ou auprès d'animaux en santé provenant du même troupeau. Les échantillons de bovins provenaient soit de bovins laitiers, de bovins de boucherie ou d'élevages de veaux. Les échantillons de poulets pouvaient quant à eux provenir soit de poules pondeuses ou de poulets à griller.
• Les isolats de Salmonella détectés dans le cadre du volet Aliments ou ingrédients pour animaux ont été recueillis dans le cadre des programmes de surveillance du gouvernement et de l'industrie ainsi que dans le cadre de la surveillance passive.

Surveillance de l'utilisation des antimicrobiens

• Le rapport présente des données de 2000 à 2008 sur l'utilisation des antimicrobiens chez les humains qui proviennent de l'ensemble des données du Canadian CompuScript et sont fournis par l'Intercontinental Medical Statistics Health. Cet ensemble de données contient des informations sur les ordonnances délivrées par les pharmacies de détail au Canada.
• Les données sur la surveillance de l'utilisation des antimicrobiens ont été recueillies auprès de troupeaux porcins dans le cadre de la composante Surveillance à la ferme du PICRA au moyen de questionnaires remplis par les vétérinaires et les propriétaires ou exploitants des troupeaux. Les questionnaires ont permis de rassembler des informations sur l'utilisation des antimicrobiens (ajoutés à l'eau, aux aliments ou administrés par injection) au sein de chacun des troupeaux, ainsi que sur le statut sanitaire des troupeaux et sur les caractéristiques des exploitations.
• Les données sur la surveillance de l'utilisation des antimicrobiens chez les animaux portent sur les années 2006 à 2008. Elles proviennent de l'Institut canadien en santé animale et elles ont été analysées par Impact Vet. Elles sont exprimées en kilogrammes d'antimicrobiens distribués par les entreprises canadiennes pour administration chez les animaux destinés à l'alimentation humaine, les animaux utilisés dans les sports, les animaux de compagnie et les poissons.

Figure 1. Diagramme des composantes de la surveillance du PICRA en 2008.

Tableau 1. - Cliquez pour agrandir

Nouveautés du rapport 2008

Modifications apportées au PICRA

• La composante de la Surveillance de la viande vendue au détail a été mise en place dans la région des Maritimes en septembre 2008.

Changements apportés à la méthodologie

• Une méthode de détection de Campylobacter, plus précise que la précédente, a été adoptée pour les cultures bactériennes d'échantillons de contenu caecal provenant de bovins de boucherie en abattoir.
• Une nouvelle valeur seuil de résistance à la ceftriaxone de 4 µg/mL (Clinical and Laboratory Standards Institute [CLSI] M100-S20) a été adoptée pour le traitement des données finales 2008 de Salmonella et E. coli ainsi que des données historiques. L'ancienne valeur seuil était de 64 µg/mL. Ce changement a eu pour effet de hausser le nombre d'isolats résistants à la ceftriaxone à des niveaux maintenant semblables à ceux de la résistance au ceftiofur. Les résultats sur la sensibilité intermédiaire à la ceftriaxone ne sont donc plus présentés dans le rapport.
• Depuis la publication du rapport préliminaire 2008 du PICRA, une version révisée (en avril 2009) du système de classification de la Direction des médicaments vétérinaires (DMV) de Santé Canada a été adoptée. Ce changement a entraîné la reclassification de la quinupristine-dalfopristine à titre d'antimicrobien de la Catégorie II (importance haute en médecine humaine) au lieu d'appartenir à la Catégorie I (très haute importance en médecine humaine) dans le cas de tous les isolats d'Enteroccoccus.

Rapport périodique

• Les résultats sur la résistance aux antimicrobiens observée parmi les isolats de Salmonella reçus de 2003 à 2008 et provenant de viande de porc sont présentés dans ce rapport.

Notes importantes

Classification des antimicrobiens

• Classification selon l'importance en médecine humaine: les antimicrobiens ont été classifiés en fonction de leur importance en médecine humaine conformément au système de classification de la DMV, de Santé Canada (catégories révisées en avril 2009; annexe A). Une attention particulière a été accordée à tous les antimicrobiens de la Catégorie I (très haute importance en médecine humaine) dans ce rapport : amoxicilline-acide clavulanique, ceftiofurNote 5, ceftriaxone, ciprofloxacine, daptomycine, linézolide, télithromycine et vancomycine. Les antimicrobiens sont généralement énumérés d'abord selon cette classification et en ordre alphabétique par la suite.
• Système ATC : dans le cas des données sur l'utilisation des antimicrobiens chez les humains, les antimicrobiens ont été regroupés selon le Système de classification anatomique, thérapeutique, chimique^{Note 6} en plus de la classification en fonction de leur importance en médecine humaine.
• Classe regroupée de l'Institut canadien de la santé animale : les données sur la distribution de l'utilisation des antimicrobiens chez les animaux ont été fournies au PICRA par l'Institut canadien de la santé animale sous la forme de classes regroupées, telles que présentées dans ce rapport.

