Section 3 : Lignes directrices canadiennes sur les infections transmissibles sexuellement – Diagnostic en laboratoire des infections transmissibles sexuellement

Le chapitre Diagnostic en laboratoire des infections transmissibles sexuellement contient les informations les plus récentes sur le prélèvement d’échantillons et le diagnostic en laboratoire des infections spécifiques. Il devrait être utilisé comme la référence pour toutes les recommandations sur le dépistage et analyses diagnostiques.

Section 3 - Diagnostic en laboratoire des infections transmissibles sexuellement

Revisé janvier 2018

Table des matières

Remerciements

Auteur principal

Max Chernesky, Ph. D

Membres du groupe de travail d'experts

  • Max Chernesky, Ph. D., professeur émérite, Université McMaster, St. Joseph's Healthcare, Hamilton (Ontario)
  • William A. Fisher, Ph. D, professeur distingué, Départements de psychologie et d'obstétrique et gynécologie, Université de Western Ontario, London (Ontario)
  • Margaret Gale-Rowe, M.D., MPH, directrice intérimaire, Division des lignes directrices professionnelles et des pratiques de santé publique, Agence de la santé publique du Canada, Ottawa (Ontario)
  • Annie-Claude Labbé, M.D., FRCPC, professeure agrégée, Département de microbiologie, infectiologie et immunologie, Faculté de médecine, Université de Montréal; Département des maladies infectieuses et de la microbiologie médicale, Hôpital Maisonneuve-Rosemont, Montréal (Québec)
  • Tim T.Y. Lau, Ph. D. pharm, FCSHP, spécialiste en pharmacothérapie, Maladies infectieuses et gérance des antimicrobiens, Sciences pharmaceutiques, Vancouver General Hospital; professeur agrégé de clinique, Faculté des sciences pharmaceutiques, Université de la Colombie-Britannique, Vancouver (Colombie-Britannique)
  • Ed Lee, MDCM, directeur médical, Hassle Free Clinic, Toronto (Ontario)
  • Irene Martin, B. Sc., chef, Unité des streptocoques et des ITS, Division de la bactériologie et des entéropathogènes, Laboratoire national de microbiologie, Agence de la santé publique du Canada, Winnipeg (Manitoba)
  • Gina Ogilvie, M.D., M. Sc., FCFP, DrPH, professeure, Faculté de médecine, Université de la Colombie-Britannique; chaire de recherche du Canada pour le contrôle mondial des cancers et autres maladies liés au VPH; chercheuse principale en santé publique, BC Centre for Disease Control; conseillère principale en recherche, BC Women's Hospital and Health Centre, Vancouver (Colombie-Britannique)
  • Ron Read, M.D., Ph. D, FRCPC, professeur agrégé, Département de médecine, de microbiologie et d'infectiologie, Université de Calgary; consultant en maladies infectieuses, directeur médical provincial des ITS (Sud), STI Program, Alberta Health Services, Calgary (Alberta)
  • Joan Robinson, M.D., FRCPC, infectiologue pédiatrique, Université de l'Alberta et Stollery Children's Hospital, Edmonton (Alberta)
  • Barbara Romanowski, M.D., FRCPC, professeure clinique de médecine, Division des maladies infectieuses, Faculté de médecine et de médecine dentaire, Université de l'Alberta, Edmonton (Alberta)
  • Bill Ryan, M. Ed., MSS, professeur adjoint, École de service social, Université McGill; travailleur social et éducateur auprès des adultes, Institut pour la santé des minorités sexuelles, Montréal (Québec)
  • Ameeta Singh, BMBS, M. Sc., FRCPC, professeure de clinique, Division des maladies infectieuses, Département de médecine, Université de l'Alberta, Edmonton (Alberta)
  • Marc Steben, M.D., CCFP, FCFP, médecin-conseil, Unité des infections transmissibles sexuellement, Institut national de santé publique du Québec; directeur médical, Clinique A, Montréal (Québec)
  • Tom Wong, M.D., MPH, FRCPC, médecin en chef de la santé publique et directeur exécutif, Bureau de la santé de la population et de la santé publique, Direction de la santé de la population et des soins de santé primaires, Direction générale de la santé des Premières nations et des Inuits, Santé Canada, Ottawa (Ontario)
  • Mark H. Yudin, M.D., M. Sc., FRCSC, professeur agrégé, Université de Toronto, Département d'obstétrique, de gynécologie et des maladies infectieuses de l'appareil reproducteur, St. Michael's Hospital, Toronto (Ontario)

Examinateurs externes

L'Agence de la santé publique du Canada et le groupe de travail d'experts souhaitent remercier le Dr Todd Hatchette et la Dre Cathy Ison pour leur examen critique et leurs commentaires sur le présent chapitre.

Personnel du Centre de la lutte contre les maladies transmissibles et les infections ayant collaboré à la présente publication

Les ressources pour la rédaction, la révision et l'aide à la recherche ont été fournies par le Centre de la lutte contre les maladies transmissibles et les infections de l'Agence de la santé publique du Canada.

  • Ulrick Auguste, M.D., M.Sc.
  • Cathy Latham-Carmanico, I.A., B.Sc.Inf.
  • Julie Thériault, I.A., B.Sc.Inf., PGDip PH

Le présent document a pour objet d'offrir de l'information aux professionnels en santé publique et aux cliniciens et ne vise pas à remplacer les lois, les règlements, les politiques ni les exigences en matière de pratique établis par les provinces et territoires, non plus qu'il ne remplace les guides professionnels qui régissent la pratique des professionnels de la santé dans leur administration respective, qui peuvent varier en fonction du contexte et de l'épidémiologie locale.

Le présent chapitre donne des renseignements au sujet du prélèvement des échantillons, de leur transport et des analyses de laboratoire servant à diagnostiquer les infections transmissibles sexuellement (ITS). Il ne renferme pas de renseignements détaillés au sujet des nouveau-nés et des enfants; consulter les chapitres sur des infections spécifiques pour obtenir plus de détails au besoin.

