Fiche Technique Santé-Sécurité : Agents Pathogènes – Virus Ebola

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FICHE TECHNIQUE SANTÉ-SÉCURITÉ: AGENTS PATHOGÈNES

SECTION I – AGENT INFECTIEUX

NOM : Virus Ebola

SYNONYME OU RENVOI : Fièvre hémorragique africaine, fièvre hémorragique Ebola (FHE, FH Ebola), filovirus, virus EBO (VEBO), virus Ebola-Zaïre (EBOZ), virus Ebola-Soudan (EBOS), virus Ebola-Côte d’Ivoire (EBOCI), virus Ebola Forêt de Taï (EBOFT), virus Ebola-Reston (EBOR, virus Reston), virus Ebola-Bundibugyo (EBOB) et maladie à virus Ebola Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 3 Note de bas de page 4.

CARACTÉRISTIQUES : Le virus Ebola, qui a été découvert en 1976, fait partie de la famille des Filoviridae (ses membres faisaient autrefois partie de la famille des Rhabdoviridae, mais ont été classés dans une famille distincte d’après leur structure génétique). Cinq espèces de virus Ebola ont été identifiées : le virus Ebola-Zaïre (EBOZ), identifié pour la première fois en 1976, qui est le plus virulent; le virus Ebola-Soudan (EBOS); le virus Ebola Forêt de Taï (anciennement désigné sous le nom de virus Ebola-Côte d’Ivoire); le virus Ebola-Reston (EBOR), originaire des Philippines; et le Ebola-Bundibugyo (EBOB), qui est l’espèce la plus récemment découverte (en 2008) Note de bas de page 1 Note de bas de page 3 Note de bas de page 5 Note de bas de page 6 Note de bas de page 7 .

Le virus Ebola est  un virus allongé et  filamenteux d’une longueur variant de 800 à 1 000 nm, mais pouvant atteindre 14 000 nm (en raison de la concatémérisation), et d’un diamètre constant de 80  nm Note de bas de page 2 Note de bas de page 5 Note de bas de page 8 Note de bas de page 9. Le virus possède une nucléocapside hélicoïdale (avec un axe central) de 20 à 30 nm de diamètre et est enveloppé d’une capside hélicoïdale de 40 à 50 nm de diamètre comportant des stries transversales de 5 nm Note de bas de page 2 Note de bas de page 5 Note de bas de page 8 Note de bas de page 9 Note de bas de page 10. Le fragment viral polymorphe peut avoir plusieurs formes distinctes (p. ex. en « 6 », en « U » ou circulaire) et est recouvert d’une membrane lipidique Note de bas de page 2 Note de bas de page 5. Chaque virion renferme une molécule d’ARN monocaténaire, non segmenté, à polarité négative Note de bas de page 5 Note de bas de page 11.

SECTION II – DÉTERMINATION DU RISQUE

PATHOGÉNICITÉ ET TOXICITÉ : Les virions pénètrent dans les cellules hôtes par endocytose et se répliquent dans le cytoplasme. Une fois l’hôte infecté, le virus affecte son système de coagulation et son système immunitaire et provoque une grave immunodépression Note de bas de page 10 Note de bas de page 12. Les premiers signes de l’infection sont des symptômes non spécifiques et pseudogrippaux comme une fièvre, de l’asthénie, de la diarrhée, des céphalées, de la myalgie, de l’arthralgie, des vomissements et des douleurs abdominales Note de bas de page 13. Les symptômes initiaux moins fréquents incluent l’injection conjonctivale, les maux de gorge, les éruptions cutanées et les saignements. L’état de choc, l’œdème cérébral, les troubles de la coagulation et les infections bactériennes secondaires peuvent apparaître plus tard au cours de l’infection Note de bas de page 8. Des symptômes hémorragiques peuvent débuter 4 à 5 jours après l’infection et comprendre la conjonctivite hémorragique, la pharyngite, le saignement des gencives, l’ulcération de la bouche et des lèvres, l’hématémèse, le méléna, l’hématurie, l’épistaxis et les saignements vaginaux Note de bas de page 14. Les lésions hépatocellulaires, la dépression médullaire (comme la thrombocytopénie et la leucopénie), l’augmentation des taux de transaminases sériques et la protéinurie sont également possibles. Les personnes en phase terminale présentent habituellement une obnubilation, une anurie, un état de choc, une tachypnée, une normothermie faisant place à une hypothermie, une arthralgie et une maladie oculaire Note de bas de page 15. La diathèse hémorragique s’accompagne souvent de lésions hépatiques, d’insuffisance rénale, d’une atteinte du système nerveux central et d’un choc terminal avec défaillance multiviscérale Note de bas de page 1 Note de bas de page 2. Le contact avec le virus peut aussi entraîner des symptômes comme une maladie virale aiguë grave, une sensation de malaise et une éruption maculo-papuleuse. En général, les femmes enceintes perdent leur fœtus et ont des saignements importants Note de bas de page 2 Note de bas de page 16. Le taux de létalité varie de 50 à 100 %, et la plupart des cas meurent d’un choc hypovolémique et d’un syndrome de défaillance multiviscérale Note de bas de page 17.