Expressions et notes particulières relatives à certains antimicrobiens

• « Sensibilité réduite »: la sensibilité réduite à la ciprofloxacine^{Note 7} est soulignée dans ce rapport. Elle désigne des valeurs de concentration minimale inhibitrice (CMI)^{Note 8} situées entre 0,125 et 2 μg/mL pour Salmonella et E. coli.
• « Non sensible »: pour la daptomycine et le florfénicol, l'expression « non sensible » est utilisée au lieu de « résistant à », car la valeur seuil de la résistance à ces antimicrobiens n'est pas définie (annexe B).
• « Antimicrobiens sélectionnés »: dans les analyses des variations temporelles, les antimicrobiens à l'étude ont été sélectionnés pour représenter les différentes catégories structurelles d'antimicrobiens (pour la liste complète des critères d'exclusion, consulter l'annexe A). Dans les cas des isolats de Salmonella et d'E. coli, les antimicrobiens sélectionnés étaient l'ampicilline, le ceftiofur, la gentamicine, l'acide nalidixique, la streptomycine, la tétracycline et la triméthoprime-sulfaméthoxazole. Dans le cas des isolats de Campylobacter, les antimicrobiens sélectionnés étaient l'azithromycine, le florfénicol, la gentamicine, l'acide nalidixique et la tétracycline. Dans le cas des isolats d'Enterococcus, les antimicrobiens sélectionnés étaient la ciprofloxacine, l'érythromycine, la gentamicine, la quinupristine-dalfopristine, la streptomycine, la tétracycline et la tylosine. À noter que la présence de résistance à ces antimicrobiens ne signifie pas nécessairement que les isolats concernés présentent une résistance égale aux autres antimicrobiens de la même catégorie.
• La résistance à l'acide nalidixique (une quinolone) a été soulignée pour Salmonella et E. coli. Une attention particulière a en outre été accordée aux isolats qui démontraient de la sensibilité réduite ou de la résistance à la ciprofloxacine (ou les isolats présentant de la résistance à la ciprofloxacine, une fluoroquinolone), mais sans résistance à l'acide nalidixique⁹ . Ces derniers isolats peuvent présenter des déterminants de la résistance différents de ceux des isolats qui sont à la fois résistants à l'acide nalidixique et qui présentent de la sensibilité réduite ou de la résistance à la ciprofloxacine.
• La sensibilité réduite à la ciprofloxacine (ou la résistance à l'acide nalidixique) observée conjointement avec de la résistance à la ceftriaxone, une céphalosporine de troisième génération, ont également été soulignées pour Salmonella et E. coli.

Notes additionnelles

• Variations temporelles : de façon générale, les variations temporelles exprimées en pourcentage d'isolats résistants aux antimicrobiens sélectionnés ont été établies en comparant les résultats 2008 avec les résultats 2003 (l'année où la plupart des composantes de la surveillance du PICRA ont commencé) et ceux de l'année précédente (2007). Pour ce qui est de la surveillance au détail en Saskatchewan, la première année de surveillance était l'année 2005.
• Dans le cas des données sur la résistance au ceftiofur et à l'ampicilline et qui sont relatives aux isolats de S. Heidelberg et de E. coli provenant de poulets (abattoir et viande vendue au détail) et aux isolats de S. Heidelberg provenant d'humains, les années de comparaison étaient 2004 et 2006 en raison des modifications apportées à l'utilisation du ceftiofur au début de l'année 2005¹⁰ et en 2007 dans les couvoirs de poulets du Québec. Dans le cas de la viande de poulet vendue au détail, les comparaisons n'ont porté que sur les provinces de l'Ontario et du Québec.
• Les variations temporelles n'ont pas été évaluées dans le cadre de la Surveillance des isolats cliniques animaux et de la composante Aliments et ingrédients pour animaux, en raison de l'hétérogénéité de la surveillance passive d'une année à l'autre.
• Dans les analyses statistiques portant sur les variations temporelles exprimées en pourcentages d'isolats résistants à des antimicrobiens sélectionnés et sur les différences entre les provinces, on a utilisé la valeur P ≤ 0,05 pour signaler une différence significative entre les années et les provinces.
• À l'exception d'Enterococcus faecalis et d'E. faecium, les espèces d'Enterococcus détectées dans les échantillons prélevés dans le cadre du PICRA n'ont pas fait l'objet de procédés d'identification. Les espèces non identifiées d'entérocoques sont globalement désignées dans ce rapport par l'expression « autres Enterococcus spp. ». Toutefois, utilisé seul, le terme « Enterococcus » réfère à tous les entérocoques, y compris E. faecalis et E. faecium. De façon similaire, Campylobacter coli et C. jejuni sont les seules espèces de Campylobacter qui ont été identifiées; les espèces non identifiées sont globalement désignées par l'expression « autres Campylobacter spp. ». Utilisé seul, le terme « Campylobacter » désigne toutes les espèces de Campylobacter, y compris C. coli et C. jejuni.
• Les abréviations des antimicrobiens utilisées dans le présent rapport sont expliquées à l'annexe D.