Principes généraux

  • Dans la mesure du possible, les laboratoires devraient utiliser des tests approuvés par Santé Canada.
    • Si des tests commerciaux non approuvés ou des tests mis au point à l'interne sont utilisés, ils devraient faire l'objet d'une validation visant à déterminer leur rendement pour chaque infectionNote de bas de page 1.
    • Si des tests commerciaux approuvés sont utilisés pour des échantillons non approuvés (p. ex. test d'amplification des acides nucléiques [TAAN] pour un échantillon pharyngé ou rectal), une validation en laboratoire est requiseNote de bas de page 2.
    • Les dispositifs de prélèvement, les systèmes de transport et les types d'analyse peuvent varier selon l'agent recherché et les techniques employées par le laboratoire.
    • Si une trousse commerciale est utilisée, il faut s'assurer qu'elle n'est pas périmée et suivre les directives du fabricant.
    • Étant donné que les laboratoires diagnostiques n'effectuent pas tous les mêmes tests, il convient de communiquer avec votre laboratoire avant le prélèvement afin de déterminer les conditions cliniques et les types d'échantillons requis.
    • Pour obtenir plus de renseignements au sujet des exigences en matière de transport, du délai pour l'obtention des résultats ou de l'interprétation des résultats, communiquer avec votre laboratoire local.
  • Le diagnostic en laboratoire des ITS peut s'effectuer par divers moyens :
    • culture;
    • examen microscopique;
    • détection d'antigènes;
    • détection d'acides nucléiques, par hybridation des acides nucléiques ou TAAN;
    • sérologie.

Consulter la section Sensibilité, spécificité et valeurs prédictives ci-dessous pour plus d'information sur le rendement de ces tests.

Sensibilité, spécificité et valeurs prédictives

  • La sensibilité et la spécificité déterminent l'efficacité d'un test et ne dépendent pas de la prévalence de l'infection dans la population faisant l'objet de l'échantillonnageNote de bas de page a.
  • La sensibilité et la spécificité des différentes méthodes varient selon le type d'échantillon et le micro-organisme recherché.
    • Le TAAN est la méthode la plus sensible, alors que la culture est la méthode la plus spécifique.
    • La détection d'antigènes, l'hybridation d'acides nucléiques, la culture et l'examen microscopique sont moins sensibles, mais ils peuvent être utiles pour certains patients et certains types d'échantillons.
    • Les marqueurs substitutifs tels que les bandelettes de leucocyte-estérase, le pH, ou les amines pour les analyses au point de service, peuvent permettre une détection plus rapide dans certaines conditions, mais leur sensibilité et leur spécificité sont généralement faibles, ce qui limite leur utilité.
  • Les valeurs prédictives dépendent de la prévalence de l'infection dans la population et déterminent l'utilité d'un test dans cette population.
  • Par exemple, si un test dont la sensibilité est de 95 % et la spécificité de 97,2 % est utilisé dans une population (N = 2 000) où la prévalence de la maladie est de 10 %,
    • la valeur prédictive positiveNote de bas de page b est de 79,2 %, ce qui signifie que, dans environ 80 % des cas, les résultats positifs sont des vrais positifs et les autres sont des faux positifs;
    • la valeur prédictive négative est de 99,4 %, ce qui signifie que presque tous les résultats négatifs sont des vrais négatifs;
    • si la prévalence de la maladie chutait à 1 %, la valeur prédictive positive serait de 25,7 %, ce qui signifie que seulement le quart, environ, des résultats positifs seraient des vrais positifs; cependant, la valeur prédictive négative demeurerait élevée et inchangée (99,9 %).
  • Il est important de comprendre les valeurs prédictives lorsque des personnes en bonne santé subissent un test de dépistage (p. ex. dépistage prénatal) dans une région où la prévalence de l'infection est faible. Le risque de résultats faussement positifs relativement aux ITS est particulièrement important en raison des conséquences possibles de tels résultats pour les contacts et les relations et de leur incidence dans les cas présumés d'abus sexuel chez des enfants.

Recommandations habituelles concernant le prélèvement et le transport

  • Les agents pathogènes transmissibles sexuellement sont généralement exigeants et fragiles. La culture et le TAAN peuvent donner des résultats négatifs à moins que les échantillons soient conservés et transportés dans des conditions optimales.
    • Les cultures devraient être expédiées dans les 24 heures suivant le prélèvement.
    • La stabilité des échantillons destinés au TAAN dépend du type de trousse commerciale utilisée.
    • Consulter votre laboratoire local pour connaître les conditions de conservation et de transport.
  • Porter l'équipement de protection individuelle approprié et suivre les pratiques de base et les précautions additionnelles recommandées au moment de prélever et de manipuler des échantillons.
  • Éviter la contamination par la flore normale afin de s'assurer d'avoir un échantillonnage représentatif des micro-organismes en cause dans le processus infectieux.
    • Tout d'abord, utiliser un écouvillon stérile pour retirer le mucus du site d'échantillonnage; prélever ensuite l'échantillon en évitant de toucher les surfaces corporelles non ciblées.
  • Prélever un volume adéquat de chaque échantillon liquide dans le contenant approprié.
    • S'assurer que la trousse d'échantillonnage n'est pas périmée.
  • Apposer sur chaque contenant d'échantillon une étiquette indiquant le nom du patient et/ou son identificateur unique, la source de l'échantillon, ainsi que la date et l'heure du prélèvement.
    • Remplir la requête appropriée, et s'assurer que l'information sur l'étiquette qui est apposée sur l'échantillon correspond à l'information figurant sur la requête.
  • Les contenants d'échantillons devraient être étanches et transportés dans des sacs à spécimen biorisque munis d'un compartiment distinct pour la requête.
  • Pour obtenir des conseils au sujet du prélèvement des échantillons, des dispositifs de prélèvement et des exigences en matière de transport, communiquer avec votre laboratoire local.