La pathogénicité des diverses espèces du virus Ebola ne diffère pas considérablement dans le sens où elles ont toutes été associées à des éclosions de fièvre hémorragique chez l’humain (sauf dans le cas de la souche Reston) et les primates non humains. Les souches Ebola-Zaïre et Ebola-Soudan sont particulièrement réputées pour leur virulence, les taux de létalité pouvant atteindre 90 %Note de bas de page 18 . Les souches moins virulentes sont le virus Ebola Forêt de Taï et le virus Ebola-Bundibugyo, découvert plus récemment, qui a été associé à une seule éclosion, en OugandaNote de bas de page 6 Note de bas de page 7 . Le virus Ebola-Bundibugyo était à l’origine de l’éclosion à Isiro, en République démocratique du Congo, en 2012. Le virus Ebola-Reston a été isolé chez des macaques de Buffon aux Philippines, en 1989; il est moins pathogène chez les primates non humains. Le virus Ebola-Reston semble être non pathogène chez l’humain; ses effets déclarés sur la santé se limitent à des signes sérologiques indiquant une exposition chez 4 travailleurs ayant manipulé des primates non humains infectésNote de bas de page 19 .

ÉPIDÉMIOLOGIE : Le virus frappe principalement les régions voisines des forêts tropicales humides d’Afrique équatoriale Note de bas de page 10, à l’exception de la souche Reston, qui est originaire des Philippines Note de bas de page 7. Aucun facteur de prédisposition à l’infection n’a été décelé parmi les personnes infectées.

La plus importante éclosion de virus Ebola connue à ce jour a commencé en mars 2014. Les premiers cas ont été déclarés en Guinée, puis d’autres ont suivi dans les régions avoisinantes (Libéria, Sierra Leone, Nigéria). Une nouvelle souche de l’espèce EBOZ a été identifiée comme agent causal de l’éclosion Note de bas de page 16 Note de bas de page 21 Note de bas de page 22.

GAMME D’HÔTES : L’humain, diverses espèces de singes (chimpanzé, gorille, babouin) et les duikers sont des hôtes naturels du virus Ebola Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 5 Note de bas de page 22 Note de bas de page 23 Note de bas de page 24 Note de bas de page 25 Note de bas de page 26 Note de bas de page 27 Note de bas de page 28 Note de bas de page 29 Note de bas de page 30 Note de bas de page 31. Des signes sérologiques de marqueurs de l’immunité contre le virus ayant été observés dans des échantillons de sérum de chiens domestiques laissent croire qu’une infection asymptomatique est possible, probablement à la suite d’une exposition à des humains infectés ou à des charognes d’animaux Note de bas de page 32 Note de bas de page 33. Le génome du virus Ebola a récemment été découvert chez deux espèces de rongeurs et une espèce de musaraigne vivant à la lisière des forêts, ce qui évoque la possibilité que ces animaux soient des hôtes intermédiaires Note de bas de page 34. Dans les études expérimentales sur le virus ayant été réalisées au moyen de modèles de souris, de porc, de cobaye et de hamster, le virus Ebola de type sauvage avait une pathogénicité limitée Note de bas de page 35 Note de bas de page 36.

Les chauves-souris sont considérées comme un réservoir potentiel du virus. Des signes sérologiques d’infection par le virus Ebola (c.-à-d. détection d’anticorps dirigés contre le VEBO, l’EBOZ et/ou l’EBOR) ont été observés chez des chauves-souris roussettes recueillies dans des zones boisées et forestières près du Ghana et du Gabon et, à un degré moindre, chez des chauves-souris recueillies dans la Chine continentale et au Bangladesh Note de bas de page 37 Note de bas de page 38 Note de bas de page 39 Note de bas de page 40.

DOSE INFECTIEUSE : Les fièvres hémorragiques virales ont une dose infectieuse de 1 à 10 organismes aérosolisés chez les primates non humains Note de bas de page 41.

MODE DE TRANSMISSION : Dans le contexte d’une éclosion, l’hypothèse est que le premier patient contracte l’infection après un contact avec un animal infectéNote de bas de page 22 . La contamination de personne à personne se fait par contact direct étroit avec une personne infectée ou ses liquides organiques pendant les derniers stades de l’infection ou après le décèsNote de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 22 Note de bas de page 42 . Les infections nosocomiales peuvent se produire par contact avec des liquides organiques infectés, par exemple à la suite de la réutilisation de seringues, d’aiguilles ou d’autres instruments médicaux contaminés par ces liquidesNote de bas de page 1 Note de bas de page 2. L’humain peut contracter l’infection en manipulant des primates non humains malades ou morts; il est aussi exposé à un risque lorsqu’il manipule le corps de personnes décédées en préparation pour leurs funérailles Note de bas de page 2  Note de bas de page 10 Note de bas de page 43 .

En laboratoire, des primates non humains ont été infectés à la suite d’une exposition à des particules aérosolisées du virus provenant du porc, mais une transmission par voie aérienne n’a pas été démontrée entre primates non humains Note de bas de page 1 Note de bas de page 10 Note de bas de page 15 Note de bas de page 44 Note de bas de page 45.  Des porcs ont excrété le virus dans leurs sécrétions nasopharyngées et leurs selles après une inoculation expérimentale Note de bas de page 29 Note de bas de page 30.

PÉRIODE D’INCUBATION : De 2 à 21 jours Note de bas de page 1 Note de bas de page 15 Note de bas de page 17.

TRANSMISSIBILITÉ : La maladie est transmissible tant que le sang, les liquides corporels ou les organes contiennent le virus. Le virus Ebola a été isolé dans le sperme de 61 à 82 jours après l’apparition de la maladie, et sa transmission par le sperme s’est produite 7 semaines après le rétablissement clinique du patient Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 59 Note de bas de page 60.

SECTION III - DISSÉMINATION

RÉSERVOIR : Le réservoir naturel du virus Ebola est inconnu Note de bas de page 1 Note de bas de page 2. Des anticorps contre le virus ont été détectés dans le sérum de cobayes domestiques et de rongeurs sauvages, en l’absence de corrélation avec une transmission chez l’humain Note de bas de page 34 Note de bas de page 47. Des anticorps sériques et de l’ARN viral ont été observés chez certaines espèces de chauves-souris, ce qui laisse croire que les chauves-souris pourraient constituer un réservoir naturel Note de bas de page 37 Note de bas de page 38 Note de bas de page 39 Note de bas de page 40.

ZOONOSE : Une transmission zoonotique est suspectée Note de bas de page 2 Note de bas de page 22 Note de bas de page 37.

VECTEURS : Inconnus.

SECTION IV - VIABILITÉ ET STABILITÉ

Toute l’information dont on dispose sur la viabilité et la stabilité est tirée d’articles évalués par des pairs décrivant des résultats expérimentaux et vise à appuyer la réalisation d’évaluations locales des risques en laboratoire.