Considérations médico-légales

  • La culture est la méthode privilégiée à des fins médico-légales. Cependant, un résultat positif au TAAN pour C. trachomatis ou N. gonorrhoeae peut servir à des fins médico-légales s'il est confirmé par un autre TAAN au moyen d'une série différente d'amorces.
    • Consulter votre laboratoire local quant à la disponibilité de tels services.
  • L'évaluation et le suivi des enfants qu'on soupçonne avoir été victimes d'abus sexuel ou les victimes d'agression sexuelle devraient être effectués en faisant preuve d'une grande sensibilité, idéalement avec la participation directe d'une équipe ou d'un service ayant une expérience en la matière.
    • Tous les échantillons qui pourraient servir d'éléments de preuve dans des causes judiciaires devraient être prélevés par des professionnels ayant l'expérience de ces procédures, en respectant les protocoles régionaux ou locaux établis, pour garantir que les exigences relatives à la chaîne de possession soient respectées.
    • Lorsqu'il n'est pas possible d'orienter la victime directement vers un spécialiste (p. ex. dans les régions éloignées), il faut déployer tous les efforts possibles pour consulter un pédiatre et/ou un spécialiste des ITS au sujet des pratiques exemplaires concernant le prélèvement d'échantillons auprès des victimes d'abus ou d'agression sexuelle.
    • De plus, lorsqu'elles sont disponibles, les lignes directrices locales et provinciales/territoriales devraient être consultées.
    • Les professionnels de la santé ont une obligation légale, professionnelle et éthique de déclarer les cas présumés ou confirmés d'abus sexuel chez des enfants.
    • Consulter les lois et lignes directrices provinciales ou territoriales ainsi que l'ordre professionnel concerné pour obtenir des conseils.
    • Consulter la Déclaration supplémentaire concernant la prise en charge et le suivi d'abus sexuel à l'égard d'enfants impubères et prépubères pour en savoir plus au sujet de la prise en charge des cas présumés d'abus sexuel chez des enfants.
    • Consulter la Déclaration supplémentaire concernant la prise en charge et le suivi d'agression sexuelle chez les adolescents postpubères et les adultes pour en savoir plus au sujet de la prise en charge des victimes d'agression sexuelle.

Prélèvement d'échantillons génitaux et extra-génitaux

Cette section a pour but de donner un aperçu des échantillons et des tests qui pourraient être utilisés pour le diagnostic de diverses ITS. Elle ne renferme pas d'information sur la sensibilité et la spécificité. Les utilisations privilégiées et acceptables des divers tests sont décrites en détail dans la section Diagnostic d'infections spécifiques ci-dessous.

  • Le prélèvement d'échantillons génitaux et extra-génitaux pourrait convenir.
    • Consulter votre laboratoire pour déterminer les échantillons qui ont été validés pour les différents tests.
  • La plupart des échantillons seront prélevés puis emballés en vue d'être expédiés aux laboratoires diagnostiques par les cliniciens. Cependant, certains seront prélevés par le patient lui-même.
    • Les échantillons auto-prélevés doivent être prélevés de façon adéquate et pourraient devoir être validés par le laboratoire.
    • Consulter votre laboratoire local.
  • Pour en savoir plus sur les considérations médico-légales liées au prélèvement d'échantillons, consulter la section ci-dessus.

Aspirats de bubons

  • Les aspirats de bubons (si l'on soupçonne la présence d'une LGV ou d'un chancre mou) sont obtenus à l'aide d'une aiguille et d'une seringue. Le pus aspiré est placé dans un tube stérile qui est ensuite conservé et réfrigéré pendant l'expédition.
    • Consulter votre laboratoire avant le prélèvement afin d'obtenir des instructions concernant l'expédition.

Échantillons cervicaux

  • Selon le micro-organisme recherché, un prélèvement au niveau de l'endocol ou de l'exocol peut être privilégié.
    • Après l'insertion d'un spéculum pour voir le col utérin, retirer les sécrétions vaginales et l'exsudat cervical sus-jacents.
  • Pour le test Pap, prélever des cellules au niveau de la jonction squamo-cylindrique du col à l'aide d'une brosse endocervicale, d'un balai cervical, d'une spatule ou d'un écouvillon, puis étaler l'échantillon sur une lame ou le placer dans un contenant renfermant un liquide.
  • Pour la détection du VPH, les échantillons peuvent être placés dans un contenant renfermant un liquide, comme précédemment, ou dans un tube de transport commercial approuvé.
    • Consulter votre laboratoire pour savoir quel test il utilise pour la détection du VPH et les échantillons approuvés.

Remarque :

Échantillons endocervicaux
  • Prélever des échantillons endocervicaux pour la recherche de C. trachomatis et de N. gonorrhoeaeNote de bas de page c. Les échantillons cervicaux conviennent à la détection de M. genitalium.
    • Insérer un écouvillon stérile à une profondeur de 1 à 2 cm dans le canal endocervical, le faire tourner de 180 ° et le retirer afin de prélever des cellules épithéliales cylindriques.
    • Les frottis de prélèvements cervicaux colorés au Gram sont peu utiles pour la détection de N. gonorrhoeae par la microscopie et ne sont généralement pas recommandés.
    • Si une recherche de N. gonorrhoeae par culture est demandée, ensemencer directement le tube de gélose ou la boîte de Pétri, ou placer l'écouvillon dans un milieu de transport.
    • Placer un autre écouvillon non destiné à la culture dans un tube de transport pour un test d'amplification des acides nucléiques.
  • Chez les femmes ayant subi une hystérectomie, prélever un échantillon d'urine du premier jet pour le TAAN ou effectuer un écouvillonnage vaginal pour la culture ou le TAAN.
Échantillons exocervicaux

Échantillons vaginaux

Figure 1 - Diagramme pour l'auto-prélèvement vaginal

Équivalent textuel ci-dessous

Source : Chernesky et al., Sexually Transmitted Diseases. 32: 729-733, 20053Note de bas de page 3

Figure 1 : Équivalent textuel

Source: Chernesky et. al., Sexually Transmitted Diseases. 32: 729-733, 2005.

Ce diagramme comporte huit panneaux : chacun démontre une étape de l'auto-prélèvement vaginal pour la recherche d'ITS.

  • Étape 1 : Pour ouvrir l'emballage de l'écouvillon, saisir ses deux bords supérieurs et les écarter.
  • Étape 2 : Lorsque l'emballage est ouvert environ au quart, l'extrémité de la tige est exposée.
  • Étape 3 : Saisir l'écouvillon au niveau de la dépression sur la tige et le retirer de l'emballage.
  • Étape 4 : Écarter les lèvres (replis de peau dans la région génitale) avec les doigts de l'autre main et insérer l'écouvillon à un angle d'environ 45 degrés jusqu'à ce que les doigts entrent en contact avec la vulve (organe génital externe, ou périnée). Faire tourner l'écouvillon en cercle en le frottant doucement contre la paroi vaginale.
  • Étape 5 : Après avoir retiré l'écouvillon du vagin, le tenir vers le haut pendant que vous ouvrez le tube de transport.
  • Étape 6 : Placer l'écouvillon à l'intérieur du tube en insérant d'abord l'extrémité ayant servi au prélèvement.
  • Étape 7 : Casser la partie de la tige qui dépasse en l'appuyant fermement contre la paroi du tube de transport.
  • Étape 8 : Remettre le capuchon sur le tube.