SENSIBILITÉ AUX MÉDICAMENTS :Inconnue. Des essais cliniques ont été menés, mais aucun vaccin n’a été approuvé pour le traitement de l’infection à virus Ebola. Par ailleurs, aucune mesure post-exposition ne s’est révélée efficace contre l’infection à virus Ebola chez l’humain, bien que l’on ait mené plusieurs études chez des animaux pour déterminer l’efficacité de divers traitements.

RÉSISTANCE AUX MÉDICAMENTS : Il n’existe pas de traitement antiviral connu contre l’infection chez l’humain.

SENSIBILITÉ AUX DÉSINFECTANTS : Le virus Ebola est sensible à l’acide acétique à 3 %, au glutaraldéhyde à 1 %, aux produits à base d’alcool, à des dilutions  d’eau de Javel (hypochlorite de sodium) à 5.25% (1:10 à 1:100 pendant ≥ 10 minutes), et à l’hypochlorite de calcium (poudre de blanchiment) Note de bas de page 48 Note de bas de page 49 Note de bas de page 50 Note de bas de page 62 Note de bas de page 63. Selon les recommandations de l’OMS concernant le nettoyage des déversements de sang ou de liquides corporels, lorsque les surfaces contaminées peuvent tolérer un contact avec de puissants agents de blanchiment (comme les surfaces en ciment ou en métal), il faut les mouiller abondamment avec une solution d’eau de Javel à 5,25 % diluée à 1:10 et laisser agir 10 minutes Note de bas de page 62. Lorsque les surfaces contaminées sont sujettes à la corrosion ou à une décoloration, il est recommandé de les nettoyer soigneusement pour enlever les taches visibles, puis d’appliquer une solution d’eau de Javel à 5,25 % diluée à 1:100 et de la laisser agir pendant plus de 10 minutes.

INACTIVATION PHYSIQUE : Le virus Ebola est moyennement thermolabile et peut être inactivé par chauffage pendant 30 à 60 minutes à 60 °C, par ébullition pendant 5 minutes, ou par irradiation gamma (1,2 x 106 rad à 1,27 x 106 rad) en association avec du glutaraldéhyde à 1 % Note de bas de page 10 Note de bas de page 48 Note de bas de page 50. Le virus Ebola est également moyennement sensible au rayonnement UVC Note de bas de page 51.

SURVIE À L'EXTÉRIEUR DE L'HÔTE : Les filovirus peuvent survivre pendant des semaines dans le sang, et ils peuvent également survivre sur des surfaces contaminées, notamment à basse température (4 °C)Note de bas de page 52 Note de bas de page 61 . Dans une étude, il s’est avéré impossible de récupérer le virus Ebola sur des surfaces contaminées expérimentalement (plastique, métal ou verre) à température ambiante Note de bas de page 61 . Dans une autre étude, on a constaté que, dans des liquides contaminés qui sèchent sur du verre, du caoutchouc de silicone ou un alliage d’aluminium peint, le virus Ebola peut survivre à la noirceur pendant plusieurs heures aux conditions ambiantes (température de 20 °C à 25 °C et humidité relative de 30 % à 40 %) (la quantité de virus a diminué à 37 % après 15,4 heures); le virus Ebola est toutefois moins stable que certains autres virus causant une fièvre hémorragique (virus Lassa)Note de bas de page 53 . Dans un milieu de culture tissulaire que l’on a laissé sécher sur du verre et que l’on a entreposé à 4 °C, le virus Ebola-Zaïre a survécu pendant plus de 50 joursNote de bas de page 61 . Cette information est tirée de travaux de nature expérimentale et n’est donc pas fondée sur des observations réalisées dans des conditions naturelles. Cette information vise à appuyer la réalisation d’évaluations locales des risques en laboratoire.

Selon une étude portant sur la transmission du virus Ebola à partir de vecteurs passifs dans une salle d’isolement, le risque de transmission est faible lorsque les recommandations en matière de prévention des infections s’appliquant aux fièvres hémorragiques virales sont respectées Note de bas de page 64. Les protocoles de prévention des infections comprenaient la décontamination quotidienne des planchers avec une solution d’eau de Javel à 0,5 % et la décontamination des surfaces visiblement contaminées avec une solution d’eau de Javel à 0,05 %, au besoin.