 

  • Étapes 1 et 2 : Ouvrir l'emballage et retirer l'écouvillon.
  • Étape 3 : Saisir l'écouvillon entre le pouce et l'index au niveau de la dépression sur la tige
  • Étape 4 : Écarter les lèvres [replis de peau dans la région génitale] avec les doigts d'une main et insérer l'écouvillon jusqu'à ce que les doigts entrent en contact avec la vulve [organe génital externe], puis faire tourner l'écouvillon lentement en le frottant contre la paroi vaginale.
  • Étapes 5 et 6 : Après avoir retiré l'écouvillon du vagin, le déposer dans le tube de transport.
  • Étapes 7 et 8 : Casser l'extrémité de la tige et remettre le capuchon sur le tube.

Échantillons d'urine (premier jet)

  • L'urine du premier jet pour la recherche de C. trachomatis et de N. gonorrhoeaeNote de bas de page e au moyen du TAAN est préférable à un échantillon urétral chez les hommes asymptomatiques.
    • Les échantillons d'urine du premier jet peuvent aussi servir à la recherche de M. genitalium et de T. vaginalis au moyen d'un TAAN.
  • Les TAAN urinaires sont aussi acceptables pour :
    • les femmes qui n'ont plus de col utérin;
    • les femmes lorsque l'examen pelvien n'est pas justifié ou est refusé;
    • les enfants.
  • Demander aux patients adultes de prélever uniquement les 10 à 20 premiers millilitres d'urine (et non pas l'urine à mi-jet) dans un contenant étanche approuvé et de remettre le capuchon fermement en placeNote de bas de page 7.
    • Le prélèvement de plus de 10 à 20 mL dilue l'échantillon et pourrait réduire la possibilité de détecter le micro-organisme.
    • Idéalement, le patient ne devrait pas avoir uriné depuis au moins 2 heures, mais une miction plus récente n'empêche pas de réaliser le testNote de bas de page 8 Note de bas de page 9.

Échantillons urétraux

  • Des sécrétions urétrales (chez les hommes symptomatiques seulement) peuvent être prélevées par écouvillonnage pour la culture et/ou la coloration de Gram en vue de la recherche de N. gonorrhoeaeNote de bas de page f, ou pour un TAAN en vue de la recherche de N. gonorrhoeae et de C. trachomatis.
    • Idéalement, le patient ne devrait pas avoir uriné depuis au moins 2 heures, car la miction pourrait réduire la concentration du micro-organisme dans l'échantillon prélevé.
    • Les cultures réalisées moins de 48 heures après l'exposition peuvent donner un résultat négatif.
    • Si on utilise un TAAN, on doit suivre les instructions du fabricant.
    • Un TAAN peut être réalisé au moment de la consultation initiale sans que le sujet doive attendre 48 heures après l'exposition. Cette recommandation s'appuie sur l'opinion d'experts qui présument que les TAAN peuvent détecter des acides nucléiques dans un inoculum.
    • T. vaginalis et M. genitalium peuvent aussi être détectés au moyen d'un écouvillonnage urétral chez les hommes symptomatiques, s'il est cliniquement indiqué.
  • Utiliser un écouvillon mince muni d'une tige flexible. Humidifier l'écouvillon avec de l'eau stérile avant de l'insérer dans l'urètre afin de réduire l'inconfort.
    • Introduire l'écouvillon lentement en suivant les directives du fabricant concernant la profondeur, le faire tourner lentement et le retirer doucement.
    • Un écouvillon de sécrétions prélevées chez un homme symptomatique peut être utilisé pour préparer un frottis en vue de la recherche de N. gonorrhoeae par la coloration de Gram en faisant rouler l'écouvillon sur une lame. Ensemencer ensuite le milieu de culture approprié ou placer l'écouvillon dans un milieu de transport.

Échantillons rectaux

  • Bien qu'aucun produit ne soit actuellement homologué pour ces échantillons au Canada, les TAAN validés peuvent être utilisés pour détecter les infections rectales à N. gonorrhoeae ou à C. trachomatis. Les résultats positifs devraient être confirmés par la culture ou un deuxième TAANNote de bas de page 2.
  • Les échantillons destinés à la recherche de N. gonorrhoeaeNote de bas de page g ou de C. trachomatis (sérotypes LGV et non-LGV)par la culture ou un TAAN peuvent être prélevés à l'aveugle ou à l'aide d'un anuscope.

Anuscopie (préférable pour les patients symptomatiques)

  • À l'aide d'un anuscope non lubrifié mais enduit d'eau (pour réduire l'inconfort), la contamination fécale peut être évitée et les échantillons peuvent être prélevés par visualisation directe.
  • Pour les patients présentant des lésions rectales, consulter la section Lésions ci-dessous.

Écouvillonnage à l'aveugle

  • Insérer l'écouvillon dans le canal anal sur une longueur de 2 à 3 cm en le pressant sur la paroi pour éviter les matières fécales et, dans le cas d'une recherche de C. trachomatis ou de N. gonorrhoeae, pour prélever des cellules épithéliales cylindriques.
  • En cas de contamination fécale visible, jeter l'écouvillon et répéter le prélèvement.
Détection du VPH et test Pap anal
  • Dans le cas des verrues anales, aucun test précis n'est recommandé pour vérifier la présence du VPH ou son type, car la prise en charge n'en sera pas modifiée.
  • Un test Pap anal et/ou un test de détection du VPH peuvent être utiles pour déceler les néoplasies intra-épithéliales anales précancéreuses dans les groupes à haut risque.
    • Actuellement, il n'y a pas de consensus au sujet de l'utilisation du test Pap anal et de l'anuscopie de haute résolution pour la détection du cancer de l'anus chez les personnes à risque accru.
  • Pour obtenir des renseignements détaillés au sujet des facteurs de risque de l'infection à VPH et du dépistage du cancer de l'anus, consulter le chapitre Infections génitales au virus du papillome humain.

Échantillons pharyngés

  • Bien qu'aucun produit ne soit actuellement homologué pour ces échantillons au Canada, les TAAN validés peuvent être utilisés pour détecter les infections oropharyngées à N. gonorrhoeae ou à C. trachomatis. Les résultats positifs devraient être confirmés par la culture ou un deuxième TAANNote de bas de page 2.
  • Écouvillonner la partie postérieure du pharynx et les cryptes amygdaliennes en vue d'une culture ou d'un TAAN pour la détection de N. gonorrhoeaeNote de bas de page h et de C. trachomatis.
    • Utiliser l'écouvillon pour ensemencer directement le milieu de culture adéquat ou déposer l'écouvillon dans un milieu de transport.
  • La coloration de Gram de frottis pharyngés n'est pas utile pour détecter la présence de N. gonorrhoeae dans le pharynx par la microscopie et n'est pas recommandée.
  • Pour les patients présentant des lésions buccales, consulter la section Lésions ci-dessous.

Lésions (vésicules et ulcères)

Herpès
  • Obtenir du liquide pour une recherche de VHS par la culture ou le TAAN en enlevant ou en soulevant la partie supérieure de la vésicule (avec une aiguille, par exemple) et en écouvillonnant la lésion pour prélever des cellules épithéliales (et du liquide) sur l'écouvillon.
  • Dans le cas des ulcères, gratter doucement la base de la lésion afin d'obtenir un échantillon pour une culture ou un TAAN.
  • Les autres méthodes telles que la détection des antigènes et le cytodiagnostic de Tzanck manquent d'exactitude et ne devraient pas être employées.
  • Pour obtenir plus de renseignements sur les tests de détection du VHS, consulter la section Virus Herpes simplex ci-dessous.
Syphilis
  • Les TAAN peuvent être utilisés comme méthode non sérologique pour détecter T. pallidum dans une muqueuse ou dans la peau. Ils sont très sensibles et spécifiquesNote de bas de page 10 Note de bas de page 11.
  • En présence de lésions génitales caractéristiques de la syphilis précoce, un liquide séreux clair peut être prélevé pour l'examen microscopique à fond noir, lequel permet d'observer la morphologie et la mobilité des spirochètes pour la détection de T. pallidum (méthode non fiable pour les lésions buccales ou rectales)Note de bas de page 12.
  • Communiquer avec votre laboratoire pour savoir s'il offre l'examen microscopique à fond noir ou un TAAN.

    Si l'examen microscopique à fond noir est offert, prélever les échantillons comme suit :
    • Enlever les croûtes ou les débris qui recouvrent la lésion.
    • Nettoyer la lésion à l'aide de sérum physiologique stérile sans agent de conservation, puis l'assécher.
    • Frotter la lésion à l'aide d'un tampon de gaze stérile afin de provoquer un léger saignement et l'exsudation de liquide tissulaire.
    • Lorsque du liquide commence à suinter, essuyer les premières gouttes et attendre l'apparition d'un exsudat séreux relativement clair. Il est parfois nécessaire d'exercer une pression à la base de la lésion pour faire sourdre le liquide tissulaire.
    • Prélever le liquide dans un tube capillaire ou le déposer directement sur une lame.
    • Conserver le prélèvement et l'expédier au laboratoire à température ambiante dans les 24 heures.
    • Pour plus de renseignements sur la sérologie de la syphilis, consulter la section Diagnostic d'infections spécifiques sous Treponema pallidum dans le présent chapitre ainsi que le chapitre Syphilis.
Chancre mou
  • Les échantillons privilégiés pour la détection d'Haemophilus ducreyi sont prélevés à la base de l'ulcère à l'aide d'un écouvillon d'alginate de calcium ou de coton, ou par aspiration de bubons, s'ils sont présents.
  • Lorsque disponible, la culture est la méthode privilégiée et s'effectue sur deux milieux dans une biplaqueNote de bas de page 13
    • Consulter votre laboratoire local pour plus de plus amples renseignements.
  • Aucun TAAN commercial n'est disponible pour la détection d'H. ducreyi, mais le Laboratoire national de microbiologie (LNM) offre ce test. Le délai pour l'obtention du résultat est d'environ 14 jours. Consulter le Guide des services du LNM pour obtenir plus de renseignements.
    • Nettoyer la région en la rinçant à l'aide de sérum physiologique stérile, puis prélever les échantillons à la base de l'ulcère à l'aide d'un écouvillon de Dacron ou de coton.
    • Les écouvillons peuvent être expédiés à l'état sec OU placés dans des tubes contenant 1 mL de milieu de transport universel.
  • Pour obtenir des renseignements détaillés au sujet de l'épidémiologie et de la prise en charge du chancre mou, consulter le chapitre complet.

Diagnostic d'infections spécifiques

Patients présentant une cervicite, une vulvovaginite, une urétrite, une pharyngite ou une rectite