SECTION V - PREMIERS SOINS ET ASPECTS MÉDICAUX

SURVEILLANCE : Un diagnostic formel peut être rapidement posé dans un laboratoire adéquatement équipé à l’aide de plusieurs techniques, dont la RT‑PCR pour détecter l’ARN viral, la méthode ELISA pour détecter les anticorps anti‑Ebola ou les antigènes viraux, l’immunoélectromicroscopie pour détecter les particules de virus Ebola dans les tissus et les cellules, et l’immunofluorescence indirecte pour détecter les anticorps antiviraux Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 14 Note de bas de page 41. Il convient de souligner qu’il est impossible de distinguer morphologiquement le virus de Marburg du virus Ebola et que la surveillance du virus Ebola en laboratoire est extrêmement dangereuse Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 14 Note de bas de page 54. Pour obtenir de plus amples renseignements, consulter les lignes directrices provisoires en matière de biosécurité à l’intention des laboratoires manipulant des échantillons prélevés chez des cas suspects d’infection à virus Ebola.

Remarque : Les méthodes de diagnostic ne sont pas nécessairement toutes disponibles dans tous les pays

PREMIERS SOINS ET TRAITEMENT : Il n’existe pas de traitement antiviral efficace Note de bas de page 27 Note de bas de page 37. On administre plutôt un traitement de soutien visant à maintenir les fonctions viscérales et l’équilibre électrolytique et à combattre l’hémorragie et l’état de choc Note de bas de page 22 Note de bas de page 55.

IMMUNISATION : Aucune Note de bas de page 27.

PROPHYLAXIE : Aucune. La prise en charge de l’infection à virus Ebola est basée uniquement sur l’isolement et les soins en isolement, associés au traitement des symptômes et au traitement de soutien Note de bas de page 8.

SECTION VI- DANGERS POUR LE PERSONNEL DE LABORATOIRE

INFECTIONS CONTRACTÉES EN LABORATOIRE : Un cas quasi mortel est survenu à la suite d’une minuscule piqûre au doigt dans un laboratoire anglais (1976)Note de bas de page 56 . Un zoologiste suisse a contracté l’infection à virus Ebola après avoir effectué l’autopsie d’un chimpanzé en 1994Note de bas de page 2 Note de bas de page 57 . En 2009, en Allemagne, une chercheuse de laboratoire s’est piquée avec une aiguille qu’elle venait tout juste d’utiliser sur une souris infectée par le virus Ebola; l’infection ne s’est toutefois pas déclarée chez la chercheuse. D’autres incidents ont été répertoriés aux É.-U. en 2004, et un cas mortel est survenu en Russie en 2004Note de bas de page 8 .

SOURCES ET ÉCHANTILLONS : Sang, sérum, urine, sécrétions des voies respiratoires et de la gorge, sperme et organes, ou leurs homogénats provenant d’hôtes humains ou animaux Note de bas de page 1 Note de bas de page 2 Note de bas de page 53. Les hôtes humains ou animaux, y compris les primates non humains, peuvent aussi constituer une source d’infection Note de bas de page 54.

DANGERS PRIMAIRES : Inoculation parentérale accidentelle, exposition respiratoire à des aérosols ou à des gouttelettes infectieuses ou contact direct avec une muqueuse ou la peau Note de bas de page 54.

DANGERS PARTICULIERS : Le fait de travailler avec des primates non humains ou des rongeurs infectés (ou avec leurs carcasses infectées) ou le fait d’y être exposé constitue un risque d’infection pour l’humain Note de bas de page 54.

SECTION VII - CONTRÔLE DE L’EXPOSITION ET PROTECTION PERSONNELLE

CLASSIFICATION PAR GROUPE DE RISQUE : Groupe de risque 4 Note de bas de page 58.

EXIGENCES DE CONFINEMENT : Installations, équipement et pratiques opérationnelles de niveau de confinement 4 pour le travail avec des matières, cultures ou animaux infectieux ou potentiellement infectieux. Pour obtenir de plus amples renseignements, consulter les lignes directrices provisoires en matière de biosécurité à l’intention des laboratoires manipulant des échantillons prélevés chez des cas suspects d’infection à virus Ebola.

VÊTEMENTS DE PROTECTION : Avant d’entrer dans le laboratoire, le personnel doit enlever sa tenue de ville, de même que sous‑vêtements et bijoux, pour ensuite enfiler des vêtements et des chaussures décidés aux travaux en laboratoire, ou enfiler un vêtement protecteur complet (c’est‑à‑dire qui couvre entièrement la tenue de ville). Une protection supplémentaire peut être portée par‑dessus les vêtements de laboratoire lors de la manipulation directe de matériel infectieux, comme blouse sans ouverture sur le devant ou s’attachant à l’arrière avec poignets serrés, des gants et une protection respiratoire. Dispositifs de protection des yeux s’imposent lorsqu’il y a un risque connu ou potentiel d’exposition à des éclaboussures.

AUTRES PRÉCAUTIONS : Toutes les activités avec des matières infectieuses devraient s’effectuer dans une enceinte de sécurité biologique (ESB), avec une combinaison à pression positive, ou dans une ESB de classe III. La centrifugation des matières infectées doit s’effectuer dans des enceintes scellées placées dans des réservoirs hermétiques ou des rotors qui sont vidés dans une ESB. Il faut examiner régulièrement l’intégrité des combinaisons à pression positive pour déceler la présence de possibles fuites. L’utilisation d’aiguilles, de seringues et d’autres objets tranchants devrait être strictement restreinte. Les plaies, coupures, égratignures et éraflures devraient être recouvertes d’un pansement résistant à l’eau. Des précautions additionnelles devraient être envisagées si l’on travaille avec des animaux.

SECTION VIII - MANUTENTION ET ENTREPOSAGE

DÉVERSEMENTS : Laisser les aérosols se poser et, tout en portant des vêtements de protection, couvrir délicatement le déversement avec des essuie-tout et appliquer un désinfectant adéquat, en commençant par le périmètre et en se rapprochant du centre. Laisser passer suffisamment de temps avant d’entreprendre le nettoyage.

ÉLIMINATION : Décontaminer toutes les matières à jeter provenant d’un laboratoire de confinement par stérilisation à la vapeur, désinfection chimique, incinération ou par des méthodes gazeuses. Sont considérés comme du matériel contaminé à la fois les déchets liquides et les déchets solides.

ENTREPOSAGE : Dans des contenants scellés, étanches, bien étiquetés et verrouillés, dans un laboratoire de confinement de niveau 4.

SECTION IX – INFORMATION SUR LA RÉGLEMENTATION ET AUTRES RENSEIGNEMENTS

INFORMATION SUR LA RÉGLEMENTATION : L’importation, le transport et l’utilisation d’agents pathogènes au Canada sont régis par de nombreux organismes de réglementation, dont l’Agence de la santé publique du Canada, Santé Canada, l’Agence canadienne d’inspection des aliments, Environnement Canada et Transports Canada. Il incombe aux utilisateurs de veiller à respecter tous les règlements et toutes les lois, lignes directrices et normes applicables.

DERNIÈRE MISE À JOUR : Août 2014

PRÉPARÉE PAR : Centre de la biosûreté, Agence de la santé publique du Canada.

Bien que les renseignements, opinions et recommandations présentés dans cette Fiche de renseignements proviennent de sources que nous jugeons fiables, nous ne nous rendons pas responsables de leur justesse, de leur caractère exhaustif ou de leur fiabilité, ni des pertes ou blessures pouvant résulter de l’utilisation de ces renseignements. Comme on découvre fréquemment de nouveaux dangers, il est possible que ces renseignements ne soient pas tout à fait à jour.

Tous droits réservés

© Agence de la santé publique du Canada, 2014

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