Chlamydia trachomatis (sérotypes LGV et non-LGV)
  • Les TAAN et, dans une moindre mesure, la culture et la sérologie sont utilisés pour le diagnostic.
  • La culture est la méthode privilégiée à des fins médico-légales.
  • La sérologie n'est pas recommandée pour le diagnostic des infections génitales à Chlamydia (LGV ou non-LGV) en raison de la possibilité de réaction croisée avec d'autres espèces de Chlamydia et de la difficulté à interpréter les variations des titres.
  • Les tests courants utilisés pour la détection de C. trachomatis peuvent être positifs chez les patients atteints de LGV, mais ils ne comprennent généralement pas de typage pour distinguer les sérotypes LGV des non-LGV.
  • Le diagnostic définitif de LGV exige une détermination du sérotype (génotypage).
TAAN
  • Les TAAN sont les tests les plus sensibles et les plus spécifiques.
  • L'échantillon recommandé pour les hommes est l'urine du premier jetNote de bas de page 2.
  • Les écouvillonnages vaginaux et l'urine peuvent être utilisés pour le TAAN, ce qui rend le test plus acceptable pour les femmes.
    • Les données indiquent que, chez les femmes, le TAAN pour une recherche de C. trachomatis, N. gonorrhoeae et T. vaginalis réalisé avec des écouvillonnages vaginaux permet de détecter autant d'infections, voire même plus, qu'avec des écouvillonnages cervicaux, urétraux ou des échantillons urinairesNote de bas de page 15.
    • Des écouvillonnages cervicaux peuvent aussi être utilisés.
  • Les données semblent prometteuses quant au rendement de certains TAAN avec des écouvillonages pharyngés ou rectauxNote de bas de page 2.
  • Le TAAN peut être réalisé au moment de la consultation initiale sans que le sujet doive attendre 48 heures après l'exposition. Cette recommandation s'appuie sur l'opinion d'experts qui présument que le TAAN peut détecter de petites quantités d'ADN ou d'ARN.
Culture
  • Des échantillons anogénitaux et oropharyngés peuvent être analysés.
  • Chez les patients souffrant de conjonctivite, un écouvillonnage de la conjonctive peut être expédié.
  • Des aspirats nasopharyngés peuvent être expédiées pour les enfants de moins de 6 mois.
  • Consulter votre laboratoire local pour obtenir des conseils concernant le prélèvement des échantillons.
Sérologie
  • La détection sérologique d'anticorps de type IgM dirigés contre C. trachomatis est utile pour le diagnostic de la pneumonie à C. trachomatis chez les nourrissons de moins de 3 mois, c'est-à-dire ceux qui ont pu être exposés à la bactérie pendant la période périnataleNote de bas de page 16.
Neisseria gonorrhoeae
  • En raison de la plus grande sensibilité des TAAN commerciaux les plus récemment approuvés, ceux-ci peuvent augmenter le nombre de cas diagnostiquésNote de bas de page 2 Note de bas de page 17. Cependant, la culture permet de déterminer la sensibilité aux antimicrobiens. Par conséquent, dans certaines situations cliniques, on devrait envisager l'utilisation à la fois de la culture et du TAAN, en particulier chez les patients symptomatiquesNote de bas de page 2.
    • Le TAAN peut être la seule méthode d'analyse offerte dans certains laboratoires.
  • À des fins médico-légales, les résultats positifs au TAAN devraient être confirmésNote de bas de page 2 Note de bas de page 14.
    • Consulter votre laboratoire local pour savoir si ces tests sont offerts et la section Considérations médico-légales pour obtenir des renseignements sur la confirmation des résultats positifs au TAAN.
TAAN
  • Le TAAN est le test le plus sensible.
  • Si des motifs cliniques incitent à mettre en doute un résultat positif, le test devrait être répétéNote de bas de page 2.
  • Certains TAAN peuvent donner des résultats faussement positifs à cause d'une réaction croisée avec d'autres espèces du genre Neisseria.
    • Si l'on soupçonne un résultat faussement positif, le résultat obtenu avec l'échantillon original peut être confirmé par un deuxième (c'est-à-dire différent) TAAN.
    • Consulter votre laboratoire pour obtenir des conseils.
  • Le prélèvement recommandé chez les hommes est l'urine du premier jetNote de bas de page 2.
  • Les écouvillonnages vaginaux ou l'urine peuvent être utilisés pour le TAAN, ce qui rend le test plus acceptable pour les femmes.
    • Les données indiquent que, chez les femmes, le TAAN pour une recherche de C. trachomatis, N. gonorrhoeae et T. vaginalis réalisé avec des écouvillonnages vaginaux permet de détecter autant d'infections, voire même plus, qu'avec des écouvillonnages cervicaux, urétraux ou des échantillons d'urineNote de bas de page 15.
    • Des écouvillonnages cervicaux peuvent aussi être utilisés.
  • Le TAAN peut être réalisé au moment de la consultation initiale sans que le sujet doive attendre 48 heures après l'exposition. Cette recommandation s'appuie sur l'opinion d'experts qui présument que le TAAN peut détecter de petites quantités d'ADN ou d'ARN.
  • Les données semblent prometteuses quant au rendement de certains TAAN avec des écouvillonnages pharyngés ou rectauxNote de bas de page 2.
  • Consulter votre laboratoire local et la section Prélèvement d'échantillons génitaux et extra-génitaux ci-dessous pour obtenir plus de renseignements concernant l'utilisation de TAAN validés pour les échantillons pharyngés et rectaux.
Culture
  • La réussite de la culture dépend de la qualité du prélèvement et des conditions de transport des échantillons ou encore de l'ensemencement immédiat du milieu de cultureNote de bas de page 18. Consulter votre laboratoire local pour en savoir plus.
  • Les cultures effectuées moins de 48 heures après l'exposition peuvent donner un résultat négatif.
  • Consulter le chapitre Infections gonococciques pour une liste des situations où un test de contrôle est recommandé.
    • Le TAAN peut être la seule méthode d'analyse offerte dans certains laboratoires.
Frottis
  • La présence de diplocoques Gram négatif à l'intérieur des leucocytes polynucléaires à l'examen microscopique direct d'un frottis a une forte valeur prédictive positive de la gonorrhée chez les hommes symptomatiquesNote de bas de page 18.
  • La sensibilité et la spécificité de la coloration de Gram dépendent du type d'échantillonNote de bas de page 18.
    • Elles sont de 95 % chez les jeunes hommes symptomatiques dans les prélèvements urétraux.
    • Les prélèvements endocervicaux chez les femmes adultes ont une sensibilité de 45 à 65 % et une spécificité de 90 %. Pour cette raison, la coloration de Gram n'est généralement pas recommandée dans cette population.
    • La coloration de Gram des frottis ne convient pas pour les échantillons oropharyngés et les échantillons rectaux, et elle ne devrait pas être utilisée.
Trichomonas vaginalis
  • L'infection à T. vaginalis est souvent asymptomatique, mais elle peut causer une urétrite chez l'homme et une vulvo-vaginite chez la femme. Le pH du vagin est alors élevé (> 4,5)Note de bas de page 19.
  • Les TAAN commerciaux pour une recherche de T. vaginalis réalisés sur des écouvillonnages vaginaux, écouvillonnages cervicaux ou des échantillons d'urine sont les tests les plus sensibles et spécifiquesNote de bas de page 20 Note de bas de page 21 Note de bas de page 22 (consulter votre laboratoire local pour savoir s'ils sont offerts).
Mycoplasma genitalium
  • M. genitalium est une bactérie émergente à l'origine d'urétrites non gonococciques et non chlamydiennes persistantes chez l'homme; elle peut être associée à la cervicite, à l'urétrite, à l'endométrite, aux atteintes inflammatoires pelviennes et à l'infertilité chez la femmeNote de bas de page 26 Note de bas de page 27.
  • La culture est difficile à réaliser, et sa valeur diagnostique est faible Note de bas de page 28.
  • La capacité des laboratoires à effectuer des TAAN peut varier à travers le pays.
    • Consulter votre laboratoire local pour connaître les tests offerts pour la détection de M. genitalium ainsi que pour les renseignements concernant les exigences en matière de prélèvement et de transport des échantillons.
  • Bien que le type de prélèvement génital idéal pour la détection de M. genitalium n'ait pas encore été déterminé, les échantillons convenables sont :
    • l'urine du premier jet (les 10 à 20 premiers mL), les écouvillonnages urétraux ou du méat urétral pour les hommesNote de bas de page 29 Note de bas de page 30;
    • l'urine du premier jet (les 10 à 20 premiers mL), les écouvillonnages vaginaux ou cervicaux pour les femmes.
  • Les échantillons positifs pour le M. genitalium peuvent être envoyés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) à des fins de détection moléculaire de mutations associées à la résistance aux macrolides et à la moxifloxacineNote de bas de page 31 Note de bas de page 32.
    • Consulter le Guide des services du LNM pour obtenir plus de renseignements concernant les exigences en matière de prélèvement et de transport des échantillons.
Candida albicans
  • Le pH vaginal est normal (< 4,5), et le test de Whiff est négatif (on ne dénote pas d'odeur d'amine [ou de poisson] lorsqu'on ajoute une goutte d'hydroxyde de potassium aux sécrétions vaginales sur une lame)Note de bas de page 28.
    • Remarque : Le pH vaginal n'est pas un indicateur fiable chez les femmes ménopausées.
  • La coloration de Gram et l'examen d'une préparation à l'état frais peuvent être utilisés pour déceler des levures bourgeonnantes et des pseudohyphes ramifiésNote de bas de page 11.
    • Chez les femmes symptomatiques, une culture vaginale peut être envisagée.
    • La culture n'est pas toujours utile chez les femmes asymptomatiques, car des espèces du genre Candida peuvent faire partie du microbiote vaginal normal.
    • Une culture pour identification et épreuve de sensibilité devrait être réalisée chez les femmes dont la culture ou l'examen d'une préparation à l'état frais sont positifs et qui présentent encore des symptômes après le traitement.
Vaginose bactérienne
  • Le pH vaginal est élevé (> 4,5), et le test de Whiff est positif (une odeur d'amine [de poisson] est présente)Note de bas de page 33 Note de bas de page 34.
  • La coloration de Gram révèle une modification de la flore vaginaleNote de bas de page 35 Note de bas de page 36 : le nombre de gros bâtonnets Gram positif (lactobacilles) est abaissé, et on note la présence d'abondants petits coccobacilles Gram variable et de cellules indices (« clue cells »; cellules épithéliales vaginales recouvertes de nombreux coccobacilles).

Patients présentant des ulcères ou des lésions

Virus Herpes simplex (VHS)
  • La sensibilité et la spécificité des TAAN avoisinent les 100 %, et les résultats sont obtenus rapidement.
  • Les cultures de lésions génitales herpétiques primaires ou récurrentes sont faciles à réaliser et peuvent donner un résultat positif dans les 24 heures suivantes lorsque le transport s'effectue dans le milieu adéquat.
  • Le dépistage du VHS-1 et du VHS-2 chez les patients asymptomatiques n'est pas indiqué.
  • L'utilisation de tests sérologiques spécifiques du type de VHS est actuellement limitée au Canada. Les méthodes de diagnostic en laboratoire varient d'un endroit à l'autre au pays.
    • Consulter votre laboratoire local pour connaître les tests offerts.
  • Lorsqu'il est impossible de poser un diagnostic d'infection à VHS au moyen du TAAN ou de la culture, les tests de détection des anticorps, lorsqu'ils sont disponibles, peuvent être particulièrement utiles dans deux situations cliniquesNote de bas de page 37 Note de bas de page 38 Note de bas de page 39 :
    1. lorsque les patients présentent des symptômes typiques ou atypiques d'herpès génital, mais que la culture ou le TAAN est négatif; La détection d'anticorps dirigés contre le VHS-2 est utile pour confirmer le diagnostic d'infection génitale à VHS. Il est important de noter que la détection d'anticorps dirigés contre le VHS-1 ne permet pas de distinguer une infection buccale d'une infection génitale.
    2. lorsqu'un premier épisode d'herpès génital est détecté pendant la grossesse.
      • La présence ou l'absence d'anticorps spécifiques d'un type de VHS peut aider à déterminer si l'infection est récente ou récurrente.
      • La recherche d'anticorps spécifiques devrait être répétée chez les patientes dont la sérologie est négative pour surveiller le développement d'anticorps avant l'accouchement. Ceci est important compte tenu du risque accru de transmission de la mère à l'enfant chez une mère séronégative.
  • Étant donné qu'il faut interpréter avec prudence les résultatsNote de bas de page 40, il est recommandé de consulter votre laboratoire local.
  • Chez les nouveau-nés, prélever un échantillon pour la culture en frottant délicatement la conjonctive avec un écouvillon. Utiliser un écouvillon distinct pour la bouche et les lèvres, le conduit auditif externe, l'ombilic, les aisselles et les aines.
Virus du papillome humain (VPH)
  • Il existe au moins 14 génotypes de VPH à haut risque associés au cancer et de nombreux autres génotypes à faible risque causant des verrues anogénitales.
    • L'inspection visuelle est la façon habituelle de diagnostiquer les verrues anogénitales, et les tests en laboratoire ne sont pas recommandés.
  • Les données probantes suggèrent que les génotypes à haut risque 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58 et 59 seraient cancérogènes, et les génotypes 66 et 68 seraient probablement cancérogènes.
    • Une infection persistante par un type de VPH à haut risque peut causer des anomalies cellulaires qui, si elles ne sont pas détectées et traitées, peuvent mener à des lésions précancéreuses ou cancéreuses.
    • Pour plus de renseignements concernant les génotypes du VPH et le risque connexe de cancer, consulter l'annexe A du chapitre Infections au virus du papillome humain (VPH).
  • Plusieurs tests de détection de l'ADN ou de l'ARN sont approuvés au Canada pour des groupes de génotypes à haut risque et pour des génotypes précis, tels le 16, le 18 et le 45, au moyen du test Pap en milieu liquide ou en milieux de transport des échantillons.
    • Consulter votre laboratoire local pour connaître les tests utilisés et les échantillons approuvés.
  • La sensibilité et la spécificité des tests de détection du VPH sont déterminées par leur capacité à détecter (prédire) les lésions précancéreuses, et non pas la présence de l'infection.
  • La présence d'un VPH à haut risque chez une patiente dont le test PAP est anormal peut justifier une recommandation de suivi et de colposcopieNote de bas de page 41.
  • Le séquençage et la sérologie sont employés à des fins épidémiologiques et ne sont pas utiles pour orienter la prise en charge des patients.
  • Consulter votre laboratoire local pour connaître les tests offerts pour la détection du VPH, car peu de laboratoires offrent actuellement ce service au Canada.
Treponema pallidum (syphilis)
  • Deux algorithmes de dépistage sérologique sont actuellement employés au CanadaNote de bas de page 42.
    • Le premier est l'algorithme classique consistant en un test non tréponémique (p. ex. RPR [réagine plasmatique] ou VDRL [Venereal Disease Research Laboratory]), suivi d'un ou deux tests tréponémiques sur les échantillons positifs.
    • Le deuxième algorithme est un algorithme à séquence inversée, dans lequel on utilise un test tréponémique pour le dépistage et un test non tréponémique quantitatif pour confirmer les résultats positifs. Certains laboratoires utilisent un deuxième test tréponémique pour la confirmation.
  • Plusieurs tests immunologiques (IA [immunoassay en anglais]) commerciaux ont été mis au point pour détecter les anticorps de types IgG ou IgM dirigés contre des antigènes spécifiques de T. pallidum. Des tests tels que les essais immuno-enzymatiques (EIA) tréponémiques pourraient offrir une méthode plus sensible pour la détection de la syphilis.
    • Bien que les tests immunologiques soient très sensibles, ils peuvent manquer de spécificité; par conséquent si le test tréponémique par EIA s'avère positif, une analyse confirmatoire au moyen d'un deuxième test tréponémique est recommandée (p. ex. TP-PA, MHA-TP, FTA-ABS, INNO-LIAMC).
    • Consulter le chapitre Syphilis pour en savoir plus au sujet de l'examen du liquide céphalorachidien, des recommandations complètes concernant la prise en charge de la syphilis chez les femmes enceintes ou pour obtenir des conseils sur l'interprétation des résultats des tests sérologiques.

Infections transmissibles par le sang

Virus de l'hépatite A (VHA)
Virus de l'hépatite B (VHB)
  • Les patients présentant une infection aiguë par le VHB obtiendront un résultat positif à l'EIA pour l'antigène de surface du VHB (HBsAg) et/ou pour les IgM dirigés contre le noyau du VHB (anticorps anti-HBc IgM).
  • La plupart des patients (90 %) développent une immunité dans les 6 mois suivant le début de l'infection, perdent l'HBsAg et voient ce dernier remplacé par des IgG anti-HBc et des anticorps dirigés contre l'antigène de surface du VHB (anticorps anti-HBs)Note de bas de page 44.
  • La persistance de l'HBsAg pendant 6 mois ou plus indique une infection chronique.
  • La présence de l'antigène e du VHB (HBeAg) ou d'une charge virale élevée d'ADN du VHB chez des patients aux prises avec une infection aiguë ou chronique indique une plus grande infectivité pour les contacts et pour les bébés nés d'une mère infectéeNote de bas de page 45: l'antigène e peut éventuellement être remplacé par des anticorps dirigés contre cet antigène (anticorps anti-HBe).
  • Pour plus de renseignements, consulter le document Soins primaires de l'hépatite B - Aide-mémoire.
Virus de l'hépatite C (VHC)
Virus de l'immunodéficience humaine (VIH)
  • Il existe plusieurs types différents de tests de dépistage du VIH qui sont homologués au Canada; le type et la disponibilité de chacun peuvent varier d'une juridiction à l'autre.
  • La détection des anticorps anti-VIH est la méthode diagnostique la plus courante.
Tests de détection des anticorps
  • On effectue tout d'abord un test de détection des anticorps anti-VIH1 et anti-VIH2 par essai immuno-enzymatique (EIA). Tous les résultats positifs à l'EIA devraient être confirmés par un EIA différent, par un transfert Western ou par un test de détection de l'ARN.
    • Les EIA de troisième génération peuvent détecter les anticorps anti-VIH 20 à 30 jours après l'exposition.
    • Les tests combinés de quatrième génération permettent de détecter l'antigène p24 pendant la phase aiguë de l'infection et réduisent la fenêtre sérologique à 15 à 20 joursNote de bas de page 46.
  • Actuellement, un test de détection rapide du VIH est homologué pour une utilisation au point de service au Canada. Il permet un diagnostic présomptif exact en 60 secondes.
    • Les résultats positifs aux tests réalisés au point de service doivent être confirmés en laboratoire.
  • À noter que Santé Canada exige que les trousses de détection rapide du VIH soient utilisées uniquement dans des milieux où un counseling pré- et post-test est offertNote de bas de page 47.
  • Chaque laboratoire élabore et valide son propre algorithme concernant les tests de confirmation pour s'assurer de fournir des résultats les plus exacts possible.
  • Consulter votre laboratoire local pour obtenir plus de renseignements.
Tests de détection du virus (TAAN)
  • L'infection à VIH peut aussi être diagnostiquée par la détection du virus lui-même.
    • Le TAAN qualitatif est utilisé pour détecter de petites quantités d'acide nucléique chez les bébés nés d'une mère infectée par le VIH, chez les patients qui pourraient toujours être dans la fenêtre sérologique, et chez ceux dont la maladie est avancée ou qui présentent une immunodéficience marquée.
    • Le TAAN quantitatif (mesure de la charge virale) est utilisé pour la surveillance des patients séropositifs avant et pendant le traitement antirétroviralNote de bas de page 46 Note de bas de page 48.
    • Le génotypage, le phénotypage et les taux sériques d'antirétroviraux sont utilisés pour détecter une pharmacorésistance; on peut ainsi avoir recours à une association adéquate d'antirétroviraux ou modifier la dose au besoinNote de bas de page 49.

Pour obtenir plus de renseignements sur les tests de dépistage du VIH, sur leur sensibilité et spécificité et sur l'interprétation des résultats, consulter le document intitulé Virus de l'immunodéficience humaine - guide pour le dépistage et le diagnostic de l'infection par le VIH

Références